云南省丙型肝炎病毒基因型及3b型遗传进化树分析

目的了解云南省丙型肝炎患者HCV基因型分布,对3b型进行遗传进化树分析。方法应用丙型肝炎非编码区ABC程序酶切分型法对云南省46例HCVRNA阳性血清标本进行HCV基因分型研究。从根据5′端非编码区(5′NCR)ABC分型结果判断为3b基因型10例标本中随机选择2例(A18、A32)进行HCV5′NCRcDNA双向测序。结果通过46例HCV5′NCRRNA阳性标本分型研究,云南省HCV感染基因型依次为1b型、3b型、3a、1a和2b型、2a/2b等混合型,各型所占比例分别为34.78%、21.74%、10.88%、6.52%、17.39%。2例(A18、A32)3b型进行HCV5′NCRcDNA双向测序,根据测序结果进行基因进化树分析,云南省HCV3b型与GenBank号中国HCV5′NCR3b株的同源性为99%~100%。结论云南省HCV主要流行基因型为1b型,其次为3b型;应用5′NCRABC分型法可得到准确分型结果。     

中国HCV5′-非编码区复合酶切分型及其3b基因型序列分析

目的　研究中国丙型肝炎病毒 (HCV)不同基因型感染分布情况 ,并对 3b序列进行分析。方法　采用逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)技术扩增HCV5’NCR 1a、1b、2a、2b、3a、3b、4a、6a不同基因型的cDNA及 187份HCVRNA阳性样品中cDNA。A应用BHH (BsrBI、HaeⅡ、HinfI)复合内切酶消化 5′ NCRcDNA ,B应用BstUⅠ消化 ,C应用HaeⅢ消化 ,电泳检测片段大小。结果　 187例HCVRNA阳性患者ABC分型结果表明 ,1b型感染率占 6 7 38% ,2a型 12 30 % ,1b/ 2a型为5 88% ,3b型 5 35 % ,2b型 3 2 1% ,2a/ 2b、1b/ 2b型各为 2 14 % ,1a型 1 0 7,6a型 0 5 4 %。 3份 3b基因型 5’ NCRA T克隆测序结果表明 ,3株 3b型之间同源性为 99 5 4 %～ 10 0 %。其中chiKQ5 0与GI5 14 395 3a株为 96 2 8%与GI6 76 8773b株同源性为 98 6 % ,与 1a型为 93 4 9% ,与 1b型为94 88% ,与 2a型为 91 6 3% ,与 2b型为 89 30 % ,与 4a型为 95 35 % ,与 6a型为 93 4 % ,结论　研究结果表明该项分型技术既保证了RT PCR检测灵敏度 ,又具有良好的分型效果。提示 :该分型方法不仅适合中国HCV基因型检测 ,对亚洲及欧洲和非洲HCV分型研究也具有一定的参考价值     

中国HCV5''-非编码区复合酶切分型及其3b基因型序列分析

目的研究中国丙型肝炎病毒(HCV)不同基因型感染分布情况,并对3b序列进行分析。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术扩增HCV5’NCR 1a、1b、2a、2b、3a、3b、4a、6a不同基因型的cDNA及187份HCV RNA阳性样品中cDNA。A应用BHH(BsrBⅠ、HaeⅡ、HinfⅠ)复合内切酶消化5‘-NCR cDNA,B应用BstUⅠ消化,C应用HaeⅢ消化,电泳检测片段大小。结果187例HCV RNA阳性患者A B C分型结果表明,1b型感染率占67．38％,2a型12．30％,1b/2a型为5．88％,3b型5．35％,2b型3．21％,2a/2b、1b/2b型各为2．14％,1a型1．07,6a型0．54％。3份3b基因型5’-NCR A-T克隆测序结果表明,3株3b型之间同源性为99．54％～100％。其中chiKQ50与G1514395 3a株为96．28％与G1676877 3b株同源性为98．6％,与1a型为93．49％,与1b型为94．88％,与2a型为91．63％,与2b型为89．30％,与4a型为95．35％,与6a型为93．4％,结论研究结果表明该项分型技术既保证了RT-PCR检测灵敏度,又具有良好的分型效果。提示：该分型方法不仅适合中国HCV基因型检测,对亚洲及欧洲和非洲HCV分型研究也具有一定的参考价值。     

丙型肝炎病毒1b型5′非编码区基因变异及遗传进化分析

目的研究我所发现的丙型肝炎病毒（HCV）1b基因型5’非编码区（5’NCR）-222位C—T变异的病毒株，是否为1型中的其他亚型。方法对64例HCV 1b型的样本进行5’NCR扩增后作BamH Ⅰ酶切，并从有此BamH Ⅰ位点的样品中随机选取了6例样品扩增5’NCR和NSSB区，测序后对5’NCR进行序列分析，NSSB区序列分别与GenBank中1型的各亚型序列以及38株来自世界不同地区的1b型参考序列构建遗传进化树。结果6例样本与GenBank中1型的各亚型NSSB区遗传进化树分析结果显示这6株都属于1b型，而非1型的其他亚型，6株变异株与38株来自世界不同地区的1b型参考序列NSSB区的进化树分析结果显示，6例样品并未形成1b型中的独立分支，在遗传进化上与其他38株HCV 1b型病毒株没有明显差异。结论本文的研究证实了我们所发现的HCV 1b型5’非编码区有BamHI位点的病毒株确为1b型的变异株，并非1型的其他亚型。而这种变异与干扰素耐药是否具有相关陛，尚有待于进一步研究。     

武汉地区丙型肝炎病毒基因型分布及其少见基因亚型系统进化树分析

目的研究武汉地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布情况,构建HCV少见基因亚型系统进化树。方法收集武汉地区258例慢性丙型肝炎患者血浆样本,采用基于HCV非结构蛋白5B(NS5B)区的Sanger测序法对患者HCV进行基因分型,将HCV NS5B区测序结果与NCBI Genotyping tool中HCV基因型数据库进行比对,得到受检患者的HCV基因亚型,采用MEGA5.0软件对武汉地区HCV少见基因亚型进行系统进化树分析。结果 258例丙型肝炎患者样本均被成功分型,共检出6种基因亚型:1b型(71.32%)、2a型(20.16%)、6a型(3.49%)、3b型(2.71%)、3a型(1.16%)、1a型(1.16%)。武汉地区HCV少见基因亚型系统进化树被成功构建。结论武汉地区HCV优势基因亚型为1b型和2a型,6a型、3a型、3b型、1a型较少见。武汉地区3例3a型HCV可能由日本传入;大部分3b型HCV可能由越南传入,NO.379样本出现较大变异;6a型HCV可能由越南传入。     

NS5B区核酸序列测定的丙型肝炎病毒基因分型研究

目的了解昆明市丙型肝炎感染者HCV基因型分布特征。方法用RT-PCR法扩增40例HCVRNA阳性的患者血清样本丙型肝炎病毒NS5B区段,PCR产物纯化后进行测序分析,测序结果与参考序列共同构建系统进化树,得到丙型肝炎病毒基因型和基因亚型。结果丙型肝炎病毒NS5B区段基因序列的系统进化树分析能对丙型肝炎病毒感染者样本进行很好的分型;分型结果显示,昆明地区丙型肝炎病毒主要的基因型是3b型占45.0%,其次2a型占22.5%,1b型占20.0%,3a型占7.5%,6n型及6a型各占2.5%。结论构建丙型肝炎病毒NS5B区系统进化树分析能得到准确的HCV基因型和亚型;昆明地区的丙型肝炎病毒基因型以3型为主,其次2a、1b型,同时发现6型;昆明丙型肝炎感染者中HCV基因型分布更接近于中国香港和东南亚国家的丙型肝炎病毒基因分布。     

河南地区慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒基因型分布研究

目的调查河南地区慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)基因型的分布特点。方法 106例慢性丙型肝炎患者的血清标本,采用反转录PCR扩增HCV NS5B区,产物直接测序,并构建进化树进行HCV基因分型。结果 106例患者中HCV分型阳性95例(89.6%),共检出7种基因型:1a、1b、2a、2b、3a、3b、6a,其中1a亚型1例(1.1%)、1b亚型56例(58.9%)、2a亚型18例(18.9%)、2b亚型1例(1.1%)、3a亚型6例(6.3%)、3b亚型2例(2.1%)、6a亚型11例(11.6%)。结论河南地区慢性丙型肝炎患者HCV基因型以1b型为主,其次为2a和6a型,基因型的分布呈现多样化。     

基于丙型肝炎病毒NS5B基因序列分析的基因分型

目的：建立基于丙型肝炎病毒(HCV)NS5B基因序列分析的基因分型方法，对上海地区慢性丙型肝炎进行基因分型。方法：用HCVRNA实时荧光定量检测试剂盒对慢性丙型肝炎患血清标本的HCV RNA水平进行定量分析。用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和套式-PCR扩增HCV RNA阳性的41份标本的部分HCV NSSB区基因，PCR产物经回收、纯化后直接进行测序分析。从GenBank中下载25份不同基因型的HCV原型序列，用NSSB区222bp的基因片段构建系统进化树，对临床标本相应的HCVNS5B区序列进行分析。结果：基于HCVNS5B基因序列的系统进化树分析，可成功地对本组41份标本进行基因分型。分型结果显示，1b型占85．4％(35／41)，2a型占12．20％(5／41)，3a型占2．44％(1／41)。结论：基于HCVNSSB区基因序列的系统进化树分析是一种可靠和方便的HCV基因分型方法。上海地区的HCV基因型以1b型为主。     

HCV基因型与2′- 5′寡腺苷酸合成酶活性的相关性研究

目的 了解丙型肝炎病毒基因型在不同人群中的分布规律与流行优势型及其与2′—5′寡腺苷酸合成酶(2-5AS)的相关性。方法 分别对门诊体检、住院病人和血液透析患者抗-HCVIgG阳性标本,采用RT-nested-PCR方法检测HCV RNA;用5′端非编码区(5′NCR)1、2、3、1b型特异性引物进行扩增和基因分型;用PEI-cellulose薄板层析法检测外周血单个核细胞的2-5AS。结果 三组人群HCV RNA感染率分别为1．21％、2．66％、38．84％;HCV基因型以1b亚型为主,1b及1b的相关型占91．67％。以ATP转化率表示2-5AS活性水平,1b型和1b相关的混合感染2-5AS活性显著升高。而其他基因型与健康对照组无明显差别。结论 2-5AS活性的基础水平显著升高可能是HCV1b亚型对干扰素反应低下的原因。     

粤东地区丙型病毒性肝炎患者的HCV基因型分型研究——附140例检测分析

目的:了解粤东地区丙型病毒性肝炎(丙肝)患者HCV的基因型分型情况,为该地区丙肝防治提供参考.方法:收集140例粤东地区丙肝患者的血清标本,提取HCV RNA进行core片段扩增及DNA测序,并根据测序获得的core序列进行基因分型,分析不同感染途径、不同年龄段丙肝患者的基因分型情况.结果:成功扩增core片段123例(87.9％),其中HCV 1b型78例(63.4％)、HCV 2a型12例(9.8％)、HCV 3a型6例(4.9％)、HCV 3b型5例(4.1％)、HCV 6a型22例(17.9％).HCV 6a型主要流行于静脉药瘾者中,HCV 1b型则在非静脉药瘾者中流行.HCV 1b、3a/b型在不同年龄段患者均匀分布,HCV 2a型则见于31岁以上患者,HCV 6a型主要见于21～40岁患者.HCV 2a型患者感染时间明显短于6a型(P＜0.05).结论:粤东地区丙肝患者HCV基因分型常见HCV 1b型与6a型,其中HCV 6a型主要见于有静脉药瘾的年轻患者,HCV基因型分布正在因为传播途径的改变而变化.