基于ISSR分子标记的野生山莨菪遗传多样性研究

目的通过对甘肃、青海山莨菪Anisodus tanguticus遗传多样性研究,为野生山莨菪资源的保护提供依据。方法采用ISSR分子标记技术,对11个野生山莨菪居群的127份DNA进行扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和Mantel检验地理距离,对野生山莨菪居群间遗传多样性差异进行分析。结果 10条ISSR引物共检测到131个条带,每条引物11~15个,平均13.1个,共858个多态性位点;居群平均多态性位点百分率(PPB)59.54%;Nei’s遗传多样性指数(H)为0.220 4,Shannon信息指数(I)为0.325 4;遗传距离变化范围0.073 3~0.306 2;Mantel检验P=0.002。结论 11个野生山莨菪居群间具有较高的遗传多样性,各居群间遗传距离与地理距离显著相关,甘肃,青海山莨菪居群间存在较高多态性,物种遗传多样性较为丰富,对野生山莨菪资源的保护与可持续利用提供了参考。     

短葶山麦冬遗传多样性SRAP标记研究

目的对短葶山麦冬进行遗传多样性分析。方法利用SRAP分子标记技术对47份短葶山麦冬材料进行遗传多样性分析。结果 15对引物共扩增出323条多态性带,平均多态位点百分率为88.47%。平均引物多态信息量(PIC)为0.90。Nei’s基因多样性指数(H)为0.197 7,Shannon’s信息指数(I)为0.319 0。遗传分化系数(Gst)为0.252 8。UPGMA聚类表明遗传相似系数为0.59～0.99。结论短葶山麦冬遗传多样性水平较高,遗传变异主要在居群内。     

基于ISSR的野生红芪种质遗传多样性与遗传结构研究

目的研究甘肃野生红芪种质资源的遗传结构及遗传多样性。方法收集15份武都、宕昌红芪自然分布区野生种质样本,采用ISSR标记技术扩增,POPGENE 1.32软件计算遗传多样性参数,NTSYS软件进行UPGMA与PCo A分析,采用Arlequin 31开展分子变异分析,运用structure 2.3.4软件开展居群结构分析。结果 9条引物总共扩增出173条条带,多态性条带数为126,多态性比率为72.83%,取样野生红芪种群的多态性位点比率(PPL)为49.71%~61.85%,平均多态性比率为55.78%。红芪种群的总体物种水平的等位基因观察数(Na)为1.728 3,有效等位基因数(Ne)为1.364 6,Nei’s基因多样性指数(H)为0.224 2,Shannon’s指数(I)为0.334 5。野生红芪种质的Nei总基因多样性为0.223 0,Nei’s种群内基因多样性为0.192 1,Nei’s基因分化系数为0.138 9,基因流为3.099 4。野生红芪种质种群间的变异为16.36%,种群内的变异占83.64%,遗传变异主要发生在种群内。UPGMA、PCo A与居群结构分析均表明取样野生红芪种质种群可分为2类,Mantel相关性检测发现,遗传分化与地理距离呈中等程度相关性。结论取样野生红芪种质具有丰富的遗传多样性,遗传结构呈现出遗传分化主要发生在种群内与多年生的特征,为保护与开发利用红芪种质资源提供了理论基础。     

基于ISSR标记的麻花艽遗传多样性分析

目的探讨秦艽基原植物之一麻花艽Gentiana straminea的遗传多样性,并构建DNA指纹谱。方法在其自然分布区广泛取样,共涉及西藏、青海、甘肃及四川等地28个居群83份样本,应用ISSR分子标记技术,POPGEN软件分析遗传信息参数,NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果从100条引物中筛出7条多态性好、条带清晰的引物用于ISSR分析。共检测到95个条带,其中多态性条带88个,多态性条带百分率(PPL)为92.63%;麻花艽居群间的期望杂合度(H_e)为0.288 2,多样性信息指数(I_m)为0.437 1,种群间基因分化系数(G_(st))为0.678 3,基因流(N_m)为0.237 1,遗传距离为0.074 3~0.490 0。UPGMA树将麻花艽居群主要分为2大支。结论麻花艽种群遗传多样性水平较高,居群间遗传多样性水平高于居群内;其遗传变异主要存在于居群间;遗传特性与地理分布具有一定相关性。该工作可为麻花艽品种鉴定、物种就地保护、探讨环境等因素对于遗传分化的影响及药材道地性研究提供基础资料。     

陕西秦岭地区三叶木通遗传多样性的AFLP分析

目的利用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术对陕西秦岭地区6个天然居群的三叶木通种质进行遗传多样性分析。方法利用10对引物组合对111份三叶木通种质进行AFLP扩增,并评估遗传多样性。结果 AFLP扩增结果共产生221条清晰的条带,其中多态性条带132条,占59.7%。6个三叶木通居群间遗传分化系数为0.505,基因多态性指数为0.185。在Nei’s遗传距离0.13处,6个天然居群被聚为4个类群。结论陕西秦岭地区三叶木通天然居群遗传多样性水平较低,居群内与居群间的遗传变异程度基本相同。     

野生白及资源遗传多样性的SRAP分析

目的对不同来源的野生白及遗传多样性进行分析,为白及种质的选育、保护和开发提供参考。方法以全国不同地区的50份野生白及样品为材料,利用序列相关多态性扩增(SRAP)分子标记技术进行遗传多样性分析,使用UPGMA法进行白及亲缘关系的聚类分析。结果利用筛选出的15对SRAP引物组合,50份样品扩增获得共117个条带,平均每个引物产生7.8个条带,其中多态性条带106条,多态性比率为90.60%。聚类结果表明供试50份白及样品的遗传相似系数为0.59～0.87,以遗传系数0.66为基准可以分成6大类。遗传距离最近的2份紫花白及分别来自云南丽江市2号和湖北京山县2号,其遗传距离与地理距离无直接关联。结论野生白及资源间存在较丰富的遗传多样性,且地理距离与遗传距离并无直接关联,SRAP技术可为白及的资源保护、品种选育提供理论依据,为白及后续开发利用提供参考。     

河南益母草野生居群遗传多样性的SCoT分析

目的 研究河南益母草野生居群遗传多样性.方法 利用SCoT分子标记对位于河南伏牛、太行、大别和桐柏4大山脉的8个益母草居群66个样品进行遗传多样性分析.结果 10对引物共扩增出240条带,其中多态性条带为238条,多态性百分率(PPB)为99.17％.Nei's遗传多样性指数(H)平均值为0.264 2,Shannon's多态性信息指数(I)平均值为0.39,遗传分化系数(Gst)为0.294 6,种群间基因流为1.197.Mantel Test分析表明,河南益母草居群间的亲缘关系与它们之间的地理距离有着明显的相关性(r=0.366 3,P＜0.05).结论 河南野生益母草种群具有较高的遗传多样性,其遗传距离与地理距离存在明显的相关性.     

对叶百部遗传多样性的AFLP分析

目的对对叶百部Stemona tuberosa Lour.不同居群进行遗传多样性和遗传结构进行分析。方法利用荧光AFLP标记技术,8对EcoR I/Mse I引物组合对38份供试材料的基因DNA扩增,进行多态性检测,用NTSYSpc-2. 11F软件进行数据分析。以DICE相似系数为基础而得出UPGMA个体间聚类图和相似系数。结果共获得条带数1477条,多态性条带数1477条,多态性达到了100%。UPGMA个体间聚类结果表明,对叶百部种群间的遗传距离与地理距离有相关性。结论对叶百部不同居群间的遗传多样性非常丰富。为对叶百部种质资源的合理利用和品种选育提供了分子水平的理论依据。     

短葶山麦冬遗传多样性TRAP标记研究

目的:利用TRAP分子标记技术研究短葶山麦冬遗传多样性。方法:以果糖、光合或甾体皂苷代谢途径7个关键酶基因和1个凝集素基因作为靶标序列设计固定引物13条,筛选随机引物19条,利用其中11对多态性较高引物组合对50份短葶山麦冬种质进行分析。结果:共扩增了335条带,其中多态性带323条,占96.42%。引物平均多态信息量0.930。遗传分化系数0.610。UPGMA聚类表明相似系数0.52~0.98。结论:短葶山麦冬遗传多样性水平较高,出现了一定程度的遗传分化。     

基于CDDP标记铁皮石斛抗性种质筛选与多样性研究

目的利用CDDP标记技术对43份铁皮石斛Dendrobium officinale野生和栽培种质进行初步抗性筛选和遗传多样性分析,为铁皮石斛产业以及优良品种筛选保护提供理论基础。方法从21条CDDP引物中筛选出产物清晰、多态性好的引物对供试材料基因组DNA进行扩增。结果 16条引物共扩增出了151条带,其中多态性条带144条,多态性比率95.7%,表明供试材料具有丰富的遗传多样性。种群遗传多样性结果表明,3个种群多态性位点比例(PPL)为65.56%~82.12%,种群间基因分化系数(Gst)为0.110 2,基因流(Nm)为4.035 4,说明人为选择亦可能促进铁皮石斛的遗传多样性。结论铁皮石斛人工栽培种具有丰富的遗传多样性,同时统计结果分析表明,43份材料中可以初步筛选出8份具有潜在优良抗性的植株。     

药用峨眉野连遗传多样性的RAPD分析

目的:对峨眉野连进行遗传多样性研究.方法:通过RAPD技术对10个野牛峨眉野连居群共110个个体进行遗传多样性分析.结果:用14个随机引物共扩增出132条清晰条带,其中98条具多态性,平均多态性位点比率为74.24%,Nei's基因多样性指数H=0.286 3,Shannon's多样性指数I=0.362 4,遗传分化指数G_(st)=0.230 5,遗传距离和遗传一致度分别为0.193 1～0.524 5,0.501 6～0.884 3.结论:峨眉野连种水平上具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群内部,遗传多样性与地理关系表现出明显的相关性,RAPD可以作为研究遗传多样性及遗传分化的有效标记.     

云南金钗石斛居群DALP遗传变异研究

对云南7个金钗石斛居群和1个喇叭唇石斛居群,用5组DALP引物扩增得到140条清晰条带,其中102条为多态位点,多态比率72.86%,平均每组引物扩增所得多态条带为20.4。金钗石斛居群水平平均多态位点47.96%,多态位点在22.86%~68.57%;物种水平多态位点72.86%。DALP分析显示,金钗石斛物种水平的遗传多样性指数分别为PPB 72.86%,H 0.288 9,I 0.424 2;居群水平遗传多样性指数分别为PPB 47.96%,H 0.186 1,I 0.273 9。金钗石斛基因遗传分化系数G_st为0.338 6,即66.14%的遗传变异来自居群内,33.86%的遗传变异来自居群间,居群间存在较高水平的遗传分化。     

川滇地区麻疯树遗传多样性及亲缘关系的cpSSR研究

目的:研究川滇地区麻疯树遗传多样性,探讨居群间亲缘关系,为合理利用麻疯树种质资源及良种选育奠定理论基础。方法:作者运用12对叶绿体微卫星(cpSSR)标记引物对10个麻疯树野生居群进行分析,将扩增出的条带作为原始矩阵,用POPGENE version 1.32软件分析遗传多样性参数,并采用NTSYSpc version 2.10软件进行UPGMA聚类分析,构建系统树状图。结果:共检测到多态性位点22个,多态性位点百分率(P)平均为76.28%。其中,云南双柏(YNSB)居群多态性位点百分率最高,达95.45%;而云南泸水(YNLS)居群多态性位点百分率最低,仅45.45%。Nei’s基因多样性指数He 0.402 0,Shannon信息多样性指数I 0.576 7,有效等位基因数Ae 1.713 6,总基因多样性(HT)0.443 3,基因分化系数Gst 0.080 2,基因流(Nm)3.058 5;居群内基因多样性HS 0.405 1,居群间基因多样性(Dst)0.035 7,表明麻疯树居群内的基因多样性在总居群基因多样性中所占比例较大,麻疯树居群间几乎没有分化;ANOVA分析结果表明,91.02%的变异来源于居群内,8.98%变异来源于居群间,即10个供试麻疯树居群遗传变异主要发生在居群内,居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异,这与Nei’s基因分化系数分析结果一致;麻疯树各居群遗传多样性由低到高依次为:云南泸水(YNLS)居群<云南西双版纳(XSBN)居群<四川花棚子(SCHPZ)居群<四川会东(SCHD)居群<四川金河(SCJH)居群<云南普洱(YNPR)居群<四川雷波(SCLB)居群<云南双柏(YNSB)居群<云南法依(YNFY)居群<四川会理(SCHL)居群;10个麻疯树居群的遗传一致度为0.812 7～0.979 8;遗传距离为0.020 4～0.207 3,表明这10个居群间的相似程度较高,遗传距离较小,亲缘关系较近;UPGMA聚类分析显示:10个麻疯树居群可分为两大类,即SCJH居群和SCHPZ居群聚为一类;SCHL居群、SCHD居群、SCLB居群、YNSB居群、YNFY居群、YNPR居群、XSBN居群和YNLS居群聚为另一类。结论:川滇地区麻疯树具有丰富的遗传多样性,但各居群间亲缘关系较近。     

濒危药用植物桃儿七野生居群遗传多样性与遗传结构的SCoT分析

目的:揭示珍稀濒危药用植物桃儿七的遗传多样性水平及居群遗传结构特点.方法:采用新型分子标记SCoT对来源于我国的6个桃儿七野生居群共45个个体进行遗传多态性检测.运用POPGENE软件计算相关遗传参数,UPGMA方法聚类,结合MEGA5软件生成树状图.结果:筛选出的27条引物,共检测到350个位点,其中284个为多态位点,平均每条引物扩增所得多态条带为10.52条.物种水平上,桃儿七6个野生居群的遗传多样性较为丰富,PPB 79.27％,Ne 1.332 7,H 0.210 9,Hspp0.328 6.在居群水平上,遗传多样性水平较低:PPB 10.48％(4.00％～23.71％),Ne 1.0487(1.020 7～1.1037),H 0.029 7(0.012 9 ～0.063 1),Hpop0.046 2(0.019 9 ～0.098 6).Nei's基因多样性指数计算的居群间遗传分化系数Gst=0.841 1与Shannon's居群分化系数(Hsp-Hpop)/H.p=0.849 4基本一致,均说明大部分遗传变异存在于居群间.基因流Nm=0.094 4,表明桃儿七居群间基因交流处于低等水平.Nei's遗传一致度(I)范围为0.570 8～0.978 7.聚类分析将供试居群分为2类,相同地理来源或相似生境的材料具有聚为一类的倾向.结论:供试野生桃儿七具有较丰富的遗传多样性,为有效保护和改良种质资源奠定了一定的基础.     

我国肉苁蓉寄主梭梭种质资源多样性的AFLP分析

该研究主要采用AFLP技术结合PopGene32和NTSYSpc2.1软件分析了我国西北地区5省14地103份梭梭的遗传多样性。结果表明：梭梭群体总的多态位点百分率为94.13%,5个省居群平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.308 0,Shannon’s多态性信息指数（I）为0.467 6,说明梭梭种群内遗传多样性较高。基因分化系数（G_st）为0.313 8,即68.62%的遗传变异来自省内,31.38%的遗传变异来自省间。5个省间的基因流（N_m）为1.093 5,其基因流属于风媒异交植物的特征。AMOVA分析表明,梭梭89.34%的遗传变异出现在省内,仅有10.66%的遗传变异发生在省与省之间,进一步分析得知省内的遗传变异主要发生在各采样点居群间（84.80%）。依据Nei’s遗传距离对不同居群进行UPGMA聚类分析,得知新疆和青海的梭梭样品和其他各省相比其遗传关系较远且各自聚为一支,而甘肃、内蒙古和宁夏产区的样品遗传关系较近聚为一支。总之,我国梭梭种群遗传多样性较高,各地区之间的遗传分化较小,现阶段该物种的种内丰度较高。因此,加强不同地区的梭梭种质繁育和人工种植推广可以有效的保护野生梭梭资源并实现可持续利用。     

相关系列扩增多态性分子标记分析部分山药品种遗传多样性

 目的评价山药资源的多样性,为山药品种鉴定及亲缘关系的研究提供科学依据。方法以8个山药栽培居群中的21个山药品种为试材,进行相关系列扩增多态性（SRAP）分析,Popgene1.32软件计算遗传参数,UPGMA方法构建亲缘关系聚类图。结果相关系列扩增多态性引物共检测到309条清晰条带,其中多态性条带289条;Nei基因多样性指数（H）为0.2881、Shannon信息指数为（I）0.4416、居群间基因多样性（Ht）为0.2891,阐明了山药居群间具有很高的多样性;居群内以河南温县薯蓣居群多样性最高,PPB为35.92％,而福建三明（FJSM）和浙江高楼（ZJRG）山薯居群多样性最低（PPB＝0％）;居群间基因分化系数Gst为0.8658、基因流（Nm）为0.0775,揭示山药居群间遗传变异大于居群内遗传变异;8个居群间的遗传距离在0.0498～0.4879,因栽培物种的不同被聚为4类;相关系列扩增多态性标记可将21个山药品种分别归属到薯蓣、参薯、褐苞薯蓣、山薯种内。结论山药品种呈现较高遗传多样性,4种基原山药种间遗传差异较大,相关系列扩增多态性是鉴别我国山药品种的有效方法。     

白术遗传多样性ISSR分析

目的:对白术12个栽培居群及3个半野生居群的遗传多样性进行分析.方法:应用ISSR分子标记技术研究浙江、安徽、河北等省15个居群356个样品的遗传多样性;采用POPGEN32进行数据分析,UPGMA绘制聚类图.结果:13条ISSR引物共检测到102个清晰的扩增位点,多态性位点94个,多态位点百分率为92.16％;Nei's基因多样性指数(Hr)为0.406 5,Shannon多样性指数(I)为0.590 3,基因分化系数(Gst)为0.202 5.居群间的遗传相似系数为0.690 7 ～0.960 5,平均为0.825 6.聚类分析可知,居群间并无明显分类.结论:白术具有较高的遗传多样性,遗传分化水平低,无明显地域性差异及品种差异.这与白术目前栽培及种质流通现状呈正相关.     

基于ISSR的甘肃中麻黄遗传多样性研究

目的研究甘肃不同居群中麻黄Ephedra intermedia的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记技术对甘肃省11个居群的中麻黄样本进行分析,利用POPGENE 32软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 12条引物共检测到175个位点,其中多态性位点150个,多态位点百分率(PPL)为85.71%。中麻黄居群间的H为0.211 4,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.332 1,种群间基因分化系数(Gst)为0.259 3,基因流(Nm)为1.428 6,遗传距离0.014 4~0.159 8。结论甘肃中麻黄种群遗传多样性水平较高,但居群内遗传多样性水平低于居群间;中麻黄种群的遗传变异主要存在于居群内;亲缘关系与地理分布具有一定的相关性。     

药用肉苁蓉的遗传多样性RAPD分析

目的 :荒漠肉苁蓉Cistanche deserticola和管花肉苁蓉Cistanche tubulosa群体遗传多样性的研究。方法 :对荒漠肉苁蓉 2个野生居群和管花肉苁蓉 4个野生居群进行RAPD分析 ,利用POPGENE1.31版软件分析群体的遗传多样性。结果 :荒漠肉苁蓉平均多态位点百分率 47.37% ,2个居群多态位点分别为 39.4 7%和 35.53% ,平均Nei’s基因多样性为 0 .135 8,Shannon’s多态性信息指数为 0.2072 ,基因分化系数Gst=0.2546。管花肉苁蓉平均多态位点百分率 27.5 9% ,各居群多态位点百分率从 19.54 %到 25.29% ,其中安迪尔居群的最高 25.29% ,平均Nei’s基因多样性为 0.0823,Shannon’s多态性信息指数为 0.1258,基因分化系数Gst=0.1755。结论 :荒漠肉苁蓉和管花肉苁蓉在居群间均有一定的分化 ,荒漠肉苁蓉的遗传多样性明显高于管花肉苁蓉 ,并已明显分化成 2个生态型。     

通江百合天然群体遗传多样性的SRAP分析

目的 采用SRAP标记技术对通江百合天然群体遗传多样性进行研究.方法 通过SRAP标记对通江百合10个天然群体100个个体遗传多样性进行分析,利用POPGENE 1.32和NTSYS-pc进行数据分析.结果 选择15对引物共扩增出170个位点,多态位点163个,种水平上多态位点百分率为90.58%,Nei's基因多样度指数H0.2631,Shannon's信息指数I0.3661;遗传分化系数Gst0.3672,遗传距离变化范围为0.2021～0.5749.结论 通江百合物种水平上的遗传多样性较高;居群内遗传多样性大于居群间遗传多样性,变异主要存在于居群内部;聚类结果与地理分布表现出明显相关性.