新等位基因人类白细胞抗原B*4609的发现和确认

目的 鉴定一个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*4609.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现反应格局异常的可疑新等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序分型结果一个为B*151101,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*460101基因序列相比,在第3外显子区域中527位碱基发生A→T突变,导致176位编码氨基酸由谷氨酸(GAG)变成缬氨酸(GTG).结论 样本中含有HLA-B新等位基因序列.该序列申报后,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4609.     

人类白细胞抗原新等位基因B*54:09的序列分析

目的 鉴定1名中国人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法对先证者进行HLA基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析该基因序列并与同源性最高的HLA等位基因比较序列差异.结果 PCR-SSOP基因分型显示先证者HLA-B位点反应格局异常,疑为HLA新等位基因.基因克隆后测序结果显示,其中1个等位基因为B*59:01,另一个等位基因序列与所有已知HLA等位基因不同,与同源性最高的HLA-B* 54:06基因序列相比,在第3外显子有6个核苷酸不同(nt486G→C、nt527A→T、nt538T→C、nt539G→T、nt559 C→A和nt560 T→C),导致了3个氨基酸改变,152位氨基酸由Glu→Val,156位氨基酸Trp→Leu和163位氨基酸Leu→Thr.结论 该等位基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 54:09.     

人类白细胞抗原新等位基因B*55:35的鉴定及家系调查

目的 鉴定人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因B位点的1个新等位基因并调查其遗传情况.方法 应用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reactionsequence specific oligonucleotide probe,PCR-SSOP) HLA分型技术发现1个疑似的新HLA等位基因,通过DNA测序鉴定其序列,并与同源性最高的HLA基因进行核苷酸序列比对,对携带者家系进行调查.结果应用PCR-SSOP进行HLA基因分型时,该样本HLA-B位点反应格局异常.DNA序列分析证实其为1个新HLA-B等位基因.与同源性最高的等位基因B*55:02比较,在第2外显子区域中有7个碱基发生改变,导致6个密码子发生了变化,造成2个氨基酸改变,即第69位的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为甲硫氨酸(Met)、第70位的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala).结论 发现并鉴定了HLA-B位点的1个新等位基因,GenBank注册号为FJ898284,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 55:35.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B*4446

目的鉴定中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-序列特异性引物及PCR-序列特异性寡核苷酸探针技术进行HLA分型。发现1个与HLA-B*44相关的未知基因,使用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的B*4409基因序列的差异。结果新基因第3外显子区域序列与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*4409基因序列相比有3个碱基发生替代。第538位碱基由G→C,第539位碱基A→T以及第540位碱基C→G,使编码产物180位氨基酸由天冬氨酸变成亮氨酸。结论发现一个新的HLA-B等位基因,于2005年9月由WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4446。     

新等位基因HLA-B*40:96的确认及家系遗传

目的 鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因,调查该基因的家系遗传情况.方法 应用Luminex DNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1例HLA-B位点反应格局异常,采用DNA测序分型技术进行新等位基因鉴定并对该基因的先证者进行家系调查.结果 DNA序列确定为一个新HLA-B等位基因序列,与同源性最高的HLA-B* 40:06:01相比,在第2外显子有7个碱基不同,分别是302位G→A、309位G→C、311位A→C、313位C→G、314位T→C、317位G→T、319位G→C,并导致相应密码子编码的氨基酸发生了改变,密码子101位由丝氨酸(Ser)→天冬氨酸(Asn)、104位由天冬氨酸(Asn)→苏氨酸(Thr)、105位由亮氨酸(Leu)→丙氨酸(Ala)、106位由精氨酸(Arg)→亮氨酸(Leu)、107位由甘氨酸(Gly)→精氨酸(Arg).家系分析表明该新基因来自先证者父亲.结论 鉴定了一个HLA-B新等位基因,2009年2月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 40:96.     

HLA-B新等位基因B*9536和B*4612的测序分析和确认

目的 研究人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA_B*9536和B*4612的分子机制.方法 采用Invitrogen抽提试剂盒抽提标本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增样本HLA-B基因第2～4外显子,对PCR产物直接进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,经HLA Blast验证均为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EU081878和EU081879),经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*9536和HLA-B*4612.HLA-B*9536第2～4外显子序列与最接近的B*1505相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第544位G→A改变,导致第158位氨基酸Ala→Thr;HLA-B*4612第2～4外显子序列与最接近的B*4601相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第363位G→C,导致第97位氨基酸Arg→Ser.结论 在同一标本中发现两个新的HLA-B等位基因,并被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名.     

新等位基因HLA-B*54∶26的序列鉴定

目的 鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigens,HLA)B位点新等位基因.方法 应用双链直接测序分型技术进行中华骨髓库供者常规HLA分型,发现一例HLA-B位点无全相配结果,采用等位基因分离DNA测序分型方法进行新等位基因序列鉴定.结果 确定一个等位基因为B*15∶05∶01,另一个为HLA-B*54组的一个新基因序列,与同源性最高的HLA-B* 54∶01∶01相比,559、560位碱基AC→GA,密码子163 ACG→GAG,编码氨基酸T→E.结论 鉴定为一个HLA-B新等位基因,2012年2月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*54∶26,GenBank注册号为JN209963.     

新等位基因HLA-A*01:130的序列分析及HLA分子三维结构模拟

目的:确认HLA新等位基因HLA-A*01:130并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法:应用DNA测序分型技术(PCR-SBT)进行HLA分型,对可疑新等位基因采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列,分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。最后,经Swiss-Model对HLA分子进行三维结构模拟。结果:新基因与所有已知的HLA-A等位基因序列均不相同,与HLA-A*01:66基因序列相比在第3外显子368位碱基由A→G,导致第99位密码子改变,酪氨酸→半胱氨酸。替代氨基酸位于抗原肽结合区β片层上。结论:发现一个新的HLA-A等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*01:130。     

HLA-B新等位基因B*9534的测序分析及其单链扩增技术的建立

目的 分析HLA-B新等位基因HLA-B*9534的核苷酸序列,并建立HLA-B * 9534单链扩增技术.方法 采用商品化快速抽提试剂盒抽提标本基因组DNA,采用PCR技术扩增先证者HLA-B基因的第1～8外显子序列,PCR产物经双酶切后直接测序分析第2、3、4外显子.应用序列特异性引物PCR建立HLA-B*9534单链扩增技术,获得HLA-B*9534等位基因的单链产物,并对单链产物进行第2、3、4外显子测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,直接测序结果经软件分析显示与最接近的HLA-B*1518和B*4601组合存在1个碱基不匹配,即第593位A/G杂合.单链扩增技术将先证者等位基因分离后,测序得到两个等位基因为HLA-B*4601和HLA-B*9534.与最接近的HLA-B*1518的第2～4外显子序列相比,HLA-B*9534仅在第3外显子存在一个碱基的不同,即第593位A→G的改变,导致第174位氨基酸天冬酰胺改变为丝氨酸,该等位基因序列已递交GenBank(EU046491),并经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*9534.结论 发现一个新的HLA-B*9534等位基因,建立的HLA-B*9534单链扩增技术是可行的.     

序列分析及确认HLA新等位基因B*55:46

背景：近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。 目的：探索中国人的人类白细胞抗原新等位基因。 方法：应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术,对1名27岁男性汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。 结果与结论：PCR-序列特异性寡核苷酸探针结果显示该样本HLA-B基因座反应格局出现异常提示;基因测序结果表明其B基因座第3外显子序列与所有已知HLA-B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列最相近的等位基因B*55:02:01的差异只是在第3外显子发生了nt 412 A→G一个核苷酸替代,导致第138位密码子由AAC→GAC,相应的编码的天冬酰胺改变为天冬氨酸。将其序列提交国际基因数据库及IMGT/HLA 数据库,证实该HLA等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-B*55:46 (HM989018)。     

Identification of a novel HLA-B allele HLA-B*9526 in a Chinese donor

A novel human leukocyte antigen-B (HLA-B) allele, B*9526, was identified. The B*9526 allele has one nucleotide change from the closest matching allele B*1507 resulting in an amino acid change from Y(TAC) to C(TGC) at codon 142.     

Identification of a new HLA-B*08 variant, HLA-B*0804

The HLA-B locus is the most polymorphic locus known with currently over 100 different alleles described. Many of these alleles encode variants of the serologically-defined tissue transplantation antigens. This high level of diversity makes accurate tissue typing difficult. Here we present the sequence of a new HLA-B *08 variant, HLA-B *0804. found in Caucasian siblings JH and PF serologically typed as HLA-B51/B59 and HLA-B59/B60, respectively. Additionally, DNA-based typing by the polymerase chain reaction using sequence-specific primers (PCR-SSP) identified HLA-B *51 in JH and HLA-B *4001 in PF. However, PCR-SSP failed to identify a second allele in either of these individuals. The unusual finding of a B59 antigen in a Caucasian and the discrepant molecular typing results suggested that these individuals might express novel HLA molecules. Using denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) followed by direct sequencing, we characterized a novel HLA-B *08 variant, HLA-B *0804. The presence of this allele was confirmed by cloning and sequencing. HLA-B *0804 differed from HLA-B *0801 by only one nucleotide substitution resulting in an amino acid replacement of phenylalanine by serine at position 67. Incidentally, this single nucleotide difference was sufficient to prevent amplification by PCR-SSP. This striking difference between both the serologically typed antigen and the PCR-SSP-identified allele compared to the sequenced allele supports the use of sequence-based typing for the analysis of HLA class I locus alleles.     

Identification of three novel HLA class I alleles: HLA-B*3928, HLA-B*400104 and HLA-B*4437

Three new human leukocyte antigen (HLA) class I alleles have been identified in the Tissue Typing Laboratory in Sydney, Australia. Sequence analysis of exon 2 and exon 3 of the HLA-B gene revealed the novel polymorphism. A silent substitution of C to T at nucleotide position 369 has been identified for the HLA-B*400104 allele when compared to the closest matched allele, HLA-B*400101. The HLA-B*3928 allele was identified with a nucleotide substitution of G to C at position 362 when compared to the closest matched allele, HLA-B*390101, resulting in an amino acid substitution of Arginine to Threonine. A nucleotide substitution of C to G at position 572 resulting in the amino acid change Serine to Tryptophan was identified in the new allele HLA-B*4437, when compared to the closest matched allele HLA-B*440301. Both amino acid substitutions implicate a different specificity and affinity of antigen binding for the alleles HLA-B*3928 and HLA-B*4437.     

一例新的HLA-B等位基因B*5614的核苷酸序列分析

目的 研究HLA新的等位基因HLA-B*5614的分子基础。方法 样本DNA抽提采用盐析法，利用PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第2～4外显子，PCR产物直接经TOPO转染克隆到质粒载体中分离其等位基因，对所得克隆进行第2～4外显子双向测序分析。应用序列特异性引物PCR方法证实测序所发现的突变。结果 先证者样本克隆测序得到两个等位基因，其中1个等位基因为B*1502，另一个经BLAST验证为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank(AY601726，AY601727，AY601728)。与最接近的B*5608等位基因序列相比，新的等位基因仅在第2外显子上有1个核苷酸不同，即第277位G→C，导致第93位氨基酸Cly→Arg。结论 该等位基因为新的HLA-B等位基因，被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5614。     

人类白细胞抗原新等位基因B*07:110的序列分析及确认

背景：近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。 目的：采用序列分析确认1例中国人的人类白细胞抗原新等位基因。 方法：应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术进行样本的人类白细胞抗原基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。 结果与结论：聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针结果显示,该样本人类白细胞抗原B基因座反应格局出现异常;基因测序结果表明,其B基因座第2外显子序列与所有已知人类白细胞抗原B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列同源性最高的等位基因B*07:01:02的差异是在第2外显子发生了nt 226和nt 228两个A->G核苷酸取代,导致第76位密码子由ATA->GTG,相应的导致氨基酸由异亮氨酸(I)改变为缬氨酸(V)。将其序列提交国际基因数据库(GenBank)及IMGT/HLA数据库,证实该新人类白细胞抗原等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原B*07:110 (HM989017)。中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞;骨髓干细胞;造血干细胞;脂肪干细胞;肿瘤干细胞;胚胎干细胞;脐带脐血干细胞;干细胞诱导;干细胞分化;组织工程全文链接：     

用等位基因组特异性引物扩增技术确认HLA-B新等位基因B*15:129

目的 对人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*15:129的第2～4外显子序列进行分析.方法 采用商用抽提试剂盒抽提标本DNA,应用等位基因组特异性引物PCR方法扩增先证者标本HLA-B基因第2～4外显子,PCR产物经酶切纯化后直接进行HLA-B基因第2～4外显子双向测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,1个等位基因为B*07:02,另1个经Blast验证为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EF473219),经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*15:129.HLA-B*15:129第2～4外显子序列与最接近的B*15:01:01:01相比,第3外显子存在3个碱基的不同,即第362位G→A、363位G→T、369位C→T改变,导致第97位氨基酸Arg→Asn.结论 发现1例新的HLA-B等位基因,被世界卫生组织HLA基因命名委员会正式命名为HLA-B*15:129.

Abstract：

Objective To analyze the sequence of the exons 2-4 of human leukocyte antigen (HLA) novel allele HLA-B*15:129.Methods DNA of the proband was extracted from whole blood by commercial DNA extraction kit. The amplification for HLA-B exons 2-4 was performed separately by polymerase chain reaction (PCR) with allele group specific primers. The PCR products were digested with enzymes and then directly sequenced for exons 2-4 of HLA-B locus in both directions.Results Sequencing results showed the HLA-B alleles of the proband included B*07:02 and a novel allele. The sequence of the novel allele has been submitted to GenBank (accession no. EF473219) and the allele has been officially named B*15:129 by the WHO Nomenclature Committee. Comparing with the HLA-B*15:01:01:01, the sequence of exons 2-4 of HLA-B*15:129 showed three nucleotide difference in exon 3 at positions 362 and 363 from GG to AT and positions 369 from C to T, which resulted in an amino acid change from Arg to Asn at codon 97.Conclusion A novel HLA-B allele was identified and has been officially named B15:129 by the WHO Nomenclature Committee.     

Identification of a novel allele HLA-B*5610 in a Chinese potential bone marrow donor

A novel HLA-B allele, B*5610, has been identified in a potential bone marrow donor, his mother and brother using DNA-based typing and molecular cloning methods. The B*5610 allele differs from the closest matching HLA sequence of B*5602 by two nucleotide substitutions in exon 3, 559 C-->A and 560 T-->C, resulting in an amino acid change from Leu (CTG) to Thr (ACG) at codon 187. This new allele was segregated together with A*24020101 and DRB1*140101 in the proband's family. Serology study revealed that B*5610 is associated with B22 specificity. A PCR-SSP method was developed to distinguish B*5610 from other B*56 alleles. No further individuals with B*5610 were detected in 5000 Chinese bone marrow blood donors.