CMTM6基因作为免疫浸润相关的泛癌预后生物标志物

目的:CMTM基因是人类趋化因子样基因超家族的新成员.已有研究表示CMTM6在不同的肿瘤中发挥着不同的作用.本研究旨在探讨CMTM6在泛癌中的预后,并研究CMTM6表达与免疫浸润的关系.方法:在本研究中,我们在TIMER、PrognoScan、Kaplan-Meier Plotter等多个数据库中,研究了CMTM6在泛...     

CCNA2在泛癌中的表达及其与预后和免疫浸润的关系

目的 通过生物信息学技术分析细胞周期蛋白A2 (CCNA2)在泛癌中的表达和预后价值,并深入探索CCNA2与免疫浸润的关系。方法 从UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱计划数据库中33种肿瘤的数据,分析CCNA2在33种肿瘤中的表达和预后价值。利用TISIDB数据库计算免疫浸润丰度,分析CCNA2与免疫检查点基因的相关性及其与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的相关性。利用GEPIA数据库获取肿瘤中与CCNA2相关的基因,进行基因本体以及京都基因和基因组数据库富集分析。结果CCNA2在多种肿瘤中普遍高表达,且CCNA2表达与生存率显著相关。同时,CCNA2表达与肿瘤免疫浸润和免疫检查点基因相关。CCNA2表达与不同类型肿瘤的肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性明显相关。结论 CCNA2可作为肿瘤不良预后和免疫浸润的生物标志物,为癌症治疗提供了新的思路。     

基于MSR1 mRNA和蛋白在泛癌组织中表达的生物信息学分析及其意义

目的：通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法：采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心（TISCH）数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源（TIMER2.0）、肿瘤免疫共基因小鼠（TISMO）、肿瘤免疫功能障碍与排斥（TIDE）和基因集癌症分析（GSCA）数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果：与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌（BRCA）、结肠腺癌（COAD）、食道癌（ESCA）、多形性胶质母细胞瘤（GBM）、头颈部鳞状细胞癌（HNSC）、肾透明细胞癌（KIRC）、肾性肾乳头状细胞癌（...     

FDFT1基因的泛癌表达分析、与癌症预后的关联性分析及其对几种肿瘤细胞增殖的影响

目的 探究FDFT1(farnesyl-diphosphate farnesyltransferase 1)基因在不同肿瘤中的表达差异及其对肿瘤预后与肿瘤微环境的影响,及FDFT1过表达对几种肿瘤细胞增殖的影响。方法 利用TCGA联合GTEx数据库分析FDFT1 mRNA在不同肿瘤组织与正常组织之间的表达差异;绘制K-M生存曲线,评估FDFT1基因表达与癌症预后的关系;利用细胞增殖实验探索FDFT1过表达对几种肿瘤细胞增殖的影响。结果 与正常组织相比,在肾上腺皮质癌(adrenocortical carcinoma, ACC)等16种肿瘤组织中FDFT1 mRNA表达显著上调;在肾透明细胞癌(kidney renal cell carcinoma, KIRC)等8种肿瘤组织中FDFT1 mRNA表达下调。癌症预后相关性分析显示,FDFT1的高表达在ACC、胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma, PAAD)、口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma, OSCC)及肝细胞癌(liver hepatocellular carcinoma,...     

LAMA3在泛癌中的表达水平及其与泛癌预后、免疫微环境的相关性分析

目的 分析层粘连蛋白3（Laminin subunit alpha 3,LAMA3）在泛癌中的表达水平及其与泛癌患者预后、免疫微环境之间的关系。方法 本研究从多个数据库中收集转录组、预后、免疫相关数据,可视化分析LAMA3在泛癌中的表达水平及其与泛癌预后、免疫微环境的相关性。结果 与正常组织相比,LAMA3在11种肿瘤中显著高表达,如结肠癌（colon adenocarcinoma,COAD）,肾透明细胞癌（kidney renal clear cell carcinoma,KIRC）,胰腺癌（pancreatic adenocarcinoma,PAAD）等;在11种肿瘤中显著低表达,如胶质母细胞瘤（glioblastoma multiforme, GBM）、脑低级别胶质瘤（brain lower grade glioma,LGG）、皮肤黑色素瘤（skin cutaneous melanoma,SKCM）等。LAMA3表达水平不仅与包括PAAD在内的多种肿瘤预后显著相关,还与SKCM等多种肿瘤的肿瘤突变负荷（tumor mutation burden,TMB）、微卫星不稳定性（microsatellite instability,MSI）和肿瘤免疫浸润显著相关。此外,基因共表达分析结果表明LAMA3与多种常见的免疫基因表达显著相关。结论 LAMA3可作为泛癌预后、免疫治疗反应评估的生物标志物。     

CD276在泛癌中的免疫表达及预后

目的 探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法 采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达,采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响,进一步分析肿瘤组织中CD276表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性,采用基因集富集分析（GSEA） CD276的生物学功能,最后采用实时PCR对CD276在肿瘤中的表达进行体外验证。结果 肿瘤组织与正常组织间CD276表达存在统计学差异（P <0.05）。CD276影响肿瘤预后并与肿瘤微环境、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤免疫细胞浸润密切相关。结论 全面的泛癌分析确定CD276是免疫浸润和癌症预后不良的生物标志物,可将其作为新的免疫调节靶点,用于开发新的免疫治疗靶向药物,为肿瘤治疗提供新思路。     

食管鳞状细胞癌组织中HIF-1a和AQP1蛋白的表达

目的:检测食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中缺氧诱导因子-1a(HIF-1a)和水通道蛋白1(AQP1)蛋白的表达.方法:应用免疫组化SP法检测62例ESCC及其相应正常食管黏膜组织中HIF-1a和AQP1蛋白的表达.结果:ESCC组织中HIF-la蛋白阳性表达率为80.6%(50/62),高于正常食管黏膜组织中的19....     

肝癌组织中乙肝病毒X蛋白与缺氧诱导因子-1a的表达及关系

目的探讨乙型肝炎病毒 x 蛋白(Hepatitis B virus X protein,HBx)和缺氧诱导因子-1α(Hypoxia-inducible factor,HIF-la)在肝癌组织中的表达及关系。方法采用免疫组织化学染色方法检测78例经福马林固定、石蜡包埋的原发性肝癌组织标本中HBx 和 HIF-1α的表达;免疫荧光检测 HepG2及稳定转染 HBx 基因的 HepG2(HBx-transfected HepG2)细胞中 HIF-1α的表达。结果78例肝癌组织标本中,HBx 和 HIF-1α免疫组织化学染色阳性率分别为74.23%(58/78)和69.23%(54/78);免疫荧光检测表明:正常氧状态下,HeptG2中 HIF-1α的表达阴性而 HBx-transfected HepG2中表达阳性,主要位于细胞浆.部分位于细胞核.在缺氧状态下,HeptG2和 HBx-transfected HepG2的细胞质和细胞核均有表达.结论 HBx 及 HIF-1α在人肝细胞肝癌组织中广泛表达,二者存在明显相关(P<0.01),在正常氧状态下,HBx 可诱导 HIF-α在 HepG2细胞中表达。提示:共同表达可能对原发性肝癌细胞的形成有重要作用。     

CDK1、CCNB1和NDC80与乙型肝炎相关肝细胞癌的预后和进展相关:基于生物信息学方法

目的 探讨 HBV 转化为 HCC 相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法 分析基因表达综合（GEO）数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间差。进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因（DEGs）,通过基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析对差异表达基因进行功能注释。使用相互作用基因搜索工具（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘最重要的模块和关键基因。cBioportal用于分析hub基因的相关性。利用Kaplan-Meier和Oncomine数据库对TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。通过逆转录定量PCR（RT-qPCR）实验验证17对临床肝细胞癌样本与邻近非肿瘤组织中hub基因的表达。结果 共获得121个DEGs（P< 0.01）,鉴定出3个遗传标记,细胞周期素依赖性激酶1（CDK1）、细胞周期蛋白B1（CCNB1）和核分裂周期蛋白80（NDC80）,与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,这3个基因高度相关（P<0.05）。UALCAN数据库证实这些基因在肝癌组织中高表达并获得相关预后信息。Kaplan-Meier表明,它们与HCC患者的低存活率相关。CDK1、CCNB1和NDC80与肝癌分级相关（P< 0.05）,RT-qPCR实验证实CDK1、CCNB1和NDC80的mRNA在肝细胞癌中的表达明显高于癌旁组织。结论 CDK1、CCNB1 和NDC80基因可作为HBV相关肝细胞癌的预后标志物,在肝癌的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。     

基于生物信息学分析HIF-1α在口腔鳞状细胞癌组织中的表达及与其上皮间质转化的相关性

目的研究口腔鳞状细胞癌（OSCC）组织中上皮间质化相关蛋白波形蛋白（Vimentin）和E-钙黏蛋白（E-caderin）及缺氧诱导因子1α（HIF-1α）的表达,探讨缺氧诱导因子1α在口腔鳞状细胞癌中的表达及与其上皮间质转化（EMT）之间关系。方法应用TGCA数据库分析头颈鳞状细胞癌组织中HIF-1α的表达情况,通过GO和KEGG富集分析HIF-1α可能参与的信号通路;使用免疫组化法检测OSCC组织中HIF-1α及上皮间质化相关蛋白的表达情况,进一步分析HIF-1α在OSCC中的表达及与EMT的关系。结果 TCGA数据库中HIF-1α在口腔鳞状细胞癌中高表达,主要参与Notch信号通路、细菌感染等相关信号通路;OSCC组织中,HIF-1α、Vimentin的表达高于正常组织（P<0.05）;E-caderin在口腔鳞状细胞癌组织中的表达较正常口腔黏膜组低（P<0.05）。口腔鳞状细胞癌组织中HIF-1α、Vimentin和E-caderin的表达与口腔鳞状细胞癌TNM分期以及有无淋巴结转移有关（P<0.05）,与患者的年龄、肿瘤的大小之间无显著差异（P>0.05）。结论口腔鳞状细胞癌中存在EMT现象,HIF-1α、Vimentin和E-caderin三者在口腔鳞状细胞癌组织及正常组织表达存在统计学差异,HIF-1α可能通过某种途径参与OSCC组织发生EMT的进程,促进OSCC浸润及转移。     

肝癌组织中乙肝病毒x蛋白与缺氧诱导因子-1α的表达及关系

目的探讨乙型肝炎病毒x蛋白(Hepatititis B virus X protein,HBx)和缺氧诱导因子-1α(Hypoxia-inducible factor,HIF1α)在肝癌组织中的表达及关系.方法采用免疫组织化学染色方法检测78例经福马林固定、石蜡包埋的原发性肝癌组织标本中HBx和HIF-1α的表达;免疫荧光检测HepG2及稳定转染HBx基因的HepG2(HBx-transfected HepG2)细胞中HIF-1α的表达.结果78例肝癌组织标本中,HBx和HIF-1α免疫组织化学染色阳性率分别为74.23%(58/78)和69.23%(54/78);免疫荧光检测表明:正常氧状态下,HeptG2中HIF-1α的表达阴性而HBx-transfected HepG2中表达阳性,主要位于细胞浆,部分位于细胞核.在缺氧状态下,HeptG2和HBx-transfected HepG2的细胞质和细胞核均有表达.结论HBx及HIF-1α在人肝细胞肝癌组织中广泛表达,二者存在明显相关(P＜0.01),在正常氧状态下,HBx可诱导HIF-α在HepG2细胞中表达.提示:共同表达可能对原发性肝癌细胞的形成有重要作用.     

Twist在肝细胞癌组织中的表达及临床意义

目的:探讨Twist在肝细胞癌中的表达意义及其与缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)的关系。方法:采用免疫组化方法分别检测89例肝细胞癌组织中Twist和HIF-1α的表达状况,并分析其与临床病理间的关系。结果:癌组织Twist的阳性表达率为70.79%,明显高于癌旁组织19.10%(P<0.05)。Twist和HIF-1α的表达呈正相关(P<0.05),与HCC病理分级呈正相关(P<0.05)。结论:肝细胞癌组织与癌旁组织在Twist高表达率上存在明显差异,在肝细胞癌发生、发展过程中它可能与HIF-1α信号通路有直接作用,检测Twist表达对预后判断有一定帮助。     

泛癌中CCL18的差异表达、预后及其与免疫细胞浸润的相关性分析

目的 旨在通过多数据库的分析来揭示CCL18在33种癌症类型中的表达、预后及其与免疫细胞浸润的相关性。方法 通过GTEx数据库、CCLE数据库、TCGA数据库综合分析CCL18在泛癌中的表达模式。单因素Cox回归用于分析CCL18在泛癌中的生存和预后。通过TIMER2.0数据库分析CCL18与免疫微环境的关系。分析了CCL18与免疫检查点基因表达谱、DNA错配修复基因(MMRs)和甲基转移酶编码基因的关系。Spearman用于分析CCL18表达水平与肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)的关系。结果 在本研究中,发现CCL18在大多数癌症中异常过表达。CCL18与肿瘤患者的年龄、性别、肿瘤分期和免疫亚型等临床参数密切相关。单因素回归分析表明CCL18表达与患者在ACC、DLBC、LAML、UVM、CESC和LGG中的不良预后密切相关。在大多数癌症中,CCL18的表达与28种免疫细胞亚型、免疫相关通路、肿瘤微环境呈正相关。CCL18与主要组织相容性复合体、免疫激活剂、免疫抑制剂、趋化因子和趋化因子受体相关基因共表达。此外,CCL18与许多癌症中的肿瘤新抗原、肿瘤突变负荷、微卫星...     

基于多数据库分析RIT1在肝细胞癌中的表达及预后

目的 获取Ras亚家族新分支的创始成员RIT1蛋白(GTP-binding protein Rit1,RIT1)在肝细胞癌(hepa-tocellular carcinoma,HCC)中的表达水平数据,分析RIT1及其共表达基因在HCC发生发展过程中的作用.方法 通过Oncomine数据库和癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库分析RIT1基因在HCC中的表达,及临床特征和预后的关系.利用cBioportal在线分析工具分析RIT1在HCC中的突变情况,并通过GeneMina数据库分析与RIT1相互作用的蛋白.基于LinkedOmics数据库筛选与RIT1在HCC中共表达的蛋白并分析其参与的信号通路.结果 HCC组织中RIT1 mRNA表达和DNA拷贝数变异(copy number variation,CNV)显著高于正常组织(P＜0.01),HCC患者中肿瘤组织的RIT1转录水平显著高于正常组织;随着肿瘤等级和疾病阶段的升高,RIT1的表达量具有升高的趋势.在360例HCC样本中共有62例发生RIT1基因变异,变异率约为17.2％.生存曲线分析显示,RIT1高表达组和RIT1变异组的总体生存期短于RIT1低表达组和无变异组(P＜0.01).RAF原癌基因丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase,RAF)、神经营养的酪氨酸激酶 1 型受体(neurotrophic receptor tyrosine kinase 1,NTRK1)、Ral 鸟嘌呤核苷酸解离刺激剂样蛋白 1(Ral GDP dissociation stimulator like 1,RGL1)、神经生长因子(nerve growth factor,NGF)、RLF 锌指蛋白、鸟嘌呤核苷酸解离刺激因子(Ral guanine nucleotide-dissociation stimulator,RalGDS)、干扰素相关发育调节因子 1(interferon-related developmental regulator 1,IFRD1)、Ras 相关蛋白 1b(RAS-related protein Rap-1b,RAP1B)、Kelch 样家族成员 12(Kelch like family member 12,KLHL12)、MLLT4、母系DPP 同源物3(mothers against decapentaplegic homolog 3,Smad3)等蛋白与 RIT1 具有明显的相互作用,STX6、MPZL1、PKM2、RNF24和SOAT1等蛋白在HCC中与RIT1共表达,这些蛋白主要涉及小G蛋白信号转导、Ras信号通路和神经营养因子TRK受体信号通路,能够促进DNA构象改变、有丝分裂和细胞周期等.结论 RIT1在HCC组织中呈高表达,具有较高的基因变异频率,并且与患者预后不良相关,为之后深入研究RIT1在HCC发生发展中的作用提供了理论依据.     

CPEB4的表达与肿瘤临床病理特征和预后关系的生物信息学分析

目的 探讨CPEB4基因在肿瘤中是否为一种肿瘤标志物并评估CPEB4在泛癌中的预后状况、临床相关性分析及肿瘤微环境之间的关系。方法 在线检索PubMed、中国知网、维普和万方数据库中存在CPEB4关于人体肿瘤表达的相关文献,纳入并汇总相关肿瘤细胞中表达情况的研究,对符合标准的文献提取出相应的临床数据并进行Meta分析。提取癌症基因组图谱（TCGA）数据库中的样本信息进行泛癌分析并拓展CPEB4高低表达组对不同肿瘤患者的临床相关性研究、预后程度与免疫之间的关系。结果 荟萃分析结果显示CPEB4为晚期肾透明细胞癌、非小细胞肺癌、神经胶质瘤、结直肠腺癌、胃腺癌患者的不良预后因子;对泛癌差异分析结果统计,CPEB4在肿瘤中为两极化因子,针对泛癌中CPEB4表达与肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、免疫细胞相关性与其他免疫相关基因之间的关系并进行GSEA通路富集分析,验证并拓展荟萃分析的结果。结论 CPEB4作为泛癌中的矛盾因子,可作为肿瘤患者病情的检测指标及预后的重要参考因素。     

乳腺癌组织中AQP1与HIF1表达的相关性

目的 初步确定乳腺癌组织中水通道蛋白1(AQP1)与缺氧诱导因子1(HIF-1)是否存在相关性,以及相关特点.方法 收集乳腺癌病例155例,应用免疫组织化学技术检测HIF-1阴性表达或阳性表达的乳腺癌组织中AQP1表达水平,初步确定二者之间是否存在相关性.结果 HIF-1阴性表达或阳性表达的乳腺癌组织中AQP1表达水平(AQP1阳性细胞表达率分别为168±38、297±25),存在明显差异,二组结果比较差异有统计学意义(P＜0.001).结论 乳腺癌组织中AQP1与HIF-1表达存在一定相关性,提示二者可能相互作用,共同调节乳腺癌的演进过程.     

基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值.方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)数据库分析...     

肝细胞癌中缺氧诱导因子-1α、热休克蛋白70的表达及其与癌转移关系的实验研究

<0.05).患者癌转移者与无癌转移者HIF-1α、HSP70比较有显著性差异(P <0.01),HIF-2α表达与肝细胞癌恶性程度呈正相关(rr=0.726,, P <0.05).HSP70与HIF-2α表达呈正相关( r=0.726,P <0.05).结论 HIF-2α与HSP70表达有相关性,HIF-1α、HSP70与癌转移有关, HIF-α与HSP70联合检测有助于判断肝细胞癌患者的预后.     

泛癌中SLC7A7表达的预后意义及其与免疫微环境的关系

SLC7A7是溶质转运蛋白超家族的重要成员之一,能够通过某些信号通路调控细胞周期、抑制肿瘤细胞迁移和侵袭,可能对肿瘤的预后具有重要意义.然而,SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的潜在功能和机制仍不清楚.应用TIMER比较了多种癌症类型和正常组织中SLC7A7基因表达量的差异.使用cBioPortal分析SLC7A7拷...