基因芯片技术在胰腺癌相关基因研究中的应用

目的　应用基因芯片技术比较胰腺癌组织与正常胰腺组织基因表达谱的差异 ,以寻找新的诊断指标和治疗位点。方法　将 12 80 0 0个人类全长基因的PCR产物点样在特殊处理后的玻片上制备基因芯片。采用逆转录的方法分别将Cy5 dUTP标记胰腺癌组织mRNA、Cy3 dUTP标记正常胰腺组织mRNA以制备探针。将每一标本的混合探针与芯片杂交 ,用ScanArray 30 0 0荧光扫描仪扫描荧光信号。应用ImaGene3.0软件分析、计算每点的Cy5和Cy3信号值。以Cy5 /Cy3比值的自然对数绝对值 >0 .6 9为标准 ,筛选差异表达基因。结果　在所检测的 6例胰腺癌标本中 ,共有 5 4个基因有差异表达 ,其中胰腺癌组织中表达上调基因 32个 (包括基因库中已登录基因 2 4个 ) ,表达下调基因 2 2个 (包括基因库中已登录基因 15个 )。结论　基因芯片技术为阐明胰腺癌特异基因表达谱提供了强有力的工具。     

应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

乳牙生理性吸收相关基因初探

目的:应用人类基因芯片技术对人乳牙生理性吸收的基因表达进行分析,筛选差异表达基因,以期研究牙根吸收的基因调控机制。方法:留取与乳牙根吸收部位相对应的软组织为实验组(A)及取适量切除的牙龈瓣为对照组(B),提取总RNA,逆转录为cDNA,用Cy3和Cy5荧光染料标记,与芯片杂交后扫描。结果:有明显差异表达的共有156条,其中表达上调的基因有91条;下调的基因有65条。结论:乳牙生理性吸收可能与多个基因相关。     

糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中能量代谢相关基因的表达及其意义

目的：比较正常大鼠和糖尿病心肌病大鼠心肌组织中基因表达的差异，探讨糖尿病性心肌病的发病机制。方法：（1）实验大鼠分为两组（正常对照组和糖尿病心肌病组）；（2）从心肌组织中抽提mRNA，经逆转录分别用Cy3,Cy5荧光标记，获得两组动物来源的cDNA探针；（3）cDNA 探针与基因表达谱芯片杂交，结果经扫描后并用软件进行统计分析。结果：能量代谢相关基因表达水平在糖尿病心肌病组明显下调，结论：能量代谢障碍可能在糖尿病性心肌病发病机制中起重要作用。     

利用基因芯片技术研究人胰腺癌相关基因

目的:观察人胰腺癌基因表达谱的变化,研究胰腺癌发生、发展过程中的相关基因,并探讨基因表达谱芯片技术在筛查肿瘤相关基因中的应用价值.方法:应用含有4 096条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对9例临床切除的胰头导管腺癌标本组织抽提及纯化的mRNA进行芯片杂交,并对基因表达谱进行分析研究.结果:按差异显著阳性标准,从4 096个基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因184条,其中87条表达上调,97条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期、信号转导、细胞外基质、细胞骨架和运动蛋白、转录因子、DNA损伤修复基因、凋亡相关蛋白以及核糖体蛋白等相关编码基因.其中有11条为尚未在GenBank登录的人类新基因.结论:运用cDNA表达谱芯片分析基因表达谱,能够快速筛查出新的肿瘤相关基因,并高效率地对基因功能进行研究.     

人激肽释放酶10在卵巢癌组织中的表达及其意义

目的：研究人激肽释放酶10（hK10）在卵巢癌组织中的表达,探讨hK10基因在卵巢癌早期诊断研究中的意义。方法：①应用4 097靶基因点基因芯片对5例卵巢浆液性囊腺癌及5例正常卵巢组织进行基因表达谱分析,筛查差异表达基因。②应用RT-PCR检测32例卵巢浆液性囊腺癌组织、20例卵巢浆液性囊腺瘤组织及16例正常卵巢组织中hK10表达并对比分析。结果：①基因芯片筛查出差异表达基因58个,其中表达增高（上调趋势）基因30个,表达降低（下调趋势）基因28个,hK10基因为表达上调基因（Cy5/Cy3＝3.031）。②hK10基因在正常卵巢及卵巢瘤组织中有弱表达(0.023±0015和0.023±0.045),在卵巢癌组织中表达明显增强(0.106±0.045),hK10基因在卵巢癌组的表达明显高于正常卵巢组及卵巢瘤组（P<0.01）。结论：基因芯片能够用于筛查卵巢癌差异表达基因;hK10基因在卵巢癌组织表达明显增强,有望成为卵巢癌的肿瘤标志物。      

结肠黑变病相关基因的cDNA芯片筛查分析

目的 应用基因芯片技术研究结肠黑变病(MC)和正常成人结肠组织基因的差异表达. 方法 分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将MC组和对照组结肠组织的mRNA分别标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交.通过扫描荧光强度,计算机软件分析,寻找两组差异表达基因. 结果 MC组和正常对照组之间共筛选出93条差异表达基因,其中表达增加的基因有53条(2.0倍以上),表达降低的基因有40条(0.5倍以下). 结论 基因表达谱芯片筛选MC与正常成人结肠组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感、高通量等特性.通过筛选所得差异基因提示MC的发病可能涉及细胞增殖、酯类代谢、能量代谢、细胞毒等多种因素,为进一步阐明MC的发病机制提供了新线索.     

Difference of Gene Expression Profiles between Barrett’s Esophagus and Cardia Intestinal Metaplasia by Gene Chip

Theincidenceofadenocarcinomaintheesoph agusandgastroesophagealjunction(GEJ)isin creasingforthetwodecadesinNorthAmericaandEurope[1].Barrett'sesophagus(BE)isthoughttobeapremalignantconditionforesophagealadeno carcinomaandmostofadenocarcinomasatGEJ[2].Recentlythepresenceofcardiaintestinalmetapla sia(CIM)insomenormalappearingGEJhasbeendescribed[3].TherelationofthisconditiontoBEhasnotyetbeeninvestigated.Inthisexperiment,wehadperformedoura nalysisonthree4096chipsinordertoacquirethedifference…     

应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

顺铂腹腔注射对小鼠卵巢相关基因表达谱的影响

目的：应用基因芯片技术研究顺铂（Clsplatin）腹腔注射给药对小鼠卵巢相关基因表达的影响,探讨顺铂对卵巢功能损伤的作用机制。方法：建立化疗损伤后卵巢功能低下小鼠模型,按一步法抽提顺铂给药后的小鼠及对照组小鼠卵巢组织的总RNA;经逆转录分别用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组小鼠卵巢cDNA的探针,再与cDNA基因表达谱芯片杂交,结果由激光扫描仪扫描,并用计算机软件进行图像分析、标准化处理、ratio值分析和聚类分析。结果：顺铂给药后的小鼠与对照组小鼠卵巢组织基因表达谱分析发现,109个差异表达基因有19个基因低表达,90个基因高表达。结论：本研究从顺铂给药后的小鼠卵巢组织中筛选出大量的差异表达基因,说明这些基因可能参与顺铂对卵巢功能损伤的发生、发展过程,从而为化疗药物损伤性卵巢功能减退的诊治提供依据。     

利用基因芯片技术筛选不同转移能力骨肉瘤细胞差异表达基因

目的：运用基因芯片技术研究骨肉瘤转移相关基因表达．方法：提取具有不同转移特性的骨肉瘤细胞总RNA，反转录制备杂交探针，应用基因芯片筛选与骨肉瘤转移相关的基因．杂交信号用ScanArray3000扫描，结果用ImaCene3．0软件分析．结果：对原位及转移骨肉瘤细胞基因表达诺分析，发现两种肿瘤细胞中存在差异表达基因，其中有抑癌基因、转移相关蛋白基因、细胞周期蛋白基因等，与肿瘤发生发展密切相关．结论：基因芯片技术对肿瘤转移机制研究有重要意义。     

Difference of Gene Expression Profiles between Barrett＇s Esophagus and Cardia Intestinal Metaplasia by Gene Chip

The difference of gene expression profile changes in Barrett＇s esophagus （BE） and cardia intestinal metaplasia （CIM） epithelium was studied and the novel associated genes were screened in the early stage by cDNA microarray. The cDNA retro-transcribed from equal quantity mRNA from BE and CIM epithelial tissues were labeled with Cy3 and Cy5 fluorescence as probes. The mixed probe was hybridized with three pieces BiostarH-40s double dot human whole gene chip. The chips were scanned with a ScanArray 4000. The acquired images were analyzed using GenePix Pro 3.0 software. It was found a total of 141 genes were screened out that exhibited differentially expression more than 2 times in all three chips. It was identified that in gene expression profiles of BE, 74 genes were up-regulated and 67 down-regulated as compared with CIM. The comparison between the difference of gene expression profile changes in BE and CIM epithelia revealed that there existed the difference between BE and CIM at gene level. 141 genes with the expression more than two time were probably related to the occurrence and development of BE and the promotion or progress in adenocarcinoma.     

急性胰腺炎不同病理类型基因表达谱差异的研究﹡

目的:联合应用cDNA微阵列和组织微阵列技术并采用计算机辅助处理技术研究正常胰腺组织、MAP、SAP之间基因表达谱,筛选出MAP与正常粘膜以及MAP与SAP之间的差异表达基因。方法:分别抽提正常胰腺组织、MAP和SAP组织的总RNA并纯化mRNA;将各mR-NA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在3张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。用ScanArray 4000扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果3次杂交出现一致性显著异常,表达差异在2倍以上的基因有141条,其中表达上调的74条,表达下调的67条。结论通过基因表达谱差异的比较,提示MAP和SAP在基因水平存在差异,差异2倍以上的141个基因可能与AP的发生和发展以及相关早期炎症的启动和演化有关。     

肺腺癌患者酪氨酸激酶信号传导通路的异常与临床预后

目的 探讨肺腺癌患者酪氨酸激酶传导通路的异常和临床预后的关系。方法 抽提10例肺腺癌标本及其癌旁组织的总RNA,标记荧光,与含13824个基因的基因芯片进行杂交,经洗片、扫描,计算机分析比较两种组织的差异表达基因。每次实验重复2次,结果取平均值。采用聚类分析和判别分析对海量数据进行数据挖掘,得出结果后再与临床预后因素结合分析。结果 根据酪氨酸激酶传导通路上的差异,10例标本聚类为3类,海量基因聚为5类。不同预后的标本有不同的特征基因群,预后最好的一组患者高表达抗增殖和免疫相关基因;预后最差的患者在高表达与增殖相关基因的同时,抗增殖和免疫防御相关基因处于低表达水平。结论 肺腺癌的酪氨酸激酶传导通路异常主要表现为3种类型,由此决定了肺腺癌不同的生物学行为和不同的预后。     

应用cDNA微阵列技术研究MMP1，TIMP1基因在肺癌中的表达

研究基质金属蛋白酶-1(MMP1)和基质金属蛋白酶组织抑制物-1(TIMP1)基因在肺鳞癌、肺腺癌中的表达。方法：利用含4 096个基因的cDNA微阵列检测肺鳞癌、肺腺癌组织与正常肺组织的差异表达基因。重点分析MMP1，TIMPl在肺鳞癌与肺腺癌中的表达。结果：MMP1，TIMPl基因在肺鳞癌与肺腺癌中均表达上调。结论：MMPl，TIMP1在肺鳞癌、肺腺癌中均出现表达上调，可作为肺鳞癌、肺腺癌的重要分子标记。     

EC109细胞cDNA微矩阵基因芯片的建立及其方法学分析

目的:建立食管癌EC109细胞cDNA微矩阵基因芯片,并对其可靠性进行验证.方法:提取正常食管上皮细胞和EC109细胞的mRNA,逆转录得cDNA,再逆转录得cRNA,用Cy3-dUTP标记EC109细胞cRNA,用Cy5-dUTP标记正常食管上皮细胞cRNA,制备表达谱探针,利用该探针对EC109细胞与正常食管上皮细胞进行杂交.荧光扫描基因芯片,筛选表达谱.利用自身比较实验、重复实验和R2、一致率(CR)及假阳性率(FPR)等指标对该基因芯片系统进行方法学分析.结果:该基因芯片系统2次实验结果的符合率达85%,R2=0.7329,CR=100%.该系统的FPR为0.45%,扩增样品与无扩增样品的基因表达谱表现出较好的吻合性.结论:该芯片系统具有良好的稳定性、可靠性及低误差率等特点,可用于基因差异表达谱的分析.     

应用基因芯片技术筛查肺癌变相关基因的研究

目的 使用基因芯片技术研究肺鳞癌及化学致癌物诱导入气管上皮细胞恶性转化的癌变相关基因。方法 应用含4096条人类全长基因的cDNA芯片分别检测6例肺鳞癌和6例正常肺组织的基因表达谱;并用上述芯片研究苯并(a)芘代谢产物BPDE[anti-Benzo(a)pyrene diolepoxide,BPDE]和结晶型硫化镍所诱导的人支气管上皮细胞恶性转化与正常的人支气管上皮细胞系(16HBE)在基因表达谱上的差异;将3类标本共同的差异表达基因确定为肺癌变的相关基因。结果 在肺鳞癌／正常肺组织之间、BPDE诱导的恶性转化细胞／正常16HBE细胞之间及硫化镍诱导的恶性转化细胞/正常16HBE细胞之间发现差异表达基因分别为171条、143条和151条。通过比较,发现89条与肺癌变相关的共同基因,其中表达显著增加的基因39条,它们是：癌基因6条;细胞周期相关基因4条;细胞增殖基因6条;肿瘤转移基因8条;神经内分泌基因3条;耐药基因1条;凋亡抑制基因1条;氧化基因1条;其他基因9条。表达显著下降的基因50条,它们是：抑癌基因7条;DNA修复基因11条;抗氧化基因1条;GST基因家族3条;细胞骨架基因3条;凋亡诱导基因2条;信号传导基因5条;细胞因子及其受体基因5条;细胞代谢基因7条,细胞外基质基因1条;其他基因5条。结论 cDNA基因芯片技术能有效地研究基因的表达谱,筛查出肺癌变相关基因。