两株耐酸耐胆盐人肠源菌株的鉴定及系统发育分析

目的对两株来源于健康人肠道的耐酸耐胆盐菌株R92-2和R111进行鉴定和系统发育分析，以筛选优良的宿主菌株为最终构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌奠定基础。方法表型特征分析后，利用16S rDNA两端的保守序列作为PCR引物，扩增两株菌的16S rDNA序列并测序，测序结果于GenBank中Blastn并构建系统发育树。结果表型特征分析初步鉴定两株菌为乳酸菌。R92-2的16S rDNA序列与Weissella cibaria的16S rDNA序列同源性为100％；R111的16S rDNA序列与Enterococcus faecium的16S rDNA序列同源性为100％。结论R92-2为Weissella cibaria；R111为Enterococcus faeciura。两株菌有望用于构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌。     

10株青海湖盐单胞属菌株种间分子多样性分析

目的 对青海湖盐单胞属菌株进行种间分子多样性分析.方法 利用PCR扩增青海湖10株盐单胞菌16S rDNA序列和16S - 23S间隔序列,通过测序、Blast对比以及RFLP方法分析10株青海湖盐单胞菌的序列差异;并结合SDS-PAGE技术方法研究其全菌体蛋白的种间差异.结果 通过测定16S rDNA序列同源性、分析16S-23S rDNA ISR多态性和比较全菌体蛋白SDS -PAGE谱带,确定了10株青海湖盐单胞菌在种间具有相对的一致性.结论 初步验证了分子表型特性的多相研究对种单元初分类具有重要意义.     

蓝氏贾第鞭毛虫C2株rRNA基因ITS1-5.8SrDNA-ITS2序列测定与分析

内转录间隔区（internal transcribed spacer ITS）为真核生物rRNA基因（rDNA）中串联重复存在的大小亚基间的内转录间隔序列.研究表明,贾第虫rDNA包含18S、5.8S和23SrDNA,3者的内转录间隔区为ITS-1和ITS-2,前者位于18S和5.8SrDNA之间,后者位于5.8SrDNA和23SrDNA间.18S、5.8S和23SrDNA序列较保守,进化速率较慢,不同种生物间同源性较大;而ITS序列并不保守,进化速率较快,种间同源性较小,是鉴定生物种株的一个十分有效的分子标志.研究表明,不同宿主和不同地域来源的蓝氏贾第虫虫株存在遗传学差异.     

不同地理种群栖稻假单胞菌株的16SrRNA基因序列分析

目的 分析栖稻假单胞菌不同地理种群株16SrRNA基因序列,构建系统发育树.方法 将1株栖稻假单胞菌海南临床分离株的16S rRNA基因进行PCR扩增并测序,并与从GenBank中挑选出的其他29株不同来源的栖稻假单胞菌的16S rRNA基因序列进行对比分析,并绘制系统发育树.结果 系统发育分析表明大部分菌株可根据地理区域的不同分为3个簇,序列分析显示某些可变区可能存在区分不同区域菌株的关键序列.结论 栖稻假单胞菌基因型及表现型具有多样性;大部分栖稻假单胞菌可根据16SrRNA基因序列鉴别不同地理种群株.     

鼻疽假单胞菌与类鼻疽假单胞菌的基因分类

目的：对鼻疽假单胞菌和类鼻疽假单胞菌进行基因分类研究。方法：应用16SrDNA扩增，基因测序及微孔板定量杂交技术，从基因水平对具有不同生物学特性的鼻疽假单胞菌和类鼻疽假单胞菌两个标准菌株进行同源性分析。结果：尽管两种细菌在生物学特性上有着明显的差异。但其16SrDNA序列相似度达99%以上，且染色体DNA定量杂交也显示大于70%的同源性。结论：鼻疽假单胞菌和类鼻疽假单胞菌的系统发育关系十分密切，应归属于同一种，是否妥当仍待进一步考证。     

16S rDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

目的建立细菌16S rDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99%及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株,通过PCR扩增16S rDNA v3-v4区基因片段并进行序列测定,序列与16SpathDB 2.0数据库上已知细菌的16S rDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3-v4序列片段不能明确鉴定细菌时,结合16S rDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16S rDNA v3-v4区序列分析,10株(100%)临床常见菌都能鉴定到种水平,其可靠性大于98.0%。17株不常见菌株中,10株(58.8%)细菌只与1种菌相似性大于98.0%,成功鉴定到单个种水平;6株(35.3%)细菌与不止1种菌的相似比大于98.0%;1株菌与已知菌相似性在96.0%~98.0%之间只能鉴定到属(棒状杆菌)。进一步结合16S rDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析,所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16S rDNA和管家基因序列分析,可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。     

新疆传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌的分子生物学鉴定

目的：对新疆阿勒泰牧区哈萨克传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌进行分子生物学鉴定。方法采用 DNA 提取、PCR 扩增、16S rDNA 产物测序和数据分析对该菌株进行系统发育分析鉴定。结果16S rD-NA 产物测序结果通过 Eztaxon 数据库比对,保守基因 rpoA、pheS 的扩增产物通过 NCBI 数据库比对,发酵驼乳中乳酸菌菌株的序列和已报道的乳酸菌菌株16S rDNA、rpoA、pheS 的序列分别用 MEGA 5．2软件进行系统发育分析表明：此菌株（10号）的16S rDNA 序列与 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）、Lactobacillus plantarum subsp． Argentoratensis （DKO 22T ）、Lactobacillus paraplantarum （DSM 10667T ）和 Lactobacillus plantarum subsp． Plantarum （ATCC 14917T ）的相似率分别为100％、99．87％、99．8％和99．74％。结论10号乳酸菌菌种经分子生物学鉴定为 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）。     

16S rDNA测序鉴定β溶血性G群链球菌

目的 对一起群聚性儿童肾小球肾炎暴发事件中分离到的26株β溶血性G群链球菌进行16S rDNA测序鉴定,探讨该方法在病原学鉴定方面的意义.方法 分别采用API20 Strep生化鉴定系统、部分和全序列测定16S rDNA鉴定26株β溶血性G群链球菌;使用Mega V3.1软件,采用Neighbour-joining 方法和boot-strap test对部分菌株的全序列进行树状图分析.结果 API20 Strep生化鉴定率低,未能鉴定出目的菌;采用16S rDNA测序,结果均为咽峡炎链球菌(S.anginosus),鉴定率大于97%.其中4株G群的全序列树状图分析显示,G群链球菌均与咽峡炎链球菌聚类在同一簇.结论 16S rDNA序列鉴定能提供详细明确的核苷酸信息,能区分G群链球菌不同的种,显示其在菌株鉴定方面的独特优势.     

一种条件致病节杆菌的分离与鉴定

目的：对一株分离自慢性皮肤病变的少见细菌进行鉴定。方法：用表型性状，化学分类和16SrDNA测序鉴定并作药敏试验。结果：为专性需氧具有杆-球循环的棒杆力，在无机盐基础培养基上可利用单一有机化合物为碳源进行生长，其肽聚糖型为A3（Lys-Ser-Thr-Ala)，其16SrDNA序列与氧化节杆菌和多色节杆菌极接近，同源性99%以上。结论：此分离菌株属于节杆菌属中的氧化节杆菌群，并可能为一新种。     

两株蜚蠊肠道内生放线菌抗真菌活性初步研究和分类鉴定

目的检测蜚蠊肠道内生放线菌WA2-4和WA2-5的抗真菌活性,并对菌株进行初步分类学鉴定。方法采用牛津杯法测定菌株WA2-4和WA2-5发酵液对白色念珠菌和红色毛癣菌等真菌生长的影响,扫描电子显微镜观察菌株发酵液对受试真菌形态的影响,利用16S rDNA测序、Blast比对和构建系统发育树等方法,结合菌株形态学特征对菌株WA2-4和WA2-5进行初步分类学鉴定。结果菌株WA2-4和WA2-5发酵液对白色念珠菌和红色毛癣菌的生长均有抑制作用;扫描电子显微镜结果显示菌株WA2-4和WA2-5发酵液破坏了白色念珠菌的细胞膜结构,使红色毛癣菌的菌丝断裂成碎片;初步分类学鉴定结果显示,菌株WA2-4和WA2-5分别为链霉菌属和戈登氏菌属,与其各自亲缘菌株的16S rDNA序列同源相似性分别为93.5%和92.3%,均低于98.2%,因此推断该两株菌株很有可能是新菌种。结论蜚蠊肠道WA2-4和WA2-5放线菌具有抗真菌活性。     

树鼩粪便细菌分离培养与鉴定

目的 了解人工饲养树鼩粪便菌群多样性,为树鼩的正常饲养繁殖和微生物质量控制标准化提供依据。方法 随机采集10份树鼩粪便样品,利用有氧及厌氧培养基进行细菌分离培养,提取细菌基因组DNA后PCR扩增16SrRNA基因并测序鉴定。结果 本实验从树鼩粪便样品中,经有氧培养分离鉴定出25株、12种细菌,经厌氧培养分离鉴定出25株、10种细菌,包括变形杆菌属、肠球菌属、埃希菌属、志贺菌属、葡萄球菌属、气单胞菌属、拉恩氏菌属、拉乌尔菌属、微小杆菌属、链球菌属、明串珠菌属。结论 树鼩肠道好氧菌及厌氧菌具有丰富的种属多样性,普通变形杆菌群、费格森埃希菌群和屎肠球菌群可能是树鼩肠道的主要寄生菌群。     

我院腹腔感染需氧及兼性厌氧病原菌及药物敏感性分析

目的研究我院2011年1月-2012年5月腹腔感染患者需氧及兼性厌氧病原菌分布及其体外抗菌药物敏感性。方法采用VITEK COMPACT全自动微生物鉴定及药敏分析仪进行菌种鉴定,药物敏感性检测采用微量稀释法,采用WHONET5.5进行结果分析。结果共分离病原菌111株,其中革兰阴性杆菌78株（70.3%）,革兰阳性菌33株（29.7%）。分离率名列前7位的分别是大肠埃希氏菌、鲍曼不动杆菌复合群、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、粪肠球菌和金黄色葡萄球菌。对肠杆菌科菌敏感性〉90%的抗菌药物有亚胺培南（100%）,厄他培南（100%）,阿米卡星（97.7%）,哌拉西林/他唑巴坦（90.7%）,头孢替坦（90.7%）;鲍曼不动杆菌耐药率高,多重耐药株和泛耐药株的比例分别高达90%和60%;铜绿假单胞菌中多重耐药株检出率为14.3%;万古霉素、利奈唑胺和替加环素对所有屎肠球菌和粪肠球菌均敏感（敏感菌均为100%）;屎肠球菌整体较粪肠球菌耐药率高;未发现耐万古霉素金黄色葡萄球菌。结论我院腹腔感染的病原菌以革兰阴性菌特别是肠杆菌科菌为主,鲍曼不动杆菌是重要的院内腹腔感染菌且耐药率高,屎肠球菌是最常见腹腔感染革兰阳性致病菌。细菌耐药形势严峻,应采取积极有效的措施控制耐药菌的增多与传播。     

16S rRNA测序鉴定一株感染实验小鼠的表皮葡萄球菌

目的:应用16SrRNA测序及序列分析方法来鉴定一株来自实验室饲养小鼠的细菌。方法:对可疑小鼠的血液进行细菌培养,革兰氏染色观察细菌菌株的表型,PCR扩增菌株16SrRNA并进行测序,将测序序列与GenBank数据库的菌株序列进行进化树和基因距离分析。结果:本研究鉴定的菌株为革兰氏阳性表皮葡萄球菌。结论:16SrRNA基因测序鉴定细菌的方法适用于非专业研究人员;实验动物也可能含有病原体,进行动物实验时要有防护措施。     

2011-2016年临床常见血培养分离病原菌的菌群分布及耐药性变迁

目的:分析医院血培养检出细菌的菌群分布及耐药性变迁,为临床治疗用药提供参考。方法:收集医院2011-2016年间血培养阳性的数据,依据CLSI2014年标准,用WHONET5.6软件对其进行回顾性分析。结果:血培养分离出的菌株中革兰阴性菌依次为大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌。阳性菌依次为凝固酶阴性的葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、屎肠球菌、粪肠球菌。主要分布在重症医学科、老年病房、普外科、血液科。据6年的药敏结果可见,除铜绿假单胞菌对亚胺培南的耐药率有下降以外,其他革兰阴性常见菌对头孢哌酮舒巴坦及碳青霉烯类抗生素的耐药性基本都呈上升趋势。常见革兰阳性球菌对红霉素的耐药率均大于50%。屎肠球菌对大多数测试药物的耐药率均较高。除粪肠球菌和金黄色葡萄球菌外,革兰阳性常见菌对青霉素类药物耐药率均大于80%。共发现30株耐亚胺培南的肠杆菌,1株耐万古霉素的屎肠球菌。结论:密切关注血流感染常见菌的菌群分布、耐药情况、耐药性变迁,可为临床感染早期合理使用抗生素及防控耐药菌株的暴发流行提供帮助。     

腹腔感染患者病原菌分布及耐药性和药敏分析

目的 明确腹腔感染患者病原菌分布及药敏试验结果,为临床合理选择抗感染方案提供理论依据.方法 回顾性分析腹腔感染住院患者腹腔穿刺液或引流液的病原菌培养和药敏试验结果.结果 3 509例腹腔感染标本培养阳性 405例.病原菌共计436株,其中革兰阴性菌268株(61.47％),革兰阳性菌151株(34.63％),真菌17株(3. 90％).居前5位的是大肠埃希菌(22. 25％)、鲍曼不动杆菌(10. 09％)、肺炎克雷伯菌(9. 86％)、屎肠球菌(7. 80％)、金黄色葡萄球菌(4. 13％).大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中产超广谱β-内酰胺酶率分别为58.76％和 16.28％.鲍曼不动杆菌中多重耐药菌占79.55％.屎肠球菌中检出对万古霉素耐药株(8. 82％);耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)在金葡菌中检出率为72. 22％,耐甲氧西林凝固酶阴性的葡萄球菌(MRCNS)在凝固酶阴性的葡萄球菌中检出率为51. 92％.结论 腹腔感染病原菌以大肠埃希菌为主,其次分别为鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌、屎肠球菌和金黄色葡萄球菌;MRSA和MRCNS检出率较高;腹腔感染病原菌整体耐药形势严峻.     

细菌直接PCR和双引物策略鉴定16S rRNA基因技术的建立

目的探索一种基于16S rRNA基因的快速鉴定细菌方法,为临床诊断治疗及耐药菌的分子遗传分析提供科学依据。方法对卫生部室间质评菌株和临床病人标本分离培养纯菌落,用双蒸水稀释菌落,然后直接以菌液为模板优化反应体系PCR扩增16S rRNA基因片段,再测序扩增片段。将测序结果在细菌Ribosomal数据库中进行同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果本实验鉴定的卫生部质评菌株结果与卫生部报告结果一致。本实验能够一次性鉴定出临床病人标本分离的菌株。结论本研究优化了一种免纯化细菌核酸直接PCR鉴定细菌16S rRNA基因的方法。本研究建立的基于病原细菌16S rRNA基因鉴定方法可用于细菌的快速诊断。     

红霉素耐药肠球菌的质粒接合试验

目的：研究儿童临床分离的30株肠球菌,红霉素耐药性在同属同种、同属异种和异属细菌之间的传递。方法：使用临床实验室标准化研究所（CLSI）推荐的琼脂稀释法筛选30株耐红霉素的肠球菌,通过滤膜接合法进行质粒接合转移试验,采用PCR检测供体菌、受体菌和接合子ermB基因和转座子Tn1545、Tn917。结果：13株粪肠球供体菌通过质粒接合转移试验后得到13株接合子,红霉素最小抑菌浓度（MIC）≥512μg／ml,除原供体菌1株粪肠球菌阴性外,其余的12株接合子全部携带ermB基因,且ermB基因均同时存在于转座子Tn1545和Tn917;16株屎肠球供体菌和1株海氏肠球供体菌通过质粒接合转移试验后得到17株接合子,红霉素MIC≥512μg／ml,除原供体菌1株屎肠球菌阴性外,其余16株接合子全部携带ermB基因,并且有11株接合子ermB基因同时存在于Tn1545和Tn917,4株接合子ermB基因仅存在于Tn1545,1株接合子ermB基因仅存在于Tn917;30株肠球菌通过质粒接合转移试验后得到的30株金黄色葡萄球菌接合子,红霉素MIC≥512μg／ml,除原供体菌1株粪肠球菌和1株屎肠球菌阴性外,其余的28株接合子全部携带ermB基因,其中ermB基因同时存在于Tn1545和Tn917的为23株,4株接合子ermB基因仅存在于Tn1545,1株接合子ermB基因仅存在于Tn917。结论：肠球菌对红霉素的耐药性可以在同属同种、同属异种和异属之间进行传递;红霉素的耐药性与ermB基因存在一致,ermB基因与Tn1545和Tn917密切相关,ermB基因与Tn1545和Tn917可以在同属同种、同属异种和异属之间进行传递。     

新生儿化脓性脑膜炎病原菌构成及耐药性分析

目的 分析新生儿化脓性脑膜炎病原菌构成情况及耐药性情况.方法 选取达州市中西医结合医院2013年3月至2015年3月收治的142例化脓性脑膜炎新生儿的脑脊液培养结果进行研究,比较分析其病原菌构成和耐药性情况.结果 142例化脓性脑膜炎新生儿脑脊液病原菌构成:双菌株2例,单菌株140例,其中革兰阴性细菌100株(68.97%),革兰阳性细菌38株(26.21%),真菌7株(4.83%).革兰阳性细菌中腐生葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌以及屎肠球菌等菌种对复方新诺明、氨苄西林、红霉素以及头孢西丁等抗生素耐药,但未检出对万古霉素和替考拉宁耐药的菌种.革兰阴性细菌中大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、黏质沙雷菌等菌种对所研究抗生素耐药性较高,其中大肠埃希菌对复方新诺明、氨苄西林等抗生素的耐药率甚至达到80%以上,而整个研究未发现对美罗培南耐药的菌种.结论 新生儿化脓性脑膜炎病原菌检出率主要以革兰阴性菌为主,且致病菌的耐药性严重.     

鲁西南地区胆管结石并胆系感染患者胆汁细菌学及药敏结果分析

目的探讨鲁西南地区胆管结石合并胆系感染患者胆汁细菌学及耐药性变化,为本地区胆管结石并胆系感染患者合理应用抗生素提供理论依据。方法对2008.12～2010.12入住我院的200例胆管结石并胆系感染患者术中抽取胆汁,行细菌培养及药敏试验。结果 200例患者胆汁标本中共分离细菌134株,阳性分离率为67%,仍以G-杆菌为主,前两位为大肠埃希菌(35.8%)、肺炎克雷伯菌(11.2%)。而G+球菌的肠球菌属主要为粪肠球菌(14.9%)和屎肠球菌(8.9%)。大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌对亚胺培南、厄他培南、阿米卡星未出现耐药株,对其余9种抗生素均有不同程度耐药。肠球菌属对大多数常见抗生素耐药,对万古霉素、呋喃妥因、替考拉宁未出现耐药株。粪肠球菌对青霉素的耐药率也较高,达34.1%。结论鲁西南地区胆管结石并胆系感染患者胆汁培养细菌的菌种明显增加,菌群已经发生变迁,而且对临床应用广泛的抗生素耐药率明显增加。     

2009-2011年住院患者临床分离肠球菌耐药性分析

目的：分析2009-2011年我院临床分离肠球菌的耐药特点及流行分布,为合理治疗肠球菌感染提供依据。方法：收集我院住院及门诊患者连续分离的、不重复的肠球菌92株,以2010CLSI纸片扩散法为判断标准,对分离菌进行耐药性分析。结果：3年来从各种临床标本中共分离到粪肠球菌52株,屎肠球菌23株。标本主要来源于尿液（41%）和腹腔引流液（24%）。屎肠球菌对青霉素类、氟喹诺酮类、大环内酯类和高水平庆大霉素的耐药性均高于粪肠球菌;未检出耐万古霉素和利奈唑胺的肠球菌。结论：屎肠球菌的耐药性高于粪肠球菌,应加强对屎肠球菌的耐药监测,防止多重耐药菌的发生和传播。