寒凝血瘀证大鼠的肠道菌群变化与粪便代谢特征分析

目的:探讨寒凝血瘀状态下大鼠肠道菌群多样性及粪便中内源性代谢物的变化,并考察与寒凝血瘀证密切相关的肠道菌群、代谢物、代谢通路。方法:采用冰水浴诱导的大鼠寒凝血瘀证模型,利用16S rRNA基因测序技术联合UPLC-TOFMS的粪便代谢组学技术,将扰动的肠道菌群与内源性生物标记物进行关联分析。结果:基于Illumina Mi Seq平台,发现与空白组大鼠相比,寒凝血瘀证模型组大鼠中Firmicutes显著上调(P0.05),Bacteroidetes显著下调(P0.01),显著差异的属有23个。确定了7个与寒凝血瘀证相关的粪便代谢物,涉及到的3个相关性最强的代谢通路,分别为缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成,泛酸和辅酶A生物合成,组氨酸代谢。另外,肠道菌群的属与粪便代谢物有强相关性。结论:16S rRNA的高通量基因测序技术与代谢组学技术的联用可用于评价寒凝血瘀证的病理机制。     

16S rRNA基因测序技术分析肝阳上亢型脑出血患者的肠道菌群结构

目的:探讨肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人群的肠道菌群差异。方法:选取2018年于广州中医药大学第一附属医院颅脑科病房收治的9例肝阳上亢型急性脑出血患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的6例健康人粪便样本为对照组,提取两组样本中细菌总DNA,根据16S rRNA V4区设计引物进行扩增,通过Illumina MiSeq平台进行双端测序(paired-end),通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本菌群组成和结构。结果:操作分类单元(OTU)的韦恩图分析(Venn分析)显示观察组与对照组之间OTU数目存在明显差异。偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人在肠道菌群组成上具有明显差异。物种及其丰度分析上,门分类水平上观察组厚壁菌门与拟杆菌门的相对丰度比值(F/B)较正常组明显增加,其中疣微菌门的相对丰度明显低于对照组(P 0. 05)。属分类水平上,两组的普雷沃氏菌属、拟杆菌属、阿克曼氏菌属、布劳特氏菌属、氨基酸球菌属相对丰度差异有统计学意义(P 0. 05,P 0. 01),其中观察组拟杆菌属和普雷沃氏菌属的相对丰度比值(B/P)显著高于对照组。种分类水平上两组在普氏菌、阿克曼粘细菌、卵形拟杆菌、脆弱拟杆菌、伶俐瘤胃球菌上具有明显差异(P 0. 05,P 0. 01)。主坐标分析显示两组样本被显著分开,说明两组样本菌群结构存在显著差异。结论:肝阳上亢型急性脑出血与肠道菌群结构紊乱有关,其中普氏菌和阿克曼粘细菌的相对丰度下降是其发生的主要原因。     

基于肠道菌群和代谢组学探索糖尿病肾病中医湿证生物学特征

目的 探讨糖尿病肾脏病（DKD）中医湿证的差异肠道菌群、潜在生物标志物及代谢通路。方法 选择2017年1月—2019年12月储存在广东省中医院生物资源库的中医诊断为湿证的DKD患者的粪便标本和血清标本，应用16s RNA高通量测序和液相色谱-质谱法（LC-MS）检测DKD不同湿证亚型（湿热证、水湿证、湿浊证）患者之间的差异肠道菌群和血清代谢物，探索与湿证亚型相关的代谢通路，并将肠道微生物与代谢组学相结合，探讨肠道菌群和血清代谢物的关联性。结果 研究共纳入41例DKD患者的粪便和血清标本，其中湿热证21例，水湿证13例，湿浊证7例；肠道微生物结果显示：水湿证和湿浊证的差异肠道菌群有7种，湿浊证和湿热证有13种，水湿证和湿热证有4种。代谢组学结果提示：DKD湿浊证和湿热证的差异血清代谢物有8种，主要富集在苯丙氨酸代谢和泛醌和其他萜类醌生物合成通路（P<0.05）；水湿证和湿热证有27种，主要富集在嘌呤代谢通路和缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成通路；水湿证和湿浊证有16种，主要富集在α-亚麻酸代谢通路（P<0.05）。肠道菌群与代谢组学关联分析显示：共有46种差异血清代谢物与差异...     

16S rDNA基因测序分析阳虚质人群肠道菌群特征的研究

目的:研究阳虚质和平和质肠道微生物菌落构成变化,探讨阳虚质肠道菌群特点。方法:选取阳虚质及平和质人群,每组各30例,提取两组人群新鲜粪便样本中细菌DNA,运用Illumina MiSeq高通量测序平台对样本DNA进行338F_806R区16S rDNA测序以检测肠道菌群。应用I-Sanger生信云平台分析门水平和属水平的肠道菌群结构变化。结果:PLS-DA显示阳虚质与平和质在肠道菌群组成上差异有统计学意义(P0.05)。阳虚质Alpha多样性有下降趋势。在门水平上两组优势菌门都是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门,阳虚质拟杆菌门/厚壁菌门的比值低于平和质。属水平上与平和质相比,阳虚质中粪栖杆菌、直肠真杆菌属、拟杆菌属、巨单胞菌属、罗氏菌属丰度下降。埃希氏杆菌/志贺氏杆菌属、链球菌属、消化链球属、柯林斯菌属等菌属丰度上升。阳虚质拟杆菌丰度低于平和质,差异具有统计学意义(P0.05)。结论:阳虚质多样性呈下降趋势,丰度最高的菌门为厚壁菌门,其次为变形菌门,拟杆菌属相对丰度的显著下降是阳虚质肠道菌群的特征。     

基于16S rDNA基因测序技术分析不同身体质量指数人群的肠道菌群结构差异

目的:探究不同身体质量指数(BMI)人群肠道菌群的丰度及物种差异性。方法:将115例受试人群按BMI分为正常组、超重组和肥胖组,收集受试者粪便,运用16S rDNA基因测序技术结合生物信息分析,比较不同BMI受试者肠道菌群组成和丰度差异。结果:Alpha多样性分析可见超重组和肥胖组群落丰度和多样性较正常组低;不同分组的肠道菌群组成在OTU水平有明显差异;厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、变形菌门是3组肠道菌群共有的优势菌门;埃希氏菌-志贺氏菌属和瘤胃球菌属为多组比较显著差异的菌属(P<0.05)。肥胖组和正常组相比,拟杆菌属、Lachnoclostridium菌属、柯林斯氏菌属差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。结论:不同BMI人群肠道菌群结构组成有差异,肥胖和超重人群肠道菌群多样性明显降低。拟杆菌属、Lachnoclostridium菌属和柯林斯氏菌属等菌属丰度变化明显,提示其可能参与人体脂肪的积累过程。调节肠道菌群的多样性和丰度可能是预防和治疗肠道微生态相关疾病的有效途径之一。     

基于高通量测序技术研究归脾汤对心脾两虚型轻度阿尔茨海默病患者肠道菌群多样性的影响

目的:研究归脾汤对心脾两虚型轻度阿尔茨海默病(AD)患者肠道菌群的影响,探讨归脾汤改善心脾两虚型轻度AD与肠道菌群的关系。方法:选取12例心脾两虚型轻度AD患者的粪便样品作为研究对象,包括服用归脾汤前的样本及连续服用归脾汤1个月后的样本,观察提取各研究样本的染色体DNA,并进行DNA片段长度检测和定量。对提取的DNA样本进行16S r RNA V3区基因扩增及焦磷酸测序。结果:归脾汤给药1个月后,AD患者的肠道菌群整体结构与给药前有统计学差异,主要表现为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门和互养菌门丰度降低。在Cell division、Ether lipid metabolism这2个代谢通路中,给药前组与给药后组的平均丰度比较,差异均有统计学意义(P0.05)。给药后组微生物在Cell division通路中的平均丰度高于给药前组(P0.05),在Ether lipid metabolism通路中的平均丰度低于给药前组(P0.05)。结论:肠道菌群结构的异常改变与AD的发生发展存在较强的关联性。归脾汤加减可能是通过改变肠道菌群结构的机制改善心脾两虚证轻度AD患者的症状。     

基于16S rDNA测序技术研究痰湿质受试者肠道菌群的组成及丰度

目的探讨痰湿质体质人群肠道菌群的丰度及物种组成差异。方法收集痰湿质及平和质受试者各30例粪便样本,提取两组样本中细菌总DNA进行检测定量,构建Miseq文库并测序,Miseq测序得到的PE读长根据重叠区关系进行拼接,再根据不同的相似度水平,对所有序列进行分类单元(OTU)聚类分析,并分别在各个分类水平上统计各样本的群落组成。利用16S rDNA测序技术分析痰湿质及平和质肠道菌群结构的组成及丰度变化。结果在分类单元(OTU)水平上,偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示痰湿质与平和质在肠道菌群组成上具有明显差异;在门水平上,痰湿质肠道菌群中拟杆菌门/厚壁菌门的比值低于平和质;在属水平上,痰湿质相对丰度下降的菌属主要为拟杆菌属、罗氏菌属(P 0. 01)、粪栖杆菌属、巨单胞菌,痰湿质相对丰度上升的菌属主要为戴阿利斯特菌属、Lachnoclostridium、直肠真杆菌属、Dorea。结论痰湿质与平和质体质受试者的肠道菌群在丰度及物种组成方面均有差异,其中拟杆菌门/厚壁菌门的比值降低以及罗氏菌属相对丰度的下降是痰湿质肠道菌群的特征。     

非酒精性脂肪性肝炎肝郁脾虚证与湿热内蕴证患者肠道菌群结构特征

目的探讨非酒精性脂肪性肝炎(NASH)肝郁脾虚证与湿热内蕴证患者肠道菌群的结构特征。方法选择北京中医健康乡村(社区)项目方庄试点2017年1—10月确诊为肝郁脾虚型NASH患者10例(肝郁脾虚组)、湿热内蕴型NASH患者24例(湿热内蕴组)及健康体检者26例(正常对照组)。用Illumina Hiseq 2500高通量测序手段,对通过16 s rDNA技术提取的新鲜粪便样本总DNA进行测序。通过设定相似度聚类成可操作分类单元(OTU)并完成物种注释,从而评价各组肠道菌群结构差异。结果与正常对照组比较,肝郁脾虚组、湿热内蕴组OTU少(P0.05),肝郁脾虚组、湿热内蕴组OTU比较差异无统计学意义(P0.05)。在"门"水平,正常对照组中拟杆菌门的菌群丰度高于肝郁脾虚组、湿热内蕴组(P0.05),但肝郁脾虚组、湿热内蕴组比较差异无统计学意义(P0.05)。肝郁脾虚组、湿热内蕴组酸杆菌门的菌群丰度分别与正常对照组相比,差异无统计学意义(P0.05);而肝郁脾虚组该菌群丰度高于湿热内蕴组(P0.05)。在"纲"水平,肝郁脾虚组腐生螺旋菌纲、酸杆菌纲的菌群丰度高于其他2组(P0.05)。在"目"水平,肝郁脾虚组红螺菌目、腐生螺旋体菌目及酸杆菌目的菌群丰度高于其他2组(P0.05)。在"科"水平,肝郁脾虚组葡萄球菌科、红螺菌科、Koribacteraceae、Chitinophagaceae的菌群丰度高于其他2组(P0.05)。在"属"水平,肝郁脾虚组葡萄球菌属(Staphylococcus)的菌群丰度高于其他2组(P0.05)。结论 NASH患者存在肠道菌群失调现象,且肝郁脾虚证与湿热内蕴证患者菌群结构也存在差异。     

基于高通量测序技术的胰腺癌湿热证患者肠道菌群结构差异与功能变异研究

目的研究基于高通量测序技术的胰腺癌湿热证患者肠道菌群结构与功能的变化情况,探讨肠道菌群与胰腺癌发病的关联,以期为临床诊治提供新思路。方法将2018年1月至2018年12月期间复旦大学附属肿瘤医院和上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院收治的31例胰腺癌湿热证患者作为观察组,另选择同期接受健康体检的8例正常人员作为对照组。采集两组人员的粪便样本,提取DNA,建库,经Illumina HiSeq PE150平台实施高通量测序,获得样本的生物学信息,对组间样本进行物种注释分析比较及功能注释分析比较。结果①经去冗余后,得到328 787条线粒体开放阅读框(ORFs);两组共有基因为137 849个,观察组独有基因为114 439个,对照组独有基因为60 473个。②在门水平及属水平上,两组间的物种丰度均存在明显差异。在门水平上,观察组菌群丰度中变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、互养菌门(Synergistetes)、纤维杆菌门(Fibrobacteres)的丰度高于对照组,而拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、念珠菌门(Candidatus)、衣原体门(Chlamydiae)的丰度低于对照组。在属水平上,观察组菌群丰度中艾克曼菌(Akkermansia)、柯林斯氏菌(Collinsella)、链球菌(Streptococcus)、沃氏嗜胆菌(Bilophila)的丰度高于对照组,而双歧杆菌(Bifidobacterium)、普氏菌(Prevotella)、拟杆菌(Bacteroides)、粪杆菌(Faecalibacterium)、梭状杆菌(Clostridium)、罗斯氏菌(Roseburia)的丰度低于对照组。③基于距离矩阵的主坐标分析(PCoA)显示,两组样本的菌群组成结构差异明显。④KEGG数据库功能注释及分析结果显示,观察组在新陈代谢、环境信息处理、细胞加工相关通路上的基因表达水平高于对照组;观察组与对照组的功能丰度分布可以明显区分开。结论相较于正常人,胰腺癌湿热证患者体内存在肠道菌群结构失调及功能变异,故监测肠道菌群变化可为临床防治胰腺癌提供有价值的信息。     

30例湿热蕴结型结肠癌患者的肠道菌群结构变化研究

目的探讨湿热蕴结型结肠癌患者与健康人群的肠道菌群的差异。方法30例湿热蕴结型结肠癌患者的粪便样本做为观察组,收集13名健康人体检粪便样本为对照组,分别提取两组样本中细菌总DNA,采用16S rDNA测序技术对各组的粪便样本进行分析。结果与对照组比较,观察组肠道菌群中拟杆菌门、放线菌门、变形杆菌门、拟杆菌属、大肠杆菌/志贺氏菌属丰度明显增加(P<0.01)。Ⅱ期患者的双歧杆菌属、柯林斯菌属明显高于Ⅲ期患者(P<0.05)。结论湿热蕴结型结肠癌与肠道菌群结构紊乱相关,关联度较高的为条件致病菌大肠杆菌相对丰度的升高,益生菌双歧杆菌相对丰度的减少。     

基于16S rDNA高通量测序研究针灸对克罗恩病大鼠肠道菌群的调节作用

目的：采用16S rDNA高通量测序技术分析针灸对克罗恩病（CD）大鼠肠道菌群物种相对丰度和多样性的影响,探讨针灸对克罗恩病的作用机制。方法：将40只SD大鼠随机分为正常组、模型组、隔药饼灸组、电针组和西药组,每组8只。采用2,4,6-三硝基苯磺酸溶液灌肠4周构建CD大鼠模型,隔药饼灸组和电针组选取天枢（双侧）、气海穴进行干预,西药组采用柳氮磺吡啶溶液灌胃干预。干预结束后取结肠组织进行HE染色,收取大鼠粪便进行16S rDNA高通量测序并对进行物种相对丰度、alpha多样性和基因功能代谢预测分析等。结果：隔药饼灸组和电针组大鼠结肠组织病理学评分显著低于模型组（P<0.01）。与正常组比较,模型组拟杆菌门、放线菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、紫单胞菌科、普雷沃菌科、拟杆菌科、普雷沃菌属等的相对丰度升高,厚壁菌门、变形菌门、梭菌纲、梭菌目、毛螺菌科、瘤胃菌科、乳酸杆菌属等的相对丰度降低;在经过隔药饼灸和电针治疗后,上述大多数微生物相对丰度均有不同程度改善。与正常组比较,模型组肠道菌群的Chao1、Observed species、Shannon、Simpson等alpha多样性指数均显著下降（P<0.05）;与模型组比较,隔药饼灸组和电针组上述指数均显著升高（P<0.05）。功能预测分析发现隔药饼灸和电针均能调节参与碳水化合物代谢、氨基酸代谢等的功能基因。结论：CD与肠道菌群结构变化有关,针灸能够调节CD大鼠肠道菌群物种相对丰度和菌群多样性。     

健脾固肠方通过提高短链脂肪酸产生菌的丰度减轻肠癌小鼠化疗后肠道炎症反应的机制探讨

目的:本文对健脾固肠方治疗化疗后肠道炎症反应进行菌群机制研究。方法:采用小鼠结肠癌原位移植瘤模型分为化疗组、化疗联合中药组,给药14 d后进行肠道HE染色并使用16s rRNA检测菌群。结果:Chiu氏6级评分发现化疗联合中药组肠道损伤更低,多样性比较发现化疗联合中药组Simpson指数更高,化疗联合中药组中的梭菌属、毛螺菌属、双歧杆菌属、变形杆菌属等菌属明显增多;代谢通路中发现菌群毒素的代谢和脂肪酸的生物合成等通路差异有统计学意义。结论:健脾固肠方可能通过提高短链脂肪酸产生菌的丰度,进而加速菌群毒素的排泄和加快脂肪酸的生物合成,最终缓解肠道炎症反应。     

基于“热证可灸”理论研究艾灸对胃热证大鼠肠道微生态的影响

目的:采用16S rDNA测序分析艾灸胃经穴对胃热证大鼠肠道微生态的影响。方法:24只SD大鼠按随机数字表法分为空白组、模型组、胃经穴组和对照点组各6只。运用Illumina Hiseq高通量测序技术分析胃热证大鼠和艾灸胃经穴干预胃热证大鼠的肠道菌群结构,利用LEfSe分析比较组间微生物的物种差异。结果:与空白组比较,模型组中红蝽菌科(Coriobacteriaceae)、柯林斯氏菌属(Collinsella)及梭菌属(Clostridium)等致病菌丰度显著上调。与模型组大鼠比较,胃经穴组中放线菌门(Actinobacteria)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)等益生菌丰度显著上调。结论:艾灸胃经穴"梁门""足三里"能显著上调胃热证大鼠益生菌丰度水平,对大鼠的肠道微生物组成及物种影响具有调节作用,可能是其治疗胃热证的机制之一。     

【OSID配码论文】基于高通量测序技术的胰腺癌湿热证患者肠道菌群结构差异与功能变异研究

  目的：研究基于高通量测序技术的胰腺癌湿热证患者肠道菌群结构与功能的变化情况,探讨肠道菌群与胰腺癌发病的关联,以期为临床诊治提供新思路。  方法：将2018年1月至2018年12月期间复旦大学附属肿瘤医院和上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院收治的31例胰腺癌湿热证患者作为观察组,另选择同期接受健康体检的8例正常人员作为对照组。采集两组人员的粪便样本,提取DNA,建库,经Illumina HiSeq PE150平台实施高通量测序,获得样本的生物学信息,对组间样本进行物种注释分析比较及功能注释分析比较。  结果：①经去冗余后,得到328 787条线粒体开放阅读框(ORFs);两组共有基因为137 849个,观察组独有基因为114 439个,对照组独有基因为60 473个。②在门水平及属水平上,两组间的物种丰度均存在明显差异。在门水平上,观察组菌群丰度中变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、互养菌门(Synergistetes)、纤维杆菌门(Fibrobacteres)的丰度高于对照组,而拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、念珠菌门(Candidatus)、衣原体门(Chlamydiae)的丰度低于对照组。在属水平上,观察组菌群丰度中艾克曼菌(Akkermansia)、柯林斯氏菌(Collinsella)、链球菌(Streptococcus)、沃氏嗜胆菌(Bilophila)的丰度高于对照组,而双歧杆菌(Bifidobacterium)、普氏菌(Prevotella)、拟杆菌(Bacteroides)、粪杆菌(Faecalibacterium)、梭状杆菌(Clostridium)、罗斯氏菌(Roseburia)的丰度低于对照组。③基于距离矩阵的主坐标分析(PCoA)显示,两组样本的菌群组成结构差异明显。④KEGG数据库功能注释及分析结果显示,观察组在新陈代谢、环境信息处理、细胞加工相关通路上的基因表达水平高于对照组;观察组与对照组的功能丰度分布可以明显区分开。  结论：相较于正常人,胰腺癌湿热证患者体内存在肠道菌群结构失调及功能变异,故监测肠道菌群变化可为临床防治胰腺癌提供有价值的信息。     

整合代谢组学与肠道菌群分析酸枣仁汤改善失眠大鼠的作用机制

为探讨酸枣仁汤(SZRD)改善对氯苯丙氨酸(PCPA)致失眠大鼠模型的作用机制,通过腹腔注射PCPA溶液(400 mg·kg^-1)制备失眠大鼠模型。利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术对大鼠海马样本进行代谢产物轮廓分析,并结合多元统计分析结合筛选差异代谢物,借助MetaboAnalyst 5.0构建相关代谢通路。利用16S rRNA基因V3～V4区高通量测序,通过LEfSe、OPLS-DA、PICRUSt2预测功能分析肠道菌群的结构及相对丰度变化。在海马中共鉴定出22个差异代谢物,包括氨基酸类、脂肪酸类、核苷类、有机酸类、维生素类、其他类等;共涉及8条代谢通路,主要为丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢,苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成,精氨酸生物合成等。16S rRNA基因测序显示,瘤胃球菌属Ruminococcus、真杆菌属Eubacterium是SZRD组与模型组的差异菌群;PICRUSt2与LEfSe整合分析表明瘤胃球菌属Ruminococcus可能是SZRD改善PCPA失眠大鼠的标志性菌属。进一步采用Spearman相关性分析,...     

黄腻苔人群舌苔与肠道菌群微生态特征及其相关性研究（英文）

目的 研究黄腻苔人群的舌苔和肠道微生物菌群结构和代谢特征,探讨黄腻苔人群舌苔和肠道菌群代表性的代谢标志物和代谢通路。方法 于2021年12月1日至2022年10月30日采集黄腻苔及薄白苔受试者的舌苔及大便样本。16S r RNA及宏基因组测序技术对2组受试者的舌苔和粪便样本进行菌群鉴定;并对2组样品进行菌群α-多样性分析、主成分分析（PCA）和Spearman相关性分析;超高效液相色谱联用串联质谱（UPLC–MS/MS）进行代谢组学分析及代谢通路富集分析。结果 本研究共招募20例黄腻苔受试者和19例薄白苔受试者。在菌群属水平,2组受试者的舌苔菌群及肠道菌群的优势菌种大致相同,但是相对峰度差异明显,黄腻苔受试者舌苔及粪便样本中潜在致病菌丰度较高。黄腻苔受试者的舌苔样品中有9种微生物下调,粪便样品中有26种微生物下调,6种微生物上调。α-多样性分析显示,黄腻舌苔受试者舌苔菌群的Chao和ACE指数有下降趋势,但差异无统计学意义（P>0.05）;粪便样本菌群的α-多样性明显降低,Chao和ACE指数显著下降（P <0.05）。主成分分析结果显示,2组受试者的舌苔和粪便样本的菌群结...     

内生湿热证人群的肠道菌群特点研究

目的探讨内生湿热证人群与健康人群的肠道菌群差异性。方法选取2019年4—9月于江苏省第二中医院门诊就诊及住院的24例内生湿热证患者作为湿热组,选取同期8~14岁健康男童20例作为对照组,取2组粪便样本,通过Illumina MiSeq平台对肠道菌群进行16S rDNA基因V3~V4可变区检测,运用QIIME、STAMP及LEfSe进行Alpha、Beta多样性分析,鉴定差异性菌属。结果湿热组的Shannon指数、Evenness指数均明显低于对照组(P均<0.05)。主坐标分析显示2组样本菌群结构分布差异有统计学意义(P<0.05)。门分类水平上,湿热组拟杆菌门与厚壁菌门的相对丰度比值呈下降趋势,疣微菌门的相对丰度比值明显低于对照组(P均<0.05);属分类水平上,湿热组布劳特氏菌属、迟缓埃格特菌的相对丰度均明显高于对照组(P均<0.05);瘤胃球菌属、双歧杆菌属、Alistipes、颤螺菌属、Odoribacter、Anaerostipes、无色杆菌属的相对丰度均明显低于对照组(P均<0.05)。结论内生湿热证患者存在肠道菌群紊乱,其发病主要与拟杆菌门与厚壁菌门的相对丰度比值下调,迟缓埃格特菌属丰度上升,瘤胃球菌属、双歧杆菌属、颤螺菌属丰度下降相关。     

基于高通量测序技术的溃疡性结肠炎大肠湿热证患者肠道菌群多样性的研究

目的探究溃疡性结肠炎大肠湿热证人群与健康人群肠道菌群结构差异。方法研究共采集14例溃疡性结肠炎大肠湿热证患者和14例健康人群粪便标本;根据细菌16S rRNA V3-V4区设计引物进行扩增,利用Illumina HiSeq2500平台进行高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OUTs（operational taxonomic units）聚类,物种注释,α多样分析,主成分分析,最终得到样品物种信息。结果在溃疡性结肠炎大肠湿热组和健康人群组中之间肠道菌群存在显著性差异,（P=0.008＜0.01）;且大肠湿热证溃疡性结肠炎患者的肠道菌群多样性高于健康人群;溃疡性结肠炎患者与健康人群肠道菌群的丰度之间存在显著的差异,其中健康人群中以Bacteroidaceae、Bacteroides、Firmicutes、Clostridia 等为主;溃疡性结肠炎患者以Lactobacillus、Lactobacillaceae、Erysipelotrichaceae、Erysipelotrichales等为主。另外,Akkermansia菌在溃疡性结肠炎患者中处于富集状态结论大肠湿热证溃疡性结肠炎患者与健康人群在肠道菌群多样性方面、菌群结构上存在显著差异。     

基于16S rRNA测序比较探讨气虚证患者与健康人的肠道菌群的结构特征＊

目的 采用16S rRNA测序技术，检测比较气虚患者和健康人群的肠道菌群多样性、相对丰度及分布的差异。方法 选取在湖北省中医院就诊的气虚证患者20例为观察对象，以及同期健康志愿者10名作为对照。采用粪便基因组DNA提取试剂盒抽提HG和QD粪便样本中DNA，对V3-V4区进行PCR扩增，再进行文库构建和Illumina MiSeq测序。最后对数据进行生物信息学分析，探索气虚证人群肠道菌群的结构组成特征。结果 本研究共得到534个OTU。物种累积曲线表明本研究所收集的样本量充足。HG和QD两组alpha指数不存在明显差异（P＞0.05）。通过beta多样性分析可见，HG和QD两组肠道菌群构成存在一定差异。此外，QD组的Firmicutes/Bacteroides比值较健康人群升高。相较于HG，g_Odoribacter、蓝藻菌门、g_Anaerotruncus、c_Chloroplast、s_Clostridium_Methylpentosum和o_Streptophyta在QD中显著富集（P < 0.05）。结论 气虚证患者肠道菌群的组成结构与健康人群存在一定差异。在气虚证的发生发展中，肠道菌群的改变可能起到了重要作用。     

基于16S rDNA测序技术的自发性高血压大鼠肠道菌群结构变化及中药干预作用

目的分析自发性高血压大鼠(SHR)肠道菌群结构特征,初步探讨中药黄连解毒汤(HLJDD)干预作用影响。方法 12周龄雄性SHR随机分模型组(M组)、HLJDD组(H组),同周龄雄性Wistar大鼠为正常对照组(W组),每组各4只。空白对照组及模型组常规饲养,HLJDD组按0.027 g/(kg·d)灌胃给药,每天给药1次,连续给药6周。干预结束后,取出盲肠内容物(新鲜粪便),采用16S rDNA高通量测序并进行生物信息学分析。结果 3组大鼠肠道微生物测序覆盖度在0.997以上,从属水平分析3组大鼠物种丰度聚类分布于4个优势的细菌门:27个属于厚壁菌门类(Firmicutes)、4个属于拟杆菌门类(Bacteroidetes)、3个属于变形菌门类(Proteobacteria)和1个属于疣微菌门类(Verrucomicrobia)门类细菌;Simpson指数表明,模型组大鼠肠道菌群多样性降低,HLJDD组大鼠肠道菌群多样性高于模型组;3组大鼠肠道菌群微生物群落结构在门水平上主要由厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)组成,其中模型组厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度增加,HLJDD组大鼠肠道菌群厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度低于模型组;3组大鼠肠道菌群微生物群落结构在属水平上主要由乳酸杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、大肠志贺氏杆菌属(Escherichia Shigella)组成,其中益生菌乳酸杆菌属(Lactobacillus)相对丰度在模型组明显降低,HLJDD组大鼠肠道菌群乳酸杆菌属相对丰度高于模型组。结论 SHR肠道菌群结构失于平衡状态,菌群多样性有一定程度下降,HLJDD可能通过增加SHR菌群多样性、降低SHR致病菌厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度、升高SHR益生菌乳酸杆菌属相对丰度达到对抗高血压的作用,尚需扩大样本量进一步进行验证。