中国南方汉族人群中一个常见型新等位基因HLA-C*08∶22的基因频率调查和分析

本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08∶22的基因频率.对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08∶01∶01/08∶22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C基因的第5和第6外显子测序.在C*08∶22被发现和获得WHOHLA因子命名委员会认可前,对40例被鉴定携带C*08∶01∶01等位基因的无血缘关系供/受者进行HLA-C基因外显子2-6再测序.所有的序列均导入Assign 3.5 SBT软件,分析等位基因型.结果表明,32份无血缘关系个体检出C* 08∶01∶01/08∶22模棱两可结果的样本中,发现3例样本鉴定为C*08∶22,南方汉族无血缘关系个体中C*08∶22的基因频率为0.92％.回顾性分析以往40例携带C*08∶01∶01等位基因的无血缘关系供/受者对发现,其中2对供/受者实际为C*08∶22.结论:C*08∶22在南方汉族中为常见型的HLA等位基因,当测序分型出现C*08∶01∶01/08∶22模棱两可的结果时,不能轻易视为罕见型等位基因而错误地排除.     

直接测序法用于四川骨髓库汉族人群HLA-C等位基因分布的研究

目的建立HLA-C等位基因通用引物直接测序法,研究中华骨髓库四川分库(简称四川骨髓库)中川籍汉族人群HLA-C等位基因分布。方法在四川骨髓库已获HLA-A/B/DRB1高分辨分型结果的600余份川籍汉族街头无关自愿捐献者标本中,随机选择244份标本,采用PCR-SBT对HLA-C位点测序分型,通用引物测序后产生的模棱两可分型结果,分别采用加测相应外显子和组特异性测序方法确认;获得所有标本确切的高分结果后,计算HLA-C各等位基因分布频率,并与其他人群比较。结果 244份标本中直接出HLA-C位点高分辨结果的比例为27.87%(68/244),须加测外显子1、5、6和7的为61.07%(149/244),须组特异性测序的为47.54%(116/244);共检出HLA-C等位基因25个,其中等位基因频率>10%的3个:C*01∶02、C*07∶02和C*03∶04,等位基因频率>1%的12个,累计频率95.69%;四川汉族人群HLA-C等位基因的分布与中国南方人群最为接近,与美国高加索人群和黑人的差异最大。另外,发现了1例新等位基因C*06∶45,它与同源性最高的C*06∶02在第187位碱基存在1个点突变:G>T,使密码子39由GAC>TAC,导致编码的氨基酸由天门冬氨酸(Asp)>酪氨酸(Tyr);此位点在此之前尚未发现过碱基突变。结论建立了针对HLA-C基因第2—4外显子的通用引物直接测序法,并提出了模棱两可结果的解决策略,所测标本均获得确切高分结果;四川汉族人群中HLA-C等位基因呈现多样性并存在自身特点。     

运用二代测序技术确认PCR-SSOP法检出的HLA罕见等位基因

目的：确认PCR-序列特异性寡核苷酸探针（SSOP）法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果样本的HLA真实基因型。方法：对HLA高分辨组织配型血样采用PCR-SSOP法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果进一步采用PCR-直接测序分型（SBT）技术和二代测序（NGS）技术复检确认。结果：采用PCR-SSOP方法检出4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常的样本，加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示，样本1的HLA-A分型结果与已知基因型不完全匹配，NGS分析显示，该等位基因与同源性最接近的等位基因A*31:01:02:01在第2外显子154位G>A变异，导致28位编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸（p.Val28Met），样本2的HLA-C结果为C*03:119, 06:02，样本3的HLA-C结果为C*03:03, 07:137，样本4的HLA-B结果为B*55:02,55:12。采用PCR-SSOP方法检出3例模棱两可结果样本，加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示，样本5的HLA-B结果为B*15:58, 38:02，样本6...     

一个无效新等位基因C*01∶37N的鉴定及其序列分析

目的 鉴定中国汉族人群中新发现的一个HLA-C无效等位基因,并对国际上业已公布的HLA-C无效等位基因的突变情况进行分析.方法 采用分子克隆和单倍体测序的方法,鉴定1例HLA-C基因测序分型结果异常样本的分子生物学基础.结果 检出了一个C*01新变异等位基因,其序列与C*01∶02∶01最相近,但存在编码区nt 363 G＞A点突变,位于第三外显子的第97密码子由TGG直接变成终止密码子TGA,导致一个无效等位基因,其序列提交国际GenBank(序列号:GU592508)和IMGT/HLADatabase(HWS10010188).结论 该无效等位基因已被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为C*01∶37N.

Abstract：

Objective To identify a novel HLA-C null allele in a Chinese Han individual and characterize the nucleotides mutations of HLA-C null alleles reported currently. Methods The molecular basis of a sample with inconclusive sequencing result was clarified by traditional cloning and haplotype sequencing. Results A novel HLA-C * 01 variant allele was identified. Its sequence was very similar to allele C * 01∶02∶01. There was a single nucleotide mutation at the coding sequence nt 363 G＞ A (codon 97TGG＞TGA) in exon 3. The genomic sequence of this novel allele was submitted to GenBank with the accession number GU592508 and the IMGT/HLA Database (HWS10010188). Conclusions The novel variant null allele has been officially named C * 01∶37N by the WHO Nomenclature Committee for factors of the HLA System.     

南方汉族强直性脊柱炎患者及健康人群HLA-B27基因的分子多态性及分布

目的研究南方汉族强直性脊柱炎(AS)患者及健康人群HLA-B27亚型等位基因的多态性和分布特点。方法采用HLA测序分型方法,对收集到的46份B*27阳性的南方汉族AS患者血样以及随机选择的80份经rS-SOHLA流式磁珠低分辨检测为B*27阳性的造血干细胞南方汉族捐献者血样,做HLA-B基因的第2—4外显子测序分型,测序反应产物用ABI PrismTM3730测序仪检测,Assign3.5分析软件分析结果。对检出的模棱两可结果及"罕见型"等位基因,辅以PCR-SSP法HLA-B27高分辨基因分型。结果46名南方汉族AS患者中,共检出4个HLA-B*27相关的等位基因:B*2704的检出比例最高,为82.98%(39/47);其次是B*2705,为12.77%(6/47);B*2707和B*2724各为2.13%(1/47)。80名南方汉族造血干细胞捐献者中,共检出7种B*27相关等位基因:以B*2704的检出比例最高,为57.32%(47/82);其次为是B*2705,为26.83%(22/82);B*2706和B*2707各为6.10%(5/82);B*2703、B*2715和B*2724各为1.22%(1/82)。结论南方汉族AS患者HLA-B*27基因中以B*2704最为常见,健康人群以B*2704和B*2705等位基因为主要亚型。     

中国人群HLA-DRB1＊1454等位基因和HLA-DRB1第3外显子鉴定意义

目的:在中国人群中鉴定人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)DRB11454等位基因,分析供受者HLA-DRB1第3外显子DNA序列信息对器官移植、细胞移植及人类遗传学研究的重要现实意义.方法:应用聚合酶链反应-直接测序分型方法对58例等待造血干细胞移植供受者进行人类白细胞抗原测序分型,1 268例广东地区随机健康供者采用聚合酶链式反应-序列特异寡核苷酸探针反向杂交法进行HLA-DRB1中高分辨基因分型,部分模棱两可结果采用聚合酶链式反应-序列特异引物PCR-SSPHLA-DRB14高分辨方法分型法.结果:在1 268例广东地区随机健康人群中检出HLA-DRB11403,1406,1410,1412,1418,1425和1454等位基因,HLA-DRB1401/1434/1454等位基因模棱两可结果的8例样本被确认为HLA-DRB11454等位基因,DRB11454等位基因可能是广东人群最为常见的HLA-DRB114 基因. 中国人群HLA-DRB114第3外显子存在多态性.结论:中国人群HLA-DRB11454等位基因确认了DRB1等位基因第3外显子多态性的存在,进一步明确了开展中国汉族人群及少数民族HLA-DRB1第3外显子检测的意义.     

中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1及-DQA1基因多态性的研究

目的调查中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1等位基因多态性。方法 2017年6月-12月应用PCR-SBT测序分型法对1 000名健康无血缘关系的南方汉族人群外周血样(于2016年8月-2017年5月收集)进行HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因测序分型。HLA-DPA1和-DPB1基因采用自行设计的引物同步扩增检测第2、3外显子,HLA-DQA1检测第1～4外显子。电泳序列导入uTYPE 7.2 HLA分析软件判定基因型。采用直接计数法计算等位基因的分布频率。结果在1 000人份南方汉族无关个体HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1测序分型所获的序列中,无背景信号和杂峰。共检出6种HLA-DPA1等位基因,频率由高到低依次为DPA1~*02∶02 (0.541)>DPA1~*01∶03 (0.340)>DPA1~*02∶01 (0.095)>DPA1~*04∶01 (0.021)>DPA1~*02∶07 (0.003)>DPA1~*01∶04 (0.002);共检出HLA-DPB1等位基因33种,频率较高的前4种等位基因依次为DPB1~*05∶01(0.401)、DPB1~*02∶01(0.165)、DPB1~*04∶01(0.085)、DPB1~*02∶02(0.071);共检出19种HLA-DQA1等位基因,频率较高的前4种等位基因依次为DQA1~*01∶02(0.196)、DQA1~*03∶02(0.144)、DQA1~*01∶03(0.087)和DQA1~*06∶01(0.085)。结论本文获得了南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因多态性数据,可为人类学、群体遗传学、疾病关联研究等提供重要参考数据。     

中国汉族人群鼻咽癌患者HLA-DQB1等位基因多态性分析★

背景:目前开展HLA-DQB1基因与鼻咽癌疾病相关性研究一方面受昂贵的进口试剂所制约,另一方面单纯做HLA-DQB1第2外测序分型,模棱两可,结果较少。目的:采用HLA-DQB1基因第2至第3外显子双向测序分型检测技术方法。方法:纳入286份中国汉族健康人群血液样本,46例鼻咽癌患者样本,使用Gentra DNA提取试剂制备基因组DNA,取100份健康人群样本作为平行对照组进行基因分型,选择及自行设计HLA-DQB1基因第2至3外显子扩增引物及测序引物,探索最适合PCR扩增及测序反应条件。采用商品化HLA-DQB1基因单向测序分型试剂盒作对照。结果与结论:100份平行对照组样本与HLA-SBT测序分型结果一致。286例健康个体中共检出13种等位基因,27例样本的等位基因为纯合子。鼻咽癌人群共检出DQB1等位基因11种,5例样本的等位基因为纯合子。鼻咽癌患者DQB1*02等位基因频率高于对照组,但所有等位基因频率比较,差异无显著性意义(χ2<3.84,P>0.05)。未发现HLA-DQB1基因与鼻咽癌有相关性。说明采用的中国汉族人群HLA-DQB1基因测序分型方法具有操作方便、结果稳定和低成本消耗等优势。     

一例供者携带的C* 03:100等位基因的测序分析

目的 检测与分析1例骨髓志愿捐献者携带的等位基因C* 03:100.方法 采用快速DNA提取试剂盒从全血样本中提取基因组DNA,经HLA-C基因商品化测序分型试剂盒扩增,纯化后的扩增产物作为模板由试剂盒配套的第2,3和4外显子正反向测序引物及自行研制的第5外显子正反向、第6外显子正向和第7外显子反向测序,经乙醇/醋酸钠/EDTA纯化的测序反应产物于ABI PrismTM 3730测序仪电泳检测.结果 将电泳后的数据导入Assign-SBT 3.5.1.45分析软件分析,分型结果为C*03:02:02,03:100.结论 临床移植配型HLA-C基因分型增加第5,6和7外显子区域的多态性检测可提高分型结果的准确性,对临床组织配型工作具有重要意义.     

新等位基因HLA-A*24:233与HLA*-A26:89的分析确认

背景:分子生物学新技术的发展和大量应用加快了中国发现HLA新等位基因的步伐。新等位基因的发现不仅给HLA家族增加了新成员,同时也为研究民族或地区的优势基因或消失基因(不适合客观环境的基因)找到了突破点。目的:确认2个新的HLA等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:应用PCR-SBT、GSSP测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行HLA高分辨分型,发现2个样本HLA-A位点均为异常基因,与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对,分析核苷酸序列的差异。结果与结论:2个样本HLA-A位点与目前已知的相应HLA-A等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*24:02:01的差异表现在第3外显子区域中的第360位碱基由G>C,导致第96位密码子由谷氨酰胺变为组氨酸,样本2与其同源性最高的A*26:01:01比较差异表现在第2外显子区域中第97位碱基由T>C,导致编码的第9位密码子由酪氨酸变为组氨酸。结果表明两个样本为HLA-A位点的新等位基因,已提交GenB ank进行注册,并已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*24:233与HLA-A*26:89。     

四川骨髓库四川籍汉族人群MICA等位基因分布

目的研究四川骨髓库四川籍汉族志愿者MICA等位基因分布特点。方法采用PCR-SBT和PCR-SSP方法,对四川骨髓库119名无关汉族志愿者标本作MICA等位基因分型和MICA基因缺失型分析。结果共检测到13种已知MICA等位基因和2种新MICA等位基因,频率依次为MICA*010(25.2%)、MICA*008:01/04(23.1%)、MICA*002:01(16.0%)、MICA*019(10.5%)、MICA*012:01(8.8%)、MICA*049(4.2%)和MICA*009:01(3.8%),这7种等位基因占所有MICA等位基因的91.6%。与浙江汉族相比,仅MICA*027分布的差异有统计学意义(P<0.05);与内蒙古汉族、韩国人、美国白人及非洲裔美国人相比,MICA*004和MICA*019分布的差异有统计学意义(P<0.05)。所发现的3例2种MICA新等位基因,已被世界卫生组织HLA因子命名委员会分别命名为MICA*064N和MICA*010:02。连锁不平衡分析发现,四川骨髓库汉族人群中B*1301-MICA*045,B*4801-MICA*Del紧密连锁;最常见的4位点单体型是A*0207-B*4601-MICA*010-DRB1*0901。结论四川籍汉族人群MICA等位基因表现出较丰富的多态性,具有其自身的特点。     

一个罕见HLA-C等位基因间重组家系的遗传背景研究

目的 研究HLA-C等位基因座位上的交换重组,探讨HLA新等位基因产生的分子遗传背景.方法 采集拟进行造血干细胞移植的1例慢性粒细胞白血病患者、患者父母以及2名哥哥的静脉血,采用AlleleSEQR HLA 测序分型试剂进行HLA-A、C、B、DRB1和DQB1共5个位点的高分辨基因分型;再采用Protrans S4 HLA单倍体测序技术分离2个HLA-C等位基因,以确定序列异常的1个C等位基因;进一步采用分子克隆和测序方法进行患者及父母HLA-C等位基因的全长单倍体序列分析.按遗传规律分析该家系的HLA 5个位点的连锁单倍型,同时将HLA-C等位基因全长序列经IMGT/HLA Database中的"BLAST"程序进行序列的对比,以确定C等位基因重组发生的精确位置.结果 经HLA测序及遗传家系分析,该家系中父亲的2条HLA连锁单倍型分别为a:A*0207-C*010201-B*550201-DRB1*090102-DQB1*030302与b:A*240201-C*120202-B*5201-DRB1*1502-DQB1*0601;母亲的分别为:c:A*300101-C*060201-B*130201-DRB1*0405-DQB1*0401与d:A*110101-C*070201-B*4001-DRB1*080302-DQB1*0601.患者的2名哥哥均分别正常遗传了父母的2条单倍体a、d及b、c.患者的2条单倍体分别为母源单倍体c及父源重组单倍体a/b,其中A*240201来自父亲的1条染色单体b,而B*550201-DRB1*090102-DQB1*030302则来自父亲的另1条染色单体a.对比患者携带的C未知新等位基因与父亲的1对C*010201 、C*120202等位基因的全长单倍体序列,推断父亲的2条染色单体在减数分裂时,由于HLA-C等位基因的第273位至330位碱基区域之间发生了交换,重组后形成新的C等位基因及单倍型并遗传给了患者.该C新等位基因的全长序列已递交GenBank,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为C*0121.结论 本研究发现了1个罕见的中国汉族人群HLA-C基因座位上的基因重组家系,阐明了HLA-C*0121新等位基因及单倍型的产生来源,为更深入研究基因重组及HLA多态性形成机制提供了理论依据.

Abstract：

Objective To study the inter-allelic recombination event occurring in the HLA-C locus in a family of Chinese Han nationality, and to evaluate the molecular genetic background of the new HLA allele.Methods Peripheral blood samples were collected from a Chinese leukemia woman patient, as well as her healthy parents and two brothers.HLA-A, C, B, DRB1 and DQB1 alleles were typed by high-resolution PCR-sequence-based typing (SBT) method using Atria Genetic AlleleSEQR HLA SBT kits.The Protrans S4 HLA-C single allele-specific sequencing strategy was used to separate the two HLA-C alleles and to determine novelty of the allele.The full length sequences of HLA-C alleles of the patient and her parents were further analyzed using cloning and haplotype sequencing method. The HLA five loci linked haplotypes and the recombination site were analyzed by family study, meanwhile the full length sequences of the five HLA-C alleles were compared with the IMGT/HLA database by the program "BLAST".Results The two haplotypes of the father and mother were a:A*0207-C*010201-B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302 and b:A*240201-C*120202-B*5201-DRB1*1502-DRQ1*0601, c:A*300101-C*060201-B*130201-DRB1*0405-DRQ1*0401 and d:A*110101-C*070201-B*4001-DRB1*080302-DRQ1*0601,respectively.The two brothers inherited their parent′s haplotypes a, d and b, c respectively.The two haplotypes of the patient were the maternal c and paternal recombinant a/b haplotype.The recombinant a/b haplotype A*240201-C*new-B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302, A*240201 came from the paternal haplotype b,while B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302 came from the other paternal haplotype a.When comparing the full length sequences of the HLA-C new allele with the father′s allele C*010201 and C*120202, it could deduce that the recombinant a/b haplotype derived from a recombination event occurring between the paternal chromosome 6 during meiosis.The crossover site was between genomic nt273 and nt330 of HLA-C alleles, which created a HLA-C new allele and the fifth haplotype of the family, and inherited it to the patient.The full length sequences of the new allele had been submitted to Genbank, and officially named C*0121 by WHO nomenclature committee.Conclusion This study demonstrates a rare inter-allelic recombination event occurring in the HLA-C locus within a Chinese Han family and illustrates the process of novel allele and haplotype, and provides direct theory for further studying the mechanisms of gene recombination and HLA polymorphism.     

PCR-SBT检测HLA-C座位1-7外显子序列鉴别HLA-C~*07:01:01G和C~*07:02:01G组等位基因

本研究旨在探讨区分人类白细胞抗原(HLA)-C*07:01:01G和HLA-C*07:02:01G组内等位基因,并分析其与HLA-B的连锁情况。通过收集HLA-C*07:01:01G组和HLA-C*07:02:01G组标本,采用聚合酶链反应测序分析方法(PCR-SBT)检测HLA-C座位第1-7外显子编码序列,并采用PCR-SBT方法对标本进行HLA-B基因分型。结果表明,13例HLA-C*07:01:01G组标本中,4例(30.8%)标本为HLA-C*07:01:01,9例(69.2%)标本为HLA-C*07:06;连锁分析显示,HLA-C*07:06与HLA-B*44:03高度连锁。102例HLA-C*07:02:01G组标本全部为HLA-C*07:02:01;连锁分析显示,HLA-C*07:02:01与HLA-B*51:01、B*46:01、B*39:01、B*40:01、B*38:02、B*15:02高度连锁。结论:HLA-C*07:01:01G组中发现存在HLA-C*07:01:01和HLA-C*07:06,而HLA-C*07:02:01G组中以HLA-C*07:02:01为主导。     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A~* 02分子多态性及分布

目的了解中国南方鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A*02等位基因多态性及其分布特点。方法采用PCR-SSOP方法对来源于广西鼻咽癌高发区的342例非癌对照标本作HLA-A基因分型;等位基因频率统计采用直接计数法,并应用卡方检验将其与已报道的中国南方及北方汉族群体HLA-A*02等位基因频率作比较。结果所检测的广西鼻咽癌高发区非癌人群的HLA-A*02等位基因分布频率为33.77%(231/684),共检测出5种HLA-A*02等位基因亚型,检出比例依次为:A*02∶03占48.92%(113/231)、A*02∶07占33.77%(78/231)、A*02∶01占9.52%(22/231)、A*02∶06占7.36%(17/231)和A*02∶11占0.05%(1/231);对比分析显示A*02∶01、A*02∶03、A*02∶06及A*02∶07在不同地区汉族人群中呈现出明显的分布差异(P<0.05)。结论中国南方鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A*02等位基因中以A*02∶03最为常见、A*02∶07次之,其HLA-A*02等位基因亚型与中国其地域的汉族人群相比存在明显的差异分布特征,提示该等位基因亚型是人群分析中较好的多态性标志。     

4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的 了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征.方法 采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B 、DRB1等位基因及单体型频率.结果 4082例样本中,共观察到204个HL4等位基因,其中频率＞0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11:01、A*24:02、A*02:01、B*46:01、DRB1* 09:01、DRB1* 15:01.841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD ＞0,HF≥3.67 ×10-4,x2 ＞3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD ＞0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD＞0,HF≥3.67×10-4,x2＞3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD＞0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是“可靠的”(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条.结论 获得上海地区汉族人群HLA-A 、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据.     

安徽省汉族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1等位基因分布及单体型多态性研究

目的 研究安徽省汉族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1等位基因和单体型频率分布特征.方法 PCR-测序分型技术(SBT)对3 169例随机无血缘关系的干细胞捐献者进行HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1基因分型,利用计数法、最大期望算法和PyPop软件计算等位基因频率、单体型频率和连锁不平衡参...