基于生物信息学分析食管鳞癌差异基因和预后价值

目的 鉴定食管鳞癌发生发展过程中的核心基因,寻找新的分子靶标.方法 GEO数据库筛选出食管鳞癌数据集GSE20347,GSE20344,GEO2R分析差异基因.利用STRING和Cytoscape建立并修饰蛋白与蛋白相互作用网络,GO功能和KEGG通路富集分析.Cytohubba计算核心基因,TCGA数据验证核心基因的...     

食管鳞癌中miRNA224调控RKIP基因表达及miRNA224基因启动子区甲基化的研究

目的 研究食管鳞癌组织中Raf激酶抑制蛋白（RKIP）、miRNA224表达情况,miRNA224 对RKIP的靶向作用,以及miRNA224基因上游启动子区甲基化水平。方法 在食管鳞癌组织及癌旁对照组织临床标本中,用免疫组化法检测RKIP蛋白的表达;用荧光定量PCR法检测miRNA224的表达,荧光素酶报告基因检测miRNA224对RKIP的靶向作用;亚硫酸氰盐测序PCR（BSP）法检测食管鳞癌及癌旁对照组织miRNA224基因上游启动子区甲基化水平。结果 在食管鳞癌组织中,RKIP低表达,miRNA224高表达;在癌旁对照组织中,RKIP高表达,miRNA224低表达。荧光素酶报告基因验证miRNA224可靶向抑制RKIP 3′UTR表达。BSP法显示食管鳞癌组织miRNA224上游启动子区呈低甲基化状态,癌旁对照组织呈高甲基化状态。结论 食管鳞癌组织RKIP表达下降、miRNA224基因启动子甲基化状态降低,miRNA224表达上升,RKIP是miRNA224下游作用的靶点,可能同食管鳞癌发生密切相关。     

紫杉醇靶向Hippo信号通路抑制食管鳞癌干细胞干性的机制研究

目的 探究紫杉醇靶向Hippo信号通路抑制食管鳞癌干细胞干性的作用机制。方法 流式细胞术分离TE-13细胞系中侧群细胞,特异性筛选分离食管鳞癌干细胞(ESCC-CSCs),经免疫荧光鉴定后将细胞分为对照组及实验组,对照组细胞不做任何处理,实验组细胞给予1.25μg/ml紫杉醇。CCK-8、克隆形成检测细胞体外增殖活力的变化,成球实验检测细胞自我复制及更新能力的变化,QRT-PCR检测细胞内相关分子mRNA表达变化,Western blot法检测细胞内相关蛋白表达变化。结果TE-13细胞中分选得到29.3% ESCC-CSCs细胞,给予紫杉醇诱导后,细胞体外增殖能力受到显著抑制(P=0.000),克隆形成数量显著少于对照组(P＜0.01),成球实验结果表明实验组体外成球个数及球体直径与对照组比较,差异有统计学意义(P＜0.01);Western blot法检测结果表明,紫杉醇治疗后ESCC-CSCs细胞内TAZ、CD44、SOX2蛋白表达降低,p-TAZ蛋白含量升高,与对照组比较,差异有统计学意义;qRT-PCR结果显示实验组细胞内CD44、SOX2 mRNA表达降低,而TAZ mRNA表达与对照组比较,差异无统计学意义。结论 紫杉醇可靶向Hippo信号通路中TAZ、SOX2、CD44等关键分子参与调控ESCC-CSCs细胞干性。     

基于miRNA-mRNA调控网络对草酸钙肾结石形成关键分子的筛选和分析

目的 应用生物信息学技术构建草酸钙肾结石大鼠miRNA-mRNA调控网络并筛选出调控草酸钙肾结石形成的关键分子。方法 从GEO数据库中筛选出乙二醇喂养14天诱导的草酸钙肾结石大鼠肾组织的miRNA和mRNA数据集,应用GEO2R在线工具分析得到显著差异表达的miRNA(DEMs)和mRNA(DEGs),并应用热力图进行展示。利用miRWalker预测DEMs的靶基因,根据miRNA负向调控mRNA原理应用R语言“venn.diagram”包与DEGs分别取交集,得到参与调控草酸钙肾结石形成的基因,然后应用 “clusterprofile”包对调控基因进行GO和KEGG富集分析、应用string数据库进行蛋白质互作分析(PPI),利用Cytoscape软件实现对PPI和miRNA-mRNA调控网络可视化和关键基因的筛查。结果 共分析得到38个DEMs和349个DEGs。将预测得到的DEMs靶基因与DEGs取交集后得到116个调控基因,这些基因富集到24个GO条目和22个KEGG信号通路。成功构建miRNA-mRNA调控网络,处于核心调控位置的miRNA为miR-6215、miR-758-5p和miR-214-3p。PPI网络分析筛选出5个关键基因,分别为：Foxm1、Ndc80、Cdkn2b、Cdt1和Ikbkg。结论 通过构建miRNA-mRNA调控网络,我们筛选出在草酸钙肾结石形成过程中起关键调控作用的miRNA和基因,为草酸钙结石的防治提供了新的研究思路和理论支撑。     

hsa-miR-126和hsa-miR-518b在食管鳞癌中的表达

目的探讨食管鳞癌及正常组织微小RNA(miRNA)分子表达谱的差异,寻找并验证具有差异表达的miRNA。方法随机选3例首次诊治食管鳞癌患者的手术切除标本,取癌组织及正常粘膜。采用荧光探针杂交芯片扫描技术,获得食管鳞癌miRNA表达谱,并对表达谱的可靠性进行荧光实时定量RT-PCR验证。另取15例首次诊治食管鳞癌患者手术切除标本的癌组织及正常粘膜,对其中具有表达差异的hsa-miR-126和hsa-miR-518b进行进一步验证。结果得到了食管鳞癌及正常组织的MicroRNA表达谱,分析得到表达变化且具有统计学意义(单侧t检验,P<0.05)的miRNA11个,其中上调1个,下调10个。在另外15对验证样本中,hsa-miR-126上调10例(配对t检验,P<0.05),hsa-miR-518b下调12例(配对t检验,P<0.05)。结论 hsa-miR-126和hsa-miR-518b在食管鳞癌组织和正常组织中存在差异表达,hsa-miR-126在食管癌组织中上调,hsa-miR-518b下调。     

基于生物信息学分析的子宫内膜异位症miRNA-mRNA调控网络的初步构建*

目的 用生物信息学分析方法初步构建子宫内膜异位症miRNA-mRNA的调控网络,探索其在子宫内膜异位症中的分子调控机制。方法 从GEO下载数据集GSE7305,使用R语言软件对其进行差异表达基因分析。使用DAVID在线网站对获得的差异表达基因进行基因功能和KEGG信号通路富集分析。通过HMDD v3.0精准查询与子宫内膜异位症相关且经过验证（≥2次）的miRNA,并使用miRwalk 2.0数据库预测其靶基因。将预测的靶基因和GSE7305中的差异表达基因求得交集,获得miRNA和mRNA相互作用关系对。在Cytoscape v3.6.1中绘制miRNA-mRNA调控网络图,并运用CytoHubba插件进行核心mRNA及miRNA的筛选,构建相应的子网络。结果 从GSE7305中共获得655个差异表达基因,其主要富集于补体信号通路、p53信号通路、细胞黏附相关信号通路中。成功构建子宫内膜异位症miRNA-mRNA分子调控网络,并筛选出核心mRNA和miRNA： hsa-miR-20a-5p、hsa-miR-141-3p、hsa-miR-200b-3p、hsa-miR-449b-3p属于高频下调表达的miRNA,且均可靶向作用于GATA6;高频上调表达的hsa-miR-125-5p可同时作用于PGR、ESR1,并下调两者表达水平。结论 通过基因芯片分析和数据库挖掘方法构建miRNA-mRNA调控网络,为研究子宫内膜异位症发病机制、探索联合miRNA及其靶基因作为临床诊断标志物提供可靠的研究方向。     

食管鳞癌△Np63基因的检测

目的:探讨△Np63基因作为食管鳞癌检测指标的可能性.方法:50例新鲜食管鳞癌组织,未经放疗或化疗,癌旁组织15例,用免疫组化和RT-PCR方法检测组织和外周血△ Np63表达情况.食管癌患者外周血标本21例,用RT-PCR方法检测了△Np63 mRNA表达情况,胃腺癌12例和10例健康人外周血作为对照.结果:食管鳞癌组织△Np63蛋白和mRNA表达明显高于癌旁组织,分别是96%和60%(P＜0.01).食管癌21例外周血检测中△Np63 mRNA阳性率38%,而胃腺癌和健康人外周血中未见表达.结论:食管鳞癌的发生和△Np63过度表达有关,△Np63 mRNA外周血检测可以作为一个食管鳞癌的肿瘤标志物.     

食管鳞癌中SHANK2基因断裂及其临床意义

目的 研究SHANK2基因在食管鳞癌中的断裂情况及其与食管鳞癌患者预后的相关性.方法 利用微阵列比较基因组杂交(array-CGH)技术分析SHANK2基因在59例食管鳞癌中的断裂情况,利用荧光原位杂交(FISH)技术在124例食管鳞癌中进行验证,进一步分析该基因断裂与食管鳞癌患者临床病理参数的相关性及其与预后的关系.结果 Array-CGH结果显示,SHANK2基因在食管鳞癌中的断裂频率为16.9％(10/59).FISH验证结果显示,其断裂频率为15.3％(19/124).对全部183例肿瘤检测的情况进行临床病理参数相关性分析,结果显示SHANK2基因断裂与肿瘤分期、分化程度、淋巴结转移等均无显著相关性.但是,Kaplan-Meier生存分析结果表明,SHANK2基因断裂患者的总生存显著低于未断裂病例(P=0.009).进一步通过Cox回归分析显示,SHANK2基因断裂为一个独立的预后因素(P=0.039,HR =3.021,95％ CI:1.055 ～8.648).结论 SHANK2基因断裂可能作为食管鳞癌患者预后判断的分子标志物.     

基于miRNA-mRNA调控网络的鼻咽癌相关分子机制研究

目的 通过构建鼻咽癌微小核糖核酸(miRNA)调控网络筛选与鼻咽癌发病相关的分子标志物.方法 从基因表达数据库(GEO)数据库下载鼻咽癌miRNA芯片数据GSE70970和基因芯片数据GSE12452,利用R软件筛选出差异表达miRNA和mRNA,并对其进行功能富集分析.应用FunRich软件预测差异miRNA的转录因...     

食管鳞状细胞癌组织中PLCE1蛋白表达与患者生存的关系

目的观察食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中PLCE1蛋白表达变化,探讨其表达与食管癌患者预后的关系。方法收集河南省食管癌重点开放实验室资料库1997年3月至2011年12月手术切除的85例ESCC患者组织标本,对标本进行PLCE1免疫组织化学染色,采用Kaplan-Meier单因素与Cox多元回归进行生存分析。结果 85例ESCC患者中,失访5例,随访率为94.1%(80/85)。80例ESCC标本中PLCE1阳性表达率为77.5%(62/80)。PLCE1阳性表达与ESCC分化程度、浸润深度、淋巴结转移及家族史无显著相关性(P>0.05)。Kaplan-Meier法生存分析结果显示,PLCE1阳性表达与ESCC患者生存率无显著相关性(P>0.05)。Cox回归分析结果显示,淋巴结转移与ESCC患者的生存时间相关(相对危险度为1.763,95%可信区间:下限为1.008,上限为3.084,P=0.047)。结论 PLCE1蛋白表达参与食管癌变机制,但不能预测ESCC患者预后。     

CCL20通过ERK通路促进食管鳞癌细胞迁移和侵袭

目的 研究趋化因子配体20(CCL20)对食管鳞癌细胞迁移、侵袭和增殖的影响,并初步探讨其分子机制.方法 转染CCL20表达质粒和干扰质粒至食管鳞癌细胞,用G418筛选稳定转染细胞,Western blot或实时定量PCR实验评估过表达和干扰效果.采用Transwell和CCK8实验检测CCL20对食管鳞癌细胞迁移、侵...     

食管鳞状细胞癌高发区人群食用腌肉与食管鳞状细胞癌风险的关系

目的：分析食管正常者、食管炎和食管鳞状细胞癌（ESCC）患者膳食摄取水平,阐明膳食因素与ESCC发生的关系。方法：采用频数匹配的病例对照研究,选取食管正常者（对照组）、食管炎患者（食管炎组）和ESCC患者（ESCC组）各72例作为调查对象,比较3组调查对象一般资料、膳食情况和膳食与ESCC的关系。将是否食用腌肉、腌肉食用频率和1年中腌肉食用时间分别纳入非条件性Logistic回归分析评估比值比（OR）和95%可信区间（95% CI）。结果：3组调查对象癌症家族史和一级亲属中ESCC家族史比较差异有统计学意义（P<0.01）;与对照组和食管炎组比较,ESCC组患者摄入水果少（P<0.01）,摄入酸菜（P=0.003）及玉米（P<0.01）多。ESCC组患者食用腌肉频率明显高于对照组（P=0.032）;与对照组比较,每年食用腌肉3~6个月和≥6个月者患ESCC的风险升高（OR=5.78,95% CI：1.36~24.64;OR=6.87,95% CI：1.25~37.87）。与食管炎组比较,食用腌肉频率≥每周1次者患ESCC的风险升高（OR=6.48,95% CI：1.65~25.49）;每年食用腌肉3~6个月和≥6个月者患ESCC的风险升高（OR=8.70,95% CI：2.07~36.55;OR=44.38,95% CI：5.34~368.65）。结论：过多食用腌肉可能增加食管正常者和食管炎患者患ESCC的风险,健康的饮食习惯可能降低患ESCC的风险。     

激光捕获显微切割技术在食管鳞癌蛋白质组学研究中的应用

目的:探讨激光捕获显微切割技术(1aser capture microdissection system,LCM)在获得较单一食管鳞癌细胞中的价值,为食管癌组织蛋白质组学的研究奠定基础.方法:通过激光捕获显微切割技术获取食管鳞癌和正常食管上皮细胞,采用双向凝胶电泳方法分离蛋白质,采用计算机辅助的图像分析技术比较分析凝胶图像.结果:激光捕获了较纯的目的细胞,获得到了分辨率和重复性较好的双向凝胶电泳图谱,比较分析发现38个蛋白点的表达量存在明显差异,其中新增蛋白点3个,缺失5个,20个蛋白点明显上调,10个蛋白点发生明显下调.结论:本研究结果提示LCM技术能较好地获取较为均一的目的细胞,并发现食管鳞癌与正常食管上皮细胞蛋白质表达存在明显差异,可能与食管鳞癌发生机制有关.     

运用激光捕获显微切割对食管鳞状上皮癌蛋白质组的分析

目的分析食管鳞癌与正常食管上皮细胞蛋白质的表达差异,获取鉴别两者的分子标志物。方法激光捕获显微切割技术分离食管鳞癌和正常食管上皮细胞的纯细胞,双向电泳和质谱的方法检测两者表达的差异蛋白。结果48个差异蛋白点,通过质谱鉴定出20种有意义的蛋白,其中11种蛋白如galectin7、14-3-3proteinε等在食管鳞癌细胞表达明显增高,9种蛋白如MTCBP-1等表达下调。结论激光捕获显微切割可以有效地解决组织异质性的问题;食管鳞癌和正常食管上皮细胞的2-DE蛋白质图谱具有明显的差异表达,提示食管鳞癌的发生是多种蛋白质功能共同作用的结果。     

食管鳞状细胞癌组织中Ets-1和c-Met基因mRNA的检测与分析

目的探讨Ets-1和c-Met在食管不同病变组织中的表达及意义。方法收集河南省安阳市肿瘤医院食管鳞状细胞癌标本62例、癌旁不典型增生组织31例及正常食管黏膜组织62例。应用原位杂交方法检测每例食管标本Ets-1 mRNA和c-Met mRNA的表达情况。结果 Ets-1和c-Met在正常食管黏膜组织、癌旁不典型增生组织及食管鳞状细胞癌组织中mRNA的表达率依次增高,组间比较差别均有统计学意义(P<0.01);不同浸润深度及有无淋巴结转移的食管鳞状细胞癌组织之间Ets-1 mRNA和c-Met mRNA阳性表达率差别均有统计学意义(P均<0.05)。Ets-1mRNA和c-Met mRNA表达率均与食管鳞状细胞癌患者的性别、年龄无显著相关关系(P均>0.05)。Ets-1 mRNA和c-Met mRNA表达呈正相关关系(P<0.01)。结论 Ets-1 mRNA和c-Met mRNA表达率升高可能与食管鳞状细胞癌的发生、发展及浸润转移有关。