基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学和分子对接研究白花蛇舌草和半枝莲药对治疗宫颈癌的作用机制

目的通过网络药理学与分子对接方法探究白花蛇舌草Hedyotis diffusa和半枝莲Scutellaria barbata药对治疗宫颈癌的潜在活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和STITCH数据库搜集白花蛇舌草和半枝莲药对的活性成分和靶点,在DisGeNET网站下载宫颈癌疾病靶点;以String平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建白花蛇舌草和半枝莲药对与宫颈癌共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络;利用CytoHubba筛选信号通路关键基因(hub基因),构建靶点的拓扑网络图;绘制"活性成分-靶点-通路"网络图;采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 "活性成分-靶点-通路"网络显示,白花蛇舌草和半枝莲药对有25个主要活性成分,38个主要靶点,与18个信号通路有关。分子对接结果显示,白花蛇舌草和半枝莲药对25个活性成分与38个靶点部分或全部对接成功。结论白花蛇舌草和半枝莲药对通过多成分、多靶点、多通路参与宫颈癌细胞凋亡。     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学和分子对接探究地骨皮调血脂的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨地骨皮调血脂的作用机制。方法 使用TCMSP数据库并查阅相关文献确定地骨皮活性成分;采用SwissTargetPrediction、GeneCard和OMIM数据库预测地骨皮活性成分靶点和高脂血症相关靶点,应用Venny 2.1取两者交集;运用Cytoscape 3.8.2软件绘制成分-靶点-疾病网络;应用String数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;将交集靶点输入Metascape数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件绘制地骨皮活性成分-靶点-通路网络,预测其调血脂作用机制;采用分子对接和细胞实验进一步探究地骨皮的调血脂作用机制。结果 共筛选出地骨皮潜在活性成分14个以及153个交集靶点;GO功能和KEGG通路分析发现主要涉及过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome prol...     

基于网络药理学和分子对接研究三仁汤治疗肺癌的分子机制

目的：采用网络药理学方法筛选三仁汤君药药对（SRJMP）的活性成分及核心靶点,探讨三仁汤君药药对治疗肺癌的作用机制。方法：依托中药系统药理学分析平台（TCMSP）,检索三仁汤 3 味中药相关的所有化学成分及预测作用靶点,采用STRING 数据库与 Cytoscape 软件构建“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络,通过 ClusterProfiler、ClueGO、DAVID 数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集。把候选作用靶点映射在 KEGG 通路图上分析结果,最后应用 AutoDock 软件进行分子对接。结果：共筛选出 40 个活性成分和 222 个相应蛋白靶点。首要分析核心靶点47 个,GO 分析共包含 117 条富集结果,KEGG 通路富集筛选出 30 条通路。结论：通过网络药理学验证了 SRJMP 多成分、多靶点、多通路的特点,其可能是通过调控免疫细胞分化,肿瘤相关信号通路以及干预细胞代谢过程,达到抗肿瘤作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉苯乙醇总苷对肝细胞癌的潜在分子机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术,探讨肉苁蓉苯乙醇总苷(CPhGs)治疗肝细胞癌(HCC)的潜在分子机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库及文献收集肉苁蓉苯乙醇总苷的活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards等数据库获得与HCC相关的疾病基因,得到药物靶点与疾病靶点的交集为肉苁蓉苯乙醇总苷治疗HCC的潜在作用靶点,将交集靶点导入蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选关键靶点。将关键靶点导入DAVID数据库,进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终,利用Autodock vina软件对筛选出的蛋白与肉苁蓉苯乙醇总苷活性成分进行分子对接。结果：肉苁蓉苯乙醇总苷中有29种活性成分及410个靶基因,涉及PI3K-AKT信号通路、癌症信号通路、癌症蛋白聚糖通路、VEGF信号通路等以发挥治疗HCC的作用。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论：肉苁蓉苯乙醇总苷可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节癌细胞、血管生成等相关靶标和途径,从而对HCC产生治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起...     

“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的网络药理学分析及分子对接验证

目的 采用网络药理学和分子对接探讨及验证“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的主要物质基础及作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Swiss Target Prediction在线网站收集柴胡、白芍的活性成分和治疗靶点;在Therapeutic Target Database、Drugbank、DisGeNET数据库中获取MAFLD的疾病靶点并构建韦恩图,筛选中药与疾病的交集靶点;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“中药-活性成分-疾病-交集靶点”网络并进行网络拓扑分析,筛选“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的核心成分;借助STRING数据库获取交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络参数,借助Cytoscape 3.9.0构建PPI网络并进行网络拓扑分析,筛选核心靶点。采用Metascape平台分析“中药-疾病”交集靶点参与的生物过程及信号通路,使用微生信平台将结果绘制成柱状图和气泡图进行可视化,绘制“中药-核心成分-核心靶点-生物功能-信号通路”网络,可视化“柴胡-白芍”药对治疗MAFLD的主要作用机制。采用分子对接技术验证核心成...     

基于网络药理学和分子对接探讨“黄连-茵陈”治疗慢性萎缩性胃炎机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨“黄连-茵陈”药对治慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中检索获得“黄连-茵陈”药对的活性成分、作用靶点及分子结构，建立数据集，再通过GeneCard、CTD、TTD数据库筛选CAG疾病靶点，与“黄连-茵陈”药对活性化合物作用靶点取交集，利用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络，利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，通过聚类分析获取核心成分与核心靶点，利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后利用AutoDok Tool、Pymol软件将核心靶点与核心成分进行分子对接验证。结果 经筛选获得“黄连-茵陈”药对活性化合物26种，筛选后活性化合物对应靶点86个，CAG靶点639个，“黄连-茵陈”活性化合物成分与CAG交集靶点38个，核心成分为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇等，高于平均Degree值的靶点蛋白有白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、Ju...     

基于网络药理学及分子对接探讨交泰丸治疗心 律失常的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接分析交泰丸治疗心律失常的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)与BATMAN数据库检索黄连、肉桂的活性成分和靶基因,利用GeneCards数据库检索得到与心律失常相关的靶基因,采用Cytoscape软件绘制交泰丸的"活性成分-作用靶点"网络图,采用STRING数据...     

基于网络药理学和实验验证探讨加味孔圣枕中丹治疗痴呆的分子机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术研究加味孔圣枕中丹(JWKSP)治疗痴呆的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药百科全书数据库(ETCM)筛选JWKSP活性成分及靶点;利用DrugBank、disGeNET数据库以及治疗靶点数据库(TTD)筛选痴呆靶点。活性成分作用靶点和疾病靶点交集获得JWKSP治疗痴呆的潜在作用靶点,Metascape数据库进行潜在作用靶点的基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路归类分析。Cytoscape 3.6.0软件构建JWKSP-中药-活性成分-潜在作用靶点-通路网络。AutoDock 4.2.6软件进行分子对接验证实验。体内复制大鼠血管性痴呆(VD)模型,JWKSP灌胃给药干预30 d, Morris水迷宫实验评价其记忆力,免疫组织化学法检测大脑皮质脑源性神经营养因子(BDNF)表达水平。结果：筛选获得JWKSP活性成分88个,对应痴呆潜在作用靶点80个,主要涉及血液循环、血管直径调节、化学突触传递调控等生物过程;铵离子结合、儿茶酚胺结合、神经递质结合等分子功能以及膜微区等细胞组分。通路分析显...     

基于网络药理学与分子对接技术探究半夏-夏枯草药对治疗高血压的分子机制

目的 采用网络药理学与分子对接方法,研究半夏-夏枯草药对治疗高血压的具体药效物质与作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选出半夏、夏枯草的活性成分及其对应靶点;在genecards数据库中检索得到高血压的相关基因靶点,并使用Venn工具进行交集比对,筛选出共同靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件绘制化合物-靶点...     

基于网络药理学与分子对接技术的化湿败毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎作用机制及活性成分筛选研究

目的:采用网络药理学与分子对接技术相结合的方法研究化湿败毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制及活性成分筛选.方法:采用中药系统药理学分析平台筛选化湿败毒颗粒活性成分及预测作用靶点,与OMIM和Gene Cards数据库筛选的病毒及肺炎靶基因取交集,得到潜在靶基因.利用Cytoscape软件构建"化合...     

基于网络药理学和分子对接探讨舒眠胶囊治疗失眠的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术探究舒眠胶囊治疗失眠的作用机制。方法：以网络药理学为基础,对舒眠胶囊、失眠相关作用靶点进行筛选,应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Swiss Target Prediction数据库预测舒眠胶囊靶点,应用GeneCards等5个数据库收集失眠相关靶点数据;运用STRING数据库、DAVID数据库、Cytoscape 3.5.1软件对药物和疾病的交集基因进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并构建“有效成分-靶点-疾病”图,分析舒眠胶囊治疗失眠的作用机制;最终,利用Discovery Studio软件进行分子对接模拟验证。结果：舒眠胶囊通过35个活性成分作用于120个失眠相关靶点。主要通过槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、灯心草菲类衍生物8个主要活性成分,作用于PIK3R1、TNF、CXCL8、AKT1、IL6等14个核心靶点,通过调控Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K/AKT信号通路起治疗失眠作用。分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点对接良好。结论：舒眠胶囊通过多靶...     

基于网络药理学和分子对接研究泽泻汤治疗良性阵发性位置性眩晕的作用机制

目的:通过网络药理学方法及分子对接技术研究泽泻汤防治良性阵发性位置性眩晕(Benign Paroxysmal Positional Vertigo,BPPV)的分子效应机制,为泽泻汤治疗BPPV的临床应用提供理论支持。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),获取泽泻汤的主要化学活性成分,再通过设定药物代谢动力学值筛选出主要活性成分并提取相关靶点;查找相关文献补充TCMSP数据库未能预测到的成分,并运用Swiss Target Prediction数据库预测靶点。运用GeneCards、OMIM及DisGeNET数据库提取BPPV疾病的相关靶点;运用STRING 11.8数据库、Cytoscape 3.8.0软件建立交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并进行可视化;利用DAVID6.8数据库对核心靶点开展基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;而后运用Cytoscape 3.8.0软件建立“泽泻汤成分-BPPV靶点-信号通路”网络。最后使用AutoDock软件进行分子对接验证。结果:预测到泽泻汤主要化学成分19种,包括泽泻醇B、泽泻醇C、α...     

基于网络药理学和分子对接研究淫羊藿治疗抑郁症的抗炎作用机制

目的:采用网络药理学方法预测淫羊藿治疗抑郁症的抗炎靶点及相关信号通路,探讨其抗抑郁作用的潜在机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库搜集和筛选淫羊藿的活性成分;利用PharmMapper服务器,TCMSP数据库对蛋白靶点进行预测和筛选;利用OMIM数据库,CTD数据库和GeneCards数据库筛选抑郁症的相关靶点以及抗炎靶点;通过DAVID数据库对关键抗炎靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape 3.6.0软件构建淫羊藿"活性成分-作用靶点-信号通路"网络图,并对网络拓扑结构分析;采用GOLD分子对接软件对活性成分与关键抗炎靶点进行结果验证。结果:筛选得到淫羊藿与抑郁症相关的12个活性成分,30个作用靶点,5个关键抗炎靶点;GO功能富集得到生物过程65个,细胞组成4个,分子功能1个,KEGG通路富集分析得到41条,其中与炎症相关的信号通路9个;分子对接验证淫羊藿苷与关键抗炎靶点能够形成最佳复合体。结论:揭示了淫羊藿通过抗炎靶点及其相关信号通路网络作用于抑郁症的分子机制,为进一步研究淫羊藿抗抑郁作用提供了基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨四逆散干预肠易激综合征作用机制

目的:应用网络药理学及分子对接探讨四逆散从缓解消化道症状及精神神经症状方面综合干预肠易激综合征的分子作用机制。方法:检索TCMSP数据库获取四逆散的主要活性成分及其靶点,GeneCards数据库及疗效药靶数据库(TTD)获取肠易激综合征的靶基因,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络并筛选出...     

基于网络药理学和分子对接研究黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法分析黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制。方法：通过化源网数据库、中药与化学成分数据库、PubChem数据库以及文献查阅,搜集黄葵胶囊化学成分,运用Swiss ADME数据库筛选出黄葵胶囊活性成分,依据Swiss Target Prediction数据库预测黄葵胶囊各活性成分靶点;通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索糖尿病肾病疾病相关靶点,利用韦恩图获取黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的关键靶点,通过R3.6.2软件对靶蛋白进行基因本体(GO)生物过程富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Cytoscape 3.7.2软件构建黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的“关键活性成分-重要靶点-通路”网络,最后利用AutoDock进行分子对接,计算最低结合能。结果：黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的核心活性成分为4′,5,7,8-四甲氧基黄酮、槲皮素、没食子酸、原儿茶酸等,核心靶点PIK3R1、PIK3CA、AKT1、SRC、ESR1等,活性成分与关键靶点分子对接的最低结合能均接近-5 kcal/mol。黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制...     

基于网络药理学及分子对接探讨半夏-藿香抗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的:基于网络药理学筛选半夏-藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分、核心靶点、信号通路。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选半夏-藿香药对活性成分和靶点,与GeneCards、NCBI数据库中COVID-19基因集相互映射获取关键靶点,同时通过STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建关键靶点相互作用网络。利用DAVID数据库进行基因本体（GO）-生物过程(BP)及KEGG通路富集分析,获得分子对接证据支持。结果:半夏-藿香药对有效活性成分24个,关键靶点45个,共富集出生物过程、细胞组分和分子功能条目443条,通路103条。分子对接结果显示在半夏-藿香药对中,与3CLpro结合最好的是β-谷甾醇;与血管紧张素转换酶2结合最好的为槲皮素。结论:半夏-藿香药对关键化合物可能从结构上作用于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)入侵及从多成分多靶点多通路抑制细胞因子风暴,广谱抗病毒、抑菌及免疫调节,干预网状激活系统起到治疗作用。