1株鼠源狂犬病毒野毒株全基因组序列测定与分析

目的对1株分离自牛狂犬病疫区野鼠脑内的狂犬病毒野毒株(MRV)进行全基因组测序,并对其分子变异和进化特点进行分析。方法RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3′末端和5′末端采取3′-RACE和5′-RACE方法。结果9个重叠基因片段序列拼接得到MRV全基因组序列,共11869个核苷酸。MRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异。选择有代表性的狂犬病毒株,构建了N基因分子系统进化树。结论MRV毒株属于狂犬病毒基因1型,与AV01和CVS同源性最高为99%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为72%。     

肠道病毒EV71型浙江分离株HZ08全基因组序列分析

目的了解浙江省流行的肠道病毒71型HZ08株的基因特征,研究肠道病毒71型的进化及变异状况。方法设计特异性引物,RT—PCR扩增HZ08株全基因,PCR产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定和基因进化分析。结果HZ08株的全基因组由7405个核苷酸组成,编码2193个氨基酸。HZ08的5非编码区（UTR）、VPl、VP2、VP3、VP4、P2、P3、3非编码区（UTR）和全基因组的核苷酸与C4亚型的毒株序列较高,分别为96．2％～99．1％,92．6％～99．1％,92．7％～98．4％,88％～99．2％,93．8％～99．5％,89．4％～99．2％,91．4％～98．8％,87．8％～100％和91．1％～98．9％。HZ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90％。根据VPl基因和全基因序列进行种系统发生分析显示HZ08株与中国陆和台湾的病毒进化关系较近,与国际标准株以及东南亚毒株进化关系统较远。其中HZ08株与国内流行株BJ08和Fuyang08的进化关系最近。HZ08株与C4亚型相关氨基酸序列一致,VPl的抗原性表位发生了变异。结论HZ08病毒分离株为C4亚型,与Fuyang08和BJ08株进化途径相同,为肠道病毒7l型的基因组功能学和疫苗学研究奠定基础。     

不同毒力EV71济南分离株全基因组序列比较分析

目的研究EV71济南分离株的基因特点,寻找潜存的EV7l毒力决定位点。方法将6株EV71济南分离株（JN200803、JN200804、Jinanl002、Jinanl004、Jinan1005和Jinan1006株）分别接种1d龄BALB／c小鼠,确定其对小鼠的致病性程度。对6株EV71全基因组核苷酸、氨基酸序列进行比较,对非编码区进行RNA二级结构的预测和分析,对VPl区进行遗传进化分析。结果通过动物实验可将6株EV71济南分离株分为强、中、弱毒力株。小鼠感染强毒株（JN200804、Jinan1002、Jinanl004、Jinanl005株）的主要症状为后肢麻痹并死亡,感染弱毒株（Jinanl006株）的主要症状为后肢麻痹但能自愈,感染无毒株（JN200803株）未引起明显症状。不同毒力EV71分离株全基因组序列比对发现,共有40个核苷酸位点的差异,导致编码区8个氨基酸突变,其中第937位氨基酸（位于2A片段）在强毒株、弱毒株和无毒株间发生了连续突变（937aa：S→C→G）。非编码区RNA二级结构预测表明,5’UTR第115位核苷酸突变对内部核糖体进入位点（IRES）的结构有较大影响。遗传进化分析显示,与同内2003年以后的流行毒株相同,6株EV71济南分离株均属C4亚型的C4a进化分支。结论全基因组序列比较分析发现不同毒力EV71济南分离株之间存在差异位点,为采用反向遗传学方法鉴定EV71毒力决定位点奠定了基础。     

呼吸道感染肺炎链球菌分离株的耐药性分析

目的研究呼吸道感染患者肺炎链球菌分离株的耐药情况。方法通过细菌培养获得肺炎链球菌，对获得的肺炎链球菌进行药敏实验。结果呼吸道分离肺炎链球菌中青霉素耐药(PRSP)占39．3％，对头孢哌酮／舒巴坦、头孢克洛、头孢呋辛、头孢噻肟、头孢曲松、环丙沙星、左氧氟沙星、红霉素、克林霉素、复方新诺明、万古霉素、利福霉素的耐药率分别为39．3％，13．8％，36．6％，17．2％，35．9％，16．6％，40．0％，36．6％．51．7％，38．6％，60．0％，0和17．2％。结论吉林省肺炎链球菌对青霉素的耐药率已经处于较高水平，耐青霉素菌株对其他抗生素普遍耐药．已经发现对三代头孢菌素耐药菌株，未发现万古霉素耐药菌株。     

江西省高安市两株汉城病毒分离鉴定及全基因组序列分析

目的 对2021年江西省高安市采集的鼠肺样本进行肾综合征出血热汉坦病毒分离鉴定及全基因组序列进行分析.方法 采用Vero-E6细胞分离肾综合征出血热汉坦病毒,采用实时荧光RT-PCR法和直接免疫荧光法对分离株进行鉴定,采用高通量测序技术对分离株进行全基因组测序,采用CLC、MEGA7.0等软件对基因组序列进行分析.结果...     

两株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组序列测定与分析

目的对2株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组测序,了解国内狂犬病病毒的流行和变异情况。方法采用乳鼠脑内接种方法分离2株天津地区狂犬病病毒街毒株,RT-PCR扩增病毒DNA覆盖全基因组12个相互重叠的基因片段,PCR产物平端克隆后进行全基因组核苷酸序列测定,然后对其分子变异和进化特点进行分析。进行两分离株的序列相似性、氨基酸同源性、主要功能位点的变异比较和种系发生分析。结果 TJD04和TJD05两株狂犬病病毒全基因组长均为11 924 nts,全基因组序列的组成和结构均符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征。病毒基因组由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,氨基酸编码长度未发生变异,5个编码蛋白序列较少发生变化,仅有个别主要功能位点发生变异,且大部分变异均属于无意义沉默突变。多序列相似性比较和种系发生分析显示,两株病毒均属于基因1型,N基因与全基因进化树保持一致,与中国犬源狂犬病病毒BD06同源性最高(99.6%),进化关系近,并具有较为独特的中国地域特点。结论两天津株狂犬病毒可能是自然界中固有的狂犬病病毒街毒株。     

肺炎链球菌临床分离株PBP2b基因序列分析及其应用探索

目的通过分析肺炎链球菌PBP2b基因转肽酶编码区的序列差异，建立可区分对青霉素敏感肺炎链球菌（PSSP）与青霉素不敏感肺炎链球菌（PNSSP）的分子生物学方法。方法检测青霉素对肺炎链球菌的最低抑菌浓度（MIC），对菌株PBP2b转肽酶编码区进行PCR扩增和序列分析，根据序列差异设计相应引物和探针，并采用PCR-反向杂交方法区分PSSP与PNSSP。结果43株肺炎链球菌（42株临床分离株及1株标准株）中8株为PSSP，30株为青霉素中介株（PISP），5株为青霉素耐药株（PRSP）。经PBP2b基因限制性片段长度多态性分析（RFLP）及测序分析，PSSP与PNSSP（PISP＋PRSP）存在谱型及序列差异。根据序列差异建立的检测方法可正确区分PSSP与PNSSP。结论肺炎链球菌PSSP和PNSSP菌株的PBP2b基因转肽酶编码区之间存在可供鉴别的序列差异，据此可建立快速、特异的分子生物学方法，有望为该菌耐药基因的快速诊断提供客观依据。     

福建省肠道病毒71型分离株（2010FJLY008）全基因组核苷酸序列分析

目的了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,追踪EV71流行过程中可能发生的变异。方法对2010年福建1例手足口病患儿标本中分离到的1株肠道病毒71型分离株（2010FJLY008）进行全基因组核苷酸序列测定,并对基因组序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果2010FJLY008株全长7 403bp,核苷酸及编码氨基酸序列同源性比较,均与08年阜阳流行株Fuyang17.08 2同源性最高,整个基因组核苷酸同源性为98.2%,氨基酸同源性为99.5%;全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08 2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论2010年福建省EV71型病毒流行株（2010FJLY008）在病毒基因组结构、基因组核苷酸同源性比较、编码氨基酸同源性比较、全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析等方面,均与2008年阜阳流行株（Fuyang17.08 2）关系密切,未产生明显的抗原漂移及变异。     

福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析

目的分离甲型HIN1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real—time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A／Fujian／01／2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60．98％。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A／Swine／Iowa／15／1930（HIN1）存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD—CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。     

云南省1株基孔肯雅毒株全基因组序列测定及特征分析

目的 对1例缅甸输入基孔肯雅热病例血清标本进行病毒分离及全基因组测序,分析其基因特征。方法 采用real-time RT-PCR方法对标本进行检测,分离培养后获得毒株,对病毒核酸扩增后的产物进行全基因组测序,使用DNAStar 7.1软件对测序结果进行拼接,Mega5.0软件对序列进行比对和系统发生树构建。结果 病例血清标本核酸检测显示CHIKV阳性,经分离培养获得CHIKV毒株(YN0627株),全基因组测序得到其序列,YN0627全长为11 586 nt,其基因结构符合CHIKV的基因特征。系统进化分析显示,YN0627与东中南非洲遗传谱系(East, Central and South African Lineage, ECSA)的其他流行株聚集在一起,属于ECSA谱系。YN0627的编码区与参考序列相比,核苷酸同源性为85.24%~99.96%,氨基酸同源性为95.34%~99.97%,结构蛋白编码区域有28个氨基酸变异位点。结论 云南省输入性CHIKV-YN0627属于ECSA谱系,且观察到多个氨基酸位点突变,提示云南省应当加强对CHIKV的监测和研究。     

Progress toward characterization of the group A Streptococcus metagenome: complete genome sequence of a macrolide-resistant serotype M6 strain

We describe the genome sequence of a macrolide-resistant strain (MGAS10394) of serotype M6 group A Streptococcus (GAS). The genome is 1,900,156 bp in length, and 8 prophage-like elements or remnants compose 12.4% of the chromosome. A 8.3-kb prophage remnant encodes the SpeA4 variant of streptococcal pyrogenic exotoxin A. The genome of strain MGAS10394 contains a chimeric genetic element composed of prophage genes and a transposon encoding the mefA gene conferring macrolide resistance. This chimeric element also has a gene encoding a novel surface-exposed protein (designated "R6 protein"), with an LPKTG cell-anchor motif located at the carboxyterminus. Surface expression of this protein was confirmed by flow cytometry. Humans with GAS pharyngitis caused by serotype M6 strains had antibody against the R6 protein present in convalescent, but not acute, serum samples. Our studies add to the theme that GAS prophage-encoded extracellular proteins contribute to host-pathogen interactions in a strain-specific fashion.     

Complete genome sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes

The 1,852,442-bp sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes, a Gram-positive pathogen, has been determined and contains 1,752 predicted protein-encoding genes. Approximately one-third of these genes have no identifiable function, with the remainder falling into previously characterized categories of known microbial function. Consistent with the observation that S. pyogenes is responsible for a wider variety of human disease than any other bacterial species, more than 40 putative virulence-associated genes have been identified. Additional genes have been identified that encode proteins likely associated with microbial "molecular mimicry" of host characteristics and involved in rheumatic fever or acute glomerulonephritis. The complete or partial sequence of four different bacteriophage genomes is also present, with each containing genes for one or more previously undiscovered superantigen-like proteins. These prophage-associated genes encode at least six potential virulence factors, emphasizing the importance of bacteriophages in horizontal gene transfer and a possible mechanism for generating new strains with increased pathogenic potential.     

一株神经外低毒力乙型脑炎病毒株的全基因序列分析

目的探究1株新分离的基因Ⅰ型乙脑病毒株的分子生物学特征及其低毒力的分子基础。方法对病毒株扩增,提取其RNA,逆转录PCR后测序,序列与来自世界不同地区不同基因型的野毒株进行同源性比较,并与强毒P3株进行氨基酸位点比对。结果SC04-17在核苷酸和氨基酸序列上,存在与其他基因型毒株不同的特点,与世界各地毒株核苷酸差异率为1.8%～16.5%,氨基酸差异率为0.8%～5.0%;与减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸、氨基酸同源性分别为88.5%和97.6%,与灭活疫苗株P3核苷酸、氨基酸同源性分别为88.8%和97.9%;与P3强毒株比对,发现72个氨基酸位点差异,分布在全基因的各个区域（E、NS5、NS1和NS3区）。结论SC04-17株的基因序列存在一些独特位点,这些位点的氨基酸变化可能与其低毒力特征有关。     

猪源戊型肝炎病毒上海株全基因组序列分析

目的分析猪源戊型肝炎病毒(HEV)上海株swChinash与已知其它HEV基因型的差异和人源HEV的关系。方法设计22对PCR引物,分片段进行扩增,两末端采用快速扩增方法(RACE)扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序,用DNASTAR软件与53株人源和猪源HEV的基因组进行同源性分析,用Clustalx和Mega3.0软件绘制基因进化树。结果swChinash全序列除去poly(A)尾,由7235个核苷酸组成,ORF1～3分别编码1707,660,122个氨基酸。全基因序列与Ⅳ型的核苷酸同源性为83.4%～84.7%,与其他三型为73.3%～76.3%,其中与中国人源长春株最高,为84.7%。结论基于ORF1～3和全长基因组的进化树,猪源HEV上海株swChinash属于基因Ⅳ型,与其他Ⅳ型HEV亲缘关系较远,单独在一个进化分支上。     

1株9型猪链球菌全基因组分析北大核心CSCD

目的探索9型猪链球菌基因组功能及遗传关系。方法采用生物信息学方法对1株9型猪链球菌强毒株GD18的全基因组序列进行注释,并与GenBank上的15株猪链球菌进行比较基因组学分析。结果GD18菌株基因组全长2067661 bp,总蛋白1961个,注释到COG、GO、KEGG、CAZy和PHl-base数据库的基因分别占总蛋白的77.05%、71.29%、43.91%、4.49%和3.37%。毒力因子分析表明猪链球菌毒力因子的复杂以及并非所有的猪链球菌菌株都有一套通用的毒力因子。耐药基因分析表明GD18含多种类的耐药基因,且存在丰富的外排系统。蛋白预测结果显示GD18具有114个信号肽蛋白和30个分泌蛋白。16个菌株基因组比较分析发现共有的核心基因为1244个,非共有基因共1685个,特有基因共1417个。进化分析表明GD18与加拿大分离株89-3576-3亲缘关系最近,且国内菌株基本处在不同分支。结论对1株9型猪链球菌分离株的全基因组、基因功能、进化关系等进行分析,为9型猪链球菌基因组整体水平的研究奠定基础和提供数据支撑。     

Primary structure of the replication initiation protein of plasmid R6K.

The cistron of the replication initiation protein of plasmid R6K has been cloned into the single-strand DNA vectors M13mp8 and M13mp9 and its complete nucleotide sequence has been determined. The amino acid sequence of the initiator protein as predicted from its nucleotide sequence shows that the protein is lysine rich and weakly basic and has a molecular weight of 35,000, which is in close agreement with that estimated from the mobility in NaDodSO4/acrylamide gels. The secondary structure of the protein, approximately by the probabilistic methods of Chou and Fasman [Chou, P. & Fasman, G. (1978) Adv. Enzymol. 47, 45-148], suggests an NH2-terminal domain of primarily positively charged alpha-helical structure, a core region of interspersed short stretches of random coils and beta-sheets and -turns, and a COOH-terminal domain of alpha-helix.     

Primary duodenal follicular lymphoma: 6-years complete remission after combined radio-immunotherapy

Primary gastrointestinal lymphoma (PGL) is known to account for 40% of all extranodal non-Hodgkin's lymphomas (NHLs) and between 4% to 12% of all NHLs. The small intestine is the site of presentation in 20-30% of cases, with the terminal ileum usually involved. Duodenal localizations have always been thought to be rare, but are presently growing in incidence. We herein report on a case of Stage IV primary duodenal FCL, located to the second portion of the duodenum with concomitant minimal bone marrow involvement. The patient was frontline approached with a conservative combined modality treatment consisting of 4 weekly infusions of the chimeric human-murine IgG1 mono-clonal antibody against the B-cell surface antigen CD-20, Rituximab (375 mg/m2) and consolidation 3D conformal external beam radiotherapy up to a total dose of 36 Gy given into 20 fractions to the involved duodenal portion. Six years after treatment has been completed, the patient is free from disease with no treatment-related toxicity.