广西梧州籍汉族α-地中海贫血患者HLA-A、B等位基因多态性及单倍型分析

目的分析广西梧州籍汉族α-地中海贫血患者人类白细胞抗原（HLA）-A、B在高分辨基因分型水平上的等位基因多态性和单倍型的分布特征。方法采用聚合酶链反应-直接测序分型法（PCR-SBT）,对广西梧州籍汉族117例α-地中海贫血患者的HLA-A、B位点进行高分辨基因分型,用直接计数法计算等位基因频率,应用Arlequin V3.5软件,以最大似然法分析单倍型频率。结果在117例α-地中海贫血患者中共检出高分辨HLA-A等位基因17个,HLA-B等位基因33个。A位点等位基因频率最高的是A＊11：01（27.35%）,B位点等位基因频率最高的是B＊40：01（15.38%）和B＊46：01（14.96%）。频率最高的HLA-A-B单倍型有A＊33：03-B＊58：01（11.49%）、A＊02：07-B＊46：01（8.33%）、A＊11：01-B＊40：01（6.34%）。连锁不平衡最显著的单倍型是A＊33：03-B＊58：01、A＊02：07-B＊46：01、A＊74：02-B＊51：01、A＊02：03-B＊38：02、A＊11：02-B＊27：04。结论广西梧州籍汉族α-地中海贫血患者HLA-A、B等位基因具有较高的多态性,其双座位单倍型具有地区性遗传特征。     

中国汉族人群醛固酮合成酶基因编码区多态性

目的检测中国汉族人群醛固酮合成酶基因(CYP11B2)编码区单核苷酸多态性及分布情况,寻找该基因的遗传标记。方法采用分片段扩增直接测序的方法检测31例血压正常人,32例原发高血压患者和24例原发醛固酮增多患者〔血浆醛固酮与肾素活性比(ARR)﹥50〕的CYP11B2基因的全部编码区和邻近内含子区,将测序结果与美国国家生物技术中心(NCBI)及国际人类基因组单体型图计划(HAPMAP)中日本人、欧洲人和非洲人的序列比对。同时将测序结果进行连锁不平衡分析和单体型构建。结果①共发现18个多态性位点,有6个核苷酸多态性(SNP)位点在中国以外数据库中未见报道,占33%。有1个有意义突变G5821A,其余的为同义突变或者位于内含子区。②各个多态性位点的基因型和等位基因频率在三组间无明显差异。③通过连锁不平衡分析和单体型构建显示,有9个位点相互之间存在完全或者强连锁不平衡;形成7种主要单体型,约占全部单体型的85.4%。其中1种单体型在三组间分布差异明显。结论①突变位点大多数位于内含子区,或者为同义突变,仅有少数有意义。②中国汉族人群CYP11B2基因编码区多态性位点的分布与频率和其他国家人群相比存在着种族差异。③这些多态性位点和单体型为今后的蛋白质功能研究和大样本人群病例-对照关联研究候选SNPs提供了科学依据。     

简化的血管紧张素原基因单倍型分析与原发性高血压的关系

目的探讨血管紧张素原(AGT)基因连锁不平衡状态、单倍型及与原发性高血压的关系。方法选取497例病例对照样本,采用。PCR-RFIP法检测AGT基因7个位点多态性,同时用最大期望值(EM)算法进行两位点连锁不平衡和单倍型结构估计。结果A-6G,C 31T,T235M三位点两两存在完全连锁不平衡(D’=1)。用5种多态(A-217G,G-152A,A-20C,T174M和T235M)和7种多态(A-217G,G-152A,A-20C,A-6G,C 31T,T174M)估计单倍型结果相同。病例对照研究发现单倍型H2在病例组中频率高于对照组;单个位点分析未见与高血压关联。结论AGT基因研究中A-6G,C 31T,T235M三种多态可简化为其中一种;H2单倍型可能与控制血压的保护性因素连锁不平衡。     

PGC-1α基因多态性与2型糖尿病的相关性

目的 了解华南汉族人群PGC-1αt基因单核苷酸多态性与2型糖尿病的相关性.方法 采集350例2型糖尿病患者和其父母以及366名正常糖耐量志愿者的血样,提取基因组DNA.应用PCR.限制性片段长度多态性(RFLP)和DNA直接测序技术鉴定PGC-1α基因多态性位点的基因型.应用病例.对照方法和基于家庭的单倍型相对危险度分析(HRR)和传递不平衡检验(TDT)方法分析相关多态性及其单倍型与2型精尿病的相关性.结果 (1)病例-对照研究显示Gly482Ser(G/A)多态性G、A等位基因在2型糖尿病组和正常糖耐量组分布频率分别为0.589、0.411和0.687、0.313(x2=15.076,P<0.01).Thr394Thr(G/A)、Thr528Thr(A/G)和Thr612Met(C/T)等位基因在两组间分布频率差异无统计学意义(均P>0.05).394A-482A-528A单倍型在两组间分布差异有统计学意义(x2=40.2,P<0.05),且与2型糖尿病存在连锁不平衡(t=2.503,P<0.05).(2)基于家庭研究显示PGC-1α基因Gly482Ser变异的A等位基因由父母更多地向患者传递(x2=7.217,P=0.007,HRR=1.450),TDT-ETDT结果均显示482位点A等位基因由杂合子父母传递给患病子代的频率偏离0.5(均P<0.05),单倍型TDT分析显示394A-482A-528A.612C,394A-482A-528A-612T,394A-482A-528G-612C和394A-482A-528G-612T单倍型分布频率显著偏离0.5(P<0.05或P<0.01).结论 Gly482Ser(G/A)变异与华南汉族2型糖尿病的易感性密切相关,Thr394Thr(G/A)变异可能辅助了这种作用.     

血管紧张素转化酶1基因单倍型与原发性高血压

目的:研究中国人群中血管紧张素转化酶1(ACE1)基因多态性及单倍型与原发性高血压的关系。方法:在298例原发性高血压患者(病例组)与199例血压正常人(对照组)采用PCR后的限制性酶切片段长度多态性(PCR-RFLP)法或电泳直接检测ACE1基因8个位点多态性,同时用最大期望值(EM)计算法进行2位点连锁不平衡(LD)状态和单倍型类型的估计。结果:ACE1基因多态存在LD(均D'>0.5),8个多态存在于常见的9个单倍体中,其中2种最常见的单倍型为A(A-T-A-T-G-I-A-3)和B(C-C-T-C-A-D-G-2),A和B在每个位点都不相同。单个位点除A-240T外,其余各位点均未见与高血压有关联,单倍型D的频率在病例组中高于对照组。结论:该群体中ACE1基因存在LD,T-240位点可能为原发性高血压易感位点LD。     

TCF7L2基因rs7903146T/C和rs7901695T/C单核苷酸多态性与内蒙古汉族人群2型糖尿病易感性的相关性研究

目的研究内蒙古地区汉族人群中T2DM易感性与TCF7L2基因rs7903146T/C和rs7901695T/C位点单核苷酸多态性(SNPs)是否相关。方法收集T2DM患者和正常体检人群的抗凝血,采用等位基因特异性PCR(AS-PCR)进行SNPs分析;运用SHEsis软件对T2DM组和正常对照(NC)组的TCF7L2基因的SNPs位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果rs7903146T/C和rs7901695T/C位点的基因型分布在T2DM及NC组间的分布差异无统计学意义(P>0.05),但rs7903146T/C位点的T和C等位基因频率在两组间的分布差异有统计学意义(P<0.05)。rs7903146T/C和rs7901695T/C位点连锁平衡(D′=0.060),rs7901695T-rs7903146T单倍型在T2DM组的频率明显高于NC组(P<0.01,OR=1.803,95%CI:1.183～2.7487)。结论在内蒙古地区汉族人群,rs7903146位点C→T多态性可能与T2DM关联,携带突变等位基因T可增加罹患T2DM的风险,rs7901695位点C→T多态性与T2DM易感性无明显相关性,但rs7901695T-rs7903146T单倍型与T2DM发病风险相关。     

AGTRL1基因变异与原发性高血压

目的探讨AGTRLl基因多态性及单倍型与原发性高血雎的相关关系。方法选取上海地区汉族人群原发性高血压家系248家共1042人为研究样本，应用TaqMan MGB荧光探针定量PCR技术，检测各样本．4GTRLl基因启动子区rs10501367和rs7119375基因多态性分型。应用FBAT软件预测陔两个多态性位点可能组成的单倍型．并对多态位点及单倍型与原发性高血压的关系进行分析。结果所选位点基因型频率在研究人群中的分布均符合Hardy—Weinberg遗传平衡定律：应用FBAT（显性模型遗传模式）统计分析结果显示rs10501367、rs7119375及其组成的单倍型G—G与原发性高血联相关。其中rs7119375的G等位基因（Z=2．390，P=0．017）和rs10501367的G等位基因（Z=2．177．P=0．030）可以由亲代下传给患病子代。结论位于AGTRLl基因启动子区的多态性位点与上海地区汉族人群原发性高血乐存在相关关系，单倍型G—G可能对高血压的发病有贡献．     

AGTRLl基因变异与原发性高血压

目的探讨AGTRLl基因多态性及单倍型与原发性高血雎的相关关系。方法选取上海地区汉族人群原发性高血压家系248家共1042人为研究样本，应用TaqMan MGB荧光探针定量PCR技术，检测各样本．4GTRLl基因启动子区rs10501367和rs7119375基因多态性分型。应用FBAT软件预测陔两个多态性位点可能组成的单倍型．并对多态位点及单倍型与原发性高血压的关系进行分析。结果所选位点基因型频率在研究人群中的分布均符合Hardy—Weinberg遗传平衡定律：应用FBAT（显性模型遗传模式）统计分析结果显示rs10501367、rs7119375及其组成的单倍型G—G与原发性高血联相关。其中rs7119375的G等位基因（Z=2．390，P=0．017）和rs10501367的G等位基因（Z=2．177．P=0．030）可以由亲代下传给患病子代。结论位于AGTRLl基因启动子区的多态性位点与上海地区汉族人群原发性高血乐存在相关关系，单倍型G—G可能对高血压的发病有贡献．     

人类白细胞抗原A和DRB1基因与1型糖尿病的相关性研究

目的研究江苏地区人类白细胞抗原（HL4）-A和月出-DRBl基因频率及单倍型与1型糖尿病的相关性。方法于2008至2009年在江苏省江阴市和南京市选择自发酮症急性起病、依赖胰岛素治疗的1型糖尿病门诊或住院患者51例（1型糖尿病组）,其中男27例,女24例,平均发病年龄（14±9）岁。另以2002至2006年登记加入中华骨髓库江苏分库的汉族无关骨髓捐献志愿者HLA分型资料20248份为对照。从受试者外周血中提取细胞基因组DNA,利用聚合酶链反应-寡核苷酸探针序列特异性引物技术进行HLA—A和月似-DRBl基因分型,应用Arlequin软件分析计算单倍型频率及连锁不平衡情况,通过卡方检验等比较组间基因频率、单倍型频率及疾病相关性分析。结果HLA-A点频率最高的为A＊02和A＊24,HLA-DRBl位点频率最高的为DRBl＊09。与对照组相比,1型糖尿病组HLA—A＊3[6．86％（7／102）比2．43％（984／40496）,X^2=8．40,P〈0．01,比值比（OR）=3．00]、A＊24[27．45％（28／102）比16．79％（6799／40496）,X^2=8．27,P〈0．01,OR=1．87]和DRBl＊09[32．35％（33／102）比16．15％（6540／40496）,X^2=19．69,P〈0．01,OR=2．47]、DRBl＊03[15．69％（16／102）比4．76％（1927／40496）,X^2=26．66,P〈0．01,OR=3．69]频率显著升高。A＊01-DRBl＊03在连锁不平衡分析中为1型糖尿病组所特有。结论检测出位点A＊03、A＊24及DR03、DR09对1型糖尿病的易患性,发现3个有易患作用的A—DR单倍型,观察到与1型糖尿病关联的祖先单倍型A01DR03。     

GpⅡb／Ⅲa基因多态性与冠心病关系的研究

目的探讨血小板膜糖蛋白（Gp）Ⅱh／Ⅲa基因多态性与冠心病的关系。方法选择冠心病患者86例（A组）和健康体检者80例（B组）,运用聚合酶链-序列特异性引物技术进行GpⅡb人类血小板抗原3（HPA-3）及GpⅢaHPA-1多态性检测。结果A组和B组中GpⅡb HPA-3aa、ab、bb基因型分布有统计学差异,A组ab、bb基因型的分布较B组高,A组b等位基因频率高于B组。GpⅡb HPA-3ab和bb基因型在心肌梗死组中的分布、b等位基因频率高于非心肌梗死组。结论GpⅡb HPA-3b等位基因可能是冠心病的遗传易患因子,GpⅡb HPA-3可能为心肌梗死发生的遗传易感性标志,GpⅢa HPA-1基因可能与蔻心病发生无关联。     

5脂氧合酶激活蛋白基因单核苷酸多态性与冠心病的关联研究

目的探讨5-脂氧合酶激活蛋白基因2354T/A和16699G/A多态性与冠心病的关系。方法采用聚合酶链反应—限制片长多态性技术,对282例经冠状动脉造影证实的冠心病患者和79例对照者进行检测,分析5-脂氧合酶激活蛋白基因2354T/A和16699G/A多态性的基因型和等位基因频率分布情况,检验多态位点与冠心病的关联。结果 5-脂氧合酶激活蛋白基因2354T/A和16699A/G多态性在病例组和对照组均以TT、GG基因型为主。A等位基因为少见型。连锁不平衡分析显示2354T/A,16699G/A间不存在连锁不平衡(D’=0.798,r2=0.037)。单因素分析显示以上2个多态未显示与冠心病的相关性,应用Logistic回归模型将混杂因素矫正后进行分析单个多态位点与疾病的关系时,以上2个多态同样未显示与冠心病的相关性。将以上多态全部纳入构建单体型,有两种单体型频率较高分别为:AG28.6%、TG68.9%,单体型分析显示,两组间比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论 5-脂氧合酶激活蛋白基因2354T/A和16699G/A多态性与中国天津汉族人群冠心病易感性无明显关联。     

FOXP2基因多态性与功能性构音障碍的关系

目的 探讨FOXP2基因多态性与功能性构音障碍(FAD)的关系.方法 选择轻度FAD患儿42例(轻度FAD组)、中重度FAD患儿108例(中重度FAD组),同期选择140例正常健康体检者作为对照组.采用PCR-RFLP结合直接测序法测定各组FOXP2基因5′调控区3个单核苷酸多态位点(SNPs) rs923875、rs1852469和rs2396722的等位基因和基因型频率,同时构建单倍型.结果 轻度FAD组rs1852469位点4例,对照组rs2396722位点2例、rs1852469位点3例样本未能成功分型.其余FOXP2基因3个SNPs的等位基因和基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡定律.中重度FAD组rs1852469位点的等位基因及基因型频率与正常对照组比较有明显统计学意义(P＜0.05).单倍型rs923875A/+rs2396722T/+rs1852469T在中重度FAD组的频率显著高于正常对照组(P＜0.05).单倍型rs923875C/+ rs2396722C/+ rs1852469A在正常对照组的频率显著高于中重度FAD组,为保护性单倍型(P＜0.05).结论 FOXP2基因可能与中重度FAD有关;含有rs923875A/+ rs2396722T/+ rs1852469T单倍型的个体发生FAD的相对风险较高.     

PPAP2B基因单核苷酸多态性与冠心病的关联研究

目的研究PPAP2B基因单核苷酸多态性(SNP)位点与中国汉族人冠心病(CHD)发病的相关性。方法共收集525例CHD患者和650例正常对照(NC),采用病例-对照关联研究的方法 ,选取PPAP2B基因的4个标签SNP,包括已有报道的rs17114036位点,采用单碱基延伸法(SNaPshot)进行基因分型,并分析其与冠心病的相关性。结果 PPAP2B基因4个标签SNP:rs6588635、rs17114036、rs2404715和rs17407790的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。其等位基因频率在CHD组与NC组间有显著差异(rs6588635P=0.00167、rs17114036P=0.00581、rs2404715P=0.0174、rs17407790P=0.00124)。通过单倍体型分析发现,这4个SNP位点处于同一个连锁不平衡区域,其中风险单倍体型TACC可以增加冠心病易感性0.73倍(P=0.0012),而保护型的单倍体型CGTT可降低冠心病的患病风险47%(P=0.0025)。结论 PPAP2B基因SNP位点与冠心病发病显著相关,其危险等位基因可增加冠心病的易感性。     

白细胞介素-23R单核苷酸多态性与中国汉族人群强直性脊柱炎的关联分析

目的 研究白细胞介素(IL)-23R基因单核苷酸多态性(SNPs)与中国汉族人群强直性脊柱炎(AS)的相关性.方法 选取IL-23R基因SNPs位点rs11209026、rs1343151和rs11209032以及在物理距离上与它们相近的另外3个SNPs位点进行检测;采用聚合酶链反应(PCR)直接测序法进行基因分型;采用SPSS 13.0软件进行Hardy-Weinberg平衡、基因型和等位基因频率分析;采用SHEsis软件进行连锁不平衡和单倍型分析.结果 rs11209032位点的各基因型分布和rs6677188位点的各基因型与等位基因频率分布在病例组和对照组差异有统计学意义(P<0.01);rs6677188和rs11209032存在连锁不平衡关系(D'=0.925,r2=0.561);单倍型GAC和单倍型GTC在AS患者和健康对照者中的分布差异有统计学意义(p<0.01),其中单倍型GAC在AS患者高,而单倍型GTC在健康对照者高.结论 IL-23R基因单核苷酸多态性与中国汉族人群AS相关,IL-23R基因可能是AS的一个易感基因.     

山东省2型糖尿病与2号染色体遗传位点相关性的探讨

目的 用DNA混合池与微卫星遗传标记寻找2型糖尿病的关联遗传位点,定位致病基因.方法在2号染色体上间隔10厘摩(cmol/L)遗传距离选择了30个微卫星遗传标记,分别对284例有家族史的2型糖尿病患者(T2DM组)和1000名正常对照者(NC组)各自组成的DNA混合样本进行扫描,比较T2DM组与NC组每个等位基因频率的差异.结果 在D2S286与D2S335位点T2DM组和NC组的等位基因频率存在统计学差异(P≤0.01).结论 山东省汉族人群家族史阳性的2型糖尿病患者群体在2号染色体D2S286和D2S335位点存在关联,为筛查易感基因提供了线索.     

Kir 3.4基因单核苷酸多态性与特发性心房颤动的相关性研究

目的 检测特发性心房颤动乙酰胆碱依赖性钾通道基因(Kir3.4)编码区的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms.SNPs)及单倍型.并探讨其与特发性心房颤动的关系. 方法 采用直接测序法检测186例特发性心房颤动患者(观察组)和210例正常体检者(对照组)Kir3.4基因编码区的序列.同时用最大期望值法进行两位点连锁不平衡和三位点的单倍型分析.以确定Kir3.4基因SNPs的位置及单倍型,并对其与心房颤动的关系进行相关性分析. 结果 在编码区1260 bp的测序长度中.共发现C171T、G810T和C834T 3个SNPs(均为同义突变),其中G810T和C834T呈完全连锁不平衡(D'=1).C171T和G810T、C834T和C171T呈微弱连锁不平衡(0相似文献   

HLA与先天性心脏病法乐氏四联症

本调查以100例法乐氏四联症患者的人类自细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)分型结果与健康群体样本进行抗原相对危险比及HLA单倍型关联分析,结果表明,该病不仅与HLA美联,且有呈现连锁不平衡之单倍型,进而证实了该病的发病与免疫遗传有关。     

肺结核病患者与HLA-DRBI等位基因的关联

目的：通过对湖北省汉族肺结核病（PTB）患者进行HLA-DRB1基因分型,探讨此人群与HLA-DRB1的相关性。方法：用序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应（PCR-SSOP）技术对174例PTB患者及1358例健康人群进行HLA-DRB1基因分型。基因频率与Hardy-Weinberg平衡卡方检测使用arlequin软件进行,组间比较用Fisher精确概率法计算P值,检测水准为a=0．05,相对危险系数用RR表示,RR：A（A＋B）／C（C＋D）。结果：174例PTB患者HLA-DRB1基因分型结果与希望值进行H-W平衡检测（P〉0．05）。此人群检出HLA-DRB1等位基因共13种与对照组一致。其中RB1＊08与DRB1＊09基因频率显著高于对照组,差异有统计学意义（P〈O．01）,且RR〉1,说明DRB1＊08与DRB1＊09或与其连锁的单倍型可能是的PTB易感基因;RB1＊10与DRB1＊13基因频率显著低于对照组,差异有统计学意义（P〈0．05）,且RR〈1,说明RB1＊10与DRB1＊13可能是PTB的保护基因。其余等位基因频率组间比较均无统计学意义。结论：湖北省汉族PTB患者这个疾病群体遗传平衡被杂化,其与HLA-DRBl有一定的关联,但有其自身的特点。     

GATA6基因启动区多态性与急性心肌梗死患者易感性和临床特征的相关性分析

目的探讨GATA6基因启动区-493(rs144923558)G/A、-172(rs146748749)G/A 2个位点单核苷酸多态性(SNP)与急性心肌梗死(AMI)之间的关系及其相关的危险因素。方法采用病例-对照研究方法,收集328例AMI患者和344例正常对照;应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性技术结合DNA测序后的序列比对进行数据统计;运用Hardy-Weinberg平衡检验后,应用χ~2检验进行相关分析;利用Logistic回归对多种危险因素以及2个SNP位点与AMI发病进行关联性分析;利用Haplovview4.2软件和SHEsis网站进行连锁不平衡及单倍体分析。结果 2个SNP位点共检测出3种基因型为GG、GA和AA,其基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),同时在AMI组与对照组间差异无显著性(P0.05)。多因素Logistic回归分析:增龄、高血压病、吸烟、低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)和甘油三酯(TG)升高是AMI发病的独立危险因素(P0.05),HDLC为保护因素(P0.05)。在显性、隐性和加性3种不同遗传模式下进行Logistic回归分析发现,2个SNP位点与AMI发病无关联性。进行连锁不平衡和单倍型分析提示,该2个SNP位点处于同一个连锁不平衡区域(D′=1.000,r~2=1.000),单倍型GG和AA均未增加AMI易感性(P0.05)。结论 GATA6基因启动区-493(rs144923558)G/A与-172(rs146748749)G/A两个SNP位点为完全连锁不平衡,其中GG为主要单倍型。该2个SNP位点及其单倍体型与AMI发病无相关性,但提供了GATA6基因启动区多态性的群体遗传学资料。     

中国北方汉族人群HLA-A、HLA-B、HLA-DR等位基因频率检测及其临床意义

目的从基因水平了解中国北方地区汉族人群人类白细胞抗原HLA—A、HLA—B、HLA—DR位点的等位基因(以下分别简称为A等位基因、B等位基因及DR等位基因)频率,获得更完整、准确的HLA群体遗传学数据。方法应用聚合酶链反应一序列特异性引物(PCR—SSP)方法对2000名北方汉族健康志愿者进行A、B、DR等位基因分型。结果鉴定了17个A等位基因,32个B等位基因,13个DRB1等位基因。最常见的基因型分别为A^ 02、B^ 13、DRB1^ 15,其相应基因频率范围分别为0．2400～0．2767、0．1330～0．1432和0．1557～0．1707。结论本结果可作为我国HLA多态性研究的群体资料和正常参考值,对群体遗传、疾病关联研究以及寻找HLA相合的异基因造血干细胞供者具有重要意义。