应用荧光定量PCR检测阴道加特纳菌

目的:确定荧光定量PCR方法检测细菌性阴道病相关细菌阴道加特纳菌的可行性。方法:采用SYBR Green方法建立了阴道加特纳菌荧光定量PCR方法,评价荧光PCR方法的特异性、灵敏度、重复性;并对568例临床分泌物样本进行检测。结果:本实验所建立的荧光定量PCR方法可准确、特异的检测阴道加特纳菌;该方法的灵敏度可达到1拷贝/μl;194例细菌性阴道病患者分泌物标本中荧光定量PCR法检出116例(59.79%)阴道加特纳菌;而在374例非细菌性阴道病患者分泌物标本中荧光定量PCR法检出35例(9.36%)阴道加特纳菌;荧光定量PCR法检出率明显高于细菌培养方法,差异具有显著性,χ2=24.89,P<0.01。结论:荧光定量PCR方法能够应该用于临床分泌物标本中的阴道加特纳菌的检测。     

实时荧光定量PCR方法在布鲁氏菌病诊断中应用

目的:评价实时荧光定量PCR法在布鲁菌病中的诊断价值。方法:对296例确诊的布鲁菌病患者和30例健康对照者的血液标本进行SAT、RT-PCR、BC法检测,对急性布鲁菌病组和慢性布鲁菌病组观察并分析RT-PCR检测的性能以及与SAT、BC的符合程度。结果:RT-PCR法对急性期布病组敏感性为76.4%,与SAT、BC的kappa值分别为0.62、0.64,有较好的一致性;RT-PCR法对慢性期布病组其敏感性为27.5%,与SAT、BC的检测结果有很大差别,kappa值仅为0.09、0.08。结论:RT-PCR检测灵敏度介于SAT、BC之间。血清学试验仍然是布鲁氏菌筛查的最好的方法,RT-PCR法仅能作为布鲁菌病诊断的一个补充。     

荧光定量PCR检测肺炎链球菌感染方法的建立

目的 建立Taqman探针法荧光定量PCR检测肺炎链球菌感染的实验室诊断方法.方法 针对肺炎链球菌自溶素基因设计引物及探针,建立荧光定量PCR Taqman探针法检测肺炎链球菌感染.采用肺炎链球菌标准株,构建质粒,用质粒构建标准品,扩增标准品,绘制标准曲线并检验新建荧光定量PCR的敏感性,采用本实验冻存其他菌DNA样本,检测其特异性;采集2015年9月至2015年12月份北京地区家5家医院儿童门诊或病房,诊断为呼吸道感染患儿的咽拭子标本133例,对新建荧光定量PCR法进行临床样本的验证.结果 绘制了荧光定量PCR Taqman探针法检测肺炎链菌感染的标准曲线;新建荧光定量PCR可检测的肺炎链球菌最低拷贝数为10copies/μL;新建荧光定量PCR可成功区分几种病原体DNA,具有较好特异性;采用新建荧光定量PCR检测临床样本132例,其中肺炎链球菌阳性25例,阳性率为18.94%.结论 新建立的荧光定量PCR检测肺炎链球菌感染的实验室诊断方法具有较高的敏感性和特异性,可用于临床样本的检验.     

Taqman MGB探针实时荧光定量PCR检测布鲁菌病的研究

目的 建立血液标本布鲁菌DNA荧光定量检测方法,探讨其临床应用价值.方法 用PUCm-T载体和PCR纯化产物连接,转染DH5a菌,筛选阳性菌落,提取质粒,制作外标准品；在布鲁菌基因组IS711序列设计一对引物和TaqMan MGB探针,严格优化反应物的组成和扩增条件,并对该方法进行评价.结果 建立的布鲁菌DNA荧光定量PCR方法最低检出率为400拷贝/ml；批内误差为1.8％～6.5％,批间误差为2.6％～9.1％；在4.0×102～4.0×108拷贝/ml之间与Ct值具有很好的线性(Ct =-1.391 1 Ln (x) +41.65,r=-0.995 8)；具有较好的稳定性.在布鲁菌临床监测中发现,157份血液标本,用荧光定量PCR检测与临床检查结果(临床阳性、慢性期患者、症状可疑、阳性畜周围人群与重点职业人群(重点人群)的阳性率和阴性对照的符合率分别为90.3％、40％、6.7％、12.2％和100％.结论 建立的荧光定量PCR检测方法能鉴定布鲁菌种属,具有良好的特异性、灵敏度和稳定性.在临床布鲁菌基因诊断方面具有重要意义.     

实时荧光PCR法快速分离食源性致病菌

目的建立快速的食源性沙门菌和志贺菌检测方法,以提高对该菌的检验速度和准确性,为公共卫生,食源性致病菌监测,突发性群体性食物中毒事件提供技术支持。方法采用实时荧光PCR法和培养法对40份不同类食品进行沙门菌和志贺菌的检测,并对分离的菌株进行血清分型和定量检测,比较两种方法的特异性,灵敏度,准确性。结果采用实时荧光PCR法检测40份样本,其中8份沙门菌核酸阳性,阳性率20%;采用培养法检测这40份样本,4份样品分离出沙门菌,阳性率10%,且4份样品经核酸检测均为阳性,32份核酸阴性样本采用培养法检测,均未分离到沙门菌和志贺菌。结论实时荧光PCR法结合传统分离培养法适宜食品中沙门菌,志贺菌的快速筛查鉴定及食物中毒等突发事件的快速诊断。     

实时荧光PCR检测志贺菌特异基因ipaH

目的：建立一种灵敏、快速检测志贺菌的实时荧光PCR方法,研究志贺菌在腹泻病人中的感染情况。方法：针对志贺菌特异性基因ipaH设计引物、探针,应用培养分离的志贺菌进行验证,同时检测360例临床标本并与培养法进行对照。结果：应用实时荧光PCR方法,10株志贺菌检测结果均为阳性,10株非志贺菌结果均为阴性;检测灵敏度达到4 cfu/test。360例临床标本中实时荧光PCR方法检测出29例阳性,培养法检测出12例阳性。结论：实时荧光PCR法检测志贺菌具有灵敏度高、快速方便的特点,可用于检测腹泻病人志贺菌感染。     

荧光定量PCR和FISH技术诊断肺结核的价值比较

目的比较荧光定量PCR和FISH技术对肺结核诊断的敏感性和特异性。方法共收集300例明确诊断为肺结核的患者作为阳性对照组,以及收集300例健康志愿者(明确排除肺结核患者)做为阴性对照组。收集800例新收临床疑似肺结核患者做为研究组。收集该800例患者的肺活检标本以及同期的痰液标本,其中痰液进行涂片、结核杆菌分离培养以及结核杆菌DNA荧光定量PCR检测和FISH检测。比较荧光定量PCR和FISH技术对肺结核诊断阳性符合率和阴性符合率。结果 1FISH技术检测结核杆菌阳性符合率为99.3%;荧光定量PCR检测结核杆菌阳性符合率为97.3%。两者阳性符合率存在统计学差别(p=0.015)。2FISH技术检测结核杆菌阴性符合率为98.2%,荧光定量PCR技术检测结核杆菌阴性符合率为96.9%。两者阴性符合率存在统计学差别(p=0.007)。结论与荧光定量PCR比较,FISH对肺结核诊断具有较高的阳性符合率和阴性符合率。     

荧光定量PCR技术检测肠道志贺菌的临床应用

目的:比较荧光定量PCR技术和传统培养方法检测肠道志贺菌的效果。方法:利用中山大学达安基因股份有限公司研制开发的志贺菌核酸检测试剂盒,检测我院诊治的腹泻病人332份大便中的志贺菌核酸,并以传统的沙门志贺菌(SS)培养基进行细菌培养的结果作为对比。结果:332份腹泻病人大便标本,用培养方法检测,志贺菌阳性59例;用志贺菌核酸试剂盒检测有107例阳性。荧光定量PCR检测方法与培养方法对比,敏感度为100.00%,特异性为82.43%。结论:荧光定量PCR技术敏感度高、特异性强、适合于临床大标本量的检测。     

实时荧光PCR检测沙门菌特异基因

目的：建立一种灵敏、快速检测沙门菌的实时荧光PCR方法.方法：针对沙门菌特异性基因invA设计引物、探针,在实时荧光PCR仪上进行扩增、检测和结果分析.结果：应用该实时荧光PCR方法,30株沙门菌检测结果均为阳性,19株非沙门菌结果均为阴性,96个肛门拭子样本增菌前后的PCR结果一致;检测灵敏度达到4 cfu/test,定量结果与培养计数无显著差异.结论：该方法检测沙门菌具有灵敏度高、快速方便的特点,且可用于定量检测.     

ELISA和荧光定量PCR在麻疹实验室诊断中的应用分析

目的 分析比较ELISA和荧光定量PCR对麻疹疑似病例的实验室检测结果,为疾病的尽早确诊及检测方法 的选择提供依据.方法以百色市12个县(区)2013年1月至2015年12月的351例疑似病例为研究对象,应用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清标本中麻疹病毒IgM抗体,同时应用荧光定量PCR检测咽拭子样本中麻疹病毒核酸RNA,分析比较两法的检测结果 .结果351例麻疹疑似病例中,麻疹病毒IgM抗体阳性160例,阳性率为45.58%;荧光定量PCR检测麻疹病毒核酸RNA阳性167例,阳性率为47.58%;两种方法的阳性率差异无统计学意义(χ2=1.091,P=0.296).对不同出疹时间采集的标本用两种方法检测的阳性率差异亦无统计学意义(P>0.05);有无免疫史患者标本两种方法检测的阳性率基本一致.结论 ELISA和荧光定量PCR用于麻疹疑似病例的实验检测结果无明显差异,各实验室可根据自身情况选择其中之一.     

子代T4的PCR和real time PCR测定

目的：为建立通过测定转换样品T4而检验样品大肠杆菌的新方法,探讨快速测定转换样品中T4的PCR技术.方法：以T4DNA纯化样品水稀释液和转换样品沸水浴处理产物分别为模板样液,经过两对引物PCR及real time PCR的试用和比较,优选定量检测转换样品中T4的适宜方法和条件.结果：源自T4 ligase的一对引物具有较高的灵敏度和特异性;针对纯化T4DNA配制的模板样液,优化的PCR和real time PCR至少可分别精确检出39.25和3.925 pg/ml的T4DNA;针对沸水浴处理转换样品制备的模板样液,PCR和real time PCR可清楚区别不同浓度的转换样品,PCR的检出极限为500 PFU/ml T4的转换样品,real time PCR的检测极限为35 PFU/ml T4的转换样品.结论：采用PCR和real time PCR可快速定量测定转换样品中的T4含量,real time PCR比PCR的灵敏度高约一个数量级.     

应用特异性引物鉴定红色毛癣菌

目的探讨建立一种快速、简单可重复的鉴定红色毛癣菌的方法. 方法利用特异性引物TR1F和TR1R对32株皮肤癣菌进行PCR扩增. 结果红色毛癣菌和苏丹毛癣菌产生特征性带型,而其他皮肤癣菌为阴性. 结论这种PCR方法可以快速、准确、敏感地鉴定红色毛癣菌.     

PCR在钩端螺旋体病诊断和流行病学上的应用

钩端螺旋体病足具有强传染性的人兽共患病,其临床症状多变,容易与其他感染性疾病混淆,快速准确地诊断钩端螺旋体病及进行有效的流行病学调查十分重要.PCR具有特异性强、自动化程度高、快速高效等优点,在钩端螺旋体病的早期诊断和流行病学调查上具有很好的应用前景.     

短串联重复序列PCR及其应用

STR（short tandem repeat）基因座广泛分布于各种真核生物基因组中，是高度多态性标记的丰富来源，并可用PCR反应来检测。扩增区域重复序列熏复次数的差异导致STR基因座的等位基因不同的分型，可区别不同的基因型。本文介绍了短串联重复序列PCR的基本原理和分析方法，并简要介绍了短串联重复序列PCR在亲缘关系鉴定、种群遗传结构分析、基因图谱以及基因诊断等方面的应用。     

多重PCR与PCR-荧光探针法检测外环境霍乱弧菌的比较研究

目的：对比多重PCR与PCR-荧光探针法从外环境中直接检测霍乱弧菌的效果。方法：收集40份水样和40份水产品样本,再以20份已知特性菌株作对照。将上述样本和菌株进行培养后提取模板,分别进行多重PCR和PCR-荧光探针法检测。结果：两种方法均从40份水样中检出14份非O1非O139群霍乱弧菌,两种方法均能从40份水产品中检出29份O1群霍乱弧菌及3份非O1非O139群霍乱弧菌。以上检出霍乱弧菌均可经血清学试验证实。20份已知特性样本两种方法均鉴定无误,最低检出限均为10^2cfu/ml。结论：两种方法灵敏度和特异度均极高,多重PCR方法因能同时进行致病力的初步判断,检验速度相对较快,成本较为经济而更为实用。     

PCR快速检测奇异变形杆菌的研究

目的 建立一种检测奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)快速且特异的PCR方法. 方法 针对编码奇异变形杆菌脲酶调节子(ureR)的基因序列设计2条PCR引物,扩增片段长度为225 bp;通过对2株奇异变形杆菌和14株非奇异变形杆菌进行PCR检测、利用该PCR方法和传统分离培养法同时对60份食物中毒送检标本进行检测来评价其特异性;将奇异变形杆菌菌液做一系列10倍稀释后进行PCR检测来对其进行敏感性分析. 结果 2株奇异变形杆菌出现PCR扩增反应,扩增产物经测序鉴定正确,14株非奇异变形杆菌没有出现PCR扩增反应,且PCR检测奇异变形杆菌的结果与传统培养方法一致,PCR方法相比传统培养方法更快速,在4 h内即可完成扩增反应;PCR方法敏感性为30 cfu/ml.结论 建立了一种快速,准确检测奇异变形杆菌的PCR方法,适合奇异变形杆菌日常监测和快速诊断的需要.     

PCR法在早期梅毒诊断中的应用

目的提高早期梅毒诊断的敏感性和特异性。方法采用PCR技术对梅毒螺旋体（Tp）的DNA多聚酶Ⅰ基因（polA）特异性片段进行扩增,共检测385份生殖器溃疡分泌物,同时做暗视野镜检和TpELISA血清学试验。结果 PCR法共检测出阳性75例,敏感性和特异性分别为74.5%、99.3%;PCR法与暗视野镜检及TpELISA结果比较差异有统计学意义。结论 PCR法在早期梅毒诊断中具有快速、有效、结果可靠的优点,可作为血清学的补充试验。     

Comparison of a quantitative Real-Time PCR assay and droplet digital PCR for copy number analysis of the CCL4L genes

The controversy surrounding the findings that copy number variation, of the CCL3 encoding genes, influences HIV-1 infection and disease progression has been in part attributed to the variable results obtained from methods used for copy number evaluation. Like CCL3, the genes encoding the CC chemokine CCL4, also a natural ligand of the CCR5 receptor, are found to occur in population-specific multiple copy number and have been shown to play a protective role against HIV-1. This study evaluated the standard method of quantitative Real-Time PCR (qPCR) and droplet digital PCR (ddPCR) for CCL4L gene copy number determination. The CCL4 encoding genes are CCL4, occurring in two copies per diploid genome (pdg), and the non-allelic CCL4L genes, comprised of CCL4L1 and CCL4L2, which are both found in multiple copies pdg. Copy number of CCL4L, CCL4L1 and CCL4L2 was determined in a cohort of HIV-1-uninfected individuals from the South African Black (n = 23) and Caucasian (n = 32) population groups using qPCR and ddPCR. A stronger correlation between the number of CCL4L copies and the sum of CCL4L1 and CCL4L2 copies generated by ddPCR (r = 0.99, p < 0.0001) compared to qPCR (r = 0.87, p < 0.0001) was observed. Real-Time qPCR exhibited greater inaccuracy at higher copy numbers which is particularly relevant to our cohort of Black individuals who have a higher range of CCL4L copies (3–6) compared to Caucasians (0–4) and a higher population median (4 and 2, respectively). Medians and ranges of CCL4L1 (Black: 2, 0–4, Caucasian: 0, 0–2) and CCL4L2 (Black: 2, 1–5, Caucasian: 2, 0–3) were also higher in the Black population. Droplet digital PCR was shown to be a far superior method to qPCR for assessment of CCL4 gene copy number variation, the accuracy of which is essential for studies of the contribution of variable gene copy number to phenotypic outcomes of host infection and disease course.     

应用PCR技术快速检测沙门菌

[目的]建立用于快速和特异检测沙门菌的PCR方法。[方法]将受试菌种按煮沸裂解法提取DNA,针对hns与invA基因序列合成2对PCR引物,对沙门菌标准菌株和其他菌属的菌株进行PCR检测,并用福建省2006—2007年沙门菌临床分离株137株进行验证。[结果]沙门菌标准菌株hns和invA基因均为阳性;137株沙门菌临床分离株hns和invA基因的阳性率分别为100％和99．3％,其他菌属的菌株无特异性条带。[结论]本研究建立的PCR方法可用于检测沙门菌属。     

PCR法快速鉴定啤酒中分离的乳酸杆菌

目的：建立一种灵敏、快速的PCR法检测啤酒中的乳酸杆菌。方法：设计一对属特异性引物扩增乳酸杆菌的16SrDNA基因，对7株乳酸杆菌进行检测，扩增片断长度为223bp，金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌、李斯特菌、嗜热脂肪芽孢杆菌、铜绿假单孢菌5种菌作为阴性对照菌。结果：该引物能扩增7株乳酸杆菌，结果为阳性；阴性对照菌结果为阴性。结论：该方法快速、灵敏、特异。为啤酒中乳酸杆菌的快速检测提供了有效的途径。