SSX基因家族HLA-A2.1限制性CTL表位预测及其MHC-Ⅰ亲和力分析

目的通过对肿瘤基因SSX家族不同成员进行CTL表位预测,并对其与MHC-Ⅰ亲和力进行分析,为探索基于SSX肿瘤基因家族的免疫治疗奠定基础。方法利用基于超基序结合量化基序方案开发的HLA-A2.1限制性CTL表位预测软件,对SSX基因家族不同成员进行CTL表位预测,然后合成SSX相关待测表位肽P1(AMTKLGFKA)、P4(AMT-KLGFNV)、P5(AMTKLGFKV)和P6(VMTKLGFKV),再对这些合成肽与MHC-Ⅰ结合亲和力及其结合物稳定性进行实验分析。结果与实验阳性肽(HBcAg,18~27)相比,除P1外,P4、P5、P6均显示较高的结合亲和力;而结合稳定性实验(DC50)结果显示,P1、P4与阳性对照肽(HBcAg,18~27)DC50均大于8 h,而P5和P6的DC50介于2~4 h之间。结论计算机软件预测的CTL表位肽,经过体外亲和力与结合稳定性实验筛选到2条理想的表位肽,为该表位的下一步体内鉴定奠定基础。     

小鼠肝素酶H-2Kb限制性CTL表位预测及其MHC-I亲和力分析

目的预测肿瘤转移相关基因肝素酶的CTL表位,为探索基于肝素酶的抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法利用基于超基序、量化基序结合人工神经网络方案开发的H-2Kb限制性CTL表位预测软件,对小鼠肝素酶蛋白的CTL表位进行预测,然后人工合成相关待测表位肽,再对这些合成肽与MHC-I结合亲和力进行检测。结果采用机算机网络系统,预测了5条小鼠肝素酶抗原表位,即mHpa234-241（LGEDFVEL）,mHpa351-358（FAAGFMWL）,mHpa519~526（FSYGFFVI）,mHpa386-393（VDENFEPL）,mHpa398-405（LSLLFKKL）,MHC亲合力实验表明,与阴性对照肽对比,随着预测肽浓度增加,H-2Kb的表达逐渐增加,与MHC-Ⅰ类分子的亲和力亦逐渐增强,当预测肽浓度达到30μmol/L时,其荧光系数（FI）均大于1.5。结论通过计算机软件预测到的5条小鼠肝素酶CTL表位与MHC-Ⅰ类分子均有较高的结合亲和力,为该表位的下一步体内鉴定及基于小鼠肝素酶抗原表位的肿瘤免疫治疗奠定基础。     

MART-1 HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的 预测黑色素瘤分化抗原ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性细胞毒性Ｔ淋巴细胞（ＣＴＬ）表位。方法 采用超基序与量化基序多项式方案相结合的办法,对目的抗原ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位进行预测。结果 预测出了６个九肽表位。结论 两种方法预测结果的一致性较好,所预测出的６个ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位经后续实验筛选,鉴定后,可望用于新型ＭＡＲＴ－１肿瘤治疗性多肽疫苗的设计研究     

肿瘤抗原MAGE-2 HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的 预测黑色素抗原ＭＡＧＥ－２的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。方法 采用超基序法与量化基序法的联合应用。结果 发现８个ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。结论 超基序法与量化基序法联合应用可以提高预测效率。     

人肿瘤转移相关抗原肝素酶HLA-A2.1限制性CTL表位的预测及初步鉴定

目的 预测并鉴定肿瘤转移相关抗原肝素酶来源的HLA-A2.1限制性CTL表位.方法 采用超基序、量化基序和分子模拟相结合的方法,对肝素酶HLA-A2.1限制性CTL表位进行预测,合成候选表位肽;利用T2细胞的特点,对合成的候选肽与HLA-A2.1分子进行亲和力分析,初步验证预测结果;利用标准51Cr释放试验检测特异性CTLs诱导活性.结果 在所筛选的5个候选CTL表位中,Hpa(525-533)、Hpa(277-285)、Hpa(405-413)可在体外有效诱导肝素酶特异性CTLs的产生,对肝素酶阳性且HLA-A2阳性的KATO-Ⅲ细胞具有明显的杀伤效应.结论 Hpa(525-533)、Hpa(277-285)、Hpa(405-413)有可能是肿瘤抗原肝素酶HLA-A2.1的限制性CTL表位.     

肿瘤抗原MAGE-A亚家族HLA-A2限制性CTL表位的预测及分析

目的:预测肿瘤抗原MAGE-A亚家族的HLA-A2限制性CTL表位,为肿瘤治疗选择合适的CTL表位提供依据.方法:用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式结合的预测方法进行HLA-A2限制性CTL表位预测,采用DNAstar软件提供的蛋白质核酸序列编辑、分析工具,对MAGE-A亚家族成员进行CTL序列同源性分析.结果:共预测出了50个HLA-A2限制性CTL表位,且部分CTL表位高度相似或一致.结论:SYFPEITHI超基序法和量化基序多项式法结合的预测方法是一种高效、准确的表位预测方法,结合CTL表位的同源性分析,可为肿瘤治疗性疫苗的制备中选择合适的CTL表位提供依据.     

肝癌相关肿瘤抗原HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的：预测肝癌肿瘤抗原的HLA-A2限制性CTL表位。方法：选择与肝癌相关的肿瘤抗原MAGE-1，MAGE-3，MAGE-8，p53及AFP为研究目标，采用SYFPEITHI基序法远程预测系统和量化基序多项式法结合的预测方法进行HLA-A*0201限制性CTL表位预测。结果：共预测出与肝癌相关的肿瘤相关抗原的35个HLA-A2限制性CTL表位。结论：两种预测方法结果的一致性较好。所预测的35个肿瘤抗原HLA-A2限制性CTL表位经实验筛选，鉴定后，可望用于新型肝癌治疗性多肽疫苗的设计研究。为临床肝癌特异性治疗奠定基础。     

人肿瘤转移相关抗原肝素酶HLA-2.1限制性CTL表位的预测及初步鉴定

目的预测并鉴定肿瘤转移相关抗原肝素酶来源的HLA-A2．1限制性CTL表位。方法采用超基序、量化基序和分子模拟相结合的方法，对肝素酶HLA-A2．1限制性CTL表位进行预测，合成候选表位肽；利用T，细胞的特点，对合成的候选肽与HLA-A2．1分子进行亲和力分析，初步验证预测结果；利用标准”cr释放试验检测特异性CTLs诱导活性。结果在所筛选的5个候选CTL表位中，Hpa（525-533）、Hpa（277-285）、Hpa（405-413）可在体外有效诱导肝素酶特异性CTLs的产生，对肝素酶阳性且HLA-A2阳性的KATO-Ⅲ细胞具有明显的杀伤效应。结论Hpa（525-533）、Hpa（277-285）、Hpa（405-413）有可能是肿瘤抗原肝素酶HLA-A2．1的限制性CTL表位。     

肿瘤抗原MAGE-2 HLA-A2限制性新CTL表位的鉴定

目的：寻求新的HLA-A2限制性肿瘤抗原MAGE-2 CTL表位。方法：经超基序与量公基序相结合预测的肿瘤抗原MA-GE-2的4个表位作为研究对象，标准的^51Cr实验与肽结合实验相结合进行验证。结果：预测表位肽MAGE-2220-228，MAGE-2271-279经体外刺激PBMC后可有效的诱导CTL效应产生，当效/靶为100：1时溶破靶细胞效率分别为74.4％，68.2％。HLA-A2分子亲和力分析，荧光系数分别为0.61、0.24阳性肽荧光系数为0.79。结论：多肽MAGE-2 220-228可作为新的HLA-A2限制性CTL表位。     

肿瘤抗原MAGE-n HLA-A2限制性细胞毒性T细胞表位的预测及合成鉴定

目的　采用表位重建技术 ,对预测MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位结合活性进行研究。方法　用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式法结合的预测方法 ,筛选新的MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位作为候选表位。对预测的抗原表位进行多肽合成 ,并用HPLC进行纯化 ,质谱法 (MS)鉴定。候选表位与HLA A2位点的亲和力及结合稳定性用竞争结合抑制实验、T2结合稳定性实验及MHC 肽复合体稳定性实验测定。结果　用表位预测法筛选MAGE n抗原 5个HLA A2限制性CTL表位为候选表位。QLVFGIEVV(15 9 16 7)、IMPKTGFLI(195 2 0 3)和FLIIVLVMI(2 0 1 2 0 9) 3个表位具有较高的HLA A2结合力 (IC50 <15 μM)和结合稳定性 (DT5 0 >6h) ,可作为MAGE n抗原HLA A2限制性CTL候选表位进行进一步研究。结论　表位预测结合表位重建方法可提高肿瘤抗原CTL表位研究的效率。MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位经免疫学鉴定后 ,可望用于新型肝癌治疗性多肽疫苗的设计研究 ,为临床肝癌特异性治疗奠定基础。     

分子模拟在筛选HLA-A2.1高亲和性MART-1 CTL表位中的应用研究

目的：探讨计算机分子模拟在CTL表位与HLA-A2.1亲和力特异研究中的应用价值。方法：应用Silicon Graphics图像工作站及Insight II软件，分别建立MART-1 6个CTL预测表位与HLA-A2.1结合的三维结构，并进行分子动力学模型，通过对各结合特征性参数的计算，对各表位肽与HLA-A2.1结合稳定性进行了比较。应用Merrifield固相多肽合成技术合成上述小肽，通过HLA-A2.1与各肽亲和力分析试验，证实分子模拟结果的可靠性。结果：通过分子模拟手段计算所得6个表位与HLA-A2.1结合特性结果，基本与通过实验手段所得结果相符。结论：计算机分子模拟在CTL表位与MHC-I类分子的亲和力研究中，具有简单、直观、快速、准确等优点，该方法在筛选MHC-I类分子高亲和性CTL表位的研究中具有诱人的应用前景。     

结核分枝杆菌抗原Rv1258c、Rv1410c及Rv3425的HLA限制性CTL表位预测

目的:预测结核分枝杆菌(MTB)相关抗原Rv1258c、Rv1410c及Rv3425的HLA限制性细胞毒性T细胞(CTL)表位.方法:通过NCBI数据库获取各蛋白的氨基酸序列,利用BLAST分析其与人类蛋白质的同源性,利用SYFPEITHI、BIMAS和NetCTL数据库预测分析MTB相关抗原的HLA-A2与HLA-A...