肠道病毒71型宁波分离株全基因组特征研究

目的:研究2010年肠道病毒71型宁波分离株的全基因组序列特征。方法:收集宁波市手足口病患者的粪便标本进行特异性荧光定量RT-PCR鉴定,EV71阳性标本进行病毒分离和全基因组序列的测定。结果:2010NB65株全长7406 bp,与参考株EV71相比编码区没有核苷酸的缺失和插入。2010NB65株与2008年-2010年中国大陆EV71流行株的各区段核苷酸和氨基酸同源性均较高,分别为94.1%～98.8%和97.6%～100%;与A型和CoxA16核苷酸同源性较低,分别为75.0%～82.4%和63.0%～85.4%。VP1和全基因组亲缘进化分析表明,2010NB65株属于C4基因亚型的C4a进化分支,与浙江株、阜阳株、北京株亲缘关系近。2010NB65株P2、P3区与CoxA16的进化途径相近。结论:宁波市HFMD患者粪便中分离得到EV71属于C4基因亚型的C4a进化分支,与我国其他地区的EV71存在共同进化趋势,全基因组序列提供了完整的分子生物学背景,为EV71病毒性疾病的防控提供参考价值。     

2012-2013年广西桂林地区肠道病毒71型所致手足口病病例的病原学分析

目的对2012-2013年广西桂林地区的手足口病病例进行肠道病毒71型(EV71)相关病原学分析。方法收集手足口病病例样本737份,采用RT-PCR方法进行检测,选取EV71阳性样本分离病毒,将获取的毒株经RT-PCR方法扩增VP1基因序列并测序,对VP1基因进行进化分析。结果 737份病例中,荧光PCR检测出EV71感染共169例,阳性率为22.93%,测序获得的89株EV71的VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性为95.01%~100.00%和98.47%~100.00%,与C4亚型代表株核苷酸同源性大于95%,氨基酸同源性大于97%,并在系统进化树中与C4a亚型代表株处于同一分支,对89份样本VP1基因编码的氨基酸序列与安徽阜阳的FY23毒株进行了比较,发现89株病毒均在791位由S(丝氨酸)变为P(脯氨酸)。结论本研究所收集的2012-2013年广西桂林地区的89例EV71所致手足口病均为C4a亚型的EV71感染。     

长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010年长沙市手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）重症和普通病例肠道病毒71型（human Enterovirus 71,EV71）VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株（3254-TAI-98）的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性（分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%）;12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性：同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性（92.6%-93.3%和91.8%-92.7%）。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。     

大连市肠道病毒71型VP1区段基因特征分析

目的:了解大连市手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征。方法:从手足口患者粪便标本中分离EV71病毒,经RT-PCR扩增VP1全长,并进行核苷酸序列分析。结果:4株EV71分离株与C4亚型代表株具有较高的核苷酸和氨基酸序列同源性。在系统进化树上,4株EV71分离株与C4亚型代表株处于同一分支。结论:大连市手足口病患者中分离的EV71属C4亚型。     

四川省急性弛缓性麻痹病例中肠道病毒71型的基因特征分析

目的了解2006-2014年四川省急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)的基因特征。方法对四川省2006-2014年AFP病例中分离到的10株EV71进行全VP1区逆转录-聚合酶链(RT-PCR)反应扩增和核苷酸序列测定,进行序列比对和构建进化树。结果从3 216份AFP粪便标本中,分离出10株EV71病毒。经测序鉴定10株EV71均为C4基因亚型中的C4a进化分支。来源病例的临床诊断分别为:肠道病毒感染3例,格林巴利综合征4例,肌炎3例。10株EV71之间核苷酸同源性为93.6%~98.5%,氨基酸同源性为97.9%~100.0%。结论 2006-2014年四川地区AFP病例中分离到的EV71为C4基因亚型中的C4a进化分支。     

济南市轻重症手足口病患儿肠道病毒71型结构蛋白基因特征分析

目的 比较分析济南市轻重症手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)结构蛋白基因及氨基酸变异情况。方法 对2017年济南市轻重症手足口病患儿EV71细胞分离株结构蛋白基因序列进行RT-PCR扩增测序,应用EditSeq和MegAlign等软件对结构蛋白基因进行序列拼接及核苷酸、氨基酸同源性比对,应用Mega 5.2软件构建VP1基因系统进化树。结果 轻重症患儿EV71分离株结构蛋白基因核苷酸和氨基酸同源性分别为93.0%～98.8%和99.0%～99.8%,均属于C4a基因亚型。经VP1基因同源性分析,济南市EV71分离株与2017年江苏株（GenBank ID: MG520666,同源性99.3%）、2015年河南株（KU744452,同源性99.2%）、2015年北京株（KU376386,同源性99.2%）及2016年山东潍坊株（MG588036,同源性99.0%）亲缘关系较近。死亡患儿EV71分离株VP1蛋白出现E145Q突变,重症EV71分离株分别出现VP1蛋白A19V、T101I,VP3蛋白M150I突变。结论　济南市轻重症HFMD患儿EV71分离株均属于C4a亚型,与江苏、河南、山东及北京等地的EV71株亲缘关系较近,其VP1蛋白145位氨基酸残基可能是影响病毒毒力的重要位点。     

肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 了解2009-2010年山东省临沂市肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征,初步探讨VP1区核苷酸或氨基酸变异与不同临床类型的关系.方法 从手足口病(HFMD)病例、重症病例和死亡病例的粪便标本中分离获得23株EV71病毒株,RT-PCR扩增VP1区,并进行序列测定和分析.结果 23株分离株与A、B基因型同源性较低;与C4亚型的C4a群代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别达到92.8％～93.5％和98.3％ ～99.3％,明显高于其他亚型代表株的同源性;各分离株间的氨基酸序列比对显示无特征性改变.结论 2009-2010年临沂地区流行的EV71是C4亚型的C4a群,HFMD病例、重症病例和死亡病例分离株VP1区核苷酸序列和氨基酸序列无特征性差异.     

2013年杭州地区肠道病毒71型分离株VP1基因特征分析

目的 了解2013年杭州地区重症手足口病患儿感染的肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区的基因特征.方法 采集2013年杭州市儿童医院收治的重症手足口病确诊病例粪便样本,用EV71特异性引物进行RT-PCR鉴定,选取EV71检测阳性的15例样本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并测序,结合EV71各基因型及亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析.结果 2013年该院分离的15株EV71分离株与A、B基因型参考株的核苷酸同源性分别为77.5％～79.8％、77.7％～83.1％,氨基酸同源性分别为92.8％～96.6％、92.8％～97.9％,与C基因型的核苷酸同源性为83.4％～97.3％,氨基酸同源性为93.4％～99.7％,其中与2008年安徽省阜阳市的EV71流行株[C4a (Fuyang-0508)]的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为95.0％～97.3％及96.2％～99.7％.系统进化树显示所有分离株与C4a亚型的代表株处于同一分支.15株EV71分离株与不同基因型代表株进行比对发现,在297个氨基酸位点中主要突变位点有11个.结论 2013年杭州地区重症手足口病患儿中流行的EV71均为C4a基因型,其VP1基因保守性好.     

浙江省杭州地区手足口病病原谱分析和肠道病毒71型VP1基因分析

[目的]分析杭州地区手足口病的病原谱构成,并对肠道病毒(EV)71型的VP1基因进行核苷酸和氨基酸的序列的比对分析,了解杭州地区EV71的基因特征。[方法]采集98份手足口病确诊病例的粪便标本,用EV71和柯萨奇病毒A组(CoxA)16型特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定,并选择6例EV71检测结果阳性的标本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并进行测序,结合EV71各亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析。[结果]通过RT-PCR特异性检测,发现EV71阳性结果22份,阳性率为22.4%;CoxA16阳性结果27份,阳性率为27.6%。测序结果表明6株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为92.2%～98.5%,氨基酸同源性为99.0%～100%。通过与各代表亚型进行核苷酸同源性比较后发现此次分离得到的EV71病毒都属于C4亚型。6株EV71与部分亚型代表株间在BCloop区域的氨基酸序列存在着差别,而SP70区域的氨基酸序列则完全一致。[结论]在手足口病患者中,由EV71感染引起的比例越来越大;此外,此次在杭州地区分离的EV71病毒都属于C基因型的C4亚型,尚没有证据说明此次在杭州地区分离的6株EV71毒株的毒力有增强。     

潍坊市9例重症与轻症手足口病患者肠道病毒71型5′非编码区、VP1基因特征分析

目的 探讨重症手足口病肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)5′非编码区(untranslated region, UTR)、VP1区是否存在潜在的毒力位点。 方法 分离培养不同临床症状手足口病患者粪便标本中EV71,提取病毒总RNA,逆转录PCR扩增5′-UTR、VP1区后测定基因序列,对两个区域核苷酸序列及VP1区编码氨基酸序列进行比对和同源性分析,构建VP1区及不同临床症状EV71病毒5′- UTR基因进化树。 结果 本实验共获得9株EV71毒株(5株来源于重症病例,4株来源于轻症),5′-UTR、VP1区核苷酸同源性均为94.5%~ 99.7%,VP1区氨基酸同源性为97.3%~99.9%。9株EV71毒株5′-UTR共有67个核苷酸突变位点,与4株轻症EV71毒株相比,5株重症EV71毒株VP1区编码氨基酸有2处发生替换(S283T、A289T),5′-UTR共有37个核苷酸位点发生突变。VP1区基因进化树显示9个EV71毒株均属于C4a基因亚型,并且两组不同临床症状毒株处于同一较小分支中。5′-UTR核苷酸序列的系统进化树显示临床表现不同的EV71株呈交错分布,相同临床表现不单独聚类。 结论 9株EV71毒株均属于C4a基因亚型,5′-UTR核苷酸突变和VP1区氨基酸替换可能影响病毒毒力,对EV71病毒的全基因组序列特征分析及与宿主之间的相互作用机制进行研究非常必要。     

杭州市肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的了解杭州市2008年和2011年肠道病毒71型(EV71)流行株VP1基因特征。方法手足口病患者咽拭子、粪便等样本先通过荧光RT-PCR方法初筛,然后选部分肠道病毒71型阳性样本进行病毒分离、培养;通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定上述培养物,并扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建基因进化树。结果从2008年和2011年手足口样本中分离到EV71阳性毒株各4株,VP1基因全序列测定结果显示其与C4亚型代表株核苷酸和氨基酸的相似性最高,分别为93.8%～95.2%、99.0%～99.7%。结论杭州市手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。     

宁波市肠道病毒71型分离株全基因序列对比分析

目的探讨浙江宁波地区2010年分离的肠道病毒71型(EV71)中神经毒性相关位点。方法采集宁波地区2010年手足口病不同症状患者粪便标本,进行荧光聚合酶链反应检测,阳性标本病毒分离;分8个片段对EV71全基因序列和VP1区进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、克隆、测序、拼接、同源性比较,用DNAstar推导其内含子编码的氨基酸序列并比对分析。结果 6株分离株基因全长均为7 406 bp,核苷酸同源性为97.9%～99.4%,其中3株死亡病例标本内部核糖体进入位点(IRES)中的124、272及408位,碱基分别为T、G、A,区别于其他3株手足口轻症患者分离株的A、A和G;3株死亡病例标本位于主要衣壳蛋白VP1区的第715位氨基酸和3C蛋白酶的第1 704位及1 706位的氨基酸分别为甲硫氨酸(met)、精氨酸(arg)及异亮氨酸(ile),区别于3株轻症病例的亮氨酸(leu)、赖氨酸(lys)及缬氨酸(val)。结论宁波地区2010年分离的EV71 IRES、VP1与3C位点变异与EV71神经毒性相关。     

浙江省肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的研究浙江省手足口病患者中肠道病毒（EV）71型分离株的病毒基因特征。方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本，进行病毒分离和逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）特异性扩增进行鉴定，同时选取其中6株EV71分离毒株，对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树。结果从14份标本中分离出EV9株，经中和试验和RT—PCR特异性扩增，均证实为EV71。其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82．9％～85．5％和94．9％～98．0％；与C基因型比较，同源性分别为89．2％～94．1％和97．0％～99．0％。而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91．0％～92．2％、90．2％～90．3％、89．2％～89.5％、96．7％～96．9％，其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8％～97．1％。在系统发生树上，这6株毒株均在C基因型中，与属C4亚型的11株毒株属同一分支。结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型。     

天津市手足口病分子流行病学分析

目的分析天津市手足口病病原学分布及肠道病毒71型(EV71)分子流行病学特点。方法采集天津市各医院2008—2010年手足口病住院患者粪便标本2 377份,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测肠道病毒核酸;选取部分EV71阳性标本分离病毒,采用RT-PCR扩增其VP1基因,进行序列测定和同源性分析,建立系统发生树。结果 2 377份手足口病粪便标本中,肠道病毒总阳性率为70.72%(1 681/2 377),其中EV71占48.30%,CV-A16占37.36%,其他EV占14.34%;31株EV71分离株与C4亚型的C4a分支参比株具有最高核苷酸序列同源性,同源性为95.7%～99.2%,在系统发生树上均归属于C4a分支。结论天津市2008—2010年手足口病主要病原体为EV71,其流行株为C4亚型中的C4a病毒株。     

2009年龙岩市人肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的 分析2009年龙岩市流行的人肠道病毒71(EV 71)分离株的分子生物学特征.方法 从手足口病例的153份咽拭标本中分离EV 71病毒株,选取其中3株,用RT-PCR扩增VPl基因片段,并进行测序和病毒种系进化等分析.结果 3株EV 71均为C4基因亚型,与其他省份C4亚型分离株的同源性为94.8%-99.0%;...     

肠道病毒71型广西株的种系进化分析

目的 通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增肠道病毒71型(EV71)VP1节段核苷酸序列,进行EV71广西株种系进化分析.方法 采集病例的心包液、疱疹液和呼吸道分泌物,用RT-PCR进行鉴定和扩增VPl区序列,并对VPl区全基因序列进行测定,同源性分析和构建系统发生树.结果 将病例的心包液、疱疹液和呼吸道分泌物同时扩增到特异片段,测序证实为EV71.广西株与安徽阜阳的分离株同源性最高,大于99%,没有发生核苷酸插入和缺失;在系统发生树上,广西株处于C基因型C4亚型分支上.结论 肠道病毒71型广西株VPl区基因全长891bp,属于EV71 C基因型C4亚型.应加强广西EV71分子流行病学监测,阐明广西EV71流行株的基因型别和基因特征.