宏基因组二代测序技术在呼吸系统感染病原学诊断中的应用价值

目的 探讨宏基因组二代测序技术(m NGS)在呼吸系统感染病原学诊断中的应用价值。方法 选取2020年12月-2021年1月在南方医科大学珠江医院就诊的48例呼吸系统感染者为研究对象,比较痰mNGS检测和痰培养检出病原体的分布、阳性率、符合率、混合感染率,对检出的部分特殊病原体采用PCR、质谱技术进行验证,分析痰mNGS检测的优势和可行性。结果 痰mNGS检出75株病原体,其中细菌20株,真菌24株,病毒16株,特殊病原体15株;痰培养检出20株病原体,其中细菌8株,真菌11株,特殊病原体1株。痰mNGS与痰培养检测病原体总符合率为35.42%(17例),阳性符合率为22.92%(11例)。痰mNGS检测病原体阳性率87.50%(42例)和混合感染率60.42%(29例)均显著高于痰培养的阳性率29.17%(14例)和混合感染率8.33%(4例),差异均有统计学意义(χ²=32.685、28.860,P均<0.05)。特殊病原体鹦鹉热衣原体、结核分枝杆菌复合群(MTB)和诺卡菌,验证结果与痰mNGS检测符合率均为100.00%(各2例)。鹦鹉热衣原体患者根据...     

宏基因组二代测序技术对AECOPD患者病原学诊断价值

目的：探究宏基因组二代测序技术（mNGS）对感染导致的慢性阻塞性肺疾病急性加重（AECOPD）患者病原学诊断价值。方法：AECOPD患者58例,观察组38例采集肺泡灌洗液同时作mNGS检测和细菌培养;对照组20例采集肺泡灌洗液仅作细菌培养。结果：观察组mNGS检测病原体阳性率（94.7%）高于灌洗液培养（31.6%）,差异具有统计学意义（χ2=22.04,P<0.01）。观察组平均住院时间9.89±2.01天,短于对照组的12.00±2.74天,差异具有统计学意义（t=3.344,P<0.01）。结论：mNGS对AECOPD患者病原学检测较传统方法更敏感,有助于更早获得致病菌信息,及时调整抗感染治疗。     

结合宏基因组二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎临床特征分析

目的 分析鹦鹉热衣原体肺炎临床特征,提高临床医生对此病的认识和诊治水平。方法 回顾性分析2020年9月—2022年1月西南医科大学附属医院收治的经宏基因组二代测序辅助诊断的39例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料。结果 89.7%(35例)患者有禽类接触史,典型的临床表现为高热（92.3%,36例）、咳嗽（76.9%,30例）、肌肉酸痛（48.7%,19例）、头痛（38.5%,15例）等。实验室检查提示：76.9%白细胞数正常,76.9%淋巴细胞数下降,多伴有C-反应蛋白（100%）、降钙素原（97.4%）、白介素-6(95.8%)、白介素-10(95.8%)、谷丙转氨酶（74.4%）、谷草转氨酶（84.6%）升高。单因素分析提示重症组与非重症组谷草转氨酶、血尿素氮、C-反应蛋白、降钙素原差异有统计学意义（P<0.05）,多因素Logistic回归分析显示血尿素氮升高（OR=4.899）对预测患者并发重症肺炎具有指导意义。53.6%鹦鹉热衣原体肺炎支气管镜下未见异常。影像学表现多呈大叶性肺炎（61.5%）、气管充气征阳性（94.9%）。治疗上其对四环素类、大环内酯类和氟喹诺酮类敏感,...     

应用宏基因组二代测序技术诊断结核病4例并文献复习

目的:用宏基因二代测序(mNGS)技术诊断结核病,讨论mNGS技术对结核菌感染诊断的价值.方法:收集4例可疑结核病患者,并对其肺泡灌洗液(BALF)或胸腔积液进行mNGS检测.检索万方、中国知网及PubMed数据库中英文文献并分析.结果:4例患者中2例胸腔积液mNGS报告为结核分枝杆菌(MTB)及MTB复合群,临床诊断...     

宏基因组二代测序在肺部感染病原诊断中的价值

目的 比较宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)与实验室传统培养在肺部感染病原中诊断的应用价值。方法 回顾性分析2021年2月—2022年9月中部战区总医院收治的310例疑诊肺部感染患者临床资料，分析mNGS与实验室传统培养检测结果，对比2种检测方法检测肺部感染病原的阳性率、灵敏性、特异性、准确性(accuracy, ACC)、阳性预计值(positive predictive value, PPV)、阴性预计值(negative predictive value, NPV)。结果 研究发现，mNGS能够同时检出多种病原，对细菌的检出效率最高，对真菌的检出阳性率最低，且mNGS检出的细菌、真菌与病毒的序列数之间有显著差异(H=70.361,P<0.001)。在比较分析mNGS与实验室传统培养方法中发现，mNGS检出阳性率(88.40%)高于实验室传统培养(29.70%)，差异有统计学意义(χ²=162.373,P<0.001)，检测结果一致性比较Kappa=-0.003,P=0.90...     

宏基因组二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎16例临床分析

目的 总结肺泡灌洗液宏基因组二代测序确诊的鹦鹉热衣原体肺炎的临床特点。方法 分析16例宏基因组二代测序确诊的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征、流行病学、实验室结果、治疗及预后。结果 有禽类接触史9例（56.3%）,发热14例（87.5%）,咳嗽咳痰12例（75.0%）,胸痛5例（31.3%）,呼吸困难5例（31.3%）,腹泻4例（25.0%）,咯血2例（12.5%）、嗜睡2例（12.5%）,神志不清2例（12.5%）,呼吸衰竭2例（12.5%）;16例(100.0%)降钙素原升高,12例(75.0%)中性粒细胞升高,6例(37.5%)肌酶升高;16例(100.0%)有肺实变;莫西沙星、多西环素、米诺环素治疗有效。结论 对不明原因社区获得性肺炎患者要注意鹦鹉热衣原体肺炎可能,肺泡灌洗液宏基因组二代测序有助于其早期确诊。     

宏基因组二代测序在下呼吸道感染患者支气管肺泡灌洗液中的病原学诊断价值

目的 比较下呼吸道感染患者支气管肺泡灌洗液（BALF）中病原菌的宏基因组二代测序（mNGS）和常规培养检测结果 ,分析mNGS检出阳性的影响因素和临床意义。方法 回顾性分析2020年4月至2023年3月安庆市望江县医院的130例下呼吸道感染患者的BALF样本,进行mNGS和常规培养检测,比较2种方法的阳性率、病原体分布和一致性,分析mNGS检出阳性与患者临床指标和预后的关系。结果 mNGS检出阳性率为76.9%,常规培养检测阳性率为43.1%,差异有统计学意义（P＜0.05）。mNGS能够检测出更多种类的病原菌,主要为革兰阴性杆菌、真菌和非典型病原体。mNGS与常规培养检测结果在细菌、真菌和非典型病原体方面具有中等一致性,在病毒和寄生虫方面具有较低一致性。mNGS检出阳性与患者年龄、基础疾病、外周血白细胞和C反应蛋白等因素相关,是影响mNGS检出阳性的危险因素。结论 mNGS在下呼吸道感染患者BALF中的病原学诊断优于常规培养检测,能检测出更多和更广的病原菌,有助于下呼吸道感染患者临床合理用药和改善患者预后。     

宏基因组二代测序技术辅助肺部肿瘤诊断的临床病例分析

目的 回顾性分析肺癌患者临床资料,探讨宏基因组二代测序技术利用人源序列在辅助临床肺部肿瘤诊断中的应用价值。方法 回顾性分析2021年8月26日—12月18日期间4例疑似肺部感染住院患者支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid,BALF）的宏基因组二代测序结果、常规临床检测结果及其临床诊疗信息。结果 患者1的胸部CT检查初步诊断为肺癌,另外3例患者的胸部X线或CT检查分别显示双肺团块样及片状高密度影（患者2）、双肺团块样及片状高密度影（患者3）和肺部肿物性质待查（患者4）。4例患者BALF标本的肿瘤宏基因组二代测序结果均提示肿瘤信号预警。此外,患者3 BALF标本的依据人源序列的宏基因组二代测序结果同时检出与BALF临床培养结果一致的白色假丝酵母,患者4的宏基因组二代测序结果同时检出临床未鉴定出的A型鼻病毒。结论 依据人源序列的基因组二代测序技术既可以辅助临床进行感染鉴别诊断,也可以辅助临床进行肿瘤早期诊断。     

宏基因组二代测序技术在临床应用中的研究进展

感染性疾病给人类带来了严重的疾病负担,传统的病原体实验室诊断技术存在着灵敏度和特异性差、检测周期长的问题。病毒和非典型病原体导致的感染对临床感染诊断技术提出更高要求。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)是对样本中的微生物和宿主的遗传物质(DNA和RNA)进行高通量测序和综合分析的一种诊断技术,mNGS正在改变临床微生物检验的格局以及传统诊断和治疗感染性疾病的模式。推广mNGS需解决多种技术问题,如宿主的核酸可导致病原体检测灵敏度降低,目前已开发了多种去除宿主核酸的方法以降低测序干扰;在mNGS数据中准确识别病原体序列需建立可靠的微生物数据库以及数据分析算法;对检测结果的分析需要不断优化知识库、“完善策略”、检测操作的便捷性和出具报告的时效性也影响该技术的应用,尤其是缩短检测报告时间对及时明确感染病原、实施精准诊疗至关重要。由mNGS衍生的纳米孔测序技术测序速度快、可实时分析数据、便携性强,有助于实现病原的快速诊断。现从mNGS发展和应用进展、mNGS技术临床应用的关键问题及解决方案、未来mNGS在临床应用中的延伸价...     

宏基因组二代测序技术检测脓毒症患者感染性病原体的研究

目的：利用宏基因组二代测序技术（mNGS）对脓毒症患者感染性病原体进行横断面研究,为此类患者初始经验性抗感染策略的制定提供依据。方法：回顾性分析2020年7月至2021年7月我院ICU脓毒症患者临床特征、临床样本mNGS结果及培养结果,归纳脓毒症患者的感染病原体种类特征,分析混合感染与脓毒症患者存活率之间的相关性。结果：共纳入60例患者资料,普通细菌培养检出阳性患者18例（30.00%）,mNGS检出阳性患者54例（90.00%）。mNGS阳性的54例患者中,细菌感染占比最高45例（83.33%）,其中革兰氏阴性菌检出率最高;检出病毒的患者32例（59.26%）;真菌感染的患者较少4例（7.41%）,且无聚集性。痰标本中革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌及病毒检出率相当,血标本中以病毒及革兰氏阴性细菌的检出率较高。结论：本研究利用mNGS技术构建脓毒症患者病原谱,对早期经验性应用抗菌药物具有重要的临床价值。     

宏基因组二代测序在社区获得性肺炎中的应用价值

目的 探讨宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)检测支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)中病原微生物在社区获得性肺炎中的诊断价值。方法 选取2018年11月～2021年7月至苏州市立医院住院的初始治疗失败的社区获得性肺炎患者57例,所得BALF同时进行传统方法和mNGS检测,比较两种方法的诊断价值。结果 在57例患者BALF病原学检测中,mNGS的检出率高于传统方法(80.70%vs 33.33%),差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS检测的采信率为84.78%,敏感度为90.70%,特异性为50.00%,阳性预测值为84.78%,阴性预测值为63.64%。mNGS检测细菌阳性率高于传统方法(43.86%vs 15.79%),差异有统计学意义(P<0.05),但两者检测真菌、结核及病毒的阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。mNGS联合传统方法检测后,75.44%(43/57)患者确诊,43.86%(25/57)患者根据mNGS检测结...     

外周血宏基因组二代测序辅助诊断Q热血流感染1例

Q热血流感染是由贝纳柯克斯体引起的感染,临床病例罕见,临床表现缺乏特异性,传统检测方法不易获得其病原学证据,误诊率极高,严重时可引起患者全身多个脏器受累,危及生命,早期诊断与精准治疗仍是临床面临的巨大挑战。宏基因二代测序技术在少见、罕见病原体感染诊断方面展现出了巨大潜力,使Q热病原菌检出率不断提高。本文报道通过外周血宏基因组二代测序成功诊断Q热血流感染1例,并及时给予合理抗菌药物治疗,患者预后良好,以期为临床提供参考。     

结合宏基因组二代测序诊断的八例鹦鹉热患者临床分析

目的 回顾性分析鹦鹉热患者的临床资料,以提高临床医生对该病的认识,并探讨病原宏基因组二代测序(mNGS)在鹦鹉热诊断中的应用价值.方法 回顾性分析南京鼓楼医院2018年1月至2020年5月通过mNGS诊断的8例鹦鹉热患者的临床资料,分析临床特征及影像学表现,并追踪其治疗及转归.结果 8例中,男6例,女2例,年龄43～ ...     

宏基因组二代测序诊断重症社区获得性嗜肺军团菌肺炎1例

<正>患者男,53岁,企业管理人员。因“发热2d”,于2022年7月29日就诊于我院。患者体温最高达39.0℃,发热前有畏寒,咳嗽、无痰。乏力明显,流少量清鼻涕。气短明显,不能平卧。发热2d以来食欲下降明显,进食量极少,自觉乏力气短,尿量偏少。于我院发热急诊完善肺CT提示左上肺及双下肺可见片状高密度影,右侧胸腔内可见弧形低密度影,见图1。收入呼吸科病房。患者既往高血压病及糖尿病病史多年。肾功能不全、乙肝小三阳多年。吸烟、饮酒多年。     

宏基因二代测序诊断以脑膜炎起病的重症恙虫病1例

本文介绍1例以意识障碍起病,快速陷入昏迷,病情进展合并多脏器功能损伤,包括弥散性血管内凝血、急性心力衰竭、急性呼吸窘迫综合征、肝功能不全等,需行气管插管呼吸机辅助通气的重症患者,最终通过宏基因二代测序明确诊断为恙虫病,予氯霉素及对症支持治疗后好转出院。     

宏基因组二代测序技术确诊婴儿嗜肺军团菌肺炎1例

<正>1病例资料 患儿,男性,10月。因“发热伴精神萎靡4天”于2021年2月2日收住我院PICU。患儿4天前接触“感冒”家人后出现稽留热,热峰40℃,热前有寒战,热时无抽搐,伴有单声咳嗽,无吐沫,呕吐数次,精神食欲欠佳,尿量偏少。查体：体温38.7℃,脉搏169次/分,呼吸57次/分,血压93/60 mmHg(1 mmHg≈0.133kPa),体质量11 kg。神志清楚,精神萎靡,反应欠佳,面色稍苍白,呼吸促,无鼻扇,口唇无发绀,双肺呼吸音粗,右肺呼吸音减低,未闻及干湿啰音。     

宏基因组二代测序在重症肺炎肺泡灌洗液中的检测优势

目的：探讨宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺炎肺泡灌洗液中的检测优势。方法：选取2019年12月至2021年10月在武汉大学中南医院收治的70例重症肺炎患者,所有患者均已行mNGS和传统培养(肺泡灌洗液培养、痰培养),回顾性分析mNGS在重症肺炎患者中病原体检测的优势。结果：mNGS病原体检测的阳性率高于传统培养(98.6%vs 62.9%,P<0.001)。在传统培养阴性而mNGS阳性的患者中,mNGS能进一步识别出多种病原体感染。在病原体分布上,mNGS检出细菌71株、真菌39株和病毒3株。在混合感染中,mNGS诊断阳性率更高(67.1%vs 12.9%,P<0.001)。此外,在合并基础疾病的患者中,mNGS有更高的病原体检出率(98.0%vs 69.4%,P<0.001),尤其在合并免疫低下的患者中,mNGS可识别出特殊病原体（肺孢子菌、巨细胞病毒）感染。结论：mNGS可以提高重症肺炎患者病原微生物的检出率,可作为传统培养阴性的重症肺炎患者的补充检测技术。mNGS在混合感染诊断中有优势,能同时识别多种病原体感染。临床上,推荐合并免疫缺陷的重症肺炎患者尽早应用...