BIOMED-2标准化IG/TCR基因重排克隆性分析系统在原发性中枢神经系统淋巴瘤诊断中的应用

目的探讨BIOMED-2标准化基因重排克隆性分析系统对原发性中枢神经系统淋巴瘤(primary central nervous system lymphoma,PCNSL)的检出率及应用价值。方法采用BIOMED-2系统引物对29例PCNSL、10例淋巴结反应性增生病变,进行Ig/TCR基因重排的克隆性分析。结果 29例PCNSL中,BIOMED-2系统引物组合检测出27例克隆性重排,其中Ig克隆性重排26例(B细胞性淋巴瘤),另1例检测出TCR克隆性重排(T细胞性淋巴瘤),检出率为93.1%,10例淋巴结反应性增生病变均未见克隆性重排,其检测特异性为100%。结论 PCNSL是一种少见的高侵袭性结外非霍奇金淋巴瘤,利用BIOMED-2系统的Ig/TCR基因重排分析系统可对PCNSL的定性及分类提供客观性手段。     

Ig/TCR基因重排分析联合EBER原位杂交检测在原发性胃肠道淋巴瘤诊断中的应用

目的 探讨Ig/TCR基因重排分析联合EBER原位杂交检测在原发性胃肠道淋巴瘤(gastrointestinal lymphomas,GIL)中的诊断价值.方法 选取常规石蜡包埋的GIL病理标本35例(包括成熟B淋巴细胞肿瘤29例,成熟T淋巴细胞和NK细胞肿瘤6例),淋巴结反应性增生病变10例,提取DNA,应用BIOMED-2引物系统进行Ig/TCR基因重排的克隆性分析,并采用原位杂交方法检测EB病毒编码的小RNA(EBER).结果 35例GIL中,共检测出34例克隆性重排.其中29例成熟B细胞淋巴瘤均扩增出Ig克隆性重排,敏感性为100%,且联合应用IgH与IgK引物Ig单克隆性重排的检出率最高;6例成熟T淋巴细胞和NK细胞肿瘤中5例扩增出TCR克隆性重排,敏感性为83.3%;10例淋巴结反应性增生病例均未检测到Ig及TCR克隆性重排条带,其检测特异性为100%.29例成熟B细胞淋巴瘤及10例淋巴结反应性增生组织经EBER原位杂交检测均为阴性,6例成熟T淋巴细胞和NK细胞肿瘤中2例EBER原位杂交检测阳性,且均为鼻型NK/T细胞淋巴瘤.结论 BIOMED-2标准化的基因重排分析系统检测石蜡包埋组织中Ig基因和TCR基因克隆性重排的敏感性和特异性均很高,对GIL的诊断和鉴别诊断具有重要的临床应用价值,EBER原位杂交检测对基因克隆性重排阴性的淋巴瘤也具有一定的辅助诊断作用.     

BIOMED-2系统引物用于检测T细胞淋巴瘤石蜡样本T细胞受体γ基因重排的研究

目的 了解BIOMED-2系统T细胞受体(TCR)γ引物组合对T细胞淋巴瘤的常规石蜡包埋组织样本中TCR基因重排的检出情况及其实用性.方法 用酚/氯仿法提取55例各种组织类型的T细胞淋巴瘤石蜡包埋组织样本的DNA并通过扩增看家基因β-globin检测其质量,利用BIOMED-2系统TCR-γ引物组合和TCR-γ基因通用型引物(TVG/TJX)对55例进行TCR基因重排检测,比较二者的检出率并进行统计学分析.结果 BIOMED-2系统TCR-γ引物组合和TCRγ基因通用型引物(TVG/TJX)的TCR基因重排检出率分别为76.4%和60.0%,前者高于后者,二者的差异无统计学意义(P>0.05).结论 BIOMED-2系统TCRγ引物组合适用于本组T细胞淋巴瘤石蜡包埋组织样本的TCR基因重排检测.     

石蜡淋巴瘤组织中IgH FR3区基因重排引物分析

目的 利用生物信息学方法分析免疫球蛋白重链(IgH)框架区(FR3)基因重排引物并探讨其在石蜡包埋非霍奇金淋巴瘤(NHL)组织中应用价值.方法 通过Chustal W 软件比较44条有效的IgH可变区和6条J区的基因片段,选取IgH FR3区3对(P1,P2,P3)基因重排引物,其中,P2为改进的引物.另选一对TCRγ脚引物作为T细胞淋巴瘤重排引物,通过PCR扩增,检测经形态学及免疫组织化学确诊的144例石蜡包埋组织标本,包括113例B细胞淋巴瘤、24例T细胞淋巴瘤和7例淋巴结反应性增生组织.以DG75淋巴瘤细胞系DNA作为对照组.结果 引物对P1、P2、P3在B细胞淋巴瘤检出阳性率分别为71.7%(81/113),82.3%(93/113)和76.1%(86/113),三者检出率差异无统计学意义;在T细胞淋巴瘤检出率分别12.5%(3/24)、12.5%(3/24)、16.7%(4/24).将P1和P2引物组合分析,B细胞淋巴瘤阳性检出率可以达到92.3%.以上重排引物在7例反应性淋巴结中均未检出.结论 3对IgH FR3区中,新改进的P2引物在B细胞淋巴瘤中的检出率最高(82.3%).2对IgH FR3区引物联合检测可明显提高石蜡组织中B细胞淋巴瘤的检出率.     

BIOMED-2聚合酶链反应Ig基因重排对成熟非霍奇金B细胞淋巴瘤诊断的价值

目的 探讨BIOMED-2聚合酶链反应(PCR)在成熟非霍奇金B细胞淋巴瘤(B-NHL)诊断中的价值.方法 收集成熟B-NHL组织标本72例,其中弥漫性大B细胞淋巴瘤37例,黏膜相关淋巴组织结外边缘区淋巴瘤35例为研究对象,并以反应性增生病变25例作为对照.提取以上组织的DNA,并以PCR来检测其完整性和可扩增性,选取质量合格的DNA.85.6%(83/97)的样品DNA长度>300 bp,其中60例成熟B-NHL和23例反应性增生可用于BIOMED-2 PCR检测免疫球蛋白重链(IgH)和kappa轻链(IgK)基因重排的克隆性.结果 利用BIOMED-2 PCR检测的60例成熟B-NHL中,57例存在Ig基因的克隆性重排,其检测敏感性为95%,23例反应性增生病例中未出现Ig基因的克隆性重排,其检测特异性为100%.结论 BIOMED-2 PCR适用于石蜡包埋组织.该方法具有很高的敏感性和特异性,对成熟B-NHL诊断的辅助价值很高.     

B淋巴细胞增生性疑难病例中IgH基因克隆性重排的分析

目的 探讨IgH基因克隆性重排对B淋巴细胞增生性疑难病变的辅助诊断价值.方法 检测77例B淋巴细胞增生性疑难病例中IgH基因的克隆性重排情况,均采用BIOMED-2系统IgH克隆性试剂盒中FR1、FR2、FR3三组家族引物进行PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳,硝酸银染色后观察,并对照最终病理诊断进行分析.结果 77例病变的最终病理诊断:B淋巴细胞反应性增生12例,不能排除B淋巴细胞不典型增生或淋巴瘤20例,B细胞性淋巴瘤45例.三组中FR1、FR2和FR3至少有一个为阳性的比值分别为2/12、11/20(55%)和36/45(80%).B细胞性淋巴瘤中,FR1、FR2和FR3的阳性率分别为60%(27/45)、60%(27/45)、56%(25/45),其类型有边缘区B细胞性淋巴瘤20例(其中黏膜相关淋巴组织型结外边缘区淋巴瘤18例,结内边缘区淋巴瘤2例),弥漫性大B细胞淋巴瘤7例,滤泡性淋巴瘤7例,套细胞性淋巴瘤1例,Burkitt淋巴瘤1例,浆细胞瘤4例,不能分型5例.FR1、FR2和FR3三者检测均为阴性但仍诊断为淋巴瘤9例(20%),其中1例后来出现肝脏B细胞淋巴瘤.对IgH基因重排阳性的B淋巴细胞反应性增生和不典型增生14例的随访结果,4例重新取活检后诊断为B细胞性淋巴瘤,其中3例IgH基因重排检测为阳性.结论 联合检测IgH基因FR1、FR2和FR3克隆性重排对B淋巴细胞增生性疑难病变诊断有重要的辅助价值;对形态改变和免疫表型诊断淋巴瘤依据不足而基因重排阳性者,重取活检或随访有一定价值;对阴性病例有必要补充IgH基因重排及IgK和IgL基因重排的检测以提高检测敏感性.     

Ig及TCR克隆性重排在Castleman病诊断中的应用

目的探讨Castleman病克隆性重排检测及其在鉴别诊断中的应用。方法收集组织病理学确诊的Castleman病38例,利用根据BIOMED-2引物体系设计的Identi Clone系列淋巴瘤基因重排检测试剂盒及Genescanning法进行免疫球蛋白(Ig)和T细胞受体(TCR)基因克隆性重排检测及结果分析。结果 38例CD病理组织学分型为透明血管型25例,浆细胞型9例及混合型4例。根据临床病变累及部位为局限型21例,多中心型17例。克隆性分析结果,10例CD克隆性重排阳性,其中6例为Ig克隆性重排,2例为TCR基因重排,2例为Ig和TCR基因双重排。2例MCD为Ig H和/或Igk单克隆重排,随访13及21个月后发展为滤泡性淋巴瘤及弥漫大B细胞淋巴瘤。结论大多数CD的淋巴细胞为多克隆性起源,Ig和/或TCR基因发生克隆性重排提示单克隆性增生具有恶性转化趋势和潜能,对推测预后有一定帮助。     

应用BIOMED-2引物检测眼附属器淋巴瘤Ig基因重排的初步研究

目的 初步评价BIOMED-2引物在辅助诊断眼附属器淋巴瘤的应用价值.方法 收集63例眼附属器淋巴瘤,均为甲醛固定的石蜡包埋标本,提取基因组DNA并通过扩增管家基因β-actin检测其质量,应用BIOMED-2标准化基因重排检测系统中IgH_B和IgK_B两套多重PCR引物进行Ig基因的PCR扩增,并利用基因扫描技术对扩增产物进行克隆性分析.结果 76.2%(48/63)淋巴瘤石蜡包埋标本的DNA可扩增出300 bp大小的β-actin,适于基因重排检测.IgH_B和IgK_B多重PCR引物的淋巴瘤检出率分别为79.2%(38/48)和68.8%(33/48),二者联合的检出率为91.7%(44/48).结论 应用较少的BIOMED-2引物结合基因扫描技术能检测出大多数眼附属器淋巴瘤,对临床病理诊断具有较高的辅助价值.     

IgH基因单克隆重排检测及其在B细胞性非霍奇金淋巴瘤诊断中的应用

 目的：建立准确可靠、操作性强、适用于临床实际工作的免疫球蛋白重链（immunoglobulin heavy chain,IgH）基因单克隆重排检测方法,用于B细胞性非霍奇金淋巴瘤（B-cell non-Hodgkin lymphoma,B-NHL）的辅助诊断。方法：采用骨架区(framework region,FR）引物FR2、FR3和重链连接区 （joining region of heavy chain,J_H）引物LJH、VLJH组合、A管+B管模式、半巢式聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法对121例B-NHL、58例T细胞性非霍奇金淋巴瘤（T-cell non-Hodgkin lymphoma,T-NHL）和19例淋巴结反应性增生的石蜡组织进行IgH基因单克隆重排检测,分析IgH基因单克隆重排检出率在B-NHL组、T-NHL组和淋巴结反应性增生组中的差异,以及B-NHL中联合应用FR2和FR3与单独应用FR2、FR3之间IgH基因单克隆重排检出率的差异。结果：118例成功检测的B-NHL中,IgH基因单克隆重排检出率为81%（96/118）;54例成功检测的T-NHL中,IgH基因单克隆重排检出率为4%（2/54）;19例成功检测的淋巴结反应性增生中未检出IgH基因单克隆重排。B-NHL组与T-NHL组、淋巴结反应性增生组相比,IgH基因单克隆重排检出率差异具有显著性（P<0.05）。B-NHL中, FR2基因单克隆重排检出率为58%（68/118）,FR3基因单克隆重排检出率为55%（65/118）,联合应用FR2和FR3,IgH基因单克隆重排检出率为81%（96/118）,联合应用FR2和FR3与单独应用FR2、FR3的检出率有显著差异（P<0.05）。结论：采用FR2、FR3、LJH及VLJH引物组合、A管+B管模式和半巢式PCR法进行石蜡组织IgH基因单克隆重排检测,简单易行,结果准确可靠,阳性率较高,可用于临床B-NHL的辅助诊断。     

IgH、TCR-γ基因重排与免疫组化诊断非霍奇金淋巴瘤的价值

目的　探讨基因重排与免疫组化在诊断非霍奇金淋巴瘤(non Hodgkin’slymphoma,NHL)中的价值。方法　对131 例NHL的石蜡包埋组织进行免疫组化和基因重排检测。结果　60例B细胞NHL中51例IgH基因重排检测为阳性,阳性率 85%;50例T细胞NHL中38例TCR -γ基因重排检测为阳性,阳性率76%;HE形态学和免疫组化分型诊断率为84%(110 例),加用IgH和TCR -γ基因重排,分型诊断率达94.6%(124例),两分型诊断率差异有显著性(P<0.05)。6例巨大淋巴结 增生和3例血管免疫母细胞性淋巴结病IgH和TCR -γ基因重排检测均为阴性。基因重排与形态学和免疫组化结果不相符的 病例有7例。结论　联合运用免疫组化和基因重排技术,可提高NHL的分型诊断率。     

基因芯片技术的研究进展

基因芯片技术的诞生是基于人类基因组计划的成果,它以一种全面、综合、系统的思维方式来研究生命现象。同时,它还是疾病诊断和治疗的重大方法学突破,也是新药开发筛选的新方法。     

DMD基因突变及突变检测技术研究进展

假性肥大型进行性肌营养不良（DMD／BMD）一类发病率较高的X连锁隐性遗传病。DMD基因庞大,突变机制复杂,随着分子生物学的进展,对DMD基因及其所编码aystrophin蛋白的认识不断深入,探索更简便、准确、经济的基因突变检测技术成为目前对DMD研究的热点,本文着重对DMD基因、突变与表型关系的研究进展,以及突变检测技术的进展做一综述。     

基因枪转导K-RAS反义基因对胰腺癌细胞(K-RAS P21)蛋白表达的影响

目的观察基因枪转导K-RAS突变特异性反义基因对胰腺癌细胞K-RAS P21蛋白的影响。方法利用基因枪技术,将反义基因转导入宿主细胞,通过免疫细胞化学和Western blot方法,观察K-RAS突变特异性反义基因转导后AsPC-1、MiaPaCa-2和BxPC-3三种人胰腺癌细胞系K-RAS P21蛋白的变化。结果转导K-RAS突变特异性反义基因后,AsPC-1和MiaPaCa-2胰腺癌细胞的K-RAS P21蛋白表达明显降低;BxPC-3胰腺癌细胞的K-RAS P21蛋白表达无明显变化。结论突变特异性K-RAS反义基因经基因枪有效转导后,可用于胰腺癌的治疗。     

基因枪转导K-RLIS反义基因对胰腺癌细胞（K-PLASP21）蛋白表达的影响

目的观察基因枪转导K-RAS突变特异性反义基因对胰腺癌细胞K-RASP21蛋白的影响。方法利用基因枪技术，将反义基因转导入宿主细胞，通过免疫细胞化学和Westernblot方法，观察K-RAS突变特异性反义基因转导后ASPC-1、MiaPaCa-2和BxPC-3三种人胰腺癌细胞系K-RASP21蛋白的变化。结果转导K-RAS突变特异性反义基因后，AsPC-1和MiaPaCa-2胰腺癌细胞的K-RASP21蛋白表达明显降低；BxPC-3胰腺癌细胞的K-RASP21蛋白表达无明显变化。结论突变特异性K-RAS反义基因经基因枪有效转导后，可用于胰腺癌的治疗。     

降钙素基因的化学合成与克隆

本文报道用化学法全合成降钙素的基因。基因全长113碱基对。采用大肠杆菌偏爱密码子。整个基因分为6个片段合成。用T~4DNA连接酶一次连接成功,序列分析证明合成的基因序列与设计的一致。     

Phylogeny of Thogoto Virus

Thogoto virus is a tick-borne member of the family Orthomyxoviridae. Previously, based on the similarity in antigenic relationship by cross-neutralization test, all virus strains were concluded to have derived from the same origin. In this study, we obtained partial gene sequences of 4 genes (PB1-like protein, PA-like protein, glycoprotein, and nucleoprotein) of 8 Thogoto virus strains isolated in Africa, Asia, and Europe and studied the genetic variation and phylogeny. Unrooted phylogenetic trees created by both neighbor-joining and maximum likelihood methods based on nucleotide and amino acid sequences for 4 genes were mostly similar and revealed two lineages, Euro-Asian and African. Intra-lineage nucleotide sequence variation was greater in the Euro-Asian lineage than in the African lineage for all 4 genes. Furthermore, for the strains of Euro-Asian lineage, variations for two genes associated with RNA-dependent RNA polymerase activities were greater than those for glycoprotein or nucleoprotein gene, based on both nucleotide and amino acid sequence differences as well as on synonymous and nonsynonymous differences, indicating greater mutation rates for the polymerase activity genes in these strains.     

三例眼皮肤白化病患者TYR和P基因的突变分析

目的 分析眼皮肤白化病(oculocutaneom albinism,OCA)患者酪氨酸酶(tyrosinase,TYR)基因和P基因的基因突变.方法 应用聚合酶链反应(polymerase chain reaction ,PCR)和变性高效液相色谱(de-naturing high-perfomanee liquia chromatography,DHPLC)技术对3例患者的眼皮肤白化病Ⅰ、Ⅱ型相关基因(TYR和P基因)的外显子进行突变检测,并对DHPLC检出的突变样本进行测序和限制性内切酶分析以验证该突变.针对未见报道的新突变,筛查100名表型正常的无关个体,排除多态的可能.结果 在3例患者中检测出两种P基因突变,未检测到TYR基因突变.其中,患者1的P基因第13外显子发生杂合突变T450M;患者2的P基因发生两个杂合突变,分别是第13外显子T450M和第23外显子G775R;患者3的P基因第23外显子发生杂合突变G775R.P基因第13外显子限制性内切酶分析显示,患者1、2均出现杂合突变T450M导致的Oli I酶切位点部分消失,100名表型正常的无关个体未检出该突变;经检索,T450M为一未见报道的新突变.结论 联合应用PCR、DHPLC、DNA测序和限制性内切酶分析的方法可有效的对白化病进行基因诊断.     

人肺癌相关抗原基因ALT04ag的分子克隆及其转化活性的初步研究

本文旨在克隆人肺癌相关抗原基因ALT04ag cDNA全长序列并对其生物信息学特性及转化活性进行初步探讨。采用5'RACE实验程序克隆靶基因全长cDNA，借助生物信息学分析方法对其序列进行初步分析，以细胞生长曲线、FCM分析及RT-PCR技术分别观察重组。ALT04ag表达质粒转染细胞的生长特性及相关基因的表达。结果表明ALT04ag cDNA序列全长1115bp，含有编码194个氨基酸的开放阅读框架，计算预测其分子量为21KD，等电点为5．51。该序列登录Genbank(AF026816)时未发现同源序列(2001-1-30)。该基因转染的细胞有ALT04ag基因表达，ALT04ag基因表达可上调c-myc基因表达及加速细胞增殖速率，但对bcl-2及p53基因表达无影响，提示ALT04ag基因表达可能是细胞癌变的重要因素之一。本研究为探索人肺癌诊断及治疗的分子靶标提供了新的线索。     

原发性肝细胞癌RIT1基因的突变和扩增

目的　探讨 RIT1基因突变和扩增在肝细胞癌 (hepatocellular carcinoma,HCC)的发生情况及其与发病的关系。　方法　采用 PCR直接测序法检测 5 0例原发性 HCC患者的肝癌组织和非癌肝组织RIT1基因在所包含的 6个外显子的全序列寻找突变位点 ;并用荧光定量 PCR法检测 RIT1基因的扩增情况。　结果　在 5 0例肝癌组织中 1例出现第 5外显子编码区 2 4 1位核苷酸 G/ C变异 ,其对应密码子改变为GAG81CAG,编码氨基酸改变为 Glu81Gln,该氨基酸变异位于 GTP结合的保守功能域内 ,该病例的非癌肝组织以及其余 4 9例的肝癌组织和非癌肝组织均未发生此种改变 ;在 5 0例肝癌组织和非癌肝组织中均出现 5′- UTR(起始密码子前 2 1位核苷酸 ) G/ C变异 ;在获得有效扩增数据的 4 3例肝细胞癌患者中 ,11例有 2～2 97倍的 RIT1基因扩增 ,扩增率为 2 5 .6 %。　结论　基因扩增是 RIT1基因在肝细胞癌的激活方式之一 ,可能与肝细胞癌的发病有关 ,而点突变方式可能意义不大。     

不同选择剪接形式的小鼠Era在大肠杆菌中的表达及纯化

目的:对不同剪接形式的小鼠era基因(mera)进行克隆、原核表达,并进行纯化,检测抗人Era蛋白抗体对于两种剪接形式鼠Era蛋白的特异性,为以后鼠Era蛋白的研究奠定基础。方法:采用两种剪接形式era基因的MBP融合表达载体(pMAL-meraW,pMAL-meraS),在大肠杆菌中进行表达,对其进行纯化,并应用Westernblot鉴定了抗人Era蛋白抗体的特异性。结果:原核表达的MBP-mEraW、MBP-mEraS融合蛋白经过薄层扫描后发现其分别占菌体总蛋白的17%、19%;纯化后的融合蛋白纯度为67%和61%;用抗人Era蛋白抗体进行Westernblot发现抗体特异性较好,适合两种剪接形式的鼠Era蛋白的检测。结论:利用原核系统高效表达了不同剪切形式的鼠era基因,并检测了兔抗人Era蛋白抗体对不同剪接形式鼠Era蛋白的特异性,为以后对鼠era基因的研究奠定了基础。