ADAR1通过RNA编辑上调ZNF655表达并促进人肝癌细胞系HepG2中HBV复制

目的探讨细胞中ADAR1对锌指蛋白ZNF655的作用及其对乙肝病毒(HBV)复制的影响。方法在人肝癌细胞系HepG2细胞中,利用桑格测序验证ZNF655 3'UTR存在ADAR1 RNA编辑位点;RT-qPCR检测ADAR1和ZNF655 mRNA的表达及HBV total RNA和HBV 3.5 kb RNA的表达;双荧光素酶报告基因检测荧光素酶的相对表达;Western blot检测ADAR1和ZNF655蛋白的表达;ELISA检测ZNF655对HBV标志物HBs Ag和HBe Ag的影响。结果 ZNF655基因3'UTR上chr7:99575277位点在DNA水平为纯合型,在RNA水平为杂合型;ZNF655基因3'UTR上chr7:99575277位点的编辑型G比正常型A的荧光素酶活性显著升高(P<0.001);在转录和翻译水平,ADAR1都显著增加了ZNF655的表达(P<0.001);ZNF655对HBV的表达起到促进的作用。结论 ADAR1通过编辑ZNF655的3'UTR上的chr7:99575277位点,使编辑位点A转换成G,上调了基因的表达,进而起到对HBV复制的促进作用。     

羊水游离RNA中心脏发育共表达关键基因分析

目的 筛选孕中期羊水游离RNA转录组中心脏发育相关的共表达关键基因.方法 以正常孕妇羊水游离RNA的芯片检测结果为基础,利用加权基因共表达网络分析,建立共表达网络模块.在心脏中表达量高于机体平均表达量10倍的基因作为心脏特异性基因,通过对各共表达模块中的基因进行筛选,建立心脏特异的共表达模块.对心脏特异性共表达模块中的...     

微小RNAs与心脏发育及疾病

微小RNAs（microRNAs）是一类内源性17~25个核苷酸大小的非编码RNA分子,能调节转录后靶基因的表达,在机体的生长发育、神经分化、细胞增殖、代谢和凋亡等过程中发挥重要作用。研究表明：microRNAs参与了心脏发育,多种miRNAs (miRNA-1, 133, 206 等)基因的表达变化影响心脏的正常发育。microRNAs的水平变化与心律失常、心肌梗死、心肌重构和心力衰竭等心脏疾病的形成亦密切相关。     

长链非编码RNA对心脏发育的表观遗传学调控研究进展

<正>长链非编码RNA(long noncoding RNA or large noncoding RNA,lncRNAs)是一类转录本长度超过200 nt的功能性RNA,存在于细胞核或胞质中。lncRNAs能调节生命过程中关键基因的表达,从而影响机体正常生理发育、功能维持和异常病理过程,如神经干细胞分化发育、心脏疾病发生、肿瘤形成[]     

小鼠心脏发育相关基因调控网络的生物信息学分析

Nkx2.5,Mef2c,Gata4/5/6,Tbx5和Hand1等基因作为脊椎动物心脏发育相关基因调控网络的核心基因,对脊椎动物的心脏发育起核心调控作用.本研究主要通过对小鼠心脏发育相关核心基因的生物信息学分析,研究Nkx2.5,Mef2c,Gata4,Gata6,Tbx5和Hand1等核心转录因子之间的相互调控关系...     

小鼠心脏发育相关基因调控网络的生物信息学分析

Nkx2.5,Mef2c,Gata4/5/6,Tbx5和Hand1等基因作为脊椎动物心脏发育相关基因调控网络的核心基因,对脊椎动物的心脏发育起核心调控作用。本研究主要通过对小鼠心脏发育相关核心基因的生物信息学分析,研究Nkx2.5,Mef2c,Gata4,Gata6,Tbx5和Hand1等核心转录因子之间的相互调控关系,得到小鼠心脏发育的核心基因调控网络（GRNs）。与文献中总结的小鼠的GRNs作比较,发现Nkx2.5在小鼠心脏发育基因调控网络中的核心地位没有改变,并且Nkx2.5在网络中主要扮演了调控者的角色,它直接调控很多转录因子。Gata4是另一个主要起调控者作用的转录因子。另外小鼠的Mef2c和Hand1处于被多个转录因子调控的地位。变化比较大的是Tbx5所涉及的调控网络,主要有两点：Nkx2.5对Tbx5的表达有没有调控作用以及Tbx5对自身的表达有没有调控作用。研究表明生物信息学分析对具体实验研究有一定方向性指导意义。     

RNA编辑的研究进展

RNA编辑与拼接不同是对一些特定基因进行预定的修饰而导致其编码潜能发生改变。本文总结了6类RNA编辑的研究现状及其可能的机制。     

ADAR2通过编辑MAVS基因的3'UTR降低其在细胞中的表达

目的探讨ADAR2在细胞中对线粒体抗病毒信号蛋白MAVS表达的影响及其机制。方法用RT-qRCR检测ADAR家族在细胞中的表达、ADAR2质粒过表达效果以及MAVS的表达;焦磷酸测序验证ADAR2对MAVS的3'UTR区域位点的编辑;双荧光素酶报告质粒检测荧光素酶的相对表达;Western blot检测ADAR2和MAVS蛋白的表达。结果 ADAR家族中ADAR1丰度最高,其次ADAR2也有表达,而ADAR3的表达量很低,几乎检测不到(P0.05);ADAR2对MAVS的3'UTR区域上的chr20:3869744位点发挥RNA编辑作用(P0.001);MAVS的3'UTR编辑位点上,编辑型G比正常型A的荧光素酶活性显著降低(P0.01);在转录和翻译水平,ADAR2都显著降低了MAVS的表达(P0.05)。结论 ADAR2通过编辑MAVS的3'UTR上的chr20:3869744位点,使其发生A→G的替换,进而抑制了MAVS基因的表达。     

miRNA在心脏发育和心血管疾病中的研究进展

miRNA是内源性非编码微小RNA,长度约22个核苷酸.愈是高等生物,miRNA数量愈多,这可能是高等生物生命多样化的原因之一.而且,在不同物种之间,其序列高度保守.miRNA通过调控靶基因表达参与调控多种生物学过程,并且与疾病发生发展密切相关.近来的研究证实,miRNA广泛参与心脏发育和心血管疾病发生发展.本综述将总结miRNA在心血管发育中的作用以及在心脏疾病中的作用机制,探讨目前的miRNA的研究策略,以及miRNA作为诊断标记物和药物治疗靶点的可能性.     

RNA editing in human cancer: review

Notice of Retraction: ‘RNA editing in human cancer: review’ (APMIS 2009;117:551–7) The following article from APMIS, ‘RNA editing in human cancer: review’ by Jozef Skarda, Ninette Amariglio and Gideon Rechavi, published online (2 July 2009) in Wiley InterScience ( http://www.interscience.wiley.com ) and in Volume 117, Issue 8 (August 2009), has been retracted by agreement between the authors, the journal Editors‐in‐Chief E. Ralfkiær and B. Norrild and John Wiley & Sons A/S. The retraction has been agreed as a result of textual overlap with a paper published in the journal RNA Biology, ‘A‐to‐I RNA editing and cancer: from pathology to basic science’ by Angela Gallo and Silvia Galardi, published in Volume 5, Issue 3 (September 2008). Jozef Skarda takes full responsibility for the textual overlap.     

Nbn基因敲除小鼠小脑形态发育的变化

目的:通过观察神经特异性Nbn基因敲除(Nbn-CNS-del)和对照(Nbn-CNS-Ctr)小鼠小脑发育的形态学变化,探讨DNA损伤修复基因Nbn在小鼠小脑发育过程中的作用.方法:应用光镜连续切片和体视学方法,对出生后(P)7、 14、 21d的实验组和对照组小鼠小脑进行系统地形态学观察和定量分析.结果:Nbn-CNS-del小鼠小脑发育比Nbn-CNS-Ctr明显滞后,至P21小脑截面积约减少4倍、小脑小叶截面积约减少6倍;外颗粒细胞层截面积、体密度和小脑小叶的体密度差异有统计学意义.结论:DNA损伤修复基因Nbn是小鼠小脑发育的一个关键基因,明显影响小鼠小脑的发育与成熟.     

A survey of RNA editing in human brain

We have conducted a survey of RNA editing in human brain by comparing sequences of clones from a human brain cDNA library to the reference human genome sequence and to genomic DNA from the same individual. In the RNA sample from which the library was constructed, approximately 1:2000 nucleotides were edited out of >3 Mb surveyed. All edits were adenosine to inosine (A-->I) and were predominantly in intronic and in intergenic RNAs. No edits were found in translated exons and few in untranslated exons. Most edits were in high-copy-number repeats, usually Alus. Analysis of the genome in the vicinity of edited sequences strongly supports the idea that formation of intramolecular double-stranded RNA with an inverted copy underlies most A-->I editing. The likelihood of editing is increased by the presence of two inverted copies of a sequence within the same intron, proximity of the two sequences to each other (preferably within 2 kb), and by a high density of inverted copies in the vicinity. Editing exhibits sequence preferences and is less likely at an adenosine 3' to a guanosine and more likely at an adenosine 5' to a guanosine. Simulation by BLAST alignment of the double-stranded RNA molecules that underlie known edits indicates that there is a greater likelihood of A-->I editing at A:C mismatches than editing at other mismatches or at A:U matches. However, because A:U matches in double-stranded RNA are more common than all mismatches, overall the likely effect of editing is to increase the number of mismatches in double-stranded RNA.