基于网络药理学与分子对接探讨沉香治疗缺氧性肾损伤的作用机制

目的:基于网络药理学探究沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制。方法:通过TCMSP数据库筛取沉香活性组分及作用靶点;从GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库获取肾缺氧相关靶点,利用String平台构建PPI网络并挖掘潜在蛋白质功能模块。Metascape平台分析所涉及的生物过程及通路,Cytoscape 3.8.2软件构建“沉香成分—肾脏缺氧靶点—通路”网络,Autodock软件进行分子对接验证。结果:沉香改善肾脏缺氧的核心成分包括槲皮素、β-谷甾醇、6,7-二甲氧基-2-(苯乙基)色酮等,核心靶点有BAX、IL6、AKT1、BCL2、TP53等,对接结果中Affinity小于-5者占93.3%,提示靶点和成分间较好的结合活性。关键靶点主要富集于AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、HIF-1信号通路以及p53信号通路等20个显著相关通路,涉及细胞凋亡、炎症反应、免疫调节、缺氧及氧化应激等100多个显著相关生物学过程。结论:本研究初步探析了沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制,为沉香在肾脏疾病中的应用提供科学依据。     

强直性脊柱炎引起骨代谢紊乱的分子学机制

强直性脊柱炎属于风湿免疫科的常见疾患,以累及骶髂关节和中轴骨的自发性炎症为病变特征,除脊柱关节的进行性退化、功能遭受破坏外,全身性骨代谢紊乱贯穿疾病的始末,后期极易导致脆性骨折的发生,严重影响患者身心健康和生活质量。骨质疏松作为强直性脊柱炎最常见的并发症,其本质还是强直性脊柱炎引起的机体内环境紊乱,破骨细胞与成骨细胞之间脱耦联,骨吸收作用强于骨形成,进一步造成骨代谢失衡、骨量丢失。本文在分子生物学层面围绕强直性脊柱炎造成骨代谢紊乱的具体机制展开综述,阐明二者之间的因果关系,为强直性脊柱炎诊疗过程中积极配合抗骨质疏松治疗提供科学依据,以期更好地指导临床。     

基于网络药理学和分子对接探讨张氏腰痛方治疗腰椎间盘退变的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接的方法探讨张氏腰痛方治疗腰椎间盘退变（LIDD）的分子生物学机制。方法：通过检索数据库,筛选张氏腰痛方的活性成分和作用靶点,以及LIDD的相关基因。通过R软件筛选张氏腰痛方治疗LIDD的共同靶基因,构建“药物-成分-靶点-疾病”网络以及共同靶基因的蛋白质相互作用网络,同时挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。关键靶基因进行GO功能富集分析与KEEG通路富集分析,以揭示这些靶基因的潜在生物学功能和通路。结果：共筛选出202个有效成分和164个共同靶基因,包括10个核心靶基因。富集分析结果表明,张氏腰痛方治疗LIDD的靶点主要作用于晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、细胞凋亡和低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等。这些生物过程主要参与炎症反应、氧化应激和细胞凋亡的调控。分子对接结果显示,张氏腰痛方治疗LIDD的主要活性成分divaricatol、槲皮素、O-乙酰基哥伦比亚苷元、紫堇灵、黄芪紫檀烷苷与核心靶点TNF、AKT1、白细胞介素-6、TP53、血管内皮生长因子A具有良好的结合能力。结论：本研究初步证实了张氏...     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

基于网络药理学和分子对接技术探究左卡尼汀治疗附睾炎的作用机制

目的:基于网络药理学及实验研究探究左卡尼汀治疗附睾炎的潜在作用机制。方法:通过多个数据库联用检索出附睾炎与左卡尼汀相关的靶蛋白,在Venny软件获得两者的共同靶点。应用STRING数据库获得蛋白-蛋白之间的相互关系。利用Cytoscape软件进行可视化,拓扑分析后筛选出关键靶点。使用DAVID数据库进行GO与KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina进行分子对接。结果:共获得药物靶点130个,疾病靶点2 151个,共同靶点47个。PPI网络分析得到左卡尼汀治疗附睾炎的核心靶点包括AKT1、HSP90AA1、ALB、CASP3、GSK3B和GSR等。KEGG通路分析提示代谢途径、脂质与动脉粥样硬化、癌症途径、流体剪切应力与动脉粥样硬化、麻疹、化学致癌物质-活性氧物质、嘌呤代谢、P13K-Akt等信号通路可能与左卡尼汀治疗附睾炎的机制有关。结论:本研究通过网络药理学揭示了左卡尼汀可能作用于AKT1、HSP90AA1、ALB、CASP3、GSK3B、GSR等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对附睾炎的治疗效果。     

基于网络药理学联合分子对接研究六磨汤治疗肿瘤性肠梗阻的作用机制

目的:采用网络药理学联合分子对接的方法,筛选出六磨汤的主要活性化合物,预测六磨汤治疗肿瘤性肠梗阻的潜在作用靶点及信号通路,以探讨其治疗肿瘤性肠梗阻的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库和相关文献记载检索六磨汤中6味药的化学成分和作用靶点;通过GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库及Phar...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨夏枯草治疗甲状腺癌的作用机制

目的 运用网络药理学联合分子对接技术分析夏枯草治疗甲状腺癌的分子机制。方法 利用TCMSP数据库预测夏枯草的主要活性成分,并用TCMSP和PubChem数据库获取所有活性成分对应靶点;通过GeneCards及OMIM数据库收集甲状腺治疗甲状腺癌的靶点。利用STRING数据库获取蛋白间的相互作用信息,并通过R语言进行拓扑学分析及可视化。利用R包clusterProfiler对上述取得的药物和疾病的交集靶点进行GO和KEGG pathway分析。利用Cytoscape 3.7.2构建活性成分-靶点-疾病网络,并进行拓扑学分析,得到核心化合物,用分子对接对核心靶点和化合物进行验证。结果 槲皮素、木犀草素、山奈酚、谷甾醇可能是夏枯草治疗甲状腺癌的核心成分,AKTI、VEGFA、CASP3、MYC、JUN、MAPK8、IL6、EGFR、MAPK1、EGF可能是治疗的重要靶点。结论 夏枯草治疗甲状腺癌体现了多成分、多靶点、多通路的特点,为夏枯草有效成分的筛选及进一步研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参酮ⅡA治疗肺栓塞的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨丹参酮ⅡA治疗肺栓塞（PE）的分子机制,揭示其相关生物学靶点和信号通路。方法 通过网络数据库获得PE和丹参酮ⅡA的相关靶点,取交集后获得交叉靶点。利用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,之后应用Cytoscape软件及其插件获得丹参酮ⅡA抗PE的核心靶点。利用R语言对核心靶点进行基因本位（GO）功能、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,分别探索其生物学功能和主要信号途径。运用Cytoscape软件构建可视化网络图,通过分子对接验证丹参酮ⅡA与核心靶点之间的相互作用。结果 经筛选共获得131个丹参酮ⅡA治疗PE的交叉靶点,应用CytoHubba插件筛选得到位居前10位的核心靶点基因,分别是类固醇受体辅助活化因子（SRC）、蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型11(PTPN11)、雌激素受体1(ESR1)、信号转导及转录激活因子1(STAT1)、TP53、AP-1转录因子亚单位（JUN）、蛋白激酶B1(PKB1,又称AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、热休克蛋白90AA1(HSP90AA1)、丝裂原活化蛋白激酶14(M...     

基于分子对接和网络药理学探讨肾复康治疗IgA肾病的潜在机制

目的:采用分子对接与网络药理学的方法,探讨肾复康治疗IgA肾病(IgAN)的有效成分及作用靶点.方法:本研究通过TCMSP数据库获得肾复康的化学成分,并利用GEO数据库收集IgAN相关靶基因.利用STRING数据库建立药物和疾病的共有蛋白相互作用网络.通过GO和KEGG途径富集分析,进一步探讨肾复康的IgAN机制和治疗...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨徐福松教授水陆二仙丹治疗早泄的作用机制

目的:基于网络药理学分析水陆二仙丹治疗早泄的潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库查询水陆二仙丹的核心药物芡实、金樱子的主要化学成分;设定口服生物利用度、类药性为筛选参数,寻找活性成分;通过DisGeNET、GeneCards、OMIM和TTD等数据库查找早泄相关疾病靶点;利用网站Venny2.1.0构建韦恩图筛选药...     

基于网络药理学探索仙鹤草治疗肺癌的分子机制

目的 仙鹤草在临床上被广泛应用于治疗肺癌,但其作用机制及靶点尚不明确。本文基于网络药理学的研究思路和细胞实验以初步验证仙鹤草治疗肺癌的作用机制。方法 利用Swiss Target Prediction数据库对仙鹤草的靶点进行预测,从DisGeNET中找到肺癌的致病靶点,药物和疾病的靶点相互映射,得到仙鹤草治疗肺癌的潜在靶点。使用Cytoscape 3.9.1构建“仙鹤草-成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）。使用OmicShare平台对交集靶点进行GO和KEGG信号通路富集分析,通过Autodock Vina软件进行分子对接。从上述分析结果中筛选出富集通路及关键靶点进行细胞实验。通过CCK-8法观察不同浓度仙鹤草水提取物对肺癌A549细胞生长的抑制作用,通过Western blot法观察其对关键靶点蛋白表达的影响。结果 分析结果提示共获得20个活性成分以及96个潜在治疗肺癌的靶点,其中5个核心靶点分别是AKT1、SRC、EGFR、CCND1、ESR1。潜在治疗的靶点主要富集在PI3K/AKT及FOXO等信号通路。...     

基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的 从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点.方法 利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别.通过GeneCards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点.而后使用David软件对青...     

强直性脊柱炎骨代谢的研究进展

强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis,AS）是一种自身免疫功能异常引起的以慢性炎症性关节炎为主要表现的疾病,可发展为脊柱关节炎,慢性炎症和病理性骨形成是它的两个主要病理特点。进行性的脊柱关节僵硬引起的脊柱活动障碍是患者最常见的主诉,因此对脊柱关节的异常骨增生的病理机制得到广泛的关注。但随着对AS研究的深入,发现在脊柱局部过度骨化的同时伴有系统性的骨丢失,表明AS发病过程不仅仅是单一的成骨或破骨异常,而是处于兼有两者的骨代谢失衡环境中。目前研究发现AS疾病中Wnt、BMP信号通路和炎症反应在AS疾病中既促进成骨,又能影响破骨细胞形成;而破骨细胞在发挥骨吸收作用的同时,它的产物又参与了新生骨形成。但大多数研究均是着重于描述单独的成骨或破骨机制,未能明确地阐明它们是如何在引起脊柱周围骨质增生的同时导致全身骨量丢失的具体作用机制。AS病理过程中炎症因子是否在不同的部位发挥不同的作用,如何在控制新生骨形成的同时减少骨质疏松发生的风险,这些问题仍需要得到进一步的探索研究。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨六味地黄丸抗骨质疏松症的机制研究

目的基于网络药理学及分子对接方法探讨六味地黄丸在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)过程中的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP数据库获得六味地黄丸组方的药物有效成分及其预测靶点;利用疾病数据库筛选骨质疏松症相关疾病作用靶点;将获得的关键靶点上传至STRING数据库完成PPI网络分析;利用DAVID数据库完成关键靶点的富集分析;通过Auto Dock Vina等软件完成化学有效药物成分与关键靶点的分析对接验证。结果共获得六味地黄丸组方化学有效成分69个、药物靶点蛋白128个及药物与骨质疏松症共同相关靶点81个;获得了IL6、TP53、VEGFA、TNF、JUN、MAPK1、EGF、EGFR、ESR1、CAT等PPI网络中的关键靶点。富集分析结果显示,其通过参与细胞增殖与凋亡过程、药物代谢、雌激素反应调节与细胞抗缺氧、抗衰老等生物学进程,调控TNF、药物代谢过程、HIF-1、VEGF、雌激素调节等信号通路,参与骨质疏松症的治疗过程;分子对接结果显示,调控网络中的关键靶点与相关有效成分之间具有较高的结合活性。结论借助生物信息学手段和分子对接技术,初步揭示了六味地黄丸抗骨质疏松症的作用机制,为后续进一步的机制研究及实验验证提供了目标与思路。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生(BPH)的作用机制.方法:查询TCMSP、BATMAN-TCM及ETCM获取通关丸的药物成分,在Swiss Target Prediction对药物成分的ADME进行筛选,并预测筛选后的药物成分的作用靶点;运用DisGeNET、Genecards及OMIM...     

基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血汤“从虚从瘀”治疗骨质疏松症的分子机制

目的采用网络药理学和分子对接技术探索补肾活血汤"从虚从瘀"治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的内在分子机制。方法将补肾活血汤中的药物在TCMSP、Batman-TCM、化学数据库、TCMID数据库和知网上收集相关化学成分及作用靶点,然后对靶点进行基因注释;对Gene Cards和OMIM数据库进行疾病相关靶点检索,获取其对应靶点;然后通过Cytoscape3.7.2软件将药物成分、疾病及靶点的对应关系构建"中药-成分-靶点-疾病"网络可视化,并从String数据库获取交集靶点数据,构建蛋白互作网络;利用R语言软件对基因进行GO和KEGG富集分析;最后对核心化合物及靶点进行分子对接。结果共获取补肾活血汤活性化合物171种,共筛选出11个核心成分,预测出对应靶点166个; OP相关靶点1 335个,两者的交集基因共54个;利用PPI蛋白网络共筛选到13个核心靶点蛋白; GO和KEGG富集分析分别得到279个、63个富集结果;分子对接结果显示补肾活血汤治疗骨质疏松过程中,其核心化合物豆甾醇与MAPK1、PPARG以及β-谷甾醇与PPARG具有良好的结合性能。结论补肾活血汤通过营养支持、免疫调节和抗炎、损伤修复等方面发挥其重要作用,通过网络药理学和分子对接阐释了其"从虚从瘀"治疗骨质疏松的内在分子机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨程氏萆薢分清饮治疗慢性前列腺炎的机制研究

目的:运用网络药理学研究和分子对接技术,探讨程氏萆薢分清饮治疗慢性前列腺炎(CP)的潜在机制.方法:借助TCMSP数据库筛选萆薢分清饮的活性成分及对应蛋白靶点,并利用Uniprot数据库确定基因靶点简称,通过Cytoscape3.7.2软件构建"中药-有效成分-靶点"作用网络.借助GeneCards和OMIM数据库筛选...     

桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的网络药理学和分子对接研究

目的 运用网络药理学和分子对接的技术,研究桃红四物汤作用于骨质疏松性骨折的潜在作用机制。方法 检索TCMSP,获取桃红四物汤药物的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集骨质疏松性骨折的相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,筛选出药物关键成分。将交集靶点上传到STRING数据库,并绘制PPI网络图,筛选核心靶点;并使用Metascape数据库进行交集靶点的GO以及KEGG通路的富集分析。最后运用AutoDock Tools1.5.6和Pymol2.4.1软件,分子对接关键成分与核心靶点。结果 桃红四物汤与骨质疏松性骨折的交集靶点有152个,“药物-成分-靶点-疾病”网络图及PPI提示IL6、JUN、AKT1、MAPK1、TNF可能是桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的关键靶点。GO富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点的生物功能主要涉及炎症免疫、细胞增殖分化、细胞凋亡等方面。KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点主...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨聚精丸治疗精索静脉曲张性男性不育的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨聚精丸治疗精索静脉曲张性男性不育的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库及BATMAN数据库检索聚精丸中药成分并获取成分对应的靶点;在“GeneCards”“DISGENET”“OMIM”“HPO”数据库检索“varicocele”、“male infertility”,获得精索静脉曲张性男性不育的潜在靶点;利用jvenn工具绘制韦恩图,获得中药靶点与疾病靶点的交集靶点;筛选出与交集靶点相对应的成分及中药,在Cytoscape3.8.2构建中药-活性成分-靶点网络图;应用STRING平台构建病药交集靶点的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI);将病药交集靶点导入DAVID数据库进行GO富集分析并进行基于KEGG的通路富集分析;再将病药交集靶点上传至KEGG数据库,选择与本课题最为相关的通路,使用mapper工具构建KEGG通路图;进一步使用FDR值排名前15的通路与其相关靶点、成分绘制核心成分-靶点-通路图;最后,利用AutoDock及PyMol软件对核心基因的蛋白受体和小分子配体进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共筛选出聚精丸207种成分和1...     

基于网络药理学和分子对接技术结合GEO芯片探究补中清利汤治疗IgA肾病的作用机制

目的:基于网络药理学、分子对接技术,并结合GEO芯片研究中药复方补中清利汤治疗IgA肾病的作用机制。方法:从TCMSP中药数据库中搜索补中清利汤各药物活性成分及靶点。借助多个疾病数据库并结合GEO基因芯片,获取IgA肾病疾病靶点。通过R语言4.2.2获取药物和疾病共同靶点后利用String数据库构建蛋白互作网络。通过Cytoscape 3.9.1(Cyto NCA插件)及Discovery Studio 2019对核心靶点进行筛选及完成分子对接。最后利用R语言4.2.2进行GO注释和KEGG富集分析。结果:补中清利汤治疗IgA肾病共筛选出70个有效活性成分,107个潜在作用靶点(核心靶点基因：JUN、MAPK1、TP53、HSP90AA1、MAPK14和HIF1A),主要涉及通路有：Lipid and atherosclerosis(脂质与动脉粥样硬化)、Fluid shear stress and atherosclerosis(流体剪切应激和动脉粥样硬化)、AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications(糖尿病并发症AGE-...