不同来源莲rDNA ITS的PCR扩增、克隆及序列分析

目的：通过分析不同来源莲的ITS序列,为莲的鉴别提供DNA分子标记。方法：利用特异性引物进行PCR扩增和克隆、测序技术对莲的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异。结果：得到参试的11个莲栽培品种的rDNA的ITS及5.8S rDNA全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约750 bp。显示了不同产地、不同栽培品种莲的rDNA ITS的差异。结论：本研究为利用ITS区序列差异,鉴别不同来源的莲提供了依据,此法可用于莲种间及真伪品鉴别。     

牛蒡ITS 序列与药材质量的相关性研究

目的 研究牛蒡ITS序列与牛蒡子药材质量相关性.方法 采集全国26个不同产地的牛蒡子药材,采用PCR扩增后测定ITS序列,HPLC法对牛蒡子药材中牛蒡苷含量进行测定,应用ClustaiX( 1.81),Mage 4.0,SPSS 13.0等统计软件进行遗传多样性、基因分型、相关性等分析.结果 测得了26份牛蒡的ITS序列全长,在GenBank中注册,获得登记号,测定牛蒡子药材中牛蒡苷含量、千粒重,统计分析牛蒡的基因分型与药材质量具有相关性.结论 为揭示牛蒡子道地药材的分子形成机制奠定了基础.     

不同产地山药rDNA ITS区序列的比较

目的分析怀山药与其它产地山药的rDNA ITS区序列的差异,为山药的基源鉴定和品质评价提供分子依据。方法采用PCR扩增纯化后直接测序的方法测定不同产地山药的rDNA基因ITS核苷酸序列并作序列同源性分析。结果8种产地山药的ITS1片段长度均为165bp,ITS2片段长度均为158~160bp,5.8S片段长度为均为159bp。8种不同产地的山药ITS1和ITS2区分别有6个和9个碱基变异。结论利用ITS区序列的差异鉴别不同产区的山药提供了依据。     

不同来源白首乌rDNA ITS序列分析

目的:研究白首乌不同种的ITS序列遗传差异性,分析序列差异性在白首乌品种鉴定及种质资源研究中的意义。方法:从不同来源的白首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物进行扩增,扩增产物经克隆后,进行测序。结果:获得4个不同来源样品的ITS全序列及5.8 S全序列以及两端的18 S,26 S的部分序列,其中戟叶牛皮消CynanchumbungeiITS序列为国际首次获得,登录号分别分别为GU198970(野生种),GU479037(栽培种)。各样品间ITS序列存在不同,4个样品序列间共存在10个变异位点。结论:ITS序列对白首乌种质资源鉴定具有较好的分辨性,为鉴别不同来源的白首乌提供了依据。     

不同产地大黄ITS序列分析

目的:建立不同产地大黄的分子系统学基础,为大黄的基源鉴定和品质评价提供分子依据。方法:采用PCR技术获得ITS基因,进行测序,经软件进行统计分析,计算各样本间的遗传距离并建立系统树。结果:大黄ITS序列G+C含量较高,达66.55%～68.49%,8个样品ITS(包括5.8s)序列的长度范围为562～568。所有样品5.8srDNA高度一致,除DH5样品有两个位点的碱基转换外,其余无碱基差异。结论:ITS序列特征可以作为大黄种间鉴别的有效分子标记,药用大黄在属内与其它种关系较远。     

不同产地何首乌的ITS序列研究

目的研究不同产地何首乌的ITS片段遗传差异性,分析该片段在何首乌道地性的DNA分子鉴别和野生资源品种的鉴定及种质资源研究中的意义。方法从来自不同原产地的何首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约648bp,其中ITS1长度为195bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为189bp。序列间共有17个变异位点。结论ITS序列可对何首乌的道地性做出鉴别,对野生资源品种的鉴定具有较好的分辨性。     

甘肃不同产地当归ITS序列分析

目的建立甘肃产当归功效的分子系统学基础,为甘肃产当归“道地性”提供分子依据。方法采用PCR技术获得ITS基因,进行测序,经软件进行统计分析,计算各样本间的遗传距离。结果甘肃岷、漳两县当归ITS序列差异极小,在0．0000-0．0083之间,岷县5个样品与漳县DG9号样品在586位都为C,589位都为T,而漳县其他3个样品在这2个位点分别为T和G。结论ITS序列特征可以作为当归种间鉴别的有效分子标记,当归ITS序列第586位和589位2个位点碱基可能成为“岷当归”的碱基鉴别位点。     

不同种质来源孩儿参的rDNA ITS区序列分析及鉴别

目的 通过分析不同种质来源孩儿参ITS序列,为孩儿参种内鉴别提供DNA分子标记.方法 利用特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,对孩儿参的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异.结果 参试的9个不同种质来源孩儿参的整个ITS长度变异为623～624 bp;其中ITS1为224 bp,G+C量为52.91％～54.26％;5.8 SrDNA为155 bp,G+C量为54.49％～55.13％;ITS2为244～245 bp,G+C量为55.55％～56.41％.整个ITS区共有17个变异位点(2.72％),ITS1、ITS2和5.8S的变异位点分别为7、7和3个,不同种质来源孩儿参均有若干个特异性的单核苷酸变异位点;各样品的序列同源性均在99.9％以上;序列间的遗传距离为0.003～0.013.显示了不同产地、不同种质孩儿参的变异是不超过1个种的范围内的变异.结论 可利用ITS区序列差异,鉴别不同种质来源的孩儿参.     

不同产地菊苣的ITS序列分析及模式识别研究

目的 通过分析不同产地菊苣Cichorium intybus和毛菊苣C.glandulosum核糖体基因内部转录间隔区(ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)序列,为菊苣药材鉴定和品种鉴别提供DNA分子标记.方法 采用广谱植物基因组DNA快速提取试剂盒提取14个产地的菊苣和毛菊苣样本的总DNA,利用ITS序列扩增通用引物PCR扩增rDNA-ITS序列并测序.运用DNAMAN V6软件比较两品种菊苣样品ITS序列的差异.所有样品ITS序列上的差异碱基经数学处理后使用SPSS 17.0软件对其进行聚类分析.结果 菊苣ITS序列种内相似度基本上在99.2％以上,毛菊苣ITS序列种内相似度在99.8％以上,而两品种间ITS序列相似度在99.2％以下.两品种菊苣的ITS序列上分别有多个特异性信息位点.聚类分析实现了两品种菊苣ITS序列差异的识别.结论 rDNA-ITS序列是菊苣和毛菊苣药材鉴定和品种鉴别的有效分子标记.     

悬钩子属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的 通过测定和分析15种悬钩子属RubusL.药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础.方法 以叶片基因组DNA和通用引物为材料,用PCR法克隆rDNA ITS全长,并利用生物信息学软件对序列进行分析.结果 15种悬钩子属植物ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为255～258、208～211和164 bp; ITS1和ITS2序列有变异位点138个,其中信息位点41个,序列存在较多的颠换、转换和缺失现象;5.8S序列较为保守,仅含4个变异位点,没有发现信息位点;15种悬钩子属植物的遗传距离为0.139 0～0.008 1,灰毛泡和锈毛莓的遗传距离最小.结论 获得了15种悬钩子属药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础.     

丹参及鼠尾草属植物的rDNA ITS序列分析

目的研究丹参ITS片段遗传多样性,分析该片段在丹参药材DNA分子鉴别和鼠尾草属植物系统学研究中的意义。方法用一对引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后用双脱氧终止法测序。结果获得核糖体DNA中ITS和5.8SrDNA完整序列,13个鼠尾草属植物ITS1与ITS2序列的长度分别为222～224bp、220～223bp。鼠尾草属植物种间ITS1序列差异百分率为0～12.16%,ITS2序列的差异百分率为0.5%～13.51%;丹参种内ITS1序列的差异百分率为0～0.9%,ITS2序列的差异百分率为0～0.5%;鼠尾草属各类群与外类群的差异百分率ITS1序列为16.07%～20.27%,ITS2序列为15.91%～20.27%。用邻接法(NJ)根据ITS1与ITS2序列数据建立系统发生树。结论两段序列在丹参种内保守,在属间有较大的差异,与外类群的差异最大,可作为中药丹参分子鉴定的标记,而鼠尾草属植物的系统发生关系尚须进一步研究。     

甘肃野生秦艽rDNA ITS区序列分析

目的:比较研究甘肃不同地区4种野生秦艽rDNA ITS碱基序列的差异及其规律,寻找秦艽组药材之间的分子鉴别方法。方法:对rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X,MEGA3等软件对ITS区序列进行分析。结果:不同地区秦艽、麻花秦艽、小秦艽及黄管秦艽的ITS长度为800 bp,ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为290,170,340 bp。根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树。结论:ITS序列可以作为野生秦艽分子鉴定的依据。     

广佛手rDNA ITS序列测定及特点的初步分析

目的分析广佛手及其近缘种香橼的rDNA ITS序列及其规律。方法采用PCR直接测序技术测定广佛手和香橼rDNA ITS序列并作序列变异分析。结果4个植物样品rDNA ITS序列长度为644-672bp。其中5．8S rDNA长度为165bp，编码区较保守。广佛手和香橼的ITS1和ITS2序列平均遗传距离分别为0．0095和0．0142。结论rDNA ITS序列可为鉴定佛手提供分子参照系统。     

苏皖产大戟属药用植物rDNA的ITS序列分析

目的研究苏皖产大戟属内6种药用植物的ITS长度的变异,为探讨大戟属植物的系统演化关系和大戟属植物鉴定提供DNA分子证据。方法利用PCR技术对大戟属植物的rDNAITS区碱基序列进行测定。结果这6种大戟属植物的ITS1的长度范围为255~262bp,ITS2的长度范围为214~236bp。运用Mega2软件进行的系统分析得到大戟属内6种植物的系统进化树。这一分析结果与来自形态学的研究结果相吻合。结论此法可用于大戟属植物种间及真伪品鉴别。     

蒲公英属植物rDNA ITS序列测定及分析

目的研究蒲公英属内4种植物的rDNA ITS序列遗传差异性,为探讨蒲公英属植物的系统演化关系、分类、品种鉴定提供DNA分子依据。方法提取不同产地的蒲公英总DNA,以核糖体基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果蒲公英属植物ITS序列总长度约为641～642 bp,其中ITS-1长度为255～256 bp,5.8S长度为162 bp,ITS-2长度为224 bp。序列间共有23个变异位点。运用DNA Star软件进行系统分析得到蒲公英属内4种植物的系统进化树,这一分析结果与来自形态学的研究结果基本吻合。结论此法可用于蒲公英属植物种间及真伪品鉴别。     

细辛属8种药用植物rDNA ITS的克隆与序列分析

目的克隆和分析8种细辛属药用植物的ITS序列,为开展该属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础。方法以基因组DNA为模板,利用PCR法克隆ITS全长序列,借助生物信息学软件对序列进行比对分析,并构建系统发育树。结果测序结果表明,8种细辛属植物的ITS全长为637~646 bp,其中的5.8 S序列最为保守,长度和碱基组成完全一致;ITS1与ITS2均存在一定的变异,它们的长度分别为255~257 bp和226~232 bp,序列中出现大量插入/缺失和转换/颠换现象,ITS1、ITS2的可变位点和简约信息位点数分别为46/30和14/9。系统发育分析结果表明,8种细辛属植物在进化树上可分为4组,与传统分类结果完全一致,I~IV分别对应细辛组、华细辛组、长花组和杜衡组。结论 8种细辛属植物ITS序列具有丰富的信息位点,可用于这些植物的分子鉴定。     

化橘红rDNA ITS序列特征的初步分析

目的:研究化橘红及其近缘种rDNA ITS区碱基序列的特征及差异。方法:利用PCR产物直接测序,并作序列变异分析。结果:5个植物样品的rDNA ITS序列长度为675bp-683bp,其中5.8S rDNA长度为165bp,编码区较保守。基于K2P参数遗传距离模型构建的化橘红与沙田柚、柑橘rDNA ITS序列遗传距离分别为1.05和2.29。结论:化橘红与其近缘品种rDNA ITS序列有明显的差异。     

不同产地丹参ITS序列及有效成分差异分析

目的:比较不同产地丹参的ITS序列差异,并结合其有效成分含量,分析ITS序列、有效成分含量与产地之间的关系,为探索不同产地丹参质量差异机制奠定基础。方法:提取不同产地丹参样品DNA,采用PCR-测序技术,应用序列分析软件分析各个产地之间ITS序列差异。采用UPLC方法检测不同产地丹参有效成分含量。结果:发现不同产地丹参ITS序列在152 bp处存在变异位点,且经诱导子诱导后的ITS序列位点在152 bp处存在"A"和"G"两种变异类型;各地丹参有效成分含量存在差异。结论:初步得出不同诱导子诱导后丹参ITS序列152 bp处的变异导致更多"G"型转变;山东丹参分别经壳聚糖、水杨酸处理后水溶性成分均增加,联合诱导则对有效成分的增加无显著效用。     

药材与资源石豆兰属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的通过测定11种石豆兰属植物的ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。方法利用PCR法从叶片基因组DNA中克隆ITS序列,并借助生物信息学软件对其进行分析。结果 11种石豆兰属植物的ITS全长为633～645 bp,5.8 S序列长度162 bp,ITS1和ITS2序列变异位点丰富,共168个,其中信息位点95个,序列存在大量的转换、颠换和缺失;5.8 S序列较为保守,仅含6个变异位点和2个信息位点;11种石豆兰属植物的遗传距离为0.002 2～0.212 0,其中齿瓣石豆兰与斑唇石豆兰之间的遗传距离最小,亲缘关系最为接近。序列已上传至NCBI,登录号为JN619409～JN619419。结论获得了11种石豆兰属植物的rDNA ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础。     

金铁锁不同居群rDNA ITS序列分析

目的分析金铁锁不同居群的核糖体ITS碱基序列,为鉴别不同产地金铁锁提供分子依据.方法使用1对引物18P1和26P2进行ITS基因的PCR扩增并测序.结果12个居群金铁锁的ITS1片段长度为225~229 bp,ITS2片段长度为166~170 bp,5.8S片段长度为261~264 bp.云南昆明、丽江、个旧、鹤庆和四川盐源5个居群的ITS序列碱基完全一致,云南宣威、会泽、中甸、保山、四川木里、西藏林芝等7个居群的ITS序列则有不同的变化,碱基变异数目(包括5.8 S编码区)为1~4个.结论经过比较分析,rDNA ITS区碱基序列在分布于云南中部、四川西南端等居群与云南西部、西北端、西藏东南部、四川西南部居群具有各自相应的指纹特征,可以作为相应居群的鉴别依据.