类风湿关节炎脂肪酸代谢相关基因的生物信息学鉴定与验证

背景:研究表明,脂肪酸代谢基因与类风湿关节炎发展紧密相关,因此基于脂肪酸代谢基因探索类风湿关节炎发病进展具有重要的临床意义。目的:探究脂肪酸代谢基因是否可以作为预测类风湿关节炎进展的可靠生物标志物。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载与滑膜组织相关的基因数据,应用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,对其使用Cytoscape进行生物学注释(GO基因本体论)和信号通路富集分析(KEGG京都基因与基因组百科全书)。从分子特征数据库(MSigDB)筛选脂肪酸代谢相关基因,使用套索算法和支持向量机的递归特征消除算法筛选潜在生物标志物。通过CIBERSORT算法评估正常人和类风湿关节炎患者的免疫细胞浸润水平。最后,在GSE77298使用受试者工作特征曲线验证脂肪酸代谢相关基因的表达水平。结果与结论:①确定了361个类风湿关节炎差异表达基因,其中13个与报告的脂肪酸代谢相关基因重叠;②基于机器学习算法筛选出5个基因,受试者工作特征曲线显示有5个基因(PCK1、PDK1、PTGS2、PLA2G2D、DPEP2)可以预测类风湿关节炎的发展;③CIBERSORT算法结果表明上述5个基因和活化肥大细胞、中性粒细胞、静息肥大细胞、记忆性静息CD4^(+)T细胞浸润水平密切相关;④受试者工作特征曲线显示,PLA2G2D和PCK1具有较高的诊断价值;⑤提示脂肪酸代谢相关基因表达特征可作为预测类风湿关节炎临床结果的潜在生物标志物,可进一步提高类风湿关节炎预测的准确性。     

基于生物信息学分析探讨类风湿关节炎与骨关节炎之间的关系北大核心CSCD

目的:利用生物信息学分析探讨类风湿关节炎(RA)与骨关节炎(OA)之间的关系。方法:通过GEO数据库获取RA和OA血清基因芯片表达谱,筛选两者之间的差异miRNA并取交集,利用FunRich软件对交集miRNA进行转录因子预测及功能富集分析。应用String及Cytoscape软件对交集miRNA作用的靶基因进行蛋白互作网络构建,并筛选出核心mRNA,最后利用DAVID数据库对mRNA进行GO功能分析及KEGG信号通路分析。结果:共获得hsa-miR-4281、hsa-miR-98-5p、hsamiR-3613-3p及hsa-miR-6858-3p 4个差异miRNA,其生物过程主要涉及肽代谢、转录、翻译等,涉及10个核心转录因子:LHX3、SP4、NFIC、VSX2、HOXA7、TCF3、MYC、HOXB4、ETS1、SP1。蛋白互作分析提示CDC5L、HNRNPU、GATAD2A、CHD4、ACTB为互作网络中的核心靶点;GO富集分析结果显示交集miRNA所调控mRNA的生物学过程主要涵盖mRNA代谢过程的调控、细胞周期过程的负调控、有丝分裂细胞周期等,KEGG富集结果信号通路主要涉及调控干细胞多能性的信号通路、Hippo信号通路、FoxO信号通路、Apelin信号通路、p53信号通路等。结论:RA与OA两者之间交集miRNA和核心基因的发现有助于了解两种疾病发病机制的相关性,为治疗两种疾病的共同药物研发及治疗方式提供一定的参考。     

生物信息学分析导致类风湿关节炎性别差异的关键基因与信号通路北大核心CSCD

目的:通过生物信息技术分析探讨类风湿关节炎(RA)发病机制中性别间生物学差异的关键基因和通路。方法:从GEO数据库中获取GSE55457、GSE55584、GSE12021中正常男女性滑膜样本和RA男女性患者滑膜样本的基因表达数据,将数据整合并使用R软件对差异表达基因(DEGs)进行鉴定。使用在线工具DAVID数据库对DEGs进行GO分析和KEGG分析。使用Cytoscape 3.6.0构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),并进行模块分析。结果:男性组高表达基因416个,低表达基因336个,女性组高表达基因744个,低表达基因309个。在男性RA发病中,IL-6、MYC、EGFR、FOS和JUN被认为是关键基因;在女性RA发病中,IL-6、ALB、PTPRC、CXCL8和CCR5被认为是关键基因。结论:生物信息学分析筛选出的差异基因分别参与男性和女性RA疾病进展的不同机制,为RA发病机制的探究提供了理论依据。     

乳腺癌基因表达谱芯片的生物信息学分析

目的利用生物信息学方法及网页统计工具筛选与乳腺癌的发病相关的枢纽基因(hub基因),并且联合蛋白数据库等多数据库比对,进一步分析生物学功能及与预后的相关性。方法从GEO数据库中下载得到2个表达谱芯片数据集,利用在线工具GEO2R比对数据集中正常组织与乳腺癌组织的差异表达基因(DEG),使用DAVID在线数据库对差异基因进行功能富集分析和通路注释,后使用网页工具STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络并用其筛选出hub基因,最后结合Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的hub基因进行进一步分析和验证。结果共选取出127个DEG,其中有36个表达上调,91个表达下调。后使用Cytoscape软件中插件cytoHubba再次筛选得出AURKA、CDK1、PCNA、TOP2A、HMMR、RRM2、PRC1、MCM4、GINS2、SMC4等10个基因确定为hub基因。Kaplan-Meier plotter数据库生存分析验证显示除CDK1、SMC4外,其他基因的差异表达均与乳腺癌患者的总生存率(OS)相关。结论最后筛选出hub基因的与乳腺癌的发生及预后有密切关系,可进一步探究验证作为乳腺癌的潜在的预测指标和治疗靶点。     

类风湿关节炎继发干眼症的临床分析

目的提高类风湿关节炎继发干眼症的认识,重视继发干燥综合征的早期诊断。方法回顾性总结我院109例类风湿关节炎病人主诉是否有干眼并进行Schirmer试验,泪膜破裂时间,角膜荧光染色检查等三项眼干三项试验。结果109病例中有自觉症状者49.5%,Schirmer试验阳性者占66.6%,泪膜破裂时间阳性者占55%,角膜荧光染色阳性者占38.5%,其中二项以上检查阳性者占45.8%。结论类风湿关节炎易继发干眼病(干燥性结角膜炎),因此类风关患者常规进行Schirmer试验,泪膜破裂时间(BUT),角膜荧光染色检查,有助于早期发现干眼症,以利于继发干燥综合征的筛查,以便早期进行治疗。     

改善病情抗风湿药对类风湿关节炎患者血脂谱的影响

类风湿关节炎(RA)患者心血管风险明显高于正常人群,血脂代谢异常与之密切相关。作为RA 治疗的基石,改变病情抗风湿药(DMARDs)对血脂水平的影响仍存在很大争议,部分药物可能促进动脉粥样硬化。本文总结分析了DMARDs 对RA 患者血脂谱的影响,提示抗风湿药的心血管安全性应引起重视。     

高通量测序分析类风湿关节炎患者外周血单个核细胞circRNAs表达谱差异

目的探讨类风湿关节炎(RA)患者外周血单个核细胞(PBMCs)中环状RNA (circRNA)表达谱的差异,并结合临床验证筛选出可辅助RA诊断的分子标志物。方法采用高通量测序技术,检测4例RA患者和3例健康对照者PBMCs中circRNA和mRNA表达;基因聚类分析差异表达的circRNAs,KEGG pathway分析差异表达的mRNAs;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法在32例RA患者和20例健康对照者中验证部分差异表达circRNAs,结合ROC曲线分析其作为RA诊断分子标志物的潜力。结果高通量测序结果显示,RA组和健康对照组中共有71种显著差异表达的circRNAs,其中41种上调,30种下调,生物信息学分析显示,涉及的通路多与炎症和转录活性相关。多样本qRT-PCR验证结果显示hsa_circ_0000396和hsa_circ_0130438在RA患者PBMCs中的表达水平显著低于健康对照组(P0.05),ROC曲线分析进一步表明显示hsa_circ_0000396有望成为RA诊断分子标志物。结论在RA患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs,它们在RA的发生发展过程中可能起调控作用,其中hsa_circ_0000396有成为RA诊断分子标志物的潜能。     

人类风湿关节炎滑膜中ABC转运蛋白基因差异表达的生物信息学分析

目的本研究通过对来自GEO数据库的数据和实验室测序数据进行生物信息学分析, 分析ATP结合盒(ATP-binding cassette, ABC)转运蛋白基因在类风湿关节炎中的表达情况, 分析ABC转运蛋白在类风湿关节炎中的作用机制。方法采用R语言软件对人类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)、骨关节炎(osteoarthritis, OA)滑膜组织以及正常(normal, N)滑膜组织, 体外实验中的人类滑膜成纤维细胞中肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor-α, TNF-α)实验组和对照组的多基因差异表达谱数据集进行综合分析。将ABC转运蛋白的差异基因与其他差异基因相关联, 以获得相关性更大的差异基因。使用KEGG对具有更高相关性的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)进行通路富集。利用Cytospace软件的STRING在线数据库, 通过蛋白质相互作用(PPI)网络分析鉴定枢纽(Hub)基因。结果 ABC转运蛋白基因差异表达:RA组与N组相比, ABCC4和ABCG1的表达显著增加, 而...     

单核细胞与类风湿关节炎

类风湿关节炎(RA)是一种常见自身免疫疾病,主要临床症状集中于关节局部,作为系统性疾病,其全局性免疫改变具有重要研究意义。已明确关节滑膜处炎症性单核细胞浸润与炎症性分化是RA慢性炎症和骨破坏发展的重要推手。作为固有免疫重要组成,单核细胞既可通过旁分泌途径激发防御性/修复性免疫机制;又可作为抗原呈递细胞诱导T细胞致敏与活化,在病理条件下启动异常适应性免疫应答。临床研究表明,外周单核细胞来源的促炎细胞因子分泌增加早于滑膜炎,且与关节外症状发生密切相关,提示单核细胞分化与功能紊乱是RA病理性免疫环境的重要特征之一。相关靶向治疗有利于控制系统性炎症及关节损伤。本文重点阐述RA发生发展过程中单核细胞亚群分布变化规律,试图分析其潜在相关机制,并初步探讨以单核细胞为靶向的RA治疗方法的若干可行策略。     

类风湿关节炎的免疫治疗进展

近年来,类风湿关节炎（RA）的免疫治疗取得了令人瞩目的进展。当前主要的免疫治疗包括：针对炎症免疫介质,特别是细胞因子相关的治疗;针对细胞,尤其是T淋巴我治疗;诱导抗原特异性耐受,如口服耐受;传统、免疫的联合疗法;其它治疗方法,如造血干细胞移植和基因治疗等。尽管RA免疫治疗还有待发展和完善,但是可以预言,免疫治疗将在RA治疗中揭开新的篇章。     

类风湿关节炎免疫治疗的研究进展

类风湿关节炎是一种常见的自身免疫性疾病。类风湿关节炎的免疫治疗可通过针对Ｔ细胞表面分子的单克隆抗体来抑制Ｔ细胞的活化， 阻断疾病相关的ＨＬＡⅡ类分子的抗原提呈活性可干扰疾病的发生， 利用Ｔ细胞疫苗去除其致病性而保留其免疫原性， 应用针对炎症细胞因子的一些拮抗剂、抗体等可以延缓ＲＡ的症状。针对协同刺激分子的抗体和融合蛋白阻断其共刺激信号的传导、诱导耐受、口服耐受以及其他诸如基因疗法亦有一定的应用前景。     

类风湿关节炎的免疫治疗进展

近年来 ,类风湿关节炎 (RA)的免疫治疗取得了令人瞩目的进展。当前主要的免疫治疗包括 :针对炎症免疫介质 ,特别是细胞因子相关的治疗 ;针对细胞 ,尤其是T淋巴细胞的治疗 ;诱导抗原特异性耐受 ,如口服耐受 ;传统、免疫的联合疗法 ;其它治疗方法 ,如造血干细胞移植和基因治疗等。尽管RA免疫治疗还有待发展和完善 ,但是可以预言 ,免疫治疗将在RA治疗中揭开新的篇章     

老年大鼠血液白细胞基因表达谱的生物信息学分析

目的了解老年大鼠血液白细胞基因表达水平的变化。方法将雄性Wister大鼠分为老年组（18月龄）和年轻组（4月龄），用illumina大鼠全基因组芯片研究其分子水平的变化。结果生物信息学分析显示．造成老年组和年轻组显著生物学差异的基因功能及所属基因是：28条凋亡基因和22条炎性基因上调，9条涉及氧与活性氧中间物代谢的基因下调。结论差异基因功能导致老年大鼠和年轻大鼠的生物学差异。     

骨关节炎患者外周血淋巴细胞基因表达谱的生物信息学分析

背景:目前没有监测骨关节炎发生或进展的敏感标志物,检测骨关节炎活动期外周血基因表达谱变化,有助于探寻血液中精确的诊疗靶点及阐释发病机制.目的:通过生物信息学方法分析骨关节炎患者与正常人外周血淋巴细胞基因表达谱差异,从分子层面探索血液中骨关节炎的诊疗靶点,为研究骨关节炎提供新思路.方法:从GEO和ArrayExpress...     

类风湿关节炎外周血树突状细胞亚群的分析

类风湿关节炎（RA）是目前最为常见的自身免疫性疾病之一．其发生和发展是由多种诱发因素和机体免疫异常所造成的,其中抗原提呈功能的异常是一个重要方面。树突状细胞（DC）是目前所知的机体内功能最强的抗原提呈细胞（APC）,它不仅是机体免疫应答的始动者,而且在诱导免疫耐受、调节T细胞介导的免疫应答方面都发挥着重要的作用。目前国内有关DC与RA发病关系的研究少见报道,研究采用流式细胞分析技术,通过组合性DC表面标志的测定,观察RA患者外周血DC表型表达状况、DC亚群水平变化及其与RA活动指标和活动度的关系,探讨DC在RA发病中的作用。     

类风湿关节炎与Hsp60

分枝杆菌Hsp60可能在RA 的病因学中具有重要作用。RA 患者血清中分枝杆菌Hsp60的IgA 和IgG 抗体升高。患者血清中非半乳糖基化IgG 也较正常人明显升高并同分枝杆菌Hsp60抗体升高呈平行关系。RA 关节组织Hsp60的表达增强。T 细胞特别是γδT 细胞可能在RA_1的病变形成中起重要作用。     

建立类风湿关节炎滑膜细胞株

建立类风湿关节炎滑膜细胞株（北京师范大学生物系１００８７５，＊中国医学科学院北京协和医院王永潮＊蒋知新陈志强张焕相＊蒋明）滑膜组织增生，尤其是滑膜衬里层细胞增生是类风湿性关节炎的重要病理改变之一。因此，研究类风湿关节炎的发病机制及其病理改变常需要应用...     

类风湿关节炎触发因素研究进展

类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种自身免疫性慢性炎症综合征。RA的自身抗原没有器官特异性,可能包括多种翻译后修饰蛋白如瓜氨酸化蛋白等。这些修饰可以由内在的刺激触发,进而导致继发性自身免疫反应,累及关节等靶器官。其中固有免疫和适应性免疫相互影响,导致慢性关节炎的不断进展。这些潜在的病理性免疫反应在RA发作之前已经开始。认识这一过程将有助于RA的早期诊断和治疗。     

类风湿关节炎表观遗传学研究进展

正类风湿关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)是一种自身免疫性疾病,以慢性滑膜炎为主要病理改变,临床表现为关节疼痛肿胀、关节损伤和活动受限,最终会导致关节破坏和残疾。以抗瓜氨酸化抗体(Citrullinated peptide antigens,ACPA)是否阳性来划分,RA可以被划分为ACPA+和ACPA-两大类~([1])。ACPA+的RA患者与特定的HLAⅡ类等位基因相关。多项全基因组关联分析(Genome-wide association studies,GWAS)已经确认遗传变异在不同群体