基于网络药理学研究柴胡疏肝散治疗急性胰腺炎的作用机制

目的:基于网络药理学,筛选柴胡疏肝散(CSS)化学成分和潜在作用靶点,探究其治疗急性胰腺炎(AP)可能的作用机制。方法:采用TCMSP数据库检索、筛选CSS中七味中药柴胡、川芎、香附、白芍、枳壳、陈皮、甘草的主要活性成分及对应蛋白靶标。通过Drugbank和TTD数据库收集已知调控AP的蛋白靶标,与成分对应蛋白相对应,筛选出共有基因作为候选预测靶标。采用String数据库对预测靶标进行基因本体(GO)功能分析以及KEGG通路富集分析,Discovery studio 3.0软件对候选活性成分与候选靶标进行虚拟对接。利用Cytoscape 3.7.2绘制"成分-靶标"和"蛋白-通路"网络图。结果:通过口服利用度(OB)、类药性(DL)、药物半衰期(HL)筛选CSS全方成分,共得68个活性成分。网络分析表明,CSS中的柴胡皂苷C、柴胡皂苷D、叶酸、柚皮苷、橙皮苷和甘草苷可能通过癌症、PI3K-Akt、细胞凋亡、AGE-RAGE等信号通路来调控BCL2L1、PTGS2、MCL1、RAF1、IL-6、AKT1等25个靶点治疗急性胰腺炎。结论:建立CSS-AP-靶点互作网络来诠释多成分-多靶点-...     

基于网络药理学—分子对接探讨四逆散治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的：运用网络药理学研究方法及分子对接技术探讨四逆散治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法：利用TCMSP数据库检索出四逆散全方（柴胡、枳实、白芍、甘草）4味中药活性成分,运用UNIPROT数据库筛选活性成分的潜在作用靶点,利用Cytoscape 3.6.0软件对活性成分及靶点进行可视化分析处理,构建中药-化合物-靶点网络;通过GeneCards数据库检索获得UC的靶点,利用Venny图得到四逆散和溃疡性结肠炎的共同靶点,将共同靶点信息录入STRING数据库中得到蛋白网络互作图,利用DAVID数据库进行GO分析、KEGG通路富集分析。运用Autodock Tools 1.5.6软件及Pymol软件对PPI中前六的靶标与君药活性成分进行分子对接。结果：筛选出四逆散活性成分133个,有效化合物靶点蛋白156个,基因靶点153个,溃疡性结肠炎疾病靶点1 111个,通过维恩图得到共同靶点65个,这些靶点涉及的生物过程有RNA聚合酶II启动子转录的正调控、细胞增殖的正调控、转录的正调控-DNA的模板、对药物的反应、信号转导等;涉及的细胞成分有细胞核、胞浆、细胞外空间、细胞质、质膜等;涉及的分子功能有蛋...     

基于数据挖掘探讨“柴胡劫肝阴”的相杀配伍内涵

目的 基于数据挖掘分析含柴胡经典方剂的配伍规律，并阐明“柴胡劫肝阴”和配伍高频药物对柴胡“解毒存效”的分子机制，为其临床应用及新药研发提供思路。方法 通过药智数据库、中国期刊全文数据库（CNKI）、万方数据库（Wanfang）和中文科技期刊全文数据库（VIP）对含柴胡方剂进行检索，运用Excel 2019、IBM SPSS Modeler18.0和IBM SPSS26.0软件进行频数分析和聚类分析。利用网络毒理学对“柴胡劫肝阴”的毒性成分、毒性靶点和调控网络进行分析。通过网络药理学构建高频配伍中药和柴胡肝毒性成分-靶点网络图。结果 共筛选82首含柴胡方剂涉及205味中药，共897频次，关联规则分析得到13组关联规则。网络毒理学结果显示，柴胡皂苷和挥发油作为柴胡潜在的毒性成分，得到柴胡潜在毒性靶标298个，肝毒性靶点198个，柴胡致肝毒性潜在靶点20个，相关信号通路61条。网络药理学结果显示甘草和柴胡肝毒性共有靶点5个、通路17条，白芍和柴胡肝毒性共有靶点9个、通路49条，当归和柴胡肝毒性共有靶点2个、通路38条，黄芩和柴胡肝毒性共有靶点5个、通路33条。结论 柴胡分别与甘草、白芍、当归...     

“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的网络药理学分析及分子对接验证

目的 采用网络药理学和分子对接探讨及验证“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的主要物质基础及作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Swiss Target Prediction在线网站收集柴胡、白芍的活性成分和治疗靶点;在Therapeutic Target Database、Drugbank、DisGeNET数据库中获取MAFLD的疾病靶点并构建韦恩图,筛选中药与疾病的交集靶点;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“中药-活性成分-疾病-交集靶点”网络并进行网络拓扑分析,筛选“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的核心成分;借助STRING数据库获取交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络参数,借助Cytoscape 3.9.0构建PPI网络并进行网络拓扑分析,筛选核心靶点。采用Metascape平台分析“中药-疾病”交集靶点参与的生物过程及信号通路,使用微生信平台将结果绘制成柱状图和气泡图进行可视化,绘制“中药-核心成分-核心靶点-生物功能-信号通路”网络,可视化“柴胡-白芍”药对治疗MAFLD的主要作用机制。采用分子对接技术验证核心成...     

基于网络药理学探讨大黄牡丹汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:分析大黄牡丹汤的有效化学成分及作用靶点,研究其治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis,UC)的作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索大黄牡丹汤的活性成分及靶点蛋白;应用基因组注释数据库平台(Genecards)预测疾病的作用靶点,再将药物-靶点-疾病关系制作成网络图形...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络...     

基于网络药理学探讨狼疮静中药颗粒治疗系统性红斑狼疮的作用机制

目的采用网络药理学方法筛选狼疮静中药颗粒治疗系统性红斑狼疮的作用靶点,探索其作用机制。方法通过中药系统药理数据库(TCMSP)检索狼疮静药物中所含化学成分,通过Swiss Target Prediction及Drugbank数据库进行靶点的预测和收集;通过GEO、OMIM、TTD、DisGeNET及Drugbank数据库查询系统性红斑狼疮的疾病靶点,将药物与疾病的靶标基因映射得到狼疮静治疗系统性红斑狼疮的潜在靶点;基于DAVID数据库对靶点进行GO富集和KEGG富集分析,采用Cytoscape 3.2.1软件筛选核心靶点,构建狼疮静"活性成分-靶标-通路-疾病"网络。结果共筛选出狼疮静87个活性成分,367个相应靶点,与系统性红斑狼疮815个疾病相关靶点相交集的靶点为46个,GO分析共包含30条富集结果,其中生物过程21条,分子功能7条,细胞组成2条;根据Cytoscape 3.2.1软件分析及KEGG富集结果共确定8个核心靶点(CASP3,CCND1,PTGS2,STAT1,MYC,FN1,PPARG,IL10)及9条相关作用通路。结论通过网络药理学验证了狼疮静多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了狼疮静在系统性红斑狼疮治疗中的主要作用机制,为其活性成分研究和实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制

目的:从网络药理学角度探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,为其临床治疗、新药开发提供参考。方法:在TCMSP数据库中筛选出化湿败毒方的药物有效活性成分,并提取其作用靶点,在GeneCards数据库检索COVID-19相关疾病靶点,将药物及疾病的共同靶点导入STRING数据库获取靶标蛋白互作网络关系,通过Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络、"中药-潜在活性成分-潜在靶标-疾病"网络,并利用Cytoscape3.7.2软件、R软件及相应程序包进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。同时进行分子对接验证。结果:检索得到269个药物活性成分和2 629个药物靶标,其中药物疾病共同靶标49个,GO功能富集分析涉及对脂多糖的反应、氧化应激反应及γ-干扰素介导的信号通路调控等条目,KEGG通路富集分析涉及AGE-RAGE通路、TNF信号通路、NF-κB通路、RIG-I样受体信号通路等。分子对接结果表明槲皮素、木犀草素和山柰酚与COVID-19相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性,可能起到类似于抗病毒药物的治疗效果。结论:化湿败毒方含槲皮素、木犀草素和山柰酚等多种活性成分,可能通过作用于多个靶点、多种通路,从抗炎、抗病毒、抗氧化、调节免疫等方面治疗COVID-19。     

基于网络药理学与分子对接法探讨吴茱萸汤治疗偏头痛的作用机制

目的：采用网络药理学方法筛选吴茱萸汤的活性成分,预测其治疗偏头痛的潜在作用靶标和信号通路,进一步探究其作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛选吴茱萸汤的活性成分和候选靶标,利用Gene Cards数据库和OMIM数据库去重、合并,预测吴茱萸汤的相关靶标,筛选吴茱萸汤的活性成分治疗疾病的潜在作用靶标;利用Cytoscape软件创建出“疾病-药物-成分-靶点”网络;凭借蛋白质相互作用数据库（STRING）创建潜在靶标蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并找到吴茱萸汤治疗偏头痛的关键基因蛋白;使用Metascape对吴茱萸汤治疗偏头痛的潜在作用靶标进行生物学功能和代谢通路分析;利用Auto Tools软件将核心成分和靶点蛋白进行分子对接,并用Pymol软件对结合能最低的分子进行可视化。结果：吴茱萸汤中共筛选出72种有效活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点201个;偏头痛与吴茱萸汤有106个共同靶点基因;...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学探讨大补脾汤治疗肝癌的作用机制＊

目的 利用网络药理学的方法，建立大补脾汤的活性成分-作用靶点-通路的网络图，对作用靶点的基因功能和通路进行富集分析，从而探讨大补脾汤治疗肝癌的可能作用机制。方法 通过TCMSP 数据库、中国台湾中医药资料库获得大补脾汤主要活性成分。采用Swiss Target Prediction 预测活性成分的潜在靶点，并与肝癌疾病靶点数据进行比对，获得大补脾汤治疗肝癌的作用靶点。采用DAVID数据库平台对作用靶点的GO注释和KEGG 通路进行富集分析和蛋白功能归属。最后通过Cytoscape 构建大补脾汤治疗肝癌的“活性成分-作用靶点-通路”网络图。结果 大补脾汤潜在的有效成分共有118个，其中人参、甘草、旋覆花含有65种成分可能具有治疗肝癌的作用。大补脾汤治疗肝癌的可能靶点共29个，其中EGFR、SRC、PTGS2、MMP9、MMP2、MCL1、MET、AR和ESR1等可能为关键靶点基因，涉及到对微小RNAs、雌激素受体通路、肿瘤相关通路等的调控作用。结论 大补脾汤中山奈酚、槲皮素、木犀草素等可能通过调控微小RNAs和雌激素信号通路等机制，作用于EGFR、ESR1、SRC、MET等靶点发挥治疗肝癌的作用，为大补脾汤药效机制的多角度研究和肝癌的中医药治疗提供思路。     

乳癖散结片质量标准研究

目的建立乳癖散结片的质量标准。方法采用TLC法对处方中当归、川芎、柴胡、赤芍、延胡索进行鉴别;用HPLC法测定制剂中芍药苷含量。结果3批样品的TLC色谱中均能检出当归、川芎、柴胡、赤芍、延胡索;芍药苷的含量限度规定为不得少于1.00 mg/片。结论该方法简便可行,重现性好,可有效地控制乳癖散结片的质量。     

麻黄-葛根药对治疗糖尿病周围神经病变的药理作用

目的:利用中药整合药理学平台及分子对接研究探讨麻黄-葛根药治疗糖尿病周围神经病变的分子机制.方法:首先在疾病靶点筛选数据库和中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获取与糖尿病周围神经病变(DPN)相关的靶标基因及麻黄、葛根的活性成分;然后使用Excel查重获得药物与疾病的共同靶点,使用Cytoscape绘制蛋...     

基于网络药理学探讨桂芍配伍治疗骨关节炎的作用机制

目的运用网络药理学技术研究“桂枝—白芍”药对治疗骨关节炎的主要活性成分和靶点,进而探讨桂芍治疗骨关节炎的潜在作用机制。方法通过检测网络数据库平台(TTD、DrugBank和GeneCards)数据库构建骨关节炎疾病靶点;通过检测TCMSP、HIT数据库筛选桂枝—白芍药对活性成分及靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分—靶点网络图,并对靶点进行KEGG及GO富集分析。结果从“桂枝—白芍”药对中共筛选出17个有效成分,与骨关节炎相关作用靶点40个,KEGG与GO富集分析显示“桂枝—白芍”药对主要与癌症、免疫、炎症以及细胞衰老、凋亡等信号通路有关。结论本研究利用网络药理学的方法,初步揭示了“桂枝—白芍”药对对于骨关节炎的主要活性成分、治疗靶点及相关信号通路,为进一步深入研究其作用机制提供了参考。     

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??OBJECTIVE To explore the molecular mechanism and targetswith??Relieving the Depressed Liver?? effectofemotional diseases treatment byRadix Bupleuri. METHOD Systems pharmacology methodwas employed to exploring the ingredients, targets and diseases information which was related ??Relieving the Depressed Liver?? effect in Radix Bupleuri.Next, the ??disease-target?? network and ??drug-target?? networkwere built by Cytoscape 3.2.1 andwe analyzed the network by using network topological analysis method and systems pharmacological data. RESULT Twenty-five targets were found to be associated with emotional diseases.Eight core ingredients from 118 ingredients in Radix Bupleuriweredirectly related to these targets.The molecular mechanism of Radix Bupleuri treatment of emotional diseases is produced by the interactions between the 118 ingredients and 25 potential targets, and eight core compounds may play a central role in the process of this treatmentmechanism. CONCLUSION Through the construction of systems pharmacology models, the molecular mechanism of ??Relieving the Depressed Liver?? effect of Radix Bupleuri from the system level is we interpreted. Our study provides a theoretical foundation for the explanation of TCM treating mechanism and ??treat different diseases with same Chinese medicine?? phenomenon.     

基于网络药理学的甘草治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的:采用网络药理学方法探讨甘草治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选甘草的活性成分并检索出活性成分的作用靶点;通过CTD数据库查询与溃疡性结肠炎相关的靶点;采用UniProt数据库、Cytoscape 3.7.2软件构建成分-靶点、靶点蛋白相互作用和成分-靶点-生物学通路网络。结果:通过筛选,得到甘草中92个活性成分,相应靶点227个,其中与溃疡性结肠炎相关的靶点41个,主要包括肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等;这41个靶点主要涉及IL-17、阿米巴病、炎症性肠病等28条生物学通路。结论:甘草治疗溃疡性结肠炎是多成分、多靶点、多途径相互作用的结果,为其进一步深入研究提供参考。     

基于网络药理学探讨威灵仙-天花粉药对抗癌的作用机制

目的:基于网络药理学探讨"威灵仙-天花粉"抗癌症的潜在靶点和作用机制。方法:应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)对威灵仙和天花粉的活性成分和相应靶蛋白进行筛选;应用GeneCards,OMIM数据库筛选癌症疾病的靶点,应用R语言软件筛选威灵仙、天花粉与癌症疾病共同靶点;应用Cytoscape3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶点"网络图;应用STRING数据库绘制共同靶点蛋白互作网络(PPI);应用R语言软件对有效作用靶点进行基因本体(GO)功能,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从威灵仙-天花粉药对中共获得9个有效活性成分,共检索出31个靶点基因,从癌症疾病中检索出的相关靶基因为814个,两者相关靶基因进行匹配,得到共同靶基因9个,这些靶点主要涉及内肽酶、半胱氨酸型内肽酶活性参与凋亡过程以及癌症坏死因子受体超家族结合等生物学过程,并通过调节细胞凋亡,麻疹,乙型肝炎,卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染,p53,白细胞介素(IL)-17,肿瘤坏死因子(TNF)等多条通路从而发挥治疗癌症的作用。结论:初步研究了威灵仙-天花粉治疗癌症的作用机制,威灵仙-天花粉药对具有多个活性成分,能通过多个靶点、多个通路来发挥治疗癌症的作用。     

基于网络药理学的女贞子-黄芪药对的抗癌机制

目的:筛选女贞子-黄芪药对抗癌治疗的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立药物成分-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨女贞子-黄芪药对抗癌治疗的潜在作用机制。方法:采用中药系统药理学技术平台(TCMSP)中筛选女贞子-黄芪的潜在活性成分,采用Dis Ge NET数据库与人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)预测和筛选其治疗癌症的作用靶点,采用omicshare平台(http://www. omicshare. com/)对药物靶点和疾病靶点进行匹配。借助Cytoscape软件构建"药物-活性成分-关键作用靶点"网络。采用String数据库构建蛋白质相互作用网络。采用DAVID数据库对女贞子-黄芪关键作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果:通过筛选得到33个药物活性成分,共涉及203个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为14个,主要通过调控ERBB2,AR,SRC,EGFR,ESR1等靶蛋白及癌症中的蛋白多糖通路、癌症通路、癌症中的微小mRNA(micro RNA)等通路等发挥抗癌治疗作用。结论:女贞子-黄芪药对对癌症的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其抗癌治疗的作用机制与物质基础提供了科学依据。     

基于网络药理学探究人参-三七药对改善无症状性心肌缺血作用机制

目的:借助网络药理学研究人参-三七药对治疗无症状性心肌缺血的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),以"人参""三七"为检索词获取药物成分及作用靶点,运用UniProt对基因靶点标准化处理,利用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-靶点网络图;以GeneCards平台挖掘SMI作用靶点;...     

“香附-郁金”药对治疗乳腺增生病的药理机制

目的:应用网络药理学分析对“香附-郁金”药对治疗乳腺增生病的作用机制进行探讨与分析。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对香附、郁金的有效活性成分进行筛选,并提取其作用靶点,再利用GeneCards数据库获取乳腺增生病相关基因。映射疾病靶点与药物靶点,通过STRING在线数据库构建关键蛋白之间所产生的相互作用关系图;Cytoscape 3.8.0建立“药物-有效成分-作用靶点”网络图,并对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共获得“香附-郁金”药对33个活性成分,包括异鼠李素、槲皮素、豆甾醇等,与疾病潜在靶点取交集后得到88个共同作用靶点,包括ESR1、EGFR、PGR等,GO分析得到104个分子功能、41个细胞组分和1262个生物过程,KEGG通路分析主要涉及119条通路,主要相关通路为PI3K/AKT信号通路。结论:“香附-郁金”药对治疗乳腺增生病多成分、多靶点协同发挥作用机制,可能通过调节人体内激素内分泌水平,从而发挥治疗乳腺增生病的作用,为临床应用奠定了良好的理论基础。