应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

基因芯片在筛选食管鳞癌相关基因中的应用

目的研究人食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织的基因表达谱,通过对比基因表达的差异,寻找与人食管鳞癌发展相关的基因。方法提取人食管鳞癌与正常食管鳞状上皮的mRNA,逆转录成cDNA,并用Cy3-dUTP标记正常食管组织,用Cy5-dUTP标记食管鳞癌组织,制成探针,与基因芯片进行杂交,经扫描仪扫描后,对获取的信号数据进行软件分析、对比。筛选出差异表达的基因。结果在4例新鲜标本的芯片杂交检测中,共发现4329条基因发生差异表达,其中2293条上调,2036条下调,将这些基因按GO（gene ontology）分子功能（function term）进行分类,发现与细胞分化、成熟,分子定位、连接,信号传导,酶活性调节,以及基因转录、翻译调节有关的基因最多。结论①食管鳞癌的发生发展与多条基因的异常表达有关。②应用基因芯片技术可以对食管鳞癌的基因表达谱进行分析,以筛选食管鳞癌相关基因。     

应用基因芯片技术筛选乳腺浸润性导管癌差异表达基因

目的：应用基因芯片技术研究乳腺浸润性导管癌（invasive ductal carcinoma,IDC）基因表达的改变。方法：收集手术切除3例IDC癌组织及癌旁对应正常组织标本,提取总RNA,逆转录合成cDNA,用荧光素Cy3通过体外转录分别将6份标本的cDNA标记成cRNA探针,并与6张基因芯片Illumina Human WG-6 expression beadchip杂交,利用荧光扫描仪扫描荧光强度并分析基因表达谱的差异。结果：按差异显著性标准,在3对标本中共同差异表达的基因有6 756个,表达上调3 927个,表达下调2 829个。结论：IDC的发生、发展存在多基因表达调控的改变,基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平,为认识肿瘤发病机制和个体化治疗提供生物学依据。     

肺栓塞患者血浆凝血因子基因表达谱的差异

目的应用基因芯片技术比较肺栓塞(PE)患者与健康者凝血因子基因表达谱的差异,探讨血浆中凝血因子mRNA水平与PE的关系。方法取9例PE患者(PE组)和33名健康者(正常对照组)的静脉血5 mL,抽提血液总RNA。合成9个Cy3标记的PE患者cRNA探针和1个Cy5标记的标准对照探针,与44 000 Agilent人全基因组Oligo芯片杂交,用Agilent扫描仪扫描荧光信号。应用Feature Extraction软件分析、计算每点的Cy3和Cy5信号值。以9组数据中,Cy3/Cy5比值(Ratio比值)为标准,筛选差异表达基因。并采用荧光定量-聚合酶链反应进行验证。结果9张芯片筛选出共同差异表达的凝血因子基因13条,其中mRNA表达水平上调基因11条,分别为FⅦ、FⅪ、FⅧA1、FⅤ、FⅧ、FⅩ、FⅡ、vWF、FGG、F2R、F2RL1;表达下调基因2条,分别为FⅨ和FⅫ。结论血浆凝血因子的差异表达可能与PE的发病有关。     

应用基因芯片研究环孢素对大鼠肝脏基因表达的影响

目的研究环孢素对大鼠肝脏基因表达谱的影响。方法大鼠予以环孢素灌胃1次,摘取肝脏提取总RNA。用Cy3和Cy5 两种荧光物质分别标记阴性对照组和环孢素组肝组织cDNA,制备成探针与表达谱芯片进行杂交,获得的荧光信号图象用计算机扫描后进行数据分析,计算每点的Cy5和Cy3信号强度比值。结果在被检测的4096个基因中,环孢素组差异表达基因50个,占芯片基因总数 1．22％,其中表达上调的基因17个,表达下调的基因33个。结论环孢素的免疫抑制、抗肿瘤作用以及与其他药物的相互作用可能与一系列代谢相关基因的表达变化有关。     

应用基因表达谱技术研究人脑动脉瘤细胞信号传导相关基因

应用基因芯片分析人脑动脉瘤基因表达谱 ,分析细胞信号传导相关基因的差异表达。提取 4例人脑动脉瘤标本及作为正常对照的人颅底动脉环标本总RNA、mRNA ,进行线性扩增 ,通过逆转录的方法标记、制成cDNA探针 ,探针与84 6 4点基因表达谱芯片杂交 ,扫描芯片荧光信号图像 ,分析比较差异表达的基因。结果 :在 84 6 4条基因中 ,有 15条细胞信号传导相关基因表达有显著差异 ,其中表达上调 13条 ,表达下调 2条。提示 :差异表达的细胞信号传导相关基因及其参与的病理过程与脑动脉瘤的病理发生有关。     

基因芯片技术筛选血管瘤发生相关基因

目的:利用基因芯片技术寻找血管瘤与正常组织之间差异表达的基因,初步探索血管瘤的发生机制。方法:将14112条cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片,将来自同一患儿的血管瘤组织和正常组织的mRNA分别逆转录为cDNA,标记Cy3和Cy5两种荧光,制备成cDNA探针,与表达谱芯片杂交,通过计算机扫描、数据处理筛选出差异表达的基因。结果:血管瘤组织与正常组织共有249个差异表达基因,其中下调基因122个,上调基因127个。上调基因主要与细胞增生、血管形成、免疫细胞的黏附、细胞周期相关蛋白等有关;下调基因主要与细胞凋亡、肿瘤抑制等有关。结论:细胞增生相关基因的上调与凋亡相关基因的下调,导致细胞增生与凋亡失调,可能是引起血管瘤发病的原因。     

基因芯片技术筛选2型糖尿病胰岛素抵抗脂肪代谢相关差异表达基因

目的:应用基因芯片技术比较2型糖尿病胰岛素抵抗(IR)患者和正常人大网膜组织脂肪代谢相关基因表达谱的差异,探讨IR可能的发病机制.方法:分别用Cy5 和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将IR组(n＝5)和正常对照组(n＝5)脂肪组织的mRNA标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交,通过扫描荧光强度,计算机软件分析,寻找两组差异表达基因.然后对芯片筛选结果中差异表达的FOXC2基因用Northern印迹法进行验证.结果:IR组和正常对照组之间共筛选出82条差异表达已知基因;其中脂肪代谢相关基因10条,表达增加的基因5条,表达降低的基因5条.Northern印迹证实IR组FOXC2 mRNA表达明显升高,与基因芯片检测结果一致. 结论:IR的发病与脂肪代谢相关,FOXC2可能是2型糖尿病IR的候选基因.     

急性胰腺炎不同病理类型基因表达谱差异的研究﹡

目的:联合应用cDNA微阵列和组织微阵列技术并采用计算机辅助处理技术研究正常胰腺组织、MAP、SAP之间基因表达谱,筛选出MAP与正常粘膜以及MAP与SAP之间的差异表达基因。方法:分别抽提正常胰腺组织、MAP和SAP组织的总RNA并纯化mRNA;将各mR-NA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在3张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。用ScanArray 4000扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果3次杂交出现一致性显著异常,表达差异在2倍以上的基因有141条,其中表达上调的74条,表达下调的67条。结论通过基因表达谱差异的比较,提示MAP和SAP在基因水平存在差异,差异2倍以上的141个基因可能与AP的发生和发展以及相关早期炎症的启动和演化有关。     

胃癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

[目的]探讨胃癌淋巴结转移过程中相关基因群的表达和功能。[方法]从6例胃癌患者分别抽取胃癌和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后做探针,与含有14784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交。以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出胃癌淋巴结转移组织中差异表达的基因,并用RT—PCR实验对部分差异表达基因进行验证。[结果]在14784条基因中,胃癌原发灶与淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共80条,其中59条基因表达显著上调,21条基因表达显著下调。经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致。[结论]胃癌组织和淋巴结转移组织之间存在多个差异表达的基因,胃癌淋巴结转移的发生与发展是多种相关基因表达失常所致。     

糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中能量代谢相关基因的表达及其意义

目的：比较正常大鼠和糖尿病心肌病大鼠心肌组织中基因表达的差异，探讨糖尿病性心肌病的发病机制。方法：（1）实验大鼠分为两组（正常对照组和糖尿病心肌病组）；（2）从心肌组织中抽提mRNA，经逆转录分别用Cy3,Cy5荧光标记，获得两组动物来源的cDNA探针；（3）cDNA 探针与基因表达谱芯片杂交，结果经扫描后并用软件进行统计分析。结果：能量代谢相关基因表达水平在糖尿病心肌病组明显下调，结论：能量代谢障碍可能在糖尿病性心肌病发病机制中起重要作用。     

糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中能量代谢相关基因的表达及其意义

目的比较正常大鼠和糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中基因表达的差异,探讨糖尿病性心肌病的发病机制。方法(1)实验大鼠分为两组(正常对照组和糖尿病性心肌病组);(2)从心肌组织中抽提mRNA,经逆转录分别用Cy3﹑Cy5荧光标记,获得两组动物来源的cDNA探针;(3)cDNA探针与基因表达谱芯片杂交,结果经扫描后并用软件进行统计分析。结果能量代谢相关基因表达水平在糖尿病性心肌病组明显下调。结论能量代谢障碍可能在糖尿病性心肌病发病机制中起重要作用。     

用cDNA表达阵谱分析原癌基因和抑癌基因在胃癌中的表达

目的：从基因水平了解正常胃和胃癌组织原癌基因和抑癌基因表达的分子机制。方法：从正常胃和胃癌组织中提取、纯化mRNA，逆转录合成cDNA，荧光标记后与H80D型芯片杂交，扫描后筛选出表达差异的原癌和抑癌基因。结果：在195条原癌及抑癌基因中，13条存在表达差异，其中6条(3．1％)表达上调，7条(3．6％)表达下调。结论：应用该方法识别出的原癌和抑癌基因对胃癌的诊断和治疗具有潜在的价值。     

应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

基因芯片检测耐PHT点燃鼠脑突触可塑性基因的表达

目的:探索与鼠同源的人类已知基因在苯妥英钠耐药和非耐药癫痫鼠脑中的差异表达,了解难治性癫痫形成(PHT)机制。方法:建立耐药和非耐药组癫痫大鼠模型,成功后,处死动物,取出脑组织,常规抽提,逆转录生成PHTmRNAcDNA后,应用含有条人类基因的表达谱芯片,检测两者间基因表达谱的差异。4096cDNA结果:发现耐和治疗有效癫痫PHTPHT鼠与神经元突触可塑性有关的基因有条存在差异表达。18结论:突触可塑性增强可能是难治性癫痫形成的重要原因。     

常染色体显性遗传多囊肾差异表达基因的研究

目的:应用表达谱芯片研究常染色体显性遗传多囊肾病(ADPKD)与正常肾组织基因表达的差异,探讨此病的致病因素及可能的治疗途径.方法:等量的人正常肾和ADPKD肾组织的mRNA分别用Cy3和Cy5逆转录荧光标记,制作cDNA探针,混合后与4 096点人cDNA表达谱芯片进行杂交,ScanArray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,数字化处理和分析后比较两种组织基因表达谱的差异.RT-PCR法验证其中4条基因表达水平.结果:在ADPKD肾组织与正常肾组织中存在463条差异表达基因,其中206条基因在多囊肾组织中高表达,特别是细胞周期素D2(cyclin D2)、基质金属蛋白酶1(MMP1)、组织金属蛋白酶抑制因子1(TIMP1)、成纤维细胞活化蛋白基因等;257条基因在多囊肾组织中低表达,特别是蛋白磷酸酶1A、酸性磷酸酶1基因等.RT-PCR法验证的4条基因表达水平与芯片结果相一致.结论: ADPKD病理改变可能与细胞周期蛋白、MMPs以及各种生长因子相关基因的上调有关,钙调素抑制剂和MMPs抑制剂可能会对其有一定的治疗作用.