蛋白激酶Cξ亚型基因内SNP功能分析

目的对中国北方汉族人群2型糖尿病易感基因蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因内的5个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphismSNP)标记在疾病发生中的作用进行分析。方法通过生物信息学比对及报告基因活性测定等方法分析PRKCZ基因内5个SNP位点对基因表达的影响。结果PRKCZ基因中rs427811和rs809912位点两种等位基因重组质粒报告基因活性存在明显差异,提示这两个位点可能影响PRKCZ基因表达。结论PRKCZ基因中两个SNP位点可能通过影响基因的表达水平而在中国人2型糖尿病发生中发挥作用。     

蛋白激酶Cξ亚型基因内SNP的连锁不平衡分析

目的：对中国北方汉族人群2型糖尿病候选易感基因蛋白激酶Cξ亚型（PRKCZ）内的单核苷酸多态性（single nuceotide polymorphism,SNP),标记进行群体相关分析及连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD)分析,寻找疾病相关单体型。方法：通过生物信息学方法公共SNP数据库中查找PRKCZ基因中的SNP位点,用单碱基延伸反应（single base extension,SBE)法对北方汉族散发2型糖尿病患者173例及对照组152例进行分型及病例－对照关联分析和LD分析,构建SNP单体型区段（haplotype block)。结果：PRKCZ基因中有多个SNP位点与疾病相关,它们在病例组和对照组构成不同的hahpltype block结构,由5个SNP位点组成的单体型频率在两组人群间存在显著差异,结论：PRKCZ基因内由5个SNP位点组成的单体型可能和中国北方汉族人2型糖尿病相关,进一步从统计学角度证了PRKCZ基因为该人群疾病易感基因。     

慢白激酶Cζ亚型基因及Urotensin Ⅱ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关

目的 采用单核苷酸多态性（single mucleotide polymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域（1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法 通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应（single base extension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者（192例）及对照组（172例）进行分型及病例－对照关联分析。结果 23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cζ亚型（PRKCZ）基因中的一个位点（rs436045)及urotensin Ⅱ（UTS2）基因中的一个位点（rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义9P＜0．05）。结论 上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

蛋白激酶Cξ亚型基因及UrotensinⅡ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关

目的采用单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应(singlebaseextension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者(192例)及对照组(172例)进行分型及病例-对照关联分析。结果23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因中的一个位点(rs436045)及urotensinⅡ(UTS2)基因中的一个位点(rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义(P<0.05)。结论上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

中国汉族人群2型糖尿病30个候选基因相关性分析

目的鉴定中国汉族人群2型糖尿病易感基因。方法对30个候选基因进行单核苷酸多态性(SNP)的发现、基因分型,并进行单倍型构建。对群体资料的SNP和单倍型数据进行病例-对照研究,并在77个trio家系中进行传递不平衡检验(TDT)。应用报告基因法对1个阳性SNP位点rs5210的基因表达调控作用进行分析。结果KCNJ11基因的几个SNP位点与中国汉族人群2型糖尿病相关,其中rs5219的等位基因频率,rs5210、rs2285676和rs5219的基因型频率,以及由rs5219和rs5215构成的单倍型GA的频率,在病例组和对照组间差异具有显著性(P<0·05),单倍型GA的TDT检验也具有统计学差异(P<0·05)。报告基因分析显示rs5210两个等位基因的基因表达调控作用差异具有显著性(P<0·05)。结论KCNJ11基因是中国汉族人群2型糖尿病易感基因之一。     

染色体20q13区域SNP与中国人2型糖尿病的相关性

目的采用单核苷酸多态性(SNP)标记,在以往所发现的中国汉族2型糖尿病相关基因定位区域(20q13)内寻找疾病易感基因位点。方法选取70例散发糖尿病病人及其正常配偶作为研究对象,通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内11个候选基因的21个SNP位点,用等位基因专一性实时PCR方法进行分型,并做病例—配偶对照关联分析。结果21个SNP中有8个在中国人群中为常见SNP位点。病例—配偶对照关联分析结果显示,PRex1基因的SNP位点rs3936192的等位基因频率在2型糖尿病组和正常对照组间有显著性差异(P=0．0280)。结论上述SNP位点可能与中国汉族2型糖尿病相关,为进一步研究这一位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

染色体20q13区域SNP与中国人2型糖尿病的相关性

目的采用单核苷酸多态性(SNP)标记,在以往所发现的中国汉族2型糖尿病相关基因定位区域(20q13)内寻找疾病易感基因位点.方法选取70例散发糖尿病病人及其正常配偶作为研究对象,通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内11个候选基因的21个SNP位点,用等位基因专一性实时PCR方法进行分型,并做病例-配偶对照关联分析.结果 21个SNP中有8个在中国人群中为常见SNP位点.病例-配偶对照关联分析结果显示,PRex1基因的SNP位点rs3936192的等位基因频率在2型糖尿病组和正常对照组间有显著性差异(P＝0.0280).结论上述SNP位点可能与中国汉族2型糖尿病相关,为进一步研究这一位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据.     

应用单核苷酸多态性技术筛查2型糖尿病易感基因

目的利用单核苷酸多态性(SNP)标记,在中国北方汉族2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23、1q24.3-25.1及1q42.12-42.13)内寻找疾病易感基因位点以及与疾病相关的单倍型.方法通过公共SNP数据库和对样本库全基因测序寻找SNP位点的途径,在定位区域内选择了33个候选基因中的124个SNP位点,用测序法对236例北方汉族散发2型糖尿病患者及152例正常对照个体进行SNP基因分型及病例-对照关联分析,并对具显著性差异的SNP位点进行单倍型分析.结果124个SNP位点中有4个SNP位点的分布频率在病例组和正常对照组存在显著差异(P＜0.05),分别为sAC基因中的rs203849(P=0.005,OR=1.60)和rs203826(P=0.016,OR=1.60),PANK4基因中的rs7535528(P=0.028,OR=1.45)和CASP9基因中的rs884363(P=0.043,OR=1.37).在这4个SNP位点构成的组合型中发现,有2种组合型的频率分布在病例组与对照组之间差异有显著性(P＜0.001).此外,对sAC基因的单倍型分析发现,有4种单倍型与疾病发生相关.结论sAC、PANK4和CASP9基因为中国北方汉族人群2型糖尿病候选易感基因,这3个基因可能在2型糖尿病易感性上有协同作用.     

2型糖尿病PRCKZ基因高甲基化研究

目的:探讨PRKCZ基因的高甲基化变化与2型糖尿病的相关性。方法:采用病例-对照方法研究272例湖北医药学院附属人民医院无亲缘关系个体,其中2型糖尿病患者152例(T2DM组),医院同期健康体检者120例(正常对照组)。⑴甲基化芯片检测;⑵甲基化硫化测序PCR(bisulfite sequencing PCR,BSP)及测序来分析PRKCZ基因启动子甲基化状态与2型糖尿病的相关性;⑶Western Blotting检测血清PRKCZ蛋白水平。结果:2型糖尿病组的PRKCZ基因启动子9个Cp G位点有7个显示发生了甲基化,而正常对照组中9个Cp G位点仅有1个显示发生了甲基化,2型糖尿病组和对照组Cp G位点的甲基化相比差异具有统计学意义(P<0.01);与对照组比较,2型糖尿病组PRKCZ蛋白表达降低,差异有统计学意义(P<0.05)结论:⑴经甲基化基因芯片筛选,PRKCZ基因是2型糖尿病的高甲基化基因。⑵PRKCZ基因启动子的高甲基化可能参与2型糖尿病的发生发展。     

Wnk1基因多态性与汉族人缺血性卒中的关联分析

目的：探索赖氨酸缺乏蛋白激酶1（Wnk1）基因单核苷酸多态性（SNP）与中国汉族人群缺血性卒中的关系。 方法：收集2008年1月～2009年12月新疆5所医院294例汉族缺血性卒中患者（病例组）和同期外科系统住院治疗的其他无脑梗死疾病的汉族患者314例（对照组）进行病例对照研究。用标签SNP（tSNP）策略选择Wnk1基因10个SNP位点（rs3858703、rs11611246、rs7305065、rs1990021、rs34408667、rs12309274、rs1012729、rs956868、rs12828016、rs953361）。SNP基因分型检测采用多重SNaPshot平台。用t检验、卡方检验和logistic回归分析对数据进行统计分析,用Haploview软件进行连锁不平衡分析和单倍型分析。 结果：病例组饮酒（37.1%）、高血压病（62.9%）、糖尿病（18.0%）、高脂血症（36.4%）患者比例均高于对照组（均P<0.01）,而吸烟者比例在两组间差异无统计学意义（P>0.05）。所有位点基因分型缺失率均在1%以下。除rs34408667位点外,其余tSNP均通过Hardy-Weinberg平衡检验。Wnk1基因第四内含子rs11611246位点与汉族缺血性卒中相关。T等位基因在病例组中的分布频率低于对照组（30.3%与35.7%,P=0.046）。进行性别分层后发现,rs11611246 T等位基因是汉族男性缺血性卒中发病的保护因子。GT基因型及TT基因型在病例组男性中的分布频率分别为43.3%及7.2%,而在对照组男性中的分布频率分别为43.1%及15.2% （P=0.038）。加性遗传模型显示T等位基因携带者发生缺血性卒中的风险是对照组的0.702倍（95%CI：0.517~0.953,P=0.023）。调整年龄后差异仍然存在（P=0.022）,进一步调整年龄、体质量指数、吸烟、饮酒、高血压、糖尿病、高脂血症等混杂因素后,差异仍然存在（P=0.008）。未发现Wnk1基因其余9个SNP位点与汉族人脑梗死相关。 结论：Wnk1基因第四内含子rs11611246多态性影响中国人缺血性卒中的发生。 rs11611246位点T等位基因可能是汉族男性发生缺血性卒中的保护因素。     

ACE基因单核苷酸多态性与冠心病易感性的关联性分析

目的: 探讨中国北方汉族人群血管紧张素转化酶(ACE)基因单核苷酸多态性(SNPs)与冠心病遗传易感性的关系,阐明ACE基因是否为冠心病的易感基因。方法: 采用病例对照的研究方法,选择246例冠状动脉造影证实的冠心病患者为病例组;以同期进行健康体检的正常人为对照组,共251名。利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,检测ACE基因上rs4267385和rs4316位点的多态性。采用 SPSS17.0 软件进行统计学处理,分析ACE基因多态性与冠心病的关联性。结果: 病例组和对照组人群的2个SNPs(rs4267385和rs4316)位点基因型频数分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05);病例组和对照组rs4267385位点等位基因和基因型频数分布比较差异有统计学意义(P<0.05),rs4316位点等位基因和基因型频数分布差异无统计学意义(P>0.05)。结论: ACE基因可能是中国北方汉族人群冠心病的易感基因。     

FOXO1基因多态性与2型糖尿病易感性的关联性分析

摘 要］ 目的：探讨中国北方汉族人群叉头转录因子O1(FOXO1)基因多态性与2型糖尿病（T2DM）易感性的关系,阐明FOXO1基因与T2DM的关联性。方法：采用病例-对照研究设计,选取190例T2DM患者为病例组,193例健康人为对照组。应用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析技术（MALDI-TOF-MS）检测FOXO1基因上rs2755213、rs2701880和rs10507486位点的多态性。结果：病例组和对照组rs2701880、rs2755213和rs10507486位点的等位基因和基因型频数分布差异均无统计学意义（P>0.05）;3个位点组成的3种单倍型rs2755213-rs2701880、rs2701880-rs10507486、rs2755213-rs2701880-rs10507486在病例组和对照组中的分布差异均无统计学意义（P>0.05）。结论：未发现FOXO1基因rs2755213、rs2701880和rs10507486多态性与中国北方汉族人群T2DM的易感性存在关联。
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PLA2G4C基因多态性与北方汉族儿童孤独症谱系障碍的关联性分析

目的：研究PLA2G4C基因单核苷酸多态性（SNPs）与北方汉族儿童孤独症谱系障碍（ASD）的关联性,探讨PLA2G4C基因是否为北方汉族儿童ASD的易感基因。方法：共纳入85例ASD患儿和183名健康儿童,选取5个SNPs位点（rs9226、rs1045376、rs251684、rs2307279和rs156631）,采用Sequenom Mass ARRAY系统进行基因型检测,通过在线SNPStats分析程序进行各位点Hardy-Weinberg（H-W）平衡定律检验,分析基因型及等位基因频数分布、各位点遗传模型与ASD的关联和单体型与ASD的关联。结果：病例组和对照组PLA2G4C基因5个位点基因型频数分布均符合H-W平衡定律（P>0.05）;病例组和对照组基因型及等位基因频数分布差异无统计学意义（P>0.05）;遗传模型分析,各位点SNPs与ASD无关联（P>0.05）,rs251684、rs2307279和rs156631位点组成的各个单体型与ASD之间无关联（P>0.05）。结论：PLA2G4C可能不是北方汉族儿童ASD的易感基因。     

中国人CAPN10基因单核苷酸多态性的分布及其在北方汉族2型糖尿病人群中的关联分析

目的 检测始发现于墨西哥裔美国人群中的2型糖尿病易感基因CAPN10的苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP)在中国人群中的分布,并探讨其与中国北方汉族人群2型糖尿病的关联关系。方法 对27份取自中国不同民族人群DNA标本进行测序,以确定CAPN10基因中的SNP位点分布;选择其中5个位点,用单碱基延伸（single-extension,SBE)法对156例北方汉族正常人和173例2型糖尿病患者DNA标本进行SNP分型及病例－对照关联分析;对文献报道的易感基因CAPN10中的3个阳性位点进行单体型分析,并对其中1个位点在68个2型糖尿病家系（377例）中进行传递不平衡检验（transmission-disequilibrium test,TDT)和同胞传递不平衡检验（sib transmission-disequilibrium test,STDT）。结果 在所检测的8936bp长度范围内共检出40个SNP,平均约223bp1出现一个SNP,各多态性在基因中呈不均匀分布;中国人CAPN10的SNP与文献报道的墨西哥裔美国人群中该基因多态性存在较大的差异;所选择的5个SNP位点等位基因频率分布在正常人群和2型糖尿病患者间的差异无统计学意义（P＞0.05);上述3个阳性位点单体型频率在两组人群间差异无统计学意义（P＞0.05);TDT和STDT均无统计学意义（P＞0.05)。结论 CAPN10基因SNP具有民族差异;所检测的几个位点可能不是中国北方汉族2型糖尿病的主要易感基因位点。     

Single Nucleotide Polymorphisms in CAPN10 Gene of Chinese People and Its Correlation With Type 2 Diabetes Mellitus in Han People of Northern China

To investigate the distribution of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in CAPN10 gene in Chinese population and their relation with type 2 diabetes mellitus in Han people of Northern China. Methods CAPN10 gene was sequenced to detect SNPs in different nationalities of China. Five SNPs were chosen to perform case-control study and haplotype analysis in 156 normal Han people of Northern China and 173 type 2 diabetes. One SNP was also analyzed with transmission-disequilibrium test (TDT) and sib transmissiondisequilibrium test (STDT) in 68 type 2 diabetes pedigrees (37Tpeople). Results A total of 40 SNPs were identified in length of 8 936bp, with an average of 1 in every 223bp. The SNPs in CAPN10 gene did not distribute evenly and the SNPs in Chinese were different from those reported in Mexican American. There was no significantly statistical difference in the allele frequency of the 5 SNPs between case and control, and the haplotype frequencies in the two groups were not significantly different. No positive results was found in TDT and STDT analysis. Conclusions The SNP distribution of CAPN10 gene differs in different nationalities. The studied SNPs in CAPN10 gene may not be the major susceptibility ones of type 2 diabetes mellitus in Han people of Northern China.