基于NCBI核酸数据库的紫荆皮混淆品种华中五味子的DNA鉴定研究

目的:探讨利用NCBI核酸数据库中ITS序列鉴定紫荆皮商品药材,为保证紫荆皮药材质量提供依据.方法:从紫荆皮药材中提取DNA,以ITS序列通用引物进行PCR扩增,扩增产物经纯化后直接双向测序,利用ITS序列相似度和系统发育树进行鉴定.结果:获得了紫荆皮商品药材的ITS序列信息.结论:经DNA鉴定,发现市场上流通的紫荆皮主流商品来源于木兰科五味子属植物华中五味子,药用部位为茎皮.     

不同地理居群破布叶的psbA-trnH和ITS2序列及其聚类分析

目的探讨破布叶Microcos paniculata不同地理居群间的DNA序列变异与地理分布的关系,为其种质资源评价和基原植物的分子鉴定提供参考。方法对破布叶14个居群14份个体样品以改良的3×CTAB法提取基因组DNA,选择特异的引物扩增ITS2和psb A-trnH序列;PCR扩增产物直接双向测序分析。DNAMAN 8.0软件处理测序数据,MEGA6.0软件计算K2P遗传距离,运用NJ法构建系统聚类树。结果破布叶14个居群的ITS2序列均为462 bp,共检测到14个变异位点,居群间遗传距离0.000 0~0.019 8。除云南景洪居群样本的psb A-trnH序列存在8 bp缺失外,其他13个居群样本的psb A-trnH序列均长387 bp,无变异,居群间遗传距离为0.000 0。结论不同地理居群破布叶的psb A-trnH较ITS2更为保守,二者PCR扩增引物特异性好,扩增效率和测序成功率高,对其药材及基原植物的分子鉴定可采用psb A-trnH为主,ITS2序列为辅的DNA条形码技术。     

基于ITS2序列SNP位点鉴定白及药材及其混伪品

为建立白及药材的分子标记鉴定方法,该文提取白及及其混伪品药材的基因组DNA,利用PCR技术扩增rDNA ITS2片段,片段经双向测序、排序、比对,构建邻接树,查找SNP位点。结果显示,ITS2序列不仅能够有效地区分白及与其混伪品,而且存在可用作白及、黄花白及与其混伪药材鉴别的SNP位点。针对标记白及药材的SNP位点设计引物,通过筛选引物和优化特异性扩增条件后,获取引物BJ59-412F,BJ59-412R,HHBJ-225R在同一扩增条件下,可有效扩增白及、黄花白及,其产物长度分别约为350,520 bp,而混伪品则无PCR条带产生。该文所述引物和建立的反应条件可成功将白及、黄花白及与其混伪品药材进行同步鉴定,操作快速、简捷,结果可靠,可作为白及药材的快速分子鉴定方法。     

ITS2序列鉴定苗药八爪金龙药材及其近缘混伪品的研究

目的：探讨ITS2序列在苗药八爪金龙药材及其混伪品中鉴定的可行性,为八爪金龙临床用药的安全、有效提供参考。方法：对收集的63份八爪金龙药材及其同属植物样品进行DNA提取,ITS2引物PCR扩增及其双向测序,使用DNASTAR 7.1进行序列拼接校对,经隐马尔可夫模型的HMMer注释,并预测其二级结构。候选序列在Geneious R11.0.2中应用MAFFT alignment进行比对,应用MEGA 7.0计算遗传距离,构建NJ进化树。结果：ITS2序列能较好地将八爪金龙与同属植物区分开,通过比较ITS2序列的二级结构螺旋区茎环大小、数目及茎环上碱基等特征可以鉴别八爪金龙及其混伪品。结论：DNA条形码ITS2序列能有效区分八爪金龙药材及其同属植物,为临床应用的安全有效提供了新的鉴别方法。     

应用DNA条形码ITS2序列对市售药材黄柏的鉴定研究

目的：应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全。方法：对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,去除低质量区和引物区,得到ITS2序列,运用MEGA 6.1对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：90份实验样品均能提取到DNA,其DNA经PCR扩增、测序,序列拼接剪切后均能得到高质量ITS2序列。川黄柏和关黄柏基原物种黄皮树和黄檗的种内最大K2P遗传距离分别为0.018和0.004,均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.051和0.056）;NJ树结果显示川黄柏和关黄柏聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论：基于ITS2序列的DNA条形码技术可准确、有效地鉴定市售黄柏药材及其混伪品,为其市场监管及用药安全提供了一种高效的技术方法。     

长白山地区药用植物龙胆DNA条形码鉴定

目的：基于内转录间隔区2（internal transcribed spacer 2,ITS2）碱基序列,运用DNA条形码鉴定技术对长白山地区药用植物龙胆进行鉴别研究,为龙胆药材的基原植物鉴定和药材的真伪鉴别提供参考。方法：采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）提取法提取龙胆叶片及药材的DNA,对其中特定ITS2碱基序列进行聚合酶链式反应（PCR）扩增,检测后测序,并从GenBank下载同属植物序列,运用SeqMan软件对碱基序列拼接后,采用MEGA 7.0软件对数据进行分析处理及对比,计算Kimura 2-parameter （K2P）遗传距离,建立邻接（NJ）法,进行对比分析。结果：根据NJ聚类树可知,不同种龙胆属植物笔龙胆、三花龙胆、高山龙胆、坚龙胆都自为一支,区分明显,龙胆和条叶龙胆聚在一支未能区分开,同时结合变异位点及K2P遗传距离发现,条叶龙胆和龙胆应用ITS2碱基序列区分时种间差异十分小。吉林省长白山10个不同地区的龙胆种内几乎无差异,经Blast比对确定碱基序列的确为所需要鉴定的品种。结论：运用ITS2碱基序列的DNA分子条形码鉴别方法对龙胆植物及药材进行鉴别有效可行且成功率较高,可以用于龙胆属种间及种内鉴别。     

耳草属岭南药材DNA分子鉴定研究

目的：本研究应用ITS2序列作为DNA条形码对9种广东耳草属药材进行鉴定研究。方法：收集广东耳草属药材样本,通过植物基因组DNA提取、PCR扩增以及产物的双向测序获得ITS2序列,所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。用MEGA 6.06进行比对,分析种内和种间遗传距离,并构建系统进化树。结果：9种耳草属植物65条序列长度范围为208-224bp,共有92个碱基变异位点,种内遗传距离（0.002）明显小于种间遗传距离（0.202）。NJ和ML聚类树结果基本一致,除耳草与金毛耳草关系较近难以区分外,其余7个物种种内样本分别聚在一支,表现出单系性。结论：ITS2序列基本能够准确的鉴定广东耳草属药材,可作为耳草属药材基原植物鉴定的候选条形码序列。     

中药DNA条形码鉴定中的DNA提取方法研究

目的：建立一种直接从药材中提取DNA的方法以满足中药材DNA条形码研究的需要。方法: 以麦冬药材为实验对象,对比5种常用植物DNA提取方法,筛选出最优方法后,对不同部位入药的10种中药材进行DNA提取,采用琼脂糖凝胶电泳及PCR扩增效果进行检测。结果：改良的CTAB法较适合药材DNA提取,虽然所有样品DNA都出现降解,但基于ITS2序列引物PCR扩增成功率为90%。结论：通过增加药材的预处理、核分离液等步骤,并改良CTAB浓度等措施,CTAB法能够用于上述不同药用部位入药的9种药材DNA提取,可以为中药DNA条形码鉴定中的DNA提取提供参考。     

基于DNA条形码的翠云草快速鉴定方法研究

目的：基于卷柏属植物DNA条形码鉴定序列,运行TaqMan探针技术探讨翠云草快速鉴定新方法。方法：本文利用DNA条形码鉴定技术对采集的11种32份卷柏属样本提取总DNA扩增ITS2序列,结合Genbank数据库的34种103条序列综合分析,针对翠云草设计特异引物及探针,运用实时荧光PCR检测技术比较序列扩增荧光信号差异实现翠云草的快速鉴定。结果：在所分析的物种中ITS2序列可将翠云草与其它卷柏属近源物种有效区分,TaqMan探针及引物特异性较好,本研究建立的方法在翠云草的鉴别中具有良好的特异性、重复性及灵敏性,甚至可从低至1 mg的样品中提取DNA得到有效检出。结论：基于DNA条形码鉴定序列变异位点信息,运用高特异TaqMan探针实时荧光PCR检测技术,可实现翠云草真伪快速鉴别,具有中药材市场监管应用前景,将为中药材快速鉴定应用研究提供参考。     

不同产地菊苣的ITS序列分析及模式识别研究

目的 通过分析不同产地菊苣Cichorium intybus和毛菊苣C.glandulosum核糖体基因内部转录间隔区(ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)序列,为菊苣药材鉴定和品种鉴别提供DNA分子标记.方法 采用广谱植物基因组DNA快速提取试剂盒提取14个产地的菊苣和毛菊苣样本的总DNA,利用ITS序列扩增通用引物PCR扩增rDNA-ITS序列并测序.运用DNAMAN V6软件比较两品种菊苣样品ITS序列的差异.所有样品ITS序列上的差异碱基经数学处理后使用SPSS 17.0软件对其进行聚类分析.结果 菊苣ITS序列种内相似度基本上在99.2％以上,毛菊苣ITS序列种内相似度在99.8％以上,而两品种间ITS序列相似度在99.2％以下.两品种菊苣的ITS序列上分别有多个特异性信息位点.聚类分析实现了两品种菊苣ITS序列差异的识别.结论 rDNA-ITS序列是菊苣和毛菊苣药材鉴定和品种鉴别的有效分子标记.     

蛤蚧及其伪品微型DNA条形码的引物筛选

文章旨在筛选出适合于扩增蛤蚧及伪品微型DNA条形码引物。通过引物设计软件,经过多序列比对,设计了两对引物mini-barcode F2,mini-barcode R2;mini-barcode F3,mini-barcode R3,并用这两对引物和目前已报道的微型条形码引物PCR扩增蛤蚧及伪品61个样本,结果表明mini-barcode F2,mini-barcode R2和mini-barcode F3,mini-barcode R3这两对引物的PCR扩增成功率分别为100%和90%,而目前已报道的微型条形码引物PCR扩增蛤蚧及其伪品得到了长度约500 bp非微型条形码序列片段。因此目前已报道的微型条形码引物不适用于扩增蛤蚧及伪品,该研究筛选出了适合于蛤蚧及伪品的微型条形码引物。     

天麻种质资源及其与双菌共生分子机制研究

天麻为真菌异养型草本植物,其干燥块茎为药用与保健价值兼备的中药材,生长发育过程先后需与2类真菌——萌发菌与蜜环菌共生。天麻-萌发菌共生体系通过分子调控在共生萌发前期促进种子萌发,并在共生萌发后期随着蜜环菌的侵染利用防御反应打破共生体系动态平衡,为天麻-蜜环菌共生体系的建立创造条件。天麻-蜜环菌共生时期,宿主通过调控代谢相关基因贮存营养及能量物质以保障箭麻的形成。天麻与双菌共生时期均通过建立信号转导与物质运输途径提高天麻-真菌共生效率并维持共生体系动态平衡。本文综述了天麻野生种质的分布、种类与新品种培育现状,并从全局性角度梳理了近年来利用转录组学、蛋白组学等技术对天麻-双菌共生的分子机制研究。对天麻种质资源及遗传信息进行整合,在系统利用现有遗传资源的基础上深入探究菌-麻共生体系的调控机制并有效指导品种选育与遗传改良,助力天麻产业的持续完善和发展,充分发挥其药用价值和经济价值。     

蒙成药中“地格达”类原料药材的位点特异性PCR鉴别研究

该文选择8种含有地格达类蒙药原料药材的蒙成药为对象,首先对基原植物肋柱花和苦地丁样品采用改良CTAB法提取其总DNA,使用psbA-trnH片段进行扩增、测序,与GenBank下载的8种蒙成药中其他原料药材psbA-trnH序列进行同源比对后根据其变异位点设计特异性鉴别引物。同时对8种蒙成药进行总DNA的提取,并使用DNA纯化试剂盒进行纯化,通过PCR反应对叶绿体rbcL序列进行扩增,再分别选择肋柱花和苦地丁鉴别引物进行扩增,并将扩增后的产物进行测序。所得序列校正、比对后,进行比对分析。结果表明,地格达-4汤、地格达-8散、地格达-4散中均含有原料药材肋柱花,苦地丁特异鉴别引物扩增分析可以鉴定出利胆八味散、伊赫哈日-12和阿嘎日-35中含有苦地丁。该研究结果说明,位点特异PCR方法用于鉴定蒙成药中原料药材具有一定的可行性。     

景天属药用植物DNA条形码研究

目的：评价DNA条形码候选序列对景天属药用植物及其混伪品的鉴别能力,探索景天属药用植物鉴定的新方法。方法：使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对景天属药用植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增效率、种内和种间变异的显著性,以及Barcoding gap,采取BLAST 1和Nearest Distance 方法评价不同序列的鉴定能力。结果: ITS2序列在采集的景天属几种药用植物中扩增成功率为100%,其种内种间变异差异、Barcoding Gap较psbA-trnH、rbcL序列具有更明显的优势,而且纳入网上48个样品33个种的数据后鉴定成功率仍达到100%。结论：ITS2序列能够准确鉴定景天属药用植物,并将其与常见混伪品区别开,ITS2可推荐为景天属首选的DNA条形码序列。     

葫芦科植物通用DNA条形码的筛选

目的 评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力.方法 使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcoding gap,并采取相似性探索BLAST1和最近距离Nearest Distance方法评价不同序列的鉴别能力.结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域.结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合.     

天麻液相色谱指纹图谱研究

目的建立天麻的液相色谱指纹图谱,为科学评价及有效控制天麻质量提供新方法。方法采用HPLC法分析不同产地的18个天麻样品,确定指纹峰并进行对照药材相似度、共有模式相似度的计算,用纯品随行对照结合LC-MS对主要指纹峰进行定性鉴定。结果建立了由27个指纹峰和17个共有峰组成的天麻液相色谱指纹图谱,指纹峰具有特征性,鉴定了其中12个主要的指纹峰。用对照药材相似度,可将天麻样品分为3类安徽河南产天麻、陕西四川产天麻和云南产天麻。两个相关系数分界点为0.80和0.58,夹角余弦分界点为0.88和0.73。结论所选指纹峰有特征性,建立的指纹谱可用来区别3个产地的天麻药材,并为进一步控制天麻质量提供依据。     

大别山红天麻饮片多指标质量标志物研究

目的:对大别山红天麻饮片质量标志物进行研究,多指标成分评价测定其中9种质量标志物,推进红天麻质量标志物的相关研究进展。方法:采用高效液相色谱法(HPLC),以天麻素为内参物(ZS),建立该成分与腺苷、对羟基苯甲醇、对羟基苯甲醛、对羟基苯甲酸、巴利森苷A、巴利森苷B、巴利森苷C、巴利森苷E的相对校正因子,采用相对校正因子计算各成分的质量分数,建立大别山产红天麻饮片的质量标准。结果:红天麻饮片质量标志物的9种成分均达到基线分离,线性关系均良好(r≥0.9995);平均加样回收率为96.86%~102.21%。相对校正因子的RSD均小于2%。并指认出其指纹图谱中10种化学成分,建立大别山红天麻特征图谱。结论:一测多评(QAMS)简便、准确、专属性强,选择的质量标志物科学合理,可用于大别山红天麻饮片多指标质量标志物的同步测定,建立的含量测定方法可为红天麻的质量评价及控制提供参考。     

毛黄堇和石生黄堇的ITS序列差异分析

目的 从分子水平鉴别濒危药用植物毛黄堇和石生黄堇的差异.方法 分别从毛黄堇和石生黄堇的叶片中提取DNA,以核基因组通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后对PCR产物采用直接测序法进行测序.结果 获得ITS及5.8 S rDNA完全序列,分别为毛黄堇56l bp、石生黄堇552bp;二者的ITS序列差异呈显著性,其中ITSI差异性达16.28％,ITS2差异性达21.21％.结论 ITS序列可有效地鉴别毛黄堇和石生黄堇,并可广泛应用于中药材的鉴别.