啮齿类螺杆菌的分离鉴定

目的对分离自啮齿类实验动物的17株螺杆菌进行鉴定,以期获得生物学、遗传学特性典型的菌株作为模式菌株。方法通过生物学特性、16S rRNA序列测定、系统发育树及超微结构分析,对螺杆菌进行种的鉴定。结果确定所分离的17株菌株分为两大类,其中一类为胆汁螺杆菌(H.bilis);另外一类属于螺杆菌属成员。结论所分离到的菌株分别是胆汁螺杆菌和未鉴定到种的螺杆菌,其中胆汁螺杆菌与ATCC51630模式菌株16SrRNA序列比较,相似性达99.6%,可作为检测用的模式菌株。     

胆汁螺杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立快速、敏感、特异的胆汁螺杆菌(Helicobacter bilis,H.bilis)TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法,对胆汁螺杆菌进行定量检测。方法 PCR扩增H.bilis保守基因P17序列全长ORF435 bp,进行TA克隆,构建质粒标准品pMD-HBP17。通过对pMD-HBP17标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性及重复性;用所建立的qPCR方法检测77份临床样品,并与普通PCR的检测结果作比对。结果 所建立的qPCR检测方法,质粒DNA浓度在10⁸~10¹拷贝之间表现出较好的线性和相关性,所得标准曲线的斜率为-3.46,相关系数为0.999,检测灵敏度达到20个拷贝,对77份临床样品的检出率为14.3%,较普通PCR(7.8%)的检出率高。结论 建立的H.bilis qPCR检测方法特异性好、敏感性高、稳定性强,可用于胆汁螺杆菌的定量及定性检测。     

儿童血流感染多重PCR检测方法的建立

目的：探索建立一种可快速鉴定儿童血流感染常见病原菌的多重PCR体系。方法通过16S rD－NA－PCR筛选出7种引起血流感染的常见病原菌,并针对这些病原菌设计特异性引物组合成多重PCR系统,检测该系统的特异性和敏感性;将该体系的检测结果与血培养及16S rDNA－PCR比较。结果该体系可以扩增出7种病原菌的特异性基因片段,病原菌检出率高于血培养且与16S rDNA－PCR差异无统计学意义,敏感性和特异性良好。结论本研究建立的多重PCR方法可快速、准确地鉴定引起儿童血流感染的常见病原菌,可作为快速检测方法在临床实验室中应用。     

幽门螺杆菌cagA基因 PCR检测方法初探

目的 建立敏感性高的幽门螺杆菌菌株cagA基因PCR检测方法,为客观评价CagA在我国幽门螺杆菌感染致病中的作用提供基础。方法 通过分析比较GenBank中已知的cagA基因序列,设计了一对针对cagA基因保守序列,可扩增297bp片段的PCR引物,用PCR方法检测幽门螺杆菌的cagA基因,与SDS-PAGE检测CagA蛋白的结果进行比较。结果 PCR检测82株国内幽门螺菌杆菌的cagA基因,77株为cagA阳性,阳性率为93.9%,SDS-PAGE显示包括所有PCR扩增阴性菌株在内的74株幽门螺杆菌均表达CagA,阳性率为100%,PCR检测cagA基因的敏感性为93.2%。结论 建立了敏感性高的幽门螺杆菌cagA基因PCR检测方法。     

多重PCR鉴定伤口中3种致病菌方法的建立

目的应用多重PCR技术,建立一种快速、准确检测伤口中金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、大肠杆菌等3种常见致病菌的方法。方法根据Gene Bank中3种致病菌的序列分别设计特异性引物,优化该反应体系的同时,对该方法的特异性、敏感性和稳定性进行测试。结果经过优化的PCR体系可准确地鉴定出3种目的菌,且检测方法特异性强,灵敏度高。结论该方法操作简单,能显著缩短检测时间,具有较理想的应用前景。     

十三种致病菌多重PCR技术检测

目的探讨致病菌多重PCR检测方法。方法利用13种在突发公共事件中可能出现在饮用水水源水体中的致病细菌的特异性序列为靶序列,设计了14对特异性引物并分成3组进行多重PCR反应,建立并优化了多重PCR检测体系。结果通过实验确定适宜的退火温度为66~68℃;3组检测引物的添加比例分别为:第1组引物添加比例为Shi∶Sa∶O157∶Ec∶Sen=1∶1∶1∶2∶3~1∶1∶1∶3∶4,第2组引物添加比例为Lm∶Lp∶Kp∶Hp=1∶1∶4∶1,而第3组引物添加比例为MT∶VC∶BA∶YP∶16S=8∶1∶8∶4∶4;混合引物的用量为0.6~0.8μL。多重PCR的基因组DNA检测灵敏度可达到2×10-2ng/μL;配合浓缩集菌设备,使用研究中建立的多重PCR体系,肠炎沙门菌培养液的检测下限可以达到103cfu/mL。结论该多重PCR检测方法操作简单,速度快,灵敏度高,稳定性和重复性好,具有较广阔的应用前景和较大的经济与社会效益。     

食品中幽门螺杆菌荧光PCR快速检测方法的建立及评价

目的:建立一种快速、特异、灵敏的幽门螺杆菌检测方法,并对方法进行评价,为快速、准确、有效检测幽门螺杆菌方法的建立提供依据.方法:以尿素酶基因序列为靶位点,用Primer Express 3.0软件设计引物及探针,经Blast软件对相似序列搜索后,筛选出一套最优与常见致病菌无交叉反应的引物;分别用食品中常见致病菌大肠杆菌...     

多重PCR结合毛细管电泳检测儿童呼吸道病原体方法的建立及应用

目的：建立肺炎支原体（Mycoplasma pneumoniae,MP）、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus,S.au）、肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae,KP）、铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa,P.Ae）、阴沟杆菌（Enterobacter cloacae,Ecl）、白色假丝酵母菌（Candida albicans,Cal）、鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii,Aba）7种儿童呼吸道病原体多重PCR结合毛细管电泳法检测体系。方法：随机收集南京市儿童医院2020年11—12月266例儿童呼吸道病原体样本,针对MP、S.au、KP、P.Ae、Ecl、Cal、Aba保守序列设计特异性引物,设计并优化多重PCR结合毛细管电泳检测体系;将该检测结果与细菌培养以及荧光定量PCR比对,评估该方法的检测性能（灵敏度、特异度）。结果：所设计引物可以特异性扩增出呼吸道病原体;多重PCR结合毛细管电泳检测体系检出敏感性高;与其他呼吸道感染病原体未出现交叉反应,无明显的非特异峰,特异性较好。结论：成功建立一种能够快速筛查7种常见儿童呼吸道病原体的多重PCR结合毛细管电泳的检测方法。     

应用多重PCR检测细菌性阴道炎支原体

目的探讨多重PCR在检测细菌性阴道炎（BV）患者中3种常见支原体的应用价值,为生殖道支原体感染的监测和快速诊断提供理论依据。方法提取泌尿生殖道标本中解脲脲原体（Uu）、生殖支原体（Mg）、人型支原体（Mh）DNA,多重PCR扩增目的基因,电泳检测扩增产物。结果在31份BV标本中检测Uu阳性标本16例,Mg阳性标本4例,Mh13例。其中6例为Uu和Mh感染,1例为Uu和Mg感染。结论本研究初步验证了多重PCR技术能应用于BV标本3种常见支原体的快速检测,可望成为临床诊断与疾病监测的理想方法。     

实验动物皮肤病原真菌多重PCR检测方法的建立与初步应用

目的 建立石膏样毛癣菌(Tm)、石膏样小孢子菌(Mg)、犬小孢子菌(Mc)和猴类毛癣菌(Am)的多重PCR检测方法,用于实验动物皮肤病原真菌的快速检测。方法 根据Genbank公布的四种皮肤病原真菌的18S-28S rRNA序列设计特异性引物,通过引物、dNTP、TaqDNA聚合酶浓度及退火温度和时间的优化,建立四种皮肤病原真菌的多重PCR体系。经特异性和敏感性检验后,对15份人工感染真菌大鼠毛和260份实验动物毛发样本进行检测。结果 所建多重PCR方法能够有效区分四种皮肤病原真菌,产生192 bp(Tm)、460 bp(Mg)、290 bp(Mc)和602 bp(As)的目的片段,最低检测限分别为5.9 pg/μL、6.6 pg/μL、9.5 pg/μL和5.1 pg/μL。被检的15份人工感染样本扩增结果准确,260份毛发样本中未检测出四种真菌。结论 所建立的多重PCR方法能够同时对实验动物中的四种皮肤病原真菌进行快速的检测,具有较高的应用价值。     

Establishment of Multiplex PCR for Simultaneous Detection of Four Venereal Pathogens

Venereal diseases are considered to be the most prevalent infectious diseases in the worldwide.China is now faced with a year-by-year increasing incidence of sexually transmitted diseases (STD),which are spreading from high-risk groups to the general population.Neisseria gonorrhoeae,Chlamydia trachomatis,Ureaplasma urealyticum and herpes simplex virus-2 (HSV-2) are always regarded as the most common venereal pathogens.The "golden standard" for testing Neisseria gonorrhoeae remains to be bacteria culture or microscopic examination.The sensitivity of these testing methods,however,is seriously influenced by some factors.High-quality specimen as well as fast inspection is required considering the poor viability of Neisseria gonorrhoeae in vitro.Furthermore,misuse and overuse of antibiotics can also contribute to atypical symptoms which also reduce the sensitivity of conventional methods mentioned above.Thus,common PCR and fluorogenic quantitative PCR have played the role of routine screening methods[1-2].     

单管多重PCR鉴定HPV基因型方法的建立和临床评价

目的建立单管多重PCR鉴定低危和高危乳突瘤病毒（HPV）的方法以及用临床标本对该方法进行评价。方法设计HPV基因型特异的引物,在一个PCR反应管中PCR扩增来自上皮细胞提取的DNA,然后用毛细管电泳对PCR产物进行分离,根据扩增产物的大小确定相应的HPV基因型。对不同病理期的1094份临床宫颈标本和对照进行了分析。结果一共鉴定了16个HPV基因型,即HPV16,58,52,51,56,31,18,39,66,59,6,33,30,35,45和11。该方法具有高度的灵敏性和可重复性。同对照相比,未知重要意义的非典型鳞状细胞（ASCUS）、低级别表皮内损伤（LSILs）、高级别的表皮内损伤（HSILs）标本HPV检出阳性率分别为60．5％、77．1％和82．2％,而对照为14．4％,其中在HSILs标本HPV16和HPV58检出率最高,并与细胞恶性程度呈正相关。结论单管多重PCR鉴定HPV的方法是稳定的,且可以用于HPV的流行病学的调查。     

小型猪微卫星标记多重PCR体系的建立与应用

目的 建立实验用小型猪微卫星标记的多重PCR体系和进行实验猪群的遗传监测. 方法利用3种不同荧光标记的微卫星引物结合ABI3700 遗传分析仪测序的方法,通过筛选和优化反应条件,建立可用于实验用小型猪遗传质量控制的稳定的多重PCR反应体系.在此基础上进一步检测实验用小型猪近交群体的遗传变异以验证建立体系的效率.结果 筛选出了2组理想的组合:组合1包括SW742、S0228和S0218座位,复性温度58℃和56℃;组合2包括S0155、SW902和S0227三个座位,复性温度为60℃和58℃.组合内不同座位标记不同的荧光染料.还以此检测了实验用小型猪群体中的遗传变异.结论 初步建立了中国三种实验用小型猪微卫星标记检测的多重PCR体系, 为快速、大通量、准确的小型猪遗传监测提供了初步的技术基础.     

猴D型反转录病毒巢式PCR检测方法的建立

目的建立SRV-1巢式PCR检测方法并进行初步应用。方法针对SRV-1env基因的保守区序列,设计特异性引物,以感染SRV-1 Raji细胞提取出的含有前病毒DNA的基因组DNA为模板,进行巢式PCR反应。扩增产物测序后与GenBank报道的序列进行同源比对。将DNA样本进行10倍梯度稀释,以检测巢式PCR反应的灵敏度。使用该方法对正常Raji细胞以及感染SIV、STLV的外周血淋巴细胞DNA样本进行扩增,检测该方法的特异性。用建立的巢式PCR方法检测40份储存猴血标本。结果使用巢式PCR扩增出的特异片段经测序分析,结果证实与GenBank报道的序列一致。所建立的巢式PCR检测法检测限度可达1.5×10-3ng/μL,而且方法特异。用此方法检测40份猴血标本,未检测到阳性标本。结论初步建立SRV-1的巢式PCR检测方法,该方法灵敏、特异,为SRV-1的检测提供了一个快速、有效的手段。     

猴腺病毒(SAdV)PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立SAdV特异的PCR检测方法并研究实验猴群和猴源性生物制品中SAdV感染或污染情况。方法比对分析多株SAdV序列,设计SAdV特异引物,优化PCR实验条件,建立的PCR方法经验证后检测实验猴群和猴源性生物制品,阳性产物测序并构建进化树。结果经特异性和敏感性鉴定,在设计的5对引物中确定一对最佳引物,可以区分SAdV和MAD,ICH,CELO且可以检测到的最小DNA量为47.9 pg/mL。PCR方法检测实验猴群,阳性率49.2%,测序及进化分析表明,SAdV感染型别呈广泛基因多样性。主要分布在G亚属和以SAdV-49为代表的分支。结论经测序验证,PCR检测方法具有很好准确性,初步应用表明我国实验猴群中SAdV高度流行,应加强实验猴群及相关生物制品中SAdV的监测,避免人类感染SAdV的潜在风险。     

猴B病毒PCR检测方法的建立

目的　建立检测猴血B病毒的PCR方法。方法　根据MakotoH报道的引物 ,用PCR方法直接扩增猴血B病毒及扩增经Vero细胞培养后的猴血B病毒 ,扩增产物连于pGEM T载体。结果　这四对引物可同时对猴血B病毒及经Vero细胞培养后的猴血B病毒进行扩增 ,扩增结果一致 ,对扩增片段克隆测序的结果证实 ,其与美国猴B病毒E2 4 90株同源性为 10 0 %。结论　建立了从血样中直接检测猴B病毒DNA的PCR方法。     

多重PcR检测社区获得性肺炎患者中的病原体

目的评价多重PCR在快速诊断社区获得性肺炎病原体中的作用。方法提取痰液标本中的DNA，扩增病原体DNA后电泳并观察其结果，同时给予普通PCR或分离培养作为对照。结果成功检测出32例感染者，与普通PCR符合率达100％，敏感性高于分离培养。结论多重PCR能高通量、快速诊断病原体，值得临床进一步推广。     

先天致畸病原体感染多重PCR检测方法的建立

目的：建立先天多种病原体（ＴＯＲＣＨ）感染的多重ＰＣＲ诊断方法。方法：选择弓形虫、巨细胞病毒、Ⅰ型和Ⅱ型单纯疱疹病毒特异性基因片段,按照多重ＰＣＲ引物设计的特殊要求,各设计一对引物,以四种病原体标准株为模板进行扩增。找出各病原体最佳扩增条件,再进行综合分析,最终找到一个理想的多得扩增条件,结果：各病原体扩增片段及多重ＰＣＲ扩增条带均清晰、均一,产量较高,无非特异扩增,片段长度与理论值一致;ＤＮＡ测     

荧光定量PCR检测土拨鼠肝炎病毒核酸方法的建立

目的建立土拨鼠肝炎病毒(woodchuck hepatitis virus,WHV)核酸的荧光定量PCR(Real-time PCR)检测方法,应用于土拨鼠肝炎病毒模型的研究。方法分别根据土拨鼠肝炎病毒核心抗原(WHcAg)和表面抗原(WHsAg)的DNA序列设计13对扩增引物,从中筛选无非特异性扩增及引物二聚体且灵敏度高的引物,用于土拨鼠血清中WHV DNA的Real-time PCR检测。建立感染土拨鼠肝炎病毒的土拨鼠血清中WHV核酸的Real-timePCR检测方法。结果根据WHsAg基因的5’端设计的一对引物WHVSF1与WHVSR1,检测灵敏度可达1×101拷贝/μL,病毒拷贝数与Real-time PCR Ct值的标准曲线的R2值为0.997,且电泳未见明显非特异性条带及引物二聚体。结论建立了土拨鼠血清中WHV DNA的Real-time PCR检测方法,该方法为进一步研究土拨鼠肝炎病毒模型奠定了基础。