上海地区分离的大肠埃希菌O157的分子分型研究

目的对2006年-2014年在上海地区分离的大肠埃希菌O157进行分子分型研究。方法通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)技术的联合应用,对来自中国上海地区的16株大肠埃希菌O157分离株和4株标准株进行分子分型研究。结果 PFGE方法可将20株菌株分为12种型别,分辨力为0.921 1。其中14株O157:H7菌株处于同一聚类,其与6株O157:H?菌株为不相关菌株。MLST方法可将20株菌株分为6种ST型,分辨力为0.726 3。7个管家基因的核苷酸多态性范围为0.000 784~0.009 449。其中14株O157:H7菌株分为ST2966型和ST11型,属于同一克隆群。6株O157:H?分离株分为4种ST型,包括3种新的ST型,且与本研究中的O157:H7菌株间的管家基因型别相差至少6个。结论上海地区从动物和患者粪便中分离的大肠埃希菌O157:H7分离株间的遗传谱系接近,与本实验研究中的大肠埃希菌O157:H?菌株间亲缘关系较远。需加强对上海地区大肠埃希菌O157的病原学监测,并进一步比较2种分型技术对大肠埃希菌O157的分型效果。     

耐碳青霉烯类大肠埃希菌耐药基因型检测与同源性分析

目的探讨医院感染耐碳青霉烯类大肠埃希菌的耐药传播机制及克隆流行,为临床治疗提供参考依据。方法收集2011年1月-2012年6月医院临床分离的19株耐碳青霉烯类大肠埃希菌,采用PCR及序列比对等方法检测耐药基因的分布;脉冲场凝胶电泳和多位点序列分型进行菌株同源性分析,数据采用SPSS 17.0进行统计分析。结果共19株耐碳青霉烯类大肠埃希菌,检出科室以EICU检出最多,共8株占42.11%;共检出产KPC-2型碳青霉烯酶菌株17株;11株细菌同时编码ESBLs基因,包括携带blaKPC-2、blaCTX-M-14和blaTEM-13种β-内酰胺酶基因;脉冲场凝胶电泳证实有9个克隆株,其中A克隆共8株细菌,是主要流行的克隆;多位点序列分型结果显示3株产KPC-2菌株均为ST131型。结论产KPC酶大肠埃希菌同时携带有其他耐药基因,CTX-M型超广谱β-内酰胺酶最为常见;ST131型产KPC-2大肠埃希菌在中国出现,同时也扩大了其在世界流行范围。     

产超广谱β-内酰胺酶的临床菌株脉冲场凝胶电泳特性

目的 研究临床分离产超广谱β－内酰胺酶（ESBLs）肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌的同源性。方法 对我院临床分离的产ESBLs的肺炎克雷伯菌13株、大肠埃希菌35株，共48株菌，进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）。结果 在48株产ESBLs试验菌株中，有2株大肠埃希菌被证明是亲缘关系密切的同源菌。结论 PFGE是研究临床菌株流行情况、分析菌株间同源性理想的分子分型方法。     

血流感染产碳青霉烯酶大肠埃希菌的耐药基因及同源性研究

目的探讨血流感染中耐碳青霉烯类大肠埃希菌耐药机制和分析同源性。方法收集温州医科大学附属第一医院2015年6月-2016年5月门诊及住院患者血流感染中分离出的大肠埃希菌,共216株,常规方法进行细菌分离培养,进行菌种鉴定和药敏试验,对碳青霉烯类耐药株进行改良Hogde试验和金属酶初筛试验,聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法检测碳青霉烯酶耐药基因,测序确定其基因型,采用多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)和脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)对碳青霉烯类耐药株进行同源性分析。结果在216株血流感染大肠埃希菌中,有6株耐碳青霉烯类抗菌药物,占2.8%,其中3株亚胺培南耐药株改良Hodge试验阳性,1株金属酶初筛试验阳性,3株厄他培南耐药株则均为阴性。3株亚胺培南耐药株中1株携带blaNDM-5基因,2株携带blaKPC-2基因。6株碳青霉烯类抗菌药物耐药大肠埃希菌临床分离株中,其克隆分型分别为ST648、ST5150、ST131、ST964、ST2003和ST38。PFGE共分为5个型别,其中C1与C6为同一型别,其余4株为不同型别。结论本研究中6株耐碳青霉烯类大肠埃希菌的主要耐药机制为产KPC-2酶和NDM-5酶,MLST和PFGE的结果显示属于不同的克隆型。     

尿源性大肠埃希菌的随机扩增DNA多态性分型及耐药性分析

目的分析尿源性大肠埃希菌随机扩增DNA多态性(RAPD)基因分型同源性及耐药性,以用于医院感染控制和流行病学调查研究。方法收集2009年7-12月从医院分离的60株尿源性大肠埃希菌(UPEC),提取DNA进行RAPD分型,并同时进行耐药性分析及流行病学调查。结果 60株尿源性大肠埃希菌分为16个RAPD型,医院感染患者分离出38株,仅R1、3、7、9、111、6 RAPD分型,而社区获得性感染患者分离出22株,却有R1～8、R10～16 RAPD分型;尿源性大肠埃希菌耐药率普遍较高,ESBLs检出率高达78.9%,门诊分离株抗菌药物敏感性普遍高于住院分离株,除磺胺甲噁唑/甲氧苄啶外差异均无统计学意义。结论尿源性大肠埃希菌耐药率较高,且本院存在RAPD R1型的局部病区流行,RAPD技术能在DNA水平上对尿源性大肠埃希菌分型,其方法快速、简易、特异、可靠,适用于该菌致医院感染的追踪及流行病学研究。     

泰州市腹泻病人中致泻大肠埃希氏菌感染状况及 病原学特征分析

摘要:目的　了解泰州市腹泻病人中致泻大肠埃希氏菌感染状况、毒力基因、分子分型以及耐药性情况,为致泻大肠埃希氏菌防治提供依据。方法　对2013年泰州市215份腹泻病人粪便标本进行多重PCR鉴定和分离培养,并对分离的致泻大肠埃希氏菌菌株进行生化鉴定、脉冲场凝胶电泳（Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE）分子分型以及药敏试验。结果　215份腹泻病人粪便标本共检测出致泻大肠埃希氏菌30株,其中EPEC 20株（占9.30%）,EAEC 5株（占2.33%）,ETEC 5株（占2.33%）;PFGE结果表明,30株致泻大肠埃希氏菌PFGE带型种类多,各亲缘关系较近,但无100%的同源菌,同时PFGE分析结果表明在同一个粪便中有2种不同致泻大肠埃希氏菌感染情况存在;药敏试验表明,30株致泻大肠埃希氏菌对阿莫西林、四环素耐药性最高,3耐以及以上占63.33%。结论　泰州市腹泻病人中致泻大肠埃希氏菌感染普遍存在,并以EPEC、EAEC、ETEC感染为主,菌株的耐药性较强,耐药谱广;基因型呈多态分布,且具有流行相关性。     

大肠埃希菌O157血清型分离株的脉冲场凝胶电泳分型

目的了解杭州地区分离的产志贺毒素和不产志贺毒素大肠埃希菌O157菌株的分子流行病学特征。方法对杭州地区于1997～2005年间自散发腹泻患者和动物中分离的10株大肠埃希菌O157血清型菌株,PCR检测毒力基因stx1、stx2、eae和ehxA,eae阳性者进行eae基因分型;按标准化的脉冲场凝胶电泳法(pulsefieldgelelectrophoresis,PFGE)进行分子分型,并与国内其他省份分离的产志贺毒素大肠埃希菌(Shigatoxin_producingEscherichiacoli,STEC)O157∶H7菌株进行比较。结果杭州分离菌株HZ1_11携带毒力基因stx2、γ型eae和ehxA,为浙江省检获的首株STECO157∶H7;3株杭州O157∶NM分离菌株(2_1、26_1和SR05株)仅携带β型eae基因;其他6株杭州O157∶H?分离菌株中,均未检出毒力基因。PFGE揭示,在杭州人源O157菌株中,STECO157∶H7HZ1_11株与近年江苏和安徽分离STECO157∶H7菌株密切近缘,且其图谱与江苏菌株几乎完全相同;3株eae阳性的O157∶NM分离菌株聚类成与STECO157∶H7菌株较远的一簇,杭州1株stx阴性的O157∶H?(1_68株)则处于另一独立的一簇。5株杭州O157∶H?动物分离菌株与其他人源菌株图谱差异极大。结论浙江省首株STECO157∶H7可能是源自近年在江苏流行的STECO157∶H7菌株。β型eae阳性的大肠埃希菌O157∶NM菌株可能具有引起散发腹泻的能力。     

食源性产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌的分布及其同源性研究

目的了解不同食源性传播介质中产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌的分布情况及同源性。方法从2014—2015年韶关市不同来源的食源性样本中分离产ESBLs大肠埃希菌,采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术和BioNumerics软件对菌株进行分型。结果347份不同来源的食源性样本中检出11株致腹泻大肠埃希菌和29株产ESBLs大肠埃希菌。PFGE图谱分析,29株菌可以分为21个聚类群,其中聚类A包含7株菌（J2、J3、J4、J7、J9、B4、S3）,为优势的PFGE带型,聚类B有2株菌（J6、J8）,其余菌株带型为分散克隆。3株健康从业人员分离菌(J2、J7、J9)相似系数为100%,生活饮用水分离菌(S3)与腹泻患者分离菌(B4)的相似系数为97.1%,S3菌与4株健康从业人员分离菌(J2、J3、J7、J9)相似系数均＞90.0%。结论韶关市食源性产ESBLs大肠埃希菌在食品、水、动物和人群中广泛分布,并可能通过食物链相互传播,应加强监测,防止进一步扩散。     

MLST和PFGE在耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌医院感染监测中的应用

 目的 探讨某院重症监护病房(ICU)患者、医院环境中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)菌株的同源性,为医院感染防控提供理论依据。方法 收集2017年9—12月某三甲医院ICU患者、环境中连续分离的CRKP菌株,进行耐药表型、碳青霉烯酶基因检测,采用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子同源性分析。结果 共收集10株CRKP菌株,其中9株分离自5例患者的临床感染标本,1株分离自气压治疗仪面板。10株菌均携带产KPC酶基因;MLST分型均为ST11型;共有5种PFGE带型,其中5株带型完全一致,为流行菌株,1株菌株与流行菌株带型仅相差1条条带,其余4株菌带型相近,但与流行株带型差异较大。气压治疗仪面板分离的1株CRKP菌株与患者来源的4株CRKP菌株耐药表型、PFGE型别及ST型别完全一致,考虑为仪器共用造成的医院感染。分离自同一重症胰腺炎患者腹腔引流液、血标本的CRKP菌株PFGE带型完全一致,推测CRKP可能通过腹腔感染入血。结论 PFGE和MLST对明确医院感染细菌传播路径,个体细菌感染路径以及遗传变异有重要意义,有助于从切断感染途径方面入手指导控制多重耐药菌的传播。     

济源市一起致泻大肠埃希菌引起食源性疾病的实验室检测及溯源分析

目的 分析2020年河南省济源市报告的一起食源性疾病暴发事件,查明事件原因,制定有效的食源性疾病预防控制措施。方法 采用现场流行病学方法对此次食源性疾病暴发事件开展病例调查;采集可疑剩余食品及患者呕吐物和粪便等样本,以传统方法进行食源性致病菌的分离鉴定,采用多重荧光PCR法对分离到的致病性大肠埃希菌进行毒力基因检测,并用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对菌株聚类分析。结果 调查病例79例,罹患率25.08%(79/315),临床表现以腹痛、恶心和腹泻为主;采集标本22份（食品样本10份,患者标本12份）,从五香牛肉、大刀耳片和3份粪便共计5份样本中检出致病性大肠埃希菌,检出率22.73%;分离菌株18株,经多重荧光PCR检测,均显示肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）毒力基因阳性;所有菌株经PFGE分析显示同源性>85%。结论根据现场流行病学调查和实验室检测结果,可判断该食源性疾病是因食用被EAEC污染的食品引起;多重荧光PCR法和PFGE分型技术可作为致病性大肠埃希氏菌检测的重要参考依据。     

阴沟肠杆菌对碳青霉烯类药物的耐药机制

 目的 研究耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌分子流行病学特征和碳青霉烯耐药机制,为临床经验性用药及医院感染防控提供依据。方法 对某院2019年4—9月分离的耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌进行菌种鉴定及药敏分析,mCIM联合eCIM试验筛选碳青霉烯酶,聚合酶链反应（PCR）方法检测碳青霉烯酶耐药基因,多位点序列分型（MLST）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子流行病学特征分析。结果 8株耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌中5株来自于重症监护病房（ICU）,对临床常用头孢类及加酶抑制剂药物均表现出高水平耐药的特性。所有菌株均携带金属β-内酰胺酶,7株为bla_NDM-1,1株为bla_IPM-4。MLST分子分型及PFGE同源性分析有6个ST序列类型,6个克隆群。ST596（3株）均为A群、ST121（1株）为C群、ST993（1株）为F群、ST91（1株）为E群、ST794（1株）为B群、ST88（1株）为D群。结论 该院耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌主要来源于ICU,产金属酶bla_NDM-1β-内酰胺酶是其主要耐药机制。ST596 A群阴沟肠杆菌短时间内在ICU存在局部流行,应加强医院感染防控措施,遏制暴发流行。     

利奈唑胺耐药粪肠球菌感染患者临床分离株与定植株同源性分析

目的研究1例患者体内利奈唑胺(LZD)耐药粪肠球菌临床分离株与定植株同源性特点。方法对1例肺部感染患者分离的10株粪肠球菌(其中2株分离自尿标本,8株分离自粪便标本)进行细菌耐药分析,并通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)确定粪肠球菌之间的同源性。结果患者进行LZD治疗前后,尿标本分离出的2株粪肠球菌均为LZD耐药株(MIC值分别为8 mg/mL,16 mg/mL),粪便中培养挑取的8株(治疗前6株,治疗后2株),其中LZD敏感4株,中介2株,耐药2株(MIC值波动在0.25~12 mg/mL)。通过PFGE分型检测提示10株粪肠球菌具有同源性。结论该例患者泌尿道和肠道检出的粪肠球菌具有同源性,提示LZD耐药肠球菌可能长期定植于患者体内,并可能发生移位导致耐药细菌感染。     

安徽省临床分离致泻性大肠埃希菌主要流行基因型及同源性分析

目的 了解安徽地区临床分离致泻性大肠埃希菌(DEC)的耐药状况、基因同源性及主要基因型.方法 采用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验,采用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型进行基因型检测和同源性分析.结果 268株DEC中,57.1％为多重耐药菌,其中肠聚集性大肠埃希菌(EAEC)118株,肠毒素...     

湖南省C群及W135群脑膜炎奈瑟菌的流行病学及病原学特征分型

目的了解湖南省C群和W135群脑膜炎奈瑟菌的流行病学及病原学特征。方法收集2006—2016年湖南省流行性脑脊髓膜炎患者的血液或脑脊液、患者密切接触者以及健康人群的咽拭子标本中分离到的脑膜炎奈瑟菌菌株,进行生化检测、血清学分群。选取其中的C群和W135群部分菌株进行药敏试验,并采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型以及多位点序列分型(MLST)方法对菌株进行分子分型,分析其流行病学特征。结果经生化和血清学确认后,选取22株C群脑膜炎奈瑟菌和9株W135群脑膜炎奈瑟菌进行药敏试验,结果显示对大部分检测抗菌药物全部敏感,但对复方磺胺甲口恶唑C群菌株全部耐药,而W135群菌株的耐药率为55.56%,两者比较差异有统计学意义(χ~2=7.61,P=0.006)。经PFGE分型后,22株C群脑膜炎奈瑟菌共分为5种PFGE带型,其中5株HNC-01带型和13株HNC-02带型属同一亚型;2006年湖南省第1例C群患者分离菌株的PFGE带型为HNC-02,与2012、2013年患者以及患者密切接触者分离菌株的图谱完全一致,与带型为HNC-01的2008、2010、2013年的患者分离菌株仅有一个带型的差异,均属于优势带型。9株W135群脑膜炎奈瑟菌PFGE分型后共分为2个带型,其中首例患者与2013、2016年患者分离菌株的带型一致,均为HNW-01型。选取其中优势带型菌株经MLST后,结果 C群脑膜炎奈瑟菌为ST4821型,W135群脑膜炎奈瑟菌为ST11型,均属于脑膜炎奈瑟菌的高致病性克隆群。结论湖南省C群流脑和W135群流脑自首例病例出现后,各自都成为了该群病例的优势流行克隆群,C群流脑近年有减少态势,但出现了新的流行型别;W135群自2012年起成为我省新的流脑流行株,其优势菌株与国际上侵袭性的W群分型一致,可能引起新的大流行,应及时制定相应的防控政策。     

青岛地区医院内感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分子分型研究

目的 探讨青岛地区医院内感染的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)分子流行病学特征及脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别与菌株表型、一般临床资料间的关系.方法 收集2003-2007年间青岛地区主要医院内感染MRSA 360株,Sma Ⅰ酶切菌株染色体DNA后,进行PFGE电泳,用Bionumericus 2.0软件对电泳图谱进行比较和聚类分析,绘制进化树.同时对患者的性别、年龄、菌株来源等进行多变量统计分析.应用纸片扩散法测定分离菌株的药物敏感谱,并与PFGE型别进行比较分析.PCR扩增不同PFGE型别MRSA代表株25株分离株的7个管家基因进行序列测定和多位点测序分型分析(MLST).结果 所有菌株经PFGE电泳后共分为5型(M0～M4型),其中M1型为优势菌型,M2型次之,M4型相对少见,M0为独特型,明显不同于其他已知PFGE型别.统计学分析发现5种PFGE型别在患者性别、年龄分布上的差异无统计学意义,但在菌株分离部位、来源有统计学的差异:M2型多分离自伤口感染,而M3型菌株多来自ICU病房,5种PFGE型在不同医院间及医院内的分布存在差异.M1与M2两型构成各医院分离菌株的主要型别.抗生素敏感性测定中未发现万古霉素耐药菌株,亦未发现某种PFGE型别与某种特定抗生紊抗性之间的直接相关性.MIST分型发现优势型M1与M3共属于国内常见ST239型,M2型则归类于ST5,M4型属于ST240,独特型中的2种PFGE谱型则分属于ST45及ST398.结论 ST239菌株为青岛地区医院内感染MRSA优势菌株;医院内MRSA的PFGE分型与菌株来源明显相关,与患者年龄、性别无关,MRSA感染普遍存在于各年龄人群中.     

贵州省动物性食品中沙门菌耐药及分子特征相关性研究

目的 了解贵州省动物性食品中沙门菌的耐药和分子型别特征及二者相关性,为我省食源性沙门菌感染及防控提供科学依据。方法 对贵州省9个市(州)2017—2021年市售动物性食品中分离的146株沙门菌进行血清学分型,采用微量肉汤稀释法测定菌株对15种抗生素的耐药性,脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)和多位点序列分型(multi-locus sequence typing, MLST)对菌株进行分子分型。结果 146株沙门菌分出27种血清型,以鼠伤寒(31/146,21.2%)、德尔卑(26/146,17.8%)、肠炎沙门菌(16/146,11.0%)为优势血清型。146株菌耐药率为79.5%(116/146),多重耐药率达60.3%(88/146),共有72种耐药谱。对氨苄西林、四环素耐药率分别达61%、64.4%。129株菌经PFGE共分出52个聚类76种带型,相似度在53.5%～100%,146株菌经MLST共检出29种ST型,以ST40(26/146,17.8%)、ST34(17/146,11.6%)、ST11(16/146、1...     

Molecular typing methods to investigate transmission of Escherichia coli O157:H7 from cattle to humans.

The utility of phage typing, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and plasmid profile analysis was compared, to differentiate between Canadian Escherichia coli O157:H7 strains of human (n = 27) and cattle (n = 24) origin. The diversity indices for phage typing, plasmid analysis and PFGE were 0.85, 0.69 and 0.93, respectively. PFGE and phage typing were also applied to study the role of direct transmission of E. coli O157:H7 from cattle to humans on isolates collected from two separate farm outbreaks. PFGE showed that more than one E. coli O157:H7 strain with varying PFGE DNA subtype profiles, may be responsible for an outbreak, and that more than one E. coli O157:H7 subtype may be circulating on a particular farm at any one time. To our knowledge, this is one of the first reports where PFGE typing was used to verify the direct transmission of E. coli O157:H7 from cattle to humans.     

2015—2019年上海市普陀区急性呼吸道感染肺炎克雷伯菌的耐药监测及分子特征

目的 了解上海市普陀区急性呼吸道感染肺炎克雷伯菌的耐药谱系,研究其分子同源性及进化情况。方法 收集2015—2019年普陀区急性呼吸道综合监测哨点医院呼吸道样本分离的肺炎克雷伯菌进行菌株鉴定和药敏试验,对耐药菌株进行多位点序列分析（multilocus sequence typing,MLST）及统计分析,得出结论。结果 131株肺炎克雷伯菌中36株出现耐药,占35.11%,其中23株对两类以上药物耐药,占17.56%,1株菌为泛耐药菌株。131株肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类和头孢类抗生素耐药率最高,对喹诺酮类、氨基糖苷类、磺胺类和复方制剂等都有不同程度的耐药。对两类以上耐药的23株菌进行MLST分析,分为16个ST型,其中 ST23为5株,ST65、ST268和ST375各2株,ST11、ST14、ST25、ST86、ST202、ST218、ST380、ST412、ST882、ST1333、ST1764和ST2165各1株。结论 普陀区急性呼吸道感染肺炎克雷伯菌存在较明显的耐药,以ST23型为主,型别多样化,应加强呼吸道细菌耐药监测并指导临床严格规范抗生素用药。     

脉冲场凝胶电泳与多基因聚类分析在铜绿假单胞菌株亲缘性研究中的应用

目的:了解分离自临床铜绿假单胞菌分子流行病学特性及菌株亲缘性。方法:对分离自临床的32株铜绿假单胞菌采用Kirby-Bauer法测定抗菌药物的敏感性;利用脉冲场电泳和多耐药基因聚类分析菌株的亲缘性。结果:32株铜绿假单胞菌中有17株对8种以上抗生素耐药,占53.1%,8株(25%)铜绿假单胞菌对检测抗生素全部耐药,为同一耐药表型。脉冲场电泳聚类分析显示,铜绿假单胞菌主要为3个克隆株;而多耐药基因聚类分析显示,铜绿假单胞菌主要为2个簇群,二个簇群内已发生衍化,存在3个克隆传播。结论:分离自临床的铜绿假单胞菌耐药严重,亲缘性分析中多基因聚类分析法分辨率高于脉冲场电泳。