NGS技术检测自然流产胚胎或绒毛染色体非整倍体及拷贝数变异的研究

目的探索新一代测序技术(NGS)在检测自然流产胚胎或绒毛组织染色体非整倍体和拷贝数变异(CNV)应用中的价值。方法选择20例自然流产患者的绒毛进行染色体核型分析,同时应用NGS技术进行染色体非整倍体和拷贝数变异的检测,并以染色体核型分析结果为"金标准"进行NGS方法的评估。后于2013年共收集1074例自然流产胚胎或绒毛组织,应用NGS技术完成染色体非整倍体和CNV的检测,并对检测结果进行分析。结果 20例自然流产样本的NGS结果与核型分析结果对比,检测灵敏度和特异性均为100%。临床检测的1074例流产组织样本中,42例样本DNA不符合质控标准,实际完成检测1032例。1032例组织样本中阳性445例(43.12%),其中非整倍体369例(82.92%),以16、X、22、21、15、18号染色体高发;CNV共76例(17.08%),阳性样本集中发生在8-12w。阴性587例(56.88%)。根据孕妇年龄将样本分为三组比较,差异有统计学意义(P0.01)。结论 NGS技术用于检测流产组织的非整倍体和拷贝数变异具有较高的灵敏度和特异性,是适用于临床的有效检测方法。     

早期自然流产的遗传学因素分析

目的对早期流产组织进行遗传学检测,并对各种染色体异常的年龄分布进行分析。方法综合应用染色体核型分析、高通量基因测序及荧光原位杂交技术,对180份稽留流产绒毛组织进行检测,分析不同年龄孕妇流产组织中染色体异常的发生率,同时分析各种染色体异常的年龄分布情况,并分析异常胚胎的亲代染色体核型。结果在180例稽留流产绒毛样本中,共发现染色体异常89例,其中数目异常77例,拷贝数异常12例。在35岁以上的孕妇中,胚胎染色体异常发生率最高。结论高通量测序技术能够对流产组织进行高效检测,失败率低,对样本要求低,检测分辨率高。同传统的染色体核型分析以及荧光原位杂交相结合,能够显著提高染色体异常的检出率。     

高通量测序技术在孕妇流产组织中的应用价值

目的运用高通量基因测序(nextgenerationsequencing,NGS)技术探讨孕妇自然流产组织的遗传学病因。方法选取我院2016年1月至2018年12月的90例稽留流产的孕妇,对其行流产组织取样,采用NGS技术对流产组织行全基因组拷贝数变异(copy numbervariants,CNVs)检测,对其染色体异常的类型和比例进行数据分析。结果 90例流产组织均成功得到检测结果,检测成功率为100%,90例稽留流产的病例(包括绒毛组织66例和胎儿脐带根部组织24例),流产绒毛组织66例中,检测出染色体异常44例(66.67%),其中染色体非整倍体异常34例(占染色体异常的77.27%),染色体嵌合体异常6例(占染色体异常的13.64%),CNV异常9例(占染色体异常的20.45%);中晚孕期胎死宫内引产后取脐带根部组织24例中,检测出染色体异常9例(41.67%),其中染色体非整倍体异常7例(占染色体异常的77.78%),CNV异常2例(占染色体异常的22.22%);11例CNV异常的病例中,均检测到10Mb以下的染色体微缺失和微重复,这些微缺失和微重复的片段均包含与胎儿结构畸形、发育异常、智障、心脏缺陷、骨骼肾脏畸形、特殊面容、肌张力下降、认知障碍、自闭症等相关的致病性CNVs。结论自然流产与染色体异常密切相关,应用NGS检测技术,不但检测成功率高,还能检测出传统核型技术无法检测到的亚显微结构的染色体异常,可提高疾病诊断率,为患者再次妊娠提供很好的遗传指导。     

高通量测序技术与传统染色体核型分析技术在稽留流产遗传学分析中的比较

目的比较传统染色体核型分析技术和高通量测序技术在稽留流产遗传学分析中的应用,探讨高通量测序在临床遗传学分析中的价值。方法采用绒毛细胞培养及染色体核型分析检测稽留流产绒毛组织1530例;采用高通量测序和生物信息分析技术检测稽留流产绒毛组织例。比较两种方法的一致性及差异。结果 (1)传统染色体核型分析技术:1530例稽留流产绒毛培养成功率为93.5%(1431/1530);在1431例核型分析结果中,染色体正常占44.4%(636/1431);染色体数目异常占53.9%(771/1431)(其中含嵌合体29例);染色体结构异常占1.7%(24/1431)。(2)高通量测序技术:25例稽留流产绒毛样本全部检测成功,成功率100%;染色体正常占28%(7/25);染色体数目异常占56%(14/25)。染色体结构异常(染色体片段的缺失和重复)占16%(4/25)。(3)通过两种检测方法的比较,发现高通量测序技术具有更高的染色体结构异常检出率。结论高通量测序技术用于诊断稽留流产绒毛组织是可行的,与传统染色体核型分析技术相比成功率高,且对染色体结构异常的诊断有较高的敏感性,可以作为传统染色体核型分析技术的补充方法。     

应用高通量测序的染色体组拷贝数分析技术分析先天性心脏病胎儿基因组拷贝数变异

目的应用高通量测序的染色体组拷贝数分析技术分析先天性心脏病胎儿基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV),初步探讨高通量测序技术在胎儿先心病中的应用价值。方法对超声发现胎儿先天性心脏病患者进行脐血染色体检查,对于染色体核型正常者进而行高通量测序基因组拷贝数分析,相关CNV到相应数据库查找分析。结果共检测先心病胎儿28例:染色体异常者7例;染色体核型正常者21例。正常者中10例行高通量测序基因组拷贝数分析,未发现拷贝数变异者2例;有CNV改变的占8例,能检测到13处250 kb~13M染色体片段的CNV。其中4处存在临床意义不明确的CNV。结论高通量测序技术用于先天性心脏病遗传分析是可行的,所检测的CNV变异可以作为胎儿先心病遗传学数据的积累。     

武汉地区77例流产绒毛细胞的染色体核型分析

目的分析早期自然流产绒毛样本的细胞染色体核型,探讨孕早期绒毛染色体分析技术在流产查因中应用现状。方法应用长期培养法对77例早期流产的胎儿绒毛组织进行细胞培养,对培养成功的绒毛细胞进行染色体核型分析。结果 77例自然流产的绒毛组织中细胞培养成功40例(51.9%)。其中,检出染色体异常25例(62.5%),数目异常17例(68%),结构异常6例(24%),数目异常合并结构异常2例(8%)。结论胚胎染色体异常是早期自然流产的主要原因,绒毛染色体的检查有利于查明流产原因,但实际应用中培养成功率不高,可结合其它分子技术共同应用于临床。     

基因拷贝数变异检测在胚胎流产物遗传学检测中的应用

目的探讨基于高通量测序技术的基因拷贝数变异检测(NGS-CNVs)在胚胎流产物遗传学诊断中的价值。方法选取2015年6月至2016年2月在唐山市妇幼保健院产前诊断中心确诊为稽留流产,流产原因不明,要求遗传学检测的样本105例。在知情同意的前提下行绒毛细胞培养染色体核型分析检查和NGS-CNVs检测。分析两种诊断方法的检测结果。结果 (1)NGS-CNVs成功检测101例(96.0%),失败4例(4.0%)。诊断染色体异常53例(50.5%),其中包括数目异常36例(34.3%)、结构异常(微缺失或重复)17例(16.2%)、48例未见异常(45.7%)。(2)染色体核型分析成功检测89例(84.8%),失败16例(15.2%)。诊断染色体异常38例(36.2%),其中包括数目异常32例(30.5%)、结构异常(平衡易位及多态性)6例(5.7%)、51例未见异常(48.6%)。(3)两种技术相比,NGS-CNVs检测成功率明显高于绒毛细胞培养染色体核型分析,差异具有统计学意义(P=0.005);NGS-CNVs检测出更多的染色体结构异常,差异具有统计学意义(P=0.015)。NGS-CNVs检测染色体数目异常结果与绒毛细胞培养染色体核型分析结果一致。结论 NGS-CNVs检测用于胚胎流产物遗传学检测切实可行。NGS-CNVs可以快速准确的检测出染色体数目异常,同时能够检测出常规染色体核型分析无法发现的大量微缺失或重复,其临床意义有待进一步证实。     

自然流产遗传病因的高通量测序检测

目的应用高通量测序技术(HT-NGS,High throughput-next generation sequencing technologies)研究自然流产发生的遗传学病因分布情况。方法提取孕早期流产绒毛组织或孕中期流产胎盘组织,裂解细胞后提取DNA。采用高通量测序技术检测染色体异常图谱。结果共检测174例流产组织,诊断成功率100%。诊断正常核型110例,占63.2%,女男比例1:1.39。诊断染色体数目异常64例,占总病例的36.8%。其中45,X 14例,占数目异常的21.9%;21-三体10例,占数目异常的15.6%;16-三体、14-三体和22-三体各5例,分别占数目异常的7.8%;18-三体和13-三体各4例,分别占数目异常的6.3%;69,XXX、69,XXY及3-三体各2例,分别占数目异常的3.1%。诊断CNV81例,占46.6%。其中有临床意义的28例,占16.1%,无意义及意义不明的占30.5%;正常核型合并CNV58例,占CNV总数的71.6%,染色体数目异常合并CNV23例,占CNV总数的28.4%。其中1例患者检测到13号染色体大段缺失。174例组织中,早期妊娠135例,其中染色体数目异常61例,占早期妊娠病例的45.2%;检测46,XN 74例,占早期妊娠病例的54.8%。结论高通量测序技术为发展的新技术,可用于任何孕期诊断。其取材量少,检测成功率高,快速、覆盖面广,但缺点是价格贵,对于平衡易位无法诊断。     

FISH技术在检测自然流产绒毛染色体异常中的应用研究

目的探讨荧光原位杂交(FISH)技术诊断自然流产绒毛组织染色体异常中的应用价值。方法应用FISH技术对78例孕早期流产绒毛组织进行13/16/18/21/22/X/Y染色体检测分析。结果 78例流产绒毛FISH检测结果中,共发现16例异常,异常核型检出率20.5%,其中发现三倍体4例;16三体4例;21三体5例;22三体3例。结论染色体数目异常是导致孕早期自然流产的主要因素,FISH技术可以快速地检测出流产绒毛组织染色体异常。     

两种方法应用于早期自然流产原因分析

目的通过对早期自然流产的绒毛进行传统的绒毛染色体核型分析和荧光原位杂交（FISH）技术两种方法的检测,对其结果分析,为临床早期自然流产查明原因,提供更准确的依据,对下次妊娠进行指导。方法对197例早期自然流产患者的绒毛同时进行传统的细胞遗传学分析-绒毛染色体核型分析和荧光原位杂交（FISH）技术两种方法的检测。结果 197例绒毛细胞培养成功179例,失败18例,检出染色体数目异常的核型有79例。197例绒毛荧光原位杂交（FISH）技术试验成功的有194例,其中3例无信号,检出13、16、18、21、22和性染色体数目异常的有75例。结论胚胎的染色体异常是导致早期自然流产的一个重要原因,其中数目异常为主要类型。我院用这两种方法同时对早期自然流产的绒毛进行检测,两种技术各有优势,两者结合后,大大提高了异常核型的检出。在流产查因中,两种方法同时进行会大大提高诊断效率,为临床医生指导患者下次妊娠提供更好的临床依据。     

应用微阵列一比较基因组杂交检测复发性流产的原因

目的 应用微阵列一比较基因组杂交技术(a CGH),对复发性流产胎儿组织进行基因组染色体微小畸形(CMA)检查,探讨染色体微小畸形与复发性流产的关系。方法 对23例复发性流产胎儿运用Agilent 8×60K DNA芯片筛查染色体拷贝数异常情况,之后查询中国人类染色体异常核型目录数据库,并结合临床资料分析染色体拷贝数异常与复发性流产的关系。结果 14例复发性流产胎儿染色体核型正常;a CGH检测结果表明有9例患者存在不同程度的染色体DNA拷贝数的扩增或缺失,其中2例染色体变异被认为是正常多态性;另外7例染色体区段的变异可能与复发性流产相关。结论 a CGH技术检测染色体的DNA拷贝数的变化,为由DNA拷贝数异常引发的胎儿复发性流产临床诊断提供分子依据,同时为继续追踪下次怀孕提供指导意见。     

107例稽留流产胎儿绒毛染色体分析

目的统计分析胎儿染色体核型异常与稽留流产发生的关系。方法对107例稽留流产孕妇行清宫术时,取胎儿绒毛组织,按常规技术方法制备绒毛细胞染色体,G显带后进行核型分析。结果检测分析流产胎儿绒毛共107例,核型异常64例,异常率为59.81%。其中数目异常58例,染色体结构异常5例。结论染色体异常是稽留流产的重要原因,对稽留胎儿绒毛进行染色体分析可为病因诊断和再生育的优生指导提供可靠依据。     

单核苷酸多态性基因芯片技术在早期自然流产中的应用

目的探讨单核苷酸多态性基因芯片技术在早期自然流产中的应用价值。方法选择2014年8月到2016年3月在金华市妇幼保健院产前诊断中心就诊的患者,收集52例因不明原因早期流产组织物成分,采用SNP芯片技术进行检测,并应用常用数据库ISCA(international standards for cytogene-ticarrays),OMIM(online mendelian inheritance in man)对有拷贝数变异(copy number variations,CNV)的结果进行比对分析。结果 52例标本全部检测成功,共发现异常分子核型28例,异常检出率53.8%;其中数目异常24例,占所有异常核型的85.7%(24/28),结构异常4例,占14.3%(4/28)。数目异常以三体型多见。发现2例CNV与致病性基因相关。结论 SNP芯片作为一种全新的分子遗传学技术有着分辨率高,特异性、稳定性好等的优点,并能检测微缺失或重复、单亲二倍体、低比例嵌合体等异常早期流产,适用于不明原因自然流产的孕妇的诊断。     

51例胎儿颈项透明层增厚的染色体核型及CNV-Seq结果分析

目的对于胎儿NT≥3.0mm的孕妇通过绒毛或羊水取材术行染色体核型G显带分析同时行CNV-Seq技术检测,通过CNV-Seq技术在全基因组范围内检测染色体拷贝数变异(CNV),得到异常的CNV后,对其进行基因型与表型关系分析,以指导产前遗传咨询。方法选取2017年1月至6月在柳州市妇幼保健院产前诊断中心的48例孕11～13+6w超声诊断NT≥3.0mm孕妇,其中双胎孕妇2例(均为双绒双羊双胎,其中1例双胎一胎水囊瘤、死胎;另1例双胎两胎儿生长发育不一致),三胎孕妇1例(双绒叁羊叁胎),通过产前诊断取得胎儿样本51份(绒毛21份,羊水30份),同时对胎儿样本进行染色体核型G显带分析和CNV-Seq技术检测染色体拷贝数变异(CNV)。结果 51份胎儿样本均获得染色体核型G显带和CNV-Seq技术检测结果。CNV-Seq技术检测结果异常22例,检出率为43.14%,其中致病性CNV异常19例(86.36%),检出率为37.25%,非致病性CNV异常3例(13.64%),检出率为5.88%。致病性CNV异常中非整倍异常15例(78.95%),检出率为29.41%,与染色体核型G显带结果一致;染色体大片的缺失1例(5.26%),检出率为1.96%,染色体核型G显带结果46,XN,del(10)(q26);染色体微缺失、微重复3例(15.79%),检出率5.88%,染色体核型G显带结果未见异常,即在胎儿染色体核型G显带结果正常的34例病例中检出3例致病性微缺失、微重复(8.82%,3/34)。结论通过CNV-Seq技术检测,我们额外增加了8.82%NT增厚的胎儿异常检出率。对产前遗传咨询起着重要作用,也给产前遗传咨询和疾病诊断提供可靠的依据和技术手段。     

绒毛染色体核型分析在产前诊断及自然流产中的临床应用

目的绒毛细胞培养及其核型分析在产前诊断及自然流产病因的应用。方法采用绒毛细胞培养分别对符合产前诊断指征的150例孕妇由B超介导下经腹壁穿刺术留取绒毛及早期胚胎停育的620例患者留取绒毛,进行细胞培养、染色体制备、核型分析及结果比较。结果 (1)产前绒毛培养成功率(95.3%)高于流产胚胎绒毛细胞培养成功率(89.4%),流产胚胎绒毛染色体异常发生率58.3%,产前绒毛染色体异常发生率10.6%,(2)早期自然流产胚胎异常核型发生率为56.3%(312/554),数目异常和结构异常分别占异常核型的96.5%,3.5%,数目异常主要为三体(51.9%),以16-三体为高发、其次为单体(17.9%)和多倍体(15.1%)。(3)早期自然流产孕妇中,年龄≥35岁者的胚胎异常核型发生率明显高于年龄35岁,有明显差异(P0.01);(4)自然流产病例中,女性胚胎占61.6%(341/554),男性胚胎占38.4%(213/554),两组染色体异常的发生率分别为45.7%和63.6%,有明显差异(P0.01)。结论绒毛细胞培养检测染色体的方法,同时适用产前诊断绒毛和流产胚胎绒毛。     

染色体微阵列分析技术在流产或死胎原因分析中的应用

目的探讨染色体微阵列分析技术(chromosomal microarray analysis,CMA)在流产或死胎原因分析中的应用价值及流产或死胎与染色体异常的关系。方法采用CMA技术对流产绒毛或死胎组织进行全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)检测。结果824例流产或死胎样本检测成功率100%,染色体异常381例(46.2%),其中数目异常312例(81.9%),结构异常66例(17.3%),单亲二倍体(uniparental disomy,UPD)3例(0.8%)。数目异常中占比最大的为非整倍体,共287例(92.0%),以16-三体和Turner综合征最为多见,分别为41例(13.1%)和63例(20.2%)。66例染色体结构异常中,26例(39.4%)发生拷贝数重复,20例(30.3%)发生拷贝数缺失,20例(30.3%)发生拷贝数重复伴缺失,其中33例检出临床致病的可能性大。结论CMA是诊断流产或死胎病因的一种可靠、稳定、高分辨的技术。胚胎染色体数目异常是引起临床流产的主要遗传因素,其中以非整倍体变异最为常见。     

稽留流产患者绒毛组织的染色体核型分析

目的通过对稽留流产患者的流产绒毛组织进行染色体核型分析,探讨染色体异常与稽留流产之间的关系。方法对2011年2月至2017年6月,因稽留流产在我院行流产绒毛组织培养和染色体核型分析的286例患者进行回顾性分析。结果 286例稽留流产绒毛组织中,培养成功262例,成功率为91.61%(262/286)。共检出异常核型135例,异常率为51.53%(135/262),其中数目异常占118例(87.41%,118/135),结构异常17例(12.59%,17/135)。结论胚胎染色体异常,尤其数目异常是导致孕妇稽留流产的最主要原因,为流产孕妇提供绒毛组织染色体核型分析可明确其稽留流产原因,对再发风险评估提供科学的理论依据。     

高通量测序染色体拷贝数变异检测在359例羊膜腔穿刺产前诊断中的临床研究

目的探讨高通量测序染色体拷贝数变异检测在产前诊断中的临床价值。方法对359例有相关产前诊断指征行经羊膜腔穿刺的孕妇行细胞培养染色体核型分析和染色体拷贝数变异检测,比较两种方法的检测结果,分析其临床应用价值。结果核型分析共发现11例染色体异常,阳性率为3.1%(11/359);染色体拷贝数变异检测共发现26例染色体异常,阳性率7.2%(26/359)。细胞培养染色体核型分析正常的15例标本中,经染色体畸变技术检测3例存在微缺失/微重复。结论染色体拷贝数变异检测技术对染色体非整倍体和微缺失/微重复具有高准确性、可靠性和可重复性,对产前诊断胎儿异常具有重要临床意义。     

122份稽留流产绒毛的FISH检测与染色体核型分析结果的对比

目的探讨FISH和核型分析在遗传检测稽留流产绒毛组织中的优势与不足。方法应用13、16、18、21、22、X、Y七条染色体特异性FISH探针对122例稽留流产绒毛进行杂交检测,同时进行细胞培养和核型分析。结果 122例标本中,绒毛细胞核型分析98例,成功率80.3%,发现异常核型49例,阳性率达50.0%;FISH检测成功率100%,数目异常35例,阳性率为28.7%。结论 FISH可以快速、准确地诊断染色体数目异常,成功率高,但无法检测结构异常,易受母体血和胎盘组织污染,核型分析可以检测所用染色体的数目和结构异常,但需要培养细胞,时间长,成功率不及FISH,但准确性高。     

应用高通量测序的染色体组拷贝数分析技术在先天性心脏病产前诊断中的应用

目的探讨高通量测序的染色体组拷贝数变异(Copy number variation,CNV)分析技术在先天性心脏病产前诊断中的应用价值。方法以2015年1月至2016年12月经本院产前诊断中心确诊存在胎儿CHD的孕妇为研究对象,进行产前染色体核型分析与高通量测序技术CNV检测。结果核型分析检出异常核型4例,异常检出率为8.16%,其中21三体3例,染色体结构异常1例;CNV检出异常9例,异常检出率为18%,其中21三体3例,22q11微重复综合征2例,22q11微缺失综合征1例,9号染色体部分重复1例,其他微缺失/微重复2例;临床意义不明CNV变异3例。结论 CNV检测可以比核型分析发现更加复杂的异常,可以作为传统染色体核型分析技术的补充方法,可有效预防CHD胎儿的风险,对优生优育有重要意义。