结肠癌的蛋白质组学研究

目的： 通过比较结肠癌组织与正常结肠组织的蛋白质组表达差异，寻找结肠癌相关的蛋白质，选择敏感的分子标志物。方法： 运用蛋白质组学技术，对8例结肠癌患者的结肠癌组织和正常结肠组织进行胶内差异双向电泳（2-D），选择差异表达超过2倍的蛋白质进行MALDI-TOF质谱分析和生物学信息分析。结果： 成功建立结肠癌和正常结肠组织的双向凝胶电泳图谱，结肠癌组织和正常组织凝胶电泳图谱中平均蛋白质斑点数分别为3289和3066，其中表达差异超过2倍的斑点共有31个，质谱分析和数据库检索共鉴定出18种蛋白质，包括keratin 8、S100A6、protein disulfide isomerase等。从功能分析，这些差异蛋白质与癌细胞的发生、增殖、分化、转移等相关。结论： 蛋白质组学能很好地显示结肠癌组织与正常结肠组织间的蛋白质表达差异，本研究鉴定的18种差异蛋白质有可能为研究结肠癌的生物学行为提供新的分子标记物。     

病理性瘢痕与正常皮肤的蛋白质组学研究

目的: 通过比较病理性瘢痕与正常皮肤组织的蛋白质组表达差异,寻找和筛选出病理性瘢痕形成机制中的特异蛋白质。方法: 运用蛋白质组学技术,对8例瘢痕疙瘩、8例增生性瘢痕患者的组织和3例正常皮肤组织进行差异双向电泳(2D-DIGE),选择差异蛋白质斑点,进行MALDI-TOF/TOF质谱分析和生物信息学分析。结果: 成功建立病理性瘢痕和正常皮肤组织的双向凝胶电泳图谱,瘢痕疙瘩、增生性瘢痕和正常皮肤组织凝胶电泳图谱中平均蛋白质斑点数分别为2 978、2 975和3 053。与正常皮肤组织相比,我们对瘢痕疙瘩和增生性瘢痕中差异超过4倍的斑点进行质谱分析和数据库检索,共鉴定出36种不同蛋白,包括:瘢痕疙瘩和增生性瘢痕表达相同的16种蛋白,其中上调蛋白8种,下调蛋白8种;只在瘢痕疙瘩中表达的有11种不同蛋白,其中上调9种,下调2种;只在增生性瘢痕中表达的有9种不同蛋白,其中上调4种,下调5种。结论: 蛋白质组学较好地显示了病理性瘢痕与正常皮肤组织间的蛋白质表达差异;进一步研究鉴定出的差异蛋白质,有可能对揭示病理性瘢痕形成机制提供新的思路。     

应用蛋白质组学分析结直肠癌促泌素和糖调节蛋白78蛋白变化及其意义

目的分析结直肠癌、配对正常黏膜组织差异表达蛋白质,寻找与结直肠癌发生、发展相关的分子标记物。方法固相pH梯度双向凝胶电泳分离结直肠癌患者配对癌及正常黏膜组织的总蛋白,液相色谱串联质谱鉴定差异表达蛋白质点。半定量逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）、Western blot及免疫组织化学（EnVision法）方法检测促泌素（SCGN）及糖调节蛋白78（GRP78）两个差异表达蛋白质及组织定位,并检测54例神经内分泌肿瘤SCGN的表达。结果比较结直肠癌、配对正常黏膜组织蛋白质表达图谱,共获得5倍以上差异蛋白质点35个,癌组织中表达上调15个、下调20个。质谱分析鉴定14个蛋白质。RT-PCR及Western blot证实结直肠癌组织SCGN低表达,免疫组织化学染色发现正常结直肠黏膜神经内分泌细胞及98％（53／54）的神经内分泌肿瘤SCGN阳性。GRP78蛋白在结直肠癌组织中的表达明显高于正常黏膜组织,但在mRNA水平上癌组织和正常组织之间差异无统计学意义。结论双向凝胶电泳结合质谱分析是筛选肿瘤异常表达蛋白质的有效手段,所获得的35个差异表达候选蛋白质可能与结直肠癌的发生、发展有关。SCGN是一个候选神经内分泌标记物,GRP78蛋白表达增高可能涉及翻译后修饰。     

增生性瘢痕与正常皮肤的蛋白质组学研究

目的 比较增生性瘢痕与正常皮肤组织的蛋白质组表达差异,筛选出增生性瘢痕的特异蛋白质.方法 以中山大学附属第一医院烧伤外科2010年1月至5月8例增生性瘢痕患者的增生性瘢痕组织和3例整形外科患者正常躯干皮肤为研究对象,运用蛋白质组学技术、双向凝胶电泳对比分析增生性瘢痕组织和正常皮肤组织中蛋白表达差异,选择差异蛋白点进行MALDI - TOF/TOF质谱分析和生物学信息分析.结果 获得重复性较好的双向电泳荧光染色图谱,增生性瘢痕和正常皮肤组织凝胶电泳图谱中平均蛋白点分别为2975和3053,对其中表达差异超过4倍的蛋白点进行质谱分析和数据库检索,共鉴定出24种蛋白质,其中上调蛋白有11种,下调蛋白有13种.结论 成功地建立增生性瘢痕的双向电泳荧光染色图谱,鉴定出增生性瘢痕组织与正常皮肤组织间的差异蛋白质表达.     

慢性肾小球肾炎肾阴虚证血浆蛋白质双向凝胶电泳分析

目的初步观察慢性肾小球肾炎肾阴虚证患者血浆蛋白质组的变化与表达差异,为进一步探讨肾阴虚证的发生机制奠定基础。方法采用双向凝胶电泳（2-DE）技术分离慢性肾小球肾炎肾阴虚证患者、肾阳虚证患者和正常人的血浆总蛋白,银染显色;PDQest软件对凝胶图像进行定性定量差异表达分析;从中选取差异表达蛋白质斑点,通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）分析,获取肽质量指纹图谱（PMF）;通过Mscot-Wizard软件进行数据库搜索,鉴定蛋白质。结果与正常人和慢性肾小球肾炎肾阳虚证患者相比,在慢性肾小球肾炎肾阴虚证患者血浆蛋白质双向凝胶电泳图谱中绝对高表达的蛋白质斑点有80个,绝对低表达的蛋白质斑点有42个;定性差异表达分析发现,在慢性肾小球肾炎肾阴虚证患者血浆蛋白质双向凝胶电泳图谱中特异出现的蛋白质斑点有2个,缺失的蛋白质斑点有13个。结论同病异证患者血浆中存在差异表达蛋白质,利用蛋白质组学技术有望对中医证候的发生机制进行阐释。     

克罗恩病患者与健康人血清蛋白质组学比较初步研究

目的：应用蛋白质组学方法在患者血清中寻找与克罗恩病相关的蛋白质。方法: 采取克罗恩病患者以及正常成人血清蛋白样本各4例，用不同的CyDye荧光染料标记后进行胶内差异双向凝胶电泳(2-D DIGE)，并对获得的图谱进行分析及对差异蛋白质进行基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS) 鉴定和生物学信息分析。结果: 通过2-D DIGE分析，发现了克罗恩病患者中存在29个表达异常蛋白质点，质谱分析和数据库检索共鉴定出22种蛋白质，包括SER/THR，CD45，APC等。结论: 蛋白质组学能很好显示克罗恩病患者与正常人血清蛋白质表达差异，本研究鉴定的蛋白质可能为研究克罗恩病的生物学行为提供新的分子标记物。     

β-连环素在结肠腺癌中的异常表达及其与预后的关系

目的:检测β-连环素(β-catenin)在结肠腺癌组织中的异常表达情况,分析其临床意义及与预后的关系。方法:收集2000年6月至2004年6月实施根治性切除、临床资料及随访资料完整的52例结肠腺癌患者及20例癌旁正常结肠组织的石蜡组织切片,采用免疫组织化学方法检测β-catenin的表达情况,并分析其与临床因素和预后的关系。结果:20例正常癌旁组织中β-catenin均呈正常表达。52例结肠腺癌组织中β-catenin的异常表达率为71%,β-catenin的异常表达与患者的性别、年龄、肿瘤分化程度及血癌胚抗原(CEA)异常无关(P0.05),与淋巴结转移及临床分期相关(P0.05)。表达正常组患者术后生存期高于表达异常组患者,两者比较显著差异(P0.05)。结论:β-catenin的异常表达与结肠腺癌淋巴结转移及肿瘤的临床分期有关,其异常表达可能是结肠癌预后不良的重要因素,可作为临床判断结肠腺癌患者预后的指标之一。     

结肠癌组织中Fas表达的定量分析

目的：探讨Fas在结肠癌中的表达及其与肿瘤发生、发展及肿瘤分化程度的关系。方法：用直接免疫荧光－流式细胞技术对50例结肠腺癌组织及手术切缘的正常结肠黏膜组织中Fas的表达进行定量检测，分析Fas表达与肿瘤大体类型、浸润深度、分化程度及淋巴结转移的关系。结果：Fas在结肠癌组织中的平均阳性率及平均荧光指数均低于其手术切缘的正常结肠黏膜组织，在12例伴有转移的结肠癌组织中Fas的平均阳性率及平均荧光指数均低于38例没有转移的结肠癌；9例肿瘤限于肌层以内的结肠癌组织中Fas平均阳性率及平均荧光指数均高于41例肿瘤侵及肌层以外的结肠癌病例。不同分化程度、不同大体类型的结肠癌组织中Fas的平均阳性率及平均荧光指数差异无显著性。结论：结肠腺癌组织中Fas的表达受到了抑制，Fas的表达与肿瘤的转移及浸润深度呈负相关，与肿瘤的分化程度及大体类型无关。     

人膝骨关节炎血清生物学标志物的筛选

目的: 比较膝骨关节炎患者与正常人血清蛋白质组的差异,筛选其能用于骨关节炎诊断、治疗或发病机制研究的血清生物学标志物。方法: 利用双向荧光差异凝胶电泳技术比较膝骨关节炎患者血清(4例)与健康志愿者血清(4例)蛋白图谱的差异,使用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱及生物信息学相关技术对获得的差异蛋白进行鉴定和初步分析,并用Western blotting进一步验证所鉴定的蛋白。结果: 成功建立了骨关节炎血清差异蛋白质组学的研究方法;通过质谱分析初步鉴定出8个差异蛋白,其中5个蛋白在膝骨关节炎组表达上调,3个蛋白在膝骨关节炎组表达下调。Western blotting进一步验证得到α₂-巨球蛋白在膝骨关节炎组表达上调,与双向荧光胶内差异凝胶电泳技术联合质谱分析的结果一致。结论: 膝骨关节炎患者血清与正常人血清蛋白表达存在明显差异,其中α₂-巨球蛋白可作为骨关节炎潜在的疾病相关生物学标志物进一步研究,为骨关节炎的诊断、治疗和发病机制的研究提供新的线索和实验基础。     

结肠腺癌中Orai1与STIM1的表达及临床意义

目的探讨Orai1和STIM1蛋白在结肠腺癌中的表达及其临床意义。方法采用免疫组化法检测80例结肠腺癌及50例正常结肠黏膜中Orai1和STIM1蛋白的表达。分析两者表达与结肠腺癌临床病理特征及预后的关系。结果结肠腺癌组织中Orai1和STIM1表达水平均显著高于正常结肠黏膜(P均0.05);Orai1和STIM1表达与肿瘤TNM分期及淋巴结转移有关(P0.05),与患者性别、年龄、分化程度无关(P0.05)。结肠腺癌中Orai1与STIM1蛋白表达呈正相关(P=0.001,rs=0.349)。单因素生存分析显示,Orai1蛋白、STIM1蛋白、TNM分期及淋巴结转移与结肠腺癌患者预后相关(P0.05)。结论 Orai1和STIM1可能具有协同作用,共同促进结肠癌的发展,有望成为结肠癌诊断、治疗以及判断预后的生物学指标。     

蛋白质组学检测结直肠腺瘤及早期恶变患者血清的差异蛋白质变化及意义

目的： 通过比较分析结直肠腺瘤及早期恶变患者血清蛋白质的表达差异,寻找结直肠癌早期诊断的血清标记物。方法：建立结直肠腺瘤及腺瘤早期恶变患者血清蛋白双向电泳图谱,比较分析差异蛋白质斑点,切取酶解行MALDI-TOF／TOF质谱分析鉴定。结果：成功建立结直肠腺瘤及早期恶变患者血清蛋白双向电泳图谱,其平均蛋白质点分别为1672±73和1732±46,早期恶变组表达差异大于1.5倍的蛋白质斑点有28个,其中15个下调,13个上升;质谱分析鉴定出23个蛋白质,鉴定率达82.14%;合并重复鉴定的蛋白质,共获得的差异蛋白13种,其中8种为上调蛋白,5种为下调蛋白,分为6类,包括蛋白酶抑制剂、补体系统、免疫球蛋白、角质素、信号转导蛋白及未知蛋白。结论：蛋白质组学技术能灵敏分析结直肠腺瘤及早期恶变患者血清蛋白质的异常改变,本研究鉴定的蛋白质可能成为结直肠癌早期诊断的血清肿瘤标记物。     

ApoE/LDLR双基因突变小鼠肝脏差异表达蛋白组研究

目的：分析脂代谢相关双基因突变(apoE-/-/LDLR-/-)小鼠肝脏蛋白质表达特点，研究差异表达蛋白与基因突变小鼠血脂代谢紊乱和动脉粥样硬化的关系。 方法: 应用双向电泳及质谱技术对5周龄双基因突变和野生型小鼠肝组织差异蛋白进行比较研究。结果: 双基因突变和野生型小鼠肝脏中分别检测到（928±15）和（1 017±50）个蛋白点（n=3），两者之间的平均匹配率分别为78.7%和83.2%。双基因突变小鼠有108个蛋白点未能与野生型小鼠匹配，相差5倍以上的上调点和下调点分别为10个和45个，取其中6个点做质谱分析，鉴定为endoplasmin precursor,acidic leucin-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A,serotransferrin precursor,stress-70 protein precursor,fibronectin precursor,complement C3 precursor,fibrinogen gamma polypeptide 7种蛋白质。 结论: 双基因突变小鼠与野生型小鼠的肝脏蛋白表达谱有明显差异，推测这些蛋白在脂代谢相关双基因突变引发的小鼠血脂代谢紊乱在动脉粥样硬化的发生发展中可能发挥重要作用。     

Comparative proteomics analysis of chronic atrophic gastritis: changes of protein expression in chronic atrophic gastritis with out Helicobacter pylori infection

Chronic atrophic gastritis (CAG) is a very common gastritis and one of the major precursor lesions of gastric cancer, one of the most common cancers worldwide. The molecular mechanism underlying CAG is unclear, but its elucidation is essential for the prevention and early detection of gastric cancer and appropriate intervention. A combination of two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry was used in the present study to analyze the differentially expressed proteins. Samples from 21 patients (9 females and 12 males; mean age: 61.8 years) were used. We identified 18 differentially expressed proteins in CAG compared with matched normal mucosa. Eight proteins were up-regulated and 10 down-regulated in CAG when compared with the same amounts of proteins in individually matched normal gastric mucosa. Two novel proteins, proteasome activator subunit 1 (PSME1), which was down-regulated in CAG, and ribosomal protein S12 (RPS12), which was up-regulated in CAG, were further investigated. Their expression was validated by Western blot and RT-PCR in 15 CAG samples matched with normal mucosa. The expression level of RPS12 was significantly higher in CAG than in matched normal gastric mucosa (P < 0.05). In contrast, the expression level of PSME1 in CAG was significantly lower than in matched normal gastric mucosa (P < 0.05). This study clearly demonstrated that there are some changes in protein expression between CAG and normal mucosa. In these changes, down-regulation of PSME1 and up-regulation of RPS12 could be involved in the development of CAG. Thus, the differentially expressed proteins might play important roles in CAG as functional molecules.     

First proteomic analysis of Legionella pneumophila based on its developing genome sequence

The first proteomic analysis of the respiratory pathogen Legionella pneumophila ATCC 33152 is presented in this report. Two-dimensional gel electrophoresis of total cell extracts was carried out. In total, 130 protein spots were identified by matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry (MS) or by quadruple time-of-flight tandem MS, including proteins correlated with virulence. For the first time, proteins of L. pneumophila were identified using mass spectrometric methods and mapped on a two-dimensional gel; this will be of considerable use for comparison of protein expression profiles of L. pneumophila wild-type and knock-out mutant strains and of L. pneumophila grown under different conditions.