椰毒假单胞菌酵米面亚种16S rDNA序列测定与分析

本文对３种不同来源样品的４株椰酵假单胞菌的１６ＳｒＤＮＡ的序列进行了测定,以确定其系统发育位置及与其它菌种的遗传进化关系。实验中设计了７条引物,利用聚合酶链式反应（ＰｏｌｙｍａｓｅＣｈａｉｎＲｅ－ａｃｔｉｏｎ,ＰＣＲ）扩增４株细菌的１６ＳｒＤＮＡ,通过扩增产物的克隆测序或直接测序,获得了它们的１６ＳｒＤＮＡ序列,将测得的序列与伯克霍尔德氏菌属中其它菌种的１６ＳｒＤＮＡ序列进行了聚类分析,得到了系统发育进化树状图。树状图及不同菌种之间的同源性比值：椰酵假单胞菌（Ｐ．ｃｏｃｏｖｅｎｅｎａｎｓｓｕｂｓｐ．ｆａｒｉｎｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）与唐菖蒲伯克霍尔德氏菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｇｌａｄｉｏｌｉ）、椰毒伯克霍尔德氏菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｏｃｏｖｅｎｅｎａｎｓ）的亲缘关系非常近,与其它菌种的亲缘关系相对较远,椰酵假单胞菌、唐菖蒲伯克霍尔德氏菌和椰毒伯克霍尔德氏菌可归属于一个独立的系统发育系。     

布氏田鼠鼠疫菌102 kb pgm基因座结构研究

目的　研究布氏田鼠鼠疫菌株 1 0 2kbpgm基因座结构与其他类型鼠疫菌是否有区别 ,及其与布氏田鼠鼠疫菌株的独特特征的关系。方法　采用聚合酶链反应 (PCR)的方法 ,共设计 2 5对嵌套的引物 ,以喜玛拉雅旱獭鼠疫菌株和布氏田鼠鼠疫菌株的染色体DNA为模板 ,分段扩增该区域内的DNA ,选择差异较大的扩增片段进行克隆和测序 ,与已发表的序列比较。结果　布氏田鼠鼠疫菌株的 1 0 2kbpgm基因座一端缺失了1 952个碱基 ,即插入序列IS1 0 0。另外 ,在测序的这段基因中 ,一类似于可变数量串联重复序列 (VNTR)的区域 ,布氏田鼠鼠疫菌比已发表的序列多出几个拷贝。结论　布氏田鼠鼠疫菌株的 1 0 2kbpgm基因座序列改变了 ,一端缺失了插入序列IS1 0 0 ,这就使得它的毒力岛不容易丢失 ,保持了 pgm+表现型的稳定 ;与其毒力的关系 ,有待于进一步研究     

聚合酶链反应方法检测鼠疫耶尔森菌的内部对照研究

目的 避免聚合酶链反应(PCR)方法检测鼠疫菌发生假阴性。方法 通过克隆，将16srRNA引物的扩增产物与鼠疫菌F1抗原基因克隆子相连，并以其作为内部对照模板进行PCR试验。结果 得到了在包含F1抗原基因中连接有16SrRNA扩增产物的质粒，并初步确立了作为内部对照质粒的参照标准浓度。结论 在采用PCR方法检测鼠疫菌时，加入适宜浓度的内部对照质粒作为模板与待检样品同时扩增，可避免假阴性的发生。     

用多引物聚合酶链反应检测鼠疫耶尔森菌

目的建立多引物检测鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）的PCR（M-PCR）方法.方法合成4对引物,分别来源于质粒和染色体DNA上F1、pla、Hms、Inv基因,对164株鼠疫菌进行扩增.结果在164株鼠疫菌中,有152株菌4种基因扩增均阳性,仅云南省12株Hms基因扩增为阴性.结论采用M-PCR方法检测鼠疫菌DNA具有较好的敏感性、特异性和稳定性,其可作为检测与鉴别鼠疫菌和疫情监测方面快速诊断的方法.     

鼠疫耶尔森氏菌F1抗原在鼠伤寒沙门氏菌中的表达及其保护力

目的：对鼠疫耶尔森氏菌Ｆ１抗原在鼠伤寒沙门氏菌中的表达及其保护力进行研究。方法：ＰＣＲ、化学转化及电穿孔法。结果：采用ＰＣＲ方法，特异地扩增了鼠疫菌Ｆ１抗原ｃａｆ操纵子的５Ｋｂ基因片段。将ＰＣＲ产物与质粒载体连接后，经化学方法转化大肠杆菌ＬＥ３９２，获得ｃａｆ基因克隆子，所得克隆子能较好地表达Ｆ１抗原基因。应用电穿孔法将克隆子的重组质粒转入发鼠伤寒沙门氏菌Ｇ３０内获得转化子，其Ｆ１抗原表达水平与大     

河北省鼠疫耶尔森菌多位点串联重复序列分析

目的对分离自河北省长爪沙鼠鼠疫疫源地的116株鼠疫菌株进行基因分析研究。方法根据鼠疫基因组比对,选择15对引物对测试菌株进行PCR扩增,并对扩增结果进行分析。结果 15对引物对116株实验菌株均得到相应的扩增结果,同一引物测试菌株扩增结果目标条带长度均一致,串联重复序列的重复数相同。不同引物扩增目标条带长度不同,串联重复序列的重复数也不同,如引物M52对所有菌株扩增产物长度均为153 bp,串联重复序列的重复数均为3,而引物M59的扩增产物长度为250 bp,重复数均为7。结论多位点串联重复序列分析(MLVA)证实河北省鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因稳定,鼠疫菌MLVA数据库将对未来的鼠疫菌变异和溯源提供技术支持。     

福氏志贺菌ipaC基因的克隆及序列分析

目的：构建福氏志贺菌毒力蛋白基因（ipaC）重组表达质粒。方法：根据ipaC已知序列，设计合成一对引物，用PCR方法从福氏志贺菌毒力质粒上扩增出ipaC基因片段，克隆到原核表达质粒pET32a中，转化大肠埃希菌TG1感受态细胞，经酶切和PCR鉴定，然后进行测序。结果：ipaC基因体外扩增产物大小约为1112bp。重组质粒经双酶切和PCR鉴定表明为正确重组子，测序结果与已知序列基本吻合。结论：在国内首次克隆了福氏志贺菌ipaC基因，为下一步细菌性痢疾发病机制的研究奠定基础。     

鼠疫耶尔森菌的多重PCR检测方法

目的研究一种快速、特异的检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的多重聚合酶链反应(PCR)方法。方法选用针对鼠疫菌F1抗原基因、pla基因、inv基因和一段鼠疫特异染色体序列设计的4对引物,以鼠疫菌及其他肠道致病菌DNA为模板并加入内部对照模板,在同一扩增体系中进行PCR扩增。结果鼠疫菌DNA模板可扩增出预期产物,而其他菌株只能扩增出内部对照模板的片段。结论多重PCR方法具有较高的特异性。可迅速、有效地将鼠疫菌与其他肠道致病菌相鉴别,也可应用于鼠疫监测。     

鼠疫耶尔森氏菌16S-23S rRNA基因间区的酶切位点分析

目的：了解鼠耶尔森氏菌１６Ｓ－２３ＳｒＲＮＡ基因间区的酶切位点分布情况。方法：ＰＣＲ扩增及限制性内切酶分析。结果：对ＥＶ菌及不同来源的１０３株鼠疫耶尔森氏菌１６Ｓ－２３ＳｒＲＮＡ基因间区进行了扩增,选用限制性内切酶Ｔａｑ、１ｅｙ Ｍｓｐ１对扩增产物进行酶切分析,结果发现所用鼠疫耶尔森氏菌该间区扩增产物及酶切图谱一致,选用Ｔａｑ１＋Ｍｓｐ,Ｈｉｎｆ１＋Ｍｓｐ１对ＥＶ菌１６Ｓ－２３ＳｒＲＮＡ基因间区扩     

鼠疫耶尔森氏菌环介导等温扩增检测方法的建立

目的:将环介导等温扩增技术(LAMP)应用于鼠疫耶尔森氏菌的快速检测。方法:针对鼠疫耶尔森氏菌F1基因设计特异性引物,进行LAMP扩增。应用LAMP技术对鼠疫菌和非鼠疫菌进行检测以确定其特异性;对倍比稀释鼠疫菌液进行检测以确定其灵敏度,并与常规PCR方法进行比较。结果:对10种非鼠疫菌进行LAMP扩增,均为阴性结果,证明该方法具有很高的特异性。LAMP方法最低检出量为20个鼠疫菌,比常规PCR方法的灵敏度高10倍。通过加入染料进行LAMP扩增可直接观察结果。结论:本方法检测鼠疫耶尔森氏菌特异性强、灵敏度高,并且操作简便、结果易于判定,有望发展成为快速检测鼠疫耶尔森氏菌的有效手段。     

鼠疫菌102kb基因座一端IS100的缺失与pgm+稳定性的研究

目的 了解鼠疫菌102kb pgm基因座一端IS100的缺失与pgm~1稳定性的关系。方法 采用聚合酶链式反应(PCR)扩增国内各型鼠疫菌102kb pgm基因座色素沉着这一端IS100的片段,并选择克隆测序分析。结果 通过PCR扩增,其中只能扩增出约2560bp左右条带的生态型,也就是其102kb pgm基因座色素沉着这一端IS100的片段缺失,除锡林郭勒高原布氏田鼠型,还有北天山东段型、北天山西段A、B型,其pgm~ 表型非常稳定;而有一部分菌株的扩增结果为阴性另一部分菌株扩增出4492bp条带的生态型,扩增出4492bp条带的菌株102kb pgm基因座色素沉着这一端有IS100,结果为阴性的菌株其整个102kb pgm基因座可能已经丢失,此种情况包括祁连山型,青藏高原型,冈底斯山型,滇西纵谷型等,其pgm~ 表型表现出不稳定。结论 鼠疫菌102kb pgm基因座一侧缺失IS100的菌株,可具有较稳定的pgm~ 表型,而鼠疫菌102kb pgm基因座两侧有IS100的菌株,pgm~ 表型不稳定。     

复合探针荧光定量PCR法检测鼠疫耶尔森氏菌的实验研究

目的建立用复合探针荧光定量PCR快速检测鼠疫耶尔森氏菌的方法。方法研究根据鼠疫耶尔森氏菌pla基因的核苷酸序列设计特异引物,通过PCR法的特异性、灵敏度和重复性研究,建立了复合探针荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,用于鼠疫的筛选和诊断。结果该检测方法的特异性为100%,最低可检出10个拷贝的质粒DNA分子,可对1×101~1×106拷贝范围内的模板进行定量,最低可检测至1×102cfu/ml细菌。该方法的精密度好,阳性质控品和阴性质控品不同时间测定3次及同一时间5次重复实验结果Cv值均<5%。结论本研究建立的复合探针实时荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,可对鼠疫耶尔森氏菌进行快速检测、准确辨别和早期诊断,对鼠疫的早期快速诊断具有重要意义。     

鼠疫耶尔森氏菌三色荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种三色荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法。方法根据鼠疫耶尔森氏菌pPCP1质粒上的pla基因、编码F1抗原在pMT1质粒上的ca f1基因以及菌体染色体上的3a基因序列,设计特异性的引物和不同荧光标记的Taqman荧光探针,优化反应体系和扩增条件,考察该方法检测的敏感度、特异性、重复性和稳定性,最终建立三色荧光定量PCR检测方法。结果本研究所建立的方法对鼠疫耶尔森氏菌DNA的扩增效率高,最低检出限为1×102copies/ml,特异性高,重复性的变异系数在合理范围内,稳定性好。结论建立了一种同时检测鼠疫耶尔森氏菌pla、ca f1和3a基因的三色荧光定量PCR方法,该方法敏感度和特异性高,能够实现快速检测的目的。     

中国鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征与遗传学意义

目的 根据中国鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子生物学特征分析其遗传背景。方法利用实验研究中rRNA基因指纹图(ribotyping)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、随机扩增DNA多态性(RAPD)及插入序列(IS)等方面工作的原始数据,通过聚类分析等统计学手段,探究中国鼠疫菌株间的遗传学距离,分析各种方法作为鼠疫菌分子识别特征的意义。结果 rRNA基因指纹图型与脉冲场电泳型之间是相对应的,但同属于7拷贝rRNA基因的田鼠菌株与西藏仲巴菌株,其间的遗传学距离,却较6拷贝rRNA基因的菌株还远。而随机扩增型与rRNA基因型之间对应关系较不明确,有较多的例外情况。用相似值可以表示这些菌株之间的遗传距离。结论 中国的鼠疫菌具有多种独特的分子生物学特征,其中新疆灰旱獭疫源地和西藏南部冈底斯山地理环境复杂,有较多的自然屏障,使鼠疫菌在流行过程中,限于局部地区,各自独立进化,产生了相互混合存在的多种基因类型。     

首例入境集装箱中发现疑似鼠疫感染死鼠的检测

目的通过对入境集装箱中发现的死鼠进行实验室检测,加强口岸对入境啮齿动物携带鼠疫杆菌的监测力度。方法分别用胶体金和PCR方法对入境集装箱中发现的死鼠进行鼠疫杆菌检测。结果该样本鼠疫杆菌F1抗原阳性,pla基因和fra基因PCR扩增均为阳性,判定该样本为疑似鼠疫杆菌感染。结论在口岸一线加强对入境鼠类携带鼠疫杆菌检测具有重要意义。同时,应不断加强口岸公共卫生核心能力建设,加强公共卫生实验室建设及重大疫情检测技术储备。     

鼠疫耶尔森菌TaqMan探针实时荧光定量PCR快速检测

目的 建立一种快速检测鼠疫耶尔森菌的方法.方法 以编码F1抗原的基因caf1为靶序列,人工合成基因序列,制备重组质粒作为鼠疫耶尔森菌检测的标准样品;用实时荧光定量聚合酶链反应(fluorescent quantitative polymerase chain reaction,FQ-PCR)技术,针对pMT1质粒上的caf1基因设计引物和TaqMan荧光探针,进行实时FQ-PCR检验,评价该方法的准确性、敏感性及特异性.建立鼠疫耶尔森菌TaqMan探针实时FQ-PCR检测方法.结果 本研究成功构建了质粒pUC57-caf1,引物、探针特异性良好,标准曲线在5.03×102～5.03×107拷贝数之间,具有较好的线性关系,相关系数1.0.实时FQ-PCR检验最低可检测出5.03×102拷贝数的重组质粒,灵敏度比普通PCR高100倍.特异性检测试验可选择性检测出鼠疫耶尔森菌,与其他细菌无交叉反应,结果与普通PCR一致.对同一浓度的重组质粒进行15个平行样品的重复性试验,Ct值标准差为0.28.结论 建立TaqMan探针实时FQ-PCR检测技术,能够快速、准确、特异的检测鼠疫耶尔森菌,为鼠疫监控、诊断提供技术支持.