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1.
目的基于网络药理学方法探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的作用机制。方法利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库获取补中益气汤的活性成分和作用靶点。从GEO数据库、DisGeNET数据库、GenCLiP 3数据库、GeneCards数据库以及TTD数据库收集DGP相关基因。将补中益气汤作用靶点和DGP相关基因取交集,得到补中益气汤治疗DGP的潜在靶点。利用Cytoscape3.7.1软件构建中药活性成分-DGP靶点网络。运用STRING数据库分析交集基因所编码蛋白之间的相互作用,利用Cytoscape3.7.1软件对结果进行可视化。利用Cytoscape3.7.1软件中的ClueGO插件、CluePedia插件分别对交集靶点基因进行基因分类(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及可视化。结果筛选得到补中益气汤的185个活性成分,作用于130个DGP靶点基因,其中关键靶点10个,包括胰岛素(INS)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白介素-6(IL6)、内皮型一氧化氮合成酶(NOS3)和肾上腺素能受体(AR)等。GO和KEGG通路富集分析显示,补中益气汤可能通过抑制凋亡、自噬、氧化应激、炎症反应,调节胰岛素、血糖水平,改善胃肠道平滑肌细胞和Cajal间质细胞损伤,以影响DGP的发生发展。结论本研究初步揭示了补中益气汤可能通过多成分-多靶点-多通路治疗DGP的作用机制。  相似文献   

2.
目的:运用网络药理学方法研究半夏泻心汤及其拆方对炎症性肠病肠道免疫的潜在靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出半夏泻心汤及其拆方组(辛开组、苦降组、甘补组)的有效活性成分和作用靶点,利用GeneCards、OMMI数据库筛选炎症性肠病相关的潜在作用靶点,将二者交集后采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络图,利用string绘制PPI靶点蛋白作用网络图,利用GO和KEGG富集分析药物与炎症性肠病的信号通路。结果:通过筛选得出半夏泻心汤的有效活性成分129个、辛开组(半夏+干姜)的有效活性成分43个、苦降组(黄芩+黄连)的有效活性成分104个、甘补组(人参+甘草+大枣)的有效活性成分121个。进一步分析后发现半夏泻心汤组中Quercetin(槲皮素)、Beta-sitosterol(β-谷甾醇)、Kaemoferol(山柰酚)、Stigmasterol(豆甾醇)、Baicalein(黄芩素)等药物活性成分与PTGS1、AR、ESR1、PRSS1、PPARG等与IBD疾病靶点关系较为密切,并可能通过参与AGE-RAGE、TNF等信号通路发挥调...  相似文献   

3.
目的 基于网络药理学及分子对接研究半夏散治疗慢性咽炎的作用机制。方法 用LSP和TCMSP预测半夏散已知有效成分的作用靶点和慢性咽炎疾病靶点,使用Cytoscape3.6.1软件对半夏散进行中药—有效活性成分—靶点网络构建,STRING10.5数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape3.6.1软件进行GO富集分析,KEGG通路注释分析,以及利用AutoDock软件进行分子对接。结果 半夏散中有101个主要有效活性成分,作用于234个靶点蛋白;慢性咽炎有2 289个靶点,得到共同靶点117个。通过KEGG通路分析得到20个有效信号通路,GO富集显示15个生物过程、15个分子功能、15个细胞成分。有3个活性成分与2个关键靶点蛋白有效结合。结论 半夏散治疗慢性咽炎的作用机制是通过对炎症反应进行干预和调节,并对咽部内皮细胞的代谢和功能损伤进行修复。  相似文献   

4.
目的基于网络药理学探讨黄芪治疗慢性肾炎的作用靶点和机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出黄芪的有效中药活性成分及中药靶标,之后从Gene Cards数据库筛出慢性肾炎的疾病靶标,然后利用Cytoscape 3.7.0软件绘制得到相应调控网络,在String数据库中构建出黄芪与慢性肾炎共同靶标的蛋白相互作用网络。最后利用R软件对二者的共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果筛选后得到黄芪有效药物成分20个,对应的药物-疾病作用靶点共74个,包括VEGFA、蛋白激酶AKT1、CXCL8等。GO功能富集分析主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、氧化还原酶活性等。涉及的KEGG通路主要包括HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论运用网络药理学研究方法可推测黄芪治疗慢性肾炎的主要活性成分、功能活动、作用机制和信号通路,为日后的进一步研究提供了理论支撑和思路。  相似文献   

5.
【目的】运用网络药理学及分子对接探讨黄芪散治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。【方法】通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)查找黄芪散组方中黄芪、葛根、桑白皮的活性成分和作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查询与T2DM相关的疾病靶点,通过UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名,利用Cytoscape 3.6.1软件构建黄芪散活性成分-靶点网络、蛋白相互作用(PPI)网络,并通过Merge功能构建疾病-成分-靶点网络,筛选出黄芪散治疗T2DM的核心靶点,最后通过DAVID数据库对核心靶点蛋白进行基因本体论(GO)生物过程分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制,并绘制GO和KEGG气泡图进行数据可视化。【结果】研究得到包括槲皮素、山柰酚、刺芒柄花素等在内的38个活性成分和ESR1、JUN、PTGS2、AKT1和MAPK1等75个关键靶点。GO功能富集分析得到113个GO条目(P<0.05),主要包括蛋白酪氨酸激酶活性、生长因子活性和核受体活性等生物过程,KEGG富集得到157条信号通路(P<0.05),主要涉及晚期糖...  相似文献   

6.
目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。  相似文献   

7.
目的基于网络药理学探讨痛经宁方治疗子宫内膜异位症的分子机制。方法将通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)得到痛经宁方的有效活性成分,与根据OMIM数据库和Gene Cards数据库搜索得到的子宫内膜异位症疾病靶点交集,取得交集靶点。使用Cytoscape 3.7软件构建"中药-活性成分-靶点"网络。基于STRING数据库,构建蛋白互作(PPI)网络。利用DAVID数据库,进行痛经宁方潜在作用靶标的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果从痛经宁方中筛选出活性成分166个,其中61个有效活性成分可通过60个靶点作用于子宫内膜异位症。通过富集得到1177个GO生物功能和118条KEGG通路。结论基于网络药理学初步探究痛经宁方中槲皮素、山柰酚、花生四烯酸、异鼠李素、豆甾醇、β-谷甾醇、鞣花酸等有效成分作用于IL-6、VEGFA、EGFR、MAPK8、CASP3、ESR1等关键靶点,通过调控机体内类固醇激素水平、炎症反应、氧化应激、核受体活性、转录因子活性、细胞凋亡等过程治疗子宫内膜异位症,为进一步研究其具体作用机制提供了理论依据。  相似文献   

8.
目的 基于网络药理学、芯片分析和分子对接方法探究鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药高通量实验和参考指南数据库(HERB)和中国知识资源总库(CNKI)收集鳖甲煎丸活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIM和DrugBank数据库收集肝癌疾病靶点,取二者交集靶点作为潜在靶点并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Cytoscape3.7.2软件构建鳖甲煎丸-活性成分-潜在靶点-肝癌网络和蛋白相互作用(PPI)网络并筛选核心成分和核心靶点,结合GEO芯片筛选核心作用靶点,与核心成分进行分子对接验证。结果 筛选得到鳖甲煎丸活性成分152个,治疗肝癌潜在靶点221个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡等生物过程,细胞核、细胞质等细胞组分,蛋白结合、酶结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等分子功能,KEGG富集分析涉及PI3K-Akt、MAPK等信号通路。核心成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素与核心作用靶点MAPK1、MYC、EGFR、FOS对接结合稳定。结论 鳖甲煎丸可能通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路,作用于MAP...  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学的方法研究半夏泻心汤治疗胃癌的作用机制.方法 通过TCMSP平台查询半夏泻心汤化学成分及对应靶点,采用DisGeNet、OMIM、TTD等疾病数据库查询胃癌相关靶点.取两者交集为共同靶点,采用STRING构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行KEGG通路富集分析.结果 查询到半夏泻心汤化学成分19...  相似文献   

10.
目的:运用网络药理学方法,研究余甘子的有效成分和作用机制。方法:从中药系统药理学数据库和分析平台检索余甘子的生物活性成分、作用靶点和相关疾病,利用STRING数据库研究靶点间的相互作用关系,利用DAVID数据库分析GO和KEGG,利用Cytoscape及Hiplot软件建立“化合物-靶点”网络、蛋白质相互作用网络(PPI)、“化合物-靶点-疾病-通路”网络进行基因本体(GO)和KEGG富集分析。结果:筛选得到12个有效生物活性成分、59个靶点、107种疾病和113条通路,基因功能分析得到生物学过程(BP)相关通路479条、细胞成分(CC)相关通路44条、分子功能(MF)相关通路78条。结论:余甘子通过广泛作用于多条细胞代谢通路,调节细胞增殖、分化、凋亡的过程,发挥抗炎、抗癌活性作用。网络药理学研究有助于揭示余甘子多成分作用的协同机制。  相似文献   

11.
目的:采用网络药理学方法分析补骨脂中与线粒体损伤有关的作用靶点。方法:补骨脂的活性成分从中医药系统药理学数据库分析平台获取。药物动力学(ADME)筛选标准为:口服生物学吸收性(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.14。利用Drug Bank数据库查找线粒体损伤疾病(MD)相关的靶点和活性化学成分的靶点,利用DAVID数据库进行靶点的通路(KEGG)和功能(GO)分析。结果:网络药理学研究结果显示,补骨脂活性物质的预测靶点与线粒体损伤疾病的靶点有重合,GO生物学过程富集分析可知,靶基因涉及缺氧反应、氧化还原过程、对细胞因子的反应、线粒体膜通透性的调控和线粒体细胞色素c的释放等生物过程。KEGG代谢通路富集分析可知补骨脂潜在毒性成分相关靶点涉及参与神经营养素信号通路、癌症途径、催乳素信号通路等多条信号通路。HepaRG/HepG2表明补骨脂素和异补骨脂素具有显著的肝毒性。结论:补骨脂活性成分通过诱导肝细胞的线粒体结构和功能改变产生肝毒性。  相似文献   

12.
目的 采用网络药理学方法探讨角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选葛根、鹿衔草、羌活的主要有效活性成分及其作用靶点。采用CTD、GeneCards及OMIM数据库获取颈椎病的相关基因靶点,并将其与角药的有效活性成分作用靶点进行交集,获取共同靶点。针对共同靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,以及蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,同时进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获得葛根-鹿衔草-羌活的有效活性成分28个及其靶点86个,与12 097个颈椎病相关基因靶点取交集后得到共同靶点72个。根据PPI网络筛选出白细胞介素6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)、雌激素受体1(ESR1)等关键靶点蛋白。GO功能富集分析结果显示,共同靶点主要涉及核受体活性、转录因子活性/直接配体调节的序列特异性、类固醇激素受体活性等生物过程或功能;KEGG通路富集分析结果显示,葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的信号通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇...  相似文献   

13.
目的 基于网络药理学和GEO数据研究中药三七、黄芪、丹参防治缺血性脑卒中作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选得到三七、黄芪、丹参中活性成分以及潜在靶点,在OMIM和Genecards数据库中检索获取缺血性脑卒中疾病相关靶点,用Cytoscape软件构建“中药-活性成分-作用靶点”以及“疾病-中药-活性成分-作用靶点”网络图。将三七、黄芪、丹参有效成分靶点与缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)疾病靶点交集后所得相关靶点蛋白通过STRING平台以及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和潜在核心靶蛋白。利用DAVID平台对潜在核心靶蛋白进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。同时结合GEO数据集对核心靶蛋白进行验证。结果 中药三七中活性成分为13个,黄芪活性成分为21个,丹参活性成分为65个。三七、黄芪、丹参活性成分在IS中的潜在作用靶蛋白160个,其中筛选得到潜在核心靶蛋白8个。核心蛋白在GO富集和KFGG通路富集中涉及脂多糖介导的信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正调控蛋白磷酸酶、MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等...  相似文献   

14.
目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...  相似文献   

15.
目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...  相似文献   

16.
目的 基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全(POI)的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),得到药物的有效成分和相关作用靶点;依据Uniprot数据库,找到作用靶点的标准名称;基于Cytoscape软件,得到中药成分-靶点网络图;根据Genecards和OMIM,获得疾病靶点基因;依靠STRING数据库和Cytoscape软件,取得与本病相关的核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;依靠DAVID数据库、Cluego软件,进行GO富集分析和KEGG富集分析,利用PubChem数据库、Uniprot数据库、AutoDock Tools软件、DS ViewerPro软件,对主要成分与关键靶点进行分子对接。结果 根据筛选条件得到补肾安坤汤150个有效成分和1088个成分作用靶点;检索POI靶点基因2718个,并获得补肾安坤汤药物与疾病共同靶点166个;分子对接结果显示,筛选出的主要化合物与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。GO功能富集分析显示主要涉及细胞表面等;KEGG通路富集分析,共富集出228条通路。结论 补肾安坤汤治疗POI的作用机制,体现了中药多...  相似文献   

17.
目的 基于网络药理学阐述黄连治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症(PCOS-HA)的可能分子机制。方法 借助TCMSP收集黄连的化合物及有效靶点,运用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络;合并GeneCards、OMIM及CTD三库数据筛选的疾病靶点,与药物的有效靶点进行韦恩分析,确定交集靶点;用String数据库构建靶点蛋白互作网络;利用DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果 获得11个活性化合物,药物靶点111个,疾病靶点370个,交集靶点37个。蛋白互作网络(PPI)涉及30个蛋白节点,关键靶点包括FOS、JUN、IL-6、MAPK1、NCOA2、CCL2、ESR1、PPARA、CYP1A1、ESR2等。GO功能分析主要与转录调控、药物反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子的调控、老化、类固醇激素介导的信号通路等相关。KEGG通路46条,主要涉及TNF信号通路、FoxO信号通路等。结论 通过网络药理学证实了单方中药黄连多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测了黄连治疗PCOS-HA的可能作用机制,为进一步研究其活性成分和作用机制提供理论依据。   相似文献   

18.
目的根据网络药理学方法对五苓散治疗心力衰竭(HF)的作用机制进行研究探讨。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对五苓散进行活性成分及靶点筛选,检索与疾病靶点有关的数据库TTD、Pharmg KB、Dis Ge NET筛选HF的作用靶点,构建韦恩图得到五苓散治疗HF的作用靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立成分-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于TCMSP得到五苓散治疗HF的30种活性成分和58个潜在靶点,构建韦恩图得到交集核心靶点26个,GO功能富集分析得到条目163个,其中生物过程条目118个、细胞组成条目15个、分子功能条目30个;KEGG通路富集分析得出条目46个,主要包括细胞凋亡、钙离子信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-AKT信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了五苓散治疗HF多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了五苓散治疗HF的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。  相似文献   

19.
目的运用网络药理学研究方法对丹参治疗非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)主要活性成分及核心靶点进行分析。方法采用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、DRAR-CPI分子对接平台和Uniprot数据库筛选出丹参的有效活性成分及作用靶点基因,通过Gene Cards数据库收集NAFLD疾病基因,然后对药物作用基因及疾病相关基因进行韦恩分析,确定药物作用潜在靶点,进而构建活性成分-靶点相互作用网络,并进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果研究得到26个作用于NAFLD疾病靶点的活性成分和98个作用靶点,GO功能富集分析确定了289个条目,KEGG通路分析共发现83条作用通路。结论本研究结果初步探讨了丹参治疗NAFLD的基本药理作用及其相关机制,并为进一步的实验室研究奠定了良好的基础。  相似文献   

20.
目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点,利用药物靶标数据库、OMIM?、GeneCards?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集,获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点,使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个,取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示,地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示,地榆...  相似文献   

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