基于ISSR标记的香附种质资源遗传多样性分析

目的建立香附ISSR分子标记的方法,对10个不同种源香附的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用ISSR分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对不同种源香附进行遗传多样性和聚类分析。结果从51条ISSR引物中筛选出14条扩增条带清晰且重复性好的引物,共扩增出116条带,其中多态性条带106个,总多态位点百分率(PPB)为91.7%; Nei's基因多样性指数(H)为0.309 8,Shannon's多态性信息指数(I)为0.471 3;种源间遗传相似度范围在0.396 6～0.801 6,遗传距离范围在0.298 9～0.882 3;根据ISSR聚类分析结果可将10个不同种源的香附分为2大类群。结论 ISSR可作为研究香附遗传多样性及遗传分化的有效标记。香附种质资源间具有很高的多态性,遗传多样性水平较为丰富;遗传亲缘关系与产地具有一定的相关性,但地理位置不是唯一主导因素。     

赤芝全基因组SSR位点的筛选及种质资源遗传多样性分析

目的:基于赤芝全基因组序列开发SSR标记,研究其种质资源遗传多样性,为赤芝种质资源品种鉴定和分子育种提供理论基础。方法:利用60对SSR引物,对26份不同来源的赤芝菌株进行扩增以筛选出具有多态性的位点;采用毛细管电泳对其进行基因分型,并分析菌株间的遗传多样性。结果:60对引物中,筛选出24个有多态性条带的SSR位点。共扩增出269个多态性条带,平均每个SSR位点增出11.20个多态性条带;检测出150个等位基因,平均检测出6.23种基因型;各引物的多态信息含量(PIC)为0.57～0.91,平均为0.81;遗传一致性和遗传距离变异范围分别为0.28～0.95和0.06～0.73;聚类分析结果分析可以很好的反映出各个菌株间的亲缘关系,在遗传距离系数0.17处可分为4大类,部分来自同一地区的菌株材料分散于各个分支,未体现明显地域性,说明菌株的遗传背景复杂,多态性高。结论:筛选出的24个赤芝SSR位点,可以用于赤芝菌株资源遗传多样性分析,为赤芝优良品种的引种及选育提供理论基础。     

广西草珊瑚种质资源遗传多样性的AFLP分析

目的探索广西草珊瑚Sarcandra glabra种质资源的遗传多样性,为草珊瑚及其他中药种质资源保护、亲缘关系研究、品种选育和引种栽培提供分子生物学依据。方法利用AFLP标记对来自广西不同产地的18份草珊瑚开展遗传多样性分析,采用NTSYS软件进行聚类和主坐标分析。结果从64对AFLP引物组合中筛选出8对用于扩增,共获得319条清晰可辨条带,其中多态性条带251条,多态性位点百分率为78.68%。聚类和主坐标分析表明广西草珊瑚种质资源的遗传基础存在一定的多样性,但遗传相似性系数(0.630 3～0.836 6)较大,遗传距离较近。结论广西草珊瑚种质资源的遗传多样性偏低,应该尽快采取相应措施,对草珊瑚资源进行合理保护。     

三叶青种质资源遗传多样性的SSR荧光标记分析

目的研究三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系。方法利用SSR荧光标记对其进行PCR扩增,利用POPGENE32软件分析三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系,利用UPGMA法构建其亲缘关系树状图,利用NTSYS软件构建其主成分分析二维图和三维散点图。结果从14对引物中筛选出8对条带清晰、重复性好的引物,对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。8个SSR标记的观察等位基因数(Na)变化范围为3～13,均值为7.875 0;有效等位基因数(Ne)变化范围为1.424 9～6.087 4,均值3.605 2;Shannon信息指数(I)变化范围为0.689 5～2.082 4,均值1.424 0;观测杂合度(Ho)变化范围为0.206 3～0.734 4,均值0.524 7;期望杂合度(He)变化范围为0.300 6～0.842 4,均值0.658 4;Nei’s基因多样性(H)0.298 2～0.835 7,均值0.653 2;多态信息含量(PIC)变化范围为0.288 0～0.817 5,均值0.614 5,遗传相似系数变化范围为0.115 4～0.954 5,遗传距离变化范围为0.000 0～3.218 1,说明64份三叶青种质亲缘关系较远,遗传分化程度较大。在遗传距离1.018 9处,64份三叶青种质可分为5大组。结论地理差异与种质遗传差异无必然联系。三叶青种质资源具有丰富的遗传多样性,SSR荧光标记分析结果可为三叶青种质资源的利用和品种选育提供一定的参考。     

不同产地丹参药材的ISSR分析与鉴别

目的对不同产地丹参药材的亲缘关系进行分析研究,建立具有鉴别意义的DNA指纹图谱。方法采用ISSR分子标记对丹参药材的基因组DNA进行PCR扩增,利用NTSYS-pc2.1和POPGENE 1.32软件分析不同产地药材间的亲缘关系,构建树系图。结果从66条ISSR引物中筛选出两条具有鉴别意义的多态性引物,在11个不同产地的丹参药材中共得到32位点,1条是单态的,31条是多态的,多态性位点达96.88%,遗传距离在0.1699～1.0678,平均为0.4712。结论不同产地的丹参药材间遗传分化明显,具有丰富的遗传多样性,但是遗传分化与地理关系没有表现出相关性。ISSR标记可以作为不同产地丹参药材鉴别的有效分子标记。     

莪术不同种和居群的ISSR-PCR分析

目的：应用ISSR-PCR标记技术研究不同种及居群莪术的亲缘关系和遗传多样性。方法：对蓬莪术、广西莪术和温郁金共8个居群的37个样本进行ISSR-PCR分析，用POPGEN32软件分析其遗传相似系数及遗传距离，UPGMA方法聚类，构建亲缘关系系统图。结果：5条引物共扩增出65个位点，其中34个位点是多态性位点，多态位点百分率为52.3％。遗传相似系数变化范围0.686 4～0.999 7。Nei's基因多样性(H)指数为0.152 1，Shannon信息指数(I)为0.233 8，莪术种内的遗传多样性低于种间。结论：莪术居群间的遗传变异较大，而居群内部的分化程度很低。不同居群的莪术与种的特性和地理分布有一定相关性，为莪术的品种鉴定及栽培育种提供了分子生物学依据。     

不同产地温莪术遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析＊

目的 采用简单序列重复区间（ISSR）分子标记技术分析不同产地温莪术的遗传多样性和亲缘关系。方法 以3个产地8个温莪术居群的42个样品为材料，从20条ISSR引物中筛选出6条进行PCR扩增，扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测后，利用PopGene 32软件对不同居群ISSR标记结果进行多态性分析，通过UPGMA方法聚类并构建亲缘关系树。结果 6条引物共扩增出 42 个多态性位点，居群水平多态位点平均百分率为29.17%。居群间遗传分化系数Gst为0.3886，居群间每代个体的基因流系数（Nm）为 0.7868。8个居群遗传一致性范围为 0.8481-0.9736，遗传距离范围为 0.0268-0.1647。结论 供试8个温莪术居群之间的遗传多样性水平偏低，遗传变异较少，基因流动性水平较低。本研究的开展为温莪术的引种栽培及育种提供了一定的分子生物学依据。     

金线莲RAPD-SCAR标记的开发和种质遗传多样性评价

目的研究不同种质资源金线莲Anoectochilus roxburghii的遗传进化关系,开发高效、实用的分子标记方法。方法在20个不同产地金线莲种质资源的基础上开发RAPD标记,并将其换成特异SCAR标记。结果从100条RAPD随机引物中筛选出28条具有显著多态性的引物,扩增得到135条多态性位点。RAPD聚类分析显示,当20个金线莲种质资源平均遗传距离为0.748时,可以聚为6类,同一区域起源金线莲基本归为一类,表明不同区域金线莲种质资源存在着显著遗传差异。在此基础上,从多态性RAPD条带中挑选出5个特异位点转换为SCAR标记,并在不同金线莲种质资源中进行验证,结果显示5条SCAR标记具有显著的种质资源特异性和扩增模式。结论所筛选的特异RAPD-SCAR标记为加快金线莲优良品种选育进程奠定坚实基础。     

西伯利亚蓼EST-SSR引物开发和国内资源的遗传背景分析

目的:评价国内西伯利亚蓼资源的遗传分化程度,为种群分化、物种进化、资源保护和药材品质保障提供科学依据。方法:从国内4个省份13个采样点采集56份西伯利亚蓼,开发并筛选多态性EST-SSR标记,结合相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记扩增结果,通过计算遗传距离和聚类分析,评价不同生态分布区域内西伯利亚蓼的遗传分化程度。结果:开发的45对EST-SSR引物中,38对引物有扩增产物,共扩增出660个条带,其中17对引物产生的多态性条带比率为100%,共扩增出多态性条带303条。96对SRAP通用引物中,67对引物有扩增产物,共扩增出1 347个条带,其中58对引物产生的多态性条带比率为100%,共扩增出多态性条带1 147条。种群遗传距离计算和聚类分析结果表明,西伯利亚蓼种群内和种群间均有遗传分化,分布区域相隔越远,遗传分化程度越高。结论:地理位置隔离、海拔高度均影响了国内西伯利亚蓼种质资源的分布和分化,人类活动可能也对其有影响。     

新疆荒地阿魏遗传多样性的ISSR分析

目的研究新疆荒地阿魏Ferula syreitschikowii种质资源的亲缘关系及遗传多样性。方法以96份新疆荒地阿魏种质资源为材料,从33条ISSR引物中筛选出条带清晰、多态性好的引物15条,进行ISSR分子标记分析。结果共扩增获得292条完整、清晰的谱带,其中多态性条带为289条,多态位点比率为99.01%,表明新疆荒地阿魏种质资源多态性较高,具有较高的遗传多样性。经相关统计软件计算结果分析,平均有效等位基因数为1.725 6,平均Nei’s基因多样性指数为0.404 8,平均Shannon’s信息指数为0.587 9,遗传相似性系数为0.500 0～0.828 7。UPGMA聚类结果显示96份材料分为2个类群13个亚类,能够将不同来源的种质资源区分开来。结论从分子水平上揭示了新疆荒地阿魏地理分布与种质资源间的亲缘关系及较高的遗传多样性,为荒地阿魏品种鉴定提供相关依据。     

基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。     

不同产地菘蓝ISSR分析与鉴定

目的应用ISSR-PCR标记技术探讨不同产地菘蓝的遗传多样性,为其种质鉴定及育种提供参考。方法对采自全国不同地区的菘蓝及其变异类型的23份样本进行ISSR-PCR分析,采用NTSYS-pc软件计算Jaccard遗传相似系数,按非加权配对算术平均法(UPGMA)建立所研究类群的系统聚类图。结果 10条引物共扩增出109个条带,其中多态性条带为88条,占总扩增条带数的80.7%,菘蓝种质具有较丰富的遗传多样性。从聚类分析图可以看出,所研究样本聚为3支,第1支包括绝大多数样本,第2支为一被毛变异类型,第3支相距最远,从相似度0.62处即被分开,表明为一独立类群。结论 ISSR标记可以为菘蓝的种质资源鉴定、遗传关系分析及栽培育种提供分子生物学依据。     

基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 研究裸花紫珠Callicarpa nudiflora种质资源遗传多样性,为其种质资源鉴定及优异种质筛选提供依据。方法 采用SSR分子标记技术,探究103份裸花紫珠种质遗传多样性,基于遗传距离进行UPGMA聚类分析,以SSR扩增条带为基础建立供试材料扩增条带DNA指纹图谱。结果 14对引物共扩增出92个等位基因（number of alleles,Na）,有效等位基因（effective number of alleles,Ne）占比39.37%。平均多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）为0.468 2,6对引物具有高度多态性（PIC>0.5),6对具有中度多态性（0.25相似文献   

基于SSR标记与化学成分构建十堰地区天师栗核心种质库＊

目的 利用筛选出十堰的天师栗中高多态性SSR位点评价天师栗种质资源的遗传多样性，结合有效药用成分含量，构建十堰地区天师栗核心种质库。方法 收集十堰地区114份天师栗种质资源，以七叶树基因组为参考，采用荧光毛细管电泳筛选出高多态性SSR位点，对天师栗种质资源进行遗传多样性分析。利用HPLC测定不同种质干燥娑罗子中七叶皂苷的含量。采用最小距离逐步聚类取样策略（LDSS），根据遗传多样性保留程度初步筛选出核心种质，并对该核心种质与原始种质的遗传多样性参数进行T检验，选择与原种质差异不显著的核心种质为最佳核心种质。结果 筛选出13对高多态性SSR分子标记，遗传多样性评价结果表明十堰地区天师栗种质资源遗传多样性较高，遗传分化较小，存在着较大的基因流，114份种质资源未分为不同的亚群，周家坝和辽叶居群间具有较近的遗传亲缘关系，且周家坝居群娑罗子中的七叶皂苷A及七叶皂苷B含量普遍较高。最终筛选出的核心种质共23份，占总种质资源的20.17%，其中周家坝12份样本、辽叶6份样本、普龄5份样本。结论 将SSR分子标记与主要有效药用成分结合，采用LDSS取样策略构建十堰地区天师栗种质资源核心种质库的方法具有可行性，能够有效的保存与管理天师栗种质资源，也为当地天师栗品种改良、新品种选育研究等提供了研究基础。     

栝楼SRAP引物筛选及遗传多样性分析

目的 分析不同来源栝楼Trichosanthes资源群体的遗传结构和自然亚群间基因漂移分析以及资源的遗传多样性，为栝楼育种奠定基础。方法 从100对相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism,SRAP）引物中筛选出扩增效果好、稳定性高的43对引物对13个来源于3个自然亚群的栝楼资源进行扩增，进行不同亚群间和品种之间的遗传结构和多样性分析。结果 共扩增出691个位点，其中多态性位点百分率达到79.16%，整个群体的多态性信息含量（polymorphic information content,PIC）、观察等位基因数（observing the number of alleles,Na）、有效等位基因数（effective number of alleles,Ne）、香农信息指数（Shannon information index,I）和遗传距离（genetic distance,H）依次为0.495 5、1.791 6、1.374 6、0.359 4和0.231 6,3个自然亚群中其他野生类群的遗传丰富度最高，潜山和合肥自然亚群之...     

多花黄精转录组SSR位点分析及分子标记开发

目的基于转录组测序数据鉴别和分析多花黄精EST-SSR位点,开发可用于多花黄精种质资源评价与利用的SSR标记。方法利用MISA工具从多花黄精转录组126 544条Unigenes中鉴定SSR位点并进行分析;利用Primer 3.0设计SSR引物,随机选择50对SSR引物进行有效性验证。结果从9 982条Unigenes中鉴定出12 317个包含2～6个核苷酸重复类型的SSR位点,SSR的分布频率为9.73%,发生频率为1/5.91 kb;SSR位点中的主导类型是二核苷酸重复,占总SSR的53.14%,其次是三核苷酸重复,占33.31%。SSR引物的有效性筛选显示,50个SSR引物对中有29个(58%)可从多花黄精中扩增出预期大小的SSR条带。SSR荧光标记的毛细管电泳检测显示在多花黄精的7个SSR位点共鉴定出了9种基因型,进一步验证了SSR引物的有效性。结论多花黄精转录组SSR位点出现频率高,重复类型丰富,多态性较高,这将为多花黄精遗传多样性分析和遗传图谱构建提供大量有价值的候选标记,也可为黄精属内种间物种的分子鉴别、多花黄精优良品种的分子辅助育种提供技术手段。     

69份苦玄参种质SSR遗传多样性及品质性状相关标记分析

目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术对广西苦玄参主产区69份苦玄参种质样本进行遗传多样性及亲缘关系分析,并筛选与苦玄参苷含量相关联的优良种质基因。为苦玄参种质资源评价、遗传进化分析及分子标记辅助育种等提供依据。方法:基于转录组测序技术,开发20对引物进行批量扩增。利用各标记位点的遗传多态信息,分析69份苦玄参种质的遗传多样性及亲缘关系,并通过一元线性和多元逐步回归分析,筛选与苦玄参苷含量相关联的分子标记。结果:20对SSR引物共扩增出76个等位基因,平均每个位点观测等位基因3.8个,高于有效等位基因数(1.9692个),稀有等位基因率为38.2%,等位基因分布不均匀。等位基因多态率范围为0~59%,平均38.24%,各位点多态率差异较大。各位点多态信息含量(PIC)变化范围为0~0.6211,平均0.3780;Shannon多态性信息指数变化范围为0~1.2401,平均0.7590;Nei’s基因多样性指数(Nei)变化范围为0~0.6823,平均0.4409;以上3个指标最高的为P21,最低为P7,各位点遗传多样性存在较大差异。各位点平均观测杂合度为0.3824,低于平均期望杂合度(0.4425),表现为杂合子缺失;平均遗传分化系数Fst为0.3659;基因流Nm平均值为0.4332,种质遗传分化较大,基因流较小。一元线性回归分析和多元逐步回归分析结果表明,与苦玄参苷IA和IB相关的位点各有5个,其中仅有1个位点与2个成分的含量均相关。结论:20个SSR标记位点遗传多样性存在较大的差异,供试69份种质遗传分化大,基因流较小;从供试20个SSR标记中筛选出9个与苦玄参苷含量相关联的标记位点,试验结果可为苦玄参遗传进化分析及良种选育和繁育等提供依据。     

三叶青种质资源遗传多样性的ISSR分析

目的对我国三叶青种质资源64个样本的遗传多样性进行分析。方法利用ISSR-PCR技术进行扩增,然后利用POPGENE 32软件及NTSYS软件分析三叶青种质资源64个样本的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从30条引物中筛选出10条条带清晰、重复性好的引物对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。扩增出了83个多态位点,多态百分数为71.43%～100.00%,平均多态百分数为94.31%,引物S17扩增得到的多态位点最多,为11个;引物P6扩增得到的多态位点最少,为5个,10条引物扩增得到的多态位点平均为8.3个;遗传多样性分析显示,平均检测等位基因数(N_a)为1.943 1,平均有效等位基因数(N_e)为1.381 08,64个样本的平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.242 98,平均Shannon多样性指数(I)为0.385 83。64个样本遗传相似系数的变异范围为0.431 8～0.988 6。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在遗传相似性系数为0.715 5处,64份供试材料可分为6组;另外,根据10个ISSR引物的扩增结果,筛选出引物ISSR 20、UBC857和S17扩增的DNA指纹图谱可用于64个三叶青样本种质的鉴定。结论我国三叶青种质资源拥有丰富的遗传多样性和基因的相对稳定性,ISSR分析可揭示我国三叶青种质资源间的亲缘关系,为评价、鉴定和新品种选育提供一定的参考依据。     

不同产地独蒜兰种质资源的遗传多样性分析

目的对我国不同产区的23份独蒜兰的遗传多样性进行分析,为后续资源利用奠定基础。方法利用ISSR分子标记技术和类平均法(UPGMA)对23份独蒜兰资源进行PCR扩增和数据分析。结果从100条ISSR引物中筛选出12条多态性较好的引物,在23份独蒜兰资源中扩增出86条DNA片段,其中多态性片段80条,多态位点百分率(PPB)为93.0%。23份独蒜兰资源被划分为2个类群,同一地区来源的大部分资源聚在同一类群或亚类群,也存在不同地区来源的资源间遗传关系较近的情况。结论 ISSR标记可为独蒜兰种质资源鉴定、遗传关系分析及品种培育提供一定依据。