肥胖者唾液微生物宏基因组学特点

目的：探讨肥胖者口腔唾液微生物的特点,比较肥胖者与正常体重者口腔唾液微生物组成、基因功能及代谢通路上的差异。方法：研究纳入无全身系统性疾病、无牙周炎及口腔黏膜病的肥胖者及性别、年龄相匹配的正常体重者,收集研究对象的非刺激性唾液。提取唾液样本DNA,用高通量测序方法进行宏基因组分析,结果经数据质控后进行物种分类及注释,差异物种线性判别分析（linear discriminant analysis, LDA）,基因预测,基因集构建和功能注释分析。结果：过滤后每个样本得到可分类的、细菌的DNA序列平均条数为2 630 428。唾液微生物群落共包括 11个菌门、19个菌纲、26个菌目、41个菌科、62个菌属和164菌种。肥胖组与正常体重组微生物群落的优势菌门相同,为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门,两组在纲、目、科、属、种等分类水平上均发现相对丰度差异具有统计学意义的物种。在纲水平上,Negativicutes纲和丹毒丝菌纲（Erysipelotrichia）丰度在肥胖组中的相对丰度高于正常体重组（P<0.05）,黄杆菌纲（Flavobacteriia）和Bateroidetes纲在肥胖组中的相对丰度低于正常体重组（P<0.05）。9个菌属在两组间丰度差异具有统计学意义;种水平上,16个菌种的丰度差异具有统计学意义,其中产黑色素普雷沃氏菌（Prevotella melaninogenica）、唾液普雷沃氏菌（Prevotella salivae）、Solobacterium moorei和极小阿托波氏菌（Atopobium parvulum）等在肥胖组中相对丰度高于正常体重组（P<0.05）,而血链球菌（Streptococcus sanguinis）在正常体重组中相对丰度高于肥胖组（P<0.05）。对基因预测结果进行分析,发现肥胖组样本基因数目较正常体重组多,差异有统计学意义（P<0.05）,其中与营养和能量代谢、环境信息处理、人体疾病等通路相关的基因在肥胖组唾液样本中显著富集（P<0.01）。结论：肥胖者与正常体重者的口腔唾液微生物在物种组成、基因数目及代谢通路上均存在差异,值得今后扩大样本量进一步研究。     

龋病儿童唾液菌群动态变化及功能分析

目的 观察龋病和无龋儿童唾液菌群的动态变化,同时对二者口腔微生态在糖代谢及多种氨基酸合成转运过程中的功能差异进行分析.方法 采用宏基因组学的方法分别对10例无龋儿童和10例龋病儿童唾液菌群进行组成及功能分析,6个月后,进一步利用PacBio SMRT测序技术,分析两组儿童口腔菌群变化,探索疾病和健康状态下,口腔菌群变化...     

男女泌尿生殖道微生物菌群结构分析

目的 探讨男女泌尿生殖道中菌群结构差异,为临床男女泌尿生殖系统疾病研究提供可靠的病原学依据.方法 运用高通量二代测序技术检测30名健康正常成年男性泌尿生殖道分泌物、29名无性生活史女性阴道分泌物和20名妊娠妇女阴道分泌物中微生物,使用生物信息学软件对三组标本进行OTU丰度分析、UPGMA聚类分析、Heatmap聚类分析...     

基于高通量测序技术分析慢性牙周炎患者牙菌斑微生物多样性及群落结构

目的 采用16SrDNA高通量测序技术分析墨玉县口腔健康人群及慢性牙周炎人群的牙菌斑微生物群落结构特点及其差异性.方法 收集2018年8月在墨玉县体检的慢性牙周炎患者(20例)的牙菌斑样本为研究对象,以同时期体检口腔健康人群(15例)的牙菌斑样本为对照,通过Illumina MiSeq高通量测序技术(High-thro...     

唾液菌群微生物与宿主血脂水平的关联分析

目的·分析唾液菌群微生物与宿主血脂水平的相关性.方法·采集114名45～60岁志愿者的唾液菌群样本,提取总DNA,随后应用多聚酶链式反应进行16S rDNA V3?V4区扩增.扩增所得产物经Illumina MiSeq PE300平台测序后,将所得序列进行操作分类单元(operational taxonomic uni...     

宏基因组学与动物病原微生物的检测

宏基因组学(metagenome)是直接从土壤、海水、人及动物胃肠道、口腔、呼吸道、皮肤等环境中获取样品DNA,利用载体将其克隆到替代宿主细胞中构建宏基因文库,以高通量检测为主要技术来研究特定环境中全部微生物的基因组及筛选活性物质和基因的新兴学科。利用宏基因组学技术不仅能够有效地检测特定环境的微生物群落结构,扩展了微生物资源的利用空间,发展了新兴的高通量检测技术,丰富了生物信息学内容。基于宏基因组学研究方法在环境微生物研究中的优势,对近年来相关领域、方法及其在人及动物病原微生物研究中的应用进行综述,以期将此方法用于实验动物病原微生物的调查分析及动物疫情、生物安全的监测。     

宏基因组测序技术在发热患者咽部微生物菌群研究中的应用

目的 通过宏基因组高通量测序分析,研究不同发热患者咽部微生物菌群多样性。方法 采用随机法选取2020年1—4月石家庄市五所医院发热门诊就诊21例发热患者作为实验组,选取同期10例健康人作为对照组,采集咽拭子样本并提取核酸,应用Illumina测序平台进行宏基因组测序并进行微生物菌群分析。结果 实验组共获得1 716 802 816条优质序列,鉴定出4 079个物种,归属于97个门,951个属。实验组和对照组咽部微生物菌群分析显示,在门水平上,梭杆菌门和厚壁菌门在对照组中升高,拟杆菌门在实验组中升高;在纲水平上,梭杆菌纲和梭菌纲在对照组中升高,拟杆菌纲在实验组中升高;在目水平上,拟杆菌目在实验组中升高;在科水平上,瘤胃菌科在对照组中升高,拟杆菌科、理研菌科、阿克曼氏菌科、红细菌科和火色杆菌科在实验组中升高;在属水平上,拟普雷沃菌属、拟杆菌属、理研菌属、副拟杆菌属等在实验组中升高,瘤胃球菌属在对照组中升高;在种水平上,紫单胞菌科细菌（Porphyromonadaceae bacterium KA00676）、两个拟杆菌属（Bcteroidales bacterium Barb7, Bcte...     

健康孕妇不同孕周阴道微生物的变化

目的探讨健康孕妇不同孕周阴道微生物菌群的变化。方法选取2018年1—12月就诊于首都医科大学宣武医院的孕妇10例,分别于孕11～13周、孕27～29周、孕37～40周取阴道分泌物2份,1份行阴道微生态评价,排除细菌性阴道病(bacterial vaginosis, BV)、外阴阴道假丝酵母菌病(vulvovaginal candidiasis, VVC),1份行Illumina高通量测序。结果不同孕周孕妇阴道pH值基本维持恒定;孕妇阴道内的优势菌群均为乳杆菌,其中最常见的为卷曲乳杆菌,其次是惰性乳杆菌;且随着孕周增加乳杆菌丰度下降。结论健康孕妇不同孕周同一个体阴道pH值和阴道内微生物菌群是保持相对稳定的,这对于妊娠的维持至关重要。     

妊娠期阴道菌群变化与胎膜早破的相关性

  目的  通过对正常妊娠与胎膜早破孕妇的阴道微生物群落分析，阐明阴道菌群变化与胎膜早破的相关性。  方法  随机收集符合纳入标准的不同孕周阶段胎膜早破孕妇阴道分泌物50例为实验组，正常孕妇阴道分泌物30例为正常对照组，提取细菌DNA后用高通量测序技术，分析比较胎膜早破与正常孕妇阴道微生物群落的多样性指数及群落结构。  结果  各组的Alpha多样性丰富度及均匀度指数，差异无统计学意义（P > 0.05），各组菌群非度量多维尺度分析（nonmetric multidimensional scaling, NMDS）Stress = 0.02,差异具有统计学意义（P < 0.05）。根据维恩图显示未足月胎膜早破组的物种多样性最高，为529个；未足月正常对照组组的多样性最低，为207个。  结论  正常孕期阴道菌群较稳定，Alpha多样性小,Beta多样性显著。妊娠期阴道微生物群落以卷曲乳杆菌为主，若孕期阴道内菌群多样性增加，惰性乳杆菌、加德纳菌、纤毛菌、普氏菌、奇异菌等异常增加，易发生细菌性阴道病、胎膜早破。     

外阴阴道假丝酵母菌病的阴道菌群结构分析

目的分析比较单纯性外阴阴道假丝酵母菌病(VVC)和复发性外阴阴道假丝酵母菌病(RVVC)阴道细菌菌群结构的差异。方法采集VVC患者5例、RVVC患者5例及健康育龄期女性2例的阴道后穹窿分泌物,提取样品中细菌总DNA,扩增16S r RNA V4区基因,比较三组的菌属构成、alpha多样性、beta多样性。结果与健康组相比,VVC患者乳杆菌属比例显著降低,加德纳菌、普氏菌属、双歧杆菌等菌属相对丰富度升高,菌群Alpha多样性也明显增加(P0.05)。RVVC患者乳杆菌属主要以惰性乳杆菌为优势菌,约占80%。结论 VVC组阴道菌群乳杆菌属比例降低,加德纳菌、普氏菌属、双歧杆菌等菌属丰富度增加。RVVC组以惰性乳杆菌为优势菌。     

从血液和唾液中自动化提取人体DNA的探索与应用

目的 从样本获取方式、储存条件和DNA提取方法等方面探索快速、有效、低成本、无创伤、适合于大规模流行病学研究的基因组DNA来源样本.方法 对带有分离胶的血细胞、EDTA抗凝全血、分离血清后的凝固血细胞、新鲜唾液、-20℃保存1个月的唾液、2种唾液保护液作用的唾液样本和棉拭子获得的口腔黏膜上皮细胞样本进行DNA提取和检测...     

奥硝唑在健康志愿者唾液中药物浓度与血药浓度相关性的研究

目的 通过对奥硝唑在健康志愿者唾液中的药物浓度与血药浓度相关性的研究,为临床利用唾液进行奥硝唑治疗药物监测提供依据.方法 6名健康志愿者(男3人女3人)单次静滴奥硝唑0.6g后,采用HPLC法测定奥硝唑的唾液和血液中的药物浓度,比较两者的相关性.结果 奥硝唑在唾液中药物浓度与血药浓度呈显著相关,相关系数为0.825～0.969(P＜0.05).奥硝唑在唾液和血液中的浓度比值(S/P)为0.99±0.13.结论 奥硝唑在健康志愿者唾液中的药物浓度与血药浓度显著相关,稳定性好,可以应用唾液进行治疗药物监测.     

上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性的研究

目的:研究上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性及其分布特征,并与国外数据库进行比较。方法:随机选取190例上海地区汉族个体,对IL-17B基因启动子、外显子及临近的内含子区的PCR产物直接测序,检测基因内SNPs。所得结果与美国国立生物技术信息中心(NCBI)的SNP数据库(dbSNP)进行比较。结果:在所有研究对象中共发现6个SNPs,主要位于非编码区;6个均为替换型SNPs,其中1个为三态替换型SNP。有5个SNP在dbSNP数据库中已报导,但有11个数据库已报导的SNPs,在本次研究中未能证实。结论:中国汉族人群IL-17B基因多态性的分布与dbSNP数据库中的资料存在差异,为在汉族人群中研究IL-17B基因相关疾病提供可靠数据。     

Impact of anthracene addition on microbial community structure in soil microcosms from contaminated and uncontaminated sites

Objective This paper aims to investigate the impact of anthracene addition on microbial community in agricultural soil irrigated with tap water or reclaimed wastewater.Methods The changes of microbial community were characterized by terminal restriction fragment length polymorphism in combination with 16S rRNA gene clone library analysis.Results A significant change in microbial community composition was observed during the biodegradation of anthracene,with dominantly enriched members from the genus Methylo...     

上海某社区独居老人抑郁状况及其影响因素调查

目的 调查上海市某社区独居老年人抑郁状况,并探讨其相关影响因素。方法 以上海市虹口区广中社区独居老人为调查对象,根据老年抑郁量表得分将样本分为研究组和对照组,调查两组研究对象的社会人口学、独居原因、受探访状况、健康状况、经济状况、社会支持等,分析各种潜在因素对社区独居老人发生抑郁的影响。结果 共调查1 033名社区独居老人,其中431名检出抑郁症状(研究组),检出率为41.72%;602名未检出抑郁症状(对照组)。统计分析表明,经济收入、年龄、社会支持、受探访频率和生活自理与社区独居老人的抑郁症状相关。结论 上海社区独居老人抑郁状况受多种因素影响。建议从提高经济收入、提供社会支持等方面入手,改善独居老人的抑郁状况。     

液相色谱-串联质谱法测定健康人唾液中睾酮和皮质醇的含量

目的 建立一种方便、可靠和灵敏的液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）方法用于检测健康人唾液中2种内源性激素（睾酮和皮质醇）的水平。方法 在Agilent 6410A串联质谱仪上采用正离子检测模式,以卡马西平为内标,唾液样品经OMGEA NANOSEP 10K超滤管21 912.8×g超滤10 min后,在Agilent ZORBAX SB-C₁₈（3.5 μm,2.1 mm×100 mm）色谱柱上采用等度洗脱进行色谱分离。流动相为乙腈：0.1%甲酸水溶液（60：40）;流速为0.3 mL/min;进样量为10 μL;柱温为25℃;每个样品的分析周期为3 min。结果 睾酮和皮质醇线性关系良好,其相关系数r>0.990,日内与日间精密度均<15%。结论 该方法可以用于测定唾液中睾酮和皮质醇的含量,为迅速简便地检测体内激素水平提供参考。     

上海地区汉族人群护骨素基因G1181C多态性与冠状动脉性心脏病及其严重程度的相关性

目的探讨护骨素基因G1181C位点单核苷酸多态性(SNPs)与冠状动脉性心脏病(CAD)及其严重程度的相关性。方法 368例胸痛患者根据冠状动脉造影检查结果分为非CAD组(146名)和CAD组(222例)。CAD组中单支、双支、三支、四支病变分别为72、59、77、14例。CAD组再根据病史分为急性冠状动脉综合征(ACS)组156例和稳定型CAD组66例。采用介质纯化法提取白细胞DNA,聚合酶链反应(PCR)扩增包含G1181C位点的DNA片段,连接酶检测反应(LDR)检测PCR产物,识别多态性位点。结果非CAD组与CAD组间,非CAD组与ACS组间,ACS组与稳定型CAD组间,非CAD组与不同病变冠状动脉数量组间,护骨素基因G1181C的各基因型频率和分布的差异均无统计学意义(P值均>0.05)。结论研究中未发现护骨素基因G1181C位点SNPs多态性与CAD及其严重程度相关。     

Altofrequency SNPs of mitochondrial DNA in 26 Han Chinese

Objective, To explore the possible mitochondrial DNA （mtDNA） polymorphism in Han Chinese. Methods： The complete mitochondrial genome of 26 unrelated healthy Han Chinese were extracted and sequenced. Results： The mtDNA nucleotide sites （2 706, 7 028, 8 860, 11 719, and 15 326） were found totally different from the Revised Cambridge Reference Sequence （rCRS）. These single nucleotide polymorphisms （SNPs） were 2 706 A→G, 7 028 C→T, 8 860 A→G, 11 719 G→A, 15 326 A→G. Conclusion, These findings provide new insights into the characteristics of Han Chinese mitochondrial genetic diversity.     

早期类风湿关节炎患者肠道微生物群落的分析

目的 研究类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)患者肠道微生物群落分布特点,探讨类风湿关节炎与肠道菌群的关系.方法 收集30例早期RA患者(RA组)与21例健康受试者(对照组)粪便样本,培养与测定肠道菌群计数水平;提取粪便样本基因组DNA,PCR扩增细菌V6-V8区16SrDNA,产物经变性梯度凝胶电泳分离,获得肠道菌群DGGE图谱,分析肠道细菌丰富度、Shannon-Wiener指数、均匀度指标,用非加权类平均法对图像进行相似性聚类分析,并绘出聚类树形图,研究RA患者肠道菌群结构与健康受试者的差异.结果 双歧杆菌含量:RA组为(6.21 ±1.48) CFU/ml,显著低于对照组(8.55 ±0.90) CFU/ml(P ＜0.01),脆弱类杆菌的含量:RA组为(6.54±1.28) CFU/ml,显著低于对照组(8.73±0.90) CFU/ml(P＜0.01),乳杆菌、梭菌、肠杆菌、肠球菌数量差异无统计学意义(P＞0.05).肠道菌群DGGE 图谱示:与对照组[丰富度:(22.8±3.12);Shannon-Wiener指数:(2.98±0.26);均匀度:(0.96±0.05)]相比,RA组丰富度[(16.0±1.05),P＜0.01] 、Shannon-Wiener指数[(2.48±0.14),P＜0.01]和均匀度[(0.90 ±0.05),P＜0.01]显著降低,分别表明RA患者肠道细菌的种类(丰富度)、菌群结构复杂程度、细菌的相对密度(均匀度)显著降低,在DGGE图谱下方区域RA患者肠道菌群条带数量减少,消失明显.图谱相似性聚类分析显示:20例样本聚为两类,一类样本中包含10例患者与1例健康人,二类样本中包含9例健康人.表明RA患者肠道菌群有较高的相似性,RA与健康人肠道菌群相似性低.结论 早期RA患者肠道存在菌群失调,肠道细菌数量及结构与健康人有显著差异,其差异变化可能是类风湿关节炎的发病因素之一.