钩藤散活性成分治疗阿尔茨海默病作用机制的网络药理学分析

目的利用网络药理学方法研究钩藤散治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法从中药系统药理学数据库(TCSMP)、中药信息数据库(TCMID)中筛选钩藤散治疗AD的活性成分,并构建药物-靶标-疾病网络、蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,运用生物信息学分析方法进行GO分析、通路富集分析和PPI网络分析。结果通过网络药理学方法筛选出钩藤散活性成分65种,显示其活性化合物的预测靶点473个,215个靶点与AD相关,钩藤散活性化合物的药效作用靶点高度富集到与AD相关的信号通路和生物学过程,PPI网络结果显示JUN、TNF、VEGFA、ESR1、APP可能是钩藤散治疗AD的重要作用靶点。结论钩藤散活性化合物以协同的方式与多个靶点、多种途径相互作用,主要通过抗炎、抗凋亡、增强代谢和增强免疫系统等途径对AD产生重要的治疗作用。     

基于网络药理学探讨开心散防治阿尔茨海默病的作用靶点和作用机制

目的 基于网络药理学探讨开心散(KXS)防治阿尔茨海默病(AD)的潜在作用靶点和作用机制.方法 应用中药综合数据库(TCMSP)及BATMAN-TCM分析工具筛选出开心散的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的数据库GeneCards, OMIM筛选AD的作用靶点,进而筛选开心散与AD的交集核心靶点,并运用Cytos...     

基于网络药理学的四君子汤作用机制分析

目的:采用网络药理学方法探讨四君子汤的功效物质基础和配伍机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四君子汤全方4味中药的化学成分、作用靶点、相关疾病。进而构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,靶点-通路网络,研究四君子汤作用机制。结果:通过筛选得出27个化合物,相应靶点93个、相关疾病215种。PPI网络包含68个靶点,关键靶点涉及FOS,ESR1,AR,PPARG等。基因本体(GO)条目121个,其中生物过程相关的条目96个,分子功能相关的条目13个,细胞组成相关的条目12个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路3条,涉及神经活性受体-配体相互作用信号通路、钙离子信号通路、癌症信号通路。结论:本研究结果初步验证了四君子汤的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

铁箍散作用机制的网络药理学研究进展

<正>铁箍散[Schisandra propinqua(Wall.)Baill.]为五味子科五味子属植物,又称小血藤、香巴戟,主要成分为木脂素类和三萜类、黄酮类、挥发油等,具有抗肿瘤、抗炎、促进骨细胞生长等作用,是我国特有的土家族药用植物,在我国分布比较广泛,主要集中在湖南、湖北、贵州、四川、云南等西南地区。民间常用来治疗风湿麻木、跌打损伤、风湿骨痛、疮疖肿痛等病症,疗效显著,但尚未收录在药典中。由于对该药缺乏系统的研究及整理,     

基于网络药理学探讨当归芍药散治疗复发性流产的作用机制

目的:利用网络药理学技术研究当归芍药散治疗复发性流产(RSA)的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库寻找、筛选、预测当归芍药散中5味中药的化学活性成分和对应靶点,通过OMIM数据库、Gene Cards数据库获取与RSA相关的疾病靶点;利用Venny对当归芍药散药物靶点、RSA疾病靶点取交集、绘制韦恩图,从而预测当归芍药散-RSA潜在作用靶点;利用Cytoscape软件构建"当归芍药散—成分—RSA—靶点"网络;分别借助String平台、R软件对RSA药物-疾病潜在作用靶点构建蛋白相互作用网络、分析GO生物过程、分析KEGG通路。结果:当归芍药散主要通过芍药苷、芍药内酯苷、泽泻醇、儿茶素、川芎内酯A等30个活性成分作用于IL6、AKT1、JUN、TNF、PTGS2等84个与疾病相关的靶点。通过AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路(TNF)、白细胞介素(IL)-17信号通路、TOLL样受体信号通路、脂多糖反应等生物过程和代谢通路,调节MAPK信号通路和NF-κB信号通路,以达到平衡机体TNF、IL等炎性因子含量,避免了过度自身免疫的发生,从而改善妊娠结局。结论:本研究反应了...     

基于网络药理学探讨芎芷地龙汤治疗偏头痛的作用机制

目的:分析芎芷地龙汤的活性成分,预测其治疗偏头痛的作用靶点及信号通路.方法:通过TCMSP平台收集芎芷地龙汤活性成分并进行ADME筛选,收集活性成分潜在靶点;通过GeneCards数据库收集偏头痛的相关疾病靶点,并与药物活性成分靶点取交集得到共同靶点,进行PPI分析;使用Cytoscape构建"药物-靶点-疾病"网络并进行分析,通过DAVID数据库对共同靶点进行GO富集与KEGG富集分析.结果:共筛选出芎芷地龙汤85个潜在活性成分和145个潜在治疗靶点;芎芷地龙汤治疗偏头痛关键靶点为JUN、TNF、MAPK1、AKT1、RELA等;可能参与的通路有Pathway in cancer通路、HIF-1信号、TNF信号通路、TLR信号通路、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、T细胞受体信号通路等.结论:槲皮素、β-谷甾醇等是芎芷地龙汤中的主要活性成分;TNF、MAPK1、AKT1等基因可能在治疗偏头痛时参与调控;芎芷地龙汤主要通过调节氧化应激反应、低氧反应、炎性因子释放、神经递质传递、血管张力等机制治疗偏头痛.     

基于网络药理学的鱼腥草滴眼液治疗干眼作用机制探讨

目的:探讨鱼腥草滴眼液治疗干眼的成分靶点及作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台检索收集鱼腥草滴眼液中化学成分并筛选活性成分,多个数据库联用检索查询成分和疾病对应的靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,对成分靶点与疾病靶点进行可视化分析;利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并进行分析;运用Bioconductor数据库R语言软件包进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,进一步分析靶点功能及机制通路。结果:共筛选出鱼腥草有效活性成分30个,与干眼的交集靶点128个。根据“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,鱼腥草治疗干眼的主要有效成分有23个,包括癸醛、乙酸龙脑酯、山柰酚、槲皮素、芦丁等。根据PPI网络,鱼腥草治疗干眼的潜在作用靶点度值排名前10的有Jun、蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、转录因子p65(RelA)、白细胞介素-8(CXCL8)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子受体(EGFR)、MAPK8和IL-1β。GO分析提示,鱼腥草治疗干眼的关键靶点富集在细胞因子受体结合、受体配体活动、细胞因子活性等功能上;KEGG通路富集分析则显示,鱼腥草治疗干眼涉及了包括糖尿病并发症中的晚期糖基化产物及其受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和IL-17信号通路等在内的多条作用通路。结论:鱼腥草滴眼液主要成分鱼腥草治疗干眼的作用机制可能与抗炎、抑制细胞凋亡等有关。     

基于网络药理学预测射干治疗支气管哮喘作用机制

目的:基于网络药理学预测射干治疗支气管哮喘的作用机制。方法:通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索射干化学成分,Swiss Target Prediction数据库得到射干的预测靶点,通过Gene Cards数据库获取哮喘相关靶点将射干的预测靶点与哮喘相关靶点进行映射得到射干治疗哮喘的预测靶点。通过Cytoscape(3.6.0)软件,生成射干治疗哮喘的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID网站(基因百科全书)进行KEGG通路分析,运用systems Dock网站对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果:射干活性化合物有17种,筛选出射干可能与哮喘相关的靶点74个,关键靶点共16个,包括雌激素受体α(ESR1)、蛋白激酶C-α(PRKCA)、醛糖还原酶(AR)、蛋白激酶C-delta(PRKCD)、蛋白质激酶C-β(PRKCB)等。通过KEGG通路分析得到128条通路,结合文献检索,筛选出治疗哮喘的可能通路为20条,主要分为以下四类,①气道炎症相关通路:PI3K-Akt信号通路、趋化因子信号通路、MAPK信号通路等;②气道平滑肌相关通路:Ras信号通路、Hippo信号通路、钙信号通路等;③血管增生相关通路:VEGF信号通路;④免疫相关通路:T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路。结论:射干通过多靶点、多通路治疗哮喘,其机制可能与气道炎症相关通路、气道平滑肌相关通路、血管增生相关通路、免疫相关通路的作用相关。     

基于网络药理学探析核心中药治疗颈椎病的作用机制

目的:预测中药抗颈椎病主要活性成分及其作用靶点,探讨其成分-靶点的作用机制.方法:检索近10年内服治疗颈椎病的有效中药复方,应用Access 2003数据库录入复方,应用Apriori算法进行关联分析,运用软件Cytoscape建立中药配伍网络,选择网络相对中心度较高的前5味药作为核心中药,通过中药系统药理学数据库与分...     

基于网络药理学的柴胡疏肝散治疗失眠作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨柴胡疏肝散治疗失眠的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡疏肝散复方中7味中药有效成分和相关靶点;在GeneCard和OMIM数据库检索失眠的疾病靶点;运用Perl语言计算分析中药复方中药物与疾病之间的交集靶点,利用String在线网站构建复方与疾病之间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用DAVID数据库对核心靶点蛋白进行基因本体(GO)分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建KEGG-PPI网络核心蛋白关系图。结果:根据筛选条件共得到柴胡疏肝散有效成分157个,相关作用靶点8488个。PPI网络显示,白细胞介素-6(IL-6)、蛋白激酶B1(Akt1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、Fos、过氧化氢酶(CAT)等很可能为柴胡疏肝散治疗失眠的关键蛋白。GO功能富集分析结果显示,BP涉及1624条目,细胞功能(CC)涉及62条目,分子功能(MF)涉及97条目。KEGG富集结果显示,有103条通路与柴胡疏肝散治疗失眠相关,主要包括糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、前列腺癌通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染通路、内分泌抵抗通路、多巴胺能突触、IL-17信号通路、催乳素信号通路等。结论:通过网络药理学初步阐明了柴胡疏肝散治疗失眠的作用机制,柴胡疏肝散是通过多成分-多靶点-多通路发挥治疗作用。     

基于“活性成分-靶点-通路”网络药理学，探讨蒙药四味石榴散治疗高脂血症的作用机制＊

目的 利用网络药理学手段预测四味石榴散作用靶点，探索其治疗高脂血症的作用机制。方法 以口服生物利用度 > 30%及类药性 > 0.10为建立筛选标准，利用TCMSP数据库和化学专业数据库筛选出四味石榴散符合标准的主要活性成分；利用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，并于OMIM、DisGeNET、DiGSeE和GeneCard四个疾病靶点数据进行比对，获得四味石榴散治疗高血脂的潜在靶点；结合String分析靶点蛋白交互关系，采用Matascape平台对潜在靶点的GO注释和KEGG Pathway富集分析。利用Cytoscape软件构建四味石榴在降高血脂功效的“活性成分-作用靶点-通路”网络结构图。结果 从蒙药四味石榴散中共筛选出16个高活性化合物，预测分析到35个与降高血脂相关作用靶点，主要参与了脂质合成、转运、排泄及激素水平调节等多种降血脂的生物过程，富集到31条KEGG相关通路，涉及了脂质合成及代谢通路，Th17细胞分化等免疫通路，花生四烯酸代谢等炎症通路，体现其多成分-多靶点-多通路治疗高脂血症的作用机制。结论 蒙药四味石榴散可通过干预脂肪酸代谢，激素调节，免疫稳态等相关通路，起到祛巴达干赫依的作用来治疗高脂血症。     

半夏白术天麻汤治疗癫痫作用机制的网络药理学研究

目的:运用网络药理学技术探讨半夏白术天麻汤治疗癫痫的作用机制。方法:分别在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库及TCMID数据库中检索并整合得到半夏白术天麻汤的活性成分及活性成分作用的靶点。在OMIM数据库和GeneCards数据库中检索并整合得到癫痫的相关靶点。通过Venny软件映射得到半夏白术天麻汤治疗癫痫的潜在靶点。通过Cytoscape 3.6. 1软件构建成分-靶点关系网络,通过STRING 11.5数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选核心治疗靶点。基于R语言软件对半夏白术天麻汤治疗癫痫的潜在靶点进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并且构建KEGG关系网络。结果:共筛选出半夏白术天麻汤活性成分130个,半夏白术天麻汤治疗癫痫的潜在靶点258个,其中核心靶点5个,包括β_2肾上腺素受体(ADRB2)、钙调蛋白1 (CALM1)、雌激素受体1 (ESR1)、一氧化氮合酶2 (NOS2)、丝裂原活化蛋白激酶14 (MAPK14)。且靶点之间具有直接或间接的相互作用关系。其涉及的GO生物学主要包括γ-氨基丁酸(GABA)能突触、神经递质受体的活动、GABA-A受体活动、GABA受体活动、苯二氮卓受体活动等。其主要涉及的KEGG通路包括白细胞介素-17 (IL-17)信号通路、5-羟色胺能突触等。结论:半夏白术天麻汤通过多成分、多靶点、多途径对癫痫发挥作用。     

荆芥-防风药对治疗荨麻疹作用机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学方法探讨荆芥-防风药对治疗荨麻疹的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索荆芥、防风的化学成分和作用靶点,运用UniProt数据库查询靶点对应的基因,以Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络。借助OMIM、Digsee、TTD等数据库查询荨麻疹相关的基因,运用Venny 2.1.0筛选出荆芥-防风与荨麻疹的交集基因,并将筛选出的核心靶标蛋白导入STRING在线网站数据库,获取蛋白相互作用关系。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果化合物-靶点网络包含26个化合物和208个相应靶点,关键靶点涉及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、二肽激肽酶4(DPP4)、凝血因子Ⅱ(F2)、热休克蛋白HSP90α(HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)等。荆芥-防风与荨麻疹蛋白质相互作用网络包含18个蛋白,关键蛋白涉及白介素2(IL2)、干扰素γ(IFNG)、白介素4(IL4)等。GO分析得到GO条目16个(靶点基因富集度>55%),其中生物过程(BP)条目13个,细胞组分(CC)条目3个;KEGG分析得到17条信号通路(P<0.05)。结论荆芥-防风药对可能通过RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、IL4、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点调节炎症细胞因子,并调控FCεRI信号通路、T细胞受体信号通路、Jak-STAT信号通路等发挥治疗荨麻疹的作用。     

黄芩汤治疗溃疡性结肠炎分子作用机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学探讨黄芩汤治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis,UC)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选黄芩汤的潜在活性成分(OB≥30%,DL≥0.18),采用Swiss数据库预测其作用靶点;与Disgenet数据库获得的UC疾病靶点相映射,得到黄芩汤治疗UC的潜在靶点。利用Cytoscape软件构建"黄芩汤-活性化合物-潜在作用靶点"网络和蛋白质相互作用网络,并使用David数据库对黄芩汤的作用靶点进行GO生物功能分析和KEGG通路富集分析。结果得到黄芩汤治疗UC关键靶点58个;甘草苷(Liquiritin)、甘草吡喃香豆酮(Licopyranocoumarin)、黄芩黄素(Baicalein)、黄连碱(Coptisine)、汉黄芩素(Wogonin)、鲨烯(Supraene)等可能是黄芩汤治疗UC的主要活性成分;其作用于ESR1、PTGS1、PTGS2、PTPN2、ABCG2等靶点,参与转录调控、低氧反应以及药物反应等生物过程,通过Ras-PI3K-Akt通路、Ras-PI3K-Akt-HIF-1α通路、NF-κB通路及MAPK-PI3K/AKT通路等发挥治疗UC的作用。结论黄酮类化合物在黄芩汤抗UC的作用机制中具有重要意义,调节炎症通路及干预炎症的发生发展可能是黄芩汤抗UC作用的重要机制。     

基于网络药理学的茵陈五苓散作用机制分析

目的:通过网络药理学方法初步探讨茵陈五苓散的作用机制。方法:本研究基于中药系统药理学技术平台、蛋白数据库和String数据库,分别获取茵陈五苓散中化学成分,及其对应靶点、疾病并构建化合物-靶点,靶点-疾病网络,蛋白相互作用网络,通过生物学信息注释数据库(DAVID)注释数据库对靶点进行基因本体生物学过程(gene ontology biology process,GO-BP)富集分析及基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。结果:共获得58个候选化合物,103个靶点,11个中枢(hub)靶点及262种疾病,关键靶点涉及肿瘤坏死因子(TNF),过氧化物合成酶2(PTGS2),ESR1等,疾病以肿瘤、免疫和内分泌为主。GO-BP条目146条,参与信号转导、转录翻译、促增殖抑凋亡、细胞组成和氧化应激条目等5种生物过程。KEGG信号通路108条,含靶点数目较多的信号通路主要涉及肿瘤、病毒、寄生虫等。结论:本研究系统地探讨了茵陈五苓散的候选成分所对应的靶点及作用机制,为今后的临床研究及进一步的开发为新药提供了思路。     

基于网络药理学探讨平胃散治疗慢性浅表性胃炎的作用机制

目的基于网络药理学方法研究平胃散治疗慢性浅表性胃炎的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库筛选出平胃散的有效成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选出慢性浅表性胃炎的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”的相互作用网络图和潜在靶点的相互作用关系,筛选出核心靶点,并进行分子对接验证。最后,对潜在靶点进行富集分析。结果挖掘出平胃散中42种活性成分、67个药物靶点,慢性浅表性胃炎630个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点25个,主要富集于43个生物过程和71条信号通路上。结论平胃散中的山柰酚、汉黄芩素、川陈皮素、厚朴酚等活性成分可能通过调节白介素6、丝裂原活化蛋白激酶8、半胱氨酸蛋白酶3等靶点调控TNF、p53等炎症信号通路,发挥抗炎抑菌等治疗作用。     

基于网络药理学的土鳖虫破血逐瘀作用机制研究

目的:基于网络药理学分析土鳖虫对破血逐瘀相关疾病的作用机制。方法:经文献查阅并结合PubChem、SwissADME、SwissTargetPrediction和TCMSP等数据库对土鳖虫已知成分及其对应靶点进行搜集,并与经GeneCards、OMIM、TTD、HPO数据库搜索得到的“破血逐瘀”相关靶点进行交互分析得到共同靶点;通过蛋白-蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,构建土鳖虫“成分-靶点-疾病”网络,探讨土鳖虫破血逐瘀功效的作用机制。同时采用体外纤溶实验评价土鳖虫水溶性蛋白质与其他成分的活性差异。结果:筛选得到土鳖虫活性化合物54个,共对应靶点653个;与血瘀相关的17种疾病的16141个作用靶点经交互分析得出两者共有靶点26个。GO和KEGG分析结果表明,土鳖虫已知成分主要涉及嘌呤代谢通路、细胞能量代谢通路、环磷酸鸟苷(cGMP)信号通路、Toll样受体信号通路、醛固酮合成代谢通路、三酰甘油合成通路等13条信号通路,通过干预DNA转录、细胞能量代谢等生物功能发挥药效。同时体外纤溶实验得出土鳖虫水溶性蛋白质较其他成分表现出更强的纤溶活性。结论:土鳖虫已知活性成分并不能很好的证明其对破血逐瘀相关疾病的治疗有显著的效果。结合土鳖虫水溶性蛋白质促纤溶作用,为下一步土鳖虫纤溶物质基础的研究提供参考。     

血脂异常的分子机制研究＊

目的 基于网络药理学方法分析枳术丸治疗血脂异常的药理机制，为新药研发及经典方剂临床拓展运用提供参考。方法 通过TCMSP（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform）数据库获取白术、枳实、荷叶的主要化学成分及其靶点，根据ADME筛选中药活性组分；通过Gencards、OMIM、TTD、DRUGBANK数据库获取血脂异常主要靶点，利用String平台进行蛋白质相互作用分析，构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。采用Metascape平台分析“药物-成分-靶点”及其参与的生物过程及通路，而后采用Cytoscape3.7.1软件构建“枳术丸成分-血脂异常靶点-通路”网络，最后通过Systems Dock Web Site进行分子对接验证。结果 枳术丸调治血脂异常的核心活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、柚皮素等，核心靶点有ESR1、NOS2、ESR2、PPARG、PTGS2、PTGS1、MAPK14、ACHE、ADRB2、F7等，分子对接验证亦显示评分大于4.25者占总数85%,大于5者占63.6%，即大部分靶点与成分的结合活性较好。枳术丸调治血脂异常的生物学通路主要作用于AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号通路以及脂肪细胞中脂肪分解等通路，其功能主要为调节细胞内类固醇受体的生命活动等。结论 本研究初步揭示了枳术丸调治血脂异常的多成分、多靶点、多通路的作用机制，为枳术丸的临床开发利用提供基础。