特异性亲环素A结合法测定环孢素血药浓度

 目的 建立测定全血中环孢素A(CsA)浓度的亲环素A结合法。方法 利用重组人亲环素A(rhCyPA)作为结合蛋白,³H-CsA 作示踪剂,活性炭吸附分离结合的与游离的两相,测定结合相的放射性。结果 方法的有效测定范围为50～1600 ng·ml^-1,批内(n=8) RSD 为8.2%,批间(n=6) RSD 为10.6%,标本提取与测定方法的全程回收率为104%(240 ng·ml^-1)和106%(764 ng·ml^-1),测定结果与FPIA法高度相关(r=0.96;P＜0.001)。对几种 CsA 类似物与 CyPA 的亲和力进行测定的结果表明,其亲和力CsA＞CsC＞CsD＞CsB。结论 测定 CsA 浓度的亲环素A结合法灵敏,重复性和稳定性好,适用于临床血药浓度的测定。     

新疆紫草AP2/ERF转录因子的电子克隆和生物信息学分析

应用电子克隆技术,以紫草AP2/ERF序列为探针,获得了新疆紫草的1条876 bp AP2/ERF的序列,包含1个1 077 bp的开放阅读框编码205个氨基酸,命名为AeAP2/ERF。采用生物信息学方法,对该基因所编码的蛋白从氨基酸组成、理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、疏水性/亲水性、高级结构及功能域等方面进行预测和分析,结果显示该基因编码蛋白定位于细胞核,为水溶性蛋白,可以调控代谢、转导信号。     

黄芩葡萄糖醛酸水解酶基因的克隆、生物信息学分析及表达

该文从黄芩叶中提取总RNA,利用RT-PCR技术克隆了葡萄糖醛酸水解酶基因(sbGUS)的全长(GeneBank登录号KR364726)。该基因全长1584 bp,含有1个完整的开放阅读框,编码527个氨基酸,为不稳定亲水蛋白。生物信息学分析结果显示sbGUS编码蛋白分子质量为58.7248 kDa,等电点pI 5.55,含有信号肽和1个跨膜区,具有1个水解酶超级家族结构域1个未整合的转移糖苷酶催化结构域。二级结构中α-螺旋(Alpha helix)占25.62%,延伸链(extended strand)占28.84%,β-转角(Beta turm)占13.28%,无规卷曲(random coil)占32.26%。序列比对和系统进化分析表明, sbGUS基因与黄芩(BAA97804.1)核苷酸相似性为98.93%、氨基酸相似性为98.29%,在9个位置氨基酸不同。实时荧光定量PCR检测sbGUS在根中表达丰度最高,其次为花和茎,在叶中表达量最低。这为进一步鉴定sbGUS的功能及开展黄芩素的合成生物学研究奠定基础。     

广藿香醇合成酶基因Pc-PTS_1的克隆和生物信息学分析

目的:从广藿香总RNA中克隆广藿香醇合成酶基因(Pc-PTS_1),并对其进行生物信息学分析。方法:利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和c DNA末端快速扩增技术(RACE)获得广藿香倍半萜合成酶基因Pc-PTS_1的cDNA全长序列,并利用生物信息学软件对该序列进行相似性和同源性分析,预测其编码蛋白的结构和功能。结果:广藿香倍半萜合成酶基因Pc-PTS_1的开放阅读框(ORF)全长1 713 bp,编码570个氨基酸,含有DDXXD保守序列,并与其他倍半萜合成酶基因具有较高相似性。结论:Pc-PTS_1的克隆及其生物信息学分析为其他倍半萜类合成酶基因的发现和研究提供参考,从分子生物学角度阐释其生物学功能,也为进一步研究其生物合成调控机制奠定基础。     

脑心通胶囊联合西药治疗急性脑梗死疗效及对血清亲环素A 的影响

目的：观察脑心通胶囊联合西药治疗急性脑梗死（ACI）的疗效及对血清亲环素A(Cy PA)的影响。方法：选取90例ACI患者,按随机数字表法分为对照组与治疗组各45例。对照组采取西药治疗,治疗组在对照组基础上加用脑心通胶囊治疗,2组均连续治疗2周。比较2组临床疗效,比较2组治疗前后凝血功能指标[血清凝血酶时间（PT）、D-二聚体（DD）、活化部分凝血活酶时间（APTT）]与美国国立卫生研究院卒中量表（NIHSS）评分和Barthel指数评分、炎症因子[单核细胞趋化蛋白1 (MCP-1)、超敏C-反应蛋白（hs-CRP）、CyPA水平]的变化,观察2组不良反应发生率。结果：治疗组临床疗效总有效率为97.78%,对照组为82.22%,2组比较,差异有统计学意义（P<0.05）。治疗后,2组PT、APTT指标值均较治疗前升高,D-二聚体指标值均较治疗前下降（P<0.05）;治疗后,治疗组PT、APTT指标值均高于对照组,D-二聚体指标值低于对照组,差异均有统计学意义（P<0.05）。治疗后,2组NIHSS评分均较治疗前下降（P<0.05）,Barthel指数均较治疗前上...     

滇龙胆环烯醚萜氧化酶基因及启动子的克隆与生物信息学分析

目的从滇龙胆叶片中克隆单萜合成关键酶环烯醚萜氧化酶(GrIDO)基因及其启动子序列,并进行序列分析。方法根据滇龙胆转录组GrIDO基因序列设计基因特异性引物,使用RT-PCR方法克隆GrIDO基因的开放阅读框(open reading frame,ORF)序列,基于在线软件对GrIDO基因序列进行生物信息学分析。同时,根据GrIDO基因ORF序列,设计特异性引物,采用PCR法对该基因启动子序列进行扩增,并进行序列分析。结果 GrIDO基因(GenBank登录号KP722034)ORF全长1 557 bp,编码518个氨基酸;GrIDO蛋白相对分子质量58 920,理论等电点8.40,属于细胞色素P450超家族成员,可能定位于叶绿体;无信号肽,为亲水不稳定蛋白,主要由α-螺旋(51.07%)和环(42.69%)构成;GrIDO蛋白与长春花CrIDO蛋白具有较高的相似性(85.83%),且亲缘关系较近。GrIDO基因启动子(GenBank登录号KT428570)长720 bp,具有TATA-box和CAAT-box,还具有参与脱落酸和茉莉酸甲酯应答的顺式作用元件、光应答元件和MYB结合位点。结论GrIDO基因表达受多种因素调控。克隆了GrIDO基因ORF及其启动子,为GrIDO基因的功能验证奠定基础。     

黄芩查耳酮异构酶基因的克隆和生物信息学分析

目的从黄芩愈伤组织中克隆查耳酮异构酶(CHI)基因,并对其进行生物信息学分析。方法从黄芩愈伤组织中提取RNA,反转录为cDNA,设计特异性引物,克隆得到黄芩查耳酮异构酶(sbCHI)基因。通过生物信息学对该基因蛋白的特征进行分析,使用MEGA5.1构建sbCHI与相关物种查耳酮异构酶基因的系统进化树。结果获得sbCHI基因(GeneBank登录号KP064512)全长648 bp,含有1个完整的开放阅读框,编码215个氨基酸。为不稳定亲水性蛋白,sbCHI编码蛋白相对分子质量为22 980,等电点(pI)为5.09,不含信号肽,无跨膜区,具有1个查耳酮超级家族的保守结构域。二级结构中α-螺旋(alpha helix)占37.21%、β-延伸(β-extended)占23.25%、无规则卷曲(random coil)占39.54%。同源性分析显示,sbCHI基冈与黄芩(ADQ13184.1)核苷酸序列相似性为99.69%、氨基酸序列相似性为99.07%,仅在第31、160位不同。结论成功从黄芩愈伤组织中克隆得到sbCHI,为进一步鉴定sbCHI基因的功能及黄芩苷的合成生物学研究提供基础。     

新活素联合左西孟旦治疗急性心力衰竭疗效及对血清尾加压素Ⅱ、亲环素A的影响

目的观察新活素联合左西孟旦治疗急性心力衰竭的临床疗效及对患者血清尾加压素Ⅱ、亲环素A水平的影响,探讨其可能作用机制。方法将60例急性心力衰竭患者随机分成观察组30例与对照组30例。观察组给予新活素联合左西孟旦治疗,对照组单用左西孟旦治疗,于治疗第7天对2组疗效进行评估,并记录可能出现的不良反应。治疗前后采用超声心动图检测左室射血分数(LVEF)、心脏指数(CI)、心排血量(CO),采用酶联免疫吸附法检测血清尾加压素Ⅱ、亲环素A水平。结果观察组总有效率为93.3%(28/30),明显高于对照组的70.0%(21/30),差异有统计学意义(P0.05)。2组治疗后LVEF、CI、CO均显著增高(P均0.05),且均以观察组增高更明显(P均0.05)。2组治疗后血清尾加压素Ⅱ水平均显著升高(P均0.05),血清亲环素A水平均较显著降低(P均0.05),且均以观察组变化更明显(P均0.05)。2组不良反应发生率比较差异无统计学意义(P0.05)。结论新活素联合左西孟旦治疗急性心力衰竭可能通过调节血清尾加压素Ⅱ、亲环素A水平促进患者心功能改善,提高急性心力衰竭的临床治疗效果。     

丹参SmNAC1基因的克隆和生物信息学分析

为了研究丹参中特有的NAC转录子在丹参生长发育、激素调节和抗逆胁迫应答调节中的功能,对丹参NAC转录因子进行了克隆和分析。根据丹参毛状根cDNA文库中筛选到的NAC EST序列,克隆了丹参SmNAC1的cDNA全长序列。生物信息学分析显示基因的开放阅读框591 bp,编码166个氨基酸,相对分子质量21.66 kDa,等电点4.36 Genbank kF006346。SmNAC1蛋白的N-端具有保守的NAC_AB结构域,C-端高度变异。根据软件预测SmNAC1可能定位在细胞核。qRT-PCR分析YE+Ag⁺处理后SmNAC1在丹参毛状根中的表达变化,处理后2 h表达量上调至对照的1.5倍,4~12 h保持2倍的表达量,36 h时下降至对照水平以下,推测SmNAC1可能参与了丹参毛状根对YE+Ag⁺的胁迫应答调节。     

浙贝母肌动蛋白基因的克隆及生物信息学分析

目的克隆浙贝母Fritillaria thunbergii Miq.肌动蛋白(Actin)基因,并进行生物信息学分析。方法提取浙贝母根、茎、叶、花、鳞茎总RNA,设计合成简并引物。以叶片总RNA为模板,通过RT-PCR和Ta克隆技术克隆Actin基因保守区序列片段。以该基因为内参基因,对3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因进行组织特异性表达分析。结果经RT-PCR扩增和Ta克隆,得到1段基因序列(463 bp)。浙贝母Actin基因与岷江百合、郁金香、虎眼万年青、铁皮石斛、柿子、光皮桦、玉米相似度较高(84%~98%),其氨基酸序列与阿帝露茅膏菜、甘蓝型油菜、香草兰、岷江百合、麻疯树、枸杞、红海榄的同源性均在89%以上,并且其Actin蛋白与百脉根、岷江百合、郁金香亲缘关系较近。HMGR基因在该植物各部位表达有显著差异,依次为鳞茎花叶茎根。结论首次从浙贝母中克隆出Actin基因(命名为Ft Actin),可为其有效利用奠定基础。     

竹节参鲨烯环氧酶基因的克隆及生物信息学分析

目的 克隆竹节参Panax japonicus鲨烯环氧酶基因（squalene epoxidase,PjSE）的全长cDNA序列,进行生物信息学分析和原核表达。方法 设计特异性引物,从竹节参中克隆得到PjSE序列;以PjSE基因序列作为输入数据,利用多序列同源比对等生物信息学分析工具进行序列分析;构建重组原核表达载体pCold-PjSE,转化至大肠杆菌BL21(DE3)中进行蛋白诱导表达;采用实时荧光定量PCR技术分析该基因在竹节参不同组织中的相对表达量。结果 PjSE基因开放阅读框长度为1884 bp,编码627个氨基酸,PjSE蛋白相对分子质量为68 639.49,初步预测其具有跨膜结构域,可能定位在叶绿体上;聚丙烯凝胶电泳结果显示诱导表达蛋白的相对分子质量大小与预期结果一致;该基因在竹节参叶中表达量最高,须根次之,根中表达量最低。结论 PjSE基因的克隆、生信分析及原核表达研究,不仅有助于丰富竹节参中该类功能蛋白的种类和数量,完善竹节参皂苷类成分的生物合成途径,也为后期开展竹节参皂苷的异源合成提供了可供选择的关键基因元件。     

广藿香青枯病菌致病相关基因RsgidA的克隆及生物信息学分析

目的对广藿香青枯菌菌株PRS-84的致病相关基因RsgidA进行克隆及生物信息学分析。方法以广藿香青枯病菌Tn5转座子插入的低致病力突变株PRS-84-4-7为材料,对广藿香进行致病性实验;以Tn5转座子序列为基础,对突变株PRS-84-4-7的基因组进行反向PCR扩增,克隆转座子插入位点的侧翼序列;根据序列的同源基因设计特异性引物,对野生菌株PRS-84的基因组进行PCR扩增,对克隆获得的目标基因序列进行生物信息学分析。结果低致病力突变株PRS-84-4-7对广藿香的致病性不明显。成功获得了低致病力突变株转座子插入位点的侧翼序列,该序列与gidA基因的相似度最高,将插入位点基因命名为广藿香青枯病菌RsgidA基因。从野生菌株PRS-84中克隆了致病相关基因RsgidA,全长1881bp,编码626个氨基酸。系统进化分析显示,RsgidA基因编码蛋白与植物病原中丁香假单胞菌Pseudomonassyringae的GidA蛋白亲缘关系较近。结论从广藿香青枯病菌菌株PRS-84中成功克隆了致病相关基因RsgidA,为了解青枯病菌的致病机制、研究新的防治广藿香青枯病的方法奠定了基础。     

滇龙胆香叶醇-10-羟化酶基因克隆、生物信息学分析和表达

目的克隆滇龙胆Gentiana rigescens香叶醇-10-羟化酶(geraniol-10-hydroxylase,G10H)基因,对其进行定量表达以及生物信息学分析。方法采用PCR技术获得G10H的c DNA序列,对G10H蛋白进行理化性质、二级结构和三级结构等生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR方法检测G10H基因在滇龙胆根、茎、叶中的表达情况。结果克隆得到滇龙胆G10H基因,全长为1 400 bp,ORF 1 248 bp,编码415个氨基酸。生物信息学预测该基因编码蛋白质分子式为C_(2131)H_(3390)N_(586)O_(615)S_(17),等电点为7.62,不稳定系数为44.20,疏水性系数GRAVY为-0.245。G10H基因在滇龙胆根、茎、叶中均有表达,其中在根中表达量最高,茎中最低。结论首次从滇龙胆中克隆得到了G10H基因,为进一步阐明该基因的羟基化功能在滇龙胆龙胆苦苷生物合成途径中的重要作用奠定基础。     

半夏凝集素基因的克隆、生物信息学分析及其蛋白的亚细胞定位

目的 克隆半夏凝集素基因,并对其进行生物信息学分析和亚细胞定位。方法 以半夏Pinellia ternata新鲜叶片的DNA为模板,根据Genbank上的半夏凝集素的基因序列（GU593718.1）设计引物,克隆了半夏凝集素（PTA）基因,并构建植物表达载体pI1300-CaMV35S-PTA-GFP,在农杆菌GV3101中进行表达且观察了其在烟草中瞬时表达。结果 所克隆的PTA的开放阅读框为810 bp,其编码269个氨基酸;具有1条信号肽、2个B-lectin保守区域和3个甘露糖结合基序;PTA氨基酸序列与NCBI中所报道的半夏、掌叶半夏P. pedatisecta、滴水珠P. cordata凝集素的氨基酸序列的同源性分别达到97%、85%和83%;初步推测其定位于膜上,现已在NCBI中登记（登录号KF154979）。结论 本实验通过对半夏凝集素的生物信息学分析和亚细胞定位分析,为进一步研究半夏凝集素的抗病虫害机制奠定了基础。     

罗马洋甘菊吉马烯A合成酶基因的克隆与表达分析

目的从罗马洋甘菊Chamaemelum nobile中克隆萜类化合物合成关键酶吉马烯A合成酶(germacrene A synthase,GAS)cDNA全长,并对其进行生物信息学和组织表达分析。方法基于前期对罗马洋甘菊转录组测序结果,设计特异性引物,利用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增得到GAS的cDNA全长,利用生物信息学手段对其核苷酸和编码的氨基酸序列进行分析,并预测其编码的蛋白质的理化性质和功能。通过实时定量PCR技术(qRT-PCR)检测罗马洋甘菊GAS基因(CnGAS)在罗马洋甘菊不同组织的表达水平。结果扩增得到的罗马洋甘菊吉马烯A合成酶基因的cDNA全长为1 785 bp,命名为CnGAS(GenBank登录号为KU589283),包含1个1 683 bp的开放阅读框(ORF),编码561个氨基酸,预测的相对分子质量和等电点分别为6 470和5.21。CnGAS基因编码的氨基酸序列与其他植物的GAS蛋白高度同源,且含有DDxx D保守序列。系统进化树表明CnGAS基因与菊科植物的GAS基因的亲缘关系最近。qRT-PCR结果显示CnGAS基因在罗马洋甘菊各组织中均有表达,且花中表达量最高。结论从罗马洋甘菊中克隆得到CnGAS基因,分析了该基因在不同组织中的表达水平,为罗马洋甘菊萜类化合物的生物合成代谢途径的研究奠定了基础。     

荆芥1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆及生物信息学分析

目的 克隆荆芥1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase,StDXS)基因,并进行生物信息学分析.方法 根据荆芥转录组数据获得的StDXS基因序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术获得StDXS基因cDNA的全长序列,并进行生物信息学分析.结果...     

悬钩子属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的 通过测定和分析15种悬钩子属RubusL.药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础.方法 以叶片基因组DNA和通用引物为材料,用PCR法克隆rDNA ITS全长,并利用生物信息学软件对序列进行分析.结果 15种悬钩子属植物ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为255～258、208～211和164 bp; ITS1和ITS2序列有变异位点138个,其中信息位点41个,序列存在较多的颠换、转换和缺失现象;5.8S序列较为保守,仅含4个变异位点,没有发现信息位点;15种悬钩子属植物的遗传距离为0.139 0～0.008 1,灰毛泡和锈毛莓的遗传距离最小.结论 获得了15种悬钩子属药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础.     

斑叶兰属7种药用植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的克隆和分析7种斑叶兰属药用植物的ITS序列,为该属植物的分子鉴定提供依据。方法利用PCR法克隆ITS序列,在测序的基础上,借助生物信息学软件进行序列分析和系统发育分析。结果 7种斑叶兰属植物的ITS全长为700~702 bp,ITS1的长度为239~240 bp,ITS2为298~300 bp,而5.8 S的长度十分保守,均为162 bp;序列中检测到可变位点107个,其中信息位点34个。7种斑叶兰属植物的遗传距离为0.006~0.110,大花斑叶兰与高斑叶兰的遗传距离最大,亲缘关系最远,而斑叶兰和小斑叶兰的遗传距离最小,关系最近。结论克隆到7种斑叶兰属药用植物的ITS序列,它们信息位点丰富,这些位点可将7种植物完全区分。