拷贝数变异测序联合核型分析在产前诊断中的应用

目的 探讨低深度全基因组拷贝数变异测序技术（CNV-Seq）联合染色体核型分析在有产前诊断指征孕妇中的应用价值。方法 选取2019年2月至2022年4月在本院就诊的具有产前诊断指征的孕妇1 135例,于孕中期时进行羊水穿刺,对抽取的羊水同时行染色体核型分析及CNV-Seq检测,比较两种方法在不同产前诊断指征（高龄、不良孕产史、唐筛高风险、无创高风险,不良接触史、夫妻染色体异常、双方地贫）中的检出情况。结果 1 135例羊水标本中,检出致病核型91例（8.02%）、平衡易位2例（0.18%）、罗伯逊易位3例（0.26%）,异常核型检出率为8.46%(96/1 135),另外检出多态39例（3.44%）;CNV-Seq检出明确致病变异115(10.13%)例、疑似致病变异15例（1.32%）、临床意义未明（VUS）310例（27.31%）。两种方法异常变异检出率比较,差异有统计学意义（P<0.05）,核型分析正常结果中CNV-Seq额外检出32例致病性变异（2.82%）。依据不同高危因素分组,核型分析与CNV-Seq结果中无创高风险组致病变异检出率最高,分别为52.05%(38/73...     

MLPA及测序技术在DMD/BMD家系分析中的应用

目的运用MLPA技术和DNA及cDNA测序技术对DMD/BMD进行家系分析,对患者、可能携带者基因诊断并探讨诊断流程的临床可行性。方法对2个DMD/BMD家系中6例患者、13例女性可能携带者、6例男性家系成员,6例女性和男性健康对照共31例采集外周血提取DNA,运用MLPA技术分析对以上31例的DMD基因79个外显子;患者取右侧腓肠肌10～30mg肌肉提取RNA,逆转录cDNA;分别进行DNA及cDNA序列测定,测序结果与MLPA结果进行比较。结果经MLPA检测,家系1的4例患者均缺失DMD基因Exon50,家系2中2例患者均缺失Exon43。以上结果经肌肉cDNA测序证实了相应外显子缺失。结论 MLPA技术结合DNA及cDNA测序技术进行DMD家系分析具有可靠的临床应用价值。     

aCGH技术在2例DMD基因缺失突变胎儿产前诊断中的应用

目的对1例唐氏筛查高危和1例高龄孕妇进行产前遗传学诊断,为胎儿预后评估提供实验室依据。方法采用常规G显带、微阵列比较基因组杂交(array comparative genomic hybridization, aCGH)及多重连接探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA)技术分析胎儿羊水及其父母的外周血标本。结果核型结果未见典型异常,aCGH检测胎儿1结果为arr[hg19] Xp22.1(32 800 001_32 857 711)×1,杂合缺失范围为58 kb,覆盖DMD基因第5～7外显子,MLPA检测结果提示胎儿DMD基因第5～7外显子杂合缺失;胎儿2结果为arr[hg19] Xp22.1 (31 805 658_31 959 387)×0,缺失范围为154 kb,覆盖DMD基因第46～50外显子,MLPA检测结果提示胎儿DMD基因第46～50外显子半合子缺失。2例胎儿母亲aCGH及MLPA均未检出DMD基因缺失。结论胎儿1为新发DMD基因第5～7外显子杂合缺失;胎儿2为DMD基因第46～50外显子半合子缺失,存在较高的杜氏肌营养不良患病风险。     

羊水细胞染色体核型分析联合基因组拷贝数变异测序技术在产前诊断中的应用

目的 探讨羊水细胞染色体核型分析和基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)技术在产前诊断中联合应用的潜力.方法 316例孕妇根据产前诊断指征进行羊水穿刺,同时进行羊水细胞染色体核型分析及CNV-Seq检测.结果 两种方法联合检测共发现49例异常,占受检总人数的15.51％;其中两种方法同时发现异常16例,染色体核型分析结...     

FⅨ基因全外显子测序技术在血友病B基因携带者检测及产前基因诊断中的应用

目的 探索应用FⅨ基因全外显子测序技术进行血友病B(HB)基因携带者检测和产前基因诊断.方法 在取得5个无血缘关系的汉族HB家系成员知情同意后,采集相关家系成员标本.3个产前诊断标本中,2例为胎儿脐血标本,1例为羊水标本.从标本中提取基因组DNA,通过PCR扩增FⅨ基因所有外显子及其侧翼序列,将产物进行全外显子直接测序.结果 5个家系的HB患者以及FⅨ基因携带者共检出5种突变:c.484 C＞T (p.R162X)、c.1022G＞A(p.R341Q)、c.1135C＞T(p.R379X)、c.799C＞T(p.H267Y)和c.1232G＞T(p.S411I).在产前诊断中,发现1例c.484 C＞T(p.R162X)突变,另2例未检出FⅨ基因突变的胎儿出生后血浆FⅨ促凝活性分别为52.7％和76.2％.结论 首次报道中国汉族HB家系FⅨ基因c.1022G＞A(p.R341Q)、c.1135C＞T(p.R379X)、c.799C ＞T (p.H267Y)和c.1232G＞T(p.S411I)突变;在严格的质量控制下,FⅨ基因全外显子直接测序是一种快速准确的诊断HB基因携带者及产前基因诊断的方法.     

染色体核型分析联合快速MLPA非整倍体技术在产前诊断中的应用

染色体核型分析技术是检查人类染色体金标准方法,但染色体核型分析技术要细胞培养,检测时间长,操作程序复杂,技术要求高,2002年荷兰White和Schouten创建了多重链接依赖性探针扩增技术(MLPA)[1-3],MLPA不用细胞培养,是一种快速简单的检测方法。为了探讨染色体核型分析联合MLPA非整倍体技术在产前诊断中的应用价值,对2000例有产前诊断指征孕妇羊水,分别采用染色体核型分析和MLPA非整倍体技术检查,结果总结如下。     

运动神经元生存基因拷贝数定量分析在Ⅲ型脊髓性肌萎缩症基因诊断中的应用

目的:探讨运动神经元生存基因(survivalmotorneuron,SMN)拷贝数定量分析在提高Ⅲ型儿童型脊髓性肌萎缩症(spinalmuscularatrophy,SMA)的基因诊断的临床价值。方法:应用定量聚合酶链式反应(PCR)进行SMN拷贝数定量分析,对8例Ⅲ型SMA患者及5例正常人的SMN基因7号外显子的拷贝数定量。结果:8例Ⅲ型SMA患者中发现1例患者的SMN-T拷贝数为0,为纯合缺失,3例患者SMN-T拷贝数为1,为杂合缺失,总缺失诊断率为50%(4/8);所有正常人SMN-T拷贝数均为2。结论:SMN拷贝数定量分析可提高Ⅲ型SMA患者的基因诊断率。     

运动神经元生存基因拷贝数定量分析在Ⅲ型脊髓性肌萎缩症基因诊断中的应用

目的：探讨运动神经元生存基因(survival motor neuron，SMN)拷贝数定量分析在提高Ⅲ型儿童型脊髓性肌萎缩症(spinal muscular atrophy，SMA)的基因诊断的临床价值。方法：应用定量聚合酶链式反应(Pea)进行SMN拷贝数定量分析，对8例Ⅲ型SMA患者及5例正常人的SMN基因7号外显子的拷贝数定量。结果：8例Ⅲ型SMA患者中发现1例患者的SMN．T拷贝数为0，为纯合缺失，3例患者SMN-T拷贝数为1，为杂合缺失，总缺失诊断率为50％(4／8)；所有正常人SMN-T拷贝数均为2。结论：SMN拷贝数定量分析可提高Ⅲ型SMA患者的基因诊断率。     

血液学分析联合基因诊断在地中海贫血产前诊断中的应用

目的评估血液学分析联合基因诊断在地中海贫血(简称地贫)产前诊断中的应用价值。方法 2010年7月至2013年4月该院2 368例产妇在产前诊断中心进行地贫产前诊断,血液学筛查阳性的产妇进行基因诊断。结果经血液学分析结果显示,血红蛋白A2(HbA2)异常产妇124例,将异常产妇的血液学结果与其余健康产妇结果比较差异有统计学意义(P0.01);124例血液学表型阳性孕妇中,夫妻同基因型16例,这16例孕妇中15例孕妇行地贫产前诊断,7例为α基因型,2例为β基因型,6例正常基因型;另外这15例孕妇中有3例为重度地贫胎儿,包括2例α地贫(--SEA/--SEA基因型)、1例β地贫(41-42/IVS-Ⅱ-654基因型),均告知患者后终止妊娠。结论血液学分析结合基因诊断对构建完善的地贫产前检查与产前诊断干预模式有重要作用,值得推广应用。     

全外显子家系测序在WDR35基因复合杂合变异导致SRPS-5胎儿产前诊断中的价值

目的 探讨全外显子家系测序(Trio-WES)在诊断WDR35基因复合杂合变异导致短肋-多指综合征5型(SRPS-5)中的应用价值。方法 收集1例引产儿产前诊断的临床资料,采用Trio-WES对引产儿皮肤组织及其父母外周血进行基因测序,采用SIFT、PolyPhen-2及Mutation Taster软件对筛选出的可疑变异进行生物危害性分析,并建立模型预测变异可能导致的蛋白结构变化。结果 引产儿母亲孕22⁺³周时的超声检查结果提示胎儿四肢长骨发育水平明显滞后,伴双侧肱骨、股骨弯曲,胸围小且胸腔狭窄,肋骨短且双肺受压变小。基因测序提示胎儿WDR35基因存在复合杂合变异,分别为父亲携带的c.799G>A/p.Val267Met杂合变异与母亲携带的chr2:20151176-20151245杂合缺失变异。检索Pubmed和HGMD数据库均未发现该变异相关报道,属WDR35基因的新变异,其中变异位点c.799G>A/p.Val267Met在多物种间高度保守,蛋白结构预测提示可能改变局部空间稳定性。结论 WDR35基因缺陷可能是患儿长骨明显短且弯曲,短肋伴肺发育...     

高通量MLPA基因分型技术在1个Del表型家系基因鉴定中的应用

目的 对1个Del表型家系作基因鉴定.方法 运用血型血清学方法对先证者及其家系的3名成员作RhD及相关血型抗原鉴定;提取先证者及其父母和妹妹的静脉血DNA.运用高通量红细胞血型基因的多重连接依赖探针扩增技术(MLPA)对先证者及其他成员血型基因作定性及定量分型;用PCR产物直接测序方法对发现的变异作确认.结果 血型血清学检测:先证者为Del表型,其他3名家系成员为正常的RhD阳性个体.MLPA基因分型:先证者有2条包含1227G＞A突变位点的RHD等位基因,而3名家系成员有1条包含1227G＞A突变位点的RHD等位基因及1条正常的RHD等位基因.结论 高通量红细胞血型基因分型的MLPA技术能够对Del表型作明确的基因鉴定,有助于节约宝贵的RhD阴性血液.     

全外显子及靶向文库捕获测序在多囊肾病基因诊断中的应用比较

目的 比较全外显子和靶向文库捕获高通量测序对多囊肾病相关基因的检测效率.方法 对6份多囊肾病标本(包括一份低比例嵌合变异标本)分别进行全外显子捕获或靶目标捕获2种方法建立文库,Illumina HiSeq 2000仪器连续双向测序.结果 以PKD1、PKD2和PKHD1 3个基因作为目标序列,靶向捕获法平均测序深度为190倍,5倍以上测序深度占全部有效序列的85.59％,靶区域覆盖度95％以上,但PKD1第一外显子仍有200～300 bp区域不能覆盖;全外显子捕获法平均测序深度为28.34倍,5倍以上测序深度占全部有效序列的55.35％,目标区域覆盖度较低,PKD1外显子覆盖度小于40％. 结论 靶向文库捕获测序法具有较高的敏感性、准确性,更适合PKD基因变异的检测,但高通量测序技术对PKD1基因检测仍有不足之处.     

一种改良拷贝数变异检测技术在自然流产遗传学检测中的应用

目的探讨一种高通量多重基因拷贝数检测技术(CNVplex)在孕早期自然流产遗传学检测中的临床应用价值。方法收集196例孕早期自然流产组织,清除蜕膜后绒毛组织每份分为2个组,一组采用染色体核型分析技术检测,另一组提取DNA采用CNVplex进行检测,比较2种方法的检测结果。结果 196例孕早期流产绒毛中,细胞培养成功175例(成功率为89.29%),染色体核型分析检出异常染色体核型98例(异常检出率为56%),包括染色体数目异常96例、结构异常2例;CNVplex检测成功194例(成功率为98.98%),检出拷贝数异常115例(异常检出率为59.29%),包括染色体整条拷贝数异常107例、染色体部分片段拷贝数异常8例。在染色体核型分析失败的21例样本中,CNVplex共检出染色体拷贝数异常16例。在175例2种方法都检测成功的样本中有10例结果不符,其中染色体核型分析检出的2例多倍体、2例嵌合体以及1例易位型22三体CNVplex未能检出;其余5例CNVplex结果显示为染色体部分片段拷贝数异常,而染色体核型结果为正常或不明确,该5例样本均采用随访夫妻染色体检测和荧光原位杂交(FISH)验证。结论 CNVplex的检测成功率高,能有效检出染色体小片段拷贝数异常,适用于孕早期自然流产遗传学快速检测,是传统染色体核型分析技术的有益补充。     

应用PCR技术对4例DMD家系进行产前基因诊断

目的:建立规范的Duchenne型肌营养不良症产前基因诊断程序.方法:通过Y染色体性别决定基因判断胎儿性别,运用聚合酶链反应检测4个Duchenne型肌营养不良症家系中先证者dystrophin基因缺失热区内16个外显子是否缺失,并对胎儿进行相应外显子检测;对家系成员和胎儿进行第45、49、50内舍子以及5'和3'端短片段串联重复序列的基因连锁分析.结果:2例胎儿为正常男性,1例胎儿为正常女性,1例男性胎儿获得风险染色体.结论:在规范的检测程序和有效的质量控制下,Duchenne型肌营养不良症基因缺失检测结合连锁分析能准确地对Duchenne型肌营养不良症进行产前基因诊断,且是目前最有效的实验室方法.     

基因诊断技术在医学中的应用

基因诊断技术目前已广泛应用于临床疾病的体外诊断及治疗疗效的评价，其应用范围涉及到从传染性疾病到人类遗传性疾病的诊断与治疗。尤其是1983年Kary Mullis发明了聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）后，基因诊断技术得到了飞速的发展，产生了很多的新技术和新方法。     

MLPA技术对Duchenne肌营养不良症患者基因外显子缺失和重复的诊断价值

目的使用多重连接依赖探针扩增技术对Duchenne肌营养不良症和Becker肌营养不良症家系成员的DMD基因进行外显子缺失和重复检测,探讨多重连接依赖探针扩增技术对Duchenne肌营养不良症患者和Becker肌营养不良症患者的诊断价值。方法应用多重连接依赖探针扩增技术检测1个Duchenne肌营养不良症家系成员和1个Becker肌营养不良症家系成员DMD基因的全部外显子缺失和重复,对家系成员进行基因诊断。结果 Duchenne肌营养不良症家系患者是DMD基因外显子45~50缺失所致,Becker肌营养不良症家系患者是外显子3~4重复所致。两个家系中的患者致病基因携带者均得到明确诊断。结论在规范操作的条件下,多重连接依赖探针扩增技术检测的探针拷贝数可预示DMD基因的外显子缺失和重复,因此多重连接依赖探针扩增技术可作为临床对DMD基因外显子缺失和重复的首选检测方法。     

反向斑点杂交技术用于β地中海贫血的基因诊断及产前诊断

目的:了解广东顺德地区β地中海贫血的基因突变类型及频率,降低β地中海贫血重症患儿的出生率,提高人口素质。方法:209例经血液学筛查疑为β地中海贫血患者全血,8例产前胎儿羊水细胞,用反向斑点杂交技术进行基因突变类型检测及分析。结果:209例可疑β地中海贫血患者共检出115例8种β地中海贫血基因突变类型;8例产前胎儿基因诊断中,确定正常胎儿2例,β地中海贫血杂合子4例,双重杂合子及纯合子各1例。结论:反向斑点杂交技术不仅可用于β地中海贫血大样本的基因频率筛查,更能对β地中海贫血高风险胎儿做出快速的产前诊断。     

染色体和基因诊断技术在异基因骨髓移植中的运用

我院在6例自体骨髓移植获得成功后，又进行了异基因骨髓移植工作。移植后追踪观察是否持久性植活，检测技术和水平就显得至关重要．下面简单介绍染色体，DNA多态性标志及PCR基因扩增技术在异基因骨髓移植中的运用。