基于活血化瘀功效的温苦肝、寒苦肝性效关系研究

活血化瘀中药是临床上常用的一类功能相同的药物,且多性属寒温,是研究中药药性和功效关系的优良载体。所以为了探讨活血化瘀中药的寒温差异与其功效的内在联系,该文通过数据库检索获取温苦肝、寒苦肝组合的主要有效成分及作用靶点,应用Cytoscape 3. 5. 1平台构建蛋白互作网络,采用Bin GO插件对识别出的功能模块进行功能注释和统计分析,结果表明苦-肝组合主要通过参与细胞周期、脂质代谢、血液循环等生命过程而发挥活血祛瘀的功效;寒性蛋白网络主要通过EDNRA等靶点参与血管收缩、通过PLAU等靶点调节凝血,从而发挥凉血消痈的功效;温性蛋白网络主要通过P2RY12等靶点参与调节血小板活化,从而发挥活血行气、通经止痛的功效。该研究从分子网络水平阐释了苦-肝组合的共性特征和温、寒的特异性特征,为中药的药性与功效的内在联系研究提供了新思路。     

基于药性组合的姜黄、郁金、莪术的性效关系研究

姜黄、郁金、莪术均来源于姜科植物,为同一植物的不同药用部分,但三者药性不同,从而产生的功效、针对的症状亦不相同,姜黄、莪术的药性组合均为温辛肝、温苦肝,郁金的药性组合为寒心肝、寒苦肝、寒辛心、寒苦心,对比分析郁金与姜黄、莪术的性效关系的相关性和差异性,阐释三者作用机制的异同点。该文以姜黄、郁金、莪术为研究载体,通过TCMD,TCMSP,Ch EMBL数据库获取其有效成分及作用靶点,构建蛋白互作网络,对网络进行模块聚类分析。姜黄、郁金的对比研究表明,姜黄性温,通过P2RY12,GNG2等基因调节血液凝固发挥通经止痛功效;郁金性寒,通过LDLR,APOB,PRKCA,SOD1,TP53等基因调节脂质代谢、血浆脂蛋白水平、血小板活化、氧化应激反应、凋亡等过程发挥清心凉血的功效。姜黄、郁金的对比研究表明,莪术性温,通过GRIA2,GRIA4等基因调节神经系统过程发挥其破血逐瘀的功效;郁金性寒,通过CALM1,LPL,APOB,SOD1,TP53等基因调节血小板活化、脂质代谢、血浆脂蛋白、氧化应激、凋亡过程发挥清心凉血的功效。姜黄、郁金、莪术三者均为辛苦味,归肝经,其活血功效可能与参与脂质代谢、血液凝固、血红蛋白、血小板脱粒等过程有关。通过对3味中药的网络进行聚类分析,有利于阐释药性组合与功效的内在联系,为药性与功效规律的研究奠定基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法 通过中医药整合药理学研究平台(TCMIP)V 2.0获取黄芪与丹参的活性成分及靶点,利用GEO数据库检索IS的靶点信息,构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络,筛选黄芪-丹参治疗IS的关键成分和核心靶点,并利用Autodock 4.2软件进行分子对接技术验证,GO和KEGG富集分析预测黄芪-丹参治疗IS的分子机制。结果 共筛选出黄芪-丹参治疗IS的7个核心靶点和6个关键成分。GO生物过程涉及脂质定位、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节、脂质转运、急性炎症反应正向调控、脂肪酸转运等,KEGG通路富集主要集中在抗叶酸剂、一碳单位池、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路等。分子对接结果提示黄芪-丹参中关键成分与核心靶点存在结合位点。结论 黄芪-丹参中多种活性成分通过调控靶点蛋白,调节叶酸代谢、脂肪代谢、炎症反应等信号通路,发挥了对IS的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:采用TCMSP及Uniprot数据库收集整合桃仁、红花的活性成分及其药理作用靶点,在GeneCards数据库检索KOA的靶点基因,通过Venny获取疾病-药物交互靶点,借助STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络...     

速效救心丸治疗心肌缺血疾病的网络药理学研究

目的：借助网络药理学分析方法,研究速效救心丸主要活性成分对心肌缺血疾病的网络调控作用。方法：预测速效救心丸中生物利用度较好的化合物,整合PharmMapper和Mas等公共数据库提供的成分、靶点、通路信息,使用Cytoscape 3.1.0软件构建速效救心丸成分-靶点-通路的药理学网络。运用蛋白互作分析、子簇聚类算法和功能富集分析,来发现蛋白互作网络中的功能模块及其所参与的生物学过程。结果：速效 救心丸的化学成分-靶点-通路网络图包括145个点和374条边。MCODE算法提取出得分≥3的5个子簇经功能富集分析（BinGo）显示,这5个子簇参与的生物学过程主要有：脂质和固醇荷尔蒙的相关代谢、谷胱甘肽和氨 基酸的相关代谢、炎症反应和免疫功能、心肌功能和能量供应及血压调节等方面。结论：本研究运用网络药理学的方法和技术,从分子网络层面阐释了速效救心丸主要活性成分通过调节心脏能量供应、脂质紊乱、免疫反 应等方面发挥了多成分、多靶点、多途径相互协同治疗疾病的机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-丹参治疗射血分数保留型心力衰竭作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-丹参治疗射血分数保留型心力衰竭(HFpEF)的主要化学成分及作用机制。方法:运用TCMSP数据库收集黄芪-丹参有效成分及靶点，Gene Cards、OMIM软件收集HFpEF疾病靶点，通过R语言筛选两者的交集靶点，STRING数据库对交集靶点进行分析，CytoScape软件构建靶点蛋白互作网络图，采用Metascape网页、R语言进行GO功能与KEGG通路富集分析，最后运用AutoDock Tools、Vinna软件进行分子对接。结果:筛选出黄芪-丹参治疗HFpEF的活性成分主要为槲皮素、山柰酚、木樨草素、7-O甲基异微凸剑叶莎醇、丹参酮IIA等化合物；JUN、STAT3、AKT1、RELA、MAPK1等为核心靶点；分子对接提示主要成分与核心靶点具有较低结合能，对接活性良好；GO功能分析显示，黄芪-丹参通过参与细胞增殖与凋亡的调控、炎性反应的调节、活性氧代谢、脂质调节、抑制蛋白质磷酸化等过程在内的多条生物学途径发挥治疗作用；关键通路主要集中于脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt、TNF、HIF-1、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17等信...     

基于系统中药学的黄芪补气潜在功效标志物的发掘

黄芪为补气之圣药,具有补气升阳,益卫固表的功效。随着黄芪化学成分研究的日益深入,其在临床上的应用也更加广泛。该研究基于系统中药学的理论,从分子层面表征黄芪补气功效,发掘黄芪补气功效标志物。通过TCMSP及ChEMBL数据库构建黄芪有效成分-靶点数据库,明确黄芪补气功效系统所涉及的靶点(元素)。根据靶点间的关系构建蛋白互作网络,并依据分子复合物检测算法(MCODE)划分网络模块(结构),以黄芪发挥补气功效(功能)的药理作用划定其补气功效系统的边界。从成分、靶点、药效层次上探讨表征黄芪补气功效成分。结果表明,黄芪中的常春藤皂苷元、槲皮素、毛蕊异黄酮、刺芒柄花素、华良姜素、异鼠李素、黄芪皂苷Ⅲ、黄芪异黄烷苷等8个关键成分可作用于17个关键靶点构成的8个功能模块,参与G蛋白偶联受体信号通路、脂质代谢过程、氮化合物代谢的正调控、细胞程序性死亡调控、脂肪酸代谢过程的调节等生命过程,产生调节机体免疫功能、强心、保护心肌细胞、改善物质代谢、抗氧化等药理作用,进而发挥补气的功效。该研究基于系统中药学的理论,从分子网络的水平发掘了黄芪补气的功效标志物,为中药药效物质基础阐释及中药质量控制研究提供了新思路。今后可聚焦于这些成分进行配伍研究,进而对黄芪补气功效展开更深入的研究,并加强相应疾病的药理机制及相关制剂的开发。     

基于网络药理学研究丹参-红花治疗冠心病的物质基础及作用机制

目的：基于网络药理学探讨丹参-红花治疗冠心病（CHD）的物质基础和作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索中药丹参、红花的化学成分,根据口服生物利用度和类药性筛选化学成分,通过PubChem、PharmMapper在线数据库预测化学成分的靶点,检索DisGeNET在线数据库获取CHD的相关靶点,利用Venny 2.1软件获得药物-疾病之间的共同靶点,在STRING 10.5数据库中导入共同靶点并进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病网络,最后通过DAVID 6.8在线数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：从丹参-红花中筛选得到13个关键成分,10个核心靶点;通过GO分析得到292个生物过程(BP),25个细胞组分(CC),和62个分子功能(MF);通过KEGG分析得出富集通路115条。槲皮素、木犀草素、山柰酚、丹参酮Ⅱa、黄芩苷等成分可能是丹参-红花治疗CHD的核心成分;IL6、AKT1、VEGFA、CXCL8、PTGS2、IL1B、NOS3、CCL2、MMP9等为核心靶点;流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、HIF-1信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、松弛素信号通路等为关键通路。结论：丹参-红花通过调节冠状动脉粥样硬化进程、减轻血管炎症反应、扩张冠状动脉、抗血栓形成、减轻心肌缺血缺氧损伤,从而发挥治疗CHD的作用。     

基于温辛肝功效网络的活血化淤治法抗肝癌作用机制解析

目的：功效网络是揭示中药功效作用机制和功效间关系的复杂网络。利用功效-药性的关系,构建温辛肝活血功效网络,阐明活血治疗肝癌的原理。以温辛归肝经的活血药红花为例,探讨功效网络在中药有效成分辨识及组合配伍中的应用。方法：该文利用前期工作中,活血功效的相关药性组合温辛肝为研究对象,收集具有温辛肝药性中药的药理作用数据,利用关联规则方法和卡方检验得到温辛肝活血关联度最高的药理作用组合。利用DrugBank数据库收录的药理靶点数据,在蛋白质相互作用网络背景下,根据“功效-药性-药理-靶点-蛋白相互作用”为主线,构建温辛肝活血功效网络。结果：活血一方面通过影响原癌基因、抑癌基因、细胞凋亡、抗炎直接治疗肝癌,另一方面可以通过抗凝、抗黏、调节局部血循环,防止癌细胞转移和增强组织对抗癌药敏感性,从而间接治疗肝癌。基于活血网络靶点筛选的红花有效成分群中,红花黄色素、槲皮素和木犀草素等已有文献证明具有抗肝癌作用,说明了该文结果的可靠性以及功效网络的用途。结论：功效网络是揭示中药治法作用机制的有效途径,并能够在此基础上发现中药治疗特定疾病的关键有效成分。     

基于药性组合的活血化瘀中药的辛苦味性效关系研究

活血化瘀药是临床中最常用的一类药,多为辛、苦味,为了探讨活血化瘀药的药性与功效的内在联系,该研究利用TCMSP平台及Cytoscape 3. 5. 1平台构建温辛肝、温苦肝药性组合交补集蛋白互作网络及靶点疾病网络,并对其进行网络模块分析。结果表明,温肝网络与癌症、高血压、抑郁症等疾病有关,体现出温肝之温阳化气、行气活血、化瘀散结的功效。苦味网络与心肌梗死、癌症、炎症等疾病有关,体现出"苦"可宣泄宣通、泄通则瘀散的功效。辛味网络与癌症、心血管疾病、骨质疏松症等疾病有关,体现出辛味之活血、消散的功效。研究表明,温辛肝、温苦肝药性组合通过调节不同靶点参与不同疾病过程,从而达到活血化瘀的功效。     

基于网络药理学探讨生脉散治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的通过网络药理学探讨生脉散治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法在中药数据库TCMSP和BATMANTCM筛选生脉散的成分和靶点,并通过OMIM、TTD、CTD、DisGenet数据库检索动脉粥样硬化疾病相关靶点。采用韦恩图得到生脉散和动脉粥样硬化的共同靶点,Cytoscape软件建立生脉散成分-疾病-靶点互作网络,在STRING数据库中进行蛋白相互作用分析,在David数据库里面进行GO和KEGG富集分析。结果筛选出生脉散45个有效成分和418个预测靶点,动脉粥样硬化靶点254个,韦恩图得到生脉散和动脉粥样硬化共同靶点46个,涉及脂质代谢、胰岛素分泌调节、炎症反应等生物学过程,以及过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胰岛素抵抗、肿瘤坏死因子信号通路等22条信号通路。结论生脉散可能通过改善胰岛素抵抗,调节脂质代谢、抗氧化应激,抑制炎症反应等机制治疗动脉粥样硬化。     

基于网络药理学探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制

目的：利用网络药理学的方法探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制。方法：运用TCMSP网络数据库对丹参-红花两味药主要有效成分及作用靶点进行筛选和挖掘,利用Cytoscape3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以OMIM在线分析平台挖掘冠心病的相关作用靶点,基于STRING数据库构建丹参-红花治疗CHD的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,然后进行拓扑分析,筛选出丹参-红花治疗冠心病的核心靶点。利用Metascape数据库对药物-疾病交集靶点进行生物通路及富集分析。结果：丹参-红花成分-靶点网络图包含87个有效成分,相对应靶点1 693个;核心靶点涉及TNF、白细胞介素-1B（IL-1B）、髓过氧化物酶（MPO）、血管细胞黏附蛋白1（VCAM1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、基质金属蛋白酶3(MMP3)等。结论：丹参-红花治疗冠心病主要靶点参与与流体剪切应力与动脉粥样硬化、活性氧代谢过程、DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白质复合物装配的正调控、细胞活化的调节等相关,其中聚集在流体剪切应力与动脉粥样硬化的靶点最多。     

酸枣仁中Coclaurine的分离及运用网络药理学探讨其抗抑郁的作用机制

目的:分离并探讨酸枣仁中生物碱成分Coclaurine的抗抑郁作用机制。方法:采用制备型高效液相色谱法(P-HPLC)分离得酸枣仁生物碱成分Coclaurine,并对其进行类药性预测。利用PharmMapper和DrugBank数据库筛选Coclaurine抗抑郁的潜在靶点;采用MAS 3.0生物分子功能软件获取潜在靶点和通路的相关信息;采用Cytoscape软件构建治疗抑郁症的"Coclaurine-靶点-通路"网络模型;采用分子对接软件Autodock Tools 1.5.6将预测得到的蛋白靶点与Coclaurine进行分子对接分析,研究Coclaurine分子与靶蛋白的相互作用。结果:采用质谱(MS)、核磁共振波谱(NMR)鉴定为酸枣仁生物碱单体Coclaurine,且其有较好的类药性。Coclaurine可能通过Glycogen synthase kinase-3 beta、Cystathionine beta-synthase等6个抑郁症相关靶点调控MAPK signaling pathway、VEGF signaling pathway、Insulin signaling pathway等39条信号通路从而参与调节免疫、炎症反应、脂质代谢、细胞凋亡等过程来发挥治疗抑郁症及其并发症的作用。结论:研究结果为为Coclaurine治疗抑郁症提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨秦柏洗液对寻常型银屑病抗炎作用的研究

目的:探讨秦柏洗液的作用机制。方法:从TCMSP、TTD等多个中药成分数据库、蛋白数据库、疾病数据库中获取秦柏洗液的化学成分、作用靶点,进而构建化合物-靶点网络、靶点-疾病网络、蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI),并对靶点蛋白进行基因本体中生物学过程(GO-BP,geneontology-biology process)分析、基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes andgenomes,KEGG)通路分析,从而来探讨该药物的作用机理。结果:从靶点及功能富集结果预测,自拟方秦柏洗液的作用可能有调节机体的免疫功能、改善皮肤表面炎症的微环境、调节代谢、抗凋亡、促进增殖等。结论:秦柏洗液对银屑病有一定的抗炎作用,为进一步研究银屑病提供思路和方向。     

基于“寒凝血瘀”关键病机理论探讨新加良附方治疗胃癌的网络药理学研究

目的:通过网络药理学方法探讨新加良附方治疗胃癌的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中获取高良姜、香附、穿山龙的有效成分及靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库筛选出胃癌的靶点,利用Venn软件获取共同靶点,使用Cytoscape3.7.2进行"化合物-靶点-疾病"的网络图构建。通过String数据库获取蛋白互作网络(PPI),最后进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果:从新加良附方中筛选出高良姜素、槲皮素、木犀草素、薯蓣皂苷元等主要有效活性成分,作用于87个胃癌靶点,筛选出AKT1、MYC、CASP3、EGFR等关键靶点,并确定了PI3K-Akt信号通路、p53信号通路、Wnt信号通路等关键代谢信号通路,参与蛋白结合、转录因子活性、酶活性调节、受体活性等过程。结论:新加良附方通过多个靶点、多条通路发挥治疗胃癌的作用。     

基于网络药理学的黄芪治疗肾病综合征的机制研究

目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,通过Systems Dock Web Site对成分与靶点进行分子对接验证。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。结果筛选得到黄芪25个活性成分,涉及47个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及氧化应激、足细胞凋亡和脂质代谢等生物过程,通过调节Ras、Rap1、MAPK、PI3K-Akt和AGE-RAGE等信号通路来发挥治疗NS的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类等活性成分可能是其治疗NS的物质基础,其作用机制涉及抗细胞凋亡、抗氧化应激和调节脂质代谢等。     

基于药性组合的活血化瘀中药性效关系研究

中药功效是药物作用于人体后产生的治疗作用,中药药性是功效作用的进一步概括,功效与药性之间存在必然的内在关系。该文提出以药性组合为基本单位,通过"药性组合-中药作用靶标-生物网络模块-功效"的研究模式,在整体层次上发现药性组合与中药功效、药效间的关系。研究表明,温辛肝组合通过参与脂质代谢、血液凝固、血小板活化、血红素氧化、血小板脱粒、细胞凋亡、炎症反应等生命过程来达到抗肿瘤、抗血栓、抗心肌缺血和抗炎等药理药效,从而发挥其活血行气的功效。     

基于分子对接技术的红花抗胆汁淤积作用机制的研究

目的利用分子对接技术研究红花治疗胆汁淤积的作用机制。方法在中药系统药理学数据库中筛选红花潜在活性成分,从比较毒理基因组数据库和Drug-Bank数据库中搜集胆汁淤积治疗靶点,利用Discovery Studio 2016软件Lib Dock模块进行分子对接,分析成分和靶点的相互作用和网络特征。结果分子对接发现红花19个成分与胆汁淤积治疗靶点:法尼醇X受体、孕烷受体、雄烷受体有较强作用,可通过多成分协同调节胆汁酸合成与转运,调控胆红素代谢发挥治疗作用。成分-靶点作用网络分析发现,羟基红花黄色素A、蔷薇苷、pyrethrin Ⅱ、核黄素、(+)丁香树酯醇、lirioresinol A、6-hydroxynaringenin、红花苷、槲皮素等9个成分作用于2个以上靶点,可能为红花抗胆汁淤积主要成分。结论红花多个成分作用于调节胆汁酸和胆红素代谢靶点,通过抑制胆汁酸生成,促进胆汁酸、胆盐和胆红素排出肝脏的途径治疗胆汁淤积。     

基于系统中药学的丹参活血化瘀功效标志物研究

活血化瘀中药在临床上应用广泛,然而由于中药成分的多样性与人体相互作用的复杂性,难以应用传统质控成分表征其整体功效。系统中药学是研究中药功效的有效手段,体现了整体论与还原论的辨证统一。丹参为活血化瘀的常用中药,该研究基于系统中药学的理论,构建了"功效-药理药效-靶点-成分"多维网络,探讨了丹参活血化瘀功效标志物的发现。首先,对活血化瘀功效系统进行研究,基于中药功效-药理数据库获得了活血化瘀功效(功能)相关性最大的药理药效(边界),然后应用DrugBank数据库获得相应药理作用的药物靶标集(结构),运用STRING数据库构建活血化瘀相关靶标的蛋白-蛋白互作网络(关系),通过评价靶点拓扑参数筛选网络中的关键靶点(元素)。最后基于分子对接进行丹参酚酸类及丹参酮类成分辨识,预测丹参活血化瘀功效标志物。该研究结果表明丹参活血化瘀功效的潜在标志物为丹酚酸B、丹酚酸A、丹参酮Ⅱ_A、丹参酮Ⅰ,其中,丹酚酸B、丹酚酸A、丹参酮Ⅱ_A已有文献报道其具有活血化瘀功效相关的抗血小板聚集、抗血栓、保护心脑血管等药理药效。该研究基于系统中药学,初步探讨了丹参活血化瘀功效标志物,为功效标志物的发现提供了研究方法,为中药整体质量控制提供了参考。     

基于网络药理学预测“人参-五味子”药对治疗肺癌的作用机制

目的基于网络药理学方法预测"人参-五味子"配伍对防治肺癌的可能作用机制。方法依托TCMP数据库及平台,检索人参-五味子中药化学成分、作用靶点,并通过TCGA数据库获取肺癌差异基因,预测药对中肺癌相关的作用靶点,构建"化合物-靶点"网络模型。通过STRING平台构建蛋白互作网络(PPI),将筛选出的核心靶点提交到DAVID数据库进行基因富集分析,获得GO生物功能及KEGG信号通路注释结果,构建的"靶点-通路"网络。结果共筛选出29个候选活性成分,180个化合物靶点,39个肺癌相关潜在靶点;蛋白互作网络模型中,筛选出21个关键靶蛋白,基因富集分析显示,21个核心靶点涉及61个GO生物功能条目,包括:生物过程条目32个,细胞组成条目8个,分子功能条目21个;涉及KEGG信号通路共14条,涉及固醇类激素的合成、代谢途径、细胞色素P450代谢及钙信号通路。结论 "人参-五味子"配伍通过调控机体激素及致癌物质代谢、免疫耐药、炎症反应,对肺癌发生、转移及耐药发挥防治作用。