基于网络药理学探究当归补血汤治疗肺纤维化的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接研究当归补血汤治疗肺纤维化的有效成分及其作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索当归补血汤的活性成分及其对应靶点,分别运用GeneCards数据库和DisGeNET数据库搜索肺纤维化相关靶点,将药物有效分成分和疾病靶点取交集得到核心靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-疾病-靶点网络,使用R语言ClusteProfiler程序包对核心靶点分别行GO富集分析和KEGG通路富集分析,对KEGG通路构建药物-成分-靶点-通路图,用Autodock Vina对核心靶点和药物活性成分行分子对接验证,预测二者之间的相互作用。结果：获得当归补血汤中22种有效活性成分,115个潜在靶点,其中与肺纤维化密切相关的重要成分为β-谷甾醇和槲皮素,核心靶点BCL2、CHRM3、PLAU、HSP90AA1和PRKCA,通过GO功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析发现,这些核心靶点主要参与PI3K-Akt信号通路等。通过分子对接验证表明部分活性成分与核心靶点之间具有良好的结合性。结论：系统阐述了当归补血汤治疗肺纤维化的潜在药理机制,...     

基于网络药理学探讨石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄芪建中汤治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制研究

背景 肠易激综合征（IBS）是一种常见的复杂性功能性胃肠病，临床治疗效果欠佳。中药黄芪建中汤治疗腹泻型肠易激综合征（IBS-D）临床运用普遍且疗效肯定，但确切机制尚不十分明确，相关研究亦不多见。 目的 通过运用网络药理学和分子对接技术，初步探讨黄芪建中汤治疗IBS-D的潜在作用机制。 方法 通过TCMSP数据库获取黄芪建中汤的活性成分和潜在作用靶点，利用GeneCards、OMIM、TTD、Drug Bank、PharmGKB数据库获取IBS-D靶点，对疾病靶点和药物靶点取交集，获取黄芪建中汤治疗IBS-D的潜在靶点。使用Cytoscape软件、String数据库、Metascape数据库分别绘制"药材-活性成分-靶点"网络图、构建蛋白相互作用（PPI）网络和基因本体论（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析，利用AutoDock Vina和PyMOL进行分子对接和结果的可视化。 结果 最终得到黄芪建中汤活性成分123个，潜在靶点247个，IBS-D相关靶点3 486个，药物与疾病的交集靶点180个。GO功能富集分析中生物过程得到2 376个条目，分子功能得到194个条目，细胞成分得到115个条目；KEGG信号通路富集分析获得丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、核因子κB（NF-κB）信号通路、cAMP信号通路、雌激素信号通路等通路。分子对接显示，黄芪建中汤治疗IBS-D的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、刺芒柄花素、豆甾醇、毛蕊异黄酮、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇与核心蛋白丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、细胞肿瘤抗原p53（TP53）、肿瘤坏死因子（TNF）、白介素（IL）-6、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、IL-1B、表皮生长因子受体（EGFR）、连环蛋白β1（CTNNB1）有较好的结合性。 结论 黄芪建中汤可能通过增强肠屏障功能、降低内脏敏感性、减轻炎性反应、调节肠道菌群起到治疗IBS-D的作用。     

基于网络药理学研究抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变的潜在机制

目的 利用网络药理学及分子对接技术分析抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变的作用机制。方法通过TCMSP、HERB数据库筛选出抵当芪桂汤的有效成分;使用UniProt数据库下载相关基因靶点。通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGKB、DrugBank数据库筛选出糖尿病周围神经病变的基因靶点;取抵当芪桂汤药物成分与糖尿病周围神经病变的交集靶点,根据交集靶点进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢通路分析;通过分子对接实验进行验证。结果 筛选得到抵当芪桂汤有效化合物123个,药物与疾病的交集靶点214个,通过网络图分析得到抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变有效药物成分为槲皮素（quercetin）、熊果酸（ursolic acid）、D-甘露醇（D-mannitol）、山柰酚（kaempferol）等,有效基因靶点为SRC、STAT3、MAPK3、PIK3CA、MAPK1和AKT1等,主要涉及通路为PI3K-AKT信号通路、脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症、内分泌抵抗、HIF-1信号通路等;分子对接结果表明：槲...     

基于网络药理学和分子对接探讨二仙汤治疗卵巢早衰的作用机制

目的：对二仙汤治疗卵巢早衰（premature ovarian failure,POF）作用机制进行探讨。方法：基于网络药理学和分子对接的方法,通过检索TCMSP数据库获取二仙汤中各药物的活性成分;通过Gene Cards、OMIM、Pharm Gkb和Drugbank数据库收集卵巢早衰疾病靶点,将活性成分与疾病基因靶点取交集,得到二仙汤治疗卵巢早衰的预测靶点。采用Cytoscape 3.8.0构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;通过STRING数据库和Cytoscape构建蛋白互作网络（PPI）及精简核心网络;运用R Studio软件对二仙汤治疗POF进行GO富集和KEGG通路富集分析。采用分子对接技术对“药物-成分-靶点-疾病”网络结果进行验证。结果：筛选出68个主要活性成分,涉及182个基因靶点,其中主要活性成分包括槲皮素（Quercetin）、木犀草素（Luteolin）、山柰酚（Kaempferol）等;核心靶点基因包括RB1、TP53、FOS、CDKN1A、ESR1、AKT1、MAPK1、TNF等;富集到GO生物过程（biological process,BP）2545条、...     

基于黄芩汤治疗结直肠癌作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌（CRC）的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传（OMIM）、药物遗传学和药物基因组学知识库（PharmGKB）等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作（PPI）网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果：筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

网络药理学常见不同富集方法比较研究——以当归补血汤治疗贫血为例

目的:以当归补血汤治疗贫血为例比较常见网络药理学不同富集方法的差异,并对当归补血汤的活性成分和核心靶点进行分子对接,为后续网络药理学研究提供参考。方法:从TCMSP数据库、Uni Prot数据库、Gene Cards数据库获取当归补血汤活性成分、作用靶点及贫血相关靶点,用在线Venny 2.1.0平台对活性成分作用靶点和贫血靶点取交集,用Cytoscape 3.7.1绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络。交集靶点导入STRING蛋白互作数据库构建PPI网络,取DC值的2倍中位数得到核心靶点。使用Auto Dock软件对活性成分和核心靶点进行分子对接、验证成分和靶点的结合性。用Metascape数据库、DAVID数据库、Cytoscape软件的Glue GO插件及R语言的“cluster Profiler”程序包对核心靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,取KEGG通路分析结果前20条信号通路进行比较。结果:当归补血汤活性成分共22个,对应...     

基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病中的作用

目的 基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法 用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、...     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学探讨桑枝降压的作用机制

目的:采用网络药理学探讨桑枝治疗高血压的作用机制.方法:通过TCMSP、Batman-TCM、化学专业数据库和CNKI收集桑枝的化学成分,并通过Swiss Target Prediction数据库收集成分相关靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库得到与高血压有关的疾病靶点.取成分靶点与疾病靶点的交集,得到交集靶点;利用String数据库和Cytoscape3.7.1软件,筛选并构建交集靶点相互作用网络;并利用String数据库对交集靶点进行PPI分析、GO分析和KEGG通路分析,并通过Cytoscape软件对结果进行可视化;最后对活性成分与关键靶点进行分子对接验证.结果:通过筛选得到桑枝活性成分18个,潜在作用靶点336个,其中与高血压有关的交集靶点87个;共获得545条GO分析条目和160条KEGG信号通路,分别主要涉及血压调节、调节血管大小等生物过程以及cGMP-PKG信号通路、Rap1信号通路、PI3K/Akt信号通路 、Ras信号通路等信号通路;分子对接结果显示18个活性成分与14个关键靶点相结合,其中16个活性成分与其相应关键靶点具有较好结合活性.结论:桑枝可能通过作用于与舒张血管、细胞凋亡等相关的靶点和通路,发挥治疗高血压的作用.     

槲皮素治疗心力衰竭的分子机制:基于网络药理学与分子对接方法

目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个：AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为：脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3水平（P<0.01）。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肺饮治疗支气管哮喘的作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分...     

基于网络药理学探讨小柴胡汤增强鼻咽癌放疗敏感性的分子机制

目的 探讨小柴胡汤增强鼻咽癌(NPC)放疗敏感性的分子机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选小柴胡汤的活性成分及靶点;检索GEO数据库获取鼻咽癌放疗抵抗差异性表达基因;采用交集法获得小柴胡汤与鼻咽癌放疗抵抗的相关靶点,并对交集靶点进行网络拓扑分析、GO和KEGG富集分析。结果 发现小柴胡汤改善放疗抵抗的潜在靶点38个;小柴胡汤改善鼻咽癌放疗抵抗的活性成分主要为槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素;出现频次较高的靶点有MAPK3、CAT、CASP3、PPARG和CCND1,这些靶点富集在化学癌变-受体的激活、p53信号通路、凋亡等信号通路,参与药物反应、氧化应激、有毒物质反应、RNA聚合酶调控、细胞黏附等过程。结论 小柴胡汤可通过多成分、多靶点、多途径的方式增强鼻咽癌放疗敏感性,进而为其临床应用提供了新的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...     

基于网络药理学和分子对接探讨积雪草酸抑制炎症巨噬细胞铁死亡的作用机制及初步验证

目的：采用网络药理学和分子对接方法探讨积雪草酸（AA）调控铁死亡的作用机制,并在脂多糖（LPS）诱导的炎症巨噬细胞模型上进行初步验证。方法：检索SwissTargetPrediction、SEA Search Server、HERB等9个数据库获得AA相关靶点,通过FerrDb 2.0、GeneCards 5.14、KEGG、NCBI等数据库获取铁死亡相关靶点,利用Venny 2.1.0在线工具映射获得AA和铁死亡的交集靶点。采用DAVID 6.9数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,String 11.5数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络,并采用CytoHubba插件筛选出核心靶点。最后采用Autodock Tool 1.5.7软件将AA与核心靶点进行分子对接,Pymol 4.2软件对分子对接结果可视化。构建LPS诱导的RAW264.7小鼠巨噬细胞炎症模型,激光共聚焦法检测AA对炎症巨噬细胞内脂质活性氧（lipid ROS）荧光强度的影响;细胞免疫荧光法检测AA和Akt激活剂SC79对谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、p-Akt表达的影响...     

补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的作用机制：基于网络药理学和分子对接方法

目的 探究补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点、通路等药理学作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出补肾化痰方中药物的主要活性成分,使用 PubChem和Swiss Target Prediction预测活性成分相关作用靶点;应用GeneCards、OMIM筛选治疗疾病多囊卵巢综合征的作用靶点;将药物靶点与疾病靶点通过Uniprot校正后,取交集靶点;结合STRING构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络,并利用Cytoscape3.7.2中的CytoNCA插件对交集靶点进行PPI分析,筛选出核心靶点;采用DAVID数据库进行基因功能GO富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock对补肾化痰方中的核心活性成分和核心靶点进行分子对接验证。以动物实验进行验证,24只SPF级雌性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为3 组：对照组［n=8,1 mg/（kg?d）生理盐水灌服35 d］,模型组［n=8,1 mg/（kg?d）来曲唑溶于1%羧甲基纤维素（CMC）中,连续灌服35 d,并予高脂饲料喂养］,治疗组［n=8,造模后予以1 mg/（kg?d）补肾化痰方颗粒剂溶于5%生理盐水中,连续灌服35 d］。小鼠末次给药后,取卵巢组织于-80 ℃保存,Western blot法检测小鼠卵巢组织中核心靶点和核心通路的表达。结果 补肾化痰方中14味中药共筛选出125个潜在活性成分,990个药物靶点,4759个PCOS靶点,药物与PCOS交集靶点434个;核心活性成分主要为β-谷甾醇、山奈酚、槲皮素等,核心靶点主要为PIK3CA、PIK3R1、APP、AKT1、MAPK1等;GO功能富集主要包括药物反应、凋亡过程的负调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等;KEGG富集通路主要包括癌症通路、HIF-1信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路等;分子对接结果显示核心活性成分β-谷甾醇、山奈酚、槲皮素与核心靶点PIK3CA、PIK3R1、APP、AKT1、MAPK1均有强烈的结合能力;动物实验结果表明,补肾化痰方能明显改善多囊卵巢综合征相关症状,并下调PI3K,AKT蛋白表达,上调MAPK1蛋白表达,验证了网络药理学的部分预测结果。结论 揭示了补肾化痰方多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测并通过实验初步验证了补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的可能作用机制。     

基于网络药理学的左归丸治疗骨质疏松作用机制探讨

目的:采用网络药理学方法探究左归丸对治疗骨质疏松的有效活性成分、作用靶点和潜在分子机制.方法:利用TC-MSP数据库预测左归丸活性成分,筛选潜在的活性成分及作用靶点,在GeneCards数据库检索出骨质疏松相关的疾病靶点基因,通过Drugbank和Uniprot数据库筛选后,得到左归丸—骨质疏松疾病交集基因.采用Cytoscape3.8.2软件构建药物成分—疾病网络图,利用交集基因构建蛋白质互作网络,并获得左归丸治疗骨质疏松的核心网络和核心靶点基因,利用MCODE和Metascape数据库分析核心靶点基因,通过Metascape数据库对相关靶点进行GO生物富集分析和KEGG通路分析.最后,利用体外细胞实验进一步验证.结果:预测得到左归丸245个有效靶点和骨质疏松相关的疾病靶点4576个,两者共同靶点有171个.有效成分中度值较高的是槲皮素、山奈酚、异鼠李素、β-谷甾醇、24-亚甲基苯酚,PPI网络中核心基因是APP、NTRK1、EGFR、CUL3、HSP90AA1.GO富集分析涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性;KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可通过AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等多条信号通路发挥作用.体外细胞实验表明左归丸可能抑制破骨细胞的形成.结论:左归丸可能通过抑制破骨细胞生成相关作用机制发挥预防和治疗骨质疏松症,为后续基础实验研究提供新的思考路线及方法.     

基于网络药理学及分子对接探讨参苓白术散治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接模拟技术,从网络数据中挖掘参苓白术散对腹泻型肠易激综合征（IBS-D）可能的干预机制。方法：在TCMSP平台获取参苓白术散的有效成分、药物作用靶点并在GeneCards和OMIM数据库中获取IBS-D的疾病靶点后构建参苓白术散对IBS-D的完整调控网络,然后结合STRING数据库构建的PPI网络筛选出参苓白术散对IBS-D干预网络中潜在的最佳靶点,并通过分子对接模拟,与匹维溴铵进行对比筛选出干预网络中潜在的最核心化合物;分别利用DAVID和Bioconductor数据库对有效作用靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,得到参苓白术散干预IBS-D相关的基因本体功能及作用通路。结果：IBS-D疾病相关靶点共2 724个;参苓白术散的活性化合物数量有184个,其中可作用于IBS-D的靶点为175个,筛选后得到PTGS2、ESR1、AR、MAPK14这4个潜在的最佳靶点。通过分子对接模拟,得到槲皮素（quercetin）、木犀草素（luteolin）、山奈酚（kaempferol）和异鼠李素（isorhamnetin）共4个最核心化合物。GO分析结果显示,与参苓...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接的方法探究鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）、TargetNet、Swiss Target Prediction等数据库和分析平台,筛选出鹰嘴豆芽素A对应靶点,利用DisGeNET、GeneCards等数据库获得神经胶质瘤的作用靶点。取药物与疾病的交集靶点,借助STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,利用Cytoscape 3.9.1软件构建潜在靶点网络关系图。对交集靶点通过DAVID数据库进行本体论富集分析（gene ontology,GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。通过DockThor数据库对鹰嘴豆芽素A和关键靶点进行分子对接,Pymol软件进行可视化处理。结果 共筛选出鹰嘴豆芽素A靶点149个,神经胶质瘤相关靶点5654个,药物与疾病交集靶点97个,核心靶点为表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor,EGFR）、雌激素受体（estrogen receptor,ESR1）、热休克蛋白（heat shock protein,HSP）90AA1、基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinase,MMP）9、PPARG、PTGS2,靶点参与的功能主要与肿瘤细胞增殖、侵袭、凋亡等过程有关。GO富集分析发现鹰嘴豆芽素A在生物过程、细胞组成、分子功能多方面参与神经胶质瘤的治疗。KEGG通路108条,包括肿瘤、化学致癌作用-受体活性、脂质和动脉粥样硬化、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果显示鹰嘴豆芽素A与关键靶点均有较好的结合活性。结论 鹰嘴豆芽素A可能通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导凋亡、增强化疗敏感性等发挥治疗神经胶质瘤的作用。