下一代测序技术在罕见肾脏病中的应用

罕见病是对具有极低患病率疾病的统称,其中150余种可累及肾脏。罕见肾脏病大多具有遗传背景,但由于其病因复杂、临床表型多样等原因,多数患者在未得到明确诊断时就已进展至疾病终末阶段。基因检测是罕见肾脏病诊断的有力工具,而下一代测序(NGS)技术的出现则显著提升了罕见肾脏疾病的诊断效率和质量,为我们了解罕见肾脏病的分子遗传学基础、选择或研发具有针对性的治疗方式等提供了新的方法。本文就NGS在罕见肾脏病中的应用进展、现存挑战及发展前景进行综述。     

下一代测序技术在遗传病诊断中的应用进展

下一代测序技术自被发明以来,已被广泛应用于各种遗传病的检测中,不仅提高了遗传病的诊断效率,而且加深了人们对于疾病发生和发展的认识。随着技术的不断深入和提高,下一代测序技术应用于遗传病检测的范围越来越广。本文主要对其在遗传病诊断中的应用进展进行综述。     

多酶片在运动障碍型功能性消化不良中的应用

目的：探讨加强对功能性消化不良的对症治疗对患者精神症状的影响。方法：将41例FD患者分两组,甲组以胃动力药、心理支持、抗抑郁药治疗,乙组在甲组基础上加用多酶片。分别在4W～8W观察消化道症状及精神心理指标。结果：FD的精神心理失衡与环境因素及对本病的担心有关,互相作用。结论：FD治疗上应重在精神心理指导,药物以抗抑郁及对症为主。     

下一代测序技术在脓毒症患者病原学诊断中的Meta分析

目的 系统评价下一代测序技术在脓毒症患者病原学诊断中的应用价值。方法 检索PubMed、Embase、Web of Science、The Cochrane Library、维普网、中国知网、万方数据知识服务平台和SinoMed等数据库,检索年限为2018年1月～2022年9月。比较下一代测序技术和传统病原学检测方法对脓毒症检测的阳性率、病原体检出时间、病毒检出率、28天病死率和重症医学科(intensive care unit, ICU)住院时长。使用Review Manager 5.4.1软件进行Meta分析,绘制漏斗图对纳入文献进行发表偏倚分析。结果 共纳入18篇文献。Meta分析结果显示,下一代测序组阳性率为72.3%(1403/1941),显著高于传统病原学检测组[28.4%(556/1958),OR=7.03,95%CI:4.52～10.95,P<0.01];病原体检出时间显著低于传统病原学检测组(OR=-34.22,95%CI:-41.95～-26.48,P<0.01);病毒检出率显著高于传统病原学检测组(OR=57.82,95%CI:19.27～173.46...     

拷贝数变异测序在稽留流产遗传学检测中的应用

目的 探讨拷贝数变异测序(CNV-seq)技术在研究早期稽留流产原因中的应用价值。方法 选取2020年1月至2021年12月在贵港市人民医院就诊的220例稽留流产患者,对其绒毛/胎儿组织进行拷贝数变异测序(CNV-Seq),分析稽留流产与染色体异常的相关性。结果 220例稽留流产标本中,成功检测215例,成功率为97.73%。结果检出染色体异常140例(65.28%),染色体正常75例(34.72%)。染色体异常中,数目异常型113例(80.71%),最为常见,其中三体型82例(58.57%),X单体型13例(9.29%),三倍体18例(12.86%)。嵌合体13例(6.05%),染色体片段缺失/重复14例(6.51%)。孕妇年龄≥35岁组发生染色体异常率为72.58%,略高于孕妇年龄<35岁组的62.09%,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论 CNV-seq对流产物的遗传学诊断具有明确的应用价值,染色体数目异常是导致早期流产最常见的原因之一,对再生育指导具有重要意义。     

高通量测序在新生儿遗传性疾病诊治中的应用

随着“精准医学计划”的提出和基因工程的实施,许多遗传性疾病的诊治水平不断提高。在“精准医学计划”实施过程中,高通量测序是新兴并且具有强大优势的技术手段。当前新生儿遗传性疾病发病率在逐渐升高,且往往难以诊断、治疗,给家庭、社会带来沉重的负担。目前,高通量测序是其首选诊断方法,因其诊断价值较高,实用性较强,国内外已经有多个研究机构利用高通量测序的不同测序方法及平台对新生儿遗传性疾病进行研究,但仍存在需要进一步改进的地方,需要不断提升测序水平,提高生物信息学分析能力,完善管理方案。将高通量测序应用于疑难、危重、存在遗传性疾病高风险的新生儿,是目前的研究热点,可以提高新生儿整体医疗水平,丰富疾病谱。     

MR-Egger回归在孟德尔随机化分析中的应用

 目的 探讨MR-Egger回归在孟德尔随机化分析中的应用。方法 利用全基因组关联研究结果确定工具变量,通过MR-Egger回归进行两样本孟德尔随机化分析来检验高密度脂蛋白胆固醇（high density liptein cholesterol,HDL-C）和冠状动脉疾病之间的因果效应,评估潜在工具变量的多效性,并将MR-Egger回归结果与逆方差加权法（inverse-variance weighted,IVW）结果进行比较。结果 共纳入120个单核苷酸多态性构建工具变量。IVW结果表明HDL-C与冠状动脉疾病之间存在显著的因果关联（OR=0.82,95% CI：0.75~0.89）。MR-Egger回归结果显示HDL-C与冠状动脉疾病之间不存在因果关联（OR=0.96,95% CI：0.83~1.11）,并提示基因工具变量存在显著的多效性（截距：-0.01,P=0.008）。结论 MR-Egger回归在孟德尔随机化分析中有一定的应用价值,尤其是在多效性偏倚存在的情况下能给出准确的因果效应估计。     

目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症基因诊断中的应用

 目的  评估目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)基因诊断中的应用价值。方法  采用目标区序列捕获及第二代测序技术对9例经典型PKU患者的苯丙氨酸羟化酶(phenylalanine hydroxylase,PAH)基因进行检测;采用Sanger测序技术对患者及其父母基因突变型进行验证。结果  9例患者检测到PAH基因的12种致病性突变,包括7种错义突变(p.I65T、p.F161S、p.Q204C、p.R241C、p.L242F、p.R243Q和p.Q375E),2种无义突变(p.R111X和p.Y356X),3种剪接突变［c.442 1G>A(IVS4 1G>A)、c.1315+6T>A(IVS12+6T>A)和c.1316 2A>C(IVS12 2A>C)］,以及3种非致病性的变异(p.Q232Q、p.V245V和p.L385L),致病性突变均来自患者父母。其中,2个致病性突变未见报道,分别为c.1316 2A>C和p.Q375E(CAA >GAA)。结论  目标序列捕获二代测序可以准确检测出PAH基因突变,对遗传病因明确的疾病具有一定的临床应用价值。     

高通量基因序列在免疫抑制合并肺炎患者肺泡灌洗液感染病原中的应用

目的 探讨高通量基因序列(NGS)联合质谱分析在免疫抑制合并重症肺炎患者肺泡灌洗液感染病原中的应用效果及R OC曲线分析.方法 选择2017年1月至2019年12月在我院治疗的免疫抑制合并重症肺炎患者50例为研究对象,随机分为对照组(25例)和观察组(25例),对照组予经验性广谱抗菌药物治疗,观察组在对照组的基础上予肺...     

高通量测序分析miRNAs在胃癌新鲜组织与石蜡包埋组织中的表达

目的 利用二代测序技术对FFPE标本进行高通量测序及相关的生物信息学分析,探讨miRNAs在来源于石蜡包埋胃癌组织(FFPE)中的标本检测的可靠性,探讨其临床意义.方法 选取2015年和2016年2例胃癌患者手术切除同一组织的FFPE和新鲜冰冻标本,从标本中提取RNA并分离构建small RNA文库,采用Illumina测序平台测序的方法对其进行高通量测序,统计各已知miRNAs家族序列的表达量,构建已知miRNAs表达谱,对标本miRNAs进行Spearman相关性分析,评估miR-NAs表达量的差异变化情况.结果 新鲜冰冻标本中提取的总RNA质量较高,RNA保存度完整,显示28S是18S的1.3～1.4倍,从石蜡组中提取的RNA,结果显示有不同程度的降解,28S和18S的波峰不明显,miRNAs表达谱在冰冻和FFPE标本中,Spearman相关系数分别为0.90争0.86,两者miRNAs表达量较一致,具有相关性.结论 FFPE中的miRNAs仍然保持一定的完整性,且可通过二代测序进行肿瘤标本检测.     

大数据：基于高通量测序的抗体组学发展与应用

抗体是获得性免疫系统的主要组分,在防御性及致病性免疫反应中起着关键作用。对抗体发生、发展和成熟过程的解
析,对研究传染性疾病致病机制、疫苗设计、自免疫疾病发生及进展等有着重要意义。随着高通量测序技术的发展和成熟,抗体
研究进入了组学时代。通过对艾滋病患者外周血抗体谱的高通量测序及后续大数据分析挖掘已经在HIV-1广谱抗体研究中取
得了丰硕的成果。随着测序技术的进一步发展、测序长度的增加及精度的提高、实验体系的优化、分析流程标准的建立及单细
胞抗体测序技术的应用,抗体组学研究前景广阔。本文就抗体组学的技术、发展、应用及问题作简要综述。
     

mNGS在脓毒症病原体检测和抗生素治疗中的应用

目的分析宏基因组学下一代测序(mNGS)在脓毒症患者病原体检测和抗生素应用中的临床价值,为疾病快速、准确诊断和改善患者临床预后提供新型诊断技术。方法选择确诊脓毒症患者52例,入院24 h内完成样本(血液、尿液、痰液或者肺泡灌洗液)收集,分别采用传统技术(细菌培养和免疫学方法)和mNGS法进行病原体检测。结果mNGS法诊断病原体的时间比传统法明显缩短,识别率提高,准确率提高(P＜0.05)。根据传统技术建议首次采用广谱抗生素,而根据mNGS则推荐使用针对性更强的高效抗生素。结论脓毒症患者采用mNGS法能够缩短病原体检测时间,提高病原体识别率和准确率,可作为指导抗生素应用的依据。     

目标基因捕获结合第2代测序技术检测原发性高血压致病基因突变

目的建立目标基因捕获结合第2代测序技术,对原发性高血压(EH)患者的13个已知致病基因进行突变筛查,探讨EH与致病基因突变的关系。方法提取5例EH患者外周血全基因组DNA,利用GenCap目标基因捕获技术,设计内皮素转化酶1(ECE1)、G蛋白调节信号5(RGS5)、钠钾三磷腺苷酶通道β1多肽(ATP1β1)、选择素E(SELE)、血管紧张素原(AGT)、血管紧张素受体1(AGTR1)、α-内收蛋白(ADD1)、细胞色素P450 3A亚家族多肽5(CYP3A5)、一氧化氮合酶3(NOS3)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白β3(GNβ3)、一氧化氮合酶2A(NOS2A)、苯基乙醇胺N-甲基转移酶(PNMT)和前列腺素I2合成酶(PTGIS)基因外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,将目标基因组区域的DNA片段进行富集后,再利用Illumina HiSeq 2000第2代测序仪进行测序,通过数据分析,确定突变位点,对选定的突变位点用Sanger测序法验证。结果设计合成的目标基因特异性捕获探针可有效捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段。目标区域平均测序深度为301.12⁴31.92,99.30%431.92,99.30%⁹9.70%目标区域覆盖度。5例患者中ADD1基因发现3个错义突变;AGT基因发现1个错义突变;SELE基因发现2个错义突变;PNMT基因发现1个剪切位点突变;PTGIS基因发现1个错义突变。结论 GenCap目标基因捕获技术结合Illumina HiSeq 2000第2代测序技术成功发现了EH患者的致病基因突变。该方法快速有效,对深入研究EH的分子病因学有重要意义。     

功能性运动障碍的诊断与治疗中国专家共识

功能性运动障碍(functional movement disorders,FMDs)是一类常见的分离/转换性障碍,已成为运动障碍疾病的重要分支,但多数临床医师对此疾病的认知不足。基于此,本文综述了FMDs的临床表现、辅助检查、诊断及鉴别诊断、治疗及预后,以期提高临床医生对FMDs的认识,提高临床诊断正确率,为准确治疗提供可能性。     

多重PCR靶向富集结合高通量测序筛查结直肠癌中MMR基因的突变

 目的  探讨多重PCR靶向富集结合高通量测序技术在结直肠癌 (colorectal cancer,CRC)中检测错配修复 (mismatch repair,MMR)基因种系突变的应用。方法  收集17例CRC患者和14例正常人的血液并提取基因组DNA;设计和优化寡聚核苷酸探针,使其能对5个基因MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6的73个外显子序列进行有效的PCR扩增和富集;应用多重PCR技术靶向富集样本MMR基因的外显子序列;扩增产物进行文库构建和高通量测序,检测MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6基因的突变情况。结果  31个样本共得到2.7Gb的数据,平均reads数为287 048,测序数据中平均82.18%可与参考序列进行比对,外显子序列平均覆盖度为99.9%,平均测序深度为2 282。在MMR基因的外显子区域共发现13种非同义单核苷酸变异 (single nucleotide variation,SNV)、2种同义 SNV,其中MSH6的c.G3205C:p.G1069R为未见报道SNV。检测结果经Sanger法测序验证,结果一致。结论  多重PCR靶向富集结合高通量测序技术是一套通量高、速度快、费用低、准确性高的MMR基因突变筛查方法。     

司来吉兰与左旋多巴联用治疗帕金森病运动障碍的临床观察

目的研究司来吉兰与左旋多巴二者联用治疗帕金森病运动障碍的临床效果和安全性。方法选择南方医科大学附属南海人民医院108例患者作为研究对象,所有患者均符合全国锥体外系疾病研讨会制订的帕金森诊断标准,且均排除家族性和老年性震颤等其他疾病,将其分为对照组和实验组各54例,两组患者在病情、年龄及性别等一般资料上具有可比性。对两组患者给予相同的静脉滴注10％葡萄糖溶液基础治疗。对照组在此基础上给予左旋多巴片3片,d和盐酸普拉克索片1片,d;实验组在应用左旋多巴的基础上,给予盐酸司来吉兰片1次／d,早餐后1h服用．前2周的剂量为0．5mg／次,第3周后增至1mg／次。两组患者整个疗程均为8周。期间分别观察并记录两组患者治疗前后临床症状改善情况以及不良反应发生情况,以评价临床疗效。计算两组患者治疗前后的帕金森综合评分量表UPDRS得分。所得数据应用SPSS 17．0软件进行统计分析。结果治疗前．两组患者的UPDRS评分差异无统计学意义（P＞0．05）,治疗后,两组患者的UPDRS评分均较治疗前显著下降,差异有统计学意义（P〈0．05）;治疗2、4、8周后,实验组UPDRS评分下降程度均对照组明显（P＜0．05）;治疗8周后,实验组和对照组治疗总有效率分别为75．9％和40．7％,实验组显著优于对照组,差异有统计学意义（P＜0．05）;两组均无严重不良反应出现。结论采用司来吉兰联合左旋多巴治疗帕金森病运动障碍患者,治疗效果良好,临床症状改善情况理想,且安全性较高,值得在临床用药方案上进一步推荐使用。     

新一代基因组编辑技术在基因治疗及生物制药领域中的应用

近年来,随着锌指核酸酶、转录激活子样效应因子核酸酶和成簇可调控间隔短回文重复RNA引导核酸酶的出现,“基因组编辑”技术得到广泛应用。由于此类技术具有高效和可定制的特点,在基因治疗、细胞模型、糖基化工程、细胞工程等方面许多新策略、新方法不断涌现,产生了十分重要的影响。本文就近年来基因组编辑技术的发展及其在基因治疗和生物制药领域的应用进行综述。