2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化与变异

目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。     

甲型H1N1流感病毒抗原HA基因进化分析

目的 分析甲型H1N1流感病毒抗原HA基因的突变和分子进化树.方法 由河南省各市(地)疾病预防控制中心和流感监测哨点医院采集流感患者咽拭样本,从咽拭样本中分离甲型H1N1流感病毒毒株,选择20株提取病毒RNA,设计引物运用逆转录-聚合酶键反应(RT-PCR)技术扩增编码HA蛋白的基因序列,测序分析核酸和编码的蛋白序列突变位.结果 分离到51株新型H1N1流感病毒;扩增20株HA编码基因,18株成功扩增到HA编码基因,2部分基因片段分别为1 024 bp和654 bp,与预期大小相符;BLAST分析结果显示,在中国多个地区分布有甲型H1N1流感病毒HA基因433 T/C(N端145 S/P)突变株,进化树分析结果显示,这一位点的突变有可能是来自于猪-人之间相互感染.结论 甲型H1N1流感病毒抗原HA基因在中国内地传播期间个别氨基酸位点发生了突变,但是抗原性未改变.     

2017-2018年广州市甲型H1N1流感病毒耐药基因变异监测

目的 对广州市流感监测人群呼吸道标本进行甲型H1N1流感病毒分离和测序,并对耐药基因突变和遗传进化特征进行分析。方法 2017年1月-2018年3月,对4家流感监测医院的5831份监测标本进行甲型H1N1流感病毒核酸检测,将阳性标本接种MDCK细胞进行流感病毒分离和测序,应用DNA Star7.1软件和MEGA 4.0软件对耐药基因进行测序分析。结果 5831份监测标本中检出甲型H1N1核酸阳性标本222份,检出率为3.81%,其中分离甲型H1N1流感病毒61株,分离率为1.05%。有2株病毒分离株出现了H274Y突变,突变率为3.28%。所有病毒分离株均发生了S31N突变,突变率为100%,同时另有2株出现V27A突变,突变率为3.28%。部分2017年毒株和2018年毒株已形成于A/Michigan/45/2015疫苗株分支之外的另一独立小分支。结论 2017年广州市流感监测病例中监测到2株H1N1流感病毒分离株为奥司他韦耐药突变株,且该耐药株均位于当前疫苗株流行分支以外的独立分支,有必要对广州市甲型H1N1流感病毒进行持续监测。     

河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 分析河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的变异情况,了解其变异现状及特点。方法 对35株甲型H1N1流感病毒毒株提取病毒总RNA,设计引物运用RT-PCR技术扩增编码NA蛋白的基因序列,测序分析核酸序列并用MEGA4.1软件构建进化树,用BLAST进行比对分析。结果 分离株NA基因316位G/A和742位A/G(N端106位V/I和248位N/D)发生变异,2个突变位点同时存在;同时,通过BLAST分析,发现我国多个省份和亚洲其它多个地区病毒株NA基因存在945位A/G和1 338位T/C突变,进化树分析发现,这两个位点的突变可能来自于中国猪-人之间相互感染。结论 甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因在中国内地传播期间个别核酸位点发生了突变,其氨基酸抗原区有一位点发生变异(106 V/I)。     

北京市甲型H1N1流感病毒病原学监测分析

目的 分析北京市2009年5-12月甲型H1N1流感病毒检测结果,探讨流感大流行时期甲型H1N1流感病原流行病学特征.方法 2009年5月1日至2009年12月27日,共采集101 852份咽拭子样本,北京市传染病网络实验室利用荧光定量PCR方法检测,并做统计分析.结果 101 852份检测样本中,甲型H1N1流感病毒核酸阳性9843份,总阳性率为9.66%,其中5-6月阳性率为2.85%,7-8月阳性率为3.32%,9-10月阳性率为8.35%,11月阳性率为29.67%,12月阳性率为24.33%.可疑病例排查阳性率为8.40%,病例密切接触者阳性率为4.75%,门诊流感样病例(ILI)阳性率为11.46%,聚集性发热病例及其他病例阳性率为7.33%.年龄分布以5～14岁和15～24岁年龄段为主,男女性别构成比为1.5:1.结论 北京市2009年5-11月甲型H1N1流感病毒感染呈持续上升,12月呈下降趋势,具有一定的流行病学特征.     

新型甲型H1N1流感流行期间大连市郊区流感病毒监测分析

目的:了解2009~2010年新型甲型H1N1流感大流行期间,大连市郊区流感病毒的流行情况。方法:对大连市外各区的流感样病人咽拭子标本采用Real-time RT-PCR方法进行流感病毒核酸检测。结果:2009年11月~12月郊区标本均为新型甲型H1N1流感病毒核酸阳性,2010年1月部分地区标本季节性流感病毒核酸阳性,2010年2月后各区标本均季节性流感病毒核酸阳性。结论:2010年1月为新型甲型H1N1流感病毒和季节性流感病毒交替期,之前流行株为新型甲型H1N1流感病毒,之后的流行株为季节性流感病毒。     

2016 - 2019年包头市甲型H1N1流感病毒基因分析

目的 了解包头市流感病毒的变异情况,评估流行株在致病性、毒性、耐药性方面的改变,以研究结果为依据,为流感防控、指导抗流感药物的选用及筛选新的疫苗代表株提供依据。方法 按分离比例随机抽取2016 - 2019年甲型H1N1疫苗株进行基因测序分析。结果 包头市2016 - 2019的甲型H1N1分离株主要属于6B.1A分支,与疫苗株A/Brisbane/02/2018同源性较高。各年度病毒株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.014,0.016,0.014和0.012。分离株抗原位点集中在 Sa 区的163 - 164位点发生变异。分离株2018 - 1139 - HA.seq发生了H275Y位点变异。结论 包头市2016 - 2018年度内甲型H1N1流感病毒分离株与A/Brisbane/02/2018亚型流感病毒同源性较高。相对A/Brisbane/02/2018疫苗株而言,本次分析的病毒基因并未发生抗原漂移现象,可以初步判定目前推荐的疫苗株对当前流行的甲型H1N1流感具有较好的保护效果。     

福州市2010年甲型H1N1流感病毒分离株血凝素基因分子进化分析

目的 了解福州市2010年甲型H1N1流感病毒HA基因的突变和分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增流感病毒A/Fuzhou/2/2010(H1N1)血凝素HA基因,测定核苷酸序列,用Clus-talX 1.83软件进行序列比对,用Bi0edit软件的ClustaW程序进行序列同源性分析,用Mega 5.0软件以邻位...     

长沙市2009年甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性分析

2009年4月21日,美国疾病预防控制中心(CDC)检出2名儿童感染新甲型H1N1流感病毒~[1],该病毒属于正黏病毒科(orthomyxoviridae),甲型流感病毒属(influenza virus A),单股负链RNA病毒,由大小不等的8个独立片段组成,共编码11种蛋白,主要通过飞沫或气溶胶经呼吸道传播,极易造成流行.     

2017年广州市16株H3N2流感病毒耐药基因分子特征分析

目的 分析广州市H3N2流感病毒耐药基因遗传进化和变异情况。方法 对广州市2017年H3N2流感病毒进行分离,选择16株病毒对流感病毒耐药相关的NA(Neuraminidase,神经氨酸酶)和M2(Matrix protein 2,基质蛋白2)基因进行序列测定,使用DNA Star和MEGA软件对耐药基因的分子特征进行分析。结果 本研究16株毒株在M2蛋白上均表现为对烷胺类药物耐药,NA蛋白的神经氨酸酶抑制剂作用位点均未发生突变,表现为对神经氨酸酶抑制剂敏感,但监测发现3C.2a.1分支内1株病毒在NA蛋白催化位点发生R224K变异。与疫苗株A/Hong Kong/4801/2014相比,16株毒株抗原位点和潜在糖基化位点都发生较大变异,抗原位点变异多发生在D339N,所有毒株在245位增加了一个糖基化位点NAT。基因进化分析发现,2017年广州市H3N2流感病毒呈现多分支进化特点,提示进化来源较为多样。结论 监测发现3C.2a.1流行分支内出现酶活性位点变异毒株,因此需要重点关注变异株是否会随着3C.2a.1分支的流行而进一步扩散,以及酶活性位点的变异是否会降低病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感性。     

天津地区2005年甲1亚型流感病毒HA1区基因特性分析

目的 了解天津地区夏季一起小学校流感样暴发疫情中分离出2株甲1亚型流感病毒株HA1基因变异情况。方法MDCK细胞和鸡胚双腔法分离流感病毒，收获病毒液提取病毒的RNA，进行RT—PCR，扩增产物纯化后测序，用DNASTAR软件进行序列分析。结果新分离株HA1基因长度为325个氨基酸，与国际疫苗株A／NewCaledonia／20／99相比氨基酸同源性高于98％，氨基酸替换位点有5个，其中165位位于抗原决定簇Cal区。结论天津地区新分离甲1亚型流感病毒抗原性发生进一步漂移，但变异程度不大。     

上海市闵行区甲型H1N1流感病毒株变异分析

目的:了解上海市闵行区人群中甲型H1N1流感病毒株基因特性及抗原变异情况,为甲型H1N1流感防控提供科学依据。方法:采集2009年8月-2011年3月闵行区哨点医院流感样患者鼻咽拭子标本,Real-time RT-PCR鉴定流感病毒亚型,犬肾细胞(MDCK)培养分离流感病毒,血凝抑制试验(HI)确定流感病毒型与亚型。对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因和氨基酸位点变异情况。结果:闵行区于2009年8月-2010年3月发生第一波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例232例,占流感病例总数的54.33%。2010年12月-2011年3月发生第二波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例71例,占流感病例总数的62.83%。HA进化树分析发现,第二波分离的甲型H1N1流感毒株与大多数2009年第一波大流行分离毒株不位于同一主干上,说明HA基因发生了一定程度的变异;HA蛋白氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生了变异。PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点,但第677位点出现E677G突变。结论:2011年冬春季闵行区人群中甲型H1N1流感流行毒株与2009年北美流行株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和适应性进化。     

广州市2019年H3N2流感病毒分子流行特征分析

目的 对广州市2019年不同来源的H3N2流感病毒进行基因测序,分析H3N2流感病毒的进化变异特点。方法 对广州市2019年门诊监测、暴发疫情、住院重症病例等不同标本来源的H3N2流感病毒进行分离并对其血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因进行测序,运用DNA Star 7.1、Mega 6.0软件分析病毒的变异和进化特点。结果 2019年广州市H3N2流感表现为流行期Ⅰ（2019年1-8月）和流行期Ⅱ（2019年11-12月）2个流行高峰。男性和女性的H3N2流感病毒阳性率分别为13.46%（703/5 221）和11.50%（510/4 435）,差异有统计学意义（χ²=8.43,P=0.00）。10~20岁年龄组H3N2流感病毒阳性率最高（25.18%,665/2 641）,各年龄组阳性率差异有统计学意义。测序发现,不同标本来源的毒株高度同源,亲缘关系相近,属于3C.2a.1分支。根据流行时间和进化特点,进一步划分为Group 1~3共3个小进化分支,Group 1分支流行于流行期Ⅰ、Group 3分支流行于流行期Ⅱ,Group 2分支为2个流行期过度的进化分支,流行期Ⅱ的病毒由流行期Ⅰ的病毒进化而来,且不同分支存在基因重组的现象。在疫苗选择压力下,Group 1~3分支逐渐出现HA抗原位点突变,导致新的抗原漂移。HA抗原位点变异主要发生A和B区,Group 1分支和Group 3分支受体结合位点变异发生在前壁和后壁,Group 2~3分支在HA抗原位点A区缺失2个糖基化位点。结论 2019年广州市H3N2流感病毒的遗传变异包括位点突变和基因重组。在疫苗免疫压力下H3N2流感病毒发生快速的进化变异,抗原位点变异逐渐累积,进而出现新的抗原漂移。应对H3N2流感病毒分子流行特点进行持续监测。     

无锡市甲型H1N1流感及季节性流感疫苗接种效果分析

目的调查流感样病例(ILI)和无锡市一般人群中甲型H1N1流感疫苗及季节性流感疫苗的接种情况,评估疫苗接种后对人群的保护效果。方法以无锡市2家哨点医院为基础,采集流感样病例病毒核酸检测阳性的病例作为病例组,共1 529人,同时按照"病例"的电话信息,随机产生电话号码选择、年龄匹配的一般人群作为对照组,共380人。结果病例组甲型H1N1流感疫苗接种率为6.1%(94/1 529),对照组甲型H1N1流感疫苗接种率为12.1%(46/380),两组比较,差异有统计学意义(P0.01);甲型H1N1流感病例中接种甲型H1N1流感疫苗的比例为12.5%(3/24),门诊检测阴性的ILI病例接种甲型H1N1流感疫苗的比例为6.1%(78/1 273),"接种甲型H1N1流感疫苗"因素的OR值为0.457(P=0.201);以电话调查一般人群(330例)作为对照组,接种甲型H1N1流感疫苗的比例为13.3%(44/330),OR值为1.077(P=0.908)。结论该次调查说明接种甲型H1N1流感疫苗对预防流感样病例有一定效果,但由于样本量较少,24种方法病例对照分析均未得出差异有统计学意义。     

2017—2019年昆明市A（H1N1）pdm09亚型流感病毒血凝素基因特征分析

目的 分析2017—2019年昆明市A（H1N1）pdm09亚型流感病毒血凝素基因特征,为流感防控提供科学依据。方法 2017—2019年昆明市流感监测网络实验室用MDCK细胞培养A（H1N1）pdm09核酸阳性样本,经血凝和血凝抑制鉴定获得13株A（H1N1）pdm09流感毒株,选取8株提取RNA,一步法扩增得到全基因组,纯化、定量、建库后上机二代测序,使用MEGA X、PhyML 3.1等软件进行基因特征分析和系统进化树构建。结果 昆明市2017年毒株与A/Michigan/45/2015同属于6B.1分支;2018、2019年毒株与A/Brisbane/02/2018同属于6B.1A分支。与当年疫苗株相比,2017年毒株新增4个突变,其中A73S位于Cb区;2018年毒株新增5个突变,其中S74R、S164T位于Cb、Sa区,2019年毒株新增11个突变,其中N156K、L161I位于Sa区,T185I、D187A、Q189E位于Sb区。N156K可导致免疫逃逸,D187A、Q189E同时位于190螺旋。结论 昆明市A（H1N1）pdm09流感病毒的突变位点逐年增加,尤其是抗原决定簇和受体结合部位的突变频率明显加快,提示我们应该持续加强流感监测,及时发现免疫逃逸与高致病性突变。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

2009-2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因的遗传进化分析

目的了解2009年7月以来杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)的变异情况,分析其遗传进化特征。方法在流行季节采集发热病人咽拭子样本,经病毒分离培养及亚型鉴定后,用特异性引物扩增NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果 2009年7月至2011年3月,共检测监测样本1 898份,流感病毒阳性率为37.9%。期间经历了两次甲型H1N1流感病毒流行高峰。各时间段分离株间NA基因高度同源,序列相似性97.9%~100%,但2010/2011年流行株在进化树上分为两支,且与2009/2010年流行株遗传距离相对较远。进一步分析后发现,虽然耐药位点、酶活性位点及其附近氨基酸相对保守,但多个氨基酸变异发生于抗原决定簇上,且增加了NA蛋白茎部第42位糖基化位点。结论结果预示着酶抑制剂类药物对预防和治疗甲型H1N1流感病毒仍将有效,但在开发新疫苗时应该尽可能的避开已经发生漂变的抗原决定簇。     

2005年-2009年大连市季节性甲型H1N1流感病毒HA基因序列分析

目的:分析大连市2005年-2009年流感病毒H1N1亚型血凝素抗原性及其基因变异情况,为流感防治提供技术支持。方法:采集流感样病例的鼻咽拭子标本,用MDCK细胞进行流感病毒的病原分离,采用红细胞凝集实验测定病毒的滴度,用血凝抑制试验和RT-PCR进行流感病毒型别鉴定,通过RT-PCR扩增血凝素HA片段的基因,电泳、纯化后进行基因序列测定,利用生物信息学进行序列分析。结果:2005年-2009年共分离到季节性甲型H1N1流感病毒39株,其中28株进行了测序。与当年的疫苗株相比,2005年、2006年、2007年和2008年分离株的HA1区分别发生了11个、9个、15、15个突变。结论:在近几个年度的流行季节中,该地区有H1N1亚型流感的存在。该地H1N1流感病毒分离株有多处氨基酸发生替换,氨基酸的替换导致毒株的抗原性发生了漂移。