利用网络药理学方法揭示中药红花对动脉粥样硬化的潜在治疗机制

目的：利用网络药理学方法探讨红花防治动脉粥样硬化的潜在靶点及作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选红花中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的活性成分及作用靶点。采用DisGeNet平台检索动脉粥样硬化疾病相关靶点。获取红花有效成分的靶点和动脉粥样硬化疾病相关靶点的共同靶点基因。通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,采用Cytoscape软件构建可视化的“化合物-靶点-通路”网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因库百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：筛选得到22种潜在的红花药效成分及103个药物有效成分作用靶点、67个动脉粥样硬化相关靶点基因;利用Venny 2.1.0软件获得药物成分及疾病相关的15个共同靶点基因,并获得Venny图。PPI网络获得自由度较高的节点为白介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子-A(VEGF-A)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)。GO富集分析得到63条GO条目,KEGG分析通路富集分析获得16条信号通路。结论：红花可能通过调节IL6、VEGF-A、PPARG等靶点,...     

基于网络药理学探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐的作用机制

目的:运用网络药理学探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐机制。方法:通过药物作用靶点数据库(TTD),Drugbank数据库和Dis Ge NET数据库收集化疗性恶心呕吐的靶点,经Uniprot数据库对靶点基因进行标准化;在中药系统药理学数据库与分析平台数据库(TCMSP)中按口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.14条件并结合文献研究筛选出半夏、生姜的有效成分,通过Pub Chem数据库,ALOGPS2.1数据库和Swiss Target Prediction数据库收集半夏、生姜靶点并经Uniprot数据库标准化;通过DRAR-CPI数据库对重要成分6-姜酚进行分子反向对接;通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过Cytoscape3.2.1软件绘制关系图并进行网络拓扑参数分析;通过Image GP工具绘制GO和KEGG气泡图。结果:获得化疗性恶心呕吐148个靶点,小半夏汤27个有效成分,其中22个与化疗性恶心呕吐相关,38个防治靶点,GO分析67个生物学过程,11个细胞组分,18个分子功能,21条KEGG通路,包括环腺苷酸(c AMP)信号通路、钙离子信号通路及Rap1信号通路等。结论:基于网络药理学对化疗性恶心呕吐、小半夏汤进行分析,为探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐机制提供思路。     

基于网络药理学探讨六味地黄丸合缩泉丸治疗尿崩症的作用机制

目的：基于网络药理学探讨六味地黄丸合缩泉丸治疗尿崩症(DI)的作用机制。方法：利用TCMSP和UniProt数据库获取六味地黄丸合缩泉丸的有效成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank数据库预测疾病靶点,将有效成分靶点与疾病靶点取交集,构建韦恩图获取共同靶点,运用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2软件绘制交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,经拓扑分析得到关键靶点,并进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：共获得六味地黄丸合缩泉丸有效成分31个,作用于185个靶点,DI靶点共897个,六味地黄丸合缩泉丸与DI交集靶点39个,主要有效成分有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等,关键靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶(MMP9)、过氧化物酶体增生激活受体(PPARG)、趋化因子(CCL2)、肿瘤蛋白TP53(p53)等。GO功能富集得到1667个条目,包括生物过程1582个、分子功能78个、细胞组分7个;KEGG通路富集得到110条通路,...     

基于网络药理学与分子对接探讨“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨中药“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取中药黄芪、当归的有效成分与作用靶点,使用Uniport数据库进行基因ID的注释,在GeneCards、OMIM数据库中查找AMD的相关基因。使用Cytoscape 3.7.2将药物-关键有效成分-疾病靶点网络可视化,在String数据库平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再利用Metascape基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock4.2.6软件对关键靶点蛋白及有效成分进行分子对接验证。结果：通过筛选,得到黄芪-当归有效成分22个,与AMD相关的关键有效成分14个,黄芪-当归与AMD的共同基因靶点52个;PPI中核心基因依次为CASP3、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1等;GO功能富集得到1 064个条目,生物学过程主要涉及细胞凋亡、对类固醇激素的反应、活性氧代谢、对脂多糖的反应等;KEGG富集分析后得到119条信号通路,与癌症的通路、流体剪切力与动脉粥样硬...     

基于网络药理学与分子对接的蒲公英抗乳腺癌的机制研究

[目的]基于网络药理学和分子对接法研究蒲公英抗乳腺癌的作用机制,以期为其临床抗乳腺癌机制的阐明提供参考。[方法]通过Batman-TCM、TCMID、TCMSP和CancerHSP数据库筛选蒲公英有效成分及其作用靶点,运用Cytoscape软件构建蒲公英有效成分与其靶点的互作网络;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET、Pharmgkb、Malacards数据库筛选乳腺癌疾病靶点;通过STRING构建蛋白互作网络（PPI）,并通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过Pymol软件和AntoDock软件预测结合能力。[结果]通过4个成分靶点数据库和6个疾病数据库共筛选到10个蒲公英潜在有效成分和136个作用靶点,1 856个乳腺癌疾病靶点,41个潜在靶点基因;PPI网络中得到10个蒲公英治疗乳腺癌的关键靶点,经过GO和KEGG分析后得到53条GO分析结果和12条KEGG通路,GO分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能与RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始过程、核染色质、DNA结合等过程相关;KEGG分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能涉及癌症通路、含血清...     

基于网络药理学平台的蒙药额力根-7抗肝纤维化作用的机制研究

目的:探讨额力根-7抗肝纤维化的作用机制。方法:通过网络药理学平台(TCMSP)对额力根-7的化学成分及作用靶点进行检索,并通过Uniprot、Genecards数据库确定基因,采用Cytoscape3.7.1软件构建成分-靶点网络。通过OMIM数据库查询与肝纤维化相关的靶点,通过蛋白质相互作用(PPI),获得核心靶点,通过生物信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:PPI核心网络有19个节点,关键蛋白涉及IGF1、EGFR、TNF、TGFB1等。GO功能富集分析按P0.05筛选到GO条目110个,KEGG通路富集分析按P0.05筛选到通路30条。结论:初步探索了额力根-7抗肝纤维化可能的作用机制,为额力根-7进一步的研究提供参考。     

基于网络药理学探讨山楂叶治疗非酒精性脂肪性肝炎作用机制

目的：利用网络药理学的研究方法探索山楂叶治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用机制。方法：通过TCMSP筛选出山楂叶的有效成分及SwissTargetPrediction数据库获取药物的主要成分靶点基因;运用Genecards数据库查找疾病靶点基因;通过Venny2.1在线作图工作平台获取山楂叶成分靶点与疾病靶点的交集图,通过Cytoscape3.7.2软件构建药物-有效成分-靶点基因网络;并通过String数据库构建PPI蛋白网络、DAVID数据库进行基因GO分析和KEGG通路分析。结果：通过筛选共获得山楂叶有效成分6个,其中5个有效成分符合条件,分别为异鼠李素、槲皮素、山柰酚、豆甾醇、谷甾醇,药物靶点基因148个,疾病靶点基因有729个,共取得交集靶点基因41个。GO分析得出胆固醇储存的负调节、基因表达的负调控、胰岛素受体信号通路等10个生物过程,受体复合物、大分子复合物等10个细胞组成,酶结合、锌离子结合等10个分子功能。KEGG通路分析得出癌症的途径、HIF-1信号通路、AMPK信号通路等20条与之密切的相关通路,结论：山楂叶通过多靶点、多途径发挥其治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用。     

基于网络药理学探讨加味桃核承气汤治疗2型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法研究加味桃核承气汤干预2型糖尿病的潜在作用靶点。方法:基于TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出加味桃核承气汤有效成分及靶点基因。通过Gene Cards数据库及OMIM数据库筛选出2型糖尿病的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建"活性成分-靶点"相互作用网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并计算其特征值,使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。最后,运用R语言对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测得到加味桃核承气汤治疗2型糖尿病的有效成分155个及共作有效靶点106个。有效成分中度值较高的为槲皮素(quercetin),山柰酚(kaempferol)及异鼠李素(isorhamnetin),作用靶点中度值较高的为雌激素受体(ESR1),过氧化物酶体增殖剂激活受体γ(PPARG)与雄激素受体(AR)。PPI网络中核心基因为表皮生长因子受体(EGFR)及ESR1等; GO富集分析显示会影响基因的转录、核受体活性及激素的受体结合、神经递质等; KEGG通路富集分析显示流体剪切应力和动脉粥样硬化通路为显著性最高的通路,其次为晚期糖基化终末产物及其受体通路。结论:通过网络药理学的方法预测加味桃核承气汤防治2型糖尿病的关键作用靶点及相关通路,结果提示此方剂具有多靶点、多通路等复杂机制,不仅表明加味桃核承气汤具有降糖的作用,而且其还具有抗炎、改善胰岛素抵抗、调节脂代谢等生物学功能。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法：通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果：筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论：罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚...     

基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制。方法使用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)对黄芩、毛冬青进行成分分析及靶点基因预测,借助人类基因数据库(GeneCards)获取冠心病的相关靶点基因,使用FUNRICH软件,将药物靶点基因与疾病靶点基因进行映射,得到药物-疾病交集靶点基因。利用STRING数据库得出药物-疾病交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),使用Cytoscape 3.7.1软件对中药化学成分-靶点-疾病网络进行分析,借助DAVID 6.8数据库,进行基因本体(GO)生物过程富集分析和KEGG通路富集分析。结果黄芩、毛冬青共有27种活性成分,与冠心病的交集靶点有285个,KEGG通路富集结果显示:黄芩、毛冬青主要通过cAMP信号通路、钙离子信号通路、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路、非酒精性脂肪肝、催产素信号通路、TRP通道炎症介质调控、HIF-1信号通路等治疗冠心病。结论黄芩、毛冬青通过多成分、多靶点、多通路治疗冠心病,其可能是通过cAMP信号通路、钙离子信号通路等发挥对冠心病的治疗作用。     

基于数据挖掘和网络药理学的冠心病中医用药研究

目的:对冠心病中医病案进行用药规律的挖掘分析,运用网络药理学阐释作用机制.方法:运用Excel表格及Python软件将中国知网、万方数据及维普中文科技期刊数据库中收集的343例冠心病临床病案的证素以及用药进行频数统计、权值计算,获得核心中药.通过检索TCMSP、UniProt、TTD、Genecards、OMIM、DR...     

基于网络药理学的双丹方治疗冠心病的作用机制研究

目的利用网络药理学的方法探索双丹方治疗冠心病(CHD)的活性成分和分子作用机制。方法采取类药五原则筛选双丹方活性成分;经TCMSP数据库获得双丹方活性成分的靶蛋白,并在OMIN数据库查找CHD的靶点蛋白;运用Cytoscape软件构建双丹方活性成分-潜在靶点、双丹方活性成分-CHD疾病靶点的相互作用网络,通过度等网络拓扑特征评价筛选出双丹方在CHD作用的核心靶点;通过STRING数据库进行蛋白质相互作用分析;采用斑马鱼模型研究双丹颗粒的促进血管生成作用。结果从TCMSP数据库得到双丹方中丹参酮、丹皮酚等39个活性成分和205个蛋白质靶点,筛选出与双丹方作用CHD的IL6、MAPK1、TP53、AKT1、VEGFA等核心靶点111个,GO分析共包含RNA调节、炎症反应、G蛋白偶联、类固醇激素受体活性、细胞分化、血管收缩等19条富集结果。利用DAVID数据库对相关通路富集,筛选出对冠心病具有作用的VEGF信号通路、FXO信号通路、ErBb信号通路等13条通路。结论通过网络药理学验证了双丹方多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了双丹方在CHD中的主要作用机制。     

基于分子对接和系统药理学探讨人参汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 探讨人参汤的功效物质基础和作用机制。方法 利用TCMSP平台检索人参汤4味中药人参、甘草，干姜，白术的化学成分和作用靶点，并根据口服生物利用度以及药物相似性对潜在的生物活性成分进行筛选。本研究采用David v6.8数据库对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果 共得出126个活性成分，对应81个靶点，与冠心病相关靶点18个，通过GO分析得出85条生物过程（BP,biological process）、10条细胞组分（CC,cellular component）、14条分子功能（MF,molecular function），通过KEGG通路富集得出23条信号通路。结论 本研究结果初步分析人参汤防治疾病的分子机制，为进一步深入探讨其作用机制提供先导信息和基础。     

丹红注射液治疗冠心病心绞痛基因网络的模块划分与生物学机制分析

目的:运用模块药理学分析框架,从功能模块水平探索丹红注射液治疗冠心病心绞痛的药理作用机制。方法:融合中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中药物成分对应的靶点和疾病靶点数据库(DisGeNET,OMIM和CTD)的心绞痛相关基因,利用STRING version 11. 0构建丹红注射液治疗心绞痛的靶点网络;MCODE,MCL和GLay算法识别功能模块,通过最小网络结构熵优化模块识别结果。利用DAVID version 6. 8生物信息分析平台对模块进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:整合丹红注射液相关的262个基因与心绞痛相关的192个基因,构建丹红注射液治疗心绞痛靶点网络,包含414个节点和6 621条边。经最小网络结构熵优化后,用MCODE算法识别出12个功能模块(节点数3个),其中最大模块(模块1)有47个节点和962条边,MCODE评分41. 826分。对丹红注射液治疗心绞痛的基因网络和MCODE划分的模块进行KEGG通路富集分析,分别得到37条和58条KEGG通路,且有86. 5%的覆盖率。12个模块富集到的通路大致可分为十一类,其中人类疾病(45%),信号转导(17%),氨基酸代谢(14%)相关的通路所占比例较大。模块1富集到的通路数量最多,有39条,主要功能为信号转导相关模块。模块3是氨基酸代谢相关模块。结论:丹红注射液治疗冠心病心绞痛的治疗效应是通过多模块、多通路、多功能作用实现的,其主要通过调节与信号转导,氨基酸代谢,神经活性配体-受体相互作用,Ca2+和p53信号相关的模块发挥治疗作用。     

基于网络药理学的生脉散作用机制分析

目的:探讨生脉散的作用机制。方法:本研究选取生脉散中3味中药人参、麦冬、五味子含有的33个活性成分,通过Pharm Mapper服务器预测其活性成分的潜在靶点,进而构建化合物-靶点网络、构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络、进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析、进行基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的生物通路富集分析,研究生脉散作用机制。结果:化合物-靶点网络包含249个节点,关键靶点涉及转甲状腺素蛋白(TTR)等。PPI网络包含155个节点,关键靶点涉及酪氨酸蛋白激酶Src(SRC),蛋白激酶Bα(Akt1)等。GO条目95个,其中生物过程相关的条目67个,分子功能相关的条目22个,细胞组成相关的条目6个。KEGG通路8条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer),前列腺癌(prostate cancer),胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)等。结论:本研究结果初步验证了生脉散的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于系统药理学和分子对接研究薤白治疗冠心病的作用机制

目的通过系统药理学和分子对接方法,对薤白治疗冠心病的作用机制进行研究。方法收集薤白的有效化合物;预测这些化合物对冠心病的作用靶点;对这些靶点进行PPI网络图的构建、GO富集分析和KEGG通路注释分析;将这些化合物与靶点进行分子对接。结果薤白共收集到11个有效化合物,作用于30个冠心病相关靶点。PPI网络图显示ALB、ACE、REN、MMP9、MAPK1、NOS3、F2、MMP2、SELE、PPARG为10个联系最多的靶点。GO富集分析显示出66个生物过程、22个分子功能、11个细胞成分,涉及雌激素反应、凝血、冠脉炎症、RAAS系统、抗氧化、稳定粥样斑块6个方面。KEGG通路注释分析显示出13条通路,其中6条通路与冠心病相关,分别是:Estrogen signaling pathway、PPAR signaling pathway、Complement and coagulation cascades、Renin-angiotensin system、HIF-1 signaling pathway and TNF signaling pathway。330组分子对接结果显示233组具有较好的结合活性。结论枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多成分、多靶点的特点,可能通过抗凝血、稳斑块、抗氧化、抗炎症、降血脂、抑制RASS系统、增加NO保护、促进雌激素分泌8个方面发挥治疗冠心病的作用,且Estrogen signaling pathway是薤白作用冠心病的最主要通路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...     

基于化学成分差异的不同干燥方式熊胆粉镇痛作用研究

目的采用超高效液相-三重四极杆-线性离子阱质谱(UPLC-QTRAP-MS)方法鉴定常压及减压干燥熊胆粉的化学成分,明确其差异成分,并以网络药理学理念为指导,探索熊胆粉镇痛作用机制。方法基于UPLC-MS/MS检测平台、数据库以及多元统计分析相结合的手段研究熊胆粉的化学成分差异;借助PharmMapper、Uniprot、GeneCards数据库及文献,获取熊胆粉成分和病毒性肝炎、胆囊炎及冠心病的作用靶点,并采用动物试验对其药效进行验证;对疾病靶标-药物靶标集做拓扑分析获得核心靶标,并进行基因本体(GO)功能和基因与信号通路分析(KEGG)通路富集,通过Cytoscape3.8.2软件构建成分-靶标-通路网络图。结果常压干燥、减压干燥熊胆粉共有成分721个,差异成分8个(L-焦谷氨酸、鸟苷5′-单磷酸水合物、5,6-二氢胸腺嘧啶、7-甲基黄嘌呤、左旋甲状腺素、甲基间酪氨酸、大黄素8-葡萄糖苷、益母草碱),搜索得到差异成分潜在靶点共1605个;检索得到病毒性肝炎靶点7444个、胆囊炎靶点636个、冠心病靶点7563个;熊胆粉对病毒性肝炎、胆囊炎及冠心病的共同靶点有282个,GO功能富集分析得到GO条目759个(P0.05),其中生物过程(BP)条目717个,细胞组成(CC)条目21个,分子功能(MF)条目21个;熊胆粉中的鸟苷5′-单磷酸水合物、甲基间酪氨酸、左旋甲状腺素及大黄素8-葡萄糖苷等成分可能通过二氢硫辛酸脱氢酶(dihydrolipoyl dehydrogenase,DLD)、过氧化氢酶(atalase,CATC)及一氧化氮合酶2(nitric oxide synthase 2,NOS2)等靶点,调节代谢通路和癌症通路等信号通路发挥其镇痛作用。药效试验结果表明常压、减压干燥熊胆粉均对热板及醋酸所致小鼠疼痛有抑制作用,且减压组镇痛作用强于常压组,有显著性差异(P0.05)。结论干燥方式使得熊胆粉化学成分变异,从而导致其镇痛作用差异,初步探索了熊胆粉镇痛作用的机制,建议大生产中采用减压干燥制备熊胆粉,为熊胆粉合理应用提供了一定依据。