甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 探讨2009年山东省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、精基化位点变异情况.方法 对山东省分离的20株甲型H1N1流感病毒的NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析.结果 山东省2009年9月-2010年1月分离的20株甲型H1N1流感病毒NA基因的同源性均>99.2%,其中有4株的同源性为100%;与疫苗株[A-California-07-2009(H1N1)]、国内推荐株[A-Sichuan-SWL1-2009(H1N1)]的同源性分别为99.1%～99.5%和99.1%～99.6%;有13个神经氨酸酶基因的氨基酸发生了替换,为21、23、25、42、43、60、76、94、106、122、248、307和351位;未发生神经氨酸酶蛋白275位H-Y的替换.结论 山东省分离的甲型H1N1流感病毒NA基因高度保守,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点以及糖基化位点均高度保守;所有测定样本均未发生对达菲类药物的耐药性突变.     

输入性甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因变异分析

目的分析口岸输入性甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因特征及变异趋势,及早发现变异株。方法选取广东口岸入境人员中检出的64份输入性甲型H1N1流感阳性样本,对其病毒NA基因进行核苷酸序列测定。与2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1N1的NA基因序列进行对比,对甲型H1N1流感病毒的NA基因进化树、核苷酸序列同源性、氨基酸序列的变异及蛋白分子结构变化等进行分析。结果 NA基因进化树分为3个分支,其中2009年、2010年病毒聚集成簇位于分支1,2011年病毒则与部分2010年检出的病毒位于较远距离的分支2和3。检出的1例病毒NA氨基酸的抗原决定簇上发生Y155H的变异,部分病毒NA蛋白在42位点上新增了一个糖基化位点,在68、386位点出现了糖基化位点的缺失。氨基酸G41R、V106I、V241I、N248D、I365T、N369K等位点的变异较为显著,但未见耐奥司他韦病毒的出现。结论甲型H1N1流感病毒NA基因已发生一定程度的变异。随着突变的不断积累,病毒极可能会通过改变其抗原性和耐药性,从而引起新的流行。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

甲型H1N1病毒HA、NA氨基酸序列比较及抗原性表位预测

目的：比较新型甲型H1N1流感病毒分离株HA、NA氨基酸序列之间的差异,分析HA、NA蛋白可能的抗原性细胞表位。方法：从GenBank中选取28株世界各地的新型甲型H1N1流感病毒分离株并下载各株HA、NA的氨基酸序列;使用ClustalX和MEGA2.0软件对氨基酸序列的进行进化树分析;用Protean软件预测HA、NA蛋白的B细胞表位;用NetMHCⅡ2.2预测T细胞抗原表位。结果：世界范围的毒株之间氨基酸序列相对保守,HA及NA均只有少数位点的变异,HA蛋白氨基酸序列之间较NA蛋白氨基酸序列之间变异较大;预测HA蛋白具有8个B细胞表位和10个T细胞表位;NA蛋白有12个B细胞表位和7个T细胞表位。结论：HA、NA蛋白的少数区域抗原性相对比较稳定,可以作为检测以及疫苗研究的靶区域。     

河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的分析河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的变异情况,了解其变异现状及特点。方法对35株甲型H1N1流感病毒毒株提取病毒总RNA,设计引物运用RT-PCR技术扩增编码NA蛋白的基因序列,测序分析核酸序列并用MEGA4.1软件构建进化树,用BLAST进行比对分析。结果分离株NA基因316位G/A和742位A/G(N端106位V/I和248位N/D)发生变异,2个突变位点同时存在;同时,通过BLAST分析,发现我国多个省份和亚洲其它多个地区病毒株NA基因存在945位A/G和1 338位T/C突变,进化树分析发现,这两个位点的突变可能来自于中国猪-人之间相互感染。结论甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因在中国内地传播期间个别核酸位点发生了突变,其氨基酸抗原区有一位点发生变异(106 V/I)。     

2009-2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因的遗传进化分析

目的了解2009年7月以来杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)的变异情况,分析其遗传进化特征。方法在流行季节采集发热病人咽拭子样本,经病毒分离培养及亚型鉴定后,用特异性引物扩增NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果 2009年7月至2011年3月,共检测监测样本1 898份,流感病毒阳性率为37.9%。期间经历了两次甲型H1N1流感病毒流行高峰。各时间段分离株间NA基因高度同源,序列相似性97.9%~100%,但2010/2011年流行株在进化树上分为两支,且与2009/2010年流行株遗传距离相对较远。进一步分析后发现,虽然耐药位点、酶活性位点及其附近氨基酸相对保守,但多个氨基酸变异发生于抗原决定簇上,且增加了NA蛋白茎部第42位糖基化位点。结论结果预示着酶抑制剂类药物对预防和治疗甲型H1N1流感病毒仍将有效,但在开发新疫苗时应该尽可能的避开已经发生漂变的抗原决定簇。     

陕西省2012-2014年甲型H1N1流感的基因特性研究

目的了解陕西省2012-2014年甲型H1N1流感病毒的流行特征和血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)的基因特征。方法收集陕西省全省18家哨点医院流感样病例的监测资料和12家流感网络实验室病原学检测结果。用RT-PCR方法对部分甲型H1N1流感病毒进行HA、NA基因序列扩增,利用生物软件对序列特征及变化情况进行分析。结果陕西省2012-2014年度甲型H1N1为当年流行的优势株,占流感样病例的4.73%,占流感病毒阳性的43.44%,流行高峰时间为每年的11月~次年的2月。通过测序得到的各样本HA序列为1701bp,编码566个氨基酸,NA序列为1710bp,编码469个氨基酸,两年间分别有16、21个氨基酸发生变异,其中在142、180、202、220位点出现变异发生在HA抗原决定簇,HA的受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定,两年间没有发生变化,2012-2013年度毒株的NA序列增加了一个42(NQSQ)潜在的糖基化位点,NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2012-2014年度陕西省甲型H1N1处于低流行状态,为流行的优势株,甲型H1N1的HA、NA氨基酸位点的变异属于抗原漂移,甲型H1N1流感与疫苗的匹配程度逐年降低。     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1 020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

2012年甲型H1N1流感病毒HA基因特征及抗原性分析

目的了解2012年甲型H1N1流感病毒HA基因和抗原性特征。方法对2012年分离的5株甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)进行测序,用软件进行基因种系进化树分析;对2株2012年的甲型H1N1和A/Sichuan/1/2009(H1N1)及2株2010年甲型H1N1流感病毒抗原性比较分析;1株2012年毒株与2009年我国代表毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)一起对2012年采集的169份血清进行HI试验,比较其HI抗体水平。结果 2012年甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)基因的碱基序列发生了1.11%的变异,氨基酸序列发生2.0%残基替换,主要是抗原性位点Sb和Ca1的变异为主。与我国代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)和成都的2011年的2株甲型H1N1HI实验比较,抗原性有差异。结论 2012年甲型H1N1的HA发生了一定程度的变异,主要在抗原性位点Sb和Ca1处发生了氨基酸替换,使得2012年甲型H1N1流感病毒的抗原性与2009年相比已经也发生了改变。     

2008—2009年南宁市人季节性H1N1流感病毒神经氨酸酶潜在的抗原位点和抑制剂耐药位点分析

目的了解2008—2009年南宁市人季节性H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征,探讨NA基因潜在的抗原位点和活性位点(抑制剂耐药性位点)变异规律。方法提取2008—2009年20株H1N1流感病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒NA基因后进行序列测定,通过CTLPred软件预测NA基因上潜在的抗原位点,并对NA分子进化和其重要功能位点的遗传变异进行分析。结果将20株H1N1流感病毒毒株与北半球疫苗推荐株A/Solomon/3/2006和A/Bris-bane/59/2007构建进化树,NA进化树共分成3个类群,10株2008年H1N1流感病毒毒株聚集成分支Ⅱ,10株2009年毒株与疫苗株A/Brisbane/59/2007聚集成分支Ⅰ,A/Solomon/3/2006则独立形成1个分支(Ⅲ)。2008年毒株抗原位点替换频率较高,相对于A/Solomon/3/2006氨基酸替换分布在不同的3个区域的3个位点,分别是N64H、Y100H、L367I;2009年度的毒株抗原决定簇位点相对保守。在已知NA的酶活性位点中,2009年所有毒株均在275位点发生了H>Y的突变,而这种变异在2008年的毒株中未有出现。结论 A/Solomon/3/2006落后于2008年毒株,A/Brisbane/59/2007对应的疫苗在2009年能起到较好的保护作用;大量H275Y耐药株的出现提示在流感病毒监测中应密切关注其耐药位点的变异。     

GSTM1及GSTT1和GSTP1基因多态性对尿中1-羟基芘水平的影响

目的 研究GSTM1、GSTT1和GSTP1基因多态性对多环芳烃接触工人尿中1-羟基芘(1-OHP)水平的影响.方法 分别选取2个炼焦厂共447名多环芳烃职业接触工人(接触组)和某线材厂220名非职业接触工人(对照组)作为研究对象,采用高效液相色谱法测定尿中1-OHP水平,采用线性回归统计模型分析GSTM1和GSTT1缺失型及GSTP1 I105V位点的多态性对不同人群尿中1-OHP水平的修饰作用.结果 接触组工人尿中1-OHP浓度为4.61 μmol/mol Cr,明显高于对照组(0.34μmol/mol Cr),差异有统计学意义(P＜0.05).接触类别和吸烟分别是影响尿中1-OHP水平的主要因素,在控制各混杂因素的影响后,线性回归分析显示,接触组尿中1-OHP水平和GSTP1 I105V位点多态性有关(单基因分析,P=0.012;多基因分析,P=0.011),对总体样本,单基因模型和多基因模型均显示,尿中1-OHP水平可能和GSTT1缺失型多态有关(P=0.055),多基因交互作用分析显示,GSTT1和GSTP1基因多态对接触组尿中1-OHP水平具有交互作用.结论 谷胱甘肽硫转移酶(GSTs)基因的多态性对接触多环芳烃工人尿中1-OHP水平有影响.

Abstract：

Objective To investigate the modification of GSTM1, GSTT1 and GSTP1 gene polymorphisms on urinary 1-hydroxypyrene (1-OHP) excretions in workers under different exposure levels. Methods Four hundred and forty-seven occupationally exposed workers from two coking plants and 220 control workers from a wire rod plant were genotyped to analyze the modification of GSTM1, GSTT1 and GSTP1 gene polymorphisms on urinary 1-OHP excretions. Results The urinary 1-OHP concentration in exposed group was much higher than that in control group (4.61 vs 0.34 μmol/mol Cr, P＜0.05). Occupational exposure levels and cigarette smoking were of the dominating factors affecting 1-OHP excretions in urine. After controlling potential confounders, decreased excretion of urinary 1-OHP was associated with GSTP1 I105V AG + GG genotype in coke oven workers (single-gene model, P=0.012; multi-gene model, P=0.011 ) and with GSTT1 null type in the analysis including all subjects (P=0.055 in both single-gene and multi-gene models). GSTT1 and GSTP1 were interacted on the urinary concentrations of 1-OHP. Conclusion Urinary 1-OHP concentrations can be modified by GSTM1, GSTT1 and GSTP1 gene polymorphisms, indicating that these genes are involved in the metabolism of polycyclic aromatic hydrocarbons.     

多药耐药及相关蛋白基因抗砷作用

目的 研究多药耐药基因(MDRI)、多药耐药相关蛋白基因(MRP1)在长期砷暴露的细胞获得对砷的耐受过程中的作用,为抗砷机制的研究提供基础依据.方法 采用抑制剂维拉帕米(Verapamil)、MK571,在单一水平和联合水平上阻断MDR1和MRP1基因发挥作用,通过四甲基偶氮噻唑蓝(MTT)法检测细胞的生存率及半数致死量(IC50);通过原子荧光法(AFS)分别检测给予Vempamil、MK571的实验组和对照组在不同时间点抗砷细胞内砷的含量.结果 在2,4,8,16,32,64 μmol/L砷浓度下,给予抑制剂的抗砷细胞生存率分别为(73.5±0.02)%,(54.6±0.07)%,(44.2±0.05)%,(20.5±0.09)%,(13.5±0.1)%,(7.6±0.05)%,明显低于同步对照组的生存率(93.5±0.05)%,(71.5±0.02)%,(49.2±0.03)%,(38.8±0.08)%,(37.6±0.06)%,(19.5±0.04)%.Verapamil作用下IC50为8.8 μmol/L,MK571作用下IC50为6.22 μmol/L;同时给于2种抑制剂时,逆转作用更为明显,IC50为5.23μmol/L;MK571作用下,抗砷细胞内砷含量增加明显,至10 h时砷含量达到最大值1.62 ng,明显高出Verapmil组和对照组,差异有统计学意义(P<0.05).结论 MDR1、MRP1基因在抗砷细胞获得耐药性过程中起重要作用.     

工作场所空气中1,1-二氯-1-硝基乙烷的气相色谱测定法

目的 建立工作场所空气中1,1-二氯-1-硝基乙烷的气相色谱测定方法.方法 活性炭管采集工作场所空气中的1,1-二氯-1-硝基乙烷,以二硫化碳解吸后毛细管柱气相色谱法测定.结果 方法的测定范围为4.0～858.2μg/ml;回归方程Y=283X-1076,相关系数r=0.9999;最低检出浓度为0.4 mg/m3(以采集3L空气样品计);不同浓度测定的相对标准偏差(RSD)为1.8%～4.1%(批内精密度试验的RSD分别为2.9%、1.8%和2.0%;批间精密度试验的RSD分别为4.1%、3.5%和3.2%);解吸效率为88.5%～90.6%;穿透容量大于0.7 mg;采样效率100%;样品在室温下至少可保存7 d.结论 方法的各项指标均符合GBZ/T210.4-2008<职业卫生标准制订指南-工作场所空气中化学物质测定方法>要求,可用于工作场所空气中1,1-二氯-1-硝基乙烷的测定.     

Co-circulation of pandemic 2009 H1N1, classical swine H1N1 and avian-like swine H1N1 influenza viruses in pigs in China

The pandemic A/H1N1 influenza viruses emerged in both Mexico and the United States in March 2009, and were transmitted efficiently in the human population. They were transmitted occasionally from humans to other mammals including pigs, dogs and cats. In this study, we report the isolation and genetic analysis of novel viruses in pigs in China. These viruses were related phylogenetically to the pandemic 2009 H1N1 influenza viruses isolated from humans and pigs, which indicates that the pandemic virus is currently circulating in swine populations, and this hypothesis was further supported by serological surveillance of pig sera collected within the same period. Furthermore, we isolated another two H1N1 viruses belonging to the lineages of classical swine H1N1 virus and avian-like swine H1N1 virus, respectively. Multiple genetic lineages of H1N1 viruses are co-circulating in the swine population, which highlights the importance of intensive surveillance for swine influenza in China.     

Detection of CYP1A1 gene polymorphism using designed RFLP and distributions of CYP1A1 genotypes in Japanese

Isoleucine (Ile)-valine (Val) polymorphism, which is caused by a point mutation from A to G in exon 7, is reported to be associated with an elevated risk of lung cancer among Japanese. Because CYP1A1 catalyzes bioactivation of environmental procarcinogens, such as benzo[a]pyrene, it is very important to study the clinical meaning of Ile-Val polymorphism using an epidemiological study. In an epidemiological study, easy, economical, rapid and reliable identification of the CYP1A1 genotype is necessary. The present study shows that the new method, designed restriction fragment length polymorphism (designed RFLP), can detect Ile-Val polymorphism of CYP1A1 The Ile-Val polymorphism detected using this new method was consistent with that found by the allele-specific PCR amplifications (ASA) method in six cases tested. This new method detected Ile-Va1 polymorphism of CYP1A1 using 240 healthy Japanese who lived in the northern Kyusyu region. The frequency of the genotypes was as follows: Ile/Ile, 159 (66.2%); Ile/Val, 65 (27.1%); Val/Val, 16 (6.7%). The frequency of the Ile gene was 0.798 and that of the Val gene, 0.202. There was no difference in Ile-Val polymorphism based on sex or age. Racial differences influenced the distribution of this polymorphism, but Japanese regional differences did not. Since this new method, designed RFLP, is rapid, reliable and suitable for large-scale screening of polymorphisms, it may be used routinely to detect Ile-Val polymorphism of CYP1A1 Furthermore, it will help to evaluate the relationship between CYP1A1 polymorphism and individual sensitivity to xenobiotics that may affect the incidence of lung cancer.     

CYP1A1和CYP1B1基因多态性与RPL易感性

目的 探讨CYP1A1、CYP1B1基因多态性与复发性流产(RPL)遗传易感性关系,为预防和治疗该病提供新靶点.方法 本研究采用等位基因特异性PCR (As-PCR)和聚合酶链反应-限制性片断长度多态性(PCRRFLP)方法,针对CYP1A1基因MspI酶切位点和CYP1B1 L432V多态位点,检测81例患有原因不明RPL病例组和98名有生育史健康女性对照组之间差异.结果 RPL组和对照组CYP1A1 MspI位点3种基因型m1/m1、m1/m2、m2/m2分布频率差异无统计学意义(x2=0.335,P＞0.05);CYP1B1 L432V多态位点3种基因型C/C、C/G、G/G在病例组和对照组分布差异有统计学意义(x2=7.467,P＜0.05);2组间C、G等位基因分布差异有统计学意义(x2=9.129,P=0.003);G/G、C/G基因型与C/C基因型比较,RPL危险度分别提高2.620、1.954倍;等位基因G使RPL危险性增加2.038倍.结论 CYP1B1 L432V突变基因型增加RPL发病风险,尚不能认为CYP1A1基因MspI位点多态性与RPL易感性有关.     

Protective efficacy of an inactivated Eurasian avian-like H1N1 swine influenza vaccine against homologous H1N1 and heterologous H1N1 and H1N2 viruses in mice

Eurasian avian-like H1N1 (EA H1N1) swine influenza viruses are prevalent in pigs in Europe and Asia, but occasionally cause human infection, which raises concern about their pandemic potential. Here, we produced a whole-virus inactivated vaccine with an EA H1N1 strain (A/swine/Guangxi/18/2011, SW/GX/18/11) and evaluated its efficacy against homologous H1N1 and heterologous H1N1 and H1N2 influenza viruses in mice. A strong humoral immune response, which we measured by hemagglutination inhibition (HI) and virus neutralization (VN), was induced in the vaccine-inoculated mice upon challenge. The inactivated SW/GX/18/11 vaccine provided complete protection against challenge with homologous SW/GX/18/11 virus in mice and provided effective protection against challenge with heterologous H1N1 and H1N2 viruses with distinctive genomic combinations. Our findings suggest that this EA H1N1 vaccine can provide protection against both homologous H1N1 and heterologous H1N1 or H1N2 virus infection. As such, it is an excellent vaccine candidate to prevent H1N1 swine influenza.