3’末端碱基游移混合引物提高多变区基因片段PCR检测的阳性率(英文)

目的:通过使用3’末端碱基游移混合引物,减少引物末端错配,提高多变区基因片段的PCR检测阳性率。方法:在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物),在原型引物序列基础上将两根引物的3’末端分别截去1个或2个碱基,设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物,在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR,比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA,将扩增产物测序并评价3’末端错配对PCR的影响。结果:原型引物和混合引物检测阳性率分别为70.4％(19/27)和85.2％(23/27),两者差异非常显著(P<0.05)。引物3’末端错配能导致PCR假阴性。结论:扩增保守性相对较差的基因片段,采用3’末端单个或多个碱基截短的引物,构成3’末端碱基游移混合引物,可以避免因3’末端错配产生的PCR假阴性,提高检测阳性率。     

用一对错配引物进行的PCR／酶解法检测β-地中海贫血-28（A→G）突变

1989年Haliassos等首先报道用误配碱基引物PCR检测点突变。其基本原理是，一个引物3’末端紧邻突变点，3’末端或近3’末端引入一个错配碱基，介导突变产物在此产生某内切酶酶切序列，而正常模板的PCR产物无该酶切序列，另一引物不含错配碱基。问题是当内切酶用量太少或失活时，     

用一对错配引物进行的PCR/酶解法检测β-地中海贫血-28(A→G)突变

1989年Haliassos等首先报道用误配碱基引物PCR检测点突变。其基本原理是,一个引物3′末端紧邻突变点,3′末端或近3′末端引入一个错配碱基,介导突变产物在此产生某内切酶酶切序列,而正常模板的PCR产物无该酶切序列;另一引物不含错配碱基。问题是当内切酶用量太少或失活时,突变模板PCR产物不能彻底酶解或完全不被酶解,易造成判一断错误。为避免上述情况,保证检测结果准确可靠,作者研究设计了用一对错配引物检测点突变方案,并     

一种新的HBV DNA rtA181T耐药突变检测方法

目的:通过巢式PCR及特异引物,建立一种新的乙肝病毒(HBV) DNA rtA181T耐药突变的PCR直接扩增检测方法?方法:巢式PCR方法第1轮扩增HBV DNA 逆转录酶rt活性域片段,第2轮PCR上游引物3′末端碱基设计为与HBV DNA rtA181T突变碱基相同的碱基,扩增出的目的基因片段,即为突变片段?利用该方法,本文检测了43例HBV DNA rtA181T变异标本,分析该方法检测的灵敏性;并比较分析低拷贝HBV DNA水平与高拷贝HBV DNA水平下,该方法与PCR-Sanger测序法检测HBV DNA rtA181T突变的一致性?结果:产物经测序证实,突变检测引物巢式PCR法能扩增出HBV DNA rtA181T耐药突变?在HBV DNA水平为24 U/?滋L?rtA181T突变株含量低至10%时,该方法仍能较好检测出rtA181T变异片段?对43例不同拷贝水平的HBV DNA rtA181T耐药变异临床标本检测显示,该方法检测灵敏性达100%,常规PCR-Sanger测序灵敏性为74%,差异有统计学意义(P < 0.05)?结论:基于巢式PCR及突变引物为基础的HBV DNA rtA181T耐药突变PCR直接检测法能较好地检测HBV DNA rtA181T耐药变异发生;对HBV DNA低拷贝水平下的rtA181T耐药变异检测,该方法灵敏性优于Sanger测序法,且有较好的特异性?这对早期发现HBV DNA耐药突变?及时更改抗HBV治疗策略具有重要临床指导意义?     

自建两轮PCR法对低载量HBV DNA S区基因的扩增及实验条件优化

目的 探究低载量HBV DNA S区基因扩增的可行性并对实验条件进行优化,为隐匿性HBV感染(OBI)患者HBV DNA S区基因突变检测提供依据.方法 采用传统巢式PCR和自建两轮PCR方法扩增6例低HBV DNA载量(100～200 IU/mL)和22例更低HBV DNA载量(20～99 IU/mL)的血清样本中HBV DNA S区基因,并对引物序列、引物量、PCR产物模板稀释倍数、退火温度、PCR反应循环数、PCR总反应体系等条件进行优化.PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后,切割目的条带凝胶进行克隆测序,然后对克隆测序结果进行核酸序列BLAST比对确认.结果 设计3对巢式PCR引物(P1～P3),扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化后,6例低HBV DNA载量的血清样本中仅2例经巢式PCR扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,22例更低HBV DNA载量样本无一例扩增成功.自建两轮PCR法设计了P4～P15共12对引物,扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化并筛选出P13为最佳引物后,6例低HBV DNA载量的血清样本全部扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列;15例(15/22,68.18％)更低HBV DNA载量的样本扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,经PCR产物克隆测序均证实为HBV DNA S区基因,该15例样本中HBV DNA载量最低为20.1 IU/mL.结论 基于引物P13自建的两轮PCR法更适用于低载量HBV DNA S区基因的扩增,扩增效率和特异性均优于传统巢式PCR;扩增产物可进一步应用于OBI者HBV DNA S区基因序列突变分析.     

单细胞扩增前引物延伸多基因位点检测研究

目的：考察单细胞扩增前引物延伸（PEP）全基因组扩增，后续巢式PCR同步检测β地中海贫血突变基因CD17、nt-28及连锁基因（ATTTT）、18和21号染色体短串联重复序列D18S51、D21S11和D21S1411、囊性纤维病CF△F508及连锁基因（GATT）、杜氏肌营养不良症DMD基因外显子17种48以及Y染色体性别决定基因SRY的可行性。方法：显微操作获取单个淋巴细胞和胚胎细胞，PEP全基因组扩增，后续特异性巢式PCR，检测上述10个基因位点的单细胞扩增成功率、假阳性率、假阴性率。结果：上述10个位点的单个淋巴细胞扩增成功率、假阳性率和假阴性主分别为89．5％、0．48％和2．50％，单个胚胎细胞扩增成功率和假阳性率分别为85．56％和3．0％。结论：单细胞PEP后续巢式PCR同步检测上述10个基因位点有较高的扩增成功率和很低的假阳性率和假阴性率，具有应用于植入前遗传学诊断的实际可行性。     

通过引物设计和提高退火温度提高实时定量PCR检测microRNA的特异性

目的：了解因某些microRNA (miRNA) 家族成员序列相似,以及同一种成熟miRNA的长度不均一对PCR定量检测结果的影响,寻找区分相似miRNA成员和准确定量的方法和条件。方法: 采用RNA加尾和引物延伸实时定量RT-PCR法,设计不同位置错配的引物,以克隆到质粒中的全长成熟miRNA为模板,比较在不同退火温度下各种错配引物与完全匹配引物在扩增miRNA上的效率差异,并根据由此得出的经验设计let-7家族成员引物,以克隆的成熟miRNA为模板,检测其在不同退火温度下区分相似家族成员的能力。此外,设计了10组3′末端碱基位置不同的特异引物,比较了它们在检测小鼠大脑miRNA表达水平上的差异。结果：提高退火温度12 ℃~14 ℃将最大限度增加特异性而不降低敏感性,将引物的3′ 末端置于差异碱基或其附近可以有效区分相似miRNA序列,将引物3′ 末端置于miRNA第18~20个碱基,可避免漏检较短的成熟miRNA,使定量更真实准确。结论：精心设计引物并提高退火温度可提高实时定量PCR检测microRNA的特异性和准确性。     

盐藻cbr基因启动子及其3''''-非翻译区序列的克隆

目的：克隆盐藻cbr基因启动子和3‘-非翻译9(3‘-UTR)片段。方法：设计2对引物，通过2轮巢式PCR反应，扩增cbr基因启动子，其中首轮PCR反应使用改良的降落PCR程序，第二轮巢式PCR反应的模板是第一轮PCR产物，使用普通PCR程序；cbr基因3‘-UTR片段的克隆采用一对引物，通过一般PCR程序得到。结果：通过巢式PCR得到长约1．1kb的cbr基因启动子片段，DNA测序结果表明碱基序列与文献记载完全相同，无任何碱基突变；克隆的长0．3kh的chr基因3‘-UTR片段经人工比较，与收录的序列吻合，无碱基突变。结论：利用普通Taq酶对用PCR方法克隆得到了盐藻胡萝卜素生物合成相天基因cbr的2个基因表达渊控序列；结合使用巢式PCR和改良降落PCR，可以非常有效地克隆具有复杂二级结构的DNA片段；通过两端人工添加的限制序列．将cbr基因启动子和3‘-UTR2个调控片段构建到同一个载体上，形成cbr基因表达盒，为构建转基因盐藻表达载体打下了基础。     

2种PCR方法扩增盐藻肌动蛋白基因3'旁侧序列比较

目的：比较扩增盐藻肌动蛋白基因3’旁侧序列的2种PCR方法。方法：用pvuⅡ、EcoR Ⅴ和StuⅠ3种限制性内切酶消化盐藻基因组DNA后，供2种PCR用，一种是连接介导法PCR(LMPCR)，与用人工合成的适配子相连并用适配子引物和盐藻肌动蛋白基因特异引物扩增未知序列；另一种是反向PCR(IPCR)，酶切后的DNA自身环化做模板，用2对基因特异引物反向扩增。结果：2轮PCR后，LMPCR中得到大量的非特异扩增产物，测序结果发现许多产物是由适配子引物AP2单独扩增引起。而反向PCR在得到pvuⅡ和Stu Ⅰ消化的自连文库中扩增得到2．5kb特异产物，经测序发现，片段两侧为基因特异引物，部分序列与已知序列相一致。Southern也进一步证实了IPCR扩增片段来源于盐藻基因组DNA。结论：IPCR技术在克隆基因旁侧序列时优于LMPCR方法。     

HBV耐拉米夫定多聚酶基因变异检测方法的建立

目的：建立一种简便，准确，实用的乙型肝炎病毒（HBV）耐拉米夫定多聚酶基因变异检测方法。方法：根据已公布的HBV DNA序列，在HBV多聚酶基因区设计合成了两对寡核苷酸引物，其中一只为错配引物；应用巢式错配聚合酶链反应（PCR）特异性扩增含有HBV多聚酶基因YMDD基序的片段，扩增产物用限制性内切酶（NdeI)酶切，琼脂糖凝胶电泳，观察酶切后目的片段的限制性片段长度多态性（RFLP）图谱，部分标本进行DNA测序。结果：（1）所建立的巢式错配PCR－RFLP法，从DNA提取到酶切后电泳分析仅需要11小时，灵敏度高，可以检测到10^3copies/ml的HBV DNA；特异性强，结果准确，经DNA测序证实。（2）检测20例长期服用拉米夫定的慢性乙型肝炎患者的系列血清，发现YMDD变异者（45％）9例，YMDD野毒株者（55％）11例 ，表明该法可有效地鉴别HBV YMDD野毒株与变异株。结论：本实验所建立的用于检测HBV耐拉米夫定多聚酶基因变异的巢式错配PCRRFLP方法简单，敏感，特异，适用于一般实验室及大规模的人群调查。     

高保真酶特异性检测大鼠SNP基因型新方法

目的应用高保真酶(Pfu)和3’末端修饰引物在单管双向等位基因特异性扩增(SB-ASA)中区分SNP基因型,建立高保真酶特异性检测SNP基因型的新方法。方法选取近交系大鼠SNP位点,以RS8149053为例,设计两个外部引物和两个等位基因特异性引物,四引物3’末端进行硫代磷酸化修饰,应用高保真聚合酶(Pfu)进行特异性扩增,扩增结果测序验证其可靠性。结果在RS8149053 SNP位点(C/T)上,等位基因型CC扩增出179 bp目的片段,基因型TT扩增出597 bp目的片段,基因型不同则扩增出分子量不同的片段,目的条带测序结果与Rat Genome Database数据库基因型结果一致,高保真酶扩增结果稳定且特异性强。结论高保真酶等位基因特异性扩增技术能有效降低假阳性率,是一种快速、特异的SNP基因分型新方法。     

Ⅰ型常染色体显性遗传多囊肾病基因诊断与基因突变情况的调查

目的：(1) 建立Ⅰ型常染色体显性遗传多囊肾病(ADPKDⅠ)的基因诊断方法;(2) 寻找具有普遍意义的突变方式,以优化基因诊断。方法：(1) 采用Southern杂交和 PCR 方法, 调查ADPKDⅠ基因3′端单拷贝区突变情况;(2) PCR扩增分析微卫星SM7。结果：将AH4与16例患者的基因组DNA进行Southern杂交后, 均显示有正常的15 kb的杂交片段。对27例患者ADPKD Ⅰ基因3′端AH4和JH14两探针间的5.72 kb 基因组DNA行PCR扩增后,未发现5.5 kb基因组DNA缺失。109名正常人SM7 PCR扩增显示,其多态信息含量(PIC)值为0.76,3个家系的SM7 等位片段与疾病基因连锁关系明确。结论：在汉族中：(1) ADPKDⅠ基因3′ 端单拷贝区无常见性大片段基因组DNA缺失类突变;(2) SM7所含PIC 较高,用其可在70％？80％的ADPKDⅠ家系中作出基因诊断。     

三种不同DNA提取法对血链球菌随意引物PCR鉴定影响的研究

目的：研究不同DNA提取法对随意引物聚合酶链反应（AP－PCR）鉴定血链球菌的影响。方法：采用3种DNA提取法，利用25碱基引物5′AAG AGA GGA GCT AGC TCT TCT TGG A 3′对不同菌种的血链球菌DNA进行AP－PCR。结果：不同菌种的血链球菌DNA经AP－PCR扩增后产生不同的DNA片段；用不同方法提取同种血链球菌DNA可以得到相同的DNA片段。结论：不同DNA提取法不影响鉴定结果。     

PCR—SSP检测HLA—B27基因的方法及临床意义

目的：建立快捷、特异的PCR－SSP检测HLA－B27基因的方法。方法：以钾缓冲液提取50－200μl外周血中的DNA，设计序列特异性的HLA－B27引物进行PCR扩增检测HLA－B27基因，结果与淋巴细胞毒方法（MLCT）相对比。结果：所设计引物可扩增出目的基因片段，钾缓冲液提取DNA可满足PCR要求，全部检测过程可在6h内完成。在225例门诊和住院患者中，HLA－B27阳性率在PCR方法和MLCT方法分别为77．3％和68．0％，两者的一致率为83．6％，在88例肯定的脊柱关节病（SpAs)住院患者中，HLA－B27阳性率在PCR方法为92．1％，在MLCT方法为81．8％，两者的一致率为89．8％。结论：PCR方法检测HLA－B27较MLCT方法敏感，特异和快捷，标本用量少、采集和保存方便，便于大量样本的临床和流行病学研究。     

Channel catfish重组激活基因克隆与鉴定

目的尝试用简并引物扩增序列未知的channel catfish基因组DNA中ragl基因的片段并测序,为ragl基因的早期进化模式和遗传学变异情况的研究提供直接的证据.方法基于ragl基因的高度保守设计简并引物,PCR扩增channel catfish基因组DNA中ragl基因的片段,TA克隆并双向测序.将所得序列资料拼接,用多种生物信息学方法分析其ORF、内含子、与其它物种ragI基因及Ragl蛋白的相似性,并做多序列比较和系统进化树分析.结果扩增出3条chan-nel catfish ragl基因的DNA片段.从拼接后的序列中找到一2 235bp的ORF和一293bp的内含子,所得序列与其它物种ragl基因的相似程度高(多大于70%),去除内含子后的channel catfish ragl基因序列与zebrafish、rainbow trout、bull shark的ragl基因cDNA全序列碱基一致的位点占43.9%,自第1 352位碱基至2 925位碱基为53.1%,而自第1位碱基至1 351位碱基为33.2%,有非常显著的差异(P＜0.01).结论用简并引物成功扩增出channel catfish ragl基因的DNA片段.序列在GenBank中的登记号是:AY423858(去除内含子序列),AY423859.ragl基因进化缓慢,高度保守,不同物种ragI基因的变异相对集中在氨基末端的区域.系统进化树分析显示了13种硬骨鱼在进化上关系的亲疏.     

多重半巢式聚合酶链反应检测巨细胞病毒DNA多聚酶基因

目的：探讨多重半巢式聚合酶链反应（msnPCR)在研究巨细胞病毒（CMV）DNA多聚酶基因（UL-54）中的应用价值。方法：从8例心肺移植患者血标本中提取DNA,以CMV-UL54为模板,自行设计6条特异性引物,建立msnPCR扩增系统。扩增产物在DNA测序仪上自动测序。结果：msnPCR能扩增出427bp和1052bp两条目的片段,扩增产物测序表面存在导致氨基酸改变的碱基有义突变。结论：msnPCR扩增结合测序,可检测CMV-UL54的7个功能区目片段中的碱基突变,msnPCR比普通PCR更加省时和经济。     

型特异性引物PCR技术在HBV基因分型中的应用

目的 应用乙型肝炎病毒（HBV）型特异性引物PCR的基因分型方法，了解武汉地区HBV基因型的分布及其临床意义。方法 选择298例HBV感染者，分成表面抗原携带者（ASC）、急性肝炎（AH）、慢性肝炎（CH）、重型肝炎（SH）、肝硬化（LC）和原发性肝癌（HCC）6组，用多对型特异性引物PCR方法检测HBV的基因型；并对4份血清HBVDNA进行序列分析。结果多对型特异性引物PCR法可简便、快速、准确地鉴定HBV基因型；298份HBVDNA阳性的血清标本中，B基因型197例（66．1％），BC混合型68例（22．8%），C基因型33例（11．1％）；B基因型在ASC、AH、CH、SH和HCC组患者中均占绝对优势，分别为63．6％、71．9％、68．7％、89．5％和65．9%，C基因型在各组患者中的分布差异无显著性意义，BC混合基因型在各组患者中的分布存在差异，更多见于肝硬化患者；各基因型在ALT水平、HBeAg阳性率及HBV DNA水平上差异无显著性意义（均P〉0．05）。结论 多对型特异性引物PCR扩增法能快速准确地进行HBV基因分型检测，可用于大规模的流行病学调查；武汉地区HBV感染者中，优势基因型为B型，其次为BC混合型和c型，BC混合型更多见于肝硬化患者。     

抗体捕捉聚合酶链式反应检测血清低水平HBV—DNA

目的：提高HBV－DNA检测的灵敏度。方法：用单克隆抗乙肝表面抗体（HBsIgM)捕捉HBV再结合聚合酶链式反应（抗体捕捉PCR）进行HBV－DNA扩增，经琼脂糖电泳观察结果。结果：用抗体捕捉PCR法检测452例HBsAg阴性HBV既往感染血清，转氨酶（ALT）轻度或高组和ALT正常组各种模式HBV－DNA阳性率平均分别为15．27％和9．60％，136例肝炎病毒免疫标志物阴性的原发性肝癌、肝硬化、慢性活动性肝炎患血清HBV－DNA阳性率分别为15．38％、20．00％、40．38％，提示HBV低水平感染的存在。结论：捕捉PCR检测HBV－DNA比传统PCR和探针杂交方法更灵敏，特异性更强，对明确肝病病因和献血员筛选具有重要意义。     

AS-PCR方法检测中国人群CYP2C19基因多态性

目的:建立一种快速、灵敏的细胞色素氧化酶P4502C19基因多态性检测方法。方法:分离外周血淋巴细胞基因组DNA,分别用一对等位基因特异性(allele-specific,AS)的反向引物与共用正向引物进行PCR扩增,通过电泳分析对应的PCR产物来判断CYP2C19基因型。在AS引物3′端倒数第三位或第二位引入错配碱基改进特异性。采用优化后方法对278例健康人进行CYP2C19基因型分析。结果:AS-PCR可检测CYP2C19基因多态性,引入第二个错配碱基可提高检测特异性。经直接测序验证结果完全一致。结论:建立和优化的AS-PCR方法适用于CYP2C19基因多态性快速检测。     

用套式PCR检测新生儿先天性巨细胞病毒感染

选取HCMV AD169棘EcoRI J片段区的IEA基因第四外显子为扩增靶序列，合成两对引物，外引物扩增242bp片段，内引物扩增146bp的片段，此方法很灵敏，可检测5-10fg HCMV DNA．我们随机采集51名新生儿脐带血，应用NaI法提取垒血DNA为模板进行扩增，结果表明；32名为HCMV DNA阳性，以口腔粘液DNA(40名)为模扳进行扩增，24名为HCMV DNA阳性。因此，套式PCR可用于临床上快速准确地检测HCMV。