基于网络药理学探讨昆明山海棠治疗膜性肾病的作用机制

目的：通过网络药理学探讨中药昆明山海棠治疗膜性肾病的潜在靶点及作用机制。方法：通过BATMAN-TCM筛选昆明山海棠的有效成分和靶点,通过GeneCards、人类孟德尔遗传综合数据库、治疗靶点数据库、DrugBank和GAD等数据库查找膜性肾病的相关靶点。利用Cytoscape软件分析昆明山海棠治疗膜性肾病的作用靶点与有效成分之间的关系网络,通过DAVID数据库分析昆明山海棠治疗膜性肾病的有效靶点的生物学功能和作用机制。结果：根据口服利用度和药物相似性原则筛选出昆明山海棠有效成分15个,筛选出的有效成分作用靶点78个,有关膜性肾病靶点3 191个。通过基因本体功能富集分析,得到昆明山海棠干预膜性肾病的作用靶点的生物学功能,如类固醇结合性、核受体活性和直接配体调控特异性DNA序列结合性等。通过京都基因与基因组百科全书通路富集分析,筛选出昆明山海棠治疗膜性肾病的信号通路,如雷帕霉素靶蛋白信号通路等。结论：昆明山海棠治疗膜性肾病主要涉及类固醇结合性等多重生物学特性,干预雷帕霉素靶蛋白信号通路等多条信号通路。     

基于网络药理学和分子对接研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病的作用机制

摘要：目的:采用网络药理学方法研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病（DN）的作用机制。方法:在TCMSP和Sym Map数据库中检索并筛选冬虫夏草活性成分,利用Target Net数据库和PharmMapper平台预测活性成分的靶点。借助Gene Cards和CTD数据库预测DN相关靶点,并和活性成分对应靶点取交集得到冬虫夏草治疗DN的潜在作用靶点,通过富集分析探索其作用机制。在String数据库中分析潜在作用靶点的蛋白相互作用（PPI）,并借助Cytoscape构建可视化网络,进行网络拓扑分析筛选核心靶点。最后,对核心靶点与其对应成分进行分子对接验证。结果:筛选得到冬虫夏草活性成分17个,对应237个靶点,将其与232个DN相关靶点取交集得到32个潜在作用靶点。其中核心靶点为丝裂原激活蛋白激酶1（MAPK1）、丝裂原激活蛋白激酶8（MAPK8）和胱天蛋白酶3（CASP3）,分子对接结果显示其与对应成分之间的结合活性较好。基因本体论（GO）富集得到39条生物过程（P<0.01）,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对胰岛素刺激的反应等。京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集得到49条通路（P<0.01）,主要包括催乳素信号通路、叉头框转录因子O亚型（Fox O）信号通路、缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、胰岛素抵抗、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路等。结论:冬虫夏草可能通过抗足细胞凋亡、降低胰岛素抵抗发挥治疗DN的作用,还需进一步实验验证。     

基于网络药理学和分子对接探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病的作用机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病（diabetic nephropathy,DN））的作用机制。方法 通过检索多个数据库及查阅文献筛选出六味地黄丸活性成分和对应靶点,借助Genecard、OMIM和Drugbank数据库收集DN作用靶点并通过Venny 2.1软件筛选出药物-疾病共同作用靶点。随后,利用STRING和Cytoscape软件分析和构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并使用CytoNCA插件进行拓扑分析刷选出核心靶点。然后,利用ClueGO插件进行GO （GO Ontology）功能富集分析和KEGG-（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。最后,使用AutoDock软件通过分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果 六味地黄丸40个活性成分通过调控128个DN相关靶点,尤其是通过调控28个核心靶点,参与调控体内基因转录、细胞凋亡和增殖、信号转导、炎症反应及蛋白质磷酸化等生物学过程,干预肿瘤、AGE-RAGE、IL-17、MAPK、HIF-1、Toll样受体等信号通路发挥治疗DN的作用。分子对接验证了5种活性化合物与其作用的关键靶点具有可靠的亲和力。结论 推测六味地黄丸治疗DN具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究六味地黄丸治疗DN的分子机制提供了新思路和新方向。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨渴络欣治疗糖尿病肾病活性成分及作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法,探讨渴络欣治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)的关键活性成分及分子机制。方法 通过中药系统药理分析平台获得渴络欣活性成分及对应靶点。通过GeneCards、OMIM数据库得到DN相关疾病靶点,筛选得到DN药物靶点。运用Cytoscape软件绘制活性成分-靶点网络图和蛋白质-蛋白质相互作用网络图,对作用靶点进行基因本体论及京都基因和基因组数据库功能富集分析。通过Autodock Vina软件对以上筛选得到的渴络欣主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 渴络欣可通过57种活性成分作用于97个靶基因以发挥对DN的治疗作用,主要活性成分有9种,可通过影响氧化应激、炎症反应、缺氧应答、代谢调节及细胞凋亡等,调控信号通路参与到治疗过程中。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素及毛蕊异黄酮对关键靶点的亲和力最强,可能为渴络欣中的核心作用分子。结论 渴络欣治疗DN的潜在作用机制为多靶点、多通路,其中槲皮素、木犀草素及毛蕊异黄酮可能为渴络欣中的核心作用分子。     

基于分子对接和网络药理学的大麻治疗帕金森病的作用机制研究

利用网络药理学和分子对接技术方法,探究大麻治疗帕金森病(Parkinson disease,PD)的主要活性成分、潜在靶点和作用机理.通过检索Pubmed、CNKI、TCMSP、SwissADME等数据库获取并筛选大麻活性成分,成分录入Swiss Target Prediction和Targetnet数据库预测相关作用...     

昆明山海棠-鸡血藤药对治疗类风湿关节炎作用机制的网络药理学研究

目的:研究昆明山海棠-鸡血藤药对治疗类风湿关节炎的作用机制。方法:通过检索治疗靶点数据库(TTD)、药物银行(DrugBank)和DisGeNET数据库获取类风湿关节炎靶点,并构建靶点互作(PPI)网络筛选关键靶点。以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18、半衰期(HL)≥4 h为指标,借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)获取昆明山海棠-鸡血藤药对的活性成分,并预测其靶点,构建昆明山海棠-鸡血藤药对活性成分-靶点网络;借助Systems Dock Web Site在线平台、Genomics平台筛选昆明山海棠-鸡血藤药对的活性成分和类风湿关节炎的共有靶点,然后利用Cytoscape3.2.1软件中Cluego插件分析共有靶点的京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路。结果:共检索到类风湿关节炎靶点1 956个,其中关键靶点11个[包括白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等];昆明山海棠-鸡血藤药对共筛选出30种活性成分(包括木犀草素、芒柄花黄素、β-谷甾醇、雷公藤甲素等)和229个靶点。昆明山海棠-鸡血藤药对和类风湿关节炎的共有靶点有37个[包括基质金属蛋白2(MMP2)、TNF、VEGFA等];参与的KEGG信号通路有细胞凋亡、IL-17信号通路、Th17细胞分化信号通路、TNF信号通路等。结论:昆明山海棠-鸡血藤药对可能通过MMP2、TNF、VEGFA等靶点作用于细胞凋亡、IL-17信号通路等多条信号通路发挥治疗类风湿关节炎的作用,本研究结果可为进一步研究昆明山海棠-鸡血藤药对治疗类风湿关节炎的作用机制提供参考。     

基于网络药理学和分子对接法探讨槲皮素治疗2型糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨槲皮素治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。方法 通过TCMSP和PharmMapper数据库查询槲皮素的作用靶点，Genecards和CTD数据库收集T2DM的相关靶点，求出槲皮素-T2DM交集靶点并利用STRING和DAVID数据库对交集靶点进行通路分析，使用Cytoscape 3.6.1软件进行"靶点-通路"网络的构建，利用Auto Dock Vina进行分子对接预测槲皮素对T2DM作用靶点的结合能。结果 筛选出槲皮素的潜在靶点312个，与T2DM相关的靶点121个，核心靶点6个：NOS3、CYP1B1、NOS2、TGFB1、TTR和CDKN1A。KEGG信号通路30条，涉及toll样受体信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路等。分子对接结果显示，槲皮素与6个核心基因的分子对接亲和力均远小于-20 kJ/mol，结合活性较好。结论 槲皮素治疗T2DM具有多靶点、多通路的作用特点，可能是通过作用于NOS3、CYP1B1、NOS2等核心基因调控toll样受体信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路等发挥作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探究养精种玉汤治疗不孕症的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探究养精种玉汤治疗不孕症的潜在作用机制。方法 使用TCMSP检索养精种玉汤的有效成分和作用靶点。通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、Drugbank、Therapeutic Target Database数据库收集疾病靶点。运用Cytoscape3.9.0软件构建药物-有效成分-疾病-靶点网络和蛋白相互作用网络。利用David v6.8数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。随后使用AutoDockvina软件对核心蛋白作用靶点进行分子对接,并用Pymol软件进行结果展示。结果 筛除重复后,养精种玉汤中共有31个有效成分,有效成分靶点共有94个,养精种玉汤治疗不孕症的核心蛋白作用靶点共有6个,核心靶点蛋白主要涉及血管收缩的调控、脂多糖反应、一氧化氮生物合成的调控、雌二醇的反应、过氧化氢的反应等生物过程,主要与类固醇、炎症、血管信号通路相关。结论 养精种玉汤治疗不孕症的潜在作用机制是由于β-谷甾醇、（+）-儿茶素、豆甾醇、山奈酚、羟基芫花素、2,6,10,14,18-五甲基-2,6,10,14,18-戊烯、四氢鸭脚木碱、扁...     

基于网络药理学和分子对接的牵牛子抗肿瘤作用机制研究

目的 借助网络药理学联合分子对接技术,探究牵牛子抗肿瘤作用的潜在药效物质基础、作用靶点以及作用机制。方法 利用TCMSP平台获得牵牛子活性成分及其对应的靶点;整合与肿瘤相关的疾病靶点,与药物靶点取交集获得药物作用于肿瘤的靶点;使用STRING数据库得到PPI网络图;使用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析以及KEGG富集分析;应用Cytoscape 3.8.2软件构建牵牛子活性成分-肿瘤靶点-作用通路网络图;应用AutoDock vina 1.1.2脚本对预测结果进行对接验证。结果 脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、8-异戊烯基山柰酚等可能为牵牛子发挥抗肿瘤作用的核心药效成分;PPI网络显示CASP3、JUN、ESR1等为关键作用靶点;通路分析显示肿瘤靶点主要富集于雌激素信号通路、甲状腺激素信号通路、p53信号通路等;分子对接结果显示：牵牛子的核心药效成分与关键肿瘤靶点具有较好的结合能力。结论 初步探究了牵牛子抗肿瘤作用的潜在药效物质基础、作用靶点及作用机制,为牵牛子治疗肿瘤的临床应用以及抗肿瘤药物研发提供科学依据。     

基于网络药理学-分子对接的生地黄活血化瘀作用机制研究

目的：采用网络药理学和分子对接初步揭示生地黄活血化瘀作用机制。方法：基于文献检索构建生地黄化学成分数据库,采用PharmMapper预测可能的作用靶标;从MeSH、OMIM和Genecards数据库收集血栓靶标,采用Cytoscape构建生地黄活血化瘀的“成分-靶点-疾病”网络;采用Network Analyzer进行网络拓扑分析,筛选生地黄主要活性成分及作用靶标;采用DAVID数据库对生地黄活血化瘀作用靶点进行基因本体（GO）分析和KEGG通路富集分析,以探索生地黄活血化瘀的作用机制;最后通过分子对接验证活性化合物与关键靶点之间的相互作用。结果：共收集生地黄化学成分136个,网络筛选出活性成分11个,其中9个为环烯醚萜苷类成分。生地黄靶点共184个,筛选出活血化瘀关键靶点28个。生地黄发挥活血化瘀功效主要涉及信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,主要通过调节PI3K-Akt信号通路、甲状腺激素信号通路等。梓醇可能通过PI3K及Akt活性下调实现活血化瘀作用。结论：生地黄发挥活血化瘀作用具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨金莲花抗流感病毒作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的潜在作用机制。方法 基于中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP获取温阳抗寒汤有效活性成分及其靶点,通过Gene Cards、OMIM、Pharm GKB、TTD、Drug Bank数据库获取哮喘相关靶点,将药物靶点与疾病靶点映射得到温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的预测靶点。使用Cytoscape软件绘制药物活性成分-靶点网络图,使用String数据库构建蛋白互作网络,使用R语言进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的作用机制,使用Auto Dock Tools、Autodock vina、Pymol软件进行分子对接预测和部分对接结果可视化。结果 筛选得到温阳抗寒汤作用于支气管哮喘的有效活性成分115个,检索得到支气管哮喘相关的靶点4 802个,温阳抗寒汤与支气管哮喘的交集靶点86个,关键有效成分包括槲皮素、山奈酚、木犀草素、汉黄芩素、黄芩苷、柚皮素等,涉及的核心靶点包括HIF1A、TP53、AKT1、ESR1等。通过GO分析（P <0.05）得到GO条目1 866个,其中包括生物过程（BP）...     

基于网络药理学和分子对接研究黄芪-丹参治疗脓毒症的作用机制

目的 本文采用网络药理学和分子对接方法研究黄芪-丹参治疗脓毒症的作用机制.方法 分别在中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)平台中检索并得到黄芪和丹参的活性成分及...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的作用机制

目的：运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法：通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络（PPI）;使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果：筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程（BP）,75条细胞组分（CC）,140条分子功能（MF）;KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗胃癌的分子机制

目的:研究熊果酸治疗胃癌的作用机制。方法:本研究通过TCMSP,SymMap,DrugBank,Uniprot,DisGeNET数据库预测及筛选出熊果酸抗胃癌的潜在靶点。依托STRING数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape 3.7.1软件绘图。通过生物学信息注释DAVID数据库对靶点进行KEGG及GO的富集分析。使用AutodockVina进行分子对接,预测核心靶点和熊果酸的结合度,利用PyMOL软件绘图。结果:熊果酸治疗胃癌共有48个靶点,核心靶点包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、信号转导与转录活化因子3(STAT3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点;筛选出与肿瘤相关的前10个通路,主要的信号通路包括:PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路。结论:本研究通过网络药理学的方法,揭示出熊果酸通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导细胞凋亡、增强抗血管生成等通路发挥多靶点和多通路的抗胃癌作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗骨质疏松的分子机制

目的:探讨熊果酸治疗骨质疏松症(OP)的潜在分子机制.方法:运用中药系统药理学分析平台数据库、PubMed数据库、UniProt数据库筛选单体化合物熊果酸的作用靶点基因,借助GeneCards数据库检索OP相关靶点基因,并运用Venny 2.1在线作图工具获取成分-疾病的共有靶点基因;运用STRING数据库构建成分-疾...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨艾迪注射液治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术,探讨艾迪注射液治疗乳腺癌的活性成分和潜在作用机制.方法 通过中药系统药理分析平台(TCMSP)、中药综合数据库(TCMID)筛选及文献查找,收集中药黄芪、人参、斑蝥和刺五加的活性成分及对应靶点.从GeneCards、PharmGKb、OMIM、DrugBank和TTD数据库获得乳腺癌...     

昆明山海棠联合泼尼松治疗原发性肾病综合征的临床分析

目的观察昆明山海棠联合泼尼松治疗原发性肾病综合征的疗效。方法 32例患者随机分为两组,对照组采用标准剂量泼尼松治疗,观察组在对照组治疗基础上加用昆明山海棠,观察4周。4周后比较两组治疗前后尿蛋白、血清白蛋白、血脂、肾功能等变化。结果治疗4周后治疗组尿蛋白减少,血浆白蛋白升高,与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05),血脂下降程度和肾功能变化两组无差异(P>0.05)。结论在标准剂量激素基础上加用昆明山海棠治疗原发性肾病综合征是一种有效方法。     

基于网络药理学和分子对接研究枳实薤白桂枝汤治疗心血管疾病的作用机制

摘要：目的:探究复方枳实薤白桂枝汤治疗心血管疾病的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选枳实薤白桂枝汤的有效成分及靶点基因;通过基因卡片（Gene Cards）和在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库筛选疾病的靶点基因,将药物有效成分靶标与疾病靶标映射;采用Cytoscape 3.7.1构建药物-成分-靶点-疾病关系图,寻找关键作用成分。运用STRING数据库,得到蛋白互作核心基因。将关键作用成分与核心基因中的前3个做分子对接。利用Bioconductor进行基因本体（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:筛选枳实薤白桂枝汤的有效成分61个,药物-疾病共同作用靶点104个; Cytoscape 3.7.1网络得到候选化合物47个,蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中核心基因为丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）、淀粉样前体蛋白（APP）、表皮生长因子受体（EGFR）,分子对接香蜂草苷、新橙皮苷、菠菜甾醇与核心靶点具有较强的亲和能力,涉及前列腺癌（prostate cancer）、乙型肝炎（Hepatitis B）、流体剪切力及动脉硬化（gluid shear stress and atherosclerosis）、糖尿病并发症中的糖化终末产物及其受体信号通路（AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications）等通路发挥治疗心血管疾病作用。结论:枳实薤白桂枝汤以多成分、多基因、多通路的复杂形式发挥其药效作用,为心血管疾病药物的开发提供理论依据。