重型乙型肝炎与无症状HBsAg携带者免疫相关基因表达差异的研究

目的：应用基因芯片研究重型乙型肝炎（FHB）与无症状HBsAg携带者（ASC）外周血单个核细胞（PBMC）免疫相关基因表达差异，方法：应用含8192条人cDNA的微阵列芯片和来自外周血单个核细胞标记的cDNA，分析了10例重型乙肝和10例无症状HBsAg携带者基因表达谱。通过应用GenePix4000扫描仪和ImaGene3.0分析软件比较Cy5标记的FHB来源cDNA与Cy3标记的ASC来源cDNA的杂交结果，获得个体基因的相对表达比值。结果：在8192个基因中，初筛出21个（0．25％）表达差异2倍以上的免疫相关基因。结论：在乙型肝炎病毒（HBV）感染机体致慢性重型肝炎过程中，全面改变了宿主细胞内免疫相关基因表达，这些差异表达基因可能与慢性重型肝炎的发生有关。     

活动性狼疮肾炎患者外周血单个核细胞基因谱的表达

目的:利用cDNA基因芯片技术检测活动性狼疮肾炎患者与健康人外周血单个核细胞基因表达的差异,探讨其在狼疮肾炎发病中的意义。方法:提取活动性的狼疮肾炎患者的外周血单个核细胞和健康人外周血单个核细胞的mRNA,分别用标有荧光素的dCTP反转录制备cDNA探针,将探针与含有8000点cDNA的CSC-GE-80芯片杂交后扫描荧光强度,上述方法在3组患者中重复3次,从而筛选出恒定的差异性表达的基因。结果:发现活动性狼疮肾炎患者外周血单个核细胞有75个基因表达异常,其中表达上调的基因有42个,下调的基因有33个。结论:多个基因的变化与活动性狼疮的发病相关,其中defensinα₁、S100A8、S100A9基因的上调可能参与了狼疮肾炎的炎症过程。     

mRNA差异显示技术对环境诱发系统性红斑狼疮基因表达谱改变的研究

目的 比较环境因素诱发系统性红斑狼疮患者(SLE)与健康人外周血单个核细胞基因表达水平的差异.方法 选择5例无家族发病案例的SLE患者与5例健康人外周血单个核细胞,提取总RNA进行扩增、Cy3染色后,与Agilcnt 4X44K人全基因组芯片杂交,筛选差异表达基因进行基因实体(GO)分析和信息通路(pathway)分析.以qRT-PCR验证芯片结果.结果 5例SLE患者共同有2435个相对于健康人的差异基因表达(判断值=2.0).GO分析结果表明,生物过程中差异表达基因占32.08%(512/1596),其他比例较高的有细胞过程、生物调控、细胞代谢等;分子功能中差异表达基因占34.09%(544/1596),其较高比例依次为结合、催化活性、传感活性和转录调节活性;细胞组分方面差异表达基因33.83%(540/1596),主要涉及细胞与细胞部分两方面,其次为细胞器.Pathway分析显示免疫系统信号及B细胞受体通道中各有12个基因的表达发生了差异性改变,而T细胞受体、表皮生长因子受体1、IL-12介导的信号等通道均有10个基因表达明显差异.分析发现SLE患者在炎性反应与自身免疫相关基因方面有45个基因发生明显改变,其中11个上调,34个下调;细胞外基质和黏附分子方面有5个相关基因改变其中5个上调,1个下凋.qRT-PCR结果与芯片结果比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 5例无家族发病案例的SLE患者与健康人外周血单个核细胞基因表达水平存在明显的差异.     

尿毒症免疫高敏患者外周血单个核细胞基因差异表达研究

目的:从基因水平探索外周血单个核细胞(PBMCs)在尿毒症患者免疫高敏发生中的作用机制。方法:选择群体抗体反应 (PRA) >85%的尿毒症患者30例为免疫高敏组;PRA(-)尿毒症患者为对照组,均采新鲜血液。用Ficoll技术分离单个核细胞,并采用一步法提取总RNA,同组RNA样品等量混合,荧光染料标记后,逆转录合成cDNA探针。采用高通量基因表达谱芯片(16,920点基因)进行芯片杂交,扫描后得到Cy3/Cy5图像文件,筛选出基因差异表达的结果。结果: 差异性表达基因877条,上调基因88条,下调基因789条。通过资料分析,对某些基因与免疫高敏发生机制的关系进行初步探讨。 结论:外周血单个核细胞在免疫高敏发生中的作用可能与自身抗原识别、B淋巴细胞分化增强、抗凋亡作用增强和免疫抑制药物的耐药机制有关。     

髓样细胞核分化抗原在强直性脊柱炎病人的表达

目的 通过比较强直性脊柱炎(AS)患者和健康志愿者的基因表达谱，寻找与AS相关的新基因并探讨其在病因和发病机制中的意义。方法 用含588个基因的cDNA微阵列，检测AS和健康志愿者的外周血单个核细胞的基因表达语，初步筛选出在AS中差异表达的基因，为了进一步验证cDNA微阵列差异表达基因结果，扩大各组病例数，再用RT-PCR技术同时检测、对比健康志愿者和AS患者外周血单个核细胞(PBMC)、关节液单个核细胞(SFMC)和关节滑膜细胞这些差异表达基因的变化。结果 和健康志愿者组的PBMC比较，AS病人骨髓样细胞核分化抗原(MNDA)、迁移抑制因子相关蛋白8(MRP8)和MRP14、粘附分子ICAM-1和integrin β1表达明显增高，其中MNDA和MRP8的变化相关系数为0．793。在AS的SFMC和关节滑膜细胞中，MNDA表达也显著增高(与健康志愿者组PBMC比较，P值分别为0．038和0．027)；MNDA区别AS和健康志愿者的统计学鉴别准确率达1。AS病人在接受抗TNF-α单克隆抗体治疗3个月后，MNDA在关节滑膜细胞的表达水平显著下降(P＝0．018)。结论 MNDA是AS发病过程中一个重要的并与单核／巨噬细胞致炎密切相关的免疫因子，其可能成为一种用于AS的诊断、治疗监控指标。     

乳腺癌外周血单个核细胞与间质免疫微环境的关系研究

目的探讨乳腺癌免疫微环境与外周血的关系。方法应用BRB-Array Tools软件对公共基因芯片数据库GEO中的乳腺癌间质及乳腺癌患者外周血单个核细胞基因芯片表达数据进行统计学分析,找出在乳腺癌间质及外周血单个核细胞均发生变化的基因,DAVID工具进一步分析其功能及参与的生物学通路。PINA蛋白质互作平台分析这些基因的蛋白质相互作用情况。结果比较后得到共同差异表达的103条基因,失调方向一致的基因70条,功能涉及炎症反应、髓系细胞分化、白细胞激活、抗原加工提呈等多种免疫相关的生物学过程。结论乳腺癌患者外周血单个核细胞基因表达改变,与肿瘤间质微环境具有一定相似度,有望建立基于外周血的免疫微环境分子预测,为乳腺癌的治疗靶点及预后判断的研究开辟新思路。     

慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞Toll样受体3的表达降低

目的 探讨慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞Toll样受体3(TLR3)的表达及其临床意义.方法 分别采集慢性乙型肝炎患者和健康志愿者外周血,荧光定量PCR法检测血清HBV DNA复制水平;使用RT-PCR、流式细胞术以及免疫印迹技术分别检测外周血单个核细胞TLR3的mRNA、蛋白的表达;使用ELISA法检测血清中肿瘤坏死因子α(TNF-α)和干扰素β(IFN-p)水平.结果 慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞中的TLR3表达显著低于健康志愿者,且降低水平与血清HBV DNA复制水平相关;慢性乙型肝炎患者外周血TNF-α、IFN-β浓度显著低于健康志愿者,且降低的水平与血清HBV DNA复制水平相关.结论 慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞TLR3的表达与乙肝病毒的复制水平相关.     

CML患者骨髓单个核细胞基因表达谱分析

目的 探讨慢性髓细胞性白血病(CML)的基因表达变化。方法 分别从正常人和CML患者骨髓样品中抽取骨髓单个核细胞,分离出cDNA片段,然后再逆转录成cRNA并标记后,与人的全基因组表达谱芯片杂交,ABI 1700芯片分析系统进行分析基因表达谱的差异。结果 总共发现差异表达的基因有6706个,其中与CML相关的差异基因有75个(上调19个,下调56个)。结论 全基因组寡核苷酸基因芯片在分析基因表达谱差异研究中具有广泛的应用价值。     

慢性心力衰竭患者与正常人外周血单核细胞基因的表达差异

目的应用cDNA芯片技术研究慢性心力衰竭（CHF）患者和正常对照组外周血单核细胞（PBMC）基因表达差异。方法抽提PBMC总RNA并纯化mRNA,反转录合成单链、双链cDNA后,体外转录合成cRNA。分别用cy3-dCTP和cy5-dCTP标记cRNA。将基因芯片和杂交探针变性后杂交、洗涤,并分析cy3、cy5两种荧光信号的强度和比值。结果CHF患者和正常对照组比较,共有123个表达差异相关基因,其中有102个表达上调,21个表达下调。涉及黏附分子、热休克蛋白、信号传导、细胞周期、凋亡等。结论CHF与正常人PBMC基因表达存在显著差异。进一步深入研究这些基因在CHF发生发展中的作用,对推动CHF发生的分子机制及防治研究可能有重要意义。     

慢性乙型肝炎患者外周血树突状细胞亚群相对数量特点的分析

目的分析慢性乙型病毒性肝炎患者外周血树突状细胞亚群（DC1和DC2）相对数量特点。方法采集健康人和慢性乙型肝炎患者外周静脉抗凝全血,利用荧光抗体标记和流式细胞仪检测外周血树突状细胞亚群,DC1的特异性标记为Lineage^-HLA-DR^＋CD11c^＋,DC2的特异性标记为Lineage^-HLA-DR^＋CD123^＋;电化学发光检测血清乙型肝炎病毒标志。结果慢性乙型肝炎患者外周血DC2相对数量高于健康人近两倍,但缺少统计学意义,DC1相对数量在两者间没有差别;血清HBeAg阴性慢性乙型肝炎患者外周血DC2相对数量显著增高（P=0．002）,差异存在于与HBeAg阳性患者和健康人比较中（分别D1.2=129,P〈0．01;D2．3=108,P〈0．05）,而在上述3组中DC1相对数量无差异（P=0．183）。结论慢性乙型肝炎患者外周血DC2增加与HBeAg血清转换有关,提示DC2可能有抑制病毒的作用。     

Identification of differentially expressed genes in shrimp (<Emphasis Type="Italic">Penaeus stylirostris</Emphasis>) infected with <Emphasis Type="Italic">White spot syndrome virus</Emphasis> by cDNA microarrays

Summary. White spot syndrome virus (WSSV) is currently the most important viral pathogen infecting penaeid shrimp worldwide. Although considerable progress has been made in characterizing the WSSV genome and developing detection methods, information pertaining to host genes involved in WSSV pathogenesis is limited. We examined the potential of cDNA microarray analysis to study gene expression in WSSV-infected shrimp. Shrimp cDNAs were printed as low-density arrays on glass slides and were hybridized with Cy3/Cy5 labeled probes derived from RNA isolated from healthy and WSSV-infected shrimp. Genes that code for proteins that are relevant to crustacean immunity, structural proteins, as well as proteins of unknown function were among those whose mRNA expression was altered upon WSSV infection. To validate the microarray data, the temporal expression of three differentially expressed genes, an immune gene (C-type lectin-1), a structural gene (40S ribosomal protein), and a gene involved in lipid metabolism (fatty acid binding protein) was measured in healthy and WSSV-infected shrimp by real-time RT-PCR. The data suggest that WSSV infection alters the expression of a wide array of cellular genes, and provides a framework for further studies aimed at identifying genes whose function may provide insight into the mechanism of WSSV infection in shrimp.     

基因芯片在宫颈癌、卵巢癌和乳腺癌相关基因表达研究中的运用

目的 应用基因微矩阵芯片筛查妇科恶性肿瘤相关基因表达。方法 分别提取癌组织和正常对照组织mRNA，分别用Cv3—dCTP和Cy5—dCTP经反转录荧光标记cDNA，获得两组探针，将探针混合后与基因芯片H40s(基因点数为4096点，上海联合基因公司提供)杂交，经严格洗片后用GenePix4000B扫描仪进行扫描，获得荧光信号图像，GenePixPro3．0图像处理软件对图像进行处理，获得两种组织中差异表达的基因信息。结果 在子宫颈癌组织中差异表达的基因24．61％(1008／4096)，其中表达降低(下调趋势)占11．28％(462／4096)；表达增高(上调趋势)占13．32％(546／4096)。在卵巢癌组织中差异表达的基因24．02％(984／4096)，其中表达降低(下调趋势)占12．67％(519／4096)，表达增高(上调趋势)占11．35％(465／4096)；在乳腺癌组织中差异表达的基因占9．67％(396／4096)，其中表达降低(下调趋势)占4．59％(188／4096)，表达增高(上调趋势)的5．08％(208／4096)。在3种癌组织中同时出现表达差异的基因有1．37％。结论 子宫颈癌、卵巢癌和乳腺癌有多种基因表达失衡。     

Stimulation with type I collagen induces changes in gene expression in peripheral blood mononuclear cells from patients with diffuse cutaneous systemic sclerosis (scleroderma)

An autoantigenic role for collagen type I (CI) has been suggested previously in diffuse cutaneous systemic sclerosis (dcSSc). Whether CI is indeed capable of affecting the immune system in dcSSc is not known. Patients with early (3 years or less) or late (>3 years) dcSSc and healthy controls donated blood. Peripheral blood mononuclear cells (PBMC) were cultured with or without CI, and expression of genes known for their involvement in autoimmune and inflammatory processes was assessed using cDNA arrays; results were confirmed by real‐time polymerase chain reaction and enzyme‐linked immunosorbent assay for selected genes. Patients with early and late dcSSc were similarly different from healthy controls in basal gene expression. When cultured with CI, PBMC from patients with early dcSSc differed from healthy controls in expression of 34 genes, whereas PBMC from patients with late dcSSc differed from healthy controls in expression of only 29 genes. Direct comparisons of matched PBMC samples cultured with and without CI revealed differences in expression of eight genes in healthy controls, of five genes in patients with early dcSSc, and no differences in patients with late dcSSc. Thus, PBMC from patients with dcSSc respond differently than do PBMC from healthy controls when cultured with CI. Exposure to CI in culture of PBMC from patients in the early stage of dcSSc in contrast to PBMC from patients with late‐stage dcSSc evokes a greater degree of activation of immune‐related genes, suggesting that CI is more dominant as an autoantigen in early versus late dcSSc.     

家族聚集性慢性乙型病毒性肝炎患者PBMC免疫相关的基因表达谱

目的:应用寡核苷酸基因芯片技术,研究家族聚集性HBV感染者外周血单个核细胞(PBMC)免疫相关基因的表达谱。方法:在一聚集性HBV感染家族中,选取患者5例和患者的正常配偶4例,提取PBMC中的RNA,与涵盖2.2万个EST的寡核苷酸表达谱基因芯片U133A2.0杂交,通过Affymetrix扫描仪和DNT分析软件比较患病组与对照组PBMC免疫相关基因的的表达谱,获得基因的相对表达比值。结果:在2.2万个EST中,初筛出24个免疫相关差异表达基因,7个基因表达上调,17个表达下调。上调的主要是与适应性免疫相关的基因,下调的主要是与固有免疫相关的基因。结论:宿主感染HBV后,可改变其免疫基因表达,固有免疫功能的障碍可能是HBV感染慢性化的主要原因。