利用蛋白组学解析淡色库蚊对氯氰菊酯的抗性机制

目的 比较氯氰菊酯选育后抗性淡色库蚊与敏感淡色库蚊蛋白差异表达情况,揭示淡色库蚊抗氯氰菊酯杀虫剂的机制.方法 利用同位素相对和绝对定量(iTRAQ)技术,结合液相色谱/串联质谱(LC-MS/MS)分析技术,对氯氰菊酯敏感与抗性淡色库蚊进行蛋白组定量分析.结果 共鉴定出164种蛋白在氯氰菊酯抗性选育前后差异表达,其中上调...     

肺腺癌化疗疗效相关血浆差异蛋白质组学研究

目的分析晚期肺腺癌患者培美曲塞联合顺铂方案化疗进展组和非进展组的血浆差异蛋白质组,筛选肺腺癌化疗疗效相关的分子标志物。方法将4例进展组和4例非进展组治疗前和治疗后的血浆分别进行二维电泳,凝胶蛋白图谱寻找差异蛋白质点,结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点。结果建立了两组的二维凝胶电泳图谱,选取其中21个差异蛋白点进行分析,19个蛋白点鉴定成功,包括如丙酮酸激酶M2、腺苷酸激酶5、a-2抗纤维蛋白溶酶的前体,r纤维蛋白、氧化固醇结合蛋白相关蛋白3等。结论肺腺癌不同化疗疗效患者的血浆差异蛋白可能为化疗疗效预测的生物标志物。     

高通量技术筛选主动脉夹层生物标志物的研究

目的:通过iTRAQ联合Label-free法筛选主动脉夹层潜在诊断标志物。方法:入选急性主动脉夹层及对照组(急性冠状动脉综合征)血清各50例。将两组患者中各15例血清标本用于iTRAQ及Label-free分析筛选表达差异蛋白。对所有收集血清进行差异蛋白的免疫吸附测定(ELISA)验证。结果:两组血清标本使用iTRAQ方法共鉴定出84种差异表达蛋白质,Label-free方法共鉴定有或无差异蛋白20种。通过Panther软件进行生信分析与主动脉夹层发病机制9种相关蛋白作为候选生物标志物。进行ELISA验证后得出2种差异蛋白Lumican、PI16有统计学差异,且特异性和敏感性较高。结论:蛋白Lumican、PI16可能成为主动脉夹层潜在的诊断标志物。     

基于相对和绝对定量同位素标记技术对肥胖大鼠海马区差异蛋白组学的研究

目的筛选及鉴定肥胖大鼠海马区的差异蛋白表达。方法将24只SD大鼠随机分为单纯肥胖组(Ob,n=14)及正常对照组(NC,n=10)。予高脂高糖饮食制备单纯肥胖大鼠模型,采用相对和绝对定量同位素标记技术(iTRAQ)联合二维液相色谱-串联质谱(2D-LC-MS/MS)法鉴定肥胖大鼠海马区差异蛋白表达,对所获蛋白行生物信息学分析,Western blot法对筛选的部分差异蛋白进行验证。结果成功建立单纯肥胖大鼠模型,共鉴定出310种差异蛋白表达。于KEGG数据库检索筛选出26个差异蛋白显著富集的代谢通路。选取位于蛋白功能相互作用网络交叉点的4种差异蛋白行Western blot验证,发现蛋白表达水平与质谱结果一致。结论采用iTRAQ结合2D-LC-MS/MS技术,能有效筛选肥胖大鼠海马区差异蛋白表达,为研究肥胖对中枢神经系统损伤机制提供依据。     

肝硬化并门静脉血栓脂代谢相关差异蛋白的研究

目的筛选肝硬化合并门静脉血栓(Portal vein thrombosis,PVT)患者的血清差异表达蛋白,对脂代谢相关差异表达蛋白进行分析。方法收集2015年11月至2016年11月在新疆医科大学第一附属医院感染疾病中心诊治的肝硬化合并PVT患者的血清标本22份,肝硬化未合并PVT患者的血清标本23份。采用相对和绝对同位素定量标记(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)联合色谱质谱技术筛选两组间的血清差异表达蛋白,对脂代谢相关差异表达蛋白进行生物信息学分析。结果两组间共检测出800个蛋白,与脂肪代谢相关的蛋白共有17个,其中7个蛋白在两组间有差异,3个差异表达蛋白(APOA1,FABP1,APOB)在脂肪消化和吸收通路中显著富集。结论 APOA1、FABP1、APOB可能为肝硬化发生PVT的潜在生物标志物,值得进一步研究。     

SWATH/DIA联合PRM技术在2型糖尿病合并肺癌患者血清诊断标志物筛选中的应用

目的应用质谱技术(sequential window acquisition of all theoretical mass spectra, SWATH)联合平行反应监测(parallel reaction monitoring, PRM)技术筛选早期鉴别2型糖尿病(type 2 diabetes, T2DM)罹患肺癌(lung cancer, LC)的特异生物标志物。方法收集2019年6月-2020年1月就诊于南京医科大学附属无锡人民医院、既往确诊T2DM、且经病理学确诊为原发性早期LC的20例患者血清标本(T2DM+LC组),确诊T2DM并排除恶性肿瘤的20例患者血清标本(T2DM组)。2组随机各选取5份标本,采用数据非依赖采集(data independent acquisition, DIA)质谱技术分析血清蛋白质谱并分析两组间差异血清蛋白。采用PRM技术验证两组间的差异血清蛋白。通过logistic回归分析法探索鉴别T2DM患者罹患LC的最佳生物标志物组合。结果两组间共提取13个差异血清蛋白,其中9个蛋白上调,4个蛋白下调。对13个蛋白进行PRM建库分析,检测到7个候选蛋白,其中3个蛋白(PZP、IBP3、IGJ)含量两组间比较差异有统计学意义(P0.05),具有潜在的诊断价值。3个候选蛋白联合鉴别T2DM患者罹患LC的线下面积(AUC)为0.860。结论 SWATH/DIA联合PRM筛选特异性血清蛋白标志物PZP、IBP3、IGJ可用于T2DM患者罹患LC的早期诊断,三者联合应用诊断效能更强。     

人肺腺癌细胞系A549线粒体差异蛋白质组学研究

目的 研究人肺腺癌细胞系A549与人正常支气管上皮细胞系16HBE线粒体蛋白质组的差异表达.方法 传代培养细胞系A549及16HBE,用线粒体提取试剂盒获取细胞线粒体蛋白质,进行双向凝胶电泳,运用液相色谱串联质谱分析技术筛选出A549和16HBE细胞系线粒体间表达水平显著差异的蛋白,所得结果通过Data Analysis软件标峰,用MASCOT进行结果搜索和数据分析.结果 双向电泳结果显示A549、16HBE细胞系线粒体存在差异的蛋白质点共41个,3倍以上差异的16个,A549细胞系中表达上调的15个,表达下调的26个,其中3倍以上差异表达上调的7个,表达下调的9个.运用液相色谱串联质谱技术鉴定出A549细胞系线粒体表达上调的蛋白质2个:AAA+ ATP酶家族结构域蛋白3B、tRNA鸟嘌呤糖基转移酶,表达下调的蛋白质7个:热休克蛋白75、复合物Ⅲ亚基1、复合物Ⅲ亚基2、鸟氨酸氨基转移酶、异柠檬酸脱氢酶亚基α、SLP-2、抗增殖蛋白.结论 应用亚细胞蛋白质组学方法,鉴定出肺腺癌细胞系线粒体差异表达蛋白,为阐明肺腺癌发生的分子机制、筛选早期诊断标志物提供了有益的线索.     

基于同位素标记的相对和绝对定量的糖尿病并发肺结核患者血浆蛋白质组学研究

目的: 比较糖尿病(diabetes mellitus,DM)患者与糖尿病并发肺结核(diabetes mellitus complicated with pulmonary tuberculosis,DM-PTB)患者的血浆蛋白质谱差异,筛选DM-PTB潜在蛋白质生物标志物,为进一步探索DM-PTB的发病机制提供思路。方法: 采用回顾性研究的方法,选取于2017年1月至2018年1月在黑龙江省传染病防治院确诊的DM患者和DM-PTB患者各16例,采用基于同位素标记的相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)蛋白质组学技术分析两组间血浆蛋白质谱,以DM-PTB组对DM组蛋白表达量变化倍数>1.2或<0.83且P<0.05为标准筛选差异蛋白,并对差异蛋白进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析等生物信息学分析。结果: 共筛选出275个差异表达蛋白,其中有111个在DM-PTB组上调,有164个在DM-PTB组下调。GO分析显示,差异表达蛋白富集数目最多的生物学过程为细胞过程(92.00%,253/275),定位于细胞器(87.27%,240/275),分子功能为结合(90.55%,249/275)。KEGG代谢通路分析显示,差异表达蛋白共富集到26条代谢通路(错误发现率<0.05),富集数目最多的通路为黏着斑通路(22个蛋白),此外PI3K-Akt信号通路、胆固醇代谢通路、血小板激活通路、吞噬体通路和补体及凝血通路等与糖脂代谢和免疫相关的通路也发生了变化。结论: 本研究通过iTRAQ蛋白质组学方法筛选出了DM-PTB患者的差异表达蛋白,发现这些差异表达蛋白参与了与细胞活动、糖脂代谢和免疫调节相关的信号通路,提示上述通路的变化可能与DM-PTB的发病密切相关。     

糖尿病肾病患者血浆动态蛋白质组学研究

目的探讨糖尿病肾病（DN）患者血浆差异蛋白表达情况,为寻找DN敏感血浆蛋白标志物提供依据。方法 4例确诊的DN患者（DN组）和4例健康人群（对照组）作为研究对象,应用荧光差异双向凝胶电泳分析两组血浆蛋白质组差异表达,以上调或下调1.5倍为截断值筛选出差异表达的蛋白质斑点进行质谱分析。结果成功构建DN患者血浆蛋白差异表达双向凝胶电泳图谱,并分析鉴定出6种差异表达蛋白;通过质谱分析和蛋白质数据库（UniProtKB/Swiss-Prot）比对鉴定出6种蛋白质,分别为补体C3、C4、凝溶胶蛋白前体、纤维蛋白原γ、载脂蛋白E和细胞骨架蛋白16。结论荧光差异双向凝胶电泳可鉴定筛选出DN患者与正常人群差异表达的血浆蛋白质,并为进一步筛选DN血浆蛋白标志物提供依据。     

基于非标记定量技术的继发性肺结核患者血浆蛋白质组学研究

目的 研究继发性肺结核患者特异蛋白标志物的血浆蛋白质组学,寻找继发性肺结核特异性蛋白标志物。方法 应用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术检测30例继发性肺结核患者(结核组)和30名健康对照者(对照组)血浆蛋白质谱,结核组某蛋白丰度较对照组差异倍数>2(上调)或<0.5(下调)及两组某蛋白丰度经t检验P<0.05的蛋白被认为是差异蛋白。应用基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)等分析软件对差异蛋白进行生物信息学分析。两组间蛋白平均丰度的差异分析采用t检验,以P<0.05为差异有统计学意义。结果 结核组与对照组比较共发现518个差异表达蛋白,其中有256个差异蛋白表达上调,262个差异蛋白表达下调。生物信息学分析发现差异蛋白的分子功能主要集中在结合(29.79%,406/1363)和蛋白质结合(24.80%,338/1363);参与生物学过程主要为参与细胞过程(14.75%,467/3167)和代谢过程(11.11%,352/3167);差异蛋白的细胞定位分析发现,大部分蛋白定位在细胞内(22.07%,389/1763)及细胞(22.01%,388/1763)。KEGG分析发现背腹轴形成通路及黏着斑形成通路等17个上调通路与1个下调通路在结核组与对照组间具有差异性。结论 结核组患者的血浆蛋白发生了明显的改变,这为探索继发性肺结核发生发展的机制提供了有价值的线索。     

我国利什曼原虫伽师株有毒力和无毒力前鞭毛体定量蛋白质组学比较分析

目的 应用定量蛋白质组学方法比较我国利什曼原虫伽师株有毒力和无毒力前鞭毛体蛋白表达的差异。方法 将分离于我国新疆伽师县黑热病患者婴儿利什曼原虫JS5有毒力株前鞭毛体和无毒力株前鞭毛体经酶解后进行液相色谱串联质谱(Liquid chromatography-tandem mass spectrometry, LC-MS/MS)的非标记(Label-free)定量分析,利用MaxQuant软件查库,进行Label-free非标定量(LFQ)分析;每个样品重复3次质谱分析,只有1次有LFQ值的蛋白舍弃。结果 本研究共鉴定蛋白3 994个,有毒力和无毒力株间差异蛋白为298个(差异倍数>1.2或差异倍数<0.83,P<0.05),其中利什曼原虫有毒力株前鞭毛体特有表达蛋白15个,无毒力株前鞭毛体特有表达蛋白23个,二者间表达丰度有显著差异蛋白260个,其中有毒力前鞭毛体表达上调蛋白(高表达)78个,表达下调蛋白(低表达)182个。这些差异表达蛋白中已鉴定功能的蛋白分别涉及糖与脂质代谢、核酸代谢、压力反应、细胞骨架形成、细胞周期与增殖等生物功能。结论 利什曼原虫伽师株有毒力株和无毒力株前鞭毛体蛋白质组的表达存在差异,为筛选和鉴定与利什曼原虫感染相关关键分子奠定了基础。     

基于iTRAQ技术的肝癌血浆外泌体差异表达蛋白的研究

[目的]探讨基于iTRAQ蛋白组学技术质谱技术鉴定肝细胞癌(HCC)患者血浆外泌体的主要蛋白的应用。[方法]通过iTRAQ蛋白组学技术鉴定HCC患者和正常人群血浆外泌体中差异蛋白,运用DAVID系统对差异表达蛋白进行GO分类和信号通路分析,运用IPA对差异蛋白进行相互作用分析。[结果]通过iTRAQ测序后共鉴定到2624个肽段,共计蛋白质540个,其中可信蛋白高达90%。这些蛋白的分子量大多50 000;等电点在5.5～6.0之间最多。基于iTRAQ技术,在HCC组和健康组共鉴定到50个差异蛋白,其中上调蛋白为34个,下调蛋白为16个。[结论]功能节点蛋白主要为DKFZp686 M,HBx, FCN2,EPX,APCS,INS,N90-VRC38.01,VH6 DJ;其中HBx和FCN2蛋白可作为后续研究重点。     

肝硬化合并门静脉血栓患者的差异蛋白筛选

目的筛选肝硬化合并门静脉血栓形成(PVT)患者的血清差异表达蛋白。方法收集2015年11月-2016年11月在新疆医科大学第一附属医院感染疾病中心住院的45例肝硬化患者血清标本,其中合并PVT患者22例,无PVT患者23例。采用相对和绝对同位素定量标记(i TRAQ)联合色谱质谱技术筛选两组患者的血清差异蛋白,并对差异蛋白进行生物信息学分析。非正态分布的计量资料组间比较采用Mann-Whitney U检验;计数资料组间比较采用χ~2检验。采用Fisher确切检验比较各个GO分类或KEGG通路在目标蛋白质集合和总体蛋白质集合中的分布情况,以此评价某个GO term或KEGG通路蛋白质富集度的显著性水平。结果共筛选出800个蛋白。有差异的蛋白86个,其中32个蛋白上调(ratio≥1.2,P0.05),54个蛋白下调(ratio≤0.83,P0.05)。在这些蛋白中,有14类蛋白与细胞组分有关,22类蛋白与生化过程有关,10类蛋白与分子功能有关。使用KEGG分析发现肝硬化合并PVT组较无PVT组有18个蛋白在5个代谢和信号通路中有显著的差异。5个代谢和信号通路分别与脂肪消化和吸收、血小板激活、乙醛酸及二羧酸代谢、破骨细胞分化、轴突导向有关。结论 i TRAQ联合色谱质谱技术能够有效筛选血清差异蛋白,其中GP5、FGA、FGG可能为肝硬化发生PVT的潜在生物标志物,值得进一步研究。     

慢加急性肝衰竭不同预后患者血浆外泌体差异蛋白的生物信息学分析

目的筛选不同预后慢加急性肝衰竭(ACLF)患者血浆外泌体中的差异蛋白,分析其功能及生物学过程,为患者临床诊断提供参考依据。方法前瞻性选取2019年7月—10月于首都医科大学附属北京佑安医院住院确诊的ACLF患者10例,随访90 d,患者死亡或肝移植归入肝移植/死亡组(n=5),患者存活归入生存组(n=5),两组一般资料指标比较采用Mann-Whitney U秩和检验。采用非标记(Label-free)定量蛋白质组学技术对血浆外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白并进行功能富集分析,使用R-3.5.1软件对差异蛋白进行层次聚类分析,分析其参与的生物学过程。结果外泌体蛋白质组学分析共鉴定出860种蛋白,以倍数上调>1.2倍或下调>1.2倍且P<0.05的标准筛选出差异表达蛋白116种,与肝移植/死亡组相比,生存组上调蛋白62种、下调蛋白54种。生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了免疫反应、信号转导、囊泡介导的转运、细胞死亡和增殖等生物学过程,并与炎症反应、糖类和氨基酸代谢、肝细胞损伤及再生等信号通路密切相关。结论非标记定量蛋白质组学技术筛选出的差异蛋白可能作为ACLF早期诊断及预后判断的血清学标志物。     

多头带绦虫成虫和幼虫的iTRAQ蛋白质组学分析

目的 分析多头带绦虫成虫和幼虫样本中的差异蛋白定量结果,为筛选调节寄生虫发育和生长的特定蛋白奠定基础。方法 提取多头带绦虫成虫与脑多头蚴原头节蛋白质样本进行SDS-PAGE电泳分析后,采用同位素标记相对与绝对定量技术(iTRAQ)技术和液相串联质谱(LC-MS/MS)分析,当两种样品蛋白的差异倍数达到1.5倍以上,且经检验有统计学意义时,视为差异蛋白。结果 本研究共鉴定了684个蛋白,其中130个差异表达蛋白,相对于幼虫,成虫上调蛋白69个,分别为副肌球蛋白,果糖-1,6-二磷酸酶,钙结合蛋白,六钩蚴蛋白Tso22c,热休克蛋白70,8 kDa糖蛋白,肌球蛋白轻链,钙调蛋白等;成虫下调蛋白61个,分别是抗原cC1,钙蛋白酶,膜联蛋白B3,皮层蛋白,糖脂转移蛋白,微管相关蛋白,乳酸脱氢酶B,xpa-结合蛋白等。通过实时定量PCR验证了10个差异明显的蛋白。另外,差异蛋白路径注释中约30%的蛋白参与了代谢途径和次生代谢物的生物合成。结论 本研究为多头带绦虫发育、生活史及寄生虫-宿主的互作机制研究提供了基线资料。     

酒精性肝病患者血浆外泌体差异蛋白的分析

目的筛选酒精性肝病(alcoholic liver disease, ALD)患者血浆外泌体中的差异蛋白,分析其功能及生物学过程,为ALD患者的治疗和诊断提供参考依据。方法选取2021年5月至2021年10月在首都医科大学附属北京佑安医院住院并确诊为ALD的患者和健康体检者各3例,超速离心分离提纯外泌体,提取蛋白,串联质谱标签(tandem mass tag, TMT)标记后,采用定量蛋白组学技术对两者血浆中的外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选出差异蛋白,并用生物信息学分析差异蛋白的功能及其参与的生物学过程。结果共鉴定到可定量蛋白质387种,以倍数上调>1.2倍或下调>1.2倍且P<0.05为标准筛选出差异蛋白27种,与健康对照组相比,ALD组上调蛋白15种、下调蛋白12种,生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了脂质的代谢、免疫反应和细胞的死亡等生物学过程,并与炎症反应、细胞的损伤和补体级联反应等信号通路密切相关。结论 TMT标记定量蛋白质组学技术筛选出的差异蛋白可能作为ALD早期诊断的血清学标志物及治疗靶点。     

口腔鳞状细胞癌患者唾液的代谢组学分析

目的利用基于液相-质谱联用的代谢组学研究方法寻找口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者唾液中潜在的生物标志物。方法采用高分离度快速液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(RRLC/Q-TOF/MS)技术对OSCC患者和健康人的唾液样品进行分析,分别获得两组样品的代谢轮廓,同时运用主成分分析法(PCA)技术对两组代谢物进行分类,并寻找潜在的生物标志物。结果 RRLC/Q-TOF/MS检测结果显示,OSCC组和健康组人群唾液代谢轮廓存在明显的差异,发现并鉴定得到了7个OSCC相关的生物标志物,分别为胆碱、葡萄糖、色氨酸、苯丙氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、肉毒碱,与正常健康人相比,胆碱的代谢趋势上调,其余代谢物的趋势均下调。结论与健康人相比,OSCC患者主要存在着氨基酸代谢和能量代谢失衡的现象,同时三羧酸循环代谢异常,为将来的临床诊断和治疗提供了重要的信息。     

类风湿关节炎合并干眼病患者血清中差异蛋白的分析

目的筛选类风湿关节炎(RA)合并干眼病(DED)患者血清中差异蛋白,分析其功能及生物学过程。方法选取RA患者20例纳入对照组,同时选取RA(病程1～20年,平均10年)合并DED患者20例纳入观察组,用非标记(Label-free)定量蛋白质组学技术对两组血清中蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白;通过生物信息学分析差异蛋白功能及参与RA合并DED发病的生物学过程。结果共鉴定到345种蛋白,筛选出13种差异表达蛋白,其中上调蛋白9种、下调蛋白4种。13种差异蛋白在细胞代谢、生物调节、生物学过程中发挥重要作用,并具有分子结合功能,在RA合并DED发病过程中参与氧化应激、免疫和炎症反应、脂类代谢等过程。结论用Label-free定量蛋白质组学技术筛选出的相关血清差异蛋白,可作为诊断为RA合并DED早期血清学标志物。     

早期肝纤维化外周血清标志物筛选的初步研究

目的探讨早期病毒性乙型肝炎（乙肝）肝纤维化的潜在血清标志物并建立相应的诊断模型。方法采用表面增强激光解吸/离子化时间飞行质谱（SELDI-TOF-MS）技术检测20个健康人和31例早期乙肝肝纤维化患者的血清蛋白质谱,用biomarker Wizard软件筛选出早期肝纤维化的差异表达蛋白质谱峰,用Biomarker Pattern软件对差异蛋白峰值进行线性分析并建立诊断模型。结果在分子量为2000～20000Da的区间内检测出97个峰值,15个为差异蛋白峰,其中早期肝纤维化患者有3个上调,12个下调。用质荷比为M4799和M6125的差异蛋白联合建立的诊断模型最优,其特异度为80%（16/20）,灵敏度为87%（27/31）。结论 SELDI-TOF-MS在筛选早期肝纤维化血清学标志物方面具有较高的灵敏度和特异性,作为肝纤维化早期筛选的方法尚需大宗病例证实及临床后续验证。     

非酒精性脂肪性肝病患者血浆外泌体差异蛋白分析*

目的 筛选非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者血浆外泌体差异蛋白,分析其功能及其生物学过程,为NAFLD患者临床诊断提供参考依据。方法 2020年7月～10月我院诊治的NAFLD患者3例和健康体检者3例,采用串联质谱标签(TMT)标记定量蛋白质组学技术对血浆外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白并进行功能富集分析,了解其参与的生物学过程。结果 经外泌体蛋白质组学分析,共鉴定出蛋白质387种,以倍数上调＞1.2倍或下调＞1.2倍,且P＜0.05为标准筛选出差异表达蛋白34种;健康人比,NAFLD患者上调蛋白25种,下调蛋白9种;生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了脂质的储存和代谢、免疫反应、纤维素形成等生物学过程,并与胰岛素抵抗、炎症反应、细胞损伤等信号通路密切相关。结论 采用TMT标记定量蛋白质组学技术筛选NAFLD患者差异蛋白可能为其诊治提供指引。