多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。     

多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用北大核心CSCD

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。     

贵州省两株山羊源羊种布鲁菌MLST分析

目的了解贵州省2010年分离自山羊的两株羊种布鲁菌的等位基因序列型(Sequence type, ST)及遗传学特征,为动物间和人间布病疫情的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对2010年分离自山羊的两株布鲁菌进行鉴定,采用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing, MLST)技术对两株布鲁菌菌株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,将各个基因的序列与参考菌株的等位基因型进行比对,确定其等位基因谱及序列型(STs),分析与两株菌ST型与各种型布鲁菌代表菌株的遗传进化关系。结果来自贵州省山羊的两株布鲁菌株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR将其鉴定为羊种布鲁菌。MLST分析显示,两株菌的9个等位基因序列型为ST8型,与同属羊种布鲁菌的ST7、ST9~ST12、ST34和ST35遗传关系最近。结论贵州省2010年分离的2株布鲁菌分离株均为ST8型布鲁菌,与同属羊种布鲁菌的ST型遗传关系最近,结果为贵州省人间和动物间布病疫情的预防和控制提供了科学依据。     

一起学校流行性脑脊髓膜炎暴发疫情的病原学鉴定及其MLST分型分析

目的报告一起学校流行性脑脊髓膜炎（流脑）暴发疫情的病原学鉴定及病原学特征。方法对疑似流脑病例进行流行病学调查;采集患者血和脑脊液标本,进行实时荧光定量PCR检测,对分离菌株进行生化鉴定并进行E—test法药敏试验和多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）分析。结果此疫情由C群脑膜炎奈瑟菌引起,分离菌株对磺胺甲基异嗯唑、环丙沙星、萘啶酸耐药。MLST分析该菌为ST-9792型,属于ST4821高致病克隆群。结论该起流脑疫情由C群脑膜炎奈瑟菌ST-9792型引起,确诊病例数多。提示应加强对当地流脑的监测,在流行季节开展人群C群流脑疫苗接种。     

福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型

目的 探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43 株布鲁氏菌分离株的9 个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43 株布鲁氏菌分离株中,38 株为ST8型,5 株为ST17型。结论 福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。     

布鲁菌病中枢神经系统感染二例

<正>病例1,男,21岁,餐厅职工,因“头痛伴间断低热1周”于2021年6月17日入新疆维吾尔自治区人民医院。患者于入院1周前受凉后出现头痛,呈头部胀痛不适,主要于夜间出现,持续数小时不缓解,伴午后及夜间低热,体温波动在37.5 ℃左右,伴乏力、恶心,偶伴右下肢关节疼痛不适,就诊于当地医院,诊断考虑脑膜炎,给予积极对症治疗后体温未见下降,入院前3天出现胡言乱语、答非所问,故转至我院。病程中患者饮食睡眠差,大小便正常,体重无明显变化。     

多位点可变数目串联重复序列分析方法在布鲁杆菌病监测中的应用

目的 建立多位点可变数目串联重复序列分析方法(MLVA),并评价其在布鲁杆菌菌株鉴定及流行病溯源中的价值.方法 使用MLVA方法,对16株羊种菌、22株牛种菌、21株猪种菌和10株犬种菌株进行分析,使用BioNumerics(Version 5.0),对16个位点进行聚类分析,聚类方式用平均连锁聚类法(UPGMA).计算每个位点的差异指数,菌株的基因型通过MLVA2010数据库确定.结果 使用MLVA方法,通过Bruce06、Bruce08、Bruce11、Bruce12、Bruce42、Bruce43、Bruce45、Bruce55共8个位点可以区分布鲁杆菌的种;通过Bruce04、Bruce07、Bruce09、Bruce 16、Bruce30共5个位点可以对菌株进行溯源,确定菌株流行病学相关性.结论 MLVA技术是一种分辨率高且易于在省级疾病防控系统监测实验室使用的标准化分型技术,可以加强布病监测能力.     

杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别研究

目的研究杭州地区单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)食品分离株的分子分型情况,了解当地流行株的型别特征。方法用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)的方法对单核细胞增生李斯特菌进行分子分型。PFGE结果进行聚类分析,并绘制MLST数据的最小生成树。结果 6个血清型组成的133株杭州食品分离株共获得19个MLST型别,并发现1个新的ST型ST767。ST9和ST121是数量最多的型别。用AscI和ApaI酶切分别获得33和45个PFGE带型。结论杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别分布广泛,大部分菌株是可引起人李斯特菌病的Lineage I和Lineage II菌株。食品中单核细胞增生李斯特菌的污染比较严重,应加强监测与管理以防食源性疾病的发生。     

海南地区类鼻疽伯克霍尔德菌的多位点序列分型

目的 研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌多位点序列类型(STs)多态性,了解该省与其他类鼻疽流行地区菌株间的遗传背景差异方法 选取7个管家基因位点ace、glt B、gmh D、lep A、lip A、nar K、ndh进行PCR扩增、测序,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的序列型结果 18株类鼻疽伯克霍尔德菌属于12个不同的STs,其中ST50有4株,检出率占22.2%,ST58、ST232、ST1094各检出2株,发现一株新STs命名为ST1676结论 海南省类鼻疽伯克霍尔德菌具有高度遗传多样性,gmhD是7个管家基因中变异最大的等位基因,表明gmhD突变可能是该地区菌株STs多样性的原因。     

中国汉赛巴尔通体分离株的多位点序列分型分析

目的 了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法 对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法（Multilocus sequence typing, MLST）,分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型（sequence type, ST）,其中ST1占90% (72/80),ST9占8.75% (7/80),另一个序列型为仅包含一株细菌的ST30;所有3个序列型均属于克隆群1 （clonal complex 1）。结论 与国外汉赛巴尔通体多位点序列分型结果相比,中国的序列型相对集中,说明中国汉赛巴尔通体的变异度和多样性较低,提示其进化相对缓慢。     

福州市生殖道沙眼衣原体的MLST分子流行病学研究

目的 研究多位点序列分型法(MLST)在福州地区性病门诊人群生殖道沙眼衣原体基因分型中的分辨力,并与来自阿姆斯特丹性病门诊女性患者的样本进行比较。方法 采用MLST分型法研究福州性病门诊生殖道沙眼衣原体感染者的基因型,eBURST进行ST型地理分布特征分析。结果 从86份阳性标本中可获得完整MLST数据的样本为76份,共分30个ST型,其中14个为新的型别。MLST分型法的Simpson分辨力指数为0.9。eBURST分型结果显示30个ST型分为3个克隆复合体和5个独特型。仅有4个ST型在福州和阿姆斯特丹两地同时存在。结论 MLST为生殖道沙眼衣原体分子流行病学调查提供高分辨率的分型手段。eBURST 分析可揭示不同地理来源的生殖道沙眼衣原体之间的进化关系。     

牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)分析,了解菌株的遗传进化关系及致病潜力。方法 根据E. coli MLST数据库(http://mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Ecoli)提供的MLST方案,对青海玉树牦牛中分离的54株STEC分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因及菌株序列型(Sequence type,ST),并使用BioNumerics软件构建最小生成树(Minimum spanning tree,MST),分析牦牛ST型与HUSEC及人源主要流行血清群STEC菌株ST型间的进化关系。结果 54株牦牛STEC菌株呈现高度遗传多态性,可分为31个ST型别,其中包括7个新的等位基因型和17个新的ST型,并存在与HUSEC及主要流行血清群STEC亲缘关系相同或相近的ST型别。结论 青藏高原牦牛携带的STEC具有遗传多样性及一定的特异性,部分菌株具有对人致病的潜力。     

布鲁菌分子分型方法应用研究进展

布鲁菌属细菌是布病的病原菌。当前,用于布鲁菌属细菌分型的方法有多种,而布鲁菌分子分型方法在布病的分子流行病学调查、病原菌的快速分型鉴定、病原菌的溯源分析和菌株之间差异关系的分析过程中被广泛应用并具有十分重要的作用。本文就常用的布鲁菌的核酸探针技术(DNA probes)、聚合酶链式反应(PCR)、实时定量PCR(Real-time PCR)、16SrDNA鉴定、PCR限制性片段长度多态性( PCR-RFLP)、单核苷酸多态性分析(SNP)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)、多位点串联重复序列分析(VNTR/MLVA)等分子分型方法的应用研究进展予以综述。     

宁夏地区布鲁氏菌临床分离株OMP25基因序列特征分析

目的采用PCR法扩增宁夏地区布鲁氏菌临床分离株OMP25基因并测序,分析OMP25基因序列特征,为布鲁氏菌鉴定以及基因克降与表达研究提供参考。方法参考GenBank公布的布鲁氏菌外膜蛋白OMP25基因序列设计1对引物,采用PCR法从宁夏地区分离株布鲁氏菌基因组中扩增OMP25基因并进行双向测序,测序结果用Contig Express软件拼接,采用DNAstar软件进行分析。结果经鉴定,两分离株布鲁氏菌均为羊种3型,测序获得OMP25基因全长序列为638bp,编码212个氨基酸,核苷酸序列与GenBank公布羊种布鲁氏菌OMP25基因同源性为99．9％,氨基酸序列同源性为99．7%。系统进化树显示,分离株与参考株布鲁氏菌亲缘关系相近,与羊种布鲁氏菌为同一个分枝。结论宁夏地区布鲁氏菌分离株OMP25基因序列与参考菌株序列同源性高,且与羊种布鲁氏菌存同一分枝,表明OMP25基因序列是一个保守序列。该研究结果可为布鲁氏菌的分子生物学鉴定和诊断试剂的研制提供参考。     

致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究

目的 通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化.方法 应用16SrRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1 238株致病性钩体...     

陕西省布鲁氏菌菌株多位点序列分析研究

目的 对陕西省分离的77株布鲁氏菌菌株进行遗传多态性分析,了解其遗传特征及进化关系.方法 应用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)技术,测定77株陕西省地区布鲁氏菌分离株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列,确定各菌株序列型(STs),运用BioNum...     

多位点序列分型方法在嗜麦芽窄食单胞菌分子分型中的应用

目的建立多位点序列分型方法（Multilocus sequence typing,MLST）分析嗜麦芽窄食单胞菌。方法提取嗜麦芽窄食单胞菌基因组DNA,选择文献报道的7个嗜麦芽窄食单胞菌管家基因进行PCR扩增,将目的基因PCR产物测序,测序结果与标准序列比对后上传至数据库（http：／／pubmlst．org／smaltophilia／）,获得相应的7对管家基因组成的等位基因谱和序列分型编码（sequencetypes,STs）,应用MLST方法分析68株嗜麦芽窄食单胞菌ST型的流行病学意义。结果对68株嗜麦芽窄食单胞菌菌株通过多位点序列分型方法分析,所有菌株均为同一新的ST型（sT87）,该结果与现场流行病学的关系一致。结论MLST是一种方便、快速的分子生物学方法,实验室菌株资料可以比较,适用于嗜麦芽窄食单胞菌的进化关系、群体结构和长期的全球分子流行病学研究。