抑制性消减杂交技术研究进展

基因的选择性表达决定了生命活动的多样性和复杂性，如机体的生长、发育、衰老和死亡及疾病的发生、发展等。对细胞基因表达的差异进行研究，有助于了解生命活动的规律、揭示疾病发生发展的分子机制。近年来随着PCR技术的发展，先后产生了几种PCR选择相关的克隆差异表达基因的方法，如mRNA差异显示技术(mRNA differential display     

应用抑制性差减杂交技术克隆小鼠胸腺细胞发育相关新基因

目的:克隆胸腺细胞发育相关新基因.方法:应用抑制性差减杂交技术(suppression subtractive hybridization, SSH),构建了胸腺基质细胞系cDNA差减杂交文库,结合RACE及RT-PCR进一步克隆并验证新基因的cDNA全长序列.结果:筛选两个不同胸腺基质细胞系的差异表达基因,获得了差异表达的cDNA片段,克隆后挑选阳性克隆进行测序,成功克隆8个新基因片段.对其中两个新基因克隆C55和C91进行Northern杂交分析,mRNA转录体长度分别为1.4 kb及1.5 kb,C55的表达在两种胸腺基质细胞系中存在显著差异.进一步克隆了C55和C91两个新基因的cDNA全长序列,已被GenBank所接受.结论:抑制性差减杂交技术是克隆新基因片段的有效方法;成功克隆8个新基因片段及两个新基因的cDNA全长序列.     

利用抑制性消减杂交技术筛选大鼠哮喘相关基因

目的:利用哮喘大鼠模型筛选与哮喘发病相关的差异性表达基因.方法:采用抑制性消减杂交技术,以哮喘大鼠肺组织总RNA为检验子,对照大鼠肺组织总RNA为驱赶子,将消减杂交获得的DNA片断与pGEM-T Easy Vector连接,构建cDNA文库后,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆.将获得的阳性克隆插入片段进行测序分析,测序结果与GenBank数据库中cDNA和EST序列进行相似性比对,获得差异性表达基因的信息.结果:扩增消减cDNA文库获得300余个白色克隆,随即挑选36个测序,除去重复序列,结果中含有已知的基因4 个,ESTs 2个及与任何序列无同源性的新基因片段3个.结论:成功构建了哮喘大鼠肺脏差异性表达基因的正向消减cDNA文库,筛选出数个与哮喘相关的差异表达基因.     

应用抑制性消减杂交技术筛选成骨肉瘤转移相关基因

目的：探讨与人成骨肉瘤转移相关的基因表达变化．方法：通过抑制性消减杂交技术从一对同一亲本、转移表型不同的人成骨肉瘤细胞株中分别提取细胞总RNA，筛选差异表达基因并测序，将结果与核酸数据库进行同源性比较．结果：获得12个在低转移成骨肉瘤中高表达的、均与已知的人类基因片段有很高同源性的核甘酸片段．结论：差异表达的基因可能与成骨肉瘤细胞转移生物学特性呈密切相关，特别是在维持肿瘤细胞自身稳定、防止转移中起重要作用．     

利用抑制性消减杂交技术筛选大鼠哮喘相关基因

目的：利用哮喘大鼠模型筛选与哮喘发病相关的差异性表达基因。方法：采用抑制性消减杂交技术,以哮喘大鼠肺组织总RNA为检验子,对照大鼠肺组织总RNA为驱赶子,将消减杂交获得的DNA片断与pGEM—TEasyVector连接,构建cDNA文库后,转化大肠杆菌DH5a,筛选阳性克隆。将获得的阳性克隆插入片段进行测序分析,测序结果与GenBank数据库中cDNA和EST序列进行相似性比对,获得差异性表达基因的信息。结果：扩增消减cDNA文库获得300余个白色克隆,随即挑选36个测序,除去重复序列,结果中含有已知的基因4个,ESTs2个及与任何序列无同源性的新基因片段3个。结论：成功构建了哮喘大鼠肺脏差异性表达基因的正向消减cDNA文库,筛选出数个与哮喘相关的差异表达基因。     

应用抑制消减杂交技术筛选颞叶癫痫的相关基因

目的 构建颞叶癫痫大鼠海马组织差异表达基因的消减cDNA 文库,筛选颞叶癫痫的差异基因。方法 采用抑制消减杂交方法,以正常大鼠和癫痫大鼠的海马组织作为对比材料,分离组织中差异表达基因的cDNA 片段,将其与T载体进行T/A连接构建文库,将连接产物转化大肠杆菌进行文库扩增后,随机挑取100个白色克隆,用菌落PCR法筛选差异基因克隆,并进行测序分析。结果 获得14个在癫痫大鼠海马组织中有差异表达,并与大鼠的已知基因片段高度同源的基因。 结论 抑制消减杂交技术是一种高效的筛选差异表达基因的方法,颞叶癫痫大鼠海马组织中存在许多差异表达基因,为深入研究癫痫发病的分子机制提供重要线索。     

用抑制性消减杂交方法筛选人肾癌相关基因

目的 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌差异表达基因文库并进行差异表达基因筛选.方法 以肾癌细胞株RLC-310和肾近曲小管细胞株HK-2互为实验组和对照组,提取mRNA,应用抑制性消减杂交技术进行正反两向消减杂交,获得人肾癌细胞差异表达基因文库,结合反向Northern斑点印迹杂交,筛选差异基因克隆,并进行测序分析.结果 正向和反向文库共包含1200多个阳性克隆,经斑点杂交筛选后,对213个差异克隆进行测序并经BLAST分析,得到144个差异表达基因,与肾癌相关的高表达基因67个,低表达基因77个,其中新EST 14个,未知功能基因21个;对测序基因进行聚类分析发现与细胞生长、黏附、凋亡等肿瘤细胞生物学行为相关.结论 该文库质量可靠,所筛选出的差异基因和新的基因为进一步筛选肾癌特异性相关基因,绘制肾癌差异基因表达谱,最终阐明肾癌发生、发展、转移机制提供了实验材料和研究靶点.     

基因组消减杂交技术筛选肾透明细胞癌转移相关甲基化基因

目的:筛选能够早期诊断和预测肾透明细胞癌转移相关基因的甲基化生物标志.方法:应用本室从临床新鲜组织标本体外培养建立的低转移性和高转移性肾透明细胞癌细胞株,病理学鉴定后提取基因组DNA,应用3轮NotⅠ基因组消减杂交的方法富集差异甲基化序列,差异序列连接载体,转化宿主菌和α筛选后,选取40个序列进行测序,应用生物信息学分析确定启动子CpG岛甲基化序列,并对未知基因功能进行预测.结果:DNA测序后获得了27个单一克隆在高转移和低转移性肾透明细胞癌基因组中存在甲基化差异;其中5个序列具有CpG岛,其中2个对应于基因MYADM和LOC646024的启动子区.MYADM与血细胞成熟、干细胞再生有关;而LOC646024与NK细胞抗肿瘤相关的UL16结合蛋白1有85%的相似度.结论:本研究从不同转移能力的中国人肾透明细胞癌基因组中获得多种转移相关性的新甲基化序列,发现MYADM和LOC646024候选基因与肾癌转移相关.     

抑制性消减杂交技术在肿瘤相关基因克隆中的应用及发展

高等真核生物约含有 3万个不同基因 ,但在生物体的发育过程中只有 15 %的基因得以表达 ,而这大约 4 5 0 0个基因的表达是按时间和空间顺序有序地进行着 ,这种表达方式即为基因的差别表达。获取差异表达的基因将有助于了解正常生理变化和病理改变的分子机制 ,为基因诊断、基因治疗等提供新的视野。因此人们建立了一系列差异基因克隆技术。如消减杂交 (subtractive hybridization)、m RNA差异显示法(m RNA differential display或 DDRT- PCR) [1 ]、代表性差异分析 (represential display analysis,RDA) [2 ] ,用这些方法也克隆出一些…     

应用抑制消减杂交技术构建哮喘病人嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库

目的构建哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法采用新近建立的抑制消减杂交方法,哮喘治疗前后的嗜酸细胞为试验和对比材料,分离哮喘病人嗜酸细胞中差异表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T／A连接构建文库,将连接产物用氯化钙转化法转化大肠杆菌进行文库扩增和蓝白斑筛选,随机挑取100个白色克隆用菌落PCR进行鉴定。结果扩增消减cDNA文库获得3000余个白色阳性克隆,随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增,90％的克隆中均有200～600bp的插入片段,这些片段可能是哮喘嗜酸细胞差异表达基因的cDNA片段。结论用SSH法及T／A克隆技术成功构建了哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选、克隆哮喘病人嗜酸细胞差异表达的新基因奠定了基础。     

家族性急性髓系白血病差异表达基因的筛选与鉴定

目的分离家族性急性髓系白血病患者骨髓中差异表达的基因,在基因水平上探讨急性白血病发生发展的分子机制。方法应用Super SMART和抑制性消减杂交（SSH）技术,构建家族性急性髓系白血病cDNA消减文库;应用差异筛选技术进行差异表达片段的筛选与鉴定;测序结果进行BLAST同源性比对分析。结果成功构建了家族性急性髓系白血病cDNA消减文库;克隆、筛选并鉴定了17条基因片段,与已知基因同源,11条为未知基因片段。结论SSH技术是筛选差异表达基因的有效方法;获得多个与细胞增殖和分化相关的已知基因;获得11条新基因EST片段,并被GenBank收录。     

应用抑制性消减杂交筛选失血性休克所致大鼠心肌差异表达基因

目的：失血性休克可导致大鼠心肌的缺血，缺氧，进而对心肌细胞造成严重损伤，本实验将利用抑制性消减杂交技术（Suppression subtractive hybridization SSH)研究失血性休克大鼠心肌的差异表达基因，以期通过基因线索寻找其损伤机制，方法：建立失血性休克大鼠模型，选其心肌，提取总RNA，构建cDNA文库，应用抑制性消减杂交技术筛选其差异表达基因，通过反向Northern杂交验证差异表达基因阳性克隆，并进行测序分析，登陆Genbank寻找同源性基因。结果：获得42个阳性结果，25个为高表达基因，17个为低表达基因，其中发现5个新的cDNA片段，结论：SSH技术是一种高效的筛选差异基因的方法，本实验发现失血性休克可导致大鼠45S rDNA基因转录起始区域，鼠半胱氨酸富含蛋白61及鼠血清诱导激酶等基因的差异表达，今后的工作中我们将进一步研究它们与失血性休克所致损伤的关系。     

Identification of differentially expressed genes in omental adipose tissues of obese patients by suppression subtractive hybridization

To identify differentially expressed genes between obese individuals and normal control, we have undertaken suppression subtractive hybridization （SSH）. Omental adipose tissues were obtained via abdominal surgery for appendicitis in both 13 obese subjects[BMI （body mass index） 〉 30 kg/m（2）] and 13 normal subjects （BMI 〉 18 and 〈 25 kg/m（2））.     

应用抑制消减杂交技术构建肝癌差异表达基因消减cDNA文库

目的 构建肝癌及癌旁肝细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法 采用新近建立的抑制消减杂交方法,以肝癌组织及癌旁肝组织作为对比材料,分离肝癌组织中差异表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T／A连接构建文库,将连接产物用电穿孔法转化大肠杆菌进行文库扩半后,随机挑取100个白色克隆及菌落PCR进行鉴定。结果 扩增消减cDNA文库获得3000余个白色阳性克隆,随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增,95％的克隆中均有100－600bp的插入片段,这些片段可能是肝癌差异表达基因的cDNA片段。结论 用SSH法及T／A克隆技术成功构建了肝癌与癌旁肝组织差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选,克隆肝癌差异表达的新基因奠定了基础。     

幽门螺杆菌对甲硝唑耐药相关基因片段的筛选及克隆分析

目的:筛选幽门螺杆菌(Hp)对甲硝唑耐药相关基因片段。方法:以5株临床分离的耐药株作为被检菌,1株敏感株作为参考菌,采用抑制差减杂交技术进行基因组差异研究,获取Hp对甲硝唑耐药相关的基因片段,并以斑点杂交方法对所获的基因片段进行了杂交鉴定。结果:在获得的差减阳性克隆中,经斑点杂交筛选后共有37个基因片段的拷贝数在耐药和敏感菌株中存在差异(2倍以上),而其中17个片段其拷贝数存在明显差异(3倍以上)。对以上17个差异片段进行单向测序,根据最高同源性比对结果,分别代表二肽ABC载体渗透酶(dppB)、二肽ABC载体结合蛋白(dppA)等10个基因的同源基因片段在耐药株中存在高拷贝数。结论:所获得的10个差异基因片段可能与幽门螺杆菌对甲硝唑耐药相关。     

Identification of differentially expressed genes in anagen dermal papilla by suppression subtractive hybridization

Background We constructed a cDNA subtractive library of dermal papilla cells (DPCs) in anagen with suppression subtractive hybridization (SSH) technique and clone differentially expressed genes related to DPCs in anagen. Methods Total mRNA was isolated from DPCs of anagen and telogen follicles. Moreover, singlestrand (ss) and double-strand (ds) cDNAs were synthesized in turn using SMART PCR cDNA synthesis technology, ds cDNAs then were digested with Rsa I and divided into two groups, and ligated to the specific adaptor 1 and adaptor 2R, respectively. After cDNAs were hybridized with each other twice and underwent two rounds of nested PCR. PCR products were ligated with arms of T/A plasmid vectors to set up the subtractive library. Selected clones were demonstrated by reverse Northern blot and sequenced. The acquired sequence data were aligned against the Genbank nucleotide database. Results cDNA subtractive library of DPCs in anagen follicles was set up successfully with high subtractive efficiency, Thirty-five genes were identified in this study with 22 known functional genesand 13 unknown functional genes. Conclusions All results confirm the effectiveness and sensitivity of SSH in detecting differentially expressed genes from a small amount of clinical samples. Information about such alterations in gene expression could be useful for elucidating the genetic events in hair follicle growth regulation.     

高密度cDNA微阵列技术检测乳腺癌差异表达基因

目的 描绘乳腺癌的基因差异表达谱，以寻找乳腺癌新的肿瘤相关候选基因和分子标志。方法 用含14000个cDNA克隆的表达微阵列检测乳腺癌组织、乳腺癌旁组织及乳腺非癌组织的mRNA表达，并分析其表达的差异。结果 乳腺癌组织与乳腺非癌组织比较有80个差异表达基因，乳腺癌组织与乳腺癌旁组织比较有57个差异表达基因，乳腺癌旁组织与乳腺非癌组织比较有29个差异表达基因，在乳腺癌组织与乳腺非癌组织和乳腺癌旁组织比较中有14个差异表达基因是一致的。结论 用微阵列技术对乳腺癌的肿瘤相关基因和分子标志作初步探索，为了解中国女性乳腺癌发生发展的分子机制、发展新的诊断和治疗手段提供了信息。