一个中国Usher综合征2型家系中USH2A基因的2个新的致病突变

目的为了扩大USH2A突变的范围并进一步揭示USH2A基因在2型Usher综合征（Usher syndrome type 2, USH2）中的作用,对中国的USH2患者进行了USH2A基因突变筛选。方法从收集到的中国USH2患者及其家属的外周血中提取基因组DNA,设计特异性引物扩增USH2A基因编码区（外显子2-72）并使用Sanger测序研究等位基因并与NCBI数据库中的标准序列进行比对。使用PolyPhen-2等预测软件对筛选出来的突变的致病性进行预测。结果在1例患者中检测到2个之前未报道过的致病的杂合突变c.230dupA(Phe78Valfs*30)和c.4085C＞T(p.Pro1362Leu)。结论通过全外显子测序鉴定了可能导致USH2的2个新的杂合USH2A基因致病突变。这一结果扩大了已知的USH2A基因致病突变的范围。     

62例热性惊厥患者的SCN3A基因突变筛查分析

目的 对热性惊厥患者进行SCN3A基因突变筛查,并分析突变点的致病性.方法 收集62例热性惊厥患者的病史资料和血液样本;应用PCR扩增和一代测序方法筛查SCN3A基因突变;采用生物软件分析突变点的遗传特征.结果 共发现2例错义突变(c.905A>G,c.5179G>A)和1例多态性位点(c.1441C> T).错义突变位于2例不同的患者中,分别诊断为全面性癫痫伴热性惊厥附加征和部分性癫痫伴热性惊厥附加征,其氨基酸位点均高度保守,在ExAC和千人基因组计划中及在100例健康对照中没有发现相应的位点改变.结论 SCN3A基因在热性惊厥患者中突变率很低(3.23%),可能不是其主要致病基因.     

儿童结节性硬化症TSC2基因突变2例报道

目的 分析2例儿童结节性硬化症（TSC）散发病例TSC1和TSC2基因突变情况。方法 采用高通量测序技术和多重连接探针扩增（MLPA）相结合的方式对两例TSC家系先证者外周血DNA行TSC相关基因（TSC1、TSC2）检测,确定基因突变位点,并针对突变位点设计扩增引物,采用聚合酶链反应和Sanger测序法对先证者及其父母外周血DNA行二代测序验证。结果 家系1先证者存在TSC2基因(chr16),c.1228(外显子12)_c.1229(外显子12)insG（p.L410RfsX11）杂合突变,该突变为新发移码突变;家系2先证者存在TSC2基因(chr16),c.4925G>A(外显子38)（p.G1642D）杂合突变,该突变为新发错义突变。结论 检测出2例TSC患者均出现TSC相关基因新发突变,但这2个新发突变与疾病的关系还需经突变蛋白功能细胞模型和动物模型的进一步验证。     

目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症基因诊断中的应用

 目的  评估目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)基因诊断中的应用价值。方法  采用目标区序列捕获及第二代测序技术对9例经典型PKU患者的苯丙氨酸羟化酶(phenylalanine hydroxylase,PAH)基因进行检测;采用Sanger测序技术对患者及其父母基因突变型进行验证。结果  9例患者检测到PAH基因的12种致病性突变,包括7种错义突变(p.I65T、p.F161S、p.Q204C、p.R241C、p.L242F、p.R243Q和p.Q375E),2种无义突变(p.R111X和p.Y356X),3种剪接突变［c.442 1G>A(IVS4 1G>A)、c.1315+6T>A(IVS12+6T>A)和c.1316 2A>C(IVS12 2A>C)］,以及3种非致病性的变异(p.Q232Q、p.V245V和p.L385L),致病性突变均来自患者父母。其中,2个致病性突变未见报道,分别为c.1316 2A>C和p.Q375E(CAA >GAA)。结论  目标序列捕获二代测序可以准确检测出PAH基因突变,对遗传病因明确的疾病具有一定的临床应用价值。     

肠病性肢端皮炎SLC39A4基因突变的研究

目的:研究肠病性肢端皮炎(acrodermatitis enteropathica,AE)患者SLC39A4基因突变情况,为完善该病的基因诊断与遗传咨询提供分子生物学依据?方法:提取AE家系成员(包括1例男性AE患者及其双亲)和100例正常对照外周血白细胞基因组DNA,PCR扩增SLC39A4基因的全部外显子并行DNA测序?结果:检测到患者SLC39A4基因中第5号外显子c.831G>A和第10号外显子c.1617delA,前者导致编码蛋白密码子277位ATG变为ATA,编码的蛋氨酸Methionine M变为异亮氨酸Isoleucine I,后者导致cDNA1617位A丢失,移码突变?患者的父亲和母亲分别携带c.831G>A和c.1617delA基因突变,与家系无血缘关系的100名正常对照均未发现此突变?结论:SLC39A4基因c.831G>A 和 c.1617delA突变是导致该例患者AE的特异突变?     

一例TSC2基因低比例突变嵌合体基因学分析

目的: 对一例临床表现不典型的结节性硬化症（TSC）患者进行基因突变分析以明确诊断。方法: 收集一例临床上拟诊TSC的患者及其父母的外周血,通过全外显子组测序技术对先证者TSC1和TSC2基因的全部外显子及其侧翼序列进行测序,确定候选致病突变位点,同时对先证者及其父母的外周血DNA进行Sanger测序验证,并用液滴数字PCR技术确定先证者体细胞中该突变嵌合比例。结果: 先证者的TSC2基因第11号外显子存在c.1096G>T（p.E366*）杂合无义突变,为微小突变峰,突变比例未高于其突变阈值,不排除嵌合体的可能。液滴数字PCR结果提示,先证者为c.1096G>T点突变嵌合体,嵌合比例为14%。结论: 先证者TSC2基因发生体细胞镶嵌突变,c.1096G>T可能是该TSC患者的致病原因。液滴数字PCR有助于体细胞镶嵌突变嵌合体的确诊。     

全外显子组测序诊断2例Gitelman综合征

中南大学湘雅三医院内分泌科收治了2例疑诊Gitelman综合征的患者。抽取2例患者外周血进行基因组DNA抽提,然后采用全外显子组测序进行基因学检测,寻找致病位点,并通过生物信息学软件对突变位点进行功能分析。全外显子组测序及Sanger测序验证发现2例Gitelman综合征患者均携带SLC12A3基因复合杂合突变：c.486＿490delTACGGinsA、p.R943W、p.D486N及p.R928C。其中c.486＿490delTACGGinsA插入缺失突变将造成框移及蛋白质截短,而p.R943W、p.D486N及p.R928C突变经SIFT、PolyPhen2和Mutation Taster预测为有害。这4个突变既往均有报道,其中p.R943W为首次在中国人群中发现。Gitelman综合征临床较罕见,漏诊率高。对Gitelman综合征患者及早进行基因检测有助于明确病因及指导治疗。     

胃癌中p16基因缺失与突变的研究

目的 探讨胃癌组织中p16基因缺失与突变发生率及其临床意义. 方法 PCR方法扩增p16基因外显子1(E1)及外显子2(E2)、检测等位基因纯合子缺失;紫外分光光度计检测DNA纯度浓度;应用DNA测序方法分析基因突变情况. 结果 30例胃癌组织中E1、E2纯合性缺失分别为6例(20.0%)及3例(10.0%),9例标本中6例属于Ⅲ期低分化癌;所有标本未检出点突变. 结论 p16基因缺失是胃癌发生发展中一重要事件,对胃癌的诊断和治疗有重要意义.     

WNT9B基因新突变与子宫纵隔发生相关联

目的 明确6例子宫纵隔患者的遗传学致病因素。方法 应用全外显子组测序技术寻找患者潜在致病基因突变,之后通过Sanger测序验证患者WNT9B基因变异。结果 全外显子组测序发现两例患者分别携带WNT9B罕见变异c.71A>G;p.Y24C和c.832T>A;p.S278T。其中p.Y24C突变在不同物种中非常保守,且被多个在线功能预测程序预测为致病性变异。结论 WNT9B基因突变p.Y24C可能与子宫纵隔发生相关。     

肾上腺皮质癌患儿TP53基因的一个新生殖系突变

目的 研究1例肾上腺皮质癌患儿TP53基因突变情况,为该病的基因诊断与遗传咨询提供依据.方法 提取1例肾上腺皮质癌患儿及父母外周血基因组DNA,针对TP53基因设计特异性引物,采用聚合酶链式反应(PCR)扩增基因的全部编码及侧翼序列,对扩增产物进行直接测序.结果 PCR结合DNA测序发现患者TP53基因第5外显子存在异常:第522与523位核苷酸间插入一个鸟嘌呤(c.522-523insG),导致P53蛋白DNA结合域第175位密码子由精氨酸(R)变为丙氨酸(A),并从突变位置起发生移码,产生移码突变(p.R175AfsX6).患者父亲带有相同的突变,而母亲未发现此突变.结论 TP53基因p.R175AfsX6生殖系突变是导致该例患者肾上腺皮质癌的特异突变.     

目标区域测序诊断CRB1突变导致的视网膜变性

目的 研究一例疑是视网膜变性的患儿,进行基因检测并作出明确的基因诊断。方法 常规检查患儿和家属的眼睛,特别是视网膜的情况。收集患者及家庭成员的外周静脉血液,提取基因组DNA。通过目标区域外显子组序列捕获联合新一代测序(简称目标区域测序),利用生物信息学分析筛选出一系列可能的突变,再通过Sanger测序和共分离研究进行验证,从而确定先证者的致病突变。最后,通过PCR和Sanger测序检测突变基因。结果 患儿视力障碍严重,眼底检查所见符合视网膜变性。其他人眼睛正常。基因诊断结果表明,先证者携带CRB1基因的复合杂合性致病突变(c.3521G>C和c.1141_1142 insTGGCT)。这两个突变分别来源于父亲(c.3521G>C, p.C1174S)和母亲(c.1141_1142insTGGCT),为隐性遗传。患儿的弟弟(新生儿)只有一个c.1141_1142 insTGGCT突变,表明他不会发病。建议新生儿长大后在生育前要进行遗传检查和咨询。结论 目标区域测序的基因诊断方法是检测视网膜变性疾病突变基因的强大工具,有利于对患者做出早期、明确、分子水平的诊断,在特定疾病的理解、预防和预后判定方面能发挥重要作用。同时为其尚无法做临床检查和诊断的新生儿弟弟进行了基因诊断,通过预测,排除了发病的可能。     

芬兰型先天性肾病综合征1例报道

男性患儿,出生5+ d,因“发现尿蛋白明显升高5+ d”入院。患儿系36+4周早产儿,产时伴羊水Ⅲ°胎粪污染、胎盘增大,生后即发现蛋白尿、低蛋白血症、进行性加重的水肿;全外显子基因检测提示患儿存在NPHS1的2个杂合突变位点,c.3325C>T（p.Arg1109*）和c.2479C>T（p.Arg827*）复杂杂合突变,诊断为芬兰型先天性肾病综合征（congenital nephrotic syndrome of the Finnish type, CNF）,其中c.2479C>T（p.Arg827*）基因突变位点国内未见报道。本次报道的c.2479C>T突变基因对国内CNF基因突变谱进行了扩充,原因不明的先天性肾病综合征（congenital nephrotic syndrome, CNS）建议早期行基因检测,CNS的早期诊断对预后评估、遗传咨询及临床管理具有重要意义。     

Mutation analysis and prenatal diagnosis of EXT1 gene mutations in Chinese patients with multiple osteochondromas

Background  Multiple osteochondromas (MO), an inherited autosomal dominant disorder, is characterized by the presence of multiple exostoses on the long bones. MO is caused by mutations in the EXT1 or EXT2 genes which encode glycosyltransferases implicated in heparin sulfate biosynthesis.

Methods  In this study, efforts were made to identify the underlying disease-causing mutations in patients from two MO families in China.

Results  Two novel EXT1 gene mutations were identified and no mutation was found in EXT2 gene. The mutation c.497T>A in exon 1 of the EXT1 gene was cosegregated with the disease phenotype in family 1 and formed a stop codon at amino acid site 166. The fetus of the proband was diagnosed negative. In family 2, the mutation c.1430-1431delCC in exon 6 of the EXT1 gene would cause frameshift and introduce a premature stop codon after the reading frame being open for 42 amino acids. The fetus of this family inherited this mutation from the father.

Conclusions  Mutation analysis of two MO families in this study demonstrates its further application in MO genetic counseling and prenatal diagnosis.

     

Molecular basis of von Hippel-Lindau syndrome in Chinese patients

Background  Von Hippel-Lindau (VHL) syndrome is an autosomal dominant familial cancer syndrome predisposing the affected individuals to multiple tumours in various organs. The genetic basis of VHL in Southern Chinese is largely unknown. In this study, we characterized the mutation spectrum of VHL in nine unrelated Southern Chinese families.

Methods  Nine probands with clinical features of VHL, two symptomatic and eight asymptomatic family members were included in this study. Prenatal diagnosis was performed twice for one proband. Two probands had only isolated bilateral phaeochromocytoma. The VHL gene was screened for mutations by polymerase chain reaction, direct sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA).

Results  The nine probands and the two symptomatic family members carried heterozygous germline mutations. Eight different VHL mutations were identified in the nine probands. One splicing mutation, NM_000551.2: c.463+1G>T, was novel. The other seven VHL mutations, c.233A>G [p.Asn78Ser], c.239G>T [p.Ser80Ile], c.319C>G [p.Arg107Gly], c.481C>T [p.Arg161X], c.482G>A [p.Arg161Gln], c.499C>T [p.Arg167Trp] and an exon 2 deletion, had been previously reported. Three asymptomatic family members were positive for the mutation and the other five tested negative. In prenatal diagnosis, the fetuses were positive for the mutation.

Conclusions  Genetic analysis could accurately confirm VHL syndrome in patients with isolated tumours such as sporadic phaeochromocytoma or epididymal papillary cystadenoma. Mutation detection in asymptomatic family members allows regular tumour surveillance and early intervention to improve their prognosis. DNA-based diagnosis can have an important impact on clinical management for VHL families. 

     

Rett综合征患儿甲基化CpG结合蛋白2基因和细胞周期依赖性激酶样5蛋白基因的突变

目的 了解Rett综合征(RTT)患儿甲基化CpG结合蛋白2基因(MECP2)和细胞周期依赖性激酶样5蛋白基因(CDKL5)突变及热点突变,建立适合临床诊断的检测方法和策略.方法 对1987至2007年北京大学第一医院儿科神经专业组诊断的177例散发RTT患儿抽取外周抗凝血提取DNA,用PCR-DNA测序方法对MECP2的全部外显子进行突变筛查,如未发现突变,用多重连接依赖的探针扩增(MLPA)法进行基因剂量分析.对MECP2未发现突变的患儿用变性高效液相色谱法(DHPLC)进行CDKL5突变筛查.结果 在177例患儿中发现145例MECP2突变,1例CDKL5突变,总的突变率82%.MECP2突变中错义突变频率最高(39%);其后依次为无义(28%)、移码(17%)和大片段缺失突变(14%).所有突变中8种最常见突变依次为p.T158M(13%)、p.R168X(12%)、c.806delG(7%)、p.R255X(6%)、p.R270X和p.R133C各(5%)、p.R306C(4%)、p.R106W(3%).11%的患儿存在一个或多个外显子的缺失.结论 中国RTT患儿MECP2突变谱和国外报道相似,有热点突变.c.806delG是中国人群特有的一个热点突变.     

多种遗传学技术联合运用对疑似Meckel综合征家系进行遗传学分析

目的：对1例临床疑似Meckel综合征的引产胎儿组织进行遗传学分析,为该家系的遗传咨询和再生育提供遗传学依据。方法：采用比较基因组杂交芯片和全外显子组测序对引产胎儿组织进行遗传学检测,用Sanger测序验证胎儿父母及姐妹的致病位点。结果：染色体微阵列芯片检查未发现大于100 kb拷贝数变异,排除胎儿因染色体数目及拷贝数变异致病原因;全外显子测序显示胎儿携带CC2D2A基因c.3964C＞T和c.4567T＞C复合杂合变异,Sanger测序确认变异分别来自于父母,其表型正常的姐姐存在c.3964C＞T杂合突变。结论：CC2D2A基因c.3964C＞T和c.4567T＞C复合杂合突变为该家系Meckel综合征的致病原因,多种遗传学技术联合运用对表型相似的疾病进行鉴别诊断,为该家系的遗传咨询和产前诊断或胚胎植入前诊断提供了遗传学依据,对寻找可能的致病基因具有重要意义。     

婴儿持续性高胰岛素血症性低血糖症9例临床和基因突变分析

目的分析婴儿持续性高胰岛素血症性低血糖症(PHHI)的临床表现、遗传学特点和基因突变特点。从基因水平了解PHHI的致病因素,以达到基因诊断和遗传咨询的目的。方法对9例PHHI患儿临床表现及检查结果进行分析。提取患儿外周血基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)先扩增外周血ABCC8和KCNJ11基因外显子所在片段,对扩增片段进行正向序列测定,以检测突变。结果 2例患儿KCNJ11基因突变,1例患儿KCNJ11外显子第101位点G→A纯合突变(R34H),1例患儿KCNJ11外显子第91位点C→T杂合突变(R31W);2例患儿ABCC8基因突变,1例患儿ABCC8外显子31第3832位点出现G→A杂合突变(G1255S),1例患儿AB-CC8外显子12第1861位点出现C→T杂合突变(R598X)。结论发现4例患儿的基因突变,并发现一个国内外尚未见报道的ABCC8新突变(G1255S),为临床治疗、遗传咨询及产前诊断提供依据。     

基因检测在Ⅳ型埃勒斯-当洛综合征诊断中的意义

目的 埃勒斯-当洛综合征(Ⅳ型)是临床罕见病例,诊断困难,基因检测技术可明确该病诊断.方法 设计Col3A1基因引物,提取患者外周血标本DNA,PCR扩增后行测序分析碱基突变点,确认氨基酸变化位置,结合临床特征进行疾病诊断.结果 患者Col3A1基因外显子30的第2209个碱基及内含子15的第327碱基出现套峰.在2209位碱基出现G-A的突变,造成第698个氨基酸变化,由丙氨酸(Ala)改变为苏氨酸(Thr),即:P.A698T(c.2209G＞A),突变来源于先证者家系.结论 基因检测可以明确埃勒斯-当洛综合征诊断,对临床有指导意义.

Abstract：

Objective To ascertain the diagnosis of such a rare disease as Ehlers-Danlos syndrome type Ⅳ by the technique of DNA(deoxyribonucleic acid)analysis.Methods The primer sequences of Col3A1 gene were designed. Genomic DNA was isolated from the peripheral blood samples. The amplification of polymerase chain reaction(PCR)was performed and direct sequencing used to screen the mutations.A definite diagnosis was made in conjunctions with clinical features.Results Two nucleotide mutations for Col3A1 were found. One was in intron 15 while another in exon 30. The latter was an important mutation of a G to A transition(c.2209G＞A)resulting in alanine to threonine substitution at position(p.Ala698Thr).The mutations were inherited from proband of pedigree.Conclusion Genetic testing of Col3A1 mutation can facilitate an accurate diagnosis of Ehlers-Danlos syndrome.     

65例染色体核型为46,XY的尿道下裂患者AR和SRD5A2基因突变分析

目的 观察临床诊断为尿道下裂、染色体核型为46,XY的患者AR及SRD5A2基因突变情况,探讨尿道下裂患者的遗传病因.方法 运用Sanger测序技术对2015-2017年在四川省人民医院就诊的65例临床诊断为尿道下裂、染色体核型为46,XY的患者AR和SRD5A2基因编码区进行检测.对检出候选致病突变行家系分析,对新突变行生物信息学分析.结果 65例尿道下裂患者中,8例患者在AR基因上存在半杂合子突变,共7个突变等位基因,其中2个突变未报道过: c.1792A ＞ C、c.2581A ＞ T.25例患者在SRD5A2基因存在纯合或复合杂合突变,共17个突变等位基因,其中4个突变未报道过: c.269A ＞ C、c.350C ＞ A、c.365A ＞ G、c.662T ＞ G.SRD5A2基因1号和4号外显子为突变热区,c.680G ＞ A、c.16C ＞ T为突变热点.AR和SRD5A2基因突变检出率为51％ (33/65) .结论 在染色体核型为46,XY尿道下裂患者中存在AR和SRD5A2基因突变.6个新突变丰富了AR和SRD5A2基因突变谱.