从血液及腹水中同时检出阿萨希丝孢酵母菌

阿萨希丝孢酵母菌(Trichosporon asahii)为半知菌亚门隐球菌科真菌,是最近几年才由丝孢酵母菌属中新确定的一个种.该菌是导致免疫缺陷患者感染的一种机会致病菌,既可引起表浅部位感染又可伴随血行播散进而导致深部感染,且患者预后极差.     

1株产类胡萝卜素酵母菌种的鉴定

目的 对1株产类胡萝卜素的酵母SWJS-JM1进行菌种鉴定.方法 按照《酵母菌的特征与鉴定手册》对该酵母菌进行形态鉴定及生理生化特性测定,并利用引物V9D和LS266对其基因组DNA进行扩增得到ITS序列,将扩增片段测序并且提交到NCBI网站进行Blast序列比对,分析其序列从而进行分子鉴定.结果 该菌株在酵母膏-蛋白胨-葡萄糖琼脂培养基上形成粉红色至橙红色光滑菌落,无假菌丝、掷孢子及子囊孢子,可同化葡萄糖、蔗糖等多种碳源及NaNO3、NaNO2、盐酸乙胺、盐酸尸胺4种氮源,无乙醇发酵能力.测序得扩增片段长度为1 001 bp.结论 该酵母菌为黏红酵母(Rhodotorula glutinis).     

1株引起皮肤播散型孢子丝菌病的申克孢子丝菌临床分离株的真菌学鉴定

目的:探讨一株引起皮肤播散型孢子丝菌病的申克孢子丝菌临床分离株的真菌学特点,并对其进行鉴定。方法:自1例皮肤播散型孢子丝菌病患者皮损中分离1株菌株,分别以1株固定型孢子丝菌菌株及淋巴管型孢子丝菌菌株作为阳性对照,利用常规真菌形态学方法对其进行鉴定。结果:引起皮肤播散型孢子丝菌病的临床分离株经真菌学鉴定为申克孢子丝菌。结论:引起皮肤播散型孢子丝菌临床分离株经真菌学鉴定为申克孢子丝菌,其在SDA固体培养基及小培养镜下的形态特征与其他类型孢子丝菌菌株基本一致,无法区分。     

IGS1、ITS和D1/D2区在毛孢子菌鉴定中的意义及国内阿萨希毛孢子菌基因分型研究

目的 比较不同DNA区域在毛孢子菌分子学鉴定方面的灵敏性和特异性以及国内临床分离5株阿萨希毛孢子菌(T. Asahii)基因型的研究.方法 用玻璃珠法提取总DNA,用D1/D2(26s)、ITS、IGS1区的特异性引物进行PCR扩增,克隆、测序;用CLUSTAL X 1.83进行比对分析,构建系统发生树并进行基因分型.结果 T. Asahii(CBS2479)、真皮毛孢子菌(T. Dermatis)、赖巴克斯毛孢子菌(T. Laibachii)3株菌D1/D2长度分别为:640、639、637 bp;ITS区长度分别为:541、528、531 bp;IGS1区长度分别为:643、515、411 bp.临床分离5株T. Asahii IGS1区长度均为643 bp.所有毛孢子菌D1/D2区序列相似性为:89%～99%,ITS区为85%～99%,IGS1区为11%～95%.临床分离菌株BZP07001,BZP07002,BZP07004,BZP07005属于基因型Ⅰ,菌株BZP07003属于基因型Ⅳ.结论 在鉴别系统发生关系较近的毛孢子菌时IGS1区序列分析优于D1/D2、ITS区,IGS1区序列分析具有更高的灵敏性和特异性.国内临床分离5株T. Asahii分属基因型Ⅰ和Ⅳ.     

基于26S rDNA D1-D3区序列分析的鸡血藤及其混淆品的分子鉴别

【目的】利用26S rDNA D1-D3区序列差异鉴别鸡血藤及其混淆品。【方法】使用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取鸡血藤及其混淆品的总DNA,选择浓度较高的样品作为模板DNA,对26S rDNA D1-D3区进行PCR扩增、测序和序列比对分析。【结果】获得26S rDNA D1-D3区长约700 bp的序列。比对结果显示,不同产地之间鸡血藤的序列一致率为96%和100%,混淆品与正品比较的序列一致率为80%～96%。在26S rDNA D1-D3区384～472 bp的位置有足够的碱基差异位点用以区分鸡血藤及其混淆品。【结论】26S rDNA D1-D3区序列可以应用于鉴别鸡血藤及其混淆品。     

申克孢子丝菌的随机扩增DNA指纹分型

目的：对申克孢子丝菌进行基因分型研究,探索申克孢子丝菌的基因分型标准。方法：用光镜对2株标准株,4株环境分离株和24株临床分离菌株进行形态特征观察,再用随机扩增DNA指纹方法(RAPD)对DNA进行PCR扩增,根据扩增产物的电泳带型来分析DNA多态性。结果：30株菌株镜下可见2种形态结构;30株申克孢子丝菌的DNA指纹带型不同;多引物聚类分析表明,3条引物可将30株不同地区来源申克孢子丝菌分作11个型。结论：(1)在我国申克孢子丝菌中存在2种不同的形态结构。(2)申克孢子丝菌中存在不同的基因型。(3)RAPD法用于申克孢子丝菌菌株鉴定是一种快速、方便、可行的方法。     

丛生丝孢酵母菌的生物学特性

1 实验资料 2003-09从我院1例无痛性血尿患者尿液中分离出一种酵母样菌,经鉴定确认为丛生丝孢酵母菌(Trichosporon pullulans, T.pullulans)[1].     

两株耐酸耐胆盐人肠源菌株的鉴定及系统发育分析

目的对两株来源于健康人肠道的耐酸耐胆盐菌株R92-2和R111进行鉴定和系统发育分析，以筛选优良的宿主菌株为最终构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌奠定基础。方法表型特征分析后，利用16S rDNA两端的保守序列作为PCR引物，扩增两株菌的16S rDNA序列并测序，测序结果于GenBank中Blastn并构建系统发育树。结果表型特征分析初步鉴定两株菌为乳酸菌。R92-2的16S rDNA序列与Weissella cibaria的16S rDNA序列同源性为100％；R111的16S rDNA序列与Enterococcus faecium的16S rDNA序列同源性为100％。结论R92-2为Weissella cibaria；R111为Enterococcus faeciura。两株菌有望用于构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌。     

应用rDNA ITS测序检测海南岛条件致病性真菌

目的:应用内转录间隔区(ITS)引物建立一种较为敏感、特异检测和鉴定条件致病性真菌的方法,为进一步鉴定不同真菌的种、型的亲缘关系提供分子生物学依据。方法:用常规的真菌检验方法对76份口腔标本做初步鉴定,采用通用引物ITS1、ITS4对可疑真菌菌悬液进行PCR扩增,PCR扩增产物纯化、DNA测序,做序列比对分析。结果:ITS-PCR扩增出种特异的DNA条带,检测菌株76株,DNA测序鉴定出白假丝酵母菌53株(69.7%),其他真菌23株(30.3%)。结论:采用ITS引物测序法,可准确地检测出不同种的条件致病性真菌,并为进一步鉴定菌株的变异性,发现亚种提供基础。     

16S rDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

目的建立细菌16S rDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99%及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株,通过PCR扩增16S rDNA v3-v4区基因片段并进行序列测定,序列与16SpathDB 2.0数据库上已知细菌的16S rDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3-v4序列片段不能明确鉴定细菌时,结合16S rDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16S rDNA v3-v4区序列分析,10株(100%)临床常见菌都能鉴定到种水平,其可靠性大于98.0%。17株不常见菌株中,10株(58.8%)细菌只与1种菌相似性大于98.0%,成功鉴定到单个种水平;6株(35.3%)细菌与不止1种菌的相似比大于98.0%;1株菌与已知菌相似性在96.0%~98.0%之间只能鉴定到属(棒状杆菌)。进一步结合16S rDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析,所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16S rDNA和管家基因序列分析,可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。     

Uncommon characteristics of the structure and development of Trichosporon asahii

Background Trichosporon asahfi （T. asahii） is one of the most important pathogenic fungus in the genus of trichosporon. Although the species identification of T. asahfi was based upon the complicated results of morphologic, biochemical and biologic examination, the morphology characteristic is still the first clue to the species. Some common structures of T. asahfi had been described such as arthrofilaments and arthroconidia, but other important structures of T. asahii were unclear. Methods Six strains of T. asahiiwere incubated on the slant and micro culture of Sabouraud＇s dextrose agar at 30℃ for 7 days. Samples were fixed using 2% paraformaldehyde and 2.5% glutaraldehyde. T. asahfi was observed under scanning electron microscope and transmission electron microscope. Results The detailed characteristics of the diverse sites of germination, as well as some uncommon structures such as giant cell, sarcinate, and club-shaped macroconidia, were presented. The pseudohyphae of T. asahii were noted to produce true hyphae, either along the longitude axis or on the flank. T. asahii was noted to have blastic and thallic conidiation. Digitated branches, trichoid structures and septa inside the spores were detected. Conclusion These results may add our knowledge to the structure and development of T. asahii.     

巢式PCR扩增诊断播散性毛孢子菌病的动物实验研究

目的探讨应用PCR技术诊断播散性毛孢子菌病的可行性.方法建立动物模型后,于接种3、7、14 d分别采集小鼠眶静脉血和肝脏组织标本,进行真菌培养和巢式PCR扩增.结果小鼠静脉接种3、7、14 d后血清培养的阳性率分别为0、20%、0,而巢式PCR的阳性率分别为80%、90%、88.9%;在上述时相点,肝脏组织真菌培养阳性率分别为50%、40%、22.2%,而巢式PCR的阳性率分别为90%、90%、88.9%.血清和肝脏组织真菌培养阳性率与巢式PCR阳性率差异均具有统计学意义(P＜0.05,P＜0.01).结论巢式PCR扩增T. asahii特异性DNA片段,可作为播散性毛孢子菌病的一种特异、灵敏、快捷的早期诊断手段.     

16S rDNA测序鉴定β溶血性G群链球菌

目的 对一起群聚性儿童肾小球肾炎暴发事件中分离到的26株β溶血性G群链球菌进行16S rDNA测序鉴定,探讨该方法在病原学鉴定方面的意义.方法 分别采用API20 Strep生化鉴定系统、部分和全序列测定16S rDNA鉴定26株β溶血性G群链球菌;使用Mega V3.1软件,采用Neighbour-joining 方法和boot-strap test对部分菌株的全序列进行树状图分析.结果 API20 Strep生化鉴定率低,未能鉴定出目的菌;采用16S rDNA测序,结果均为咽峡炎链球菌(S.anginosus),鉴定率大于97%.其中4株G群的全序列树状图分析显示,G群链球菌均与咽峡炎链球菌聚类在同一簇.结论 16S rDNA序列鉴定能提供详细明确的核苷酸信息,能区分G群链球菌不同的种,显示其在菌株鉴定方面的独特优势.     

Pathogenicity of Trichosporon asahii in a murine model of disseminated trichosporonosis

Background In recent years, superficial and deep mycoses caused by trichosporon were occasionally reported. In 2001, we reported the first case of disseminated trichosporonosis caused by Trichosporon asahfi （T. asahii） in China. In this study, the pathogenicity of T. asahii was investigated in a murine model of disseminated trichosporonosis. Methods Seventy-five mice were randomly divided into 7 groups. Each group was inoculated with T. asahii, through intradermal, gastrointestinal tract or intravenous injection. The mice in the experimental groups were given an intraperitoneal injection of cyclophosphamide （CY） to induce granulocytopenia. Mice in the therapeutic group were given both liposomal amphotericin B and fluconazole. The main viscera of the mice were examined by means of tissue culture and pathologic sections. Results In the two intravenous inoculation groups, T. asahfi was isolated from at least one organ in 10 of the 12 granulocytopenic mice and 2 of the 14 immunocompetent mice. Two of the 7 mice in the granulocytopenia group presented with lesions in the inoculation position, but none of the 30 mice in the granulocytopenia and the control group which were inoculated intradermally or through the gastrointestinal tract had viscera infection. In the therapeutic group, the ratio of consequently dead mice, the number of involved viscera, and the incidence of systemic infection were significantly less than the untreated group. Acute purulent inflammation and granulomatous inflammation were the main pathological changes in the course of the infection. Arthrospores and filaments were found in the focus. Conclusions T. asahii is an opportunistic pathogen that causes cutaneous and visceral infections in immunologically impaired hosts. An immunocompetent host was to be infected by the invading T. asahii. Several organs, namely the liver, lungs, kidneys, spleen and heart, were predisposed. The therapy of combining liposomal amphotericin B with fluconazole can prevent the host from an infection and inhibit     

一种条件致病节杆菌的分离与鉴定

目的：对一株分离自慢性皮肤病变的少见细菌进行鉴定。方法：用表型性状，化学分类和16SrDNA测序鉴定并作药敏试验。结果：为专性需氧具有杆-球循环的棒杆力，在无机盐基础培养基上可利用单一有机化合物为碳源进行生长，其肽聚糖型为A3（Lys-Ser-Thr-Ala)，其16SrDNA序列与氧化节杆菌和多色节杆菌极接近，同源性99%以上。结论：此分离菌株属于节杆菌属中的氧化节杆菌群，并可能为一新种。     

新疆传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌的分子生物学鉴定

目的：对新疆阿勒泰牧区哈萨克传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌进行分子生物学鉴定。方法采用 DNA 提取、PCR 扩增、16S rDNA 产物测序和数据分析对该菌株进行系统发育分析鉴定。结果16S rD-NA 产物测序结果通过 Eztaxon 数据库比对,保守基因 rpoA、pheS 的扩增产物通过 NCBI 数据库比对,发酵驼乳中乳酸菌菌株的序列和已报道的乳酸菌菌株16S rDNA、rpoA、pheS 的序列分别用 MEGA 5．2软件进行系统发育分析表明：此菌株（10号）的16S rDNA 序列与 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）、Lactobacillus plantarum subsp． Argentoratensis （DKO 22T ）、Lactobacillus paraplantarum （DSM 10667T ）和 Lactobacillus plantarum subsp． Plantarum （ATCC 14917T ）的相似率分别为100％、99．87％、99．8％和99．74％。结论10号乳酸菌菌种经分子生物学鉴定为 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）。     

suc2基因的克隆及在酵母基因组中的定位突变

目的 克隆酿酒酵母的蔗糖转换酶基因（ｓｕｃ２）,并定位突变酵母基因组中的ｓｕｃ２基因以获得无蔗糖转换酶表达的酵母品系。方法 用ＰＣＲ法从酵母Ｙ１９０基因组中扩增出ｓｕｃ２的成熟肽基因片段,克隆后测序。将色氨酸合成酶（ＴＲＰ）基因片段插入ｓｕｃ２基因中,构建成用于同源重组的ｓｕｃ２基因定位突变载体。导入酵母Ｙ１９０,用营养缺陷筛选出ｓｕｃ２基因突变的克隆。用ＰＣＲ扩增并克隆突变后的ｓｕｃ２基因,用序     

Breakthrough trichosporonosis in patients receiving echinocandins: case report and literature review

Trichosporon species now ranks as the second most common cause of disseminated yeast infections with a high mortality rate. Breakthrough trichosporonosis in patients receiving echinocandins therapy is being recognized recently. We present a case of breakthrough trichosporonosis with acute viral myocarditis while receiving caspofungin therapy. Trichosporon infection should be considered in patients, who have risk factors for invasive fungal infection and develop unexplained clinical manifestations of infection despite treatment with echinocandins.

     

基于高通量测序技术的实验动物沙门氏菌检测方法的建立与评价

目的建立基于高通量测序技术的实验动物沙门氏菌检测方法,应用于实验动物沙门氏菌的检测。方法提取小鼠粪便DNA样本,分别针对16S r DNA区域、23S r DNA区域、16S~23S r DNA IS、23S~5S r DNA IS、gyr B优选区域设计通用引物,对各个引物进行测试分析,优化扩增条件并建库,利用Illumina高通量测序技术检测区分42个样本中的沙门氏菌,评价该方法的特异性和稳定性。结果筛选发现沙门氏菌的菌种分类优选区域为gyr B基因,gyr B基因引物序列为FP5’-AACCACCGCAATCAGACCTT3’,FP5’-AGCCACGAAACCTTCACYA-3’。对引物进行优化,确定最佳扩增条件及样品上样量并正式建库,通过高通量测序和序列分析能检测出42个样品中极微量的沙门氏菌,检测方法稳定,灵敏度高,检测限可达0~102的cfu。结论本实验利用高通量测序技术,建立了一套完整检测实验动物沙门氏菌的生物体系,能检测出实验动物体内极微量的沙门氏菌,检测方法稳定性好,灵敏度高,可沿用至其他种类病原微生物的检测。